Gestion adaptative des ressources dans les réseaux maillés sans fil à multiples-radios multiples-canaux

Depuis quelques années, la recherche dans le domaine des réseaux maillés sans fil ("Wireless Mesh Network (WMN)" en anglais) suscite un grand intérêt auprès de la communauté des chercheurs en télécommunications. Ceci est dû aux nombreux avantages que la technologie WMN offre, telles que l'installation facile et peu coûteuse, la connectivité fiable et l'interopérabilité flexible avec d'autres réseaux existants (réseaux Wi-Fi, réseaux WiMax, réseaux cellulaires, réseaux de capteurs, etc.). Cependant, plusieurs problèmes restent encore à résoudre comme le passage à l'échelle, la sécurité, la qualité de service (QdS), la gestion des ressources, etc. Ces problèmes persistent pour les WMNs, d'autant plus que le nombre des utilisateurs va en se multipliant. Il faut donc penser à améliorer les protocoles existants ou à en concevoir de nouveaux. L'objectif de notre recherche est de résoudre certaines des limitations rencontrées à l'heure actuelle dans les WMNs et d'améliorer la QdS des applications multimédia temps-réel (par exemple, la voix). Le travail de recherche de cette thèse sera divisé essentiellement en trois principaux volets: le contrôle d‟admission du trafic, la différentiation du trafic et la réaffectation adaptative des canaux lors de la présence du trafic en relève ("handoff" en anglais). Dans le premier volet, nous proposons un mécanisme distribué de contrôle d'admission se basant sur le concept des cliques (une clique correspond à un sous-ensemble de liens logiques qui interfèrent les uns avec les autres) dans un réseau à multiples-sauts, multiples-radios et multiples-canaux, appelé RCAC. Nous proposons en particulier un modèle analytique qui calcule le ratio approprié d'admission du trafic et qui garantit une probabilité de perte de paquets dans le réseau n'excédant pas un seuil prédéfini. Le mécanisme RCAC permet d‟assurer la QdS requise pour les flux entrants, sans dégrader la QdS des flux existants. Il permet aussi d‟assurer la QdS en termes de longueur du délai de bout en bout pour les divers flux. Le deuxième volet traite de la différentiation de services dans le protocole IEEE 802.11s afin de permettre une meilleure QdS, notamment pour les applications avec des contraintes temporelles (par exemple, voix, visioconférence). À cet égard, nous proposons un mécanisme d'ajustement de tranches de temps ("time-slots"), selon la classe de service, ED-MDA (Enhanced Differentiated-Mesh Deterministic Access), combiné à un algorithme efficace de contrôle d'admission EAC (Efficient Admission Control), afin de permettre une utilisation élevée et efficace des ressources. Le mécanisme EAC prend en compte le trafic en relève et lui attribue une priorité supérieure par rapport au nouveau trafic pour minimiser les interruptions de communications en cours. Dans le troisième volet, nous nous intéressons à minimiser le surcoût et le délai de re-routage des utilisateurs mobiles et/ou des applications multimédia en réaffectant les canaux dans les WMNs à Multiples-Radios (MR-WMNs). En premier lieu, nous proposons un modèle d'optimisation qui maximise le débit, améliore l'équité entre utilisateurs et minimise le surcoût dû à la relève des appels. Ce modèle a été résolu par le logiciel CPLEX pour un nombre limité de noeuds. En second lieu, nous élaborons des heuristiques/méta-heuristiques centralisées pour permettre de résoudre ce modèle pour des réseaux de taille réelle. Finalement, nous proposons un algorithme pour réaffecter en temps-réel et de façon prudente les canaux aux interfaces. Cet algorithme a pour objectif de minimiser le surcoût et le délai du re-routage spécialement du trafic dynamique généré par les appels en relève. Ensuite, ce mécanisme est amélioré en prenant en compte l‟équilibrage de la charge entre cliques.

Inventer des espaces d’(im)possibilités dans les professions d’urbanisme et de design

Cet essai a été présenté à l’atelier sur La démocratie de l’espace et l’espace de la démocratie, qui a eu lieu à Newcastle, en Angleterre, le 11 janvier 2008. Une version antérieure a été présentée à l’Université de Tokyo le 13 novembre 2007. Il sera publié en néerlandais, traduit par Freek Jansens, sous le titre “het plannen van ruimtes van (on)mogelijkheid” dans une collection éditée par Maarten Hajer et Jantine Grijzen sur les questions de politique contemporaine. Il a été traduit de l’anglais par Martin Blanchard et révisé par Daniel Weinstock.

Le corps duel dans les Aveux non avenus de Claude Cahun : à la jonction du texte et de l'image

Dans ce mémoire, nous étudions la représentation du corps dans Aveux non avenus de Claude Cahun. Évoquant dans un premier temps quelques grands axes de l’histoire de la réflexion sur le corps et de sa représentation en Occident depuis l’Antiquité, en fonction de leur fécondité pour l’analyse de l’oeuvre de Cahun, nous procédons dans un deuxième temps à une analyse de la représentation du corps dans les fragments de texte qui composent Aveux non avenus, en insistant d’une part sur le rapport ambivalent au corps qui y est exprimé et d’autre part sur la relation étroite qui lie le corps à la problématique identitaire, centrale dans tout l’oeuvre cahunien. Nous étudions ensuite la façon dont le corps est représenté, en nous intéressant à l’écriture particulière que déploie Cahun dans les Aveux ainsi qu’à la démarche intermédiale qu’elle met en place à travers la présence des photomontages au sein du texte. Nous souhaitons ainsi démontrer que la représentation du corps est indissociable d’une réflexion sur l’identité et que le caractère double de cette représentation à travers le texte et l’image complexifie cette réflexion sans lui enlever sa cohérence.

Banque mondiale et développement. Pertinences scientifiques des discours et pratiques de développement de la Banque mondiale dans les PED des années 80 à nos jours.

RÉSUMÉ « De nos jours, notent Samoff et Carrol, la Banque mondiale doit être considérée à la fois comme une banque, une agence de développement et un institut de recherche » (2004, p9). L’institution de Bretton Woods est en effet devenue notamment dans le cadre du développement des PED, à la fois une banque de prêt et une institution de savoir ; « le laboratoire d’idées sur le développement le plus important au monde », précisent Wilks et Lefrançois (2002). Cependant, si elle reste un partenaire idéologique et financier pour le développement de ces pays, la Banque mondiale est aussi en même temps dans le paysage des relations économiques internationales contemporaines une véritable superpuissance, une figure importante de la dominance mondiale d’aujourd’hui. Les programmes de développement qu’elle professe et met en œuvre dans les PED y sont de ce fait également les discours et pratiques de développement dominants. Mais le discours de développement de la Banque mondiale dans les PED, outre qu’il y soit le savoir dominant du développement, se veut aussi par ailleurs un discours d’érudition : un corps de connaissances savant de développement, qui dans sa formulation comme dans son contenu revendique l’appartenance à une certaine rationalité, vise à une certaine « scientificité ». Partant, la question autour de laquelle s’organise la présente thèse et qui est au cœur de sa problématique est la suivante : le programme de développement que la Banque mondiale destine aux PED dans sa dimension discursive en particulier, est-il pour autant rationnel et raisonnable ? En d’autres termes : de quel crédit scientifique et moral peut jouir ce programme; de quelle cohérence, de quel réalisme, et de quelle adéquation sociale, peut se prévaloir un tel système de pensées et d’actions de développement ? Mais interroger les bien-fondés épistémologiques de son programme de développement dans les PED revient aussi au plans politique et social à questionner cette position de dominance qu’occupe la Banque mondiale dans ces pays. Aussi notre questionnement général s’enchaîne-t-il comme suit: ce pouvoir d’autorité de la Banque mondiale dans les PED, tire t-il sa légitimité d’un fondement rationnel convaincant, capable de résister à la critique, ou plutôt, s’enracine t-il dans une confusion idéologique sciemment instaurée et entretenue ou comme dit Rist, dans le « pouvoir de celui qui parvient à l’imposer» ?

Une analyse interactionnelle des émotions dans les institutions totales : le cas de l’émission radiophonique du centre de détention de Montréal

Le sujet principal de ce mémoire est l’expression des émotions en univers carcéral. L’émission radiophonique « Souverains Anonymes » a servi d’étude de cas pour ce travail. Dans cette étude, j’ai analysé en détail l’expression des émotions dans un environnement supposément hostile, soit le milieu carcéral. Je me suis appuyée sur la littérature portant sur les émotions et les institutions totales afin d’étudier un nouvel axe qui est celui de l’analyse interactionnelle de l’expression des émotions dans un environnement imposé, régimenté, a priori non propice à de telles expressions. Le corpus à partir duquel j’ai élaboré mes analyses est constitué, d’une vidéographie intitulée « Hommes de passage » réalisé par Bruno Boulianne. C’est une vidéographie, qui a été tourné sur l’émission de radio avec également des entretiens menés en dehors du contexte de la radio. Quatre extraits pertinents ont été retenus dans cette vidéographie pour l’analyse des moments visibles d’émotion. Le corpus est également constitué d’une journée d’observation de la préparation de cette émission, observation que j’ai enregistrée sous forme de notes manuscrites. Enfin une seconde journée d’observation m’a permise de compléter et de vérifier les résultats de mes analyses. Par l’analyse de toutes ces données, je tente de mieux comprendre comment et dans quelles circonstances les détenus expriment et parlent de leurs émotions. Comme nous le verrons à travers les analyses que je propose, il est principalement question de leur identité lorsque les détenus expriment ou parlent de leurs émotions. Il s’agit d’une identité qu’ils voudraient obtenir, soit celle qu’ils souhaitent regagner ou celle qu’ils souhaitent acquérir. Cette quête identitaire revêt différents aspects, entre autres, avec des références à la morale, à la famille ou encore aux murs de la prison. L’expression des émotions et l’expression identitaire apparaissent donc inextricablement liées dans leur discours.

Perception, jugement et erreur dans les Quaestiones De anima de Nicole Oresme

Dans la question 10 du livre II de son commentaire au traité De l’âme d’Aristote, Nicole Oresme soulève la question suivante : est-ce que le sens se trompe relativement à son objet propre? S’attaquant à la problématique de l’illusion sensible, il soutient qu’il y a effectivement place pour l’erreur dans la connaissance sensible puisque les facultés sensitives de l’âme ont la capacité de former des jugements. Influencé par le modèle perspectiviste de la vision, Oresme met l’accent sur le rôle des sens internes, plutôt que les sens externes, dans la perception. Ce mémoire de maîtrise a pour but d’élucider les notions de « concept » (conceptus), « jugement » (iudicium) et « discours » (discursus) telles qu’Oresme les emploie dans le deuxième livre de ses Quaestiones De anima et est accompagné d’une traduction des questions I.4, II.8-15 et II.21 des Quaestiones De anima.

Caractérisation de l’implication de β-caténine dans les tumeurs surrénaliennes

Les lésions surrénaliennes surviennent dans la population générale à une fréquence d’environ 2-3%. Parmi les anomalies génétiques identifiées jusqu’à présent dans les tumeurs surrénaliennes, les mutations somatiques de β-caténine sont les plus prévalentes. Elles sont présentes dans environ 20% des adénomes et carcinomes cortico-surrénaliens. β-caténine est l’élément central de la voie canonique de WNT qui joue un rôle crucial dans le développement embryonnaire, l’homéostase et la tumourigenèse. Les mutations activatrices de β-caténine conduisent à l’accumulation nucléaire de β- caténine qui interagit avec les TCF/LEF-1 qui active la transcription des gènes cibles. Les gènes cibles de β-caténine, varient et dépendent du contexte cellulaire. Dans la glande surrénale, les gènes cibles de β-caténine sont inconnus. Nous avons effectué des études de microarray qui nous ont permis d’identifier 490 transcrits dérégulés dans les adénomes corticosurrénaliens porteurs de mutations ponctuelles de β-caténine. L’expression aberrante d’ISM1, RALBP1, PDE2A, CDH12, ENC1, PHYHIP et CITED2 dans les adénomes porteurs de mutations de β-caténine a été confirmée par PCR en temps réel. Le traitement des cellules humaines de carcinome cortico-surrénalien H295R (mutation de CTNNB1, Ser45Prol) avec les inhibiteurs de β-caténine/TCF (PKF115-584 et PNU74654) ont confirmé l'implication de β-caténine dans la régulation transcriptionelle d’ISM1, RALBP1, PDE2A, ENC1 et CITED2. En conclusion, nos travaux ont conduit à l’identification de nouveaux gènes cibles de β-catenin impliqués dans la tumourigenèse cortico-surrénalienne.

Contrôle de la réponse immunitaire par l’indoleamine 2,3-dioxygénase : étude de la régulation d’une molécule immuno-suppressive dans les cellules cancéreuses et les lymphocytes B chez l’humain

Le système immunitaire se doit d’être étroitement régulé afin d’éviter que des réponses immunologiques inappropriées ou de trop forte intensité ne surviennent. Ainsi, différents mécanismes permettent de maintenir une tolérance périphérique, mais aussi d’atténuer la réponse lorsque celle-ci n’est plus nécessaire. De tels mécanismes sont cependant aussi exploités par les tumeurs, qui peuvent ainsi échapper à une attaque par le système immunitaire et donc poursuivre leur progression. Ces mécanismes immunosuppresseurs nuisent non seulement à la réponse naturelle contre les cellules tumorales, mais font aussi obstacle aux tentatives de manipulation clinique de l’immunité visant à générer une réponse anti-tumorale par l’immunothérapie. L’un des mécanismes par lesquels les tumeurs s’évadent du système immunitaire est l’expression d’enzymes responsables du métabolisme des acides aminés dont l’une des principales est l’indoleamine 2,3-dioxygénase (IDO). Cette dernière dégrade le tryptophane et diminue ainsi sa disponibilité dans le microenvironnement tumoral, ce qui engendre des effets négatifs sur la prolifération, les fonctions et la survie des lymphocytes T qui y sont présents. Bien que la régulation de l’expression de cette enzyme ait été largement étudiée chez certaines cellules présentatrices d’antigènes, dont les macrophages et les cellules dendritiques, peu est encore connu sur sa régulation dans les cellules tumorales humaines. Nous avons posé l’hypothèse que différents facteurs produits par les cellules immunitaires infiltrant les tumeurs (TIIC) régulent l’expression de l’IDO dans les cellules tumorales. Nous avons effectivement démontré qu’une expression de l’IDO est induite chez les cellules tumorales humaines, suite à une interaction avec des TIIC. Cette induction indépendante du contact cellulaire résulte principalement de l’interféron-gamma (IFN-g) produit par les lymphocytes T activés, mais est régulée à la baisse par l’interleukine (IL)-13. De plus, la fludarabine utilisée comme agent chimiothérapeutique inhibe l’induction de l’IDO chez les cellules tumorales en réponse aux lymphocytes T activés. Cette observation pourrait avoir des conséquences importantes en clinique sachant qu’une forte proportion d’échantillons cliniques provenant de tumeurs humaines exprime l’IDO. Enfin, les lymphocytes B, qui sont retrouvés également dans certaines tumeurs et qui interagissent étroitement avec les lymphocytes T, sont aussi susceptibles à une induction transcriptionnelle et traductionnelle de l’IDO. Cette enzyme est cependant produite sous une forme inactive dans les lymphocytes B, ce qui rend peu probable l’utilisation de l’IDO par les lymphocytes B comme mécanisme pour freiner la réponse immunitaire. Nos travaux apportent des informations importantes quant à la régulation de l’expression de la molécule immunosuppressive IDO dans les cellules cancéreuses. Ils démontrent que l’expression de l’IDO est influencée par la nature des cytokines présentes dans le microenvironnement tumoral. De plus son expression est inhibée par la fludarabine, un agent utilisé pour le traitement de certains cancers. Ces données devraient être prises en considération dans la planification de futurs essais immunothérapeutiques, et pourraient avoir un impact sur les réponses cliniques anti-tumorales.

Tendances de l’incapacité chez les aînés vivant dans les ménages privés au Canada, et caractéristiques sociodémographiques associées, 1994-2005

Le vieillissement de la population canadienne qui est appréhendé dans les années à venir entrainera son lot de défis pour l’administration des soins et services de longue durée. Par contre, une amélioration de l’état de santé fonctionnelle de la population pourrait atténuer le rythme de croissance du nombre d’aînés en état d’incapacité. Utilisant les données transversales de l’Enquête nationale sur la santé de la population (ENSP) et de l’Enquête de santé dans les collectivités canadiennes (ESCC), cette recherche analyse les tendances dans les niveaux d’incapacité chez les personnes de 65 ans et plus vivant dans les ménages privés au Canada entre 1994 et 2005, ainsi que les caractéristiques sociodémographiques associées au risque d’être en incapacité. Les résultats montrent que la prévalence de l’incapacité est à la baisse durant la période, et que parmi les personnes en incapacité, la proportion présentant une incapacité légère a diminué. Tout étant égal par ailleurs, certaines caractéristiques sociodémographiques augmentent le risque pour une personne âgée d’être en incapacité, notamment l’âge, être une femme, la faible scolarité, et être veuf, séparé ou divorcé. Cependant, les limites relativement importantes quant à la qualité des données font en sorte que nous devons interpréter ces résultats avec prudence.

Routage adaptatif et qualité de service dans les réseaux optiques à commutation de rafales

Les réseaux optiques à commutation de rafales (OBS) sont des candidats pour jouer un rôle important dans le cadre des réseaux optiques de nouvelle génération. Dans cette thèse, nous nous intéressons au routage adaptatif et au provisionnement de la qualité de service dans ce type de réseaux. Dans une première partie de la thèse, nous nous intéressons à la capacité du routage multi-chemins et du routage alternatif (par déflection) à améliorer les performances des réseaux OBS, pro-activement pour le premier et ré-activement pour le second. Dans ce contexte, nous proposons une approche basée sur l’apprentissage par renforcement où des agents placés dans tous les nœuds du réseau coopèrent pour apprendre, continuellement, les chemins du routage et les chemins alternatifs optimaux selon l’état actuel du réseau. Les résultats numériques montrent que cette approche améliore les performances des réseaux OBS comparativement aux solutions proposées dans la littérature. Dans la deuxième partie de cette thèse, nous nous intéressons au provisionnement absolu de la qualité de service où les performances pire-cas des classes de trafic de priorité élevée sont garanties quantitativement. Plus spécifiquement, notre objectif est de garantir la transmission sans pertes des rafales de priorité élevée à l’intérieur du réseau OBS tout en préservant le multiplexage statistique et l’utilisation efficace des ressources qui caractérisent les réseaux OBS. Aussi, nous considérons l’amélioration des performances du trafic best effort. Ainsi, nous proposons deux approches : une approche basée sur les nœuds et une approche basée sur les chemins. Dans l’approche basée sur les nœuds, un ensemble de longueurs d’onde est assigné à chaque nœud du bord du réseau OBS pour qu’il puisse envoyer son trafic garanti. Cette assignation prend en considération les distances physiques entre les nœuds du bord. En outre, nous proposons un algorithme de sélection des longueurs d’onde pour améliorer les performances des rafales best effort. Dans l’approche basée sur les chemins, le provisionnement absolu de la qualité de service est fourni au niveau des chemins entre les nœuds du bord du réseau OBS. À cette fin, nous proposons une approche de routage et d’assignation des longueurs d’onde qui a pour but la réduction du nombre requis de longueurs d’onde pour établir des chemins sans contentions. Néanmoins, si cet objectif ne peut pas être atteint à cause du nombre limité de longueurs d’onde, nous proposons de synchroniser les chemins en conflit sans le besoin pour des équipements additionnels. Là aussi, nous proposons un algorithme de sélection des longueurs d’onde pour les rafales best effort. Les résultats numériques montrent que l’approche basée sur les nœuds et l’approche basée sur les chemins fournissent le provisionnement absolu de la qualité de service pour le trafic garanti et améliorent les performances du trafic best effort. En outre, quand le nombre de longueurs d’ondes est suffisant, l’approche basée sur les chemins peut accommoder plus de trafic garanti et améliorer les performances du trafic best effort par rapport à l’approche basée sur les nœuds.

Les gangs de rue en prison

Les gangs de rue suscitent aujourd’hui l’intérêt de nombreux chercheurs en raison de la menace qu’ils semblent poser à la société et ses institutions. En effet, depuis quelques années, les Services Correctionnels du Québec connaissent une hausse du nombre de personnes incarcérées associées aux gangs de rue et plusieurs questionnements sont soulevés face à la recrudescence de ces groupes en prison. Peu de recherches se sont penchées sur la question des gangs de rue en prison, alors que ceux-ci semblent être à la source de plusieurs problèmes aigus dans les institutions carcérales. Ainsi, ces derniers sont souvent associés à la criminalité et à la violence, que ce soit dans les médias ou dans la littérature scientifique et semblent être la source de plusieurs inquiétudes de la part du grand public; considérés comme imprévisibles et violents, ils font peur. Groupes diversifiés et difficiles à saisir, leur étude se veut non seulement primordiale vu leur nature, mais nécessaire afin d’en saisir la complexité et pouvoir agir, que ce soit au niveau de la prévention, de la gestion ou encore de la répression. Ce mémoire vise donc la compréhension de l’expérience des membres de gangs de rue dans les prisons provinciales québécoises. Dans ce cadre, nous avons procédé par une approche qualitative au moyen d’entretiens de type qualitatif menés auprès de détenus considérés par les services correctionnels comme étant proches ou membres de gangs de rue. Les vingt-et-une entrevues menées nous ont permis d’approfondir et de saisir le vécu de ces derniers en détention. De ces entretiens, trois grandes dimensions sont ressorties, soit l’organisation sociale des gangs de rue en prison, les conditions de détention difficiles dans lesquelles évoluent ces groupes ainsi que leur fonctionnement en prison. Nos analyses nous ont permis de dégager certains constats. À leur arrivée en prison, les individus affiliés aux gangs de rue sont doublement étiquetés, et se retrouvent dans des secteurs de détention spécifiques où les conditions sont particulièrement difficiles à vivre. Dans ce contexte, les gangs de rue tendent à reproduire en prison certains attributs associés aux gangs de rue, notamment une certaine structure et hiérarchie organisationnelle et un esprit de cohésion. Il ressort ainsi de notre étude que cette solidarité semble permettre aux gangs de rue de s’adapter à l’environnement hostile que représente la prison. Toutefois, cette solidarité nous parait être un obstacle ou du moins une difficulté inhérente à la prise en charge et à la gestion des gangs de rue en prison.

Enjeux éthiques, défis dans les soins de santé et prise de décisions pour les patients souffrant de troubles neurologiques de la conscience

Le coma, l’état végétatif et l’état de conscience minimale sont classés comme « troubles de la conscience ». La caractéristique commune à ces diagnostics est un état de conscience altéré. La technologie permet désormais de maintenir en vie les individus affligés de ces diagnostics. La nature même de leur condition et les soins disponibles pour ces patients conduisent à des dilemmes médicaux et éthiques importants. Ce mémoire propose une brève introduction des troubles de la conscience suivie d’une recension des écrits sur les enjeux éthiques et sociaux en lien avec ces diagnostics. Force est de constater que certains enjeux perdurent depuis des années comme le retrait de traitement. D’autres sont apparus plus récemment, comme l’enjeu lié à l’usage de la neuroimagerie. Un deuxième volet présente les résultats d’une étude qualitative examinant les perspectives et l’expérience des professionnels de la santé face aux enjeux éthiques lors de la prise en charge des patients atteints de troubles de la conscience. Cette étude a été réalisée par le biais d’un court questionnaire et d’entrevues semi-dirigées qui furent enregistrées puis analysées à l’aide du logiciel Nvivo. Les résultats démontrent entre autres que les répondants éprouvent un niveau de certitude élevé face au diagnostic bien qu’il soit souvent signalé comme un défi important dans la littérature. Le pronostic représente un enjeu crucial, y compris sa divulgation aux proches. Enfin, la relation avec la famille est un élément clé dans la prise en charge des patients et celle-ci est teintée par de multiples facteurs.

Troubles du rythme cardiaque dans les modèles murins transgéniques

Thèse en cotutelle avec Université de Nantes - Pays de La Loire - France (2005-2010)

Développement de méthodes analytiques pour la détection et la quantification de traces de produits pharmaceutiques dans les eaux du fleuve Saint Laurent

Le présent projet vise à documenter la nécessité d’augmenter notre connaissance de la présence des contaminants organiques tels que les médicaments dans l’environnement et d’évaluer leur devenir environnemental. On a étudié la présence de composés pharmaceutiques dans différents échantillons d'eau. On a focalisé nos efforts spécialement sur les échantillons d'eau de l'usine d'épuration de la Ville de Montréal et ses effluents, les eaux de surface avoisinantes et l’eau du robinet dans la région de Montréal. Pour ce faire, on a tout d’abord développé deux méthodes analytiques automatisées basées sur la chromatographie liquide avec extraction en phase solide (SPE) couplée à la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS). On a également étudié les performances des trois techniques d'ionisation à pression atmosphérique (API), pour ensuite les utiliser dans la méthode analytique développée. On a démontré que l'ionisation par électronébulisation (ESI) est une méthode d'ionisation plus efficace pour l'analyse des contaminants pharmaceutiques dans des échantillons de matrices très complexes comme les eaux usées. Une première méthode analytique SPE couplée à la LC-MS/MS a été développée et validée pour l'étude des échantillons complexes provenant de l'usine d'épuration de la Ville de Montréal et des eaux de surface près de l'usine. Cinq médicaments de prescription ont été étudiés: le bézafibrate (un régulateur de lipides), le cyclophosphamide et le méthotrexate (deux agents anticancéreux), l'orlistat (un agent anti-obésité) et l’énalapril (utilisé dans le traitement de l'hypertension). La plupart de ces drogues sont excrétées par le corps humain et rejetées dans les eaux usées domestiques en faisant par la suite leur chemin vers les usines municipales de traitement des eaux usées. On a pu démontrer qu'il y a un faible taux d’élimination à l'usine d'épuration pour le bézafibrate et l'énalapril. Ces deux composés ont aussi été détectés dans les eaux de surface sur un site à proximité immédiate de la décharge de l’effluent de la station d'épuration. i En observant la nécessité de l'amélioration des limites de détection de la première méthode analytique, une deuxième méthode a été développée. Pour la deuxième méthode, un total de 14 contaminants organiques, incluant trois agents anti-infectieux (clarithromycin, sulfaméthoxazole et triméthoprime), un anticonvulsant (carbamazépine) et son produit de dégradation (10,11-dihydrocarbamazépine), l'agent antihypertensif (enalapril), deux antinéoplastiques utilisés en chimiothérapie (cyclophosphamide et méthotrexate), des herbicides (atrazine, cyanazine, et simazine) et deux produits de transformation de l’atrazine (deséthylatrazine et déisopropylatrazine) ainsi qu’un agent antiseptique (triclocarban). Ces produits ont été quantifiés dans les eaux de surface ainsi que dans l’eau du robinet. L'amélioration des limites de détection pour cette méthode a été possible grâce à la charge d'un volume d'échantillon supérieur à celui utilisé dans la première méthode (10 mL vs 1 mL). D'autres techniques de confirmation, telles que les spectres des ions produits utilisant une pente d’énergie de collision inverse dans un spectromètre de masse à triple quadripôle et la mesure des masses exactes par spectrométrie de masse à temps d’envol, ont été explorées. L'utilisation d'un analyseur de masse à temps d’envol a permis la confirmation de 6 des 14 analytes. Finalement, étant donné leur haute toxicité et pour évaluer leur persistance et leur transformation au niveau du traitement des eaux potables, la cinétique d'oxydation du cyclophosphamide et de méthotrexate avec l'ozone moléculaire et des radicaux OH a été étudiée. Les constantes de dégradation avec l'ozone moléculaire ont été calculées et la qualité de l'eau après traitement a pu être évaluée. Le rendement du processus d'ozonation a été amélioré pour la cyclophosphamide dans les eaux naturelles, en raison de la combinaison de réactions directes et indirectes. Cette étude a montré que l'ozone est très efficace pour oxyder le méthotrexate mais que le cyclophosphamide serait trop lent à s’oxyder pour un traitement efficace aux conditions usuelles de traitement de l’eau potable.

Cartographie du réseau d'interactions protéiques de la machinerie de transcription dans les cellules humaines

Les protéines sont les macromolécules les plus polyvalentes de la cellule. Elles jouent un rôle fondamental dans la majorité des processus biologiques à travers la formation de complexes multi-protéiques. Durant la transcription, une multitude de facteurs sont impliquées dans le contrôle de l’activité des complexes ARN polymérases. Notre laboratoire s’est intéressé au réseau d’interaction de la machinerie de transcription des ARN polymérases nucléaires, dans le but de mieux comprendre leurs mécanismes de régulation. Pour ce faire, une procédure protéomique comprenant la purification de complexes protéiques par affinité couplée à la spectrométrie de masse et à l’analyse bioinformatique a été développée. La méthode de purification TAP (Tandem Affinity Purification) a été adaptée pour permettre la purification de complexes protéiques solubles assemblés in vivo à partir de cellules humaines. L’objectif de mon projet de maîtrise était de purifier le complexe de l’ARN Pol I ainsi que de poursuivre l’expansion du réseau d’interactions protéine-protéine de la machinerie de transcription de l’ARN Pol II humaine. À l’aide des protéines POLR1E, TWISTNB, POLR2E, PFDN4, MBD2, XPA, CAND1 et PDCD5 étiquetées (TAP-tag) exprimées dans des lignées cellulaires ECR-293, plusieurs complexes protéiques solubles ont été purifiés et analysés par spectrométrie de masse. Les interactions protéiques ont été triées et validées bioinformatiquement pour donner en final une liste d’interactions ayant un haut degré de confiance à partir de laquelle des réseaux d’interactions protéine-protéine ont été créés. Le réseau créé au cours de ce projet connecte plusieurs composantes de la machinerie transcriptionnelle tels que les ARN Pol I, II et III, les complexes RPAP3/R2TP/prefoldin-like, TRiC/CCT, Mi-2/NuRD et des facteurs de transcription et de réparation de l’ADN. Ce type d’analyse nous a permis d’identifier et de caractériser de nouveaux régulateurs de la machinerie de transcription de l’ARN Pol I et II et de mieux comprendre son fonctionnement.