Association between neighbourhood socioeconomic characteristics and high-risk injection behaviour amongst injection drug users living in inner vs. other city areas in Montréal, Canada

Ce manuscrit est une pré-publication d'un article paru dans International Journal of Drug Policy 2010; 21(1): 49-55.

Searching for novel gene functions in yeast : identification of thousands of novel molecular interactions by protein-fragment complementation assay followed by automated gene function prediction and high-throughput lipidomics

La compréhension de processus biologiques complexes requiert des approches expérimentales et informatiques sophistiquées. Les récents progrès dans le domaine des stratégies génomiques fonctionnelles mettent dorénavant à notre disposition de puissants outils de collecte de données sur l’interconnectivité des gènes, des protéines et des petites molécules, dans le but d’étudier les principes organisationnels de leurs réseaux cellulaires. L’intégration de ces connaissances au sein d’un cadre de référence en biologie systémique permettrait la prédiction de nouvelles fonctions de gènes qui demeurent non caractérisées à ce jour. Afin de réaliser de telles prédictions à l’échelle génomique chez la levure Saccharomyces cerevisiae, nous avons développé une stratégie innovatrice qui combine le criblage interactomique à haut débit des interactions protéines-protéines, la prédiction de la fonction des gènes in silico ainsi que la validation de ces prédictions avec la lipidomique à haut débit. D’abord, nous avons exécuté un dépistage à grande échelle des interactions protéines-protéines à l’aide de la complémentation de fragments protéiques. Cette méthode a permis de déceler des interactions in vivo entre les protéines exprimées par leurs promoteurs naturels. De plus, aucun biais lié aux interactions des membranes n’a pu être mis en évidence avec cette méthode, comparativement aux autres techniques existantes qui décèlent les interactions protéines-protéines. Conséquemment, nous avons découvert plusieurs nouvelles interactions et nous avons augmenté la couverture d’un interactome d’homéostasie lipidique dont la compréhension demeure encore incomplète à ce jour. Par la suite, nous avons appliqué un algorithme d’apprentissage afin d’identifier huit gènes non caractérisés ayant un rôle potentiel dans le métabolisme des lipides. Finalement, nous avons étudié si ces gènes et un groupe de régulateurs transcriptionnels distincts, non préalablement impliqués avec les lipides, avaient un rôle dans l’homéostasie des lipides. Dans ce but, nous avons analysé les lipidomes des délétions mutantes de gènes sélectionnés. Afin d’examiner une grande quantité de souches, nous avons développé une plateforme à haut débit pour le criblage lipidomique à contenu élevé des bibliothèques de levures mutantes. Cette plateforme consiste en la spectrométrie de masse à haute resolution Orbitrap et en un cadre de traitement des données dédié et supportant le phénotypage des lipides de centaines de mutations de Saccharomyces cerevisiae. Les méthodes expérimentales en lipidomiques ont confirmé les prédictions fonctionnelles en démontrant certaines différences au sein des phénotypes métaboliques lipidiques des délétions mutantes ayant une absence des gènes YBR141C et YJR015W, connus pour leur implication dans le métabolisme des lipides. Une altération du phénotype lipidique a également été observé pour une délétion mutante du facteur de transcription KAR4 qui n’avait pas été auparavant lié au métabolisme lipidique. Tous ces résultats démontrent qu’un processus qui intègre l’acquisition de nouvelles interactions moléculaires, la prédiction informatique des fonctions des gènes et une plateforme lipidomique innovatrice à haut débit , constitue un ajout important aux méthodologies existantes en biologie systémique. Les développements en méthodologies génomiques fonctionnelles et en technologies lipidomiques fournissent donc de nouveaux moyens pour étudier les réseaux biologiques des eucaryotes supérieurs, incluant les mammifères. Par conséquent, le stratégie présenté ici détient un potentiel d’application au sein d’organismes plus complexes.

Assessment of Tandem Mass Spectrometry and High Resolution Mass Spectrometry for the Analysis of Bupivacaine in Plasma

Triple quadrupole mass spectrometers coupled with high performance liquid chromatography are workhorses in quantitative bioanalyses. It provides substantial benefits including reproducibility, sensitivity and selectivity for trace analysis. Selected Reaction Monitoring allows targeted assay development but data sets generated contain very limited information. Data mining and analysis of non-targeted high-resolution mass spectrometry profiles of biological samples offer the opportunity to perform more exhaustive assessments, including quantitative and qualitative analysis. The objectives of this study was to test method precision and accuracy, statistically compare bupivacaine drug concentration in real study samples and verify if high resolution and accurate mass data collected in scan mode can actually permit retrospective data analysis, more specifically, extract metabolite related information. The precision and accuracy data presented using both instruments provided equivalent results. Overall, the accuracy was ranging from 106.2 to 113.2% and the precision observed was from 1.0 to 3.7%. Statistical comparisons using a linear regression between both methods reveal a coefficient of determination (R2) of 0.9996 and a slope of 1.02 demonstrating a very strong correlation between both methods. Individual sample comparison showed differences from -4.5% to 1.6% well within the accepted analytical error. Moreover, post acquisition extracted ion chromatograms at m/z 233.1648 ± 5 ppm (M-56) and m/z 305.2224 ± 5 ppm (M+16) revealed the presence of desbutyl-bupivacaine and three distinct hydroxylated bupivacaine metabolites. Post acquisition analysis allowed us to produce semiquantitative evaluations of the concentration-time profiles for bupicavaine metabolites.

Propidium monoazide (PMA) and ethidium bromide monoazide(EMA) improve DNA array and high-throughput sequencing ofporcine reproductive and respiratory syndrome virus identification

Pan-viral DNA array (PVDA) and high-throughput sequencing (HTS) are useful tools to identify novel viruses of emerging diseases. However, both techniques have difficulties to identify viruses in clinical samples because of the host genomic nucleic acid content (hg/cont). Both propidium monoazide (PMA) and ethidium bromide monoazide (EMA) have the capacity to bind free DNA/RNA, but are cell membrane-impermeable. Thus, both are unable to bind protected nucleic acid such as viral genomes within intact virions. However, EMA/PMA modified genetic material cannot be amplified by enzymes. In order to assess the potential of EMA/PMA to lower the presence of amplifiable hg/cont in samples and improve virus detection, serum and lung tissue homogenates were spiked with porcine reproductive and respiratory virus (PRRSV) and were processed with EMA/PMA. In addition, PRRSV RT-qPCR positive clinical samples were also tested. EMA/PMA treatments significantly decreased amplifiable hg/cont and significantly increased the number of PVDA positive probes and their signal intensity compared to untreated spiked lung samples. EMA/PMA treatments also increased the sensitivity of HTS by increasing the number of specific PRRSV reads and the PRRSV percentage of coverage. Interestingly, EMA/PMA treatments significantly increased the sensitivity of PVDA and HTS in two out of three clinical tissue samples. Thus, EMA/PMA treatments offer a new approach to lower the amplifiable hg/cont in clinical samples and increase the success of PVDA and HTS to identify viruses.

Assessment of meat authenticity using bioinformatics, targeted peptide biomarkers and high-resolution mass spectrometry

In recent years, we observed a significant increase of food fraud ranging from false label claims to the use of additives and fillers to increase profitability. Recently in 2013, horse and pig DNA were detected in beef products sold from several retailers. Mass spectrometry has become the workhorse in protein research and the detection of marker proteins could serve for both animal species and tissue authentication. Meat species authenticity will be performed using a well defined proteogenomic annotation, carefully chosen surrogate tryptic peptides and analysis using a hybrid quadrupole-Orbitrap mass spectrometer. Selected mammalian meat samples were homogenized, proteins were extracted and digested with trypsin. The samples were analyzed using a high-resolution mass spectrometer. The chromatography was achieved using a 30 minutes linear gradient along with a BioBasic C8 100 × 1 mm column at a flow rate of 75 µL/min. The mass spectrometer was operated in full-scan high resolution and accurate mass. MS/MS spectra were collected for selected proteotypic peptides. Muscular proteins were methodically analyzed in silico in order to generate tryptic peptide mass lists and theoretical MS/MS spectra. Following a comprehensive bottom-up proteomic analysis, we were able to detect and identify a proteotypic myoglobin tryptic peptide [120-134] for each species with observed m/z below 1.3 ppm compared to theoretical values. Moreover, proteotypic peptides from myosin-1, myosin-2 and -hemoglobin were also identified. This targeted method allowed a comprehensive meat speciation down to 1% (w/w) of undesired product.

Kindergarten classroom engagement skills : the road to academic success in elementary school

Les caractéristiques de l’enfant à la maternelle prédisent le succès des transitions à travers les premières années scolaires ainsi que la poursuite académique à l’âge de 22 ans. Les habiletés en mathématiques et langagières à la maternelle sont étroitement liées au rendement scolaire. Cependant, il est également important de tenir compte du rôle de l’autocontrôle et de la maîtrise de soi dans la réussite académique. Spécifiquement, la capacité de suivre des instructions et travailler de manière autonome pourrait faciliter l’adaptation des enfants en milieu scolaire. La présente thèse examine la valeur potentielle de cibler l’engagement scolaire à la maternelle, sous forme d’orientation vers la tâche, pour améliorer l’ajustement académique des enfants au cours du primaire. Une première étude, a examiné si l’engagement scolaire à la maternelle est associé à un meilleur niveau de réussite scolaire et d’ajustement psychosocial à la quatrième année du primaire. Les résultats suggèrent que les habitudes de travail dès l’entrée à l’école représentent des prédicteurs robustes du rendement académique quatre ans plus tard. Un plus haut niveau d’engagement prédit également moins de comportements externalisés et de victimisation par les pairs en quatrième année. Ces résultats sont demeurés significatifs suite au contrôle statistique des habilités en mathématique, langagières et socio-émotionnelles des enfants ainsi que de facteurs de risques familiaux. Une deuxième étude a examiné l’origine de l’engagement scolaire au primaire. Cette étude a permis d’observer que le niveau de contrôle cognitif des enfants d’âge préscolaire représente un prédicteur significatif de l’engagement scolaire à la maternelle. Ces résultats suggèrent l’existence d’une continuité développementale du contrôle cognitif de la petite enfance à la maternelle, et que celle-ci pourrait servir de base pour le développement de bonnes habitudes de travail au primaire. Finalement dans une troisième étude, des analyses centrées sur la personne ont été effectués. Trois sous-groupes d’enfants ont été identifiés dans notre échantillon. Les résultats obtenus indiquent des trajectoires d’engagement bas, moyen et élevé respectivement, au primaire. Le faible contrôle cognitif et les facteurs de risques familiaux ont prédit l’appartenance à la trajectoire d’engagement faible. Dans l’ensemble, les résultats de ces trois études soulignent l’importance de tenir compte de l’engagement dans les évaluations de la maturité scolaire à la maternelle. Cette recherche pourrait également informer le développement de programmes d’interventions préscolaires visant à augmenter la préparation scolaire ainsi que la réduction des écarts au niveau de la réussite académique des enfants.

Pedagogical Appropriation of Information and Communication Technologies (ICT) by West African Educators = Appropriation pédagogique des technologies de l’information et de la communication (TIC) par les éducateurs ouest-africains

Œuvre dédiée à Alioune Camara; merci au Prof. Denis Dougnon de l’Université de Bamako pour le parrainage

Évolution des performances scolaires lors de la transition secondaire-Cégep : influences respectives des évaluations PISA, des performances scolaires antérieures et des contextes de vie

Dans le domaine des évaluations des performances des élèves en fin de scolarité obligatoire, et à côté des traditionnelles évaluations scolaires, s’est développé le Programme International pour le Suivi des Acquis (PISA), harmonisé par l’Organisation de Coopération et de Développements Économiques (l’OCDE). Ce programme a atteint une grande notoriété internationale et tente de s’imposer comme programme qui évalue les compétences des élèves. Ce mémoire explore dans quelle mesure les évaluations PISA permettent de prédire les performances scolaires des élèves lors de la transition de la fin des études secondaires vers les études collégiales au Québec. Nous avons construit une variable mesurant l’évolution des performances scolaires entre le secondaire et le Cégep. Nos résultats tendent à confirmer que les évaluations PISA sont en mesure de prédire en partie la continuité des bonnes performances scolaires après contrôle des variables contextuelles des parcours de vie. Cependant, les évaluations scolaires antérieures expliquent mieux cette continuité des bonnes performances scolaires réalisées en première année de postsecondaire que les évaluations PISA. Néanmoins, toujours après contrôle des variables contextuelles, les évaluations scolaires antérieures ne sont pas capables de prédire la différence entre des performances scolaires faibles et fortes lors de la transition secondaire-collégial. Seules les évaluations PISA conservent une faible part pour expliquer ces différences.

Inattention et diplomation : le rôle protecteur du sport durant l'adolescence

Le trouble déficitaire de l'attention/hyperactivité (TDA/H) est une problématique qui touche un nombre important de jeunes Québécois. Un lien entre le TDA/H, plus particulièrement la composante inattention, et l’apparition de difficultés scolaires a été démontré à maintes reprises. Quelques études suggèrent que la pratique d'activités sportives pourrait influencer le lien entre l'inattention et les difficultés scolaires et augmenter ainsi la probabilité de perséverer dans les études et, conséquemment, d’obtenir un diplôme scolaire. La présente étude vise à examiner le lien entre l’inattention durant l’enfance et l’obtention du diplôme d’études secondaires, puis à vérifier si la pratique d'activités sportives durant l’adolescence influence ce lien. À cette fin, 1043 jeunes ont été suivis de 6 à 23 ans. Une analyse de régression logistique binaire de type hiérarchique a été utilisée pour tester les hypothèses proposées. D’une part, et tel que prévu, une forte association négative entre l’inattention et la diplomation est observée. Cette association demeure satistiquement significative après contrôle de différentes variables (hyperactivité, symptômes intériorisés, Q.I. et l’adversité familiale). La relation inattention-diplomation n’est toutefois pas modérée par la pratique d’activités sportives. Cette étude souligne l’importance de mettre en place des mesures efficaces pour permettre aux jeunes souffrant d’inattention d’avoir de meilleures chances de diplômer.

Modélisation des liens entre des variables associées à l’environnement scolaire et la performance à l’écrit en français des finissants du secondaire au Québec

Le ministère de l’Éducation, du Loisir et du Sport (MELS) publie tous les ans des indicateurs (MELS, 2007) qui traitent de plusieurs aspects du système scolaire québécois. Quoique le MELS insiste sur l’obligation pour les écoles primaires et secondaires d’obtenir des résultats probants en termes d’« efficacité », les indicateurs utilisés pour apprécier la performance des écoles ne sont pas nécessairement conçus à cette fin. Une étude du MELS rapporte que les élèves de 5e secondaire éprouvent de la difficulté à obtenir de bons résultats à deux critères de correction (syntaxe et ponctuation, orthographe), parmi les six de l’épreuve unique de français écrit (MELS, 2008). Ce fait nous amène à nous intéresser à l’étude de la modélisation des liens entre des facteurs associés à l’environnement scolaire et les résultats des élèves de la région métropolitaine de Montréal, en ce qui a trait à ces deux critères pour les cohortes des années 2006, 2007 et 2008. Nous procédons d’abord à des analyses descriptives des variables pour chacune des trois populations. Nous poursuivons l’analyse en effectuant plusieurs modélisations multiniveaux multivariées des deux critères en fonction de variables indépendantes, caractéristiques de l’élève et de l’école. Les résultats de la présente recherche indiquent une relative stabilité dans la performance des élèves pour les trois années, avec une légère amélioration de la performance pour la cohorte de 2007, et qui se maintient pour la cohorte de 2008. Les élèves du secteur privé obtiennent de meilleurs résultats que ceux du public. Le résultat des filles est supérieur à celui des garçons et les élèves de langue maternelle française obtiennent de meilleurs résultats que ceux de langues maternelles différentes du français. Il importe cependant d’apporter quelques nuances dans l’interprétation de ces résultats. En outre, la part de variance dans la performance des élèves attribuable à l’élève est de l’ordre de 75,0 % et de l’ordre de 25,0 % à l’école. On note un effet différentiel des facteurs d’élève et d’école selon le critère considéré. Les variables caractéristiques de l’élève comptent pour 13,9 % de la variance totale de la performance des élèves en syntaxe et ponctuation et pour 9,8 % en orthographe. Les variables caractéristiques de l’école comptent pour 3,7 % de la variance totale de la performance des élèves en syntaxe et ponctuation et pour 6,4 % en orthographe. Certains facteurs d’école, comme la taille, la mixité ne semblent pas présenter un lien significatif avec la performance des élèves.

Characterization of Carotid Plaques with Ultrasound Non-Invasive Vascular Elastography (NIVE) : Feasibility and Correlation with High-Resolution Magnetic Resonance Imaging

L’accident vasculaire cérébral (AVC) est une cause principale de décès et de morbidité dans le monde; une bonne partie des AVC est causée par la plaque d’athérosclérose carotidienne. La prévention de l’AVC chez les patients ayant une plaque carotidienne demeure controversée, vu les risques et bénéfices ambigus associés au traitement chirurgical ou médical. Plusieurs méthodes d’imagerie ont été développées afin d’étudier la plaque vulnérable (dont le risque est élevé), mais aucune n’est suffisamment validée ou accessible pour permettre une utilisation comme outil de dépistage. L’élastographie non-invasive vasculaire (NIVE) est une technique nouvelle qui cartographie les déformations (élasticité) de la plaque afin de détecter les plaque vulnérables; cette technique n’est pas encore validée cliniquement. Le but de ce projet est d’évaluer la capacité de NIVE de caractériser la composition de la plaque et sa vulnérabilité in vivo chez des patients ayant des plaques sévères carotidiennes, en utilisant comme étalon de référence, l’imagerie par résonance magnétique (IRM) à haute-résolution. Afin de poursuivre cette étude, une connaissance accrue de l’AVC, l’athérosclérose, la plaque vulnérable, ainsi que des techniques actuelles d’imagerie de la plaque carotidienne, est requise. Trente-et-un sujets ont été examinés par NIVE par ultrasonographie et IRM à haute-résolution. Sur 31 plaques, 9 étaient symptomatiques, 17 contenaient des lipides, et 7 étaient vulnérables selon l’IRM. Les déformations étaient significativement plus petites chez les plaques contenant des lipides, avec une sensibilité élevée et une spécificité modérée. Une association quadratique entre la déformation et la quantité de lipide a été trouvée. Les déformations ne pouvaient pas distinguer les plaques vulnérables ou symptomatiques. En conclusion, NIVE par ultrasonographie est faisable chez des patients ayant des sténoses carotidiennes significatives et peut détecter la présence d’un coeur lipidique. Des études supplémentaires de progression de la plaque avec NIVE sont requises afin d’identifier les plaques vulnérables.

Aspirations scolaires des parents et décrochage scolaire : le rôle du soutien des parents et des aspirations des adolescents

Cette étude porte sur le rôle des attitudes et des comportements parentaux dans le processus de décrochage scolaire au travers de deux objectifs. Le premier consiste à vérifier le rôle médiateur des aspirations scolaires de l’adolescent sur le lien entre les aspirations scolaires parentales pour leur enfant et le décrochage scolaire. Le second objectif vise à valider le rôle protecteur du soutien scolaire parental vis-à-vis du décrochage lorsque les aspirations scolaires des parents pour leur adolescent sont peu élevées. Les résultats ont été obtenus à partir de données longitudinales recueillies auprès de 4630 élèves québécois de secondaire pendant cinq ans. Ils mettent en évidence par l’emploi de régressions logistiques que les aspirations scolaires de l’adolescent médiatisent partiellement le lien entre les aspirations scolaires des parents et le décrochage scolaire. Comme attendu, le nombre de décrocheurs s’avère moins important dans la situation où les parents aux aspirations scolaires peu élevées soutiennent scolairement leur enfant. En revanche, les résultats n’ont pas permis de démontrer statistiquement le rôle protecteur du soutien scolaire parental car, contre toute attente, le nombre de décrocheurs s’est avéré également plus important lorsque des parents aux aspirations scolaires élevées soutiennent scolairement leur enfant. Quelques hypothèses sont avancées pour expliquer ce résultat contre intuitif. Les conclusions de cette étude laissent penser qu’accompagner les parents et leur enfant sur le niveau de leurs aspirations scolaires, permettrait de réduire le risque de décrochage scolaire. Elles ouvrent également sur de nouvelles perspectives quant au rôle modérateur du style parental et des difficultés scolaires de l’adolescent sur l’influence du soutien scolaire parental dans le processus de décrochage scolaire.

Relation entre le sentiment d'empowerment et l'insertion professionnelle de nouveaux directeurs et directeurs adjoint d'établissement d'enseignement primaire et secondaire

Cette recherche vise à augmenter les connaissances sur le processus d’insertion professionnelle des nouveaux directeurs et directeurs adjoints du primaire et du secondaire au Québec lors de la première année en fonction. Pour mieux connaître cette étape de la vie professionnelle, quatre dimensions du processus d’insertion professionnelle ont été étudiées : la nature de la tâche, le contexte d’exercice, le soutien et l’accompagnement et les caractéristiques motivationnelles. Le sentiment d’empowerment des nouveaux gestionnaires a été étudié simultanément afin d’examiner leur motivation à exercer la nouvelle fonction. La question générale de la recherche était de savoir si la mesure du sentiment d’empowerment utilisé pour traiter de la motivation pouvait apporter de l’information sur la façon dont se vit le processus d’insertion professionnelle des nouveaux directeurs et directeurs adjoints d’établissement d’enseignement. Les données ont été recueillies auprès de dix nouveaux directeurs et directeurs adjoints d’établissement. Une conception de l’insertion professionnelle en tant que processus ayant été retenue, chaque participant a été rencontré à trois moments au cours de l’année scolaire, soit quelques semaines après l’entrée en fonction, au milieu de l’année et à la fin de celle-ci. Lors de chaque rencontre, les participants ont été interrogés à l’aide d’une grille d’entrevue semi-dirigée sur les quatre dimensions du processus d’insertion professionnelle mentionnées précédemment. Ils complétaient par la suite un questionnaire pour mesurer le sentiment d’empowerment. Ce questionnaire est une adaptation validée par Boudreault (1990) d’un outil développé par Tymon (1988). La recherche tend à confirmer l’utilité du sentiment d’empowerment comme source d’information sur le déroulement du processus d’insertion professionnelle. Ainsi, des relations semblent possibles entre le sentiment d’empowerment et certains aspects étudiés. Il s’agit de relations qu’il faudra cependant analyser avec de plus grands échantillons pour les valider. Tout d’abord, concernant la nature de la tâche, les constats indiquent que les directeurs adjoints affichant les meilleurs sentiments d’empowerment géraient moins de dossiers différents et que la plupart des dossiers dont ils étaient responsables faisaient appel à des habiletés développées antérieurement lors d’affectation intérimaire ou lors de leur participation à des comités à titre d’enseignants. De plus, ces participants avaient moins de gestion de personnel à effectuer, et particulièrement au regard du personnel de soutien. Ensuite, une tendance marquée a ensuite été constatée en ce qui concerne le soutien et l’accompagnement. Il est apparu que les participants (directeurs et directeurs adjoints) avec les meilleurs sentiments d’empowerment étaient ceux qui bénéficiaient du meilleur soutien et accompagnement de leur supérieur immédiat. Puis, en ce qui a trait aux caractéristiques motivationnelles, les participants exprimant les meilleurs sentiments d’empowerment se sentaient plus capables d’accomplir leur tâche et remettaient moins en question l’exercice de leur fonction. La recherche a indiqué d’autres relations possibles entre le sentiment d’empowerment et certains aspects des dimensions de l’insertion professionnelle, qui bien que moins marquées dans l’échantillon, mériteraient d’être approfondies dans des travaux futurs. Il s’agit de la relation entre le sentiment d’empowerment et le climat organisationnel de l’établissement, de la marge de manœuvre consentie dans l’exercice de la fonction et de la motivation des directeurs adjoints à postuler à un poste de directeur. Finalement, la recherche a mis en lumière la conviction des nouveaux directeurs de vivre une nouvelle phase d’insertion professionnelle et la différence entre les tâches des directeurs adjoints du primaire et ceux du secondaire.

Trajectoires développementales des dimensions du profil de dysrégulation (CBCL-DE) – agressivité, anxiété et inattention : éléments prédicteurs de diplomation au secondaire chez les garçons.

Ouvrage réalisé sous la supervision du comité de jury composé des membres suivants: Dre Leila Ben Amor, Dre Diane Sauriol, Daniel Fiset, PhD. & Éric Lacourse PhD.