Étude de l’évolution des génomes par duplications, pertes et réarrangements

La duplication est un des évènements évolutifs les plus importants, car elle peut mener à la création de nouvelles fonctions géniques. Durant leur évolution, les génomes sont aussi affectés par des inversions, des translocations (incluant des fusions et fissions de chromosomes), des transpositions et des délétions. L'étude de l'évolution des génomes est importante, notamment pour mieux comprendre les mécanismes biologiques impliqués, les types d'évènements qui sont les plus fréquents et quels étaient les contenus en gènes des espèces ancestrales. Afin d'analyser ces différents aspects de l'évolution des génomes, des algorithmes efficaces doivent être créés pour inférer des génomes ancestraux, des histoires évolutives, des relations d'homologies et pour calculer les distances entre les génomes. Dans cette thèse, quatre projets reliés à l'étude et à l'analyse de l'évolution des génomes sont présentés : 1) Nous proposons deux algorithmes pour résoudre des problèmes reliés à la duplication de génome entier : un qui généralise le problème du genome halving aux pertes de gènes et un qui permet de calculer la double distance avec pertes. 2) Nous présentons une nouvelle méthode pour l'inférence d'histoires évolutives de groupes de gènes orthologues répétés en tandem. 3) Nous proposons une nouvelle approche basée sur la théorie des graphes pour inférer des gènes in-paralogues qui considère simultanément l'information provenant de différentes espèces afin de faire de meilleures prédictions. 4) Nous présentons une étude de l'histoire évolutive des gènes d'ARN de transfert chez 50 souches de Bacillus.

Dietary supplement use and its impact on nutritional adequacy for British Columbia and Manitoba First Nations adults living on reserve.

Contexte: L'utilisation de suppléments alimentaires est répandue chez les populations américaines et canadiennes en général, mais on en sait peu sur la consommation de suppléments alimentaires dans la population autochtone canadienne. Objectif: L'objectif général de cette étude est de prendre en compte l'utilisation de suppléments alimentaires dans l'évaluation nutritionnelle des apports alimentaires des adultes des Premières nations vivant dans les réserves en Colombie-Britannique et Manitoba. Conception: Les données ont été recueillies par l’étude ‘First Nations Food, Nutrition, and Environment Study’ de 1103 (Colombie-Britannique) et 706 (Manitoba) adultes des Premières Nations âgés de 19 à 70 ans. L'étude a utilisé un rappel alimentaire des dernières 24 heures (avec un deuxième rappel pour un sous-échantillon) pour évaluer la diète alimentaire. L'utilisation de suppléments alimentaires et des antiacides ont été recueillis par un questionnaire de fréquence. En utilisant le logiciel SIDE pour tenir compte des variations intra-individuelles dans la prise alimentaire et la technique du bootstrap pour obtenir des estimations représentatives des différentes régions, l'utilisation de suppléments de la vitamine A, D, C et de calcium ont été intégrées aux estimations de la consommation alimentaire. Résultats: Environ 30% des adultes des Premières Nations de la Colombie-Britannique et seulement 13,2% des adultes des Premières Nations du Manitoba âgés entre 19-70 ans vivant dans les réserves ont déclaré utiliser au moins un supplément alimentaire durant les 30 jours précédents. Lors de l'examen des nutriments d'intérêt, un plus faible pourcentage de la population en a fait usage, de 14,8 à 18,5% en Colombie-Britannique et de 4,9 à 8% de la population du Manitoba. La prévalence de l'usage de tout supplément alimentaire était plus élevée chez les femmes que chez les hommes dans tous les groupes d'âge et augmente avec l'âge dans les deux sexes. La plus forte prévalence d'un apport insuffisant provenant de la nourriture a été observée pour la vitamine D et le calcium en Colombie-Britannique et Manitoba, variant de 75 à 100%, et de la vitamine A dans le Manitoba (73-96%). Après avoir examiné l'utilisation de suppléments alimentaires, plus des trois quarts des participants n’ont toujours pas réussi à répondre au besoin moyen estimatif pour ces nutriments. La vitamine C est l'oligo-élément avec le plus faible pourcentage sous le besoin moyen estimatif (avec au sans suppléments) pour la Colombie-Britannique et le Manitoba. Conclusion: La majorité des adultes des Premières nations de la Colombie-Britannique et du Manitoba, même après prise en compte de l'utilisation de suppléments alimentaires, avaient des apports en vitamines A, D et des apports de calcium sous les niveaux recommandés. L'utilisation de compléments alimentaires n'a pas contribué de façon significative à l'apport total en nutriments sélectionnés sauf pour la vitamine C dans certains groupes d'âge.

L’injection percutanée de cartilage sur le dorsum nasal chez le lapin

Abstract: Objective: To compare the long-term viability of percutaneously injected crushed auricular cartilage to surgically implanted cartilage in the rabbit. Methods: Auricular cartilage was harvested bilaterally in 10 New Zealand white rabbits. A 1 cm2 cartilage graft was harvested and implanted surgically on the upper nasal dorsum. The remaining cartilage was crushed and percutaneously injected on the lower nasal dorsum. Volume and mass of each graft were compared between pre-implantation and after 3 months of observation. A histological study was conducted to evaluate chondrocyte viability and degree of fibrosis on the grafts. Results: Mass and volume remained similar for surgically implanted cartilage grafts. Mass and volume diminished by an average of 47% and 40% respectively after 3 months for the injected crushed cartilage grafts. Chondrocyte viability was an average of 25% lower in the injected grafts. Conclusion: Cartilage injection is a promising technique that must be refined to increase long term chondrocyte viability. Developing an appropriate injection apparatus would improve this technique.

Guide de réussite

1) personne contact parmi le groupe ou un partenaire: etienne.boudrias-dalle@umontreal.ca 2) adresse URL si disponible : http://www.pandamrcdesmoulins.org/static/documentation/2014-03-31/JournalDeBord.pdf et http://www.pandamrcdesmoulins.org/static/documentation/2014-03-31/Manuel.pdf 3) partenaires ayant participé au projet - Groupe Panda MRC des Moulins

Dépendance aux jeux vidéo

Centre de réadaptation en dépendance Le Virage

Spectroscopie ultrarapide cohérente et non linéaire dans les semiconducteurs organiques

Nous avons étudié la cohérence excitonique dans le poly[N- 9’-heptadecanyl-2,7-carbazole-alt-5,5-(4,7-di-2-thienyl-2’,1’,3’-benzothiadiazole] (PCDTBT). À l’aide d’un modulateur spatial de lumière, nous avons forgé des impulsions lasers ultracourtes permettant de sonder les cohérences du système. Nous nous sommes concentrés sur les propriétés cohérentes des états excitoniques, soit le singulet et l’état à transfert de charge. Nous avons observé que 35 fs après l’excitation, le singulet et l’état à transfert de charge sont toujours cohérents. Cette cohérence se mesure à l’aide de la visibilité qui est de respectivement environ 10% et 30%. De plus, nous avons démontré que les mécanismes permettant de générer du photocourant dans de tels dispositifs photovoltaïques ne sont déjà plus cohérents après 35 fs. Ces mesures révèlent une visibilité inférieure à 3%, ce qui est en deçà de la précision de nos instruments. Nous concluons donc que les états à transfert de charge ne sont pas les états précurseurs à la génération de photocourant, car ceux-ci se comportent très différemment dans les mesures de cohérences.

Representación de las homosexualidades en el teatro de Rafael Mendizábal y de Michel Marc Bouchard

À partir d’une étude descriptive et comparative des pièces dramatiques Les Feluettes (1987) et Les Muses orphelines (1988) de Michel Marc Bouchard (Québec) ainsi que Feliz cumpleaños, señor ministro (1992) et Madre amantísima (2003) de Rafael Mendizábal (Espagne), le présent mémoire traite de la représentation des homosexualités à travers les relations amoureuses et familiales, les subversions du genre, l’homophobie, ainsi que la pandémie de sida et son impact au niveau théâtral et littéraire. L’approche méthodologique employée est la perspective des études du genre et des études queer. Comme conclusions, on constate que les relations amoureuses sont marquées par la valorisation paradoxale du cadre de l’amour romantique classique, entre libération et homonormativité, en plus d’une représentation de la sexualité articulée par des rôles polarisés. Les relations familiales, pour leur part, s’organisent autour de la figure paternelle associée avec d’importantes nuances au discours dominant hétérosexiste, et se décline parallèlement en la figure du père absent et désintéressé. De même, les figures maternelles sont majoritairement absentes ou effacées, bien que ce constat soit renversé par une figure maternelle traditionnelle particulièrement forte. Dans tous les cas, la figure maternelle reste idéalisée. Les identités de genres sont étudiées sous l’angle des identités dichotomiques lesbiennes et de l’effémination entant que subversions des normes dominantes du genre et l’articulation sexiste du phénomène de l’homophobie, motivé par le tabou de l’homoérotisme et son poids en scène.

Décisions et perspectives : de la théorie de l'utilité à la philosophie de la volonté.

Les implications philosophiques de la Théorie de la Perspective de 1979, notamment celles qui concernent l’introduction d’une fonction de valeur sur les résultats et d’un coefficient de pondération sur les probabilités, n’ont à ce jour jamais été explorées. Le but de ce travail est de construire une théorie philosophique de la volonté à partir des résultats de la Théorie de la Perspective. Afin de comprendre comment cette théorie a pu être élaborée il faut étudier la Théorie de l’Utilité Attendue dont elle est l’aboutissement critique majeur, c’est-à-dire les axiomatisations de la décision de Ramsey (1926), von Neumann et Morgenstern (1947), et enfin Savage (1954), qui constituent les fondements de la théorie classique de la décision. C’est entre autres la critique – par l’économie et la psychologie cognitive – du principe d’indépendance, des axiomes d’ordonnancement et de transitivité qui a permis de faire émerger les éléments représentationnels subjectifs à partir desquels la Théorie de la Perspective a pu être élaborée. Ces critiques ont été menées par Allais (1953), Edwards (1954), Ellsberg (1961), et enfin Slovic et Lichtenstein (1968), l’étude de ces articles permet de comprendre comment s’est opéré le passage de la Théorie de l’Utilité Attendue, à la Théorie de la Perspective. À l’issue de ces analyses et de celle de la Théorie de la Perspective est introduite la notion de Système de Référence Décisionnel, qui est la généralisation naturelle des concepts de fonction de valeur et de coefficient de pondération issus de la Théorie de la Perspective. Ce système, dont le fonctionnement est parfois heuristique, sert à modéliser la prise de décision dans l’élément de la représentation, il s’articule autour de trois phases : la visée, l’édition et l’évaluation. À partir de cette structure est proposée une nouvelle typologie des décisions et une explication inédite des phénomènes d’akrasie et de procrastination fondée sur les concepts d’aversion au risque et de surévaluation du présent, tous deux issus de la Théorie de la Perspective.

Compte rendu

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Le téléroman, un mode de connaissance du social : l’entrée dans la vie adulte de quatre jeunes personnages de Yamaska

Inspired by the epistemological approach of Gilles-Gaston Granger and the sociological approach of Howard Becker, this thesis focuses on Quebec’s téléroman as a mean of social knowledge. Based on the theoretical conception of entry into adult life elaborated by various researchers such as the French sociologist Olivier Galland, this research aims to assess the sociological value of the Quebec’s téléroman as a form of representation of this phenomenon. To achieve this goal, we describe the entry into adult life of four characters from the téléroman Yamaska : Geoffroy Carpentier, Olivier Brabant, Théo Carpentier and Ingrid Harrisson. By applying the theories proposed by the French sociologist Olivier Galland to these characters, our goal is to study and describe the adequacy, or inadequacy, of such a theory when applied to the experiences of young adults today broadcast in the chosen téléroman. Through the characters of Yamaska, the study aims to see how the theory fits, or not, to the television series, and investigates whether it provides additional knowledge about the phenomenon of entry into adult life. This will help us determine the type of knowledge broadcast through this TV fiction, and focus on the influence exerted on the content and the way it is broadcast by the téléroman’s structure.

Dénombrement des polynômes irréductibles unitaires dans les corps finis avec différentes contraintes sur les coefficients.

Le but de ce mémoire est de dénombrer les polynômes irréductibles unitaires dans les corps finis avec certaines conditions sur les coefficients. Notre première condition sera de fixer la trace du polynôme. Par la suite, nous choisirons la cotrace lorsque la trace sera déjà fixée à zéro. Finalement, nous discuterons du cas où la trace et le terme constant sont fixés en même temps.

Nationalisme et modernité : l'approche mentaliste de Liah Greenfeld

Ce mémoire a pour but de caractériser la conception moderniste du nationalisme chez la sociologue américaine Liah Greenfeld. Celle-ci fait une contribution significative à la littérature sur le nationalisme, notamment par son approche pluridisciplinaire que l'on peut diviser en trois axes principaux : philosophique, historique et psychologique. Le mémoire propose donc une synthèse de l'œuvre de l'auteure tout en accordant comme il se doit une place prépondérante à l'axe philosophique de sa pensée. On définira dans un premier temps la conception «mentaliste» et empiriste du monde que Greenfeld développe et qui est inspirée de Max Weber, en prenant le temps de distinguer celle-ci des autres conceptions canoniques (idéalisme, réalisme, structuralisme, etc.). Cela permettra d'établir sur des bases philosophiques et sociologiques solides la conception de la nation et du nationalisme de Greenfeld, tout en démontrant que le nationalisme est selon elle l'élément fondamental qui caractérise la modernité. On analysera ensuite les différents types de nationalismes mentionnés par la sociologue, en soulignant l'importance qu'elle accorde à la composante économique du nationalisme. On terminera en soulevant les enjeux philosophiques qui se trouvent au cœur de la description historiciste et psychologisante que fait Greenfeld pour analyser l'émergence, le déploiement et la perpétuation du nationalisme dans le monde à travers différentes nations modernes (principalement Angleterre, France, Russie, États-Unis, Allemagne). Le mémoire se termine en soulevant quelques critiques.

Assemblage moléculaire régi par la formation de bifluorènes : vers la formation de réseaux organiques covalents retenus par des liaisons carbone-carbone

Les réseaux organiques covalents (COFs) sont des réseaux bidimensionnels et tridimensionnels assemblés seulement par des atomes légers, c’est-à-dire de la première et deuxième rangée du tableau périodique. Ceux-ci ont montré des propriétés de porosité pouvant être exploitées dans le stockage, dans la catalyse et dans la séparation moléculaire. La plupart de ces matériaux ont été obtenus par une réaction finale de condensation, ce qui nuit à leurs cristallisations, donc à l’homogénéité et à la caractérisation détaillée de ces matériaux. Les p-xylylènes de Thiele et Tschitschibabin sont des molécules qui ont suscité l’intérêt pour leurs structures et leurs propriétés magnétiques. Subséquemment, Wittig a démontré que le remplacement des fragments diphénylméthylène par des fragments fluorénylidène sur le p-xylylène de Thiele donne des molécules pouvant s’oligomériser pour former un tétramère. Dans notre étude, nous avons examiné l’assemblage de dérivés fluorénylidène dans le but d’obtenir un COF. Tout d’abord, un dérivé linéaire similaire à ce que Wittig a obtenu a été synthétisé afin de vérifier l’assemblage à partir d’un cœur spirobifluorényle. Ces molécules se sont assemblées en tétramère, comme prévu, et en hexamère. Ces deux résultats ont pu être rationalisés par une étude à l’état solide par diffraction des rayons-X. L’empilement tridimensionnel a également été étudié pour ces deux molécules. Subséquemment, des dérivés tétraédriques ont été synthétisés afin d’étudier leurs assemblages. Un premier dérivé est resté sous sa forme quinoïdale et ne s’est pas assemblé, alors qu’un second dérivé a mené à un dimère partiellement assemblé. La structure de ce dernier suggère la formation d’un polymère linéaire pour ce composé dans le cas où il aurait été possible de l’assembler complètement.