Identification de nouveaux substrats des kinases Erk1/2 par une approche bio-informatique, pharmacologique et phosphoprotéomique

La phosphorylation est une modification post-traductionnelle omniprésente des protéines Cette modification est ajoutée et enlevée par l’activité enzymatique respective des protéines kinases et phosphatases. Les kinases Erk1/2 sont au cœur d’une voie de signalisation importante qui régule l’activité de protéines impliquées dans la traduction, le cycle cellulaire, le réarrangement du cytosquelette et la transcription. Ces kinases sont aussi impliquées dans le développement de l’organisme, le métabolisme du glucose, la réponse immunitaire et la mémoire. Différentes pathologies humaines comme le diabète, les maladies cardiovasculaires et principalement le cancer, sont associées à une perturbation de la phosphorylation sur les différents acteurs de cette voie. Considérant l’importance biologique et clinique de ces deux kinases, connaître l’étendue de leur activité enzymatique pourrait mener au développement de nouvelles thérapies pharmacologiques. Dans ce contexte, l’objectif principal de cette thèse était de mesurer l’influence de cette voie sur le phosphoprotéome et de découvrir de nouveaux substrats des kinases Erk1/2. Une étude phosphoprotéomique de cinétique d’inhibition pharmacologique de la voie de signalisation Erk1/2 a alors été entreprise. Le succès de cette étude était basé sur trois technologies clés, soit l’enrichissement des phosphopeptides avec le dioxyde de titane, la spectrométrie de masse haut débit et haute résolution, et le développement d’une plateforme bio-informatique nommée ProteoConnections. Cette plateforme permet d’organiser les données de protéomique, évaluer leur qualité, indiquer les changements d’abondance et accélérer l’interprétation des données. Une fonctionnalité distinctive de ProteoConnections est l’annotation des sites phosphorylés identifiés (kinases, domaines, structures, conservation, interactions protéiques phospho-dépendantes). Ces informations ont été essentielles à l’analyse des 9615 sites phosphorylés sur les 2108 protéines identifiées dans cette étude, soit le plus large ensemble rapporté chez le rat jusqu’à ce jour. L’analyse des domaines protéiques a révélé que les domaines impliqués dans les interactions avec les protéines, les acides nucléiques et les autres molécules sont les plus fréquemment phosphorylés et que les sites sont stratégiquement localisés pour affecter les interactions. Un algorithme a été implémenté pour trouver les substrats potentiels des kinases Erk1/2 à partir des sites identifiés selon leur motif de phosphorylation, leur cinétique de stimulation au sérum et l’inhibition pharmacologique de Mek1/2. Une liste de 157 substrats potentiels des kinases Erk1/2 a ainsi été obtenue. Parmi les substrats identifiés, douze ont déjà été rapportés et plusieurs autres ont des fonctions associées aux substrats déjà connus. Six substrats (Ddx47, Hmg20a, Junb, Map2k2, Numa1, Rras2) ont été confirmés par un essai kinase in vitro avec Erk1. Nos expériences d’immunofluorescence ont démontré que la phosphorylation de Hmg20a sur la sérine 105 par Erk1/2 affecte la localisation nucléocytoplasmique de cette protéine. Finalement, les phosphopeptides isomériques positionnels, soit des peptides avec la même séquence d’acides aminés mais phosphorylés à différentes positions, ont été étudiés avec deux nouveaux algorithmes. Cette étude a permis de déterminer leur fréquence dans un extrait enrichi en phosphopeptides et d’évaluer leur séparation par chromatographie liquide en phase inverse. Une stratégie analytique employant un des algorithmes a été développée pour réaliser une analyse de spectrométrie de masse ciblée afin de découvrir les isomères ayant été manqués par la méthode d’analyse conventionnelle.

L’Anthropologie de l’Alcibiade de Platon : l’être humain considéré comme la partie rationnelle de son âme

Qu’est-ce que l’être humain ? La question se pose depuis plusieurs millénaires. Platon n’y échappe pas et il suit l’inscription du temple de Delphes, le fameux « connais-toi toi-même », lorsqu’il cherche à mieux cerner l’homme dans ses écrits. Cette quête de l’essence de l’homme est présente à plusieurs moments de l’œuvre de Platon, mais nous sommes d’avis qu’il ne suggère jamais de définition de l’homme aussi claire que dans l’Alcibiade. Toute la fin de ce dialogue se consacre à cette question et l’on y trouve un Socrate avide de partager sa propre pensée sur le sujet. Les commentateurs de ce dialogue ne s’entendent pourtant pas sur la signification que l’on doit donner à ce développement parfois obscur sur l’essence de l’homme. Plusieurs affirment que l’homme y est présenté comme étant essentiellement son âme, d’aucuns que l’homme y est la réunion du corps et de l’âme, et d’autres encore que l’homme y est plutôt présenté comme étant la partie rationnelle de son âme. Les trois chapitres de ce mémoire présentent et analysent les arguments principaux de chaque camp dans le but de trancher la question. Il y est défendu que dans l’Alcibiade l’homme est, de manière approximative, son âme, mais que de manière plus précise, il correspond à la partie en lui qui domine, soit sa raison. Il y est également suggéré que cette conception de la nature humaine est reprise ailleurs dans le corpus platonicien.

Fabrication d'une tradition montagnarde marocaine berbérophone : singularisation d'une fête dans le Haut Atlas marocain

Dans un village du Haut Atlas marocain, une fête abandonnée depuis plus de quinze ans a été renouvelée en 2010, attirant des journalistes, des anthropologues et des associatifs. L’étude du renouvellement de la tradition lors de cette fête, au niveau du discours, du contenu des performances et des interactions sociales, nous permet de réinterroger les modèles théoriques de la fabrication de tradition. Un processus sous-jacent apparaît comme la base de ce renouvellement, la singularisation, une forme particulière de résistance à la culture de l’État-nation ou à toute autre culture hégémonique. La singularisation est présente dans chaque élément de la fête. Elle définit un certain rapport au passé par lequel celui-ci est un miroir inversé du présent, mis en scène comme objet de perte. Elle définit également le choix culturel entre deux traditions musicales présentes dans la région. Ces mécanismes reposent sur une nouvelle logique spatiale qui résulte des récents changements économiques et politiques au Maroc. Dans cette nouvelle organisation spatiale où le pouvoir se situe en dehors du local, les femmes sont marginalisées et les figures intermédiaires deviennent le centre du renouvellement de la tradition. L’étude de la singularisation permet de mettre en lumière des processus de fabrication de l’identité, de dégager les conditions de survie culturelle d’un groupe, de caractériser le rapport entre un événement culturel et le changement social, et de préciser les modèles théoriques sur la tradition.

Ethnographie de l'usage rituel d'ayahuasca au Québec

L’ayahuasca est une décoction de plantes originaires de la forêt amazonienne. Elle contient la vigne nommée ayahuasca (Banistereopsis caapi) et un arbuste (Psychotria viridis). Ces plantes contiennent des substances psychoactives. Respectivement il s’agit de l’harmine et de la diméthyle-tryptamine (DMT). Ce mélange est utilisé par plusieurs peuples autochtones du bassin amazonien depuis une époque qui précède la Conquête. L’ayahuasca est utilisée par ces peuples à des fins chamaniques. Au début du 20e siècle, la demande en caoutchouc a engendrée une migration de travailleurs dans ces régions. Un de ces travailleurs d’origine africaine est entré en contact avec cette substance. De croyance chrétienne, il a interprété son expérience comme une rencontre avec le divin. Ceci l’a amené à fonder dans les années 30 une église syncrétique nommée Santo Daime. Depuis, l’utilisation rituelle d’ayahuasca est répandue dans le monde. Aujourd’hui, On retrouve au Québec des groupes faisant un usage rituel d’ayahuasca. Ce mémoire est une ethnographie d’un groupe actif au Québec. Ce groupe a fait l’objet d’observations participantes durant l’été 2010. L’étude a démontré que la participation aux cérémonies d’ayahuasca engendre des prises de conscience et le travail de groupe en permet l’intégration dans le quotidien des participants. De plus, la structure rituelle garanti un usage non abusif.

Zooarchéologie des camélidés du site Moche Guadalupito, Secteur urbain (Guad-112) au Pérou.

Cette étude vise à comprendre quelle était la place des camélidés chez les Moche du centre urbain de Guadalupito de la vallée de Santa au Pérou. Les données ostéologiques analysées ont été obtenues grâce aux travaux effectués par le projet archéologique PSUM (Proyecto Santa de la Universidad de Montreal) de l’Université de Montréal. Dans ce document, une synthèse concernant les Moche de la côte nord du Pérou est d’abord présentée. Puis, il sera question de décrire le site archéologique Guadalupito et d’effectuer des observations concernant les camélidés d’Amérique du sud. Ce sont surtout les données zooarchéologiques qui ont été considérées pour répondre aux questions de recherche de ce travail. La céramique, les fibres de camélidés et les données ethnohistoriques ainsi qu’ethnographiques concernant les camélidés ont également été sujets à quelques observations afin de pouvoir répondre aux questions de recherche de manière holistique. Les résultats ont dévoilé qu’une grande quantité des camélidés du centre urbain de Guadalupito ont été exploités pour leur viande. Les camélidés constituaient une denrée alimentaire de base pour les gens qui fréquentaient les secteurs associés à l’élite. Plusieurs autres camélidés ont été utilisés comme animal de charge, car ils sont morts à un âge plus avancé. Aussi, il y avait des échanges entre la côte et la sierra, car de la laine tissé selon un style de la sierra a été trouvée. Certains camélidés étaient également utilisés lors de rituel et/ou pour leur cuir. Les lamas offraient une source stable de protéines, car ces animaux étaient sous le contrôle des Moche. Enfin, le camélidé a été le mammifère le plus polyvalent avant l’arrivée des animaux en provenance de l’Europe et il a représenté un moyen de transport et une source de nourriture fiable et significative chez les Moche.

Native Spiritual Appropriation : Words of Power, Relations of Power - Creating Stories & Identities

L'appropriation culturelle possède une diffusion très large et est un phénomène essentiellement intemporel. L'appropriation culturelle est définie comme «the taking- from a culture that is not one’s own- of intellectual property, cultural expressions or artifacts, history and ways of knowledge» (Ziff et Rao 1997: 1). Cela comprend tous les aspects de la spiritualité, les objets sacrés, des valeurs, des histoires et des rites. L'appropriation est étroitement liée aux relations de pouvoir et à la politique. Avec la montée de la popularité du chamanisme et du néo-chamanisme dans la société occidentale, les peuples amérindiens de l'Amérique du Nord (ou d’Australie) expriment leurs inquiétudes et leur désapprobation en ce qui concerne l’appropriation de leurs cérémonies, rituels et croyances sacrées par les Occidentaux. Par le discours contre l'appropriation, les populations autochtones (re)gagnent et (re)créent une identité qui avait été négligée, supprimée et assimilée au cours de la colonisation. Cette création identitaire s’effectue par l'intermédiaire de l'écriture, dans les milieux universitaires, aussi non-académiques, et le partage des pratiques rituelles avec d'autres autochtones (pan amérindianisme). Les auteurs autochtones contestent le statu quo et désirent contribuer à faire avancer le débat concernant l'appropriation spirituelle, les relations de pouvoir et le néo-colonialisme. Les arguments et les opinions concernant l'appropriation spirituelle présentés ici traitent de génocide culturel, d’abus sexuels, de néo-colonialisme, de non-respect et d'inquiétude face aux dangers liés à une mauvaise utilisation des rituels et autres pratiques sacrées. Ce débat est lié au processus de guérison en contexte amérindien (Episkenew 2009). En participant à ce débat sur l'appropriation spirituelle, les peuples autochtones sont activement engagés dans la (re)définition de leur identité. C'est cet engagement actif qui permet à la guérison d’avoir lieu. Ce mémoire aborde quelques-uns des auteurs autochtones contemporains et examine leurs écrits. L'importance de l'histoire et du mot dans la création identitaire est explorée. L’analyse de certains textes portant sur la médecine, la sociologie, la religion et la culture de consommation rend explicite le lien entre identité et politique.

Musiquer : plaidoyer évolutionniste transdisciplinaire

Le sujet prend appui sur une hypothèse : à l’origine, la musique est un phénomène culturel et biologique, social (et donc pas privé) et communautaire (et donc pas individuel). Les travaux de plusieurs théoriciens évolutionnistes du langage et/ou de la musique étayent l’hypothèse selon laquelle l’objet de la musique dépasse l’opposition nature-culture. Quelle est alors l’influence de ces caractéristiques sur l’apparition de la musicalité ou d’une faculté de musique ? Pour avancer dans notre réflexion, nous mesurons la contribution des recherches sur les amusies quant à la question des origines de la musique. Par la suite, nous étudions le rapport entre l’intentionnalité et l’évolution de la musique. Nous nous concentrons sur la nature sociale du phénomène musical, puis proposons l'intégration de la caractérisation biologique et sociale de la musique dans une conception institutionnelle et communautaire. Ainsi fondée philosophiquement, notre hypothèse de départ devient le véhicule du dépassement disciplinaire convoité. Enfin, certaines options proposées par différents auteurs décrivant la contribution de la musique au développement de réseaux neuronaux à la propriété miroir sont évoquées. Et nous tentons de répondre à cette question, inévitable : la musique peut-elle, étant donné son caractère irréductiblement culturel, social et communautaire, entretenir des connexions neuronales? Nous examinons notamment à cette fin les implications de la théorie du chaos et des résultats des simulations informatiques multi-agents.

Le néak sraè, riziculteur khmer : mobilité paysanne, localité et communauté au Cambodge postcolonial

Dans le Cambodge angkorien, les souverains khmers administraient une paysannerie mouvante par le biais de temples-palais. Lorsque les Français prennent le contrôle, en 1845, ils se retrouvent devant une « masse paysanne inorganisée, inorganique même » (Delvert, 1961 : 201) et restent « confondus devant la mobilité des Cambodgiens » (Forest, 1980 : 30). À l’époque postcoloniale, les ethnologues feront essentiellement le même constat, pendant que John F. Embree (1950) proposera de catégoriser les sociétés indianisées du Sud-Est asiatique comme étant « loosely structured » : postulant une faible intégration individuelle des structures sociales donnant lieu à une prévalence de comportements individualistes ad hoc et à des communautés sans réelle organisation. La proposition fera école. Ces observations paraissent justes, mais l’analyse infructueuse. La structure dont parle Embree s’appuie sur une culture hautement syncrétique qui se reflétait aléatoirement dans les comportements. Mais l’organisation sociale khmère se trouve ailleurs : dans les solutions organisationnelles qui gouvernent les choix des individus lorsqu’ils doivent se regrouper afin d’effectuer des tâches récurrentes. À ce titre, les paysans khmers évoluaient dans une organisation sociale rigoureusement minimaliste et flexible. La maisonnée était l’élément essentiel, tandis que la communauté territoriale locale était contingente et fluctuante. Dans l’environnement naturel généreux du Cambodge, un petit groupe d’individus mobiles réunis sous un même toit pouvait aisément accomplir toutes les tâches nécessaires à sa survie. Alors on ne s’attachait jamais indéfiniment à une localité : seulement à des communautés sans cesse en évolution, centrées autour de pagodes agissant comme des ports d’ancrage.

Régulation de l’expression de HYAL-1 par le récepteur de l’oestrogène alpha

HYAL-1 (hyaluronidase-1) appartient à la famille des hyaluronidases connues pour leur rôle dans la dégradation de l’acide hyaluronique. L’expression de HYAL-1 est élevée dans de nombreux type de cancers, notamment dans le cancer de la prostate, de la vessie, des reins et du sein où il est impliqué dans la croissance tumorale et les métastases. Récemment notre laboratoire a aussi démontré une expression élevée de HYAL-1 dans le cancer épithélial de l’ovaire (CEO) de type mucineux et à cellules claires, expression qui est inversement corrélée à celle du récepteur de l’oestrogène alpha (REα). Cependant, malgré le fait que le rôle de HYAL-1 dans le cancer soit bien établit, le mécanisme de sa régulation reste encore inconnu. Le REα est un facteur de transcription qui suite à sa liaison avec son ligand va réguler l’expression de plusieurs gènes. Le REα ainsi stimulé par l’hormone va activer la transcription de ces gènes cibles mais il est connu maintenant qu’une grande partie des gènes régulés par le REα sont en réalité réprimés par ce récepteur. Dans ce travail nous proposons d’étudier le mécanisme de la régulation du gène HYAL-1 par le REα dans le CEO à cellules claires et dans le cancer du sein. L’expression ectopique du REα dans la lignée TOV21G (RE-) de même que le traitement de la lignée MCF-7 (RE+) avec de l’oestrogène a induit une diminution du niveau d’expression de l’ARN m de HYAL-1. Ces résultats nous ont permis de confirmer que HYAL-1 est un gène cible du REα. Il est aussi connu que le REα peut exercer son action par différents mécanismes d’action, entre autres en interagissant avec une séquence d’ADN appelée élément de réponse à l’oestrogène (ERE), retrouvé sur le promoteur des gènes cibles ou bien indirectement par des interactions protéine-protéine en se liant à d’autres facteur de transcription tels que Sp1. Après avoir identifiés de telles séquences sur le promoteur proximal de HYAL-1, (1 ERE proximal à -900 pb, 3 distaux à -32350 pb, 48430, -50130 pb du site d’initiation de la transcription) en plus des 2 Sp1 connus (-60 et – 1020pb), nous avons démontrés par immunoprécipitation de la chromatine que le REα est recruté sur le promoteur de HYAL-1 au niveau de l’ERE proximal -900 pb et du distal -32350 pb de même que sur le site Sp1 -1020 pb. De plus, l’activité biologique de l’ERE -900 pb et du ii Sp1-1020pb à été confirmée par des essais de gènes rapporteurs à la luciférase. Avec son rôle connu dans la tumorigenèse, l’identification de HYAL-1 comme gène cible du REα pourrait être une avenue intéressante pour le traitement des cancers hormono-indépendants.

La vie métaformatée : prolégomènes à l'exo-sphère

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Entre le retrait et l'entraide humanitaire : ethnographie d'un groupe de bénévoles retraités québécois au Guatemala

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Les Hmong de Luang Prabang : acteurs du développement de l'écotourisme au village de la montagne coupée

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Lorsque la terre ne peut plus nourrir ses paysans : cultiver ou migrer, le défi des paysans du Nord-Est de la Thaïlande

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Présence et identité Gallinazo dans la basse vallée de Santa, côte nord du Pérou

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Le projet du Wapikoni mobile, médiation et représentation : création audiovidéo et changement socioculturel dans la communauté atikamekw de Manawan

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.