Molecular epidemiology and evolution of HIV-1 in Portugal and portuguese speaking african countries

The aims of this thesis were to better characterize HIV-1 diversity in Portugal, Angola, Mozambique and Cape Verde and to investigate the origin and epidemiological history of HIV-1 in these countries. The impact of these issues in diagnosis, disease progression and susceptibility to ARV therapy was also investigated. Finally, the nature, dynamics and prevalence of transmitted drug resistance (TDR) was determined in untreated HIV-1 infected patients. In Angola, practically all HIV-1 genetic forms were found, including almost all subtypes, untypable (U) strains, CRFs and URFs. Recombinants (first and second generation) were present in 47.1% of the patients. HIV/AIDS epidemic in Angola probably started in 1961, the major cause being the independence war, subsequently spreading to Portugal. In Maputo, 81% of the patients were infected with subtype C viruses. Subtype G, U and recombinants such as CRF37_cpx, were also present. The results suggest that HIV-1 epidemic in Mozambique is evolving rapidly in genetic complexity. In Cape Verde, where HIV-1 and HIV-2 co-circulate, subtype G is the prevailed subtype. Subtypes B, C, F1, U, CRF02_AG and other recombinant strains were also found. HIV-2 isolates belonged to group A, some being closely related to the original ROD isolate. In all three countries numerous new polymorphisms were identified in the RT and PR of HIV-1 viruses. Mutations conferring resistance to the NRTIs or NNRTIs were found in isolates from 2 (2%) patients from Angola, 4 (6%) from Mozambique and 3 (12%) from Cape Verde. None of the isolates containing TDR mutations would be fully sensitive to the standard first-line therapeutic regimens used in these countries. Close surveillance in treated and untreated populations will be crucial to prevent further transmission of drug resistant strains and maximize the efficacy of ARV therapy. In Portugal, investigation of a seronegative case infection with rapid progression to AIDS and death revealed that the patient was infected with a CRF14_BG-like R5-tropic strain selectively transmitted by his seropositive sexual partner. The results suggest a massive infection with a highly aggressive CRF14_BG like strain and/or the presence of an unidentified immunological problem that prevented the formation of HIV-1-specific antibodies. Near full-length genomic sequences obtained from three unrelated patients enabled the first molecular and phylogenomic characterization of CRF14_BG from Portugal; all sequences were strongly related with CRF14_BG Spanish isolates. The mean date of origin of CRF14_BG was estimated to be 1992. We propose that CRF14_BG emerged in Portugal in the early 1990s, spread to Spain in late 1990s as a consequence of IDUs migration and then to the rest of Europe. Most CRF14_BG strains were predicted to use CXCR4 and were associated with rapid CD4 depletion and disease progression. Finally, we provide evidence suggesting that the X4 tropism of CRF14_BG may have resulted from convergent evolution of the V3 loop possibly driven by an effective escape from neutralizing antibody response.

Filogeografia de Brachidontes puniceus (GMELIN, 1791) no Arquipelago de Cabo Verde

A espécie Brachidontes puniceus (Gmelin, 1791) é um bivalve pertencente a família Mytilidae, habita fissuras rochosas e lagoas de marés. Trata-se de uma espécie que tem uma distribuição restrita à costa ocidental africana e arquipélago de Cabo Verde (desde a Mauritânia até Angola) existindo um registo incerto na ilha de Natal. Tendo como objectivo fazer uma análise filogeográfica baseada em sequências parciais do gene mitocondrial citocromo oxidase subunidade I (cox1), amostraram-se as ilhas de Santo Antão, São Vicente, Santa Luzia, São Nicolau, Sal, Boavista, Maio e Santiago. Foram sequenciadas 115 amostras obtendo um total de 37 haplótipos, sendo 6 destes partilhados entre ilhas. A rede de haplótipos apresenta uma configuração em estrela, com um haplótipo central presente em todas as ilhas, rodeado por haplótipos raros e pouco distintos entre si. A variabilidade haplotípica detectada foi alta (65-89%) e a variabilidade nucleotídica baixa (0.14-0.35%). A variância genética entre pares de ilhas não foi estatisticamente significativa, o que indica que não há diferenças genéticas entre as ilhas (P>0.69). Os valores significativos dos testes de neutralidade (R2 = 0.0169, D* = -2.54), as análises de variância molecular e a distribuição em estrela dos haplótipos sugerem uma expansão populacional rápida de B. puniceus em Cabo Verde. O desenvolvimento planctotrófico das larvas e o tempo que estas passam na coluna de água, constitui um factor de dispersão para a espécie, sendo provavelmente o factor chave que impede a diferenciação genética entre ilhas.

Interacções morfológicas entre verbo e objecto no crioulo da Ilha de Santiago

A maioria dos estudos dedicados as diversas variantes da língua Caboverdiana, e mais particularmente aos dialectos do sotavento, costuma insistir no carácter reduzido da morfologia do verbo nesta língua.

Um Laboratório Expedito para uma Sociedade Crioula

A descoberta de Cabo Verde não foi resultado de planos de pesquisa, como o caminho marítimo para a Índia, nem de missões exploratórias, como as que reconheceram e levantaram os litorais do continente africano. Foi um achado (1460)1 não previsto nas viagens marítimas portuguesas que rapidamente se utilizou em função dos objectivos principais da navegação atlântica vertical: o comércio com a Costa de África e o avanço para o Atlântico Sul. Seguir-se-ia, um pouco mais tarde, c. 1520, o fornecimento de escravos às Índias de Castela navegando o Atlântico na horizontal. A posição relativa de Cabo Verde, suficientemente afastado da costa para ficar fora do alcance de ataques das populações africanas e convenientemente próximo para facultar uma fácil e cómoda comunicação, viria a conferir ao arquipélago o carácter de área estratégica, consignado juridicamente, com variantes, ao longo dos tempos.

Geoquímica das rochas magmáticas da Ilha Brava:implicações para a origem e variabilidade espaço-temporal do ponto quente de Cabo Verde

A Ilha Brava (64 km2) localiza-se no extremo oeste do alinhamento meridional do arquipélago de Cabo Verde, sendo constituída por três unidades vulcanoestratigráficas que testemunham uma história vulcânica de cerca de 3 Ma. Foi escolhida como objecto de estudo na tentativa de contribuir para a melhor compreensão da origem e local de residência de alguns dos componentes mantélicos, das relações genéticas entre magmas silicatados e carbonatíticos, dos processos de desgaseificação de magmas carbonatíticos e da origem do carbono neles contido, da variabilidade geoquímica espaço-temporal do ponto quente de Cabo Verde, e da profundidade de enraizamento da sua pluma mantélica. A Brava contrasta com as outras ilhas do arquipélago por definir dois grupos geoquímicos distintos. As amostras do Complexo Basal, sendo menos radiogénicas Sr e He e mais em Nd e Pb que a unidade mais recente, são idênticas às ilhas do norte e explicáveis pela mistura de um componente do tipo HIMU (crosta oceânica reciclada com 1.3 Ga) e manto inferior (3He/4He até 12.85 Ra), carreados para a “superfície” pela pluma mantélica. Tal como é usual nas ilhas do sul, a Unidade Superior sugere, em adição, o envolvimento de um componente com afinidade EM-1, aqui considerado representativo de fragmentos de litosfera subcontinental dispersos na astenosfera. Os carbonatitos definem dois grupos com assinaturas isotópicas semelhantes às das rochas silicatadas contemporâneas. Os calciocarbonatitos resultaram de imiscibilidade líquida produzindo magmas nefeliníticos e carbonatíticos, enquanto os magnesiocarbonatitos representam líquidos residuais após a fraccionação de calcite a partir de um magma carbonatítico. As muito baixas razões 4He/40Ar* (≈ 0.25) que caracterizam a fonte dos carbonatitos do Complexo Basal indicam uma evolução a partir de razões K/U muito mais elevadas que o conjunto dos reservatórios silicatados da Terra. Sendo estes valores, também incompatíveis com a reciclagem de componentes crostais, foram aqui interpretados como podendo reflectir a contribuição do “missing Ar reservoir” para a fonte mantélica dos carbonatitos.

Ler Melhor Através dos Temas e Mitos na Literatura Caboverdiana – Uma Análise Comparativista

Esta dissertação teve como ponto de partida a pergunta “Como se comportaram alguns temas e mitos ao longo da história da literatura de Cabo Verde? Que caminho percorreram?” Para tentar dar-lhe resposta recorremos à metodologia comparativista, com o objetivo de analisar as evoluções e possíveis mudanças ocorridas ao longo dos tempos, a partir do cruzamento transversal entre temas e mitos em épocas diferentes. Foi assim necessário abordar a literatura cabo-verdiana, na sua relação profunda com a história do país, considerando os seus três grandes momentos: um tempo “ indefinido” que vai até 1936, um segundo que vai de 1936 até 1975 e, por último, o que vai desde essa data até à atualidade. Ao longo dessa análise, e a partir de um corpus textual necessariamente circunscrito, fomos detetando as variantes, as diferentes atualizações ocorridas nesta literatura, geralmente provocadas por fatores de ordem geográfica, pela evolução histórico-social, por fatores ideológicos que se prenderam sobretudo com a falta de liberdade vivida até 1975. Esta abordagem comparativista, a análise intertextual que lhe é inerente, proporcionou, não uma simples comparação, mas o desvendar de relações múltiplas existentes entre as obras, o corpus literário escolhido, e os tempos que lhes deram origem, permitindo assim conhecer as partes e, consequentemente o todo através do “desocultamento do oculto”. Constatou-se uma migração dos temas e dos mitos entre as literaturas dos três momentos. Em certos casos, alguns elementos permaneceram, mas com novas representações, noutros assumem significados radicalmente diferentes dados os atuais contextos da sua recepção. Relativamente aos mitos, observou-se a sua crescente dessacralização, em sintonia com o progresso que o país foi conhecendo após a independência nacional. A leitura que fomos fazendo conduziu-nos deste modo a uma viagem ao passado do país. Esta leitura transversal, alicerçada na história, dando conta das transformações ocorridas ao longo dos tempos, mostrou-nos ainda de forma cabal a necessidade de se introduzirem mudanças no ensino da literatura nas escolas caboverdianas. Uma mudança que deverá passar por uma abordagem comparativista, que privilegia as relações entre textos de diferentes épocas, a sua perspetivação interdisciplinar com outras formas de expressão, capaz de transformar o aluno-meroreceptor num leitor ativo, implicado numa realidade que lhe diz respeito.

Ler melhor através dos temas e mitos na literatura cabo-verdiana : uma análise comparativista

Esta dissertação teve como ponto de partida a pergunta “Como se comportaram alguns temas e mitos ao longo da história da literatura de Cabo Verde? Que caminho percorreram?” Para tentar dar-lhe resposta recorremos à metodologia comparativista, com o objetivo de analisar as evoluções e possíveis mudanças ocorridas ao longo dos tempos, a partir do cruzamento transversal entre temas e mitos em épocas diferentes. Foi assim necessário abordar a literatura cabo-verdiana, na sua relação profunda com a história do país, considerando os seus três grandes momentos: um tempo “ indefinido” que vai até 1936, um segundo que vai de 1936 até 1975 e, por último, o que vai desde essa data até à atualidade. Ao longo dessa análise, e a partir de um corpus textual necessariamente circunscrito, fomos detetando as variantes, as diferentes atualizações ocorridas nesta literatura, geralmente provocadas por fatores de ordem geográfica, pela evolução histórico-social, por fatores ideológicos que se prenderam sobretudo com a falta de liberdade vivida até 1975. Esta abordagem comparativista, a análise intertextual que lhe é inerente, proporcionou, não uma simples comparação, mas o desvendar de relações múltiplas existentes entre as obras, o corpus literário escolhido, e os tempos que lhes deram origem, permitindo assim conhecer as partes e, consequentemente o todo através do “desocultamento do oculto”. Constatou-se uma migração dos temas e dos mitos entre as literaturas dos três momentos. Em certos casos, alguns elementos permaneceram, mas com novas representações, noutros assumem significados radicalmente diferentes dados os atuais contextos da sua recepção. Relativamente aos mitos, observou-se a sua crescente dessacralização, em sintonia com o progresso que o país foi conhecendo após a independência nacional. A leitura que fomos fazendo conduziu-nos deste modo a uma viagem ao passado do país. Esta leitura transversal, alicerçada na história, dando conta das transformações ocorridas ao longo dos tempos, mostrou-nos ainda de forma cabal a necessidade de se introduzirem mudanças no ensino da literatura nas escolas cabo-verdianas. Uma mudança que deverá passar por uma abordagem comparativista, que privilegia as relações entre textos de diferentes épocas, a sua perspetivação interdisciplinar com outras formas de expressão, capaz de transformar o aluno-mero-receptor num leitor ativo, implicado numa realidade que lhe diz respeito.