"La sociologie et le Noble Art" : étude sur la logique de la pratique

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Étude de la biogenèse de l'autotransporteur AIDA-I d'Escherichia coli

Les autotransporteurs monomériques, appartenant au système de sécrétion de type V, correspondent à une famille importante de facteurs de virulence bactériens. Plusieurs fonctions, souvent essentielles pour le développement d’une infection ou pour le maintien et la survie des bactéries dans l’organisme hôte, ont été décrites pour cette famille de protéines. Malgré l’importance de ces protéines, notre connaissance de leur biogenèse et de leur mécanisme d’action demeure relativement limitée. L’autotransporteur AIDA-I, retrouvé chez diverses souches d’Escherichia coli, est un autotransporter multifonctionnel typique impliqué dans l’adhésion et l’invasion cellulaire ainsi que dans la formation de biofilm et d’agrégats bactériens. Les domaines extracellulaires d’autotransporteurs monomériques sont responsables de la fonctionnalité et possèdent pratiquement tous une structure caractéristique d’hélice β. Nous avons mené une étude de mutagenèse aléatoire avec AIDA-I afin de comprendre la base de la multifonctionnalité de cette protéine. Par cette approche, nous avons démontré que les domaines passagers de certains autotransporteurs possèdent une organisation modulaire, ce qui signifie qu’ils sont construits sous la forme de modules fonctionnels. Les domaines passagers d’autotransporteurs peuvent être clivés et relâchés dans le milieu extracellulaire. Toutefois, malgré la diversité des mécanismes de clivage existants, plusieurs protéines, telles qu’AIDA-I, sont clivées par un mécanisme qui demeure inconnu. En effectuant une renaturation in vitro d’AIDA-I, couplée avec une approche de mutagenèse dirigée, nous avons démontré que cette protéine se clive par un mécanisme autocatalytique qui implique deux acides aminés possédant un groupement carboxyle. Ces résultats ont permis la description d’un nouveau mécanisme de clivage pour la famille des autotransporteurs monomériques. Une des particularités d’AIDA-I est sa glycosylation par une heptosyltransférase spécifique nommée Aah. La glycosylation est un concept plutôt récent chez les bactéries et pour l’instant, très peu de protéines ont été décrites comme glycosylées chez E. coli. Nous avons démontré que Aah est le prototype pour une nouvelle famille de glycosyltransférases bactériennes retrouvées chez diverses espèces de protéobactéries. La glycosylation d’AIDA-I est une modification cytoplasmique et post-traductionnelle. De plus, Aah ne reconnaît pas une séquence primaire, mais plutôt un motif structural. Ces observations sont uniques chez les bactéries et permettent d’élargir nos connaissances sur la glycosylation chez les procaryotes. La glycosylation par Aah est essentielle pour la conformation d’AIDA-I et par conséquent pour sa capacité de permettre l’adhésion. Puisque plusieurs homologues d’Aah sont retrouvés à proximité d’autotransporteurs monomériques putatifs, cette famille de glycosyltranférases pourrait être importante, sinon essentielle, pour la biogenèse et/ou la fonction de nombreux autotransporteurs. En conclusion, les résultats présentés dans cette thèse apportent de nouvelles informations et permettent une meilleure compréhension de la biogenèse d’une des plus importantes familles de protéines sécrétées chez les bactéries Gram négatif.

Jeunes femmes portant plainte ou témoignant contre leurs proxénètes : leur expérience au sein du processus pénal québécois

La présente étude porte sur l’expérience pénale de jeunes femmes ayant porté plainte ou témoigné contre un proxénète. En effectuant notre recherche, notre intention était de comprendre le vécu de ces jeunes femmes lors de leur relation avec le proxénète ainsi que de mieux saisir leurs motivations et attentes en recourant au système pénal. Nous avions également pour objectif de cerner les effets de leur expérience judiciaire sur leur vie en général. Afin de recueillir le point de vue des jeunes femmes et de rendre compte du sens qu’elles donnent à leur expérience au sein du processus pénal, nous avons effectué dix entretiens à tendance non-directive avec des jeunes femmes ayant fait cette expérience. L’analyse montre, dans un premier temps, qu’une fragilité émotionnelle conjuguée à une situation financière précaire constituent un facteur de risque de tomber sous l’emprise d’un proxénète. Malgré la présence d’une vulnérabilité les prédisposant à s’investir dans une relation d’abus, une majorité de jeunes femmes démontrent une ouverture face au monde prostitutionnel avant de faire la connaissance d’un proxénète. L’entrée dans le domaine de la prostitution ne peut donc être uniquement attribuable à l’influence d’un proxénète et constitue plutôt le corollaire d’un amalgame de facteurs. Au début de la relation, la manipulation du proxénète vise essentiellement à renforcer un intérêt à se prostituer déjà présent chez plusieurs jeunes femmes. Dans le cas de celles qui n’ont jamais envisagé de s’adonner à des activités de prostitution, c’est une dépendance affective préexistante qui les amènera à se laisser convaincre de s’engager dans cette avenue. Que la nature de la relation avec le proxénète soit professionnelle ou amoureuse, toutes les jeunes femmes que nous avons rencontrées sont rapidement confrontées à des stratégies de manipulation et font les frais de manifestations de violence visant à les assujettir. L’amorce d’une prise de conscience de la situation d’abus qui leur est imposée constitue l’élément-clé qui les amène à prendre la décision de quitter leur proxénète et à accepter de coopérer avec les policiers. Celles qui entretiennent une relation de travail avec le proxénète amorceront cette réflexion avant celles en relation de couple. Ce constat s’explique par l’amour que celles qui se considèrent en relation de couple ressentent à l’égard du proxénète qui, non seulement les rend plus vulnérables à sa manipulation, mais freine également toute tentative d’autonomisation face à lui. Le recours à l’aide des policiers ne va pas de soi pour toutes les jeunes femmes sous le joug d’un proxénète. Bien que l’influence d’une personne bienveillante joue souvent un rôle significatif sur leur décision de porter plainte, le choix de collaborer avec les intervenants judiciaires découle essentiellement de leur propre réflexion psychologique vis-à-vis de leur situation. En portant plainte, elles souhaitent généralement être délivrées de l’emprise du proxénète et être protégées par le système pénal afin d’avoir le temps nécessaire pour prendre des décisions quant à la réorganisation de leur vie. Pendant les procédures judiciaires, les jeunes femmes se disent pour la plupart anxieuses à l’idée de rendre témoignage. Leurs appréhensions sont essentiellement liées à la crainte de revoir le proxénète ainsi qu’à la peur de ne pas être crue par le juge. Les principales motivations qui poussent les interviewées à maintenir leur plainte sont le désir de démontrer au proxénète qu’il n’a plus d’emprise sur elles et de mettre un terme à cette expérience de vie. La représentation qu’elles se font du traitement reçu dans le cadre des procédures pénales est généralement positive pour peu que l’attitude des intervenants judiciaires à leur endroit ait été empreinte d’empathie et qu’elles aient été impliquées dans le dossier. Ainsi, qu’elles aient initié ou pas la démarche pénale, les jeunes femmes qui se sentent soutenues par les policiers et les intervenants judiciaires seront plus enclines à maintenir leur plainte jusqu’à la fin des procédures pénales. Suite à leur relation avec le proxénète, les jeunes femmes sont aux prises avec de multiples conséquences qui affectent différentes sphères de leur vie. Malgré leurs nombreuses séquelles psychologiques, physiques et sociales, peu sont celles qui s’impliquent jusqu'au bout d’une démarche thérapeutique. Plusieurs estiment ne pas être prêtes à se lancer dans une telle démarche, alors que d’autres ont l’impression que personne ne peut réellement les aider et préfèrent s’en remettre à leur résilience ou utiliser des moyens alternatifs pour passer au travers de cette épreuve de vie. Les jeunes femmes qui reçoivent l’aide de leurs proches et/ou d’organismes professionnels sont celles qui perçoivent le plus rapidement les effets bénéfiques de leur implication pénale. Il ressort de notre analyse que l’expérience pénale vient renforcer une autonomisation déjà amorcée par la jeune femme lors de la rupture avec le proxénète. Les impacts de l’implication pénale sont doubles : elle permet aux jeunes femmes d’augmenter l’estime qu’elles ont d’elles-mêmes, et de couper définitivement tous contacts avec le souteneur. Le système pénal comporte cependant des limites puisqu’il n’a aucun effet sur le contexte de vie des jeunes femmes et, par le fait même, sur leurs activités prostitutionnelles. Ainsi, bon nombre de jeunes femmes retournent dans leur milieu d’origine après la démarche pénale et doivent continuer à composer avec les conditions associées à leur mode de vie antérieur. Qui plus est, l’effet déstabilisant lié à l’expérience pénale a pour conséquence de retarder leur rétablissement psychologique et la réorganisation de leur existence. Celles qui arrivent à réorienter le plus rapidement leur vie sont les jeunes femmes qui reçoivent le soutien de leurs proches ainsi que celles qui n’entretenaient pas de relation amoureuse avec le proxénète. Mots-clés : proxénétisme, prostitution, système pénal, empowerment, stigmatisation.

Programme d'intervention cognitivo-comportementale auprès d'adolescents ayant un trouble anxieux en milieu hospitalier

Rapport d'analyse d'intervention présenté à la Faculté des arts et sciences en vue de l'obtention du grade de Maîtrise ès sciences (M. Sc.) en psychoéducation.

Temps, culture et communication : pour une critique de la statistique culturelle

Comment fonder théoriquement des indicateurs culturels? Issue de problèmes méthodologiques reliés à l’étude des rapports entre le temps de travail et le temps libre, cette question émerge à la suite du constat du déficit théorique de la statistique culturelle. En effet, l’étude du temps libre, comme du temps de travail, nécessite de questionner les fondements de cette répartition, en même temps qu’elle exige d’analyser concrètement les pratiques sociales reliées à ces catégories. Or, les ana-lyses sur l’emploi du temps libre sont souvent fondées sur des statistiques à propos des activités culturelles, statistiques dont la portée explicative est singulièrement limitée. Bien que des statistiques sur certaines de ces activités existent au moins depuis le début du XXe siècle, c’est à partir des années 1970 que les besoins de connaissance reliés à la mise en œuvre des politiques culturelles stimulent la production de statistiques plus nombreuses et plus détaillées. Afin de donner des significations à cette masse de statistiques, il est nécessaire de délimiter les frontières de ce qui est culture et communication parmi toutes les autres activités sociales. L’élaboration de cadres conceptuels de la culture par l’UNESCO et d’autres agences statistiques tente de répondre à cette exigence, tandis que les projets d’indicateurs avancés cherchent à donner un sens à l’information statistique. Ces tentatives se caractérisent toutefois par la faiblesse de leur assise théorique, problème qui se manifeste de manière aiguë dans la définition d’indicateurs qui ont nécessairement une portée normative. La résolution de cette impasse de la statistique culturelle passe au moins par une clarification des concepts reliés à la notion de culture. À cette fin, la méthodologie de la recherche repose sur une analyse critique de certains documents fondamentaux qui ont conduit à la création du cadre conceptuel pour la statistique culturelle de l’UNESCO, ainsi que sur des textes phares de Fernand Dumont, Pierre Bourdieu et Jürgen Habermas, choisis pour leur capacité à penser les activités culturelles dans l’ensemble social selon leur temporalité. La notion de temporalité est elle-même examinée sous l’angle de plusieurs approches théoriques. Il ressort de cet examen que la différenciation du temps en temps abstrait et temps concret permet d’entrevoir que les pratiques culturelles pourraient être mesurées non seulement selon la quantité de temps social qui leur est dévolue, mais aussi comme un temps qui a une valeur marchande. Les acquis de l’analyse critique des cadres conceptuels de la statistique culturelle et des textes de Dumont, Bourdieu et Habermas servent de points d’appui pour l’élaboration d’un projet d’indicateurs culturels pour le compte de l’Observatoire de la culture et des communications du Québec (OCCQ). Ce système d’indicateurs a été élaboré selon une grille qui définit ce qu’est un indicateur culturel, son objectif et sa signification. Les indicateurs ont été choisis au cours d’un processus de consultation mené par l’OCCQ auprès des agents gouvernementaux concernés et des représentants des associations professionnelles des secteurs de la culture et des communications du Québec.

Modélisation bayésienne des changements aux niches écologiques causés par le réchauffement climatique

Cette thèse présente des méthodes de traitement de données de comptage en particulier et des données discrètes en général. Il s'inscrit dans le cadre d'un projet stratégique du CRNSG, nommé CC-Bio, dont l'objectif est d'évaluer l'impact des changements climatiques sur la répartition des espèces animales et végétales. Après une brève introduction aux notions de biogéographie et aux modèles linéaires mixtes généralisés aux chapitres 1 et 2 respectivement, ma thèse s'articulera autour de trois idées majeures. Premièrement, nous introduisons au chapitre 3 une nouvelle forme de distribution dont les composantes ont pour distributions marginales des lois de Poisson ou des lois de Skellam. Cette nouvelle spécification permet d'incorporer de l'information pertinente sur la nature des corrélations entre toutes les composantes. De plus, nous présentons certaines propriétés de ladite distribution. Contrairement à la distribution multidimensionnelle de Poisson qu'elle généralise, celle-ci permet de traiter les variables avec des corrélations positives et/ou négatives. Une simulation permet d'illustrer les méthodes d'estimation dans le cas bidimensionnel. Les résultats obtenus par les méthodes bayésiennes par les chaînes de Markov par Monte Carlo (CMMC) indiquent un biais relatif assez faible de moins de 5% pour les coefficients de régression des moyennes contrairement à ceux du terme de covariance qui semblent un peu plus volatils. Deuxièmement, le chapitre 4 présente une extension de la régression multidimensionnelle de Poisson avec des effets aléatoires ayant une densité gamma. En effet, conscients du fait que les données d'abondance des espèces présentent une forte dispersion, ce qui rendrait fallacieux les estimateurs et écarts types obtenus, nous privilégions une approche basée sur l'intégration par Monte Carlo grâce à l'échantillonnage préférentiel. L'approche demeure la même qu'au chapitre précédent, c'est-à-dire que l'idée est de simuler des variables latentes indépendantes et de se retrouver dans le cadre d'un modèle linéaire mixte généralisé (GLMM) conventionnel avec des effets aléatoires de densité gamma. Même si l'hypothèse d'une connaissance a priori des paramètres de dispersion semble trop forte, une analyse de sensibilité basée sur la qualité de l'ajustement permet de démontrer la robustesse de notre méthode. Troisièmement, dans le dernier chapitre, nous nous intéressons à la définition et à la construction d'une mesure de concordance donc de corrélation pour les données augmentées en zéro par la modélisation de copules gaussiennes. Contrairement au tau de Kendall dont les valeurs se situent dans un intervalle dont les bornes varient selon la fréquence d'observations d'égalité entre les paires, cette mesure a pour avantage de prendre ses valeurs sur (-1;1). Initialement introduite pour modéliser les corrélations entre des variables continues, son extension au cas discret implique certaines restrictions. En effet, la nouvelle mesure pourrait être interprétée comme la corrélation entre les variables aléatoires continues dont la discrétisation constitue nos observations discrètes non négatives. Deux méthodes d'estimation des modèles augmentés en zéro seront présentées dans les contextes fréquentiste et bayésien basées respectivement sur le maximum de vraisemblance et l'intégration de Gauss-Hermite. Enfin, une étude de simulation permet de montrer la robustesse et les limites de notre approche.

The evolution of inter-genomic variation in arbuscular mycorrhizal fungi

Contexte: Les champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) établissent des relations symbiotiques avec la plupart des plantes grâce à leurs réseaux d’hyphes qui s’associent avec les racines de leurs hôtes. De précédentes études ont révélé des niveaux de variation génétique extrêmes pour des loci spécifiques permettant de supposer que les AMF peuvent contenir des milliers de noyaux génétiquement divergents dans un même cytoplasme. Si aucun processus de reproduction sexuée n’a jusqu’ici été observé chez ces mycorhizes, on constate cependant que des niveaux élevés de variation génétique peuvent être maintenus à la fois par l’échange de noyaux entre hyphes et par des processus fréquents de recombinaison entre noyaux. Les AMF se propagent par l’intermédiaire de spores qui contiennent chacune un échantillon d’une population initiale de noyaux hétérogènes, directement hérités du mycélium parent. À notre connaissance les AMF sont les seuls organismes qui ne passent jamais par un stade mononucléaire, ce qui permet aux noyaux de diverger génétiquement dans un même cytoplasme. Ces aspects singuliers de la biologie des AMF rendent l’estimation de leur diversité génétique problématique. Ceci constitue un défi majeur pour les écologistes sur le terrain mais également pour les biologistes moléculaires dans leur laboratoire. Au-delà même des problématiques de diversité spécifique, l’amplitude du polymorphisme entre noyaux mycorhiziens est mal connue. Le travail proposé dans ce manuscrit de thèse explore donc les différents aspects de l’architecture génomique singulière des AMF. Résultats L’ampleur du polymorphisme intra-isolat a été déjà observée pour la grande sous-unité d’ARN ribosomal de l’isolat Glomus irregulare DAOM-197198 (précédemment identifié comme G. intraradices) et pour le gène de la polymerase1-like (PLS) de Glomus etunicatum isolat NPI. Dans un premier temps, nous avons pu confirmer ces résultats et nous avons également pu constater que ces variations étaient transcrites. Nous avons ensuite pu mettre en évidence la présence d’un goulot d’étranglement génétique au moment de la sporulation pour le locus PLS chez l’espèce G. etunicatum illustrant les importants effets d’échantillonnage qui se produisaient entre chaque génération de spore. Enfin, nous avons estimé la différentiation génétique des AMF en utilisant à la fois les réseaux de gènes appliqués aux données de séquençage haut-débit ainsi que cinq nouveaux marqueurs génomiques en copie unique. Ces analyses révèlent que la différenciation génomique est présente de manière systématique dans deux espèces (G. irregulare et G. diaphanum). Conclusions Les résultats de cette thèse fournissent des preuves supplémentaires en faveur du scénario d’une différenciation génomique entre noyaux au sein du même isolat mycorhizien. Ainsi, au moins trois membres du genre Glomus, G. irregulare, G. diaphanum and G. etunicatum, apparaissent comme des organismes dont l’organisation des génomes ne peut pas être décrit d’après un modèle Mendélien strict, ce qui corrobore l’hypothèse que les noyaux mycorhiziens génétiquement différenciés forment un pangenome.

Imagination et perception morale

Dans cette thèse en psychologie morale, je m’intéresse au rôle de l’imagination dans la perception morale. Je soutiens que l’imagination y a une fonction épistémique dans la mesure où – en s’accompagnant ou non d’émotions – elle nous révèle des normes, des valeurs ou des vertus morales qui seraient autrement passées inaperçues. En simulant des croyances et des perceptions, l’imagination nous permet d’accéder à ces caractéristiques d’une situation moralement pertinentes, mais perceptuellement non saillantes. J’identifie trois modes de « perception morale imaginative » : 1) la prise de perspective qui consiste à endosser le point de vue d’autrui, 2) le cadrage imaginatif qui désigne le fait de voir un élément d’une situation comme autre qu’il n’est et, 3) la comparaison imaginative qui, grâce à la pensée contrefactuelle, éclaire le monde actuel à partir d’un monde possible imaginé. Chacun de ces modes contribue à enrichir notre connaissance morale, et partant, à améliorer notre délibération morale. J’appuie ma démonstration sur des travaux récents en philosophie de la psychologie, en psychologie cognitive et sociale, en neuropsychologie et, bien évidemment, en psychologie morale.

Analyse de l'attrition des enseignants au Québec

L’abandon de la carrière chez les enseignants, généralement appelé l’attrition des enseignants dans les écrits scientifiques, a été l’objet de nombreuses études. La connaissance en est assez avancée dans certaines régions du monde, mais très peu de recherches ont étudié cette problématique au Québec. Ainsi, l’objectif principal de ce travail de recherche était d’identifier les facteurs de l’attrition des enseignants au Québec. L’objectif spécifique de cette recherche était d’observer comment ces facteurs influencent la perception des individus et amènent certains d’entre eux à prendre la décision de quitter. Dans le cadre de cette étude qualitative, 26 individus (16 femmes et 10 hommes) ayant récemment quitté l’enseignement ont été rencontrés. Dix participants ont exercé la profession enseignante au niveau primaire et 16 au niveau secondaire. Afin de recueillir les données, le chercheur a procédé à des entrevues de groupe semi-dirigées d’une durée de deux heures. Les résultats de cette étude indiquent que les facteurs qui influencent l’attrition des enseignants au Québec sont nombreux et variés. Ils sont surtout relatifs aux conditions d’exercice de la profession et les plus souvent mentionnés sont les difficultés liées à la gestion de classe, la précarité du travail, les difficultés dans les relations avec les collègues, la charge de travail et le peu de soutien offert par la direction. Le contexte social et la faible valorisation de la profession enseignante ont aussi été mentionnés. Par ailleurs, le chercheur a analysé la perception qu’avaient les participants de leur expérience de travail à l’aide de la théorie de l’autodétermination (Deci et Ryan, 2000). Les résultats de cette analyse suggèrent que les participants ne se sentaient pas en mesure de satisfaire leurs besoins psychologiques fondamentaux dans le cadre du travail enseignant.

Validation des modèles statistiques tenant compte des variables dépendantes du temps en prévention primaire des maladies cérébrovasculaires

L’intérêt principal de cette recherche porte sur la validation d’une méthode statistique en pharmaco-épidémiologie. Plus précisément, nous allons comparer les résultats d’une étude précédente réalisée avec un devis cas-témoins niché dans la cohorte utilisé pour tenir compte de l’exposition moyenne au traitement : – aux résultats obtenus dans un devis cohorte, en utilisant la variable exposition variant dans le temps, sans faire d’ajustement pour le temps passé depuis l’exposition ; – aux résultats obtenus en utilisant l’exposition cumulative pondérée par le passé récent ; – aux résultats obtenus selon la méthode bayésienne. Les covariables seront estimées par l’approche classique ainsi qu’en utilisant l’approche non paramétrique bayésienne. Pour la deuxième le moyennage bayésien des modèles sera utilisé pour modéliser l’incertitude face au choix des modèles. La technique utilisée dans l’approche bayésienne a été proposée en 1997 mais selon notre connaissance elle n’a pas été utilisée avec une variable dépendante du temps. Afin de modéliser l’effet cumulatif de l’exposition variant dans le temps, dans l’approche classique la fonction assignant les poids selon le passé récent sera estimée en utilisant des splines de régression. Afin de pouvoir comparer les résultats avec une étude précédemment réalisée, une cohorte de personnes ayant un diagnostique d’hypertension sera construite en utilisant les bases des données de la RAMQ et de Med-Echo. Le modèle de Cox incluant deux variables qui varient dans le temps sera utilisé. Les variables qui varient dans le temps considérées dans ce mémoire sont iv la variable dépendante (premier évènement cérébrovasculaire) et une des variables indépendantes, notamment l’exposition

Élaboration d'un corpus étalon pour l'évaluation d'extracteurs de termes

Ce travail porte sur la construction d’un corpus étalon pour l’évaluation automatisée des extracteurs de termes. Ces programmes informatiques, conçus pour extraire automatiquement les termes contenus dans un corpus, sont utilisés dans différentes applications, telles que la terminographie, la traduction, la recherche d’information, l’indexation, etc. Ainsi, leur évaluation doit être faite en fonction d’une application précise. Une façon d’évaluer les extracteurs consiste à annoter toutes les occurrences des termes dans un corpus, ce qui nécessite un protocole de repérage et de découpage des unités terminologiques. À notre connaissance, il n’existe pas de corpus annoté bien documenté pour l’évaluation des extracteurs. Ce travail vise à construire un tel corpus et à décrire les problèmes qui doivent être abordés pour y parvenir. Le corpus étalon que nous proposons est un corpus entièrement annoté, construit en fonction d’une application précise, à savoir la compilation d’un dictionnaire spécialisé de la mécanique automobile. Ce corpus rend compte de la variété des réalisations des termes en contexte. Les termes sont sélectionnés en fonction de critères précis liés à l’application, ainsi qu’à certaines propriétés formelles, linguistiques et conceptuelles des termes et des variantes terminologiques. Pour évaluer un extracteur au moyen de ce corpus, il suffit d’extraire toutes les unités terminologiques du corpus et de comparer, au moyen de métriques, cette liste à la sortie de l’extracteur. On peut aussi créer une liste de référence sur mesure en extrayant des sous-ensembles de termes en fonction de différents critères. Ce travail permet une évaluation automatique des extracteurs qui tient compte du rôle de l’application. Cette évaluation étant reproductible, elle peut servir non seulement à mesurer la qualité d’un extracteur, mais à comparer différents extracteurs et à améliorer les techniques d’extraction.

Étude de la virulence et de la résistance aux antibiotiques des Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline chez le porc à l'abattoir au Québec

Depuis quelques années et dans plusieurs pays, un nouveau type de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM), le séquence type (ST) 398, a été fréquemment retrouvé chez les porcs et chez les fermiers en contact avec ces porcs. Au Canada, très peu d’informations sont disponibles concernant le SARM d’origine porcine. Une première étude dans notre laboratoire a permis de récolter 107 isolats de SARM provenant de deux abattoirs porcins du Québec. Le présent travail vise à caractériser les gènes de virulence et de résistance aux antibiotiques de ces SARM, d’étudier leur formation de biofilm en relation avec la spécificité du groupe agr et de vérifier la localisation plasmidique et la transférabilité de ces gènes à des souches de SARM d’origine humaine. Plusieurs souches ont démontré différents patrons phénotypiques de résistance aux antibiotiques. Vingt-quatre souches représentatives de ces isolats ont été soumises à une caractérisation plus approfondie par une étude génotypique en utilisant une biopuce à ADN et un grand nombre de gènes de virulence a été détecté codant pour des entérotoxines staphylococcales, des leucocidines, des hémolysines, des auréolysines, des facteurs d’immunoévasion, des superantigènes, des facteurs d’adhésion et des facteurs impliqués dans la formation de biofilm. Des gènes de résistance envers les aminoglycosides, les macrolides, les lincosamides, les tétracyclines et les biocides ont été également détectés par biopuce et leur localisation plasmidique a par la suite été déterminée. La transférabilité de ces gènes de souches porcines à des souches de SARM d’origine humaine a été démontrée par conjugaison bactérienne; ainsi le transfert horizontal de certains gènes de résistance aux antibiotiques et de virulence a été observé. Ces travaux de recherche apportent une meilleure connaissance de la résistance aux antibiotiques et de la virulence des SARM d’origine porcine et de leur potentiel de contribution à l’émergence de certaines résistances et facteurs de virulence chez le SARM d’origine humaine.

Structure-fonction de MARCH1, une E3 ubiquitine ligase régulant la présentation antigénique par le CMH II

Les molécules classiques du CMH de classe II sont responsables de la présentation de peptides exogènes par les cellules présentatrices d’antigène aux lymphocytes T CD4+. Cette présentation antigénique est essentielle à l’établissement d’une réponse immunitaire adaptative. Cependant, la reconnaissance d’auto-antigènes ainsi que l’élimination des cellules du Soi sont des problèmes à l’origine de nombreuses maladies auto-immunes. Notamment, le diabète et la sclérose en plaque. D’éventuels traitements de ces maladies pourraient impliquer la manipulation de la présentation antigénique chez les cellules dont la reconnaissance et l’élimination engendrent ces maladies. Il est donc primordial d’approfondir nos connaissances en ce qui concerne les mécanismes de régulation de la présentation antigénique. La présentation antigénique est régulée tant au niveau transcriptionnel que post-traductionnel. Au niveau post-traductionnel, diverses cytokines affectent le processus. Parmi celles-ci, l’IL-10, une cytokine anti-inflammatoire, cause une rétention intracellulaire des molécules du CMH II. Son mécanisme d’action consiste en l’ubiquitination de la queue cytoplasmique de la chaîne bêta des molécules de CMH II. Cette modification protéique est effectuée par MARCH1, une E3 ubiquitine ligase dont l’expression est restreinte aux organes lymphoïdes secondaires. Jusqu’à tout récemment, il y avait très peu de connaissance concernant la structure et les cibles de MARCH1. Considérant son impact majeur sur la présentation antigénique, nous nous sommes intéressé à la structure-fonction de cette molécule afin de mieux caractériser sa régulation ainsi que les diverses conditions nécessaires à son fonctionnement. Dans un premier article, nous avons étudié la régulation de l’expression de MARCH1 au niveau protéique. Nos résultats ont révélé l’autorégulation de la molécule par formation de dimères et son autoubiquitination. Nous avons également démontré l’importance des domaines transmembranaires de MARCH1 dans la formation de dimères et l’interaction avec le CMH II. Dans un second article, nous avons investigué l’importance de la localisation de MARCH1 pour sa fonction. Les résultats obtenus montrent la fonctionnalité des motifs de localisation de la portion C-terminale de MARCH1 ainsi que la présence d’autres éléments de localisation dans la portion N-terminale de la protéine. Les nombreux mutants utilisés pour ce projet nous ont permis d’identifier un motif ‘‘VQNC’’, situé dans la portion cytoplasmique C-terminale de MARCH1, dont la valine est requise au fonctionnement optimal de la molécule. En effet, la mutation de la valine engendre une diminution de la fonction de la molécule et des expériences de BRET ont démontré une modification de l’orientation spatiale des queues cytoplasmiques. De plus, une recherche d’homologie de séquence a révélé la présence de ce même motif dans d’autres ubiquitines ligases, dont Parkin. Parkin est fortement exprimée dans le cerveau et agirait, entre autre, sur la dégradation des agrégats protéiques. La dysfonction de Parkin cause l’accumulation de ces agrégats, nommés corps de Lewy, qui entraînent des déficiences au niveau du fonctionnement neural observé chez les patients atteints de la maladie de Parkinson. La valine comprise dans le motif ‘’VQNC’’ a d’ailleurs été identifiée comme étant mutée au sein d’une famille où cette maladie est génétiquement transmise. Nous croyons que l’importance de ce motif ne se restreint pas à MARCH1, mais serait généralisée à d’autres E3 ligases. Ce projet de recherche a permis de caractériser des mécanismes de régulation de MARCH1 ainsi que de découvrir divers éléments structuraux requis à sa fonction. Nos travaux ont permis de mieux comprendre les mécanismes de contrôle de la présentation antigénique par les molécules de CMH II.

Initiatives médiatiques pour baliser le développement des nanotechnologies : une enquête qualitative auprès des journalistes et des chercheurs en nanobiotechnologies

Grâce aux nanotechnologies, l’être humain peut maîtriser la matière à l’échelle du nanomètre — soit au niveau des atomes et des molécules. Les matériaux obtenus suite à ces manipulations présentent des propriétés nouvelles qui les rendent très intéressants pour nombre d’applications techniques, et ce dans tous les domaines technoscientifiques. Ainsi, les nanotechnologies sont souvent considérées comme les prémisses d’une profonde révolution technologique et sociale. Toutefois, si les nanotechnologies intéressent investisseurs, gouvernement, entreprises et universités, elles soulèvent aussi des questions éthiques, notamment au sujet de leur toxicité, de leurs retombées et de la modification de l’être humain. À ces questions s’ajoutent plusieurs interrogations sur la gouvernance des nanotechnologies : comment, en effet, encadrer en amont le développement de celles-ci pour éviter d’éventuelles conséquences néfastes en aval? Parmi ces interrogations, le rôle des médias dans les relations entre les développeurs de nanotechnologies et le public est souvent mentionné. Certains voient dans les médias un acteur auquel les chercheurs pourraient recourir pour établir un dialogue avec le public afin d’assurer un développement harmonieux des nanotechnologies. Si cette recommandation semble très pertinente, il n’existe, à notre connaissance, aucune étude empirique pour en vérifier la faisabilité auprès des acteurs concernés (chercheurs, médias, etc.). Dans le cadre de cette thèse, nous avons donc voulu examiner et analyser les perceptions des chercheurs et des journalistes québécois envers des initiatives médiatiques pour baliser le développement des nanotechnologies. Pour ce faire, nous avons procédé à une étude qualitative auprès de vingt (20) chercheurs en nanobiotechnologies/nanomédecine et dix (10) journalistes spécialisés en vulgarisation scientifique. L’analyse des entretiens avec les répondants a révélé que si les acteurs rencontrés sont favorables envers de telles initiatives, il existe plusieurs contraintes pouvant gêner une telle entreprise. Suite à l’examen de ces contraintes, nous avons suggéré des initiatives concrètes que les chercheurs québécois pourraient mettre en place pour mieux baliser le développement des nanotechnologies à l’aide d’un dialogue avec le public. Ces suggestions consistent notamment à créer des médias privés pour les chercheurs, à recourir aux médias indépendants et à investir le web. De telles initiatives, cependant, ne peuvent s’obtenir qu’au prix d’un remaniement des priorités des chercheurs.

Programmes d’exercices à domicile adaptés à des conditions musculosquelettiques variées : transfert de connaissances

Travail d'intégration réalisé dans le cadre du cours PHT-6113.