Structural aspects of the ribosome evolution and function

Les résultats ont été obtenus avec le logiciel "Insight-2" de Accelris (San Diego, CA)

Structural rules for the formation of backbone-backbone interactions between closely packed RNA double helices

Les interactions entre les squelettes sucre-phosphate de nucléotides jouent un rôle important dans la stabilisation des structures tertiaires de larges molécules d’ARN. Elles sont régies par des règles particulières qui gouverne leur formation mais qui jusque là demeure quasiment inconnues. Un élément structural d’ARN pour lequel les interactions sucre-phosphate sont importantes est le motif d’empaquetage de deux doubles hélices d’ARN le long du sillon mineur. Ce motif se trouve à divers endroits dans la structure du ribosome. Il consiste en deux doubles hélices interagissant de manière à ce que le squelette sucre-phosphate de l’une se niche dans le sillon mineur de l’autre et vice versa. La surface de contact entre les deux hélices est majoritairement formée par les riboses et implique au total douze nucléotides. La présente thèse a pour but d’analyser la structure interne de ce motif et sa dépendance de stabilité résultant de l’association optimale ou non des hélices, selon leurs séquences nucléotidiques. Il est démontré dans cette thèse qu’un positionnement approprié des riboses leur permet de former des contacts inter-hélices, par l’entremise d’un choix particulier de l’identité des pairs de bases impliquées. Pour différentes pairs de bases participant à ce contact inter-hélices, l’identité optimale peut être du type Watson-Crick, GC/CG, or certaines pairs de bases non Watson-Crick. Le choix adéquat de paires de bases fournit une interaction inter-hélice stable. Dans quelques cas du motif, l’identité de certaines paires de bases ne correspond pas à la structure la plus stable, ce qui pourrait refléter le fait que ces motifs devraient avoir une liberté de formation et de déformation lors du fonctionnement du ribosome.

Uncovering parallel ribosome biogenesis pathways during pre-60S subunit maturation

Paralogs are present during ribosome biogenesis as well as in mature ribosomes in form of ribosomal proteins, and are commonly believed to play redundant functions within the cell. Two previously identified paralogs are the protein pair Ssf1 and Ssf2 (94% homologous). Ssf2 is believed to replace Ssf1 in case of its absence from cells, and depletion of both proteins leads to severely impaired cell growth. Results reveal that, under normal conditions, the Ssf paralogs associate with similar sets of proteins but with varying stabilities. Moreover, disruption of their pre-rRNP particles using high stringency buffers revealed that at least three proteins, possibly Dbp9, Drs1 and Nog1, are strongly associated with each Ssf protein under these conditions, and most likely represent a distinct subcomplex. In this study, depletion phenotypes obtained upon altering Nop7, Ssf1 and/or Ssf2 protein levels revealed that the Ssf paralogs cannot fully compensate for the depletion of one another because they are both, independently, required along parallel pathways that are dependent on the levels of availability of specific ribosome biogenesis proteins. Finally, this work provides evidence that, in yeast, Nop7 is genetically linked with both Ssf proteins.

Rat protease-activated receptor–1 (rPAR1) expression and characterization in Sf9 cells

Connue pour son rôle dans la cascade de coagulation, la thrombine, une protéase à sérine, peut également agir par l’intermédiaire de PAR1, un récepteur activé par protéase et couplé aux protéines G liant le GTP (GPCR). La thrombine se lie et clive l’extrémité N-terminale du PAR1 entre l’Arg41 et la Ser42, exposant une nouvelle extrémité terminale qui agit elle-même comme un ligand. La thrombine et une séquence peptidique de cinq acides aminés, composée des résidus Ser42 à Arg46, nommée PAR1-AP, déclenchent dans diverses cellules de mammifères une réponse intracellulaire comportant une composante calcique. Dans cette étude, le système d’expression par baculovirus dans les cellules Sf9 d'insecte nous a permis d'exprimer le récepteur PAR1 du rat à la surface de ces cellules et de réaliser son couplage fonctionnel à leur signalisation intracellulaire (modèle rPAR1-Sf9). La composante calcique de celle-ci, en réponse au PAR1-AP, a ensuite été étudiée en détail à l’aide de la sonde fluorescente Fura-2 et de plusieurs inhibiteurs agissant sur les canaux calciques ou d'autres éléments de la cascade de signalisation du calcium intracellulaire. Lorsque le milieu extracellulaire contient du calcium (Ca2+), la thrombine ou PAR1-AP déclenchent un signal calcique qui consiste en une augmentation rapide de [Ca2+]i suivi d’un plateau relativement soutenu, puis d'un retour lent vers le niveau de base initial. En l'absence de Ca2+ dans le milieu extracellulaire, l'augmentation initiale rapide de [Ca2+]i est suivie d'un retour rapide vers le [Ca2+]i de base. À l’aide d’inhibiteurs de canaux calciques, tels que le lanthane, la nifédipine et le D-600, l'entrée du calcium du milieu extracellulaire dans les cellules est inhibée, abolissant le plateau soutenu de [Ca2+]i. L’inhibition de la pompe Ca2+-ATPase par la thapsigargine supprime la réponse au PAR1-AP après épuisement des sites de stockage de Ca2+intracellulaire. Le TMB-8 agit de façon discordante quant à l’inhibition de la libération de Ca2+ des sites de stockage intracellulaires. La réponse à PAR1-AP n’est pas affectée par le D-609, un inhibiteur de la phospholipase β. L’inhibition de la protéine kinase C (PKC) par le bisindolylmaléimide induit des oscillations en présence de Ca2+ extracellulaire et atténue fortement le signal calcique en absence de Ca2+ extracellulaire. En présence de Ca2+ extracellulaire, l’activation de la PKC par le PBDu tronque le flux de [Ca2+]i tandis que la réponse calcique est abolie en absence de Ca2+ dans le milieu extracellulaire. Le H-89, un inhibiteur de la protéine kinase A (PKA), cause une prolongation de la durée du plateau de [Ca2+]i dans un milieu riche en calcium et la suppression de la réponse à PAR1-AP lorsque le milieu extracellulaire est dépourvu de Ca2+. Les résultats obtenus nous permettent de conclure que la PKC et possiblement la PKA jouent un rôle critique dans la mobilisation du Ca2+ induite par le PAR1-AP dans le modèle rPAR1-Sf9.

La problématique de l'effectivité du droit de l'enfant à la santé et à l'éducation dans les situations de conflit armé interne en Afrique: réflexions à la lumière de la crise en Côte d'Ivoire

Avec l’entrée en vigueur de la Convention des droits de l’enfant (CDE) en 1990, la communauté internationale a formellement matérialisé sa volonté de faire des droits de l’enfant, des droits à protéger en tout temps. La CDE vient compléter le dispositif juridique mis en place par le droit international humanitaire (DIH) pour protéger lesdits droits en période de conflit et inspirera la Charte africaine des droits et bien-être de l’enfant. Les Etats s’engagent ainsi à en faire une réalité, quelles que soient les circonstances. Mais l’engagement juridique est confronté aux conflits armés internes qui remettent en cause les droits fondamentaux clairement énoncés, notamment le droit à la santé et à l’éducation et qui favorisent la violation de ces droits. Dans ce mémoire, nous nous sommes interrogés sur les éventuelles causes qui peuvent expliquer que les engagements juridiques ne soient pas politiquement traduits en réalité concrète. Il s’agit de vérifier si le dispositif juridique de protection ne porte pas en lui-même les germes de cette violation. Une autre hypothèse serait que l’absence de reconnaissance formelle de la responsabilité des groupes armés non étatiques impliqués dans ces conflits, en ce qui concerne le respect des droits pourrait être un élément qui favorise les violations. Ainsi, dans la première partie, après avoir retracé l’évolution historique et juridique de la reconnaissance des droits de l’enfant, nous nous sommes inscrits dans le contexte du conflit en Côte d’Ivoire entre 2002 et 2011, pour montrer les impacts des conflits armés internes sur la jouissance des droits de l’enfant, notamment à la santé et à l’éducation. La deuxième partie nous permet de relever d’une part, les insuffisances du dispositif de protection, les lacunes relatives à la non prise en compte formelle des entités armées non étatiques, et de faire des réflexions en termes de perspectives pour une meilleure effectivité du respect des droits de l’enfant en période de conflit armé non international, d’autre part.

Do romantic partners' responses to entry dyspareunia affect women's experience of pain? : the roles of catastrophizing and self-efficacy.

Introduction Entry dyspareunia is a sexual health concern which affects about 21% of women in the general population. Characterized by pain provoked during vaginal penetration, introital dyspareunia has been shown by controlled studies to have a negative impact on the psychological well-being, sexual function, sexual satisfaction, and quality of life of afflicted women. Many cognitive and affective variables may influence the experience of pain and associated psychosexual problems. However, the role of the partner's cognitive responses has been studied very little. Aim The aim of the present study was to examine the associations between partners' catastrophizing and their perceptions of women's self-efficacy at managing pain on one side and women's pain intensity, sexual function, and sexual satisfaction on the other. Methods One hundred seventy-nine heterosexual couples (mean age for women = 31, SD = 10.0; mean age for men = 33, SD = 10.6) in which the woman suffered from entry dyspareunia participated in the study. Both partners completed quantitative measures. Women completed the Pain Catastrophizing Scale and the Painful Intercourse Self-Efficacy Scale. Men completed the significant-other versions of these measures. Main Outcome Measures Dependent measures were women's responses to (i) the Pain Numeric Visual Analog Scale; (ii) the Female Sexual Function Index; and (iii) the Global Measure of Sexual Satisfaction scale. Results Controlled for women's pain catastrophizing and self-efficacy, results indicate that higher levels of partner-perceived self-efficacy and lower levels of partner catastrophizing are associated with decreased pain intensity in women with entry dyspareunia, although only partner catastrophizing contributed unique variance. Partner-perceived self-efficacy and catastrophizing were not significantly associated with sexual function or satisfaction in women. Conclusions The findings suggest that partners' cognitive responses may influence the experience of entry dyspareunia for women, pointing toward the importance of considering the partner when treating this sexual health problem.