Probe-level linear model fitting and mixture modeling results in high accuracy detection of differential gene expression

Affiliation: Institut de recherche en immunologie et en cancérologie, Université de Montréal

Cooperative of Noncooperative Behavior?

In an abstract two-agent model, we show that every deterministic joint choice function compatible with the hypothesis that agents act noncooperatively is also compatible with the hypothesis that they act cooperatively. the converse is false.

L'admission des confessions et le risque d'erreur judiciaire : toute vérité est-elle bonne à dire ?

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de Maîtrise en droit (LL.M.)"

Représentations sociales interethniques en région : les cas de Drummondville et de Gatineau

Les études portant sur la régionalisation de l’immigration au Québec ont largement traité de la question des avantages démographiques, politiques et économiques d’une telle pratique en matière de repeuplement des régions touchées par l’exode des jeunes, alors que celles portant sur la dimension sociale de l’établissement d’immigrants en région se font plus rares. Par ailleurs, la recension des écrits portant sur la régionalisation de l’immigration a fait ressortir l’absence d’études au sujet de certaines régions du Québec. De là le double intérêt du présent mémoire, qui propose d’une part d’enrichir le corpus de connaissances en étudiant les contextes de Drummondville et de Gatineau, et d’autre part d’examiner la question de la régionalisation de l’immigration au Québec d’une perspective relationnelle entre immigrants et natifs. Pour ce faire, il a été question d’examiner les discours des immigrants et des non-immigrants de Drummondville et de Gatineau sur l’intégration des nouveaux arrivants en région dans le but d’identifier s’il existe une homogénéité des propos au sein de chacun des deux groupes, afin de comprendre les dynamiques des dichotomisations nous/eux dans le contexte des relations interethniques en région au Québec et d’en questionner la pertinence. L’élaboration du cadre conceptuel a ainsi permis de définir sociologiquement les notions des représentations sociales, de l’identité culturelle, des relations interethniques et intraethniques et de l’intégration, et un travail de terrain de plusieurs mois a permis la cueillette du matériau d’analyse. Des entretiens semi-dirigés ont été menés auprès de vingt-quatre sujets, répartis également entre immigrants et natifs du Canada. Enfin, l’analyse qualitative a été structurée selon cinq thèmes : pratiques résidentielles; fréquentations et affinités; emploi et engagement communautaire; gestion de la diversité; politique et identité. L’hypothèse de départ voulant que les interactions fréquentes avec l’exogroupe génèrent des représentations sociales positives à leur égard s’est avérée invérifiable dans la mesure où les sujets qui ont accepté d’être interviewés entretenaient pour la plupart déjà des interactions fréquentes avec l’exogroupe. Et ces interactions s’avéraient de nature positive. D’autre part, le postulat concernant la présence d’une crainte généralisée chez les natifs du Québec face aux immigrants et le conservatisme associé aux secteurs situés hors de la métropole montréalaise s’est avéré faux. Il ressort que ces deux milieux possèdent des institutions et des individus activement engagés dans ce projet, et que la peur ou le rejet des immigrants, malgré le fait que ma recherche ait été menée dans une période de haute tension (accommodements raisonnables, affaire d’Hérouxville, etc.), était extrêmement minoritaire. Par ailleurs, les participants non-immigrants habitant Drummondville ont paru aussi ouverts d’esprit que ceux habitant Gatineau, en dépit de la proximité de la seconde d’Ottawa, une grande ville multiculturelle et réceptrice de l’immigration depuis plus longtemps.

Luther on love and law : a historical investigation of Martin Luther's application of scriptural authority to Church and State

Cette thèse s’ouvre avec des commentaires du siècle dernier sur les opinions de Luther à propos de l’autorité du gouvernement et de l’Église, ainsi que sur la nature humaine et la fonction de la loi. Je présente ensuite où ces critiques situent Luther par rapport à la tradition scholastique et par rapport à la tradition romaine au sein de l’Église. Puis, j’explore les œuvres de Luther pour mettre en lumière ses arguments concernant l’Église, la source de son autorité, ainsi que la relation de celle-ci avec les gouvernements, autrement dit les autorités temporelles. De là, je m’intéresse à la comparaison que le réformateur fait entre la place de l’Église dans la société et celle de l’autorité temporelle. Enfin, j’analyse les écrits de Luther à propos de deux évènements concernant la construction du Royaume de Dieu et plus précisément, dans quelle mesure l’Église dépend, ou non, des autorités temporelles pour construire ce Royaume. Nous allons trouver une réponse surprenante à la question de comment l’église est indépendante de l’autorité temporelle dans l’ouvrage spécifique au royaume de Dieu. Le but de ma thèse est de répondre à certains critiques qui reprochent à Luther de s’appuyer sur l’autorité temporelle pour établir l’Église, et par conséquent de donner au temporel le contrôle sur le spirituel. Nous découvrirons que Luther tire son autorité des Écritures. Nous découvrirons aussi les conséquences que cette autorité a sur sa philosophie politique, c'est-à-dire l’importance de la soumission aux autorités gouvernantes en même temps que la libération des individus de la tyrannie d’une fausse doctrine.

Les ordonnances de non-publication à l'enquête sur mise en liberté provisoire et à l'enquête préliminaire : quand inefficacité rime avec inconstitutionnalité

Le présent mémoire se penche sur la constitutionnalité des articles 517 et 539 C.cr., qui prévoient des ordonnances de non-publication à l'enquête sur mise en liberté provisoire ainsi qu'à l'enquête préliminaire. L'auteur présente d'abord les modalités d'application de chacune de ces ordonnances. Suit ensuite un portrait de la jurisprudence sur la constitutionnalité de ces deux dispositions. L'auteur applique par la suite aux dispositions le test élaboré dans l'arrêt Oakes. Il conclut que l'objectif des dispositions, qui consiste à assurer un procès équitable à l'accusé, est urgent et réel. L'auteur constate ensuite que le critère du lien rationnel n'est pas satisfait puisque, ordonnance ou pas, les informations préjudiciables pour un accusé seront de toute façon dispersées dans le public, notamment grâce aux nouvelles technologies de l'information. À défaut de profiter d'informations fiables retransmises par les médias, le public devra se concentrer sur les rumeurs non vérifiables propagées par le Web. Le critère de l'atteinte minimale est également examiné. L'auteur estime que ni les récusations motivées, ni le changement de venue, ni les directives aux jurés ne sont en mesure de remplacer des ordonnances de non-publication. Enfin, l'auteur estime que les articles 517 et 539 C.cr. échouent le critère de proportionnalité entre les effets préjudiciables et les effets bénéfiques. En conclusion, comme alternative aux interdits de publication, l'auteur propose une réforme du processus de récusations motivées.

Dépistage de la prééclampsie au premier trimestre de la grossesse

OBJECTIF: évaluer un modèle prédictif de prééclampsie associant des marqueurs cliniques, biologiques (Inhibine A, PP-13, hCG, ADAM12, PAPP-A et PlGF) et du Doppler des artères utérines (DAU) au 1er trimestre de la grossesse. METHODE : étude prospective de cohorte de 893 nullipares chez qui DAU et prélèvement sanguin étaient réalisés à 11-14 semaines. RESULTATS : 40 grossesses se sont compliquées de prééclampsie (4,5%) dont 9 de prééclampsie précoce (1,0%) et 16 de prééclampsie sévère (1,8%). Le meilleur modèle prédictif de la prééclampsie sévère associait les marqueurs cliniques, PAPP-A et PlGF (taux de détection 87,5% pour 10% de faux positif). Le DAU étant corrélé à la concentration de PAPP-A (r=-0,117 ; p<0,001), il n’améliorait pas la modélisation. CONCLUSION : la combinaison de marqueurs cliniques et biologiques (PlGF et PAPP-A) au 1er trimestre permet un dépistage performant de la prééclampsie sévère. Le DAU n’est pas un instrument efficace de dépistage au 1er trimestre dans cette population.

Vidéosurveillance intelligente pour la détection de chutes chez les personnes âgées

Les pays industrialisés comme le Canada doivent faire face au vieillissement de leur population. En particulier, la majorité des personnes âgées, vivant à domicile et souvent seules, font face à des situations à risques telles que des chutes. Dans ce contexte, la vidéosurveillance est une solution innovante qui peut leur permettre de vivre normalement dans un environnement sécurisé. L’idée serait de placer un réseau de caméras dans l’appartement de la personne pour détecter automatiquement une chute. En cas de problème, un message pourrait être envoyé suivant l’urgence aux secours ou à la famille via une connexion internet sécurisée. Pour un système bas coût, nous avons limité le nombre de caméras à une seule par pièce ce qui nous a poussé à explorer les méthodes monoculaires de détection de chutes. Nous avons d’abord exploré le problème d’un point de vue 2D (image) en nous intéressant aux changements importants de la silhouette de la personne lors d’une chute. Les données d’activités normales d’une personne âgée ont été modélisées par un mélange de gaussiennes nous permettant de détecter tout événement anormal. Notre méthode a été validée à l’aide d’une vidéothèque de chutes simulées et d’activités normales réalistes. Cependant, une information 3D telle que la localisation de la personne par rapport à son environnement peut être très intéressante pour un système d’analyse de comportement. Bien qu’il soit préférable d’utiliser un système multi-caméras pour obtenir une information 3D, nous avons prouvé qu’avec une seule caméra calibrée, il était possible de localiser une personne dans son environnement grâce à sa tête. Concrêtement, la tête de la personne, modélisée par une ellipsoide, est suivie dans la séquence d’images à l’aide d’un filtre à particules. La précision de la localisation 3D de la tête a été évaluée avec une bibliothèque de séquence vidéos contenant les vraies localisations 3D obtenues par un système de capture de mouvement (Motion Capture). Un exemple d’application utilisant la trajectoire 3D de la tête est proposée dans le cadre de la détection de chutes. En conclusion, un système de vidéosurveillance pour la détection de chutes avec une seule caméra par pièce est parfaitement envisageable. Pour réduire au maximum les risques de fausses alarmes, une méthode hybride combinant des informations 2D et 3D pourrait être envisagée.

Beyond Panel Unit Root Tests: Using Multiple Testing to Determine the Non Stationarity Properties of Individual Series in a Panel

Most panel unit root tests are designed to test the joint null hypothesis of a unit root for each individual series in a panel. After a rejection, it will often be of interest to identify which series can be deemed to be stationary and which series can be deemed nonstationary. Researchers will sometimes carry out this classification on the basis of n individual (univariate) unit root tests based on some ad hoc significance level. In this paper, we demonstrate how to use the false discovery rate (FDR) in evaluating I(1)=I(0) classifications based on individual unit root tests when the size of the cross section (n) and time series (T) dimensions are large. We report results from a simulation experiment and illustrate the methods on two data sets.

Faussetés imaginaires

Les récits de fiction comportant une moralité déviante posent parfois problème quant à la détermination de ce qui est « vrai dans l’histoire ». Si par exemple on a aucune difficulté à considérer comme vrai dans le monde imaginaire que « Giselda a tué son bébé », les choses sont différentes lorsqu’il s’agit d’imaginer une situation dans laquelle nos valeurs morales sont remises en question. Confronté à un récit comportant l’énoncé « Giselda a fait la bonne chose en tuant son bébé, après tout, c’était une fille », on aura tendance à questionner l’autorité de l’auteur : celui-ci peut bien penser que l’infanticide féminin est moralement justifié, mais en fait c’est faux, même dans l’histoire. Les conditions qui donnent lieu au phénomène ont été articulées de diverses façons, l’objectif étant habituellement de parvenir à une formulation qui dépasse le cadre plus étroitement moral. On invoque par exemple une distinction plus générale entre l’évaluatif et le descriptif. Après avoir caractérisé plus précisément les notions d’imagination et d’imaginabilité, j’examinerai brièvement la littérature sur le sujet et défendrai une solution reposant sur les règles de modification de l’extension et de l’intension des prédicats imaginaires. D’après cette analyse, ce qui se produit dans les récits moraux déviants s’explique par un principe plus général qui s’applique autant à l’évaluatif qu’au descriptif.

Dépistage prénatal de la trisomie 21 et autres aneuploïdies au premier trimestre

La présente thèse par articles aborde différentes facettes du dépistage prénatal de certaines aneuploïdies au premier trimestre de la grossesse. L’introduction retrace l’historique du dépistage prénatal et énonce les différents marqueurs biochimiques et échographiques associés aux aneuploïdies. La première publication démontre que le tabagisme maternel abaisse significativement les niveaux sanguins maternels de PAPP-A et de la fraction libre de la β-hCG et augmente significativement la clarté nucale, confirmant la nécessité de contrôler cette co-variable dans le calcul de risque final, du moins pour la trisomie 18. Le deuxième article identifie des seuils de clarté nucale au-delà desquels la biochimie génétique n’apporte aucune valeur additionnelle au dépistage prénatal de la trisomie 21 et de la trisomie 18. Pour les fœtus avec clarté nucale supérieure aux seuils établis, un diagnostic prénatal intrusif devrait être offert sans délai. Le troisième et dernier article porte sur la première détermination des niveaux plasmatiques maternels de la protéine FLRG (follistatin-related gene) au premier trimestre de grossesse et sur son rôle potentiel à titre de marqueur biochimique dans le dépistage prénatal de la trisomie 21. Bien que détectables, les niveaux plasmatiques maternels de FLRG ne sont pas significativement altérés en présence de fœtus avec syndrome de Down. Dans la discussion générale, les trois articles sont abordés sous un angle plus spécifique au Québec. Des données complémentaires et originales y sont présentées. Une discussion sur l’évolution future du dépistage prénatal est entamée et des axes de recherche sont proposés.

Approche psycholinguistique des relations entre le traitement sémantique des mots et la rétention à court terme chez l’individu sain et dans la démence de type Alzheimer

Depuis ces deux dernières décennies, des efforts considérables en psychologie cognitive et neuropsychologie ont été déployés pour mieux comprendre les dynamiques entre les différents systèmes cognitifs (fonctions exécutives, mémoire, langage, etc.). L’observation d’une co-existence entre des atteintes en rétention à court terme verbale (RCTv) et en langage dans plusieurs pathologies a conduit certains chercheurs à concevoir une alternative à la conceptualisation classique de la RCTv, telle que proposée par le modèle initial de la mémoire de travail de Baddeley (1986). Particulièrement, les travaux sur l’aphasie ont conduit à l’émergence d’une approche psycholinguistique de la RCTv, postulant que le traitement et le maintien des mots font appel à des processus communs. Cette approche, et particulièrement le modèle d’activation interactive (N. Martin & Gupta, 2004; N. Martin & Saffran, 1997), prédit que les capacités en RCTv sont notamment modulées par les caractéristiques linguistiques engagées durant l’épreuve, variant selon la nature des items verbaux et la modalité de rappel, ainsi que par les compétences linguistiques des individus. L’objectif de la présente thèse était de tester ces prédictions à partir d’une exploration des relations entre le traitement sémantique des mots et la RCTv chez l’adulte sain (article 1) et dans la démence de type Alzheimer (DTA) (article 2). Dans le premier article, deux expériences mettent en évidence l’influence des liens associatifs entre les mots sur les capacités à maintenir temporairement des informations verbales. Les participants ont tendance à faussement reconnaître des mots associés aux mots de la liste, reflet d’une activation du réseau sémantique durant la rétention temporaire. Cette contribution sémantique est accentuée en situation de suppression articulatoire, une condition qui empêche le participant de répéter les listes durant la tâche. Les résultats du second article indiquent que la modalité de réponse module différemment la performance en RCTv chez les participants âgés sans atteinte neurologique et ceux atteints de la DTA. Ces données en RCTv sont compatibles avec les atteintes spécifiques du traitement du mot, également trouvées chez le groupe avec DTA. Les implications théoriques et cliniques de ces résultats sont discutées. Les limites et perspectives futures sont également abordées.

Cru ; suivi de Cruauté nécessaire : le devoir d'une vérité autobiographique chez Guibert, Dustan et Rémès

Situé entre entre le roman et le récit personnel, Cru. prend la forme d'un aller-retour entre fiction et autobiographie. Le texte, construit à l'aide d'une écriture syncopée et brute, présente deux personnages homosexuels à l'ère « post-sida », alors que ceux-ci tentent de comprendre ce que veut dire « être un homme » dans un contexte social où le mépris (envers les autres et soi-même) est encore présent, mais peut-être encore plus pernicieux qu'auparavant, parce que camouflé sous l'idée d'une acceptation globale. Au final, Cru. soulève la délicate question du droit à la vérité dans une démarche autobiographique et celle de l'implication de la cruauté dans un récit qui ne concerne pas que l'auteur, mais son entourage aussi. Cruauté nécessaire : le devoir d'une vérité autobiographique chez Guibert, Dustan et Rémès est un essai qui vise l'analyse de différents procédés se rattachant à l'écriture autobiographique homosexuelle des années 1990, particulièrement aux textes appartenant à la littérature du sida. Si l'autobiographie vise, dans une certaine mesure, le dévoilement de la vérité, comment ne pas parler de cruauté alors que les auteurs qui la pratiquent y vont de révélations qui ne concernent pas qu'eux? Si le processus d'écriture autobiographique se veut bénéfique, le résultat est-il purement diabolique? Il faudra d'abord, évidemment, définir ce que l'on entend par « vérité » et « cruauté » (lire « bénéfique » et « maléfique »). En ce qui concerne le Bien et le Mal, les textes de Bataille et Nietzsche contribueront à définir deux concepts qui peuvent, souvent, être relatifs. En confrontant les textes des trois auteurs français – tous séropositifs au moment de l'écriture – à différentes théories autobiographiques (Doubrovsky, Lejeune, Miraux) et identitaires (Foucault, Schecter, Butler), et à certains écrits sur le devoir et la responsabilité (Donner, Brooks), l'on tentera de démontrer que la cruauté dont Guibert, Dustan et Rémès font preuve est essentielle à l'écriture autobiographique.

Prédiction de boucles de régulation associant microARN et gènes régulés par le récepteur de l'acide rétinoïque dans le cancer du sein

Le récepteur de l'acide rétinoïque RAR est une protéine de la superfamille des récepteurs nucléaires liant le ligand acide rétinoïque (AR). En présence de son ligand, RAR induit la transcription de ses gènes cibles alors qu'en son absence la transcription est inhibée. Le mécanisme de régulation de RAR est altéré dans les lignées cellulaires humaines de carcinome mammaire dû à une baisse de capacité de synthèse de l'AR. Aussi, l'expression des microARN (miR) est perturbée dans le cancer du sein et un grand nombre de gènes ont été identifiés, après une analyse in-silico, comme des cibles prédites des miRs. Ces derniers peuvent être régulés pas des facteurs de transcription et ils sont capables d'inhiber la prolifération cellulaire et d'induire l'apoptose via la régulation de leurs cibles. Ainsi, les miRs peuvent jouer un rôle dans le mécanisme de régulation de RAR et être impliqués dans des boucles de régulation avec ce récepteur. Dans le cadre de ce travail, nous décrivons une approche développée pour prédire et caractériser des circuits de régulation au niveau transcriptionnel et post-transcriptionnel dans le cancer du sein. Nous nous sommes intéressés aux boucles de régulation de type feed-forward où RAR régule un miR et en commun ils régulent un ensemble de gènes codants pour des protéines dans les cellules tumorales mammaires MCF7 et SKBR3. Ces circuits ont été construits en combinant des données de ChIP-chip de RAR et des données de micro-puces d'ADN tout en utilisant des outils in-silico de prédiction des gènes cibles de miRs. Afin de proposer le modèle approprié de régulation, une analyse in-silico des éléments de réponse de l'AR (RARE) dans les promoteurs des miRs est réalisée. Cette étape permet de prédire si la régulation par RAR est directe ou indirecte. Les boucles ainsi prédites sont filtrées en se basant sur des données d'expression de miR existantes dans des bases de données et dans différentes lignées cellulaires, en vue d'éliminer les faux positifs. De plus, seuls les circuits pertinents sur le plan biologique et trouvés enrichis dans Gene Ontology sont retenus. Nous proposons également d'inférer l'activité des miRs afin d'orienter leur régulation par RAR. L'approche a réussi à identifier des boucles validées expérimentalement. Plusieurs circuits de régulation prédits semblent être impliqués dans divers aspects du développement de l'organisme, de la prolifération et de la différenciation cellulaire. De plus, nous avons pu valider que let-7a peut être induit par l'AR dans les MCF7.

La cause juste et suffisante de congédiement en droit québécois lors d’une absence du travail pour raison de santé

L’absentéisme au travail en raison de santé représente un enjeu important dans la société actuelle puisqu’il est en constante croissante. Il engendre plusieurs conséquences négatives pour les entreprises québécoises. Nous nous intéressons à l’absentéisme au travail en raison de santé, abordé sous un angle juridique. Le but de notre recherche consiste à identifier, à partir d’un échantillon de soixante-dix-sept décisions jurisprudentielles, les manquements fautifs et non fautifs qui constituent une cause juste et suffisante de congédiement dans les cas d’absence au travail en raison de santé. En ce qui concerne les manquements fautifs, nos résultats démontrent qu’occuper un second emploi durant une absence du travail, effectuer des activités incompatibles avec l’état de santé déclaré, faire des fausses déclarations, falsifier des documents médicaux, le défaut d’aviser lors d’une absence du travail sans autorisation, le défaut d’aviser lors d’une absence du travail en présence d’une convention collective, le refus de retourner au travail à la suite d’une directive de l’employeur et le refus de fournir les informations médicales nécessaires ne constituent pas indéniablement une cause juste et suffisante de congédiement. Pour les manquements non fautifs, notre analyse montre que les manquements reliés à l’assiduité au travail en présence et en l’absence d’une convention collective et les manquements reliés à la capacité de reprendre le travail en l’absence et en présence de limitations fonctionnelles psychologiques et physiques et en tenant compte du risque pour sa santé et sa sécurité ou risque pour celles des autres ne sont pas dans tous les cas une cause juste et suffisante de congédiement. Il appert, dans les décisions analysées en fonction des critères de Wohl c. Joly, que l’employeur doit démontrer les trois éléments pour qu’ils constituent une cause juste et suffisante de congédiement.