A new paradigm for the folding of ribonucleic acids

De récentes découvertes montrent le rôle important que joue l’acide ribonucléique (ARN) au sein des cellules, que ce soit le contrôle de l’expression génétique, la régulation de plusieurs processus homéostasiques, en plus de la transcription et la traduction de l’acide désoxyribonucléique (ADN) en protéine. Si l’on veut comprendre comment la cellule fonctionne, nous devons d’abords comprendre ses composantes et comment ils interagissent, et en particulier chez l’ARN. La fonction d’une molécule est tributaire de sa structure tridimensionnelle (3D). Or, déterminer expérimentalement la structure 3D d’un ARN s’avère fort coûteux. Les méthodes courantes de prédiction par ordinateur de la structure d’un ARN ne tiennent compte que des appariements classiques ou canoniques, similaires à ceux de la fameuse structure en double-hélice de l’ADN. Ici, nous avons amélioré la prédiction de structures d’ARN en tenant compte de tous les types possibles d’appariements, dont ceux dits non-canoniques. Cela est rendu possible dans le contexte d’un nouveau paradigme pour le repliement des ARN, basé sur les motifs cycliques de nucléotides ; des blocs de bases pour la construction des ARN. De plus, nous avons dévelopées de nouvelles métriques pour quantifier la précision des méthodes de prédiction des structures 3D des ARN, vue l’introduction récente de plusieurs de ces méthodes. Enfin, nous avons évalué le pouvoir prédictif des nouvelles techniques de sondage de basse résolution des structures d’ARN.

Politics in extraordinary times : a study of the reaction of political parties and elites to terrorism

Cette thèse porte sur le comportement des élites politiques durant les périodes de crise nationale et plus particulièrement sur leurs réactions aux attentats terroristes. Elle démontre que les crises terroristes sont tout comme les conflits militaires ou diplomatiques propices aux unions nationales et notamment aux ralliements des partis d’opposition auprès du gouvernement. L’analyse statistique d’actes terroristes s’étant produits dans cinq états démocratiques (Allemagne, Espagne, États-Unis d’Amérique, France et Royaume-Uni) entre 1990 et 2006 révèle que l’ampleur d’un attentat en termes de pertes humaines ainsi que la répétition de ces attentats influencent dans une large mesure la réaction des élites politiques. Ainsi plus l’ampleur d’un attentat est élevée, plus la probabilité d’un ralliement est grande. En revanche, la multiplication des attentats augmente la possibilité de dissension entre l’opposition et le gouvernement. Par ailleurs, l’opposition est plus susceptible de se rallier au gouvernement lorsque l’attentat est perpétré par des terroristes provenant de l’étranger. L’analyse quantitative indique également que l’existence d’un accord formel de coopération dans la lutte antiterroriste entre le gouvernement et l’opposition favorise l’union des élites. Enfin, les données analysées suggèrent que la proportion des ralliements dans les cinq pays est plus importante depuis les attentats du 11 septembre 2001. Une analyse qualitative portant exclusivement sur la France et couvrant la période 1980-2006 confirme la validité des variables identifiées dans la partie quantitative, mais suggère que les élites réagissent au nombre total de victimes (morts mais aussi blessés) et que la répétition des actes terroristes a moins d’impact lors des vagues d’attentats. Par ailleurs, les analyses de cas confirment que les élites politiques françaises sont plus susceptibles de se rallier quand un attentat vise un haut-fonctionnaire de l’État. Il apparaît également que les rivalités et rancœurs politiques propre à la France (notamment suite à l’arrivée de la gauche au pouvoir en 1981) ont parfois empêché le ralliement des élites. Enfin, cette analyse qualitative révèle que si l’extrême gauche française soutient généralement le gouvernement, qu’il soit de gauche ou de droite, en période de crise terroriste, l’extrême droite en revanche saisit quasi systématiquement l’opportunité offerte par l’acte terroriste pour critiquer le gouvernement ainsi que les partis de l’establishment. La thèse est divisée en sept chapitres. Le premier chapitre suggère que le comportement des élites politiques en période de crises internationales graves (guerres et conflits diplomatiques) est souvent influencé par la raison d’État et non par l’intérêt électoral qui prédomine lors des périodes plus paisibles. Le second chapitre discute du phénomène terroriste et de la littérature afférente. Le troisième chapitre analyse les causes du phénomène d’union nationale, soumet un cadre pour l’analyse de la réaction des élites aux actes terroristes, et présente une série d’hypothèses. Le quatrième chapitre détaille la méthodologie utilisée au cours de cette recherche. Les chapitres cinq et six présentent respectivement les résultats des analyses quantitatives et qualitatives. Enfin, le chapitre sept conclut cette thèse en résumant la contribution de l’auteur et en suggérant des pistes de recherche.

Alternatives de partenariats pour la gestion de l’eau potable dans les quartiers pauvres des zones urbaines : cas de Kinshasa

Face à l’incapacité de l’État à offrir des services de base aux ménages pauvres des zones urbaines périphériques et marginales, ce sont les opérateurs informels (individuels et collectifs) qui s’activent à répondre aujourd’hui aux besoins croissants des ménages. Mais leurs actions sont ponctuelles, éparpillées sur le territoire, non intégrées dans un plan de développement local, et beaucoup de ménages n’ont toujours pas accès à l’eau potable. Cette recherche, de type exploratoire, porte donc sur l’examen d’un type de partenariat entre les acteurs publics et les opérateurs informels collectifs, susceptible de créer la synergie entre les partenaires locaux et de pérenniser la fourniture de l’eau potable. Elle vise à analyser et à comprendre les mécanismes de collaboration entre l’État et les opérateurs informels collectifs en vue d’améliorer la qualité de la vie dans les quartiers urbains pauvres grâce à la résolution des problèmes d’accès à l’eau potable. À partir de l’étude de cas d’une zone pauvre de la ville de Kinshasa (République Démocratique du Congo), nous avons donc cherché à dégager ce qui peut éclairer le fonctionnement du partenariat État-opérateurs informels collectifs. Comme cadre d’analyse, nous avons recouru à l’analyse stratégique et, pour l’examen des expériences de partenariat, nous avons utilisé le modèle de Coston (1998) et recouru aux approches de régulation État-tiers secteur (approche socio-étatique et approche socio-communautaire). La méthode qualitative a été privilégiée. Les données analysées proviennent d’entrevues semi-dirigées, de la recherche documentaire et de l’observation. À partir du modèle de Coston (1998), les résultats obtenus montrent que les relations qui correspondent le mieux au partenariat entre les acteurs publics et les opérateurs informels collectifs sont de type « contractuel » et correspondent à l’orientation socio-étatique. Mais le système formel actuel de gestion de l’eau potable et les relations de pouvoir sont plus proches du type « rivalité ». Notre étude montre également que les partenariats, entre les acteurs publics et les opérateurs informels collectifs, sont très difficiles à instituer, car il n’existe pas encore d’environnement socio-politique solidaire. Le contexte institutionnel n’est pas propice à l’émergence d’un partenariat dynamique. Les déficiences structurelles, humaines et institutionnelles constatées sont la résultante directe de la pauvreté dont sont victimes les individus et les institutions. Les réseaux sociaux (à base de parenté, ethnique ou religieux) affectent les relations entre les individus, membres d’une association locale et les représentants des institutions locales ou nationales. Une complémentarité, négociée entre l’État et les opérateurs informels collectifs, ne pourra se réaliser que par la mise en place de nouvelles politiques favorisant la démocratie, la décentralisation et la promotion du mouvement associatif avec une société civile forte, dynamique, soucieuse du bien commun, privilégiant les qualités managériales plutôt que l’assistance perpétuelle.

Working Children: their Agency and self-organization

In recent years, ‘agency’ has appeared in academic writings as a new way of referring to active involvement from below in development interventions. The concept of ‘agency’ starts from the assumption that people are actually agents themselves, continuously acting in and reacting to circumstances. In child labour activism, this concept has been applied to working children in the understanding that, in order to improve their working conditions, children should be organised in organizations that are exclusively for and (ideally) run by working children. This paper aims to evaluate the extent to which child labourers can become agents of change through their own organizations. The paper will draw on two studies carried out by the IREWOC foundation. In 2002 a study was undertaken in Bolivia to give practical meaning to the concept of child agency. Secondly, in 2004/2005 an investigation was carried out on the functioning and impact of children’s organizations in Peru, Bolivia and Brazil. The applied research methods were mainly anthropological and used participant observation, (semi-) informal interviews and group interviewing with working children, their parents and adult representatives of the working children’s organizations. Both investigations show that in focussing on children as active participants, the structural constraints under which children have to live also need to be highlighted. One needs to understand how material poverty, mental deprivation and disempowerment help to shape resilience and defiance, but also anger, distrust and marginalisation.

Développement logiciel par transformation de modèles

La recherche en génie logiciel a depuis longtemps tenté de mieux comprendre le processus de développement logiciel, minimalement, pour en reproduire les bonnes pratiques, et idéalement, pour pouvoir le mécaniser. On peut identifier deux approches majeures pour caractériser le processus. La première approche, dite transformationnelle, perçoit le processus comme une séquence de transformations préservant certaines propriétés des données à l’entrée. Cette idée a été récemment reprise par l’architecture dirigée par les modèles de l’OMG. La deuxième approche consiste à répertorier et à codifier des solutions éprouvées à des problèmes récurrents. Les recherches sur les styles architecturaux, les patrons de conception, ou les cadres d’applications s’inscrivent dans cette approche. Notre travail de recherche reconnaît la complémentarité des deux approches, notamment pour l’étape de conception: dans le cadre du développement dirigé par les modèles, nous percevons l’étape de conception comme l’application de patrons de solutions aux modèles reçus en entrée. Il est coutume de définir l’étape de conception en termes de conception architecturale, et conception détaillée. La conception architecturale se préoccupe d’organiser un logiciel en composants répondant à un ensemble d’exigences non-fonctionnelles, alors que la conception détaillée se préoccupe, en quelque sorte, du contenu de ces composants. La conception architecturale s’appuie sur des styles architecturaux qui sont des principes d’organisation permettant d’optimiser certaines qualités, alors que la conception détaillée s’appuie sur des patrons de conception pour attribuer les responsabilités aux classes. Les styles architecturaux et les patrons de conception sont des artefacts qui codifient des solutions éprouvées à des problèmes récurrents de conception. Alors que ces artefacts sont bien documentés, la décision de les appliquer reste essentiellement manuelle. De plus, les outils proposés n’offrent pas un support adéquat pour les appliquer à des modèles existants. Dans cette thèse, nous nous attaquons à la conception détaillée, et plus particulièrement, à la transformation de modèles par application de patrons de conception, en partie parce que les patrons de conception sont moins complexes, et en partie parce que l’implémentation des styles architecturaux passe souvent par les patrons de conception. Ainsi, nous proposons une approche pour représenter et appliquer les patrons de conception. Notre approche se base sur la représentation explicite des problèmes résolus par ces patrons. En effet, la représentation explicite du problème résolu par un patron permet : (1) de mieux comprendre le patron, (2) de reconnaître l’opportunité d’appliquer le patron en détectant une instance de la représentation du problème dans les modèles du système considéré, et (3) d’automatiser l’application du patron en la représentant, de façon déclarative, par une transformation d’une instance du problème en une instance de la solution. Pour vérifier et valider notre approche, nous l’avons utilisée pour représenter et appliquer différents patrons de conception et nous avons effectué des tests pratiques sur des modèles générés à partir de logiciels libres.

Une étude des conceptions de l’opinion publique chez les chroniqueurs politiques et éditorialistes québécois

Dans les démocraties occidentales, la notion d’opinion publique occupe une place importante dans l’action des politiciens et le discours des médias. Elle y renvoie généralement à la somme des opinions individuelles des citoyens, aux résultats de sondages. Or, les limites de l’opinion publique ainsi conceptualisée apparaissent de plus en plus clairement aux chercheurs en sciences sociales, et cela jette un doute sur sa valeur comme guide des politiques publiques. Pour mieux comprendre la place de l’opinion publique dans le processus démocratique québécois, nous avons cherché à connaître les conceptions qu’en ont certains acteurs-clés : les chroniqueurs politiques et éditorialistes francophones du Québec. Au moyen d’entrevues, nous avons documenté leurs « théories profanes » à ce sujet, c’est à dire leurs façons de voir l’opinion publique et sa place dans le processus démocratique. L’exercice nous apprend que ces « commentateurs habituels » distinguent plusieurs formes d’opinion publique, de valeur inégale. Celle qui revêt le plus d’intérêt pour eux est une « opinion publique latente », qui intègre des dimensions d’intensité et de propension à changer. Ils jugent les sondages utiles mais insuffisants pour appréhender l’opinion publique; aussi l’interprètent-ils à partir de conversations et d’un certain « sens de l’opinion publique ». Selon eux, les médias peuvent influencer l’opinion publique, mais surtout influencer la tenue d’une délibération publique et la façon dont les décideurs lisent l’opinion publique. Ils estiment aussi pouvoir, par leur travail journalistique, favoriser l’émergence d’une opinion publique raisonnée, ce qui est conforme à leur idéal de démocratie participative.

Portrait du journalisme à la pige à l’heure de la convergence

Cette recherche explore le journalisme indépendant dans le contexte contemporain de convergences socio-techno-médiatiques. Je questionne ici l’existence d’un lien entre les pratiques de pige et de convergence en journalisme et son apport dans le développement de l’univers journalistique. Il s’agit d’une étude exploratoire et empirique, consacrée aux expériences des journalistes indépendants et développée autour des concepts de tactique, résistance, liberté et gouvernance. J’ai constitué ainsi un cadre théorique à partir de l’articulation théorique de Michel Foucault relative au pouvoir. Je défends l’idée selon laquelle la pige et la convergence en journalisme sont chacun des mouvements libres qui coexistent et qui, ensemble, constituent une force motrice pour le dispositif de pouvoir que le journalisme représente dans un système démocratique avancé. La liberté de mouvement des journalistes indépendants leur permet de mener plus loin le journalisme dans le contexte actuel de convergences et d’augmenter l’horizon d’applicabilité de ce domaine de la communication de masse.

Praxiology of evil: Thinking about threats and their effectiveness

Comment rationnellement peut-on imaginer les stratégies de menace, si l’on veut influencer les actions d’autrui? Dans cette conférence l’auteur essaie de montrer que les menaces de coercition ne fonctionnent pas dans des situations duelles sans contexte social. Il montre qu’elles fonctionnent seulement si on ajoute des éléments sociaux comme les institutions. En d’autres termes, les menaces efficientes entre sujets rationnels fonctionnent seulement si elles sont confortées par les institutions. C’est une sorte d’argument Hobbésien qui montre que dans l’état de nature le pouvoir social n’existe pas. Le pouvoir social est une construction sociale

Relating Fragile States to Social and Human Fragilities

Fragile States is a way of naming this particular category of states that have weak performance, insufficient service delivery, weak administrative and government power, and lack of legal rules. Little consideration is usually made to the fact that their own societies may also be fragile and easily jeopardised by inappropriate economic measures or external events. Poverty traps and social exclusion, unjust inequalities with lack of equity, feelings of insecurity and vulnerability, usually undermine the social fabric. Moreover, the people bear their own internal fragilities, which are based on the lack of capabilities and recognition, and interfere in the relationships between the groups that constitute the society. Therefore, dealing with the issue of fragility requires to consider various decision levels, from the personal one to the State level. Such an approach could allow fragile states to conceive preventive policies that would avoid the surge of a political crisis resulting from the combination of social conflict and individual failure.

La transmission intergénérationnelle de la mémoire chilienne du passé récent répressif : de Santiago à Montréal

Le 11 septembre 1973, un coup d’État orchestré par les Forces Armées chiliennes met fin à trois années de gouvernement socialiste dirigé par Salvador Allende. Augusto Pinochet, à la tête du putsch, installe au pouvoir une violente dictature militaire pour dix-sept ans. Événement synonyme de trauma et instigateur d’une période répressive, ou sauvetage national venant freiner la descente aux enfers socialistes? La mémoire de la société chilienne demeure fragmentée vis-à-vis de son passé récent. Cette étude cherche à définir la transmission intergénérationnelle de la mémoire du passé répressif. Menée sur deux fronts, soit à Santiago et à Montréal, la présente recherche s’applique à établir quelles sont les interprétations du passé récent de la génération « postmémoire », c’est-à-dire des personnes nées peu avant ou durant la dictature. Les représentations, les perceptions, ainsi que les canaux d’apprentissage seront mis en perspective selon le territoire, afin de dégager les discours communs et antagonistes. Prenant assise sur des sources orales, ce mémoire présentera les différentes versions du passé selon vingt-huit témoignages.

Excommunication : la puissance de la création langagière contemporaine

Cette thèse aborde la question de la valeur de la littérature contemporaine, en posant la question de la puissance de la création langagière. Dans la mesure où l’humanisme tombe en désuétude avec la fin de l’hégémonie médiatique de l’imprimerie, et où le capitalisme contemporain assigne à la culture un rôle économique et récréatif, la « littérature » se retrouve sans « critère final » pour penser sa puissance non économique. En d’autres termes, quels sont les effets intermédiaux de la création langagière livresque qui survivent à l’humanisme tout en résistant à la communication récréative? Il en va bien sûr de la nature même de la « création littéraire ». Le premier chapitre explore les liens entre l’humanisme et l’imprimerie à partir d’un concept de fongibilité, et introduit un ensemble de concepts clé. Le deuxième chapitre présente un autre ensemble de concepts (dont le geste vertical), cette fois pour penser le langage en termes de pouvoir et de puissance. Le troisième chapitre aborde le « capitalisme civilisationnel » en termes intermédiaux. On y réfléchit sur la saturation, la séparation et la fenestration, notamment à partir d’une éthique du jeu. Le quatrième chapitre traite de la question de la plasticité. Enfin, les cinquième et sixième chapitres forment deux exemples – des exemples de puissance – à partir des oeuvres de Valère Novarina (Lumières du corps) et de David Foster Wallace (Infinite Jest). Le corpus théorique se compose d’éléments puisés d’une part dans l’oeuvre de Walter Benjamin et de Giorgio Agamben, selon un matérialisme messianique, et d’autre part dans celle de Gilles Deleuze. Certaines considérations sont également tenues sous l’influence de Michel Foucault et de Ludwig Wittgenstein.

L’institutionnalisation de la migration masculine chez les Mossi : une étude d’un changement socioculturel au Burkina Faso

Depuis plus de cent ans, les Mossi du Burkina Faso évoluent avec les migrations de travail. Entre les travaux forcés de l’ère coloniale et les flux migratoires actuels, la migration est devenue une institution centrale chez les Mossi. Elle s’est imposée comme une solution aux bouleversements engendrés par de l’économie de marché, la dégradation de leur environnement et les tensions internes. Il s’est développé un système normatif qui soutient et qui perpétue ces comportements migratoires. Cette intégration institutionnelle a cependant engendré un affaiblissement de la gérontocratie et du patriarcat ce qui a déséquilibré l’organisation sociale « traditionnelle ». À partir de la méthode de l’anthropologie du changement social, ce mémoire propose une étude locale et diachronique des transformations générées par le processus migratoire. Il explique comment la migration s’est institutionnalisée, quelles sont les conséquences sur les rapports de pouvoir et quels sont les innovations, les résistances et les métissages qui en découlent. Ainsi, les migrations de travail devaient être une réponse à la crise socioéconomique vécue par les Mossi, mais par son institutionnalisation, elles sont également apparues être l’une des principales causes de cette crise.

Expression des nétrines dans la rétine de souris adulte

Les nétrines sont une petite famille de protéines de guidage axonal qui peuvent attirer des axones ou en repousser d’autres lors du développement neuronal. Lors du développement de la rétine, les axones des cellules ganglionnaires de la rétine (CGR) sont attirés vers une source de nétrines au niveau du disque optique leur permettant de quitter la rétine et de former le nerf optique. Afin de pouvoir caractériser le rôle des nétrines dans le système visuel adulte, nous avons investigué l’expression des nétrines et leurs récepteurs dans la rétine de souris adulte. Alors qu’aucune expression de la nétrine-1 n’a été détectée dans la rétine adulte, l’expression de la nétrine-3 a été abondamment détectée au niveau des CGR et des cellules amacrines. Nous démontrons aussi que les récepteurs des nétrines sont exprimés dans la rétine adulte. Alors que DCC semble être confiné au niveau des axones des CGR, néogénine est retrouvé dans les dendrites des CGR et des cellules horizontales. Quant aux protéines de la famille des récepteurs homologues à UNC-5, UNC5B a été détecté dans les somas des CGR et UNC5C dans les cellules de Müller. La découverte que nétrine-3 et ses récepteurs sont abondamment exprimés dans plusieurs types cellulaires de la rétine adulte leur suggère un rôle dans le fonctionnement du système visuel mature.

Un formalisme pour la traçabilité des transformations

Dans le développement logiciel en industrie, les documents de spécification jouent un rôle important pour la communication entre les analystes et les développeurs. Cependant, avec le temps, les changements de personel et les échéances toujours plus courtes, ces documents sont souvent obsolètes ou incohérents avec l'état effectif du système, i.e., son code source. Pourtant, il est nécessaire que les composants du système logiciel soient conservés à jour et cohérents avec leurs documents de spécifications pour faciliter leur développement et maintenance et, ainsi, pour en réduire les coûts. Maintenir la cohérence entre spécification et code source nécessite de pouvoir représenter les changements sur les uns et les autres et de pouvoir appliquer ces changements de manière cohérente et automatique. Nous proposons une solution permettant de décrire une représentation d'un logiciel ainsi qu'un formalisme mathématique permettant de décrire et de manipuler l'évolution des composants de ces représentations. Le formalisme est basé sur les triplets de Hoare pour représenter les transformations et sur la théorie des groupes et des homomorphismes de groupes pour manipuler ces transformations et permettrent leur application sur les différentes représentations du système. Nous illustrons notre formalisme sur deux représentations d'un système logiciel : PADL, une représentation architecturale de haut niveau (semblable à UML), et JCT, un arbre de syntaxe abstrait basé sur Java. Nous définissons également des transformations représentant l'évolution de ces représentations et la transposition permettant de reporter les transformations d'une représentation sur l'autre. Enfin, nous avons développé et décrivons brièvement une implémentation de notre illustration, un plugiciel pour l'IDE Eclipse détectant les transformations effectuées sur le code par les développeurs et un générateur de code pour l'intégration de nouvelles représentations dans l'implémentation.