Some Applications of Markov Additive Processes as Models in Insurance and Financial Mathematics

Cette thèse est principalement constituée de trois articles traitant des processus markoviens additifs, des processus de Lévy et d'applications en finance et en assurance. Le premier chapitre est une introduction aux processus markoviens additifs (PMA), et une présentation du problème de ruine et de notions fondamentales des mathématiques financières. Le deuxième chapitre est essentiellement l'article "Lévy Systems and the Time Value of Ruin for Markov Additive Processes" écrit en collaboration avec Manuel Morales et publié dans la revue European Actuarial Journal. Cet article étudie le problème de ruine pour un processus de risque markovien additif. Une identification de systèmes de Lévy est obtenue et utilisée pour donner une expression de l'espérance de la fonction de pénalité actualisée lorsque le PMA est un processus de Lévy avec changement de régimes. Celle-ci est une généralisation des résultats existant dans la littérature pour les processus de risque de Lévy et les processus de risque markoviens additifs avec sauts "phase-type". Le troisième chapitre contient l'article "On a Generalization of the Expected Discounted Penalty Function to Include Deficits at and Beyond Ruin" qui est soumis pour publication. Cet article présente une extension de l'espérance de la fonction de pénalité actualisée pour un processus subordinateur de risque perturbé par un mouvement brownien. Cette extension contient une série de fonctions escomptée éspérée des minima successives dus aux sauts du processus de risque après la ruine. Celle-ci a des applications importantes en gestion de risque et est utilisée pour déterminer la valeur espérée du capital d'injection actualisé. Finallement, le quatrième chapitre contient l'article "The Minimal entropy martingale measure (MEMM) for a Markov-modulated exponential Lévy model" écrit en collaboration avec Romuald Hervé Momeya et publié dans la revue Asia-Pacific Financial Market. Cet article présente de nouveaux résultats en lien avec le problème de l'incomplétude dans un marché financier où le processus de prix de l'actif risqué est décrit par un modèle exponentiel markovien additif. Ces résultats consistent à charactériser la mesure martingale satisfaisant le critère de l'entropie. Cette mesure est utilisée pour calculer le prix d'une option, ainsi que des portefeuilles de couverture dans un modèle exponentiel de Lévy avec changement de régimes.

Processus d'implantation d'une mesure législative favorisant la sécurité des patients : le cas de la Loi 113 au Québec

Au Québec, la Loi 113 a été adoptée en 2002 pour réduire l’incidence et les conséquences des événements indésirables survenus en cours de soins de santé. Cette loi oblige à effectuer plusieurs modifications tant au niveau administratif que clinique, notamment, la création de comités de gestion du risque, l’établissement de politiques pour la divulgation aux patients et la déclaration systématique des événements indésirables dans les institutions hospitalières. Cependant, la capacité de ces établissements à implanter les mesures requises par la loi a été mise en doute par certains auteurs. L’objectif de cette thèse a été d’étudier le processus d’implantation de la loi 113 à partir d’un cadre théorique intégrant les approches dites de développement organisationnel, institutionnelle et politique. Pour cela, nous avons mené une étude de cas multiples, chaque cas étant représenté par un type d’hôpital qualifié dans le contexte de notre étude de « petit », « grand » et « universitaire ». Les procédures de cueillette des données ont consisté en des entrevues avec des administrateurs et des professionnels de santé, des séances d’observation de comités de gestion des risques, et une analyse de documents issus des secteurs administratifs de chaque institution. Les résultats suggèrent une implantation progressive et variable de la loi d’un hôpital à l’autre et la présence de conflits entre les pratiques professionnelles ou organisationnelles et les nouvelles normes légales. Ces dernières semblent avoir été adoptées au niveau administratif, tandis que les normes professionnelles et organisationnelles ont continué à prédominer au niveau clinique, une situation ayant entraîné un climat de méfiance entre les milieux administratif et clinique, plus particulièrement parmi les médecins de chaque établissement hospitalier. Les résultats de notre étude indiquent également que les stratégies ayant le plus contribué au changement résultent d’une forte légitimité et du leadership des principaux agents de changement, comme la gouverne et le gestionnaire de risque, et de la gestion avisée de l’environnement organisationnel. Cependant, malgré les efforts continus mobilisés au sein de chaque établissement pour implanter la loi, on a pu constater la persistance d’une résistance de certains acteurs clefs. En conclusion, l’implication et la contribution des détenteurs d’enjeux internes et externes de l’organisation sont nécessaires pour aboutir à une vision commune et aligner les différentes interventions afin d’assurer le succès de l’implantation de la loi.

Étude d’impact de l’alimentation entérale précoce sur la durée de séjour hospitalier pour la chirurgie colique

Introduction: La réinstitution de l’alimentation entérale en deçà de 24h après une chirurgie digestive semble a priori conférer une diminution du risque d’infections de plaie, de pneumonies et de la durée de séjour. Le but de cette étude est de vérifier l’effet de la reprise précoce de l’alimentation entérale sur la durée de séjour hospitalier suite à une chirurgie colique. Méthodes: Il s’agit d’une étude prospective randomisée dans laquelle 95 patients ont été divisés aléatoirement en deux groupes. Dans le groupe contrôle, la diète est réintroduite lorsque le patient passe des gaz ou des selles per rectum, et qu’en plus il n’est ni nauséeux ni ballonné. Les patients du groupe expérimental reçoivent pour leur part une diète liquide dans les 12 heures suivant la chirurgie, puis une diète normale aux repas subséquents. L’objectif primaire de cette étude est de déterminer si la réinstitution précoce de l'alimentation entérale post chirurgie colique diminue la durée de séjour hospitalier lorsque comparée au régime traditionnel de réintroduction de l’alimentation. Les objectifs secondaires sont de quantifier l’effet de la réintroduction précoce de la diète sur les morbidités periopératoires et sur la reprise du transit digestif. Résultats: La durée de séjour hospitalier a semblé être légèrement diminuée dans le groupe expérimental (8,78±3,85 versus 9,41±5,22), mais cette difference n’était pas statistiquement significative. Des nausées ou des vomissements furent rapportés chez 24 (51%) patients du bras experimental et chez 30 (62.5%) patients du groupe contrôle. Un tube nasogastrique a du être installé chez un seul patient du groupe experimental. La morbidité périopératoire fut faible dans les deux groupes. Conclusion: Il semble sécuritaire de nourrir précocément les patients suite à une chirurgie colique. Cependant cette étude n’a pu démontrer un impact significatif de la reintroduction précoce de l alimentation per os sur la durée de séjour hospitalier.

Etude des déterminants génétiques des psychoses à début précoce. Génétique de la schizophrénie et hypothèse glutamatergique

Les troubles schizophréniques (SCZ) ont une forte héritabilité, de l’ordre de 80%, mais, une très faible part du risque génétique a été identifiée. La plupart des études ont considéré l’implication de polymorphismes fréquents, chacun ayant un effet relativement faible individuellement, alors que les études de variants du nombre de copies (CNVs) ainsi que les études d’anomalies chromosomiques ont pointé l’implication possible de variants rares et de novo à une forte pénétrance. Dans une première partie, nous présentons une synthèse sur les facteurs génétiques dans la SCZ, puis une revue des arguments en faveur de l’implication d’anomalies du système glutamatergique dans la SCZ, domaine sur lequel s’est centré notre travail. Notre travail s’inscrit dans un projet plus vaste, Synapse to Disease (S2D) ayant pour objectif de séquencer 1000 gènes synaptiques dans des cohortes de patients atteints de schizophrénie ou de troubles du spectre autistique. Nous avons exploré en particulier le système glutamatergique et les récepteurs NMDA. Dans un premier article, nous montrons une association d’une mutation troncante de novo de la kinésine 17, impliquée dans le transport de la sous-unité GRIN2B des récepteurs NMDA. Dans un second article, nous explorons les mutations rares et de novo dans les sous-unités des récepteurs NMDA et montrons l’association de mutation de novo dans GRIN2A et GRIN2B avec des cas de SCZ et d’autisme. Nos résultats renforcent l’idée qu’une part des cas de schizophrénie pourrait être due à l’implication de mutations rare à effet majeur, hypothèse alternative mais non exclusive à l’hypothèse d’interactions entre variants génétiques fréquents à effet mineur.

L'évolution des comportements d'agressivité physique de la petite enfance à l'âge scolaire : le rôle des relations d'amitié en début de scolarisation

Cette thèse avait pour objectif d’examiner les liens longitudinaux entre les relations d’amitié et l’évolution des comportements d’agressivité physique en début de scolarisation. Guidé par les principes énoncés par les théoriciens de l’apprentissage social, de l’attachement, du développement de la personnalité et de la théorie du jugement moral, le rôle principal et modérateur de certaines dimensions spécifiques à la qualité de la relation d’amitié, ainsi que des attributs comportementaux des amis et des caractéristiques personnelles de l’enfant a été évalué. Des données provenant de l’Étude Longitudinale du Développement des Enfants du Québec (ELDEQ), de l’Étude des Jumeaux nouveau-nés du Québec (EJNQ) et de l’évaluation des effets d’un programme d’intervention dyadique ont été analysées. Les mesures utilisées dans cette thèse ont été collectées entre la maternelle et la 2e année du primaire, soit de 5 à 8 ans, directement auprès des enfants, de leurs amis, leurs pairs, leurs parents et leurs enseignants par le biais de questionnaires, d’entrevues sociométriques et de mises en situation hypothétiques. En lien avec la perspective de l’apprentissage social, les résultats ont montré que l’association à des amis agressifs en maternelle est liée à une augmentation des comportements d’agressivité physique chez l’enfant. Cependant, en lien avec les théories du développement de la personnalité et la perspective de l’attachement, le fait d’établir une relation d’amitié de bonne qualité est reliée à une diminution des comportements agressifs à travers le temps. De plus, une interaction entre la qualité de la relation et les attributs comportementaux des amis a indiqué que le risque lié à l’association à des amis agressifs est atténué dans le contexte d’une relation d’amitié de bonne qualité. Les résultats indiquent également que chez les garçons, la présence de conflits entre amis à la maternelle est associée de façon linéaire à de plus hauts niveaux de comportements agressifs, indépendamment du risque génétique de l’enfant face à cette problématique. Une interaction triple a par ailleurs révélé que le conflit n’était pas lié à une augmentation de l’agressivité physique dans le contexte d’une relation d’amitié caractérisée par l’affect positif et une bonne capacité à régler les conflits. Enfin, les résultats ont montré un effet indirect d’une intervention dyadique sur la diminution des comportements d’agressivité physique, qui opère à travers l’amélioration de la capacité des amis à régler leurs conflits. Ces résultats appuient le rôle bénéfique de la qualité de la relation d’amitié sur l’évolution des manifestations de comportements d’agressivité physique et suggèrent que cet aspect relationnel soit pris en compte dans les programmes de prévention des conduites agressives. En somme, la mise en évidence d’associations et d’interactions significatives entre la qualité des relations d’amitié, les attributs comportementaux des amis et les manifestations de comportements d’agressivité physique en début de scolarisation suggère que certains aspects et dimensions relationnelles positives peuvent être bénéfiques au développement des enfants agressifs. La prévention du maintien et de l’aggravation des conduites agressives par l’entremise de l’amélioration de la qualité des relations d’amitié représente une avenue prometteuse.

Mechanism and Prediction of Post-Operative Atrial Fibrillation Based on Atrial Electrograms

La fibrillation auriculaire (FA) est une arythmie touchant les oreillettes. En FA, la contraction auriculaire est rapide et irrégulière. Le remplissage des ventricules devient incomplet, ce qui réduit le débit cardiaque. La FA peut entraîner des palpitations, des évanouissements, des douleurs thoraciques ou l’insuffisance cardiaque. Elle augmente aussi le risque d'accident vasculaire. Le pontage coronarien est une intervention chirurgicale réalisée pour restaurer le flux sanguin dans les cas de maladie coronarienne sévère. 10% à 65% des patients qui n'ont jamais subi de FA, en sont victime le plus souvent lors du deuxième ou troisième jour postopératoire. La FA est particulièrement fréquente après une chirurgie de la valve mitrale, survenant alors dans environ 64% des patients. L'apparition de la FA postopératoire est associée à une augmentation de la morbidité, de la durée et des coûts d'hospitalisation. Les mécanismes responsables de la FA postopératoire ne sont pas bien compris. L'identification des patients à haut risque de FA après un pontage coronarien serait utile pour sa prévention. Le présent projet est basé sur l'analyse d’électrogrammes cardiaques enregistrées chez les patients après pontage un aorte-coronaire. Le premier objectif de la recherche est d'étudier si les enregistrements affichent des changements typiques avant l'apparition de la FA. Le deuxième objectif est d'identifier des facteurs prédictifs permettant d’identifier les patients qui vont développer une FA. Les enregistrements ont été réalisés par l'équipe du Dr Pierre Pagé sur 137 patients traités par pontage coronarien. Trois électrodes unipolaires ont été suturées sur l'épicarde des oreillettes pour enregistrer en continu pendant les 4 premiers jours postopératoires. La première tâche était de développer un algorithme pour détecter et distinguer les activations auriculaires et ventriculaires sur chaque canal, et pour combiner les activations des trois canaux appartenant à un même événement cardiaque. L'algorithme a été développé et optimisé sur un premier ensemble de marqueurs, et sa performance évaluée sur un second ensemble. Un logiciel de validation a été développé pour préparer ces deux ensembles et pour corriger les détections sur tous les enregistrements qui ont été utilisés plus tard dans les analyses. Il a été complété par des outils pour former, étiqueter et valider les battements sinusaux normaux, les activations auriculaires et ventriculaires prématurées (PAA, PVA), ainsi que les épisodes d'arythmie. Les données cliniques préopératoires ont ensuite été analysées pour établir le risque préopératoire de FA. L’âge, le niveau de créatinine sérique et un diagnostic d'infarctus du myocarde se sont révélés être les plus importants facteurs de prédiction. Bien que le niveau du risque préopératoire puisse dans une certaine mesure prédire qui développera la FA, il n'était pas corrélé avec le temps de l'apparition de la FA postopératoire. Pour l'ensemble des patients ayant eu au moins un épisode de FA d’une durée de 10 minutes ou plus, les deux heures précédant la première FA prolongée ont été analysées. Cette première FA prolongée était toujours déclenchée par un PAA dont l’origine était le plus souvent sur l'oreillette gauche. Cependant, au cours des deux heures pré-FA, la distribution des PAA et de la fraction de ceux-ci provenant de l'oreillette gauche était large et inhomogène parmi les patients. Le nombre de PAA, la durée des arythmies transitoires, le rythme cardiaque sinusal, la portion basse fréquence de la variabilité du rythme cardiaque (LF portion) montraient des changements significatifs dans la dernière heure avant le début de la FA. La dernière étape consistait à comparer les patients avec et sans FA prolongée pour trouver des facteurs permettant de discriminer les deux groupes. Cinq types de modèles de régression logistique ont été comparés. Ils avaient une sensibilité, une spécificité et une courbe opérateur-receveur similaires, et tous avaient un niveau de prédiction des patients sans FA très faible. Une méthode de moyenne glissante a été proposée pour améliorer la discrimination, surtout pour les patients sans FA. Deux modèles ont été retenus, sélectionnés sur les critères de robustesse, de précision, et d’applicabilité. Autour 70% patients sans FA et 75% de patients avec FA ont été correctement identifiés dans la dernière heure avant la FA. Le taux de PAA, la fraction des PAA initiés dans l'oreillette gauche, le pNN50, le temps de conduction auriculo-ventriculaire, et la corrélation entre ce dernier et le rythme cardiaque étaient les variables de prédiction communes à ces deux modèles.

Consumption of black tea and coffee and the risk of lung cancer

Objectif: Étudier l’association entre la consommation de café, la consommation de thé noir et le risque de cancer du poumon. Méthodologie: Cette recherche utilise les données obtenues lors d’une étude cas-témoin effectuée à Montréal avec des résidents canadiens âgés entre 35 et 75 ans recrutés entre 1996 et 2001. Les cas étaient des individus atteints du cancer et diagnostiqués entre 1996 et 1997 dans l’un des 18 hôpitaux de la région du Grand-Montréal. Les contrôles on été sélectionnés à partir de la liste électorale et appariés selon la fréquence de distribution des cas par groupe d’âge de 5 ans, par sexe et par district électoral. Au total, 1130 cas et 1484 contrôles ont été inclus dans cette étude. Les rapports de cote (RC) et les intervalles de confiance de 95% (CI) des associations entre la consommation de thé noir, de café et le cancer du poumon ont été estimés à l’aide de la régression logistique non conditionnelle. Quatre aspects de la consommation ont été analysés dans des modèles multivariés distincts: la fréquence de consommation, la consommation journalière moyenne, la durée de consommation et la consommation cumulative. Les covariables potentielles considérées incluaient : l’âge, le sexe, l’historique de tabagisme, le statut du répondant, l’ethnicité, la consommation d’alcool, la consommation de fruit et de légume, l’apport énergétique journalier, l’exposition a des agents professionnelle et les variables socio-économiques . Des analyses secondaires par le sexe, le tabagisme et le type histologique de cancer on été effectuées. Résultats : Aucune association statistiquement significative n’a été observée entre la consommation de thé noir et le cancer du poumon. Nos résultats suggèrent qu’une consommation de ≥ 50 ans était associée avec une augmentation du risque d’adénocarcinome comparée à aucune consommation. Nous avons observé une association inverse statistiquement significative entre la consommation occasionnelle de café et le cancer du poumon (RC : 0.32, 95%CI : 0.17-0.59). La durée de consommation de café n’était pas associée avec le cancer du poumon. Conclusion : Nos résultats suggèrent que la consommation à long terme de thé noir pourrait augmenter le risque d’adénocarcinome. D’un autre côté, la consommation occasionnelle de café pourrait réduire le risque de cancer du poumon.

Avant-propos

Le présent numéro spécial de Lex electronica publie les Actes du colloque « Qui gère le risque environnemental ? La prise en charge juridique du risque en Europe et au Canada » qui s’est déroulé les 29 et 30 septembre 2011, au Centre de recherche en droit public (CRDP) de la Faculté de droit de l’Université de Montréal. Dans leur avant propos, Hélène Trudeau et Jaceques Papy nous décrivent l'intérêt de la reprise de ces conférences dans cette publication estivale.

La discrimination génétique et l’assurance-vie : les mesures de protection actuelles suffisent-elles?

"De plus en plus, la recherche en génétique s'attarde à identifier les mutations de gènes qui prédisposent les porteurs de ces mutations à des maladies complexes. La recherche tente également d'établir un lien entre le développement de la maladie pour certains porteurs en fonction de leur contexte socio-économique et de leur interaction avec l'environnement. Compte tenu de ces nombreux facteurs d'analyse, l'interprétation des caractéristiques génétiques d'un individu et du risque qui en découle s'avère particulièrement complexe. Or, cette complexité croissante se produit alors même que l'accès aux données génétiques se banalise et qu'il est maintenant possible pour quiconque d'obtenir une analyse personnalisée de son génome via l'internet. La discrimination génétique n'est pas définie en droit canadien ; il est généralement acquis que, dans le contexte de l'assurance-vie, celle-ci est susceptible d'avoir des conséquences désastreuses. Cependant, nous ne croyons pas que l'information d'ordre génétique doive être l'objet d'une approche exceptionnelle causant accrocs au droit général des assurances. D'autant plus, les conséquences du risque de discrimination génétique semblent davantage relevées de la crainte que de l'exercice d'une discrimination réelle. Dans ce contexte, il s'avère nécessaire d'évaluer les mesures de protection contre la discrimination génétique dans le contexte de l'assurance-vie. Pour ce faire, nous abordons, d'une part, les normes d'application générale en matière de protection contre la discrimination; normes parmi lesquelles la Charte des droits et libertés de la personne offre une protection intéressante. D'autre part, nous nous intéressons aux normes visant la discrimination spécifiquement génétique, notamment le nouvel Genetic Information Nondiscrimination Act et l'affaire Audet c. Industrielle-Alliance. Enfin, nous proposons des mesures minimales qui sauraient s'avérer utile pour préserver un juste équilibre."

Une analyse des facteurs reliés au sentiment d’insécurité en milieu carcéral

Depuis longtemps, le sentiment d’insécurité suscite l’intérêt des chercheurs en sciences sociales. En milieu carcéral, ce phénomène est encore peu étudié. Les différentes études arrivent à des résultats incohérents par rapport aux facteurs reliés au sentiment d’insécurité des détenus. Les différentes façons de conceptualiser et de mesurer ce phénomène apparaissent souvent comme une des causes de l’incohérence des résultats obtenus. La présente étude a comme objectif général d’approfondir les connaissances sur le sentiment d’insécurité des incarcérés et présente les objectifs spécifiques suivants: (1) dresser un portrait quantitatif du sentiment d'insécurité en tenant compte de ses dimensions affective, cognitive et comportementale; (2) estimer le taux de victimisation dans les pénitenciers canadiens du Québec; (3) analyser les facteurs reliés aux différentes dimensions du sentiment d'insécurité; (4) analyser l’interrelation entre les différentes dimensions du sentiment d’insécurité. Afin d’atteindre ces objectifs, les données recueillies auprès de 293 détenus de dix pénitenciers québécois ont été analysées. Des analyses descriptives ont été utilisées pour documenter le sentiment d’insécurité des détenus en tenant compte de différentes dimensions. Des analyses bi variées et multi variées ont permis d'identifier les facteurs individuels et contextuels en relation significative avec les différentes dimensions du sentiment d’insécurité. Des modèles de régression hiérarchisée ont permis d’analyser l’interrelation entre les différentes dimensions du sentiment d’insécurité, en tenant compte de l’influence de facteurs individuels et contextuels. Les résultats ont révélé un niveau d’insécurité peu élevé et variable parmi la population carcérale et aussi que les différentes dimensions du sentiment d’insécurité étaient affectées par différents facteurs et qu'elles étaient partiellement inter reliées.

Tendances de la fécondité canadienne au XIXe siècle : analyse des recensements canadiens de 1852 et 1881

Ce mémoire présente une analyse indirecte détaillée des niveaux de la fécondité de la population canadienne au XIXe siècle. L’exploitation des recensements canadiens de 1852 et 1881 est rendue possible grâce au Programme de recherche en démographie historique (PRDH) constituant ainsi la source de données sur laquelle s'appuie ce mémoire. Une analyse critique du recensement canadien de 1852 établit qu’il est représentatif pour ce qui est de l’âge des individus, du sexe, de l’état matrimonial, du lieu de naissance et du type de maison habitée, malgré la destruction de près d’un tiers de ses manuscrits avant d’avoir été transposés sur microfilm. De plus, l’impact de l’absence totale ou partielle des données pour les villes est mitigé, car moins de 10 % de la population était établi en ville cette année-là. L’utilisation de micro-données censitaires permet d’élaborer différentes mesures de la fécondité, telles que le rapport enfants par femme et la méthode des enfants propres. Des résultats inédits sont d'ailleurs présentés, notamment à l’aide du recensement de 1852, car ces données n’ont pas encore été exploitées, permettant ainsi d’allonger dans le temps l’analyse de la fécondité.Une analyse différentielle du risque qu’ont les femmes mariées âgées entre 40 et 49 ans vivant avec un enfant de moins de 5 ans a démontré que la fécondité effective était plus élevée chez les femmes catholiques nées au Canada, appartenant au groupe d’âge plus jeune (40-44 ans), vivant en zone rurale et ayant un mari cultivateur. Nous concluons que ces associations sont évidentes autant en 1852 qu’en 1881.

Cohorte de patients avec le VIH/SIDA : échecs virologiques et effets de thérapies antirétrovirales sur la fonction rénale et l'hyperbilirubinémie

Le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) est à l’origine d’une infection chronique, elle-même responsable du développement du syndrome d'immunodéficience acquise (SIDA), un état de grande vulnérabilité où le corps humain est à la merci d’infections opportunistes pouvant s’avérer fatales. Aujourd’hui, 30 ans après la découverte du virus, même si aucun vaccin n’a réussi à contrôler la pandémie, la situation s’est grandement améliorée. Conséquemment à l’arrivée de traitements antirétroviraux hautement actifs (HAART) à la fin des années 1990, la mortalité associée au VIH/SIDA a diminué et un plus grand nombre de personnes vivent maintenant avec l'infection. La présente thèse avait pour objectif d’aborder trois situations problématiques, en dépit de l’efficacité reconnue des HAART, plus particulièrement la faible charge virale persistante (LLV) et sa relation avec l’échec virologique, ainsi que les effets de certains antirétroviraux (ARV) sur les fonctions rénale et hépatique. Les objectifs précis étaient donc les suivants : 1) étudier le risque d’échec virologique à long terme chez les patients sous HAART dont la charge virale est indétectable comparativement aux patients affichant une LLV persistante; 2) évaluer sur le long terme la perte de fonction rénale associée à la prise de ténofovir (TDF) 3) étudier sur le long terme l'hyperbilirubinémie associée à la prise d’atazanavir (ATV) et ses autres déterminants possibles. Afin d’atteindre les trois objectifs susmentionnés, une cohorte de 2 416 patients atteints du VIH/SIDA, suivis depuis juillet 1977 et résidant à Montréal, a été utilisée. Pour le premier objectif, les résultats obtenus ont montré un risque accru d’échec virologique établi à >1000 copies/ml d’ARN VIH chez tous les patients qui présentaient une LLV persistante de différentes catégories durant aussi peu que 6 mois. En effet, on a observé qu’une LLV de 50-199 copies/ml persistant pendant six mois doublait le risque d’échec virologique (Hazard ratio (HR)=2,22, Intervalle de confiance (CI) 95 %:1,60–3,09). Ces résultats pourraient modifier la façon dont on aborde actuellement la gestion des patients affichant une LLV, et plus particulièrement une LLV de 50-199 copies/ml, pour laquelle aucune recommandation clinique n’a encore été formulée en raison du manque de données. Pour le deuxième objectif, on a observé une augmentation du risque de perte de fonction rénale de l’ordre de 63 % (HR=1,63; 95% CI:1,26–2,10) chez les patients sous TDF comparativement aux patients traités avec d’autres ARV. La perte de fonction rénale directement attribuable à la prise de TDF, indique que cette perte est survenue au cours des premières années de l’exposition du patient au médicament. D’une perspective à long terme, cette perte est considérée comme modérée. Enfin, pour ce qui est du troisième objectif, on a constaté que l’incidence cumulative d’hyperbilirubinémie était très élevée chez les patients sous ATV, mais que cette dernière pouvait régresser lorsque l’on mettait fin au traitement. L’hyperbilirubinémie à long terme observée avec la prise d’ATV n’a été associée à aucun effet néfaste pour la santé. Dans l’ensemble, la présente thèse a permis de mieux comprendre les trois situations problématiques susmentionnées, qui font actuellement l’objet de débats au sein de la communauté scientifique, et d’éclairer sous un jour nouveau la gestion des patients séropositifs sous traitement médicamenteux.

Génération de résumés par abstraction

Cette thèse présente le résultat de plusieurs années de recherche dans le domaine de la génération automatique de résumés. Trois contributions majeures, présentées sous la forme d'articles publiés ou soumis pour publication, en forment le coeur. Elles retracent un cheminement qui part des méthodes par extraction en résumé jusqu'aux méthodes par abstraction. L'expérience HexTac, sujet du premier article, a d'abord été menée pour évaluer le niveau de performance des êtres humains dans la rédaction de résumés par extraction de phrases. Les résultats montrent un écart important entre la performance humaine sous la contrainte d'extraire des phrases du texte source par rapport à la rédaction de résumés sans contrainte. Cette limite à la rédaction de résumés par extraction de phrases, observée empiriquement, démontre l'intérêt de développer d'autres approches automatiques pour le résumé. Nous avons ensuite développé un premier système selon l'approche Fully Abstractive Summarization, qui se situe dans la catégorie des approches semi-extractives, comme la compression de phrases et la fusion de phrases. Le développement et l'évaluation du système, décrits dans le second article, ont permis de constater le grand défi de générer un résumé facile à lire sans faire de l'extraction de phrases. Dans cette approche, le niveau de compréhension du contenu du texte source demeure insuffisant pour guider le processus de sélection du contenu pour le résumé, comme dans les approches par extraction de phrases. Enfin, l'approche par abstraction basée sur des connaissances nommée K-BABS est proposée dans un troisième article. Un repérage des éléments d'information pertinents est effectué, menant directement à la génération de phrases pour le résumé. Cette approche a été implémentée dans le système ABSUM, qui produit des résumés très courts mais riches en contenu. Ils ont été évalués selon les standards d'aujourd'hui et cette évaluation montre que des résumés hybrides formés à la fois de la sortie d'ABSUM et de phrases extraites ont un contenu informatif significativement plus élevé qu'un système provenant de l'état de l'art en extraction de phrases.

Étude des cellules dendritiques chez les patients qui ont subi une greffe de cellules souches allogéniques

La vigueur de la réponse immunitaire générée par les cellules dendritiques (DC) a positionné ces cellules comme médiatrices centrales dans l’activation des lymphocytes T. La vulnérabilité des cellules cancéreuses de leucémie myéloïde chronique (LMC) à l’intervention immunitaire résulte apparemment de la capacité des cellules leucémiques de se différencier en DC. Ces DC ont alors la capacité de présenter des peptides provenant des cellules souches leucémiques aux lymphocytes T. Dans ce travail, nous démontrons que la plupart des patients atteints d’une LMC présentent un déficit important en DC au niveau du sang et de la moelle osseuse avant la greffe de cellules souches allogéniques. Les faibles niveaux de DC circulantes résultent en grande partie d’une perte de la diversité au niveau des cellules progénitrices CD34+ leucémiques au niveau de la moelle osseuse. Ces cellules progénitrices CD34+ présentent d’ailleurs une capacité réduite à se différencier en DC in vitro. Nous avons trouvé qu’un décompte faible de DC avant une greffe allogénique était associé à une diminution significative de la survie et une augmentation considérable du risque de développer une des complications mortelles. Puisque la reconstitution des DC suite à la greffe est absente, notre étude appuie aussi la thèse que ce sont les cellules DC pré greffe qui sont primordiales dans l'effet du greffon contre leucémie (GVL). Dans ce contexte, notre étude suggère que le compte des DC avant la greffe allogénique pourrait servir de marqueur pronostique pour identifier les patients LMC à risque de développer certaines complications suite à une greffe allogénique.

Contexte mondial de développement de la recherche en pharmacogénomique et justice en santé mondiale

Le contexte actuel de la distribution des soins de santé se caractérise par la présence d’inégalités frappantes en termes d’accès aux médicaments ou autres technologies thérapeutiques (appareils ou tests de diagnostic) à l’échelle mondiale. Cette distribution dépend de plusieurs facteurs politiques, sociaux, économiques, scientifiques et éthiques. Parmi les facteurs importants, l’innovation dans les milieux biomédical et pharmaceutique participe activement à l’établissement et à l’exacerbation des inégalités en santé mondiale. Dans cette thèse, nous présentons une étude basée sur le cas des technologies issues de la pharmacogénomique. Il est proposé que ces technologies soient susceptibles d’avoir un impact positif sur la santé publique à l’échelle mondiale en révolutionnant le modèle de développement et de distribution du médicament. Nous avons réalisé une évaluation du potentiel qu’offre l’application de ces technologies dans les domaines de la recherche biomédicale et pharmaceutique pour les populations des pays à faible et à moyen revenu. Nous démontrons que les efforts en recherche dans le domaine de la pharmacogénomique sont essentiellement dirigés vers les maladies affectant les populations des pays à revenu élevé. Par cela, le développement de la recherche dans ce domaine réplique le modèle du ratio 90/10 des inégalités en santé mondiale, où 90 % des médicaments produits accommode seulement 10 % de la population mondiale – soit celle des pays à revenu élevé. Il appert que le potentiel d’utilisation des technologies issues de la pharmacogénomique pour les populations des pays à faible et à moyen revenu nécessite alors une redéfinition des rôles et des responsabilités des acteurs en santé mondiale (les gouvernements, les organisations gouvernementales et non gouvernementales internationales et les compagnies pharmaceutiques). Nous proposons que cette redéfinition des rôles et des responsabilités des différents acteurs passe par l’adoption d’un cadre réflexif basé sur les principes éthiques de la justice, de l’équité et de la solidarité dans le développement de la recherche et l’implantation des nouvelles technologies -omiques.