Algorithmes pour la réconciliation d’un arbre de gènes avec un arbre d’espèces

Une réconciliation entre un arbre de gènes et un arbre d’espèces décrit une histoire d’évolution des gènes homologues en termes de duplications et pertes de gènes. Pour inférer une réconciliation pour un arbre de gènes et un arbre d’espèces, la parcimonie est généralement utilisée selon le nombre de duplications et/ou de pertes. Les modèles de réconciliation sont basés sur des critères probabilistes ou combinatoires. Le premier article définit un modèle combinatoire simple et général où les duplications et les pertes sont clairement identifiées et la réconciliation parcimonieuse n’est pas la seule considérée. Une architecture de toutes les réconciliations est définie et des algorithmes efficaces (soit de dénombrement, de génération aléatoire et d’exploration) sont développés pour étudier les propriétés combinatoires de l’espace de toutes les réconciliations ou seulement les plus parcimonieuses. Basée sur le processus classique nommé naissance-et-mort, un algorithme qui calcule la vraisemblance d’une réconciliation a récemment été proposé. Le deuxième article utilise cet algorithme avec les outils combinatoires décrits ci-haut pour calculer efficacement (soit approximativement ou exactement) les probabilités postérieures des réconciliations localisées dans le sous-espace considéré. Basé sur des taux réalistes (selon un modèle probabiliste) de duplication et de perte et sur des données réelles/simulées de familles de champignons, nos résultats suggèrent que la masse probabiliste de toute l’espace des réconciliations est principalement localisée autour des réconciliations parcimonieuses. Dans un contexte d’approximation de la probabilité d’une réconciliation, notre approche est une alternative intéressante face aux méthodes MCMC et peut être meilleure qu’une approche sophistiquée, efficace et exacte pour calculer la probabilité d’une réconciliation donnée. Le problème nommé Gene Tree Parsimony (GTP) est d’inférer un arbre d’espèces qui minimise le nombre de duplications et/ou de pertes pour un ensemble d’arbres de gènes. Basé sur une approche qui explore tout l’espace des arbres d’espèces pour les génomes considérés et un calcul efficace des coûts de réconciliation, le troisième article décrit un algorithme de Branch-and-Bound pour résoudre de façon exacte le problème GTP. Lorsque le nombre de taxa est trop grand, notre algorithme peut facilement considérer des relations prédéfinies entre ensembles de taxa. Nous avons testé notre algorithme sur des familles de gènes de 29 eucaryotes.

La capacité d'action collective des populations marginalisées dans le cadre des stratégies de lutte pour la reconnaissance : les cas de Cité de l'Éternel à Port-au-Prince (Haïti) et de la Sierra Santa Catarina (Mexico)

Cette thèse analyse la capacité d’action collective des populations marginalisées situées respectivement dans un bidonville appelé Cité de l’Éternel à Port-au-Prince (Haïti) et dans des campements à la Sierra Santa Catarina, Iztapalapa (Mexico). À Port-au-Prince, avant la chute de la dictature des Duvalier, des «tontons macoutes» envahirent un terrain situé en bordure du quai de la capitale, près du boulevard Harry Truman. Après s’y être installés, ils ont procédé à la vente de parcelles destinées à la construction de logement à des particuliers. Mais après la chute de Jean-Claude Duvalier, en 1986, des gens de la populace en ont profité pour envahir ce qui restait de ces terrains marécageux. Après l’occupation, ils se sont organisés pour défendre collectivement leur propriété avant d’entreprendre, par la suite, des démarches pour y amener des services et obtenir la régularisation de leur situation sur ces territoires. À la Sierra Santa Catarina, des populations conduites par des militants d’un Front populaire ont occupé des terrains situés au pied d’une montagne de sable afin d’accéder à la propriété et de construire leur demeure. À l’instar des populations de la Cité, ces gens se sont organisés pour aménager des espaces, y ériger des logements provisoires, monter la garde afin de ne pas être déguerpis par les forces de police. Tout en travaillant pour accéder à leur manière aux services de base, elles entreprennent des actions auprès des institutions publiques afin d’obtenir la régularisation de leur situation. Par rapport à la capacité d’action collective de ces populations, les théories sociologiques sont divisées. D’un côté, certains auteurs soutiennent la thèse de l’incapacité de ces populations d’avoir des intérêts collectifs et d’agir en conséquence. Selon eux, sans une médiation sociale ou à défaut d’une agrégation et d’une représentation politiques, ces populations sont incapables d’avoir une subjectivité collective. De l’autre, des auteurs pensent qu’à partir des liens d’amitié de parenté et de voisinage, indépendamment de leurs situations socioéconomiques, ces populations peuvent créer des stratégies de subsistance et de luttes qui leur permettent de trouver des solutions à des problèmes tant individuels que collectifs. S’agissant des populations qui envahissent des terrains en milieu urbain pour habiter, les actions de ces gens là sont définis déjà comme une forme d’action collective inscrite dans des rapports sociaux qui se caractérisent par la différenciation entre les groupes sociaux dans l’accès à la propriété. Ainsi, leurs revendications de reconnaissance et de régularisation auprès des instances étatiques sont déterminées par leur mode d’accès aux biens et aux richesses inégalement réparties en Haïti et au Mexique. Les populations des deux territoires ont entrepris diverses démarches auprès de certaines institutions et réalisé des actions collectives soit pour amener des services de base tels que l’eau et l’électricité, soit pour obtenir de l’État la reconnaissance des territoires envahis, c’est-à-dire leur jonction à la cartographie de la ville. Cette reconnaissance implique non seulement l’installation des services réguliers au bénéfice de la population mais aussi l’octroi à chaque propriétaire de son titre de propriété. Si dans le cas de la Sierra Santa Catarina les démarches sont entreprises auprès des institutions publiques, dans celui de Port-au-Prince, ce sont les ONG ou les agence de coopération qui sont touchées et qui fournissent certains services à la population conformément à la priorité de leurs bailleurs de fonds. Les interventions auprès de l’État se font plutôt dans le but d’obtenir une autorisation de fonctionnement d’une association locale. Il ressort des approches théoriques et des actions collectives réalisées par ces populations qu’on ne peut pas dire qu’elles sont incapables d’avoir une subjectivité collective et des intérêts communs sans une agrégation et une représentation politique. À partir de différents liens entre les individus, des associations sont créées lesquelles permettent d’établir une médiation entre les populations et d’autres organismes. Dans le cas des campements, les actions collectives sont certainement mises à contribution par quelques leaders. Cela participe de toute une tradition politique au Mexique. Néanmoins, dans certains campements, des populations parviennent à tenir tête jusqu’à révoquer certains leaders. Au-delà de leur situation socioéconomique, de l’emprise de certains dirigeants de campement, de l’indifférence de l’État (dans le cas de Port-au-Prince, notamment), ces populations font preuve d’une étonnante capacité critique de leur situation tant dans leurs relations avec les dirigeants des associations et des campements que par rapport à l’État. Ceci pourrait soulever des doutes quant à la possibilité qu’elles soient réellement ou inconsciemment manipulées. Cela suggère la possibilité d’actions collectives autonomes de portée critique là où les circonstances le permettent Mots clés : Marginalisation, action collective, reconnaissance, Débrouille, capacité critique, bidonvilles, instrumentalisation politique, reconnaissance fragmentée.

Systématisation du contenu théologique de l’expression « nouvelle évangélisation » à la lumière de la théologie pastorale de Jean-Paul II

Polarisé par l’événement du jubilé de l’an 2000, Jean-Paul II, tout au long de son pontificat, achemine l’Église catholique dans un long pèlerinage vers le IIIe millénaire de l’humanité. À l’aube du XXIe siècle, avec le contenu théologique du concile Vatican II pour boussole fiable, le pape polonais arbore une vision pastorale originale marquée par l’expression « nouvelle évangélisation ». Reprise de l’épiscopat d’Amérique latine, cette expression devient ainsi son emblème et son fer de lance durant les quelque 27 années de son pontificat. Largement récupérée par maints milieux ecclésiaux, l’expression méritait qu’on en produise une étude systématique à la lumière de la théologie pastorale de celui qui en a été le divulgateur privilégié. Pour ce faire, nous avons choisi comme texte fondateur à notre étude sa lettre apostolique Tertio Millennio Adveniente publiée en 1994, en raison de la vision pastorale qui s’en dégage à l’aube de l’an 2000. Ce texte, qui couvre la période du concile Vatican II jusqu’à l’entrée de l’Église catholique dans le IIIe millénaire, définit le cadre temporel de notre recherche. Par ailleurs, il nous permet de retenir trois référents théologiques pour conduire notre étude. Nous les analysons et nous en conduisons une synthèse théologique à travers trois regards synoptiques qui acheminent progressivement la thèse vers sa conclusion. Le premier référent théologique retenu est l’exhortation apostolique Evangelii Nuntiandi du pape Paul VI ; le deuxième référent est l’ouvrage de Karol Wojtyla Aux sources du renouveau ; le troisième référent est l’exhortation postsynodale Ecclesia in America. Avec une démarche herméneutique justifiée, et par la synthèse de ces référents théologiques, trois aboutissants voient le jour. Le premier regarde l’application pastorale du concile Vatican II : dans un regard pastoral justifié par une anthropologie définie, le pasteur articule les constitutions Lumen Gentium et Gaudium et Spes pour proposer une praxis pastorale. Le second aboutissant parle alors de la notion de la créativité de la foi. Cette créativité de la foi se décline, elle, dans les médiations culturelles – troisième aboutissant – qui s’articulent elles-mêmes autour des concepts d’attitudes et de dialogue wojtylien. La critique proposée en conclusion de thèse porte directement sur l’anthropologie proposée par Jean-Paul II sous-jacente à chacun de ces trois aboutissants.

Espace et récit : l’inscription des temps dans la ville : parcours stochastiques chez Julio Cortázar

De la mouvance du récit contemporain fragmenté, labyrinthique, se dégage un rapport significatif entre les personnages du récit et les lieux dans lesquels ils gravitent : lieux comme figures diverses et discontinues de l’histoire et des mythes y étant inscrits. Cette construction interactive entre lieu et sujet fait intervenir l’espace comme primordial, et, ainsi, redéfinit l’importance du temps dans l’écrit. Le temps n’adviendrait plus seulement dans le « raconté », comme le suggère Ricœur, mais dans les strates successives de son inscription dans les lieux : le lieu est vécu comme art combinatoire des expériences qui s’y rattachent. C’est par le projet continuel et imparfait du sujet à se situer, plus spécifiquement ici dans la ville et dans celles auxquelles il s’identifie, que surgit l’expression du récit. À travers trois œuvres de Julio Cortázar, le temps sera pensé comme une modalité de fragments « empilables », inscrite dans les lieux signifiants, qui saura émerger au conscient par l’entremise de la porosité de la ville, de sa capacité à susciter des « sauts », des passages. Ce qui lie les espaces architectoniques et le temps qui s’y imprime au sujet qui doit se dire pour exister, mettre en récit afin d’unifier les parties discontinues de son être, émergera dans le « devenir en mouvement », superposition du récit et de l’expérience réelle, par les tropes cortazariens de l’expérimentation, jeu, passage et langage. Là surgira dans l’acte créatif une dynamique spécifique à la ville qui envahit et guide le sujet: sa singularité plurielle.

Le cycle des astres : oeuvre de création suivi d'un essai sur la mise en récit du quotidien

La matière-source du Cycle des astres est une écriture du présent consignée à la volée, des instantanés du quotidien qui laisse trace dans une écriture-temps aux formes hétéroclites. À la fois inscription du présent et trace du passé, la double temporalité des textes participe à la construction narrative d’une œuvre de création où coexistent premiers jets, poésie et autographie, et à l’articulation d’un projet d’écriture où se déploie la construction du Sens. Je me suis intéressée au recyclage des archives, aux jeux de temporalités, mais principalement à la construction narrative du récit et à son effet sur la subjectivité à l’œuvre dans le texte. À partir d’une lecture critique de L’Événement d’Annie Ernaux, je propose dans Le surgissement à l’œuvre une analyse de l’écriture fragmentaire et hétérogène comme moyen pour saisir la réalité à travers l’expérience d’une conscience subjective incarnée dans un texte qui rétablit la cohérence à l’œuvre.

Rôle des récepteurs glutamatergiques dans l'activité épileptiforme des interneurones inhibiteurs de l'hippocampe

Les patients atteints d'épilepsie du lobe temporal (TLE) ainsi que les rats injectés à l'acide kaïnique (KA) exhibent des patrons pathophysiologiques similaires de crises, de sclérose de l'hippocampe et de perte de certains types neuronaux. Parmi les cellules atteintes dans le modèle KA du TLE on retrouve certains interneurones inhibiteurs du CA1. En effet, certains interneurones des couches oriens et alveus (O/A-IN) meurent suite à une injection de KA chez le rat, contrairement aux interneurones à la bordure des couches radiatum et lacunosum/moleculare (R/LM-IN) de la même région. Bien que cette perte soit empêchée par des antagonistes des récepteurs glutamatergiques métabotropes de groupe I (mGluR1/5), la cause de cette perte sélective des O/A-INs reste à être précisée. Au cours des travaux de cette thèse, nous avons effectué des enregistrements de patch-clamp en configuration cellule-entière en modes courant- et voltage-imposé couplés à l'imagerie calcique pour étudier les causes de la vulnérabilité sélective des O/A-INs dans ce modèle. Dans un premier temps, nous avons évalué les effets d'une application aiguë de KA sur les propriétés membranaires et calciques pour voir s'il y avait des différences entre les O/A-INs et R/LM-INs qui pourraient expliquer la vulnérabilité. Nos résultats montrent que les dépolarisations et variations de résistance d'entrée ainsi que les augmentations de calcium intracellulaire, dépendantes principalement des récepteurs -amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxasole propionic acid (AMPA), sont similaires entre les deux types d'interneurones suite à des applications aigües de KA. Ceci indique que l'effet aigu du KA sur les interneurones ne serait pas la cause de la vulnérabilité des O/A-INs. Dans un second temps nous avons comparé l'implication des sous-types de récepteurs mGluR1 et 5 dans l'activité épileptiforme des deux types d'interneurones évoquée dans un modèle de tranche désinhibée. Dans ce cas, nos données montrent un rôle important des mGluR1 et 5 activés synaptiquement lors des décharges épileptiformes et ce, de manière spécifique aux O/A-INs. Les courants synaptiques sous-tendant ces décharges impliquent des récepteurs ionotropes et métabotropes du glutamate. En présence d'antagonistes des récepteurs ionotropes glutamatergiques, les courants synaptiques sont biphasiques et formés de composantes rapide et lente. Les récepteurs mGluR1 et 5 sont différemment impliqués dans ces composantes: les mGluR5 étant impliqués dans les composantes rapide et lente, et les mGluR1 que dans la composante lente. Ces résultats indiquent que les mGluR1 et 5 contribuent différemment à l'activité épileptiforme, et spécifiquement dans les O/A-INs, et pourraient donc être impliqués dans la vulnérabilité sélective de ces interneurones dans le modèle KA.

Évaluation de l'impact clinique et économique du développement d'un traitement pour la schizophrénie

Contexte : Les stratégies pharmacologiques pour traiter la schizophrénie reçoivent une attention croissante due au développement de nouvelles pharmacothérapies plus efficaces, mieux tolérées mais plus coûteuses. La schizophrénie est une maladie chronique présentant différents états spécifiques et définis par leur sévérité. Objectifs : Ce programme de recherche vise à: 1) Évaluer les facteurs associés au risque d'être dans un état spécifique de la schizophrénie, afin de construire les fonctions de risque de la modélisation du cours naturel de la schizophrénie; 2) Développer et valider un modèle de Markov avec microsimulations de Monte-Carlo, afin de simuler l'évolution naturelle des patients qui sont nouvellement diagnostiqués pour la schizophrénie, en fonction du profil individuel des facteurs de risque; 3) Estimer le coût direct de la schizophrénie (pour les soins de santé et autres non reliés aux soins de santé) dans la perspective gouvernementale et simuler l’impact clinique et économique du développement d’un traitement dans une cohorte de patients nouvellement diagnostiqués avec la schizophrénie, suivis pendant les cinq premières années post-diagnostic. Méthode : Pour le premier objectif de ce programme de recherche, un total de 14 320 patients nouvellement diagnostiqués avec la schizophrénie ont été identifiés dans les bases de données de la RAMQ et de Med-Echo. Les six états spécifiques de la schizophrénie ont été définis : le premier épisode (FE), l'état de dépendance faible (LDS), l’état de dépendance élevée (HDS), l’état stable (Stable), l’état de bien-être (Well) et l'état de décès (Death). Pour évaluer les facteurs associés au risque de se trouver dans chacun des états spécifiques de la schizophrénie, nous avons construit 4 fonctions de risque en se basant sur l'analyse de risque proportionnel de Cox pour des risques compétitifs. Pour le deuxième objectif, nous avons élaboré et validé un modèle de Markov avec microsimulations de Monte-Carlo intégrant les six états spécifiques de la schizophrénie. Dans le modèle, chaque sujet avait ses propres probabilités de transition entre les états spécifiques de la schizophrénie. Ces probabilités ont été estimées en utilisant la méthode de la fonction d'incidence cumulée. Pour le troisième objectif, nous avons utilisé le modèle de Markov développé précédemment. Ce modèle inclut les coûts directs de soins de santé, estimés en utilisant les bases de données de la Régie de l'assurance maladie du Québec et Med-Echo, et les coûts directs autres que pour les soins de santé, estimés à partir des enquêtes et publications de Statistique Canada. Résultats : Un total de 14 320 personnes nouvellement diagnostiquées avec la schizophrénie ont été identifiées dans la cohorte à l'étude. Le suivi moyen des sujets était de 4,4 (± 2,6) ans. Parmi les facteurs associés à l’évolution de la schizophrénie, on peut énumérer l’âge, le sexe, le traitement pour la schizophrénie et les comorbidités. Après une période de cinq ans, nos résultats montrent que 41% des patients seront considérés guéris, 13% seront dans un état stable et 3,4% seront décédés. Au cours des 5 premières années après le diagnostic de schizophrénie, le coût direct moyen de soins de santé et autres que les soins de santé a été estimé à 36 701 $ canadiens (CAN) (95% CI: 36 264-37 138). Le coût des soins de santé a représenté 56,2% du coût direct, le coût de l'aide sociale 34,6% et le coût associé à l’institutionnalisation dans les établissements de soins de longue durée 9,2%. Si un nouveau traitement était disponible et offrait une augmentation de 20% de l'efficacité thérapeutique, le coût direct des soins de santé et autres que les soins de santé pourrait être réduit jusqu’à 14,2%. Conclusion : Nous avons identifié des facteurs associés à l’évolution de la schizophrénie. Le modèle de Markov que nous avons développé est le premier modèle canadien intégrant des probabilités de transition ajustées pour le profil individuel des facteurs de risque, en utilisant des données réelles. Le modèle montre une bonne validité interne et externe. Nos résultats indiquent qu’un nouveau traitement pourrait éventuellement réduire les hospitalisations et le coût associé aux établissements de soins de longue durée, augmenter les chances des patients de retourner sur le marché du travail et ainsi contribuer à la réduction du coût de l'aide sociale.

Modélisation bayésienne avec des splines du comportement moyen d'un échantillon de courbes

Cette thèse porte sur l'analyse bayésienne de données fonctionnelles dans un contexte hydrologique. L'objectif principal est de modéliser des données d'écoulements d'eau d'une manière parcimonieuse tout en reproduisant adéquatement les caractéristiques statistiques de celles-ci. L'analyse de données fonctionnelles nous amène à considérer les séries chronologiques d'écoulements d'eau comme des fonctions à modéliser avec une méthode non paramétrique. Dans un premier temps, les fonctions sont rendues plus homogènes en les synchronisant. Ensuite, disposant d'un échantillon de courbes homogènes, nous procédons à la modélisation de leurs caractéristiques statistiques en faisant appel aux splines de régression bayésiennes dans un cadre probabiliste assez général. Plus spécifiquement, nous étudions une famille de distributions continues, qui inclut celles de la famille exponentielle, de laquelle les observations peuvent provenir. De plus, afin d'avoir un outil de modélisation non paramétrique flexible, nous traitons les noeuds intérieurs, qui définissent les éléments de la base des splines de régression, comme des quantités aléatoires. Nous utilisons alors le MCMC avec sauts réversibles afin d'explorer la distribution a posteriori des noeuds intérieurs. Afin de simplifier cette procédure dans notre contexte général de modélisation, nous considérons des approximations de la distribution marginale des observations, nommément une approximation basée sur le critère d'information de Schwarz et une autre qui fait appel à l'approximation de Laplace. En plus de modéliser la tendance centrale d'un échantillon de courbes, nous proposons aussi une méthodologie pour modéliser simultanément la tendance centrale et la dispersion de ces courbes, et ce dans notre cadre probabiliste général. Finalement, puisque nous étudions une diversité de distributions statistiques au niveau des observations, nous mettons de l'avant une approche afin de déterminer les distributions les plus adéquates pour un échantillon de courbes donné.

Grothendieck et les topos : rupture et continuité dans les modes d'analyse du concept d'espace topologique

La thèse présente une analyse conceptuelle de l'évolution du concept d'espace topologique. En particulier, elle se concentre sur la transition des espaces topologiques hérités de Hausdorff aux topos de Grothendieck. Il en ressort que, par rapport aux espaces topologiques traditionnels, les topos transforment radicalement la conceptualisation topologique de l'espace. Alors qu'un espace topologique est un ensemble de points muni d'une structure induite par certains sous-ensembles appelés ouverts, un topos est plutôt une catégorie satisfaisant certaines propriétés d'exactitude. L'aspect le plus important de cette transformation tient à un renversement de la relation dialectique unissant un espace à ses points. Un espace topologique est entièrement déterminé par ses points, ceux-ci étant compris comme des unités indivisibles et sans structure. L'identité de l'espace est donc celle que lui insufflent ses points. À l'opposé, les points et les ouverts d'un topos sont déterminés par la structure de celui-ci. Qui plus est, la nature des points change: ils ne sont plus premiers et indivisibles. En effet, les points d'un topos disposent eux-mêmes d'une structure. L'analyse met également en évidence que le concept d'espace topologique évolua selon une dynamique de rupture et de continuité. Entre 1945 et 1957, la topologie algébrique et, dans une certaine mesure, la géométrie algébrique furent l'objet de changements fondamentaux. Les livres Foundations of Algebraic Topology de Eilenberg et Steenrod et Homological Algebra de Cartan et Eilenberg de même que la théorie des faisceaux modifièrent profondément l'étude des espaces topologiques. En contrepartie, ces ruptures ne furent pas assez profondes pour altérer la conceptualisation topologique de l'espace elle-même. Ces ruptures doivent donc être considérées comme des microfractures dans la perspective de l'évolution du concept d'espace topologique. La rupture définitive ne survint qu'au début des années 1960 avec l'avènement des topos dans le cadre de la vaste refonte de la géométrie algébrique entreprise par Grothendieck. La clé fut l'utilisation novatrice que fit Grothendieck de la théorie des catégories. Alors que ses prédécesseurs n'y voyaient qu'un langage utile pour exprimer certaines idées mathématiques, Grothendieck l'emploie comme un outil de clarification conceptuelle. Ce faisant, il se trouve à mettre de l'avant une approche axiomatico-catégorielle des mathématiques. Or, cette rupture était tributaire des innovations associées à Foundations of Algebraic Topology, Homological Algebra et la théorie des faisceaux. La théorie des catégories permit à Grothendieck d'exploiter le plein potentiel des idées introduites par ces ruptures partielles. D'un point de vue épistémologique, la transition des espaces topologiques aux topos doit alors être vue comme s'inscrivant dans un changement de position normative en mathématiques, soit celui des mathématiques modernes vers les mathématiques contemporaines.

La plasticité cérébrale dans le vieillissement normal : effet de l’éducation formelle et de l’entraînement cognitif sur les mesures de potentiels évoqués

Le vieillissement normal est souvent associé à des changements cognitifs négatifs, notamment sur les performances cognitives. Cependant, des changements comportementaux et cérébraux positifs ont aussi été observés. Ces modifications indiquent l’existence d’une plasticité cérébrale dans le vieillissement normal. Ainsi, plusieurs facteurs ont été étudiés afin de mieux connaitre les modulateurs de cette plasticité dite positive. La plupart des études évaluant ce phénomène ont utilisé la technique d’imagerie par résonance magnétique alors que la technique des potentiels évoqués a été beaucoup moins utilisée. Cette technique est basée sur les enregistrements de l’activité électrique cérébrale très sensible aux changements anatomiques associés au vieillissement et permet donc d’observer de manière précise les variations du décours temporel des ondes éléctrophysiologiques lors du traitement des informations. Les travaux de cette thèse visent à étudier les modifications de plasticité cérébrale induites par des facteurs protecteurs/préventifs du vieillissement normal et notamment lors de la réalisation de tâches impliquant le contrôle attentionnel, grâce à l’analyse de signaux électroencéphalographiques en potentiels évoqués. Dans un premier temps, une description de l’analyse des données EEG en potentiels évoqués sera fournie, suivie d’une revue de littérature sur le contrôle attentionnel et les facteurs de plasticité dans le vieillissement normal (Chapitre 1). Cette revue de littérature mettra en avant, d’une part la diminution des capacités de contrôle de l’attention dans le vieillissement et d’autre part, les facteurs protecteurs du vieillissement ainsi que la plasticité cérébrale qui leur est associée. Ces facteurs sont connus pour avoir un effet positif sur le déficit lié à l’âge. La première étude de ce projet (Chapitre 2) vise à définir l’effet d’un facteur de réserve cognitive, le niveau d’éducation, sur les composantes des potentiels évoqués chez les personnes âgées. Cette étude mettra en avant une composante des potentiels évoqués, la P200, comme indice de plasticité lorsqu’elle est liée au niveau d’éducation. Cet effet sera observé sur deux tâches expérimentales faisant intervenir des processus de contrôle attentionnel. De plus, une différence d’épaisseur corticale sera observée : les personnes âgées ayant un plus haut niveau d’éducation ont un cortex cingulaire antérieur plus épais. La deuxième étude (Chapitre 3) cherche à déterminer, chez les personnes âgées, les modifications comportementales et en potentiels évoqués induites par trois entraînements cognitifs, entrainements visant l’amélioration de processus attentionnels différents : l’attention focalisée, l’attention divisée, ainsi que la modulation de l’attention. Au niveau comportemental, les entraînements induisent tous une amélioration des performances. Cependant, l’entraînement en modulation de l’attention est le seul à induire une amélioration du contrôle attentionnel. Les résultats éléctrophysiologiques indiquent la N200 comme composante sensible à la plasticité cérébrale à la suite d’entraînements cognitifs. L’entraînement en modulation de l’attention est le seul à induire une modification de cette composante dans toutes les conditions des tests. Les résultats de ces études suggèrent que les facteurs protecteurs du vieillissement permettent des changements positifs observés en potentiels évoqués. En effet, nous mettons en évidence des phénomènes de plasticité cérébrale des personnes âgées qui diffèrent selon leurs origines. L’impact de ces résultats ainsi que les limites et perspectives futures seront présentés en fin de thèse (Chapitre 4).

Recherche des facteurs génétiques à l’origine de la maladie de Parkinson dans la population canadienne-française du Québec

La maladie de Parkinson (MP) est une affection neurodégénérative invalidante et incurable. Il est maintenant clairement établi que d’importants déterminants génétiques prédisposent à son apparition. La recherche génétique sur des formes familiales de la MP a mené à la découverte d’un minimum de six gènes causatifs (SNCA, LRRK2, Parkin, PINK1, DJ-1 and GBA) et certains, par exemple LRRK2, contiennent des variations génétiques qui prédisposent également aux formes sporadiques. La caractérisation des protéines codées par ces gènes a mené à une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires sousjacents. Toutefois, en dépit de ces efforts, les causes menant à l’apparition de la MP restent inconnues pour la majorité des patients. L’objectif général des présents travaux était d’identifier des mutations prédisposant à la MP dans la population canadienne-française du Québec à partir d’une cohorte composée principalement de patients sporadiques. Le premier volet de ce projet consistait à déterminer la présence de mutations de LRRK2 dans notre cohorte en séquençant directement les exons contenant la majorité des mutations pathogéniques et en effectuant une étude d’association. Nous n’avons identifié aucune mutation et l’étude d’association s’est avérée négative, suggérant ainsi que LRRK2 n’est pas une cause significative de la MP dans la population canadienne-française. La deuxième partie du projet avait pour objectif d’identifier de nouveaux gènes causatifs en séquençant directement des gènes candidats choisis à cause de leurs implications dans différents mécanismes moléculaires sous-tendant la MP. Notre hypothèse de recherche était basée sur l’idée que la MP est principalement due à des mutations individuellement rares dans un grand nombre de gènes différents. Nous avons identifié des mutations rares dans les gènes PICK1 et MFN1. Le premier code pour une protéine impliquée dans la régulation de la transmission du glutamate tandis que le second est un des acteurs-clés du processus de fusion mitochondriale. Nos résultats, qui devront être répliqués, suggèrent que le séquençage à grande échelle pourrait être une méthode prometteuse d’élucidation des facteurs de prédisposition génétiques à la MP ; ils soulignent l’intérêt d’utiliser une population fondatrice comme les canadiens-français pour ce type d’étude et devraient permettre d’approfondir les connaissances sur la pathogénèse moléculaire de la MP.

Étude du comportement et des contextes associés à la consommation d’aliments sucrés dans une communauté montréalaise originaire du Moyen-Orient

L’Organisation mondiale de la Santé recommande aux individus de limiter leur consommation d’aliments sucrés dans le but de prévenir le développement des maladies chroniques. En santé publique, peu de recherches ont tenté d’identifier les facteurs individuels et contextuels qui peuvent influencer conjointement la consommation de ces aliments. Or, de telles connaissances seraient utiles pour guider les interventions nutritionnelles visant à en réduire la consommation. L’objectif de cette thèse est d'étudier les facteurs reliés au comportement et les contextes associés à la consommation quotidienne d’aliments sucrés chez des adultes vivant dans un milieu urbain occidental. Cette étude a été menée auprès d'une communauté moyen-orientale établie dans la Ville de Montréal. Les aliments sucrés ont été définis comme étant les glucides raffinés dont la teneur en sucres totaux dépasse 20 % de l’énergie totale. Lors de l’étape exploratoire (N = 42), un rappel de 24 heures a permis d’identifier les sources d’aliments sucrés et de déterminer l’apport quotidien en sucres totaux de cette communauté. Une étude qualitative descriptive a été privilégiée et un cadre écologique a guidé la réalisation d’entrevues semi-dirigées sur les contextes de consommation (N = 42). Une analyse de contenu employant des procédures de codage initial et focus a mené à l’élaboration d’un instrument de mesure quantitatif sur les contextes de consommation. Cet instrument a été soumis à un pré-test (N = 20), puis administré à l’échantillon principal (N = 192). Une analyse factorielle exploratoire a permis de préciser les contextes de consommation. Les facteurs individuels mesurés incluent les données sociodémographiques, les symptômes dépressifs, la maîtrise de soi, l’assoupissement de jour, les perceptions ainsi que l’hémoglobine glycosylée. La consommation quotidienne de sucres totaux a été mesurée par un questionnaire de fréquence alimentaire (N = 192). Une analyse de régression multivariée employant le modèle linéaire généralisé (distribution de type gamma et lien logarithmique) a été effectuée pour mesurer les relations entre les contextes de consommation, les facteurs individuels et la consommation de sucres totaux, en contrôlant l’âge et le sexe. L’apport quotidien en sucres totaux de l'échantillon est de 20,3 %, ce qui s’apparente aux apports des Canadiens et des Québécois. La consommation quotidienne moyenne est de 76 g/j. Les analyses qualitative et factorielle ont permis d’identifier un ensemble de 42 contextes de consommation regroupés en sept domaines (Actes et situations de grignotage, Stimuli visuels, Besoins énergétiques, Besoins émotionnels, Indulgence, Contraintes, Socialisation). La consommation quotidienne de sucres totaux est supérieure chez les hommes (B = 0,204, ES = 0,094, p = 0,03). Les facteurs positivement associés à la consommation sont le grignotage (B = 0,225, ES = 0,091, p = 0,01), la prise de dessert (B = 0,105, ES = 0,036, p = 0,001) ainsi que les symptômes dépressifs (B = 0,017, ES = 0,094, p = 0,03). L’âge (B = -0,01, ES = 0,004, p = 0,02), l’indulgence (B = -0,103, ES = 0,052, p = 0,05) et l’auto-modération (B = -0,121, ES = 0,042, p = 0,001) montrent, pour leur part, une association négative. Cette étude a privilégié une méthodologie mixte et a permis de développer une mesure innovatrice pour étudier les facteurs contextuels associés à la consommation d’aliments sucrés. Ceux-ci ont été analysés conjointement avec les facteurs individuels. Afin d'encourager les individus à réduire leur consommation de sucres totaux lorsque nécessaire, les initiatives en santé publique devraient en effet cibler les contextes de consommation de même que les facteurs individuels.

Les relations d’accords : proposition pour un système d’organisation harmonique structurelle au sein d’un discours non-tonal

La version intégrale de cette thèse est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal (http://www.bib.umontreal.ca/MU).

Le cercle du comprendre et la conception heideggérienne de la philosophie dans Sein und Zeit

La conception heideggérienne du « cercle de la compréhension » exposée aux §§ 31 et 32 de Sein und Zeit est bien connue et a souvent été analysée, notamment par Hans-Georg Gadamer dans Vérité et méthode (1960) et Jean Greisch dans son commentaire de Sein und Zeit (1994). Mais on a trop peu vu que la théorie du cercle herméneutique déterminait aussi la conception heideggérienne de la philosophie. Notre recherche s’efforcera de le montrer et d’expliquer pourquoi il en est ainsi. Au plan de la méthodologie, nous proposerons, en nous inspirant des commentateurs les plus autorisés (Greisch, Gadamer, Courtine, et al.), un commentaire serré des §§ 31 et 32 de Sein und Zeit, sans oublier le § 63 où Heidegger souligne lui-même la « situation herméneutique » de sa propre enquête, ni le § 68 où se trouve mise en évidence la dimension temporelle du cercle de la compréhension. Nous tâcherons ensuite de montrer en quoi ce cercle affecte la conception heideggérienne de la philosophie telle que présentée au § 7 de Sein und Zeit et dans d’autres textes de Heidegger tels que Les problèmes fondamentaux de la phénoménologie (GA 24).

Protocole de routage basé sur des passerelles mobiles pour un accès Internet dans les réseaux véhiculaires

La rapide progression des technologies sans fil au cours de ces dernières années a vu naître de nouveaux systèmes de communication dont les réseaux véhiculaires. Ces réseaux visent à intégrer les nouvelles technologies de l’information et de la communication dans le domaine automobile en vue d’améliorer la sécurité et le confort sur le réseau routier. Offrir un accès Internet aux véhicules et à leurs occupants peut sans doute aider à anticiper certains dangers sur la route tout en rendant plus agréables les déplacements à bord des véhicules. Le déploiement de ce service nécessite que des messages soient échangés entre les véhicules. Le routage constitue un élément crucial dans un réseau, car définissant la façon dont les différentes entités échangent des messages. Le routage dans les VANETS constitue un grand défi car ces derniers sont caractérisés par une forte mobilité entraînant une topologie très dynamique. Des protocoles ont été proposés pour étendre Internet aux réseaux véhiculaires. Toutefois, la plupart d’entre eux nécessitent un coût élevé de messages de contrôle pour l’établissement et le maintien des communications. Ceci a pour conséquence la saturation de la bande passante entrainant ainsi une baisse de performance du réseau. Nous proposons dans ce mémoire, un protocole de routage qui s’appuie sur des passerelles mobiles pour étendre Internet aux réseaux véhiculaires. Le protocole prend en compte la mobilité des véhicules et la charge du réseau pour l’établissement et le maintien des routes.