The Development, Validation and Implementation of a Broad-Based ADME Genotyping Assay into Research and Clinical Trials

Afin d’adresser la variabilité interindividuelle observée dans la réponse pharmacocinétique à de nombreux médicaments, nous avons créé un panel de génotypage personnalisée en utilisant des méthodes de conception et d’élaboration d’essais uniques. Celles-ci ont pour but premier de capturer les variations génétiques présentent dans les gènes clés impliqués dans les processus d'absorption, de distribution, de métabolisme et d’excrétion (ADME) de nombreux agents thérapeutiques. Bien que ces gènes et voies de signalement sont impliqués dans plusieurs mécanismes pharmacocinétiques qui sont bien connues, il y a eu jusqu’à présent peu d'efforts envers l’évaluation simultanée d’un grand nombre de ces gènes moyennant un seul outil expérimental. La recherche pharmacogénomique peut être réalisée en utilisant deux approches: 1) les marqueurs fonctionnels peuvent être utilisés pour présélectionner ou stratifier les populations de patients en se basant sur des états métaboliques connus; 2) les marqueurs Tag peuvent être utilisés pour découvrir de nouvelles corrélations génotype-phénotype. Présentement, il existe un besoin pour un outil de recherche qui englobe un grand nombre de gènes ADME et variantes et dont le contenu est applicable à ces deux modèles d'étude. Dans le cadre de cette thèse, nous avons développé un panel d’essais de génotypage de 3,000 marqueurs génétiques ADME qui peuvent satisfaire ce besoin. Dans le cadre de ce projet, les gènes et marqueurs associés avec la famille ADME ont été sélectionnés en collaboration avec plusieurs groupes du milieu universitaire et de l'industrie pharmaceutique. Pendant trois phases de développement de cet essai de génotypage, le taux de conversion pour 3,000 marqueurs a été amélioré de 83% à 97,4% grâce à l'incorporation de nouvelles stratégies ayant pour but de surmonter les zones d'interférence génomiques comprenant entre autres les régions homologues et les polymorphismes sous-jacent les régions d’intérêt. La précision du panel de génotypage a été validée par l’évaluation de plus de 200 échantillons pour lesquelles les génotypes sont connus pour lesquels nous avons obtenu une concordance > 98%. De plus, une comparaison croisée entre nos données provenant de cet essai et des données obtenues par différentes plateformes technologiques déjà disponibles sur le marché a révélé une concordance globale de > 99,5%. L'efficacité de notre stratégie de conception ont été démontrées par l'utilisation réussie de cet essai dans le cadre de plusieurs projets de recherche où plus de 1,000 échantillons ont été testés. Nous avons entre autre évalué avec succès 150 échantillons hépatiques qui ont été largement caractérisés pour plusieurs phénotypes. Dans ces échantillons, nous avons pu valider 13 gènes ADME avec cis-eQTL précédemment rapportés et de découvrir et de 13 autres gènes ADME avec cis eQTLs qui n'avaient pas été observés en utilisant des méthodes standard. Enfin, à l'appui de ce travail, un outil logiciel a été développé, Opitimus Primer, pour aider pour aider au développement du test. Le logiciel a également été utilisé pour aider à l'enrichissement de cibles génomiques pour d'expériences séquençage. Le contenu ainsi que la conception, l’optimisation et la validation de notre panel le distingue largement de l’ensemble des essais commerciaux couramment disponibles sur le marché qui comprennent soit des marqueurs fonctionnels pour seulement un petit nombre de gènes, ou alors n’offre pas une couverture adéquate pour les gènes connus d’ADME. Nous pouvons ainsi conclure que l’essai que nous avons développé est et continuera certainement d’être un outil d’une grande utilité pour les futures études et essais cliniques dans le domaine de la pharmacocinétique, qui bénéficieraient de l'évaluation d'une longue liste complète de gènes d’ADME.

The distribution of k-tuples of reduced residues

En 1940, Paul Erdős énonça une conjecture sur la distribution des classes inversibles modulo un entier. La présente thèse étudie la distribution des k-uplets de classes inversibles propose une preuve de la conjecture d'Erdős étendue au cas des k-uplets.

On some Density Theorems in Number Theory and Group Theory

Gowers, dans son article sur les matrices quasi-aléatoires, étudie la question, posée par Babai et Sos, de l'existence d'une constante $c>0$ telle que tout groupe fini possède un sous-ensemble sans produit de taille supérieure ou égale a $c|G|$. En prouvant que, pour tout nombre premier $p$ assez grand, le groupe $PSL_2(\mathbb{F}_p)$ (d'ordre noté $n$) ne posséde aucun sous-ensemble sans produit de taille $c n^{8/9}$, il y répond par la négative. Nous allons considérer le probléme dans le cas des groupes compacts finis, et plus particuliérement des groupes profinis $SL_k(\mathbb{Z}_p)$ et $Sp_{2k}(\mathbb{Z}_p)$. La premiére partie de cette thése est dédiée à l'obtention de bornes inférieures et supérieures exponentielles pour la mesure suprémale des ensembles sans produit. La preuve nécessite d'établir préalablement une borne inférieure sur la dimension des représentations non-triviales des groupes finis $SL_k(\mathbb{Z}/(p^n\mathbb{Z}))$ et $Sp_{2k}(\mathbb{Z}/(p^n\mathbb{Z}))$. Notre théoréme prolonge le travail de Landazuri et Seitz, qui considérent le degré minimal des représentations pour les groupes de Chevalley sur les corps finis, tout en offrant une preuve plus simple que la leur. La seconde partie de la thése à trait à la théorie algébrique des nombres. Un polynome monogéne $f$ est un polynome unitaire irréductible à coefficients entiers qui endengre un corps de nombres monogéne. Pour un nombre premier $q$ donné, nous allons montrer, en utilisant le théoréme de densité de Tchebotariov, que la densité des nombres premiers $p$ tels que $t^q -p$ soit monogéne est supérieure ou égale à $(q-1)/q$. Nous allons également démontrer que, quand $q=3$, la densité des nombres premiers $p$ tels que $\mathbb{Q}(\sqrt[3]{p})$ soit non monogéne est supérieure ou égale à $1/9$.

Somatic Cell Therapy: A Genetic Rescue for a Tattered Immune System?

Étude de cas / Case study

Les écoles privées à projet religieux ou spirituel : analyse de trois «communautés» éducatives : juive, musulmane et Steiner : à Montréal

La légitimité des écoles privées fondées sur un projet religieux ou spirituel fait l’objet de débats épineux tant au Québec qu’ailleurs, depuis plusieurs années (chapitre 1). À la différence des nombreux travaux normatifs déjà produits sur ces questions, cette thèse propose une contribution empirique sur la réalité de certaines de ces écoles à Montréal. Notre objectif général consiste donc à comprendre comment la dimension religieuse ou spirituelle d'écoles privées de groupes ou courants minoritaires (juives, musulmanes, Steiner) se traduit dans les discours et pratiques de l'école. La mise en lien d’écoles abritant des projets éducatifs minoritaires de différentes natures vise par ailleurs à poser un regard plus large sur l’identité, ethnique ou religieuse. Après avoir analysé les trois écoles, nous examinons les différences ou convergences significatives entre elles. Puis, nous tentons de mieux comprendre comment leurs discours et leurs pratiques nous renseignent sur les attentes parallèles relatives à l’éducation en contexte libéral. Nous portons alors attention (chapitre 2) aux interactions entre le curriculum « séculier » et une perspective religieuse ou spirituelle, à la conception de l'autonomie dans la scolarisation, à la formation du citoyen et à la hiérarchisation des valeurs éducatives. En nous inspirant entre autres de Juteau (1999), nous considérons ces écoles comme des « communautés » éducatives. Notre démarche méthodologique (chapitre 3), d’inspiration ethnographique, s’articule autour d'observations participantes en 5e et en 6e année du primaire et en 1re et 2e année du secondaire (environ 3 jours par classe) et à plus de 45 entrevues, menées auprès des enseignants, des directions d’école et des parents d’élèves. Même si notre dispositif ne consiste pas à faire « émerger » une théorie, nous nous inspirons de la méthode de la « théorisation ancrée » pour analyser nos données. Le premier chapitre d’analyse (chapitre 4) illustre d’abord un cas relativement « pur » de communalisation, puisque l’école Steiner produit du spirituel sans forcément se situer dans un rapport de force avec d’autres groupes sociaux. Cela reflète donc comment une lignée identitaire peut être construite grâce à l’enracinement dans une tradition et une mémoire « créées» par l’école. L’école musulmane (chapitre 5) adapte plutôt les références associées à la religion de manière à constituer un « pont » entre la socialisation primaire et celle de la société d’accueil. On constate en effet que la direction et les enseignants de l’école ne réinventent pas la lignée croyante, mais ne la reproduisent pas non plus à l’identique. En ce qui concerne l’école juive (chapitre 6), elle permet surtout d’attester une communauté ethnoreligieuse extérieure. La tradition juive enseignée à l’école, souvent qualifiée de « traditionalisme non religieux » par les acteurs scolaires, présente donc peu de réinterprétations ou de transformations dans ce contexte scolaire. Un dernier chapitre d’analyse (chapitre 7), abordant les trois écoles dans une perspective comparative, met notamment en perspective comment ces trois institutions transmettent une culture identitaire et un style de vie débordant le cadre scolaire, qui englobent les croyances religieuses et/ou spirituelles, mais ne s’y réduisent pas.

L’expérience socioscolaire d’élèves montréalais originaires de l’Asie du Sud : dynamiques familiales, communautaires et systémiques

La recherche explore les dynamiques influençant la réussite scolaire des élèves montréalais originaires de l’Asie du Sud (Inde, Pakistan, Sri Lanka et Bangladesh) à l’école secondaire publique de langue française. En effet, au Québec, à cet ordre d’enseignement, parmi tous les élèves immigrants de différentes origines ethniques, ces élèves présentent le plus fort taux de décrochage et ce, même si l’on tient compte de leur départ élevé de la province avant l’âge de 15 ans et de leur fréquentation importante du secteur de l’éducation des adultes. Cette recherche vise, d’une part, à fournir une meilleure connaissance des dynamiques familiales, communautaires et scolaires qui influencent l’expérience socioscolaire et plus particulièrement, la réussite scolaire de ces élèves et, d’autre part, à identifier les moyens les plus appropriés et les plus efficaces pour amoindrir leurs difficultés. Les données ont été recueillies par le biais d’une méthode mixte, consistant en des entretiens approfondis auprès d’élèves d’origine sud-asiatique et de différents acteurs du paradigme éducatif (les parents, les intervenants scolaires et communautaires), et en un questionnaire anonyme adressé exclusivement aux parents sud-asiatiques. Les données ont été analysées selon un cadre où l’élève d’origine immigrée réussit plus ou moins à l’école sous l’influence de cinq types de facteurs : socioéconomiques, linguistiques, culturels, sociostructurels et systémiques. Les résultats de la recherche soulignent le rôle de l’élève comme acteur de sa réussite, tout en insistant sur l’impact des différents milieux qu’il fréquente. La famille est particulièrement interpellée quant à son projet migratoire, ses valeurs et ses pratiques, ainsi que ses ressources linguistiques, socioéconomiques et relationnelles. La communauté ethnique est aussi interpellée quant à son niveau de complétude institutionnelle. La recherche souligne également l’influence du système scolaire quant à ses politiques, programmes et encadrements éducatifs, mais aussi quant aux pratiques et dynamiques au sein de l’école. L’impact du contexte d’accueil et d’intégration des nouveaux arrivants et du climat des relations interethniques au sein de la société d’accueil sont également mis en relief. « Ça prend tout un village pour éduquer un enfant »! Plus précisément, selon les résultats de notre recherche, les défis des parents sud-asiatiques face à l’insertion au marché de l’emploi, leur méconnaissance du français et le fait que certaines valeurs sud-asiatiques soient parfois en contradiction avec les valeurs québécoises sont les principales dynamiques familiales qui nuisent à la réussite scolaire des élèves d’origine sud-asiatique à l’école québécoise de langue française. En ce qui concerne les dynamiques communautaires, la faiblesse institutionnelle de la communauté sud-asiatique et le petit nombre d’organismes à vocation scolaire ont également un impact important à cet égard. De plus, le classement problématique des élèves à leur arrivée dans le système scolaire québécois, les relations presque inexistantes entre l’école et les parents ainsi que certaines pratiques inadaptées à la réalité des élèves (liées aux services d’accueil et d’orientation) sont les principales dynamiques systémiques qui défavorisent l’intégration socioscolaire des élèves d’origine sud-asiatique, mais aussi celle de l’ensemble des élèves issus de l’immigration.

The Educational Experience of Students of Chinese Origin in a French-Speaking Context : the role of school, family, and community

Cette recherche vise à documenter l’expérience scolaire des élèves québécois d’origine chinoise à l’école secondaire de langue française et à examiner les dynamiques qui influencent la réussite scolaire de ces élèves. Elle s’intéresse plus précisément aux impacts des facteurs relatifs à l’école, à la famille immigrante, et à ceux de la communauté ethnique sur l’intégration de ces jeunes dans un contexte francophone. Les données ont été principalement recueillies à travers des entretiens semi-structurés approfondis auprès d’élèves d’origine chinoise et de différents acteurs du paradigme éducatif (parents, acteurs scolaires et intervenants communautaires). D’autres instruments, tels que l’analyse du contenu de documents et de médias, ont également été utilisés afin de fournir des informations contextuelles et d’enrichir les données d’entrevues. Les données ont été analysées selon un cadre théorique ouvert et inclusif où la réussite scolaire des élèves issus de l’immigration est mesurée en mettant l’accent sur l’influence de la maîtrise de la langue d’enseignement, du capital culturel et social de la famille et de la communauté immigrante, ainsi que des facteurs systémiques au niveau de l’école. Les résultats de cette étude dans trois écoles cibles montrent qu’en général les élèves d’origine chinoise connaissent une expérience positive, surtout en ce qui concerne leur performance scolaire en mathématiques et sciences. Cependant, les nouveaux arrivants ont tendance à éprouver des difficultés dans l’apprentissage du français et pour leur intégration sociale. En effet, le processus d’intégration socioscolaire des jeunes chinois est sous l’influence des différents milieux qu’ils fréquentent. À propos de l’influence des dynamiques scolaires, les résultats de la recherche indiquent qu’une relation maître-élève positive joue un rôle important dans la réussite éducative de ces élèves. Toutefois, l’insuffisance du soutien à l’apprentissage défavorise l’intégration linguistique et sociale des élèves nouvellement arrivés. Les données de cette étude soulignent notamment le rôle de la famille immigrante et de la communauté ethnique dans l’expérience scolaire de ces jeunes. D’une part, sous l’impact des dynamiques familiales, notamment ce qui à trait au projet migratoire, à la culture chinoise et à l’expérience pré- et post-migratoire, les parents immigrants chinois s’impliquent activement dans les études de leurs enfants, malgré des barrières linguistiques et culturelles. D’autre part, afin de surmonter les effets négatifs des faibles liens entretenus avec l’école de langue française, les parents chinois ont largement recours aux ressources au sein de la communauté ethnique, tels que les médias de langue chinoise, les organismes ethnospécifiques de services aux immigrants, l’école du samedi et les institutions religieuses ethniques. Ces institutions sociales ethniques contribuent à soutenir les valeurs culturelles, échanger des informations, établir des modèles pour les jeunes et à fournir des services appropriés en matière culturelle et linguistique.

Formes quadratiques ternaires représantant tous les entiers impairs

Les calculs numériques ont été effectués à l'aide du logiciel SAGE.

Structures linéaires dans les ensembles à faible densité

Réalisé en cotutelle avec l'Université Paris-Diderot.

Des bio-objets pour la bioéthique. Compte rendu de Bio-Objects: Life in the 21st Century

Compte-rendu / Review

L'Approximation diophantienne simultanée et l'optimisation discrète

Étant donnée une fonction bornée (supérieurement ou inférieurement) $f:\mathbb{N}^k \To \Real$ par une expression mathématique, le problème de trouver les points extrémaux de $f$ sur chaque ensemble fini $S \subset \mathbb{N}^k$ est bien défini du point de vu classique. Du point de vue de la théorie de la calculabilité néanmoins il faut éviter les cas pathologiques où ce problème a une complexité de Kolmogorov infinie. La principale restriction consiste à définir l'ordre, parce que la comparaison entre les nombres réels n'est pas décidable. On résout ce problème grâce à une structure qui contient deux algorithmes, un algorithme d'analyse réelle récursive pour évaluer la fonction-coût en arithmétique à précision infinie et un autre algorithme qui transforme chaque valeur de cette fonction en un vecteur d'un espace, qui en général est de dimension infinie. On développe trois cas particuliers de cette structure, un de eux correspondant à la méthode d'approximation de Rauzy. Finalement, on établit une comparaison entre les meilleures approximations diophantiennes simultanées obtenues par la méthode de Rauzy (selon l'interprétation donnée ici) et une autre méthode, appelée tétraédrique, que l'on introduit à partir de l'espace vectoriel engendré par les logarithmes de nombres premiers.

Whither RDS? An investigation of respondent driven sampling as a method of recruiting mainstream marijuana users.

Background: An important challenge in conducting social research of specific relevance to harm reduction programs is locating hidden populations of consumers of substances like cannabis who typically report few adverse or unwanted consequences of their use. Much of the deviant, pathologized perception of drug users is historically derived from, and empirically supported, by a research emphasis on gaining ready access to users in drug treatment or in prison populations with higher incidence of problems of dependence and misuse. Because they are less visible, responsible recreational users of illicit drugs have been more difficult to study. Methods: This article investigates Respondent Driven Sampling (RDS) as a method of recruiting experienced marijuana users representative of users in the general population. Based on sampling conducted in a multi-city study (Halifax, Montreal, Toronto, and Vancouver), and compared to samples gathered using other research methods, we assess the strengths and weaknesses of RDS recruitment as a means of gaining access to illicit substance users who experience few harmful consequences of their use. Demographic characteristics of the sample in Toronto are compared with those of users in a recent household survey and a pilot study of Toronto where the latter utilized nonrandom self-selection of respondents. Results: A modified approach to RDS was necessary to attain the target sample size in all four cities (i.e., 40 'users' from each site). The final sample in Toronto was largely similar, however, to marijuana users in a random household survey that was carried out in the same city. Whereas well-educated, married, whites and females in the survey were all somewhat overrepresented, the two samples, overall, were more alike than different with respect to economic status and employment. Furthermore, comparison with a self-selected sample suggests that (even modified) RDS recruitment is a cost-effective way of gathering respondents who are more representative of users in the general population than nonrandom methods of recruitment ordinarily produce. Conclusions: Research on marijuana use, and other forms of drug use hidden in the general population of adults, is important for informing and extending harm reduction beyond its current emphasis on 'at-risk' populations. Expanding harm reduction in a normalizing context, through innovative research on users often overlooked, further challenges assumptions about reducing harm through prohibition of drug use and urges consideration of alternative policies such as decriminalization and legal regulation.

Dénombrement dans les empilements apolloniens généralisés et distribution angulaire dans les extensions quadratiques imaginaires.

Cette thèse traite de deux thèmes principaux. Le premier concerne l'étude des empilements apolloniens généralisés de cercles et de sphères. Généralisations des classiques empilements apolloniens, dont l'étude remonte à la Grèce antique, ces objets s'imposent comme particulièrement attractifs en théorie des nombres. Dans cette thèse sera étudié l'ensemble des courbures (les inverses des rayons) des cercles ou sphères de tels empilements. Sous de bonnes conditions, ces courbures s'avèrent être toutes entières. Nous montrerons qu'elles vérifient un principe local-global partiel, nous compterons le nombre de cercles de courbures plus petites qu'une quantité donnée et nous nous intéresserons également à l'étude des courbures premières. Le second thème a trait à la distribution angulaire des idéaux (ou plutôt ici des nombres idéaux) des corps de nombres quadratiques imaginaires (que l'on peut voir comme la distribution des points à coordonnées entières sur des ellipses). Nous montrerons que la discrépance de l'ensemble des angles des nombres idéaux entiers de norme donnée est faible et nous nous intéresserons également au problème des écarts bornés entre les premiers d'extensions quadratiques imaginaires dans des secteurs.

« Les misérables »

Compte rendu critique de l'épopée musicale « Les misérables » d'Alain Boublil et de Claude-Michel Schônberg,inspirée de l'œuvre de Victor Hugo (mise en scène et adaptation : John Caird; parolier : Herbert Kretzmer; musique : Claude-Michel Schônberg; paroles : Alain Boublil (français) et Herbert Kretzmer (anglais); décors : John Napier; éclairages : David Hersey; costumes: Andreanne Neofitou. Avec Robert Marien (Jean Valjean), Peter Zinko (Inspecteut Javert), Louise Pitre (Fantine), François Godin (Enjolras), Frayne McCarthy (Marius), Martine Fugète (Cosette), Stéphanie Martin (Éponine), André Thérien (Thénardier), Mireille Thibault (Madame Thénardier), Gabriel Kakon et Andrew BauerGador (Gavroche), Clotilde Aras, Lily Russell et Adrienne Nye (Cosette enfant); et Dominique Blier, Marie-Claude Bourque-Hadad, Isabelle Corradi, Lisa Forget, Michelle Labonté, Sophie Lapierre, Julie Lafontaine, Linda Mailho, Eve Montpetit, Jasmine Roy, Paul Allard, Alexandre Beaulieu, Pierre Bénard, Norman-Robert Boie, Normand Carrière, Jean-Luke Côté, Sébastien Dhavernas, Daniel Jean, Pierre Ladouceur, Daniel Laflèche, Sylvain Landry, Joël Legendre, Mario Simard et Francis Sommer (la Troupe). Production de Cameron Mackintosh et d'Edwin et David Mirvish, présenrée au Théâtre Saint-Denis du 17 janvier au 23 juin 1991.

Representing Leigh Hunt’s Autobiography

That study attempted to elaborate the problematic of [Leigh Hunt's] position within the London literary and political scene between the years 1805 and1828, the contributions he made to British literature and journalism, and his public standing at the end of the romantic period. Since Hunt's life is obviously too complex to be rendered fully in any single study, the idea was not to attempt an exhaustive history, but rather to present a starting point for further inquiry into Hunt's career as a writer and public figure under the reign of Queen Victoria. [...]