La tagatose-1,6-bisphosphate aldolase et la fructose-1,6-bisphosphate aldolase de classe I : mécanisme et stéréospécificité

La tagatose-1,6-biphosphate aldolase de Streptococcus pyogenes est une aldolase qui fait preuve d'un remarquable manque de spécificité vis à vis de ses substrats. En effet, elle catalyse le clivage réversible du tagatose-1,6-bisphosphate (TBP), mais également du fructose-1,6-bisphosphate (FBP), du sorbose-1,6-bisphosphate et du psicose-1,6-bisphosphate, quatre stéréoisomères, en dihydroxyacétone phosphate (DHAP) et en glycéraldéhyde-3-phosphate (G3P). Aldolase de classe I, qui donc catalyse sa réaction en formant un intermédiaire covalent obligatoire, ou base de Schiff, avec son susbtrat, la TBP aldolase de S. pyogenes partage 14 % d’identité avec l’enzyme modèle de cette famille, la FBP aldolase de muscle de mammifère. Bien que le mécanime catalytique de la FBP aldolase des mammifères ait été examiné en détails et qu’il soit approprié d’en tirer des renseignements quant à celui de la TBP aldolase, le manque singulier de stéréospécificité de cette dernière tant dans le sens du clivage que celui de la condensation n’est toujours pas éclairci. Afin de mettre à jour les caractéristiques du mécanisme enzymatique, une étude structurale de la TBP aldolase de S. pyogenes, un pathogène humain extrêmement versatile, a été entreprise. Elle a permis la résolution des structures de l’enzyme native et mutée, en complexe avec des subtrats et des inhibiteurs compétitifs, à des résolutions comprises entre 1.8 Å et 2.5 Å. Le trempage des cristaux de TBP aldolase native et mutante dans une solution saturante de FBP ou TBP a en outre permis de piéger un authentique intermédiaire covalent lié à la Lys205, la lysine catalytique. La determination des profils pH de la TBP aldolase native et mutée, entreprise afin d'évaluer l’influence du pH sur la réaction de clivage du FBP et TBP et ìdentifier le(s) résidu(s) impliqué(s), en conjonction avec les données structurales apportées par la cristallographie, ont permis d’identifier sans équivoque Glu163 comme résidu responsable du clivage. En effet, le mode de liaison sensiblement différent des ligands utilisés selon la stéréochimie en leur C3 et C4 permet à Glu163, équivalent à Glu187 dans la FBP aldolase de classe I, d’abstraire le proton sur l’hydroxyle du C4 et ainsi d’amorcer le clivage du lien C3-C4. L’étude du mécanimse inverse, celui de la condensation, grâce par exemple à la structure de l’enzyme native en complexe avec ses substrats à trois carbones le DHAP et le G3P, a en outre permis d’identifier un isomérisme du substrat G3P comme possible cause de la synthèse des isomères en C4 par cette enzyme. Ce résultat, ainsi que la decouverte d’un possible isomérisme cis-trans autour du lien C2-C3 de la base de Schiff formée avec le DHAP, identifié précedemment, permet de cerner presque complètement les particularités du mécanisme de cette enzyme et d’expliquer comment elle est capable de synthétiser les quatres stéréoisomères 3(S/R), 4(S/R). De plus, la résolution de ces structures a permis de mettre en évidence trois régions très mobiles de la protéine, ce qui pourrait être relié au rôle postulé de son isozyme chez S. pyogenes dans la régulation de l’expression génétique et de la virulence de la bactérie. Enfin, la résolution de la structure du mutant Lys229→Met de la FBP aldolase de muscle en complexe avec la forme cyclique du FBP, de même que des études cristallographiques sur le mutant équivalent Lys205→Met de la TBP aldolase de S. pyogenes et des expériences de calorimétrie ont permis d’identifier deux résidus particuliers, Ala31 et Asp33 chez la FBP aldolase, comme possible cause de la discrimination de cette enzyme contre les substrats 3(R) et 4(S), et ce par encombrement stérique des substrats cycliques. La cristallographie par rayons X et la cinétique enzymatique ont ainsi permis d'avancer dans l'élucidation du mécanisme et des propriétés structurales de cette enzyme aux caractéristiques particulières.

Égarements. Amour, mort et identités numériques

Êtes-vous prêt à partir en voyage? Une quête qui a pour but de répondre à une question qui d’universelle finit par sembler banale. Un voyage à la recherche de nos identités. Qui suis-je? Ou plutôt : c’est quoi, moi? Ici ni carte, ni plan. A l’écart des sentiers battus, il nous faudra naviguer jusqu’à l’égarement, à l’affût des traces que chacun laisse. L’égarement est la condition de possibilité de ce parcours. Sur ce chemin qui n’en est pas un, quelques étapes indispensables : l’amour, la mort. Comment contribuent-ils à produire notre identité? De cet égarement en naîtra un second, en apparence bien plus dépaysant, celui qui nous mènera à parcourir l’espace virtuel engendré par nos existences numériques. C’est ici semble-t-il, entre profils, pseudonymes, avatars et traces numériques, que se joue aujourd’hui le jeu de l’identité.

Les algorithmes de l’amour

Online dating systems (ODS) have had a central role in our social practices for many years. How can we analyze this phenomenon? How can we understand it? The point is not to know whether or not these services are actually able to facilitate relationship formation, but rather to understand what kinds of values the ODS are based upon and what kinds of values they produce. In other words, it is crucial to understand what ideas of love these platforms are proposing. This paper will focus on the ODS that explicitly have the goal of giving their clients the possibility of meeting someone with whom they can have a love affair or a durable romance. This paper aims to analyze how love is defined according to the ODS algorithms’ rules.

Dibutade 2.0 : la "femme-auteur" à l'ère du numérique

Prenant le parti d’étudier la culture numérique émergente selon des rapports de continuité plutôt que de rupture, cet article envisage la question de l’auctorialité féminine sur le web au regard du mythe antique de Dibutade. Il semble en effet que Dibutade, en sa qualité de figure fondatrice de nombreuses pratiques artistiques, nous permet de porter un éclairage tout à fait intéressant sur la façon dont certaines bloggeuses affirment leur statut de femme auteur, jouant rôle majeur et moteur dans l’émergence et la reconnaissance d’une littérature numérique (conçue en ligne, publiée en ligne). Les analyses conduites dans cet article entendent souligner le potentiel esthétique de certaines pratiques d’écriture en ligne souvent ignorées par les études littéraires : les profils Facebook, les blogues érotiques voire pornographiques.

"Âme et iPad" de Maurizio Ferraris

Compte rendu critique du livre « Âme et iPad » de Maurizio Ferraris (Les Presses de l'Université de Montréal, coll. Parcours numériques, 2014).

Après le dernier clic : que signifie mourir sur le web ?

L’expérience de la mort sur le web révèle un paradoxe évident, celui de sites ou de profils abandonnés par leurs ’propriétaires’, des pages qui deviennent alors des cadavres numériques, leur définitive inactivité équivalant à la mort. Il s’agit cependant d’une mort qui ne correspond pas à une disparition. Au contraire, nous sommes devant une mort temporaire, qui continue à être visible même si tout processus d’écriture, l’écriture polymorphe au fondement de notre existence numérique, s’est arrêté.

Safety check : réseaux numériques et sentiment de sécurité

La fonction de contrôle d’absence de danger ("safety check") activée par Facebook lors des attentats terroristes à Paris, nous a permis d’accéder à un ultérieur niveau d’intimité, nous entrelaçant encore une fois de plus au réseau dont nous faisons partie et qui fait autant partie de nous. Le rôle assumé par la plateforme de Zuckerberg pendant cette nuit de terreur pose autant de questions philosophiques sur la relation entre individuel et collectif que de problèmes politiques sur l’institutionnalisation d’une entreprise privée, forte d’une infrastructure transversale aux limites de l’appartenance nationale de tout un chacun, et qui aujourd’hui, hors du web, n’a pas de compétiteurs dans une capacité de plus en plus cruciale : celle de nous saisir en tant qu'éléments d’un réseau.

Toujours en ligne sur Facebook, ou l'utopie d'une absence

Aujourd'hui, Facebook est vraiment ennuyeux. Il n'y a rien, rien de rien, rien du tout. Une amie voyage seule en Écosse et publie les photos de ses repas : hier elle a pris du bacon au petit-déjeuner, aujourd'hui aussi. Un ami se marie après dix ans de fiançailles, les invités le congratulent en écrivant presque tous la même chose : félicitations, vous êtes merveilleux ! Il y a l'ami qui s'inquiète pour son chien malade, celui qui a acheté une nouvelle voiture et celui qui craint de rater son examen à la Fac. Il n'y a que cela aujourd'hui? Ce n'est que ça la vie? Non, pas seulement ça : un ami dit aussi qu'il fait chaud et qu'il n'a pas bien dormi cette nuit, un autre a beaucoup bu hier soir et a mal à la tête, un autre encore réfléchit sur le temps qui passe en regardant une photo de l'école maternelle. Il y a aussi celui qui dédie une chanson à sa copine et celui qui adhère bien ému à la commémoration pour les soldats morts en Afghanistan. C'est pratiquement tout pour aujourd'hui, ça suffit. [...]