One-sided tolerance interval in a two-way balanced nested model with mixed effects

In many research areas (such as public health, environmental contamination, and others) one deals with the necessity of using data to infer whether some proportion (%) of a population of interest is (or one wants it to be) below and/or over some threshold, through the computation of tolerance interval. The idea is, once a threshold is given, one computes the tolerance interval or limit (which might be one or two - sided bounded) and then to check if it satisfies the given threshold. Since in this work we deal with the computation of one - sided tolerance interval, for the two-sided case we recomend, for instance, Krishnamoorthy and Mathew [5]. Krishnamoorthy and Mathew [4] performed the computation of upper tolerance limit in balanced and unbalanced one-way random effects models, whereas Fonseca et al [3] performed it based in a similar ideas but in a tow-way nested mixed or random effects model. In case of random effects model, Fonseca et al [3] performed the computation of such interval only for the balanced data, whereas in the mixed effects case they dit it only for the unbalanced data. For the computation of twosided tolerance interval in models with mixed and/or random effects we recomend, for instance, Sharma and Mathew [7]. The purpose of this paper is the computation of upper and lower tolerance interval in a two-way nested mixed effects models in balanced data. For the case of unbalanced data, as mentioned above, Fonseca et al [3] have already computed upper tolerance interval. Hence, using the notions persented in Fonseca et al [3] and Krishnamoorthy and Mathew [4], we present some results on the construction of one-sided tolerance interval for the balanced case. Thus, in order to do so at first instance we perform the construction for the upper case, and then the construction for the lower case.

OCORRÊNCIA E DIVERSIDADE DE GENES pspA ENTRE AMOSTRAS DE Streptococcus pneumoniae PERTENCENTES A COMPLEXOS CLONAIS CIRCULANTES NO BRASIL

De PINA, Sandrine Ester da Cruz Monteiro. Ocorrência e diversidade de genes pspA entre amostras de Streptococcus pneumoniae pertencentes a complexos clonais circulantes no Brasil. Rio de Janeiro, 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas - Microbiologia), Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2015. Streptococcus pneumoniae é um importante patógeno associado a infecções invasivas, sendo também geralmente encontrado na nasofaringe de portadores assintomáticos. A cápsula polissacarídica é o principal fator de virulência e constitui a base das vacinas atualmente licenciadas. Devido às limitações inerentes às vacinas existentes, proteínas desse microrganismo, como a proteína de superfície pneumocócica A (PspA), são consideradas alvos de grande interesse para a formulação de novas estratégias de prevenção. No entanto, devido à natureza polimórfica dos genes pspA, torna-se essencial o levantamento de dados sobre a distribuição desses genes entre as amostras de pneumococos circulantes em diferentes regiões geográficas. Desta forma, o presente estudo teve como objetivo analisar a ocorrência e a diversidade de genes pspA entre 413 amostras de S. pneumoniae isoladas no Brasil entre 1988 e 2014, além de avaliar a ocorrência desses genes em amostras clínicas de espécies relacionadas (Streptococcus mitis e Streptococcus pseudopneumoniae), investigar a ocorrência de eventos de recombinação nesses genes e avaliar a distribuição de biomarcadores por MALDI-TOF MS em cada tipo de gene pspA. Todas as amostras de S. pneumoniae e apenas uma amostra de S. mitis albergavam genes pspA. Genes da família 2 (com destaque para a clade 3) foram os mais comuns (59,6%) com índices de ocorrência crescentes ao longo do tempo, seguidos dos genes da família 1 (39%; com destaque para a clade 1) e da família 3 (1,4%; todas clade 6). Dentro de uma mesma clade, as amostras compartilharam >80% de similaridade em fragmentos do gene pspA, sendo as clades pertencentes a uma mesma família mais próximas entre si evolutivamente. Os tipos de genes pspA foram conservados dentro de cada complexo clonal, independente de qualquer outra característica da amostra (como sorotipo, origem clínica e perfil de susceptibilidade à penicilina). Sinais de eventos de recombinação foram detectados, entre amostras de S. pneumoniae e S. mitis, em fragmentos do gene pspA que representam os alvos mais prováveis para inclusão em uma nova vacina baseada em PspA. MALDI-TOF MS apresentou potencial para ser utilizada como alternativa na caracterização dos diferentes tipos de genes pspA, distribuindo as amostras de S. pneumoniae em subgrupos que se correlacionaram com a família de genes pspA, e permitindo a determinação de perfis de biomarcadores de interesse representativos de cada clade. Este estudo adiciona dados ao conhecimento da distribuição das famílias e clades de genes pspA entre as amostras de pneumococos circulantes em nosso meio, sendo este aspecto de extrema importância para a elucidação da epidemiologia desta espécie bacteriana, assim como representa um passo essencial no desenvolvimento de novas estratégias vacinais.