The role of Caulobacter crescentus XerC and XerD recombinases in site-specific recombination

XerC et XerD, deux recombinases impliquées dans la recombinaison site spécifique, résolvent les multimères d’ADN en monomères. Cette réaction se produit au niveau du site dif du chromosome, et nécessite le domaine C-terminale de la protéine de division cellulaire FtsK. Caulobacter crescentus est une bactérie aquatique de type Gram-négative qui se retrouve dans plusieurs environnements. Elle présente un cycle cellulaire asymétrique avec deux types de cellules distinctes. Cette propriété peut être utilisée pour synchroniser la croissance d’une population bactérienne pour permettre l’étude de l’expression de gènes à travers le temps et les liens entre le cycle cellulaire et le développement de la bactérie. La liaison à l’ADN et la capacité de former des complexes covalents (phosphotyrosyl) avec le site dif de C. crescentus (ccdif) ont été testé pour les recombinases de C. crescentus (ccXerC et ccXerD). Les deux recombinases ont eu une meilleure liaison au demi-site gauche de ccdif et sont incapable d’effectuer une liaison coopérative, contrairement à ce qui se produit au niveau du site dif de E. coli. La formation de complexes covalents a été testé en utilisant des «substrats suicides avec bris» marqués à la fluorescence ainsi que des protéines de fusion (marquées ou non à la fluorescence). Des complexes ADN-protéines résistants à la chaleur et au SDS ont été observé lors de la réaction de ccXerC et ccXerD de type sauvage avec ccdif, mais pas lors de la réaction de mutants avec le même ADN. Des complexes covalents phosphotyrosine sont formés de façon plus efficace sur les substrats suicides avec un bris au niveau du brin supérieur que ceux ayant un bris au niveau du brin inférieur. Dans les deux cas, c’est ccXerC qui est resté lié de façon covalente à l’ADN de ccdif.

A zooarchaeological analysis of a late Dorset faunal assemblage from the KcFs-2 site (Nunavik, Quebec).

Ce mémoire consiste en une analyse zooarchéologique d’un assemblage faunique provenant d’un site Dorsétien des Îles Nuvuk dans l’Arctique canadien. Les données fauniques ont été analysées statistiquement en appliquant des indices d’utilité économique et des indices de densité des os. Une étude concernant le niveau de conservation de l’assemblage a révélé peu d’évidence de modification taphonomique des spécimens. Les analyses fauniques ont permis d’identifier une stratégie de subsistance de type généraliste et basée sur l’exploitation de mammifères marins, surtout des phoques annelés, pratiquée par les occupants du site de KcFs-2. Une prédominance d’individus immatures (phoques annelés) dans l’assemblage indique une abondance de ressources marines dans les régions du nord de la Baie d’Hudson et du détroit d’Hudson au moment de l’occupation, ce qui est aussi manifeste dans des études antérieures concernant les économies des peuples du Paléoesquimau tardif pour la période donnée. L’occupation du site de KcFs-2 s’est produite durant la période du Dorsétien récent au Nunavik (1500-800 B.P.), et la séquence est définie comme ayant été multi-saisonnière (de l’hiver à l’été). L’analyse des produits de l’industrie osseuse (têtes de harpons et sculptures en ivoire) a permis de confirmer l’affiliation culturelle des occupants.

Le Sylvicole inférieur au Méganticois : le cas du site Nepress (BiEr-21)

La découverte du site Nepress (BiEr-21) en 2004 et les saisons de fouilles subséquentes ont permis de découvrir de nombreux vestiges archéologiques. Ce mémoire a donc pour objectif de déterminer l’identité culturelle des occupants qui ont fréquenté le site, en prenant en considération les activités rituelles et la stratégie d’approvisionnement en matière lithique. Pour y parvenir, une analyse morpho-métrique de l’assemblage lithique a été effectuée. La distribution intra-site des artéfacts a également été prise en considération lors de l’analyse. Une séquence chronologique du Nord-Est américain remontant au Sylvicole inférieur est présentée dans ce mémoire. Une période d’occupation semble dominer sur le site Nepress, soit le Sylvicole inférieur. Cette manifestation est caractérisée par la présence d’artéfacts diagnostiques de la culture Meadowood. Ces objets sont un grattoir triangulaire bifacial Meadowood, ainsi qu’une imitation de pointe de type box-base.

L'occupation des monticules architecturaux au site Las Mercedes du Costa Rica : une étude de la variabilité stylistique de la céramique

Le site archéologique de Las Mercedes est situé sur le versant atlantique du Costa Rica. Ce site monumental est considéré comme le haut lieu d'une société hiérarchisée ayant une organisation sociopolitique complexe. Las Mercedes semble avoir été un centre administratif et cérémoniel dont l'apogée se situe entre 1000 et 1500 ans de notre ère. Notre mémoire porte sur la documentation d'assemblages céramiques extraits de contextes archéologiques stratigraphiques provenant notamment de deux monticules architecturaux. Notre projet se veut une contribution à une meilleure connaissance de Las Mercedes, selon une perspective diachronique d'affiliation culturelle et de séquences d'occupation. Les datations radiométriques provenant de l'assise des monticules convergent aux alentours de l'an 1000 de notre ère. D'autre part, les assemblages céramiques correspondant aux styles culturels El Bosque (500 avant notre ère à 500 de notre ère), La Selva (500-1000) et La Cabana (1000-1500) représentant une séquence temporelle d'environ deux millénaires. La présente étude vise à comprendre ce phénomène à l'aide des données provenant de l'intervention archéologique conduite, en 2005, conjointement par le Museo Nacional du Costa Rica et l'Université de Montréal. Les assemblages sont décrits selon des attributs technologiques, morphologiques et stylistiques en vue d'en faire une étude comparative et interprétative. Les résultats de notre recherche suggèrent qu'indépendamment des contextes archéologiques, les assemblages ont un composition hétérogène formée des trois styles culturels. Par ailleurs, le modèle présente un certain caractère homogène. Ainsi, les assemblages se composent de façon récurrente de 12% de céramique El Bosque, 55 % La Selva et 33 % La Cabana. Une interprétation parcellaire peut être soutirée de ce mélange céramique. L'amalgame des styles culturels témoignent que Las Mercedes a connu une longue occupation, toutefois les résultats ne permettent pas de confirmer ou d'infirmer nos hypothèses de travail.

L’occupation amérindienne tardive du site Rioux (DaEi-19), île Verte : iroquoienne ou algonquienne?

Ce projet de recherche a comme objectif général de déterminer l’identité culturelle des occupants amérindiens qui se sont établis sur le site Rioux (DaEi-19), île Verte, au cours du Sylvicole supérieur tardif. Plusieurs groupes culturels sont reconnus pour avoir transité dans la région de l’estuaire du Saint-Laurent pendant cette période, dont les Iroquoiens du Saint-Laurent, les Malécites, les Mi’kmaq et les Innus (Montagnais). Il est depuis longtemps accepté que les Stadaconiens se rendaient régulièrement dans l’estuaire et le golfe pour y exploiter les ressources marines et y faire la guerre. L’influence de ce groupe sur les Algonquiens de la région, et vice versa, fait encore l’objet de débats. L’identité culturelle des Amérindiens qui ont occupé les sites à caractère iroquoïde dans l’estuaire est toujours une question délicate, puisque les nombreux échanges ont pu, de part et d’autre, transformer la culture matérielle des différents groupes. La méthodologie préconisée pour répondre à la question de l’identité culturelle est une approche holistique dans laquelle nous avons mis à contribution une foule d’informations provenant de diverses sources archéologiques et ethnohistoriques. Ce projet nous a permis de proposer que de petits groupes iroquoiens du Saint-Laurent se soient arrêtés au site Rioux pour y exploiter intensivement les ressources de la mer au cours du Sylvicole supérieur tardif. Bien que la recherche n’ait pas permis d’établir la présence d’un groupe algonquien sur place, l’influence algonquienne se fait toutefois sentir dans les matières premières utilisées sur le site. Ceci laisse croire que les Iroquoiens du site Rioux, et de la Côte-Sud en général, n’étaient pas intrusifs à la région et qu’ils participaient à un important réseau d’échange avec les Algonquiens des provinces maritimes. Notre projet de recherche nous a aussi permis de constater les limites de notre méthodologie et de critiquer l’approche archéologique classique basée essentiellement sur l’identification stylistique, la typologie et l’identification macroscopique.

Développement de modulateurs allostériques peptidiques inhibiteurs de l’activité des récepteurs de l’interleukine 1 et de la vasopressine

L’approche Module X a été créée dans le but de concevoir de petits peptides modulateurs ayant des propriétés allostériques. Module X reproduit de petites parties des portions extracellulaires flexibles des récepteurs. Ces petits peptides vont interagir en s’interposant entre deux sous unités ou entre deux régions de la même sous-unité qui interagissent par des liens hydrogènes, des ponts salins ou des liens disulfure. Ces régions sont spécialement choisies à l’extérieur du domaine de liaison du ligand orthostérique et sont situées dans les régions inter domaines, la portion juxta membranaire ou dans les boucles. Étant donné que les boucles sont exposées durant les changements de conformation, une séquence peptidique reproduisant certaines régions de ces boucles pourrait s’insérer à un endroit approprié dans la structure où se lier à son partenaire de signalisation dans le complexe protéique, ce qui aurait comme effet de déplacer l’équilibre de l’ensemble vers un état particulier et modulerait ainsi la signalisation. De cette façon, certaines voies de signalisation pourraient être partiellement inhibées tandis que d’autres voies ne seraient pas touchées puisque le ligand orthostérique pourrait toujours se lier au récepteur. Dans une première étude, nous avons conçu des peptides inhibiteurs du récepteur de l’interleukine 1 (IL-1R/IL-1RAcP) plus précisément en reproduisant des régions flexibles de la protéine accessoire, sous-unité signalisatrice du récepteur. IL-1 est un médiateur majeur de l’inflammation, mais le seul antagoniste disponible est l’analogue naturel de IL-1, IL-1Ra qui compétitionne avec IL-1 pour le site de liaison sur le récepteur. Nous avons conçu plusieurs peptides à partir des boucles de la protéine accessoire. Un de ces peptides, rytvela (101.10) a démontré des propriétés de non-compétitivité et de sélectivité fonctionnelle caractéristiques des modulateurs allostériques. 101.10 bloque la prolifération des thymocytes et la synthèse de PGE2 avec un IC50 de 1 nM mais une efficacité de 100 % et 45 % respectivement et ne déplace pas IL-1 radioactif dans des essais de radioliaisons. De plus, 101.10 n’a qu’un effet minime sur l’affinité de IL-1 pour son récepteur. 101.10 démontre, de plus, une activité inhibitrice in vivo dans des modèles d’inflammation de l’intestin chez le rat (efficacité supérieure aux corticostéroïdes et à IL-1Ra) et de dermatite chez la souris de même que dans un modèle d’hyperthermie induite par IL-1. La deuxième étude démontre que Module X peut être utilisé pour concevoir des inhibiteurs pour une autre grande famille de récepteurs : les récepteurs couplés aux protéines G. La vasopressine joue un rôle important dans l’équilibre hydro-osmotique et un moindre rôle dans la vasomotricité. Six peptides ont été conçus à partir de régions juxta membranaires du récepteur de la vasopressine V2R. Le peptide le plus actif, VRQ397 (IC50 = 0,69 nM dans un modèle de vasorelaxation du crémastère), a démontré de la sélectivité fonctionnelle en inhibant la synthèse de prostacycline mais sans inhiber l’activation de la protéine Gs et la génération d’ AMP cyclique. Le peptide VRQ397 ne pouvait déplacer le ligand naturel AVP marqué radioactivement; de même VRQ397 radioactif ne se liait que sur V2R et non pas sur d’autres récepteurs de la même famille tel que V1R (récepteur de la vasopressine de type I). Ces études décrivent la caractérisation de petits peptides modulateurs de la signalisation de IL-1R et V2R et présentant des propriétés de modulateurs allostériques.

Le système de recombinaison site-spécifique dif/Xer de Campylobacter jejuni

Chez les bactéries à chromosome circulaire, la réplication peut engendrer des dimères que le système de recombinaison site-spécifique dif/Xer résout en monomères afin que la ségrégation des chromosomes fils et la division cellulaire se fassent normalement. Ses composants sont une ou deux tyrosines recombinases de type Xer qui agissent à un site de recombinaison spécifique, dif, avec l’aide de la translocase FtsK qui mobilise l’ADN au septum avant la recombinaison. Ce système a été d’abord identifié et largement caractérisé chez Escherichia coli mais il a également été caractérisé chez de nombreuses bactéries à Gram négatif et positif avec des variantes telles que les systèmes à une seule recombinase comme difSL/XerS chez Streptococcus sp et Lactococcus sp. Des études bio-informatiques ont suggéré l’existence d’autres systèmes à une seule recombinase chez un sous-groupe d’ε-protéobactéries pathogènes, dont Campylobacter jejuni et Helicobacter pylori. Les acteurs de ce nouveau système sont XerH et difH. Dans ce mémoire, les premières recherches in vitro sur ce système sont présentées. La caractérisation de la recombinase XerH de C. jejuni a été entamée à l’aide du séquençage de son gène et de tests de liaison et de clivage de l’ADN. Ces études ont montré que XerH pouvait se lier au site difSL de S. suis de manière non-coopérative : que XerH peut se lier à des demi-sites de difSL mais qu’elle ne pouvait, dans les conditions de l’étude effectuer de clivage sur difSL. Des recherches in silico ont aussi permis de faire des prédictions sur FtsK de C. jejuni.

Intégration de la pensée cycle de vie aux études d'impacts : cas du site minier Raglan

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Zooarchéologie des camélidés du site Moche Guadalupito, Secteur urbain (Guad-112) au Pérou.

Cette étude vise à comprendre quelle était la place des camélidés chez les Moche du centre urbain de Guadalupito de la vallée de Santa au Pérou. Les données ostéologiques analysées ont été obtenues grâce aux travaux effectués par le projet archéologique PSUM (Proyecto Santa de la Universidad de Montreal) de l’Université de Montréal. Dans ce document, une synthèse concernant les Moche de la côte nord du Pérou est d’abord présentée. Puis, il sera question de décrire le site archéologique Guadalupito et d’effectuer des observations concernant les camélidés d’Amérique du sud. Ce sont surtout les données zooarchéologiques qui ont été considérées pour répondre aux questions de recherche de ce travail. La céramique, les fibres de camélidés et les données ethnohistoriques ainsi qu’ethnographiques concernant les camélidés ont également été sujets à quelques observations afin de pouvoir répondre aux questions de recherche de manière holistique. Les résultats ont dévoilé qu’une grande quantité des camélidés du centre urbain de Guadalupito ont été exploités pour leur viande. Les camélidés constituaient une denrée alimentaire de base pour les gens qui fréquentaient les secteurs associés à l’élite. Plusieurs autres camélidés ont été utilisés comme animal de charge, car ils sont morts à un âge plus avancé. Aussi, il y avait des échanges entre la côte et la sierra, car de la laine tissé selon un style de la sierra a été trouvée. Certains camélidés étaient également utilisés lors de rituel et/ou pour leur cuir. Les lamas offraient une source stable de protéines, car ces animaux étaient sous le contrôle des Moche. Enfin, le camélidé a été le mammifère le plus polyvalent avant l’arrivée des animaux en provenance de l’Europe et il a représenté un moyen de transport et une source de nourriture fiable et significative chez les Moche.

Originalité culturelle au Sylvicole moyen sur le site de Pointe-du-Gouvernement, Haut-Richelieu, Québec

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Les occupations du site Nebessis (BiEr-3) : une approche palethnographique

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

La monumentalité des ensembles architecturaux au site Las Mercedes : une étude volumétrique des couts énergétiques

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Étude archéozoologique des restes fauniques des unités aurignaciennes F, G et H du site de Siuren-I, Crimée (Ukraine)

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Évaluation des facteurs de risque d'infection du site opératoire en chirurgie mammaire

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Efficacité d'espèces ligneuses en symbiose mycorhizienne arbusculaire pour la phytoremédiation d'un site urbain contaminé

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal