Molecular epidemiology and evolution of HIV-1 in Portugal and portuguese speaking african countries

The aims of this thesis were to better characterize HIV-1 diversity in Portugal, Angola, Mozambique and Cape Verde and to investigate the origin and epidemiological history of HIV-1 in these countries. The impact of these issues in diagnosis, disease progression and susceptibility to ARV therapy was also investigated. Finally, the nature, dynamics and prevalence of transmitted drug resistance (TDR) was determined in untreated HIV-1 infected patients. In Angola, practically all HIV-1 genetic forms were found, including almost all subtypes, untypable (U) strains, CRFs and URFs. Recombinants (first and second generation) were present in 47.1% of the patients. HIV/AIDS epidemic in Angola probably started in 1961, the major cause being the independence war, subsequently spreading to Portugal. In Maputo, 81% of the patients were infected with subtype C viruses. Subtype G, U and recombinants such as CRF37_cpx, were also present. The results suggest that HIV-1 epidemic in Mozambique is evolving rapidly in genetic complexity. In Cape Verde, where HIV-1 and HIV-2 co-circulate, subtype G is the prevailed subtype. Subtypes B, C, F1, U, CRF02_AG and other recombinant strains were also found. HIV-2 isolates belonged to group A, some being closely related to the original ROD isolate. In all three countries numerous new polymorphisms were identified in the RT and PR of HIV-1 viruses. Mutations conferring resistance to the NRTIs or NNRTIs were found in isolates from 2 (2%) patients from Angola, 4 (6%) from Mozambique and 3 (12%) from Cape Verde. None of the isolates containing TDR mutations would be fully sensitive to the standard first-line therapeutic regimens used in these countries. Close surveillance in treated and untreated populations will be crucial to prevent further transmission of drug resistant strains and maximize the efficacy of ARV therapy. In Portugal, investigation of a seronegative case infection with rapid progression to AIDS and death revealed that the patient was infected with a CRF14_BG-like R5-tropic strain selectively transmitted by his seropositive sexual partner. The results suggest a massive infection with a highly aggressive CRF14_BG like strain and/or the presence of an unidentified immunological problem that prevented the formation of HIV-1-specific antibodies. Near full-length genomic sequences obtained from three unrelated patients enabled the first molecular and phylogenomic characterization of CRF14_BG from Portugal; all sequences were strongly related with CRF14_BG Spanish isolates. The mean date of origin of CRF14_BG was estimated to be 1992. We propose that CRF14_BG emerged in Portugal in the early 1990s, spread to Spain in late 1990s as a consequence of IDUs migration and then to the rest of Europe. Most CRF14_BG strains were predicted to use CXCR4 and were associated with rapid CD4 depletion and disease progression. Finally, we provide evidence suggesting that the X4 tropism of CRF14_BG may have resulted from convergent evolution of the V3 loop possibly driven by an effective escape from neutralizing antibody response.

Polimorfismos Genéticos do Vegf, Rage, Pon1 e Pon2 na Retinopatia Diab��tica em Indiv��duos com Diabetes Tipo 2

A diabetes mellitus tipo 2 (DM2) �� respons��vel por uma elevada morbilidade e mortalidade em todo o Mundo, essencialmente devido ��s suas complica����es, entre as quais a retinopatia diab��tica (RD), considerada uma das mais graves, e respons��vel por 4,8% dos casos de cegueira. Estudos sugerem uma componente gen��tica como um dos principais factores para o desenvolvimento da RD. O gene do VEGF (vascular endothelial growth factor) �� um dos mais estudados, por promover a angiog��nese e a neovasculariza����o. Outro importante gene candidato �� o RAGE (receptor for advanced glycation end products), e, mais recentemente, os genes da paraoxonase, PON1 e PON2. Objectivou-se avaliar a influ��ncia dos polimorfismos VEGF -634C/G, RAGE -374T/A, PON1Gln192Arg e PON2Cys310Ser no aparecimento e progress��o da RD em indiv��duos com DM2 e a sua influ��ncia no aparecimento da DM2. Analisaram-se 129 indiv��duos, 86 com DM2 e 43 indiv��duos saud��veis. Os polimorfismos foram avaliados em todos os indiv��duos por PCR-FRLP. A caracteriza����o cl��nica e a determina����o da actividade enzim��tica da PON1 foram avaliadas em 47 diab��ticos. N��o se obtiveram diferen��as para o polimorfismo do VEGF-634 G/C. O alelo A do polimorfismo RAGE -374A/T mostrou-se mais frequente em indiv��duos sem RD ou EMD quando comparados com indiv��duos com RD ou EMD. O alelo Q (Gln) e o alelo S (Ser) dos polimorfismos PON1Gln192Arg e PON2Cys310Ser, respectivamente, mostraram-se mais frequentes em indiv��duos com DM2 quando comparados com indiv��duos saud��veis. N��o houve quaisquer diferen��as relativamente �� actividade enzim��tica da PON1, nem em rela����o ao polimorfismo da PON1 nem em rela����o �� presen��a ou aus��ncia de RD ou EMD. Conclui-se que o alelo A do polimorfismo RAGE -374A/T �� factor protector para o aparecimento da RD e do EMD, enquanto os alelos Q e S dos polimorfismos PON1Gln192Arg e PON2Cys310Ser, respectivamente, s��o factores de risco para o aparecimento da DM2

Co-infec����o por v��rus da hepatite B e v��rus da imunodefici��ncia humana em pa��ses africanos

Introdu����o: Actualmente, estima-se que existam dois milh��es de indiv��duos infectados por v��rus da hepatite B (VHB) e que, cerca de 25% dos indiv��duos com infec����o cr��nica morrem devido a sequelas resultantes da infec����o por VHB. Paralelamente, calcula-se que existam cerca de 33 milh��es de indiv��duos infectados por VIH, sendo que 22, 5 milh��es residem na regi��o de ��frica a sul do Sara. Na regi��o de ��frica a sul do Sara existem poucos estudos efectuados no ��mbito da co-infec����o por VIH/VHB. Contudo, dos estudos existentes, esta taxa pode situar-se entre os 2,4% e os 9,9%. Objectivo: Avaliar as taxas de seropreval��ncia de VHB e VIH, assim como a taxa de co-infec����o por VIH/VHB em Angola, Cabo Verde, Guin��-Bissau e Mo��ambique. M��todos: Foram efectuadas duas pesquisas bibliogr��ficas neste estudo. A primeira, realizada nos meses de Setembro/Outubro 2008, tinha como objectivo contextualizar a infec����o por VHB, VIH e a co-infec����o por VIH/VHB nos pa��ses desenvolvidos e nos pa��ses em desenvolvimento. A segunda pesquisa foi efectuada durante o m��s de Agosto de 2009, e visava apenas cobrir a realidade dos pa��ses em an��lise, relativamente aos objectivos previamente delineados do estudo. Resultados: Em Mo��ambique, constatou-se que a seropreval��ncia de VIH-1 tinha quadriplicado entre 1993 (1,17%) e o ano 2000 (4,5%). Na Guin��-Bissau, entre 1997 e 1999, tamb��m a seropreval��ncia de VIH-1 duplicou (2,5% e 5,2%, respectivamente). Em Cabo-Verde, no ano de 2006, a seropreval��ncia de VIH era 2,4%, enquanto que a seropreval��ncia da infec����o por VHB era 4,4%. Em Angola, no ano de 2005, a seropreval��ncia de VIH era de 2,5%. Neste estudo tamb��m foi avaliada a co-infec����o, sendo que nenhum caso foi diagnosticado. Conclus��o: �� urgente realizarem-se mais estudos nos pa��ses PALOP, no ��mbito da seropreval��ncia das monoinfec����es VIH e VHB, assim como na co-infec����o por VIH/VHB, uma vez que existe pouca informa����o dispon��vel. De qualquer modo, sendo a infec����o por VHB uma doen��a preven��vel por vacina, �� fundamental que os planos de vacina����o continuem a ser postos em pr��tica nos pa��ses onde j�� est��o implementados e, no caso dos pa��ses que ainda n��o os t��m, que a sua implementa����o seja efectuada de forma sustentada e o mais brevemente poss��vel.