Molecular epidemiology and evolution of HIV-1 in Portugal and portuguese speaking african countries

The aims of this thesis were to better characterize HIV-1 diversity in Portugal, Angola, Mozambique and Cape Verde and to investigate the origin and epidemiological history of HIV-1 in these countries. The impact of these issues in diagnosis, disease progression and susceptibility to ARV therapy was also investigated. Finally, the nature, dynamics and prevalence of transmitted drug resistance (TDR) was determined in untreated HIV-1 infected patients. In Angola, practically all HIV-1 genetic forms were found, including almost all subtypes, untypable (U) strains, CRFs and URFs. Recombinants (first and second generation) were present in 47.1% of the patients. HIV/AIDS epidemic in Angola probably started in 1961, the major cause being the independence war, subsequently spreading to Portugal. In Maputo, 81% of the patients were infected with subtype C viruses. Subtype G, U and recombinants such as CRF37_cpx, were also present. The results suggest that HIV-1 epidemic in Mozambique is evolving rapidly in genetic complexity. In Cape Verde, where HIV-1 and HIV-2 co-circulate, subtype G is the prevailed subtype. Subtypes B, C, F1, U, CRF02_AG and other recombinant strains were also found. HIV-2 isolates belonged to group A, some being closely related to the original ROD isolate. In all three countries numerous new polymorphisms were identified in the RT and PR of HIV-1 viruses. Mutations conferring resistance to the NRTIs or NNRTIs were found in isolates from 2 (2%) patients from Angola, 4 (6%) from Mozambique and 3 (12%) from Cape Verde. None of the isolates containing TDR mutations would be fully sensitive to the standard first-line therapeutic regimens used in these countries. Close surveillance in treated and untreated populations will be crucial to prevent further transmission of drug resistant strains and maximize the efficacy of ARV therapy. In Portugal, investigation of a seronegative case infection with rapid progression to AIDS and death revealed that the patient was infected with a CRF14_BG-like R5-tropic strain selectively transmitted by his seropositive sexual partner. The results suggest a massive infection with a highly aggressive CRF14_BG like strain and/or the presence of an unidentified immunological problem that prevented the formation of HIV-1-specific antibodies. Near full-length genomic sequences obtained from three unrelated patients enabled the first molecular and phylogenomic characterization of CRF14_BG from Portugal; all sequences were strongly related with CRF14_BG Spanish isolates. The mean date of origin of CRF14_BG was estimated to be 1992. We propose that CRF14_BG emerged in Portugal in the early 1990s, spread to Spain in late 1990s as a consequence of IDUs migration and then to the rest of Europe. Most CRF14_BG strains were predicted to use CXCR4 and were associated with rapid CD4 depletion and disease progression. Finally, we provide evidence suggesting that the X4 tropism of CRF14_BG may have resulted from convergent evolution of the V3 loop possibly driven by an effective escape from neutralizing antibody response.

Plano de Acção para o Desenvolvimento de Agricultura da Ilha de são Nicolau 2009-2012

A Republica de Cabo Verde é um arquipélago saheliano de 10 ilhas, do qual 8 são habitadas, com uma superfície de 4.033 Km², situada no Oceano Atlântico a cerca de 500 Km a Oeste da costa do Senegal. O clima é do tipo tropical seco. As duas estações são as ditas “estação das chuvas” que vai de Agosto a Outubro e “estação seca” (ou dos ventos) que vai de Dezembro a Junho. A pluviometria é fraca e muito aleatória em todo o País. O arquipélago é caracterizado por factores de vulnerabilidade estrutural: insularidade, descontinuidade do território, persistência da seca, fragilidade dos ecossistemas e escassez dos recursos naturais nomeadamente água e terra arável. A área total cultivável é de 44.531 ha, ( RGA 2004) da qual 99,6% pertence às explorações agrícolas familiares. Desta área, 90,8% são terras de sequeiro, 7,8% de regadio e 1,3% de regadio e sequeiro. A produção alimentar em Cabo Verde cobre apenas 10 a 15 % das necessidades alimentares do país. De acordo com ISVAF 2005, 20 % das famílias no meio rural sofrem de insegurança alimentar e as principais ilhas agrícolas (Santiago, Santo Antão e Fogo) encontram-se nos grupos mais afectados, devido a dependência da agricultura de sequeiro marcada pela incerteza e a falta de capacidade de diversificação de fontes de rendimentos. Em 2007 a população residente de Cabo Verde foi estimada em 491.419, sendo 51,6% mulheres e 60% com idade inferior a 25 anos. A capital é a cidade da Praia, com 25 % da população, localizada na ilha de Santiago, ilha onde se concentra mais de metade da população do País. A urbanização aumentou de forma substancial nos últimos anos, passando de 54% em 2000 para 60% em 2007. A taxa de crescimento anual médio natural é 1,93 e a densidade média da população é de 124 hab/Km². O índice de fecundidade é de 2,89 crianças por mulher. A população agrícola é predominantemente feminina, constituindo 52,3% do total. As explorações agrícolas familiares, mais de metade (50.5%) são chefiadas por mulheres. Mais de metade dos chefes das famílias agrícolas caboverdianas têm idades a partir dos 44 anos. Cabo Verde é tradicionalmente um país de emigração, verificando-se contudo uma diminuição dos fluxos, devido às restrições impostas pelos países de acolhimento tradicionais. Cabo Verde tem tido um crescimento económico anual médio de 5,7% no período 2000-2005, atingindo 10,8% em 2006 e para 2007 as projecções indicam um crescimento de 7%. A economia é dominada pelo sector dos serviços mais de 70% do PIB em 2006, orientada essencialmente para o mercado interno, o sector secundário (industria e construção) representa cerca de 16,9%, enquanto que o sector primário, fortemente condicionado pela fraqueza dos recursos naturais e pelas aleatoriedades climáticas representa 9,0%. A taxa de crescimento real do Produto Interno Bruto (PIB) foi em média superior a 5,5% por ano entre 2001 e 2006. A taxa media de inflação é da ordem de 2,5%. A taxa de desemprego em 2007 é de 21,7% contra 24,0% em 2005. De realçar a taxa de desemprego entre as mulheres ser o dobro que os homens, 25,7% e 18% respectivamente e 41,8% dos desempregados são jovens com idade compreendida entre os 15-24 anos (QUIBB 2007,INE). O nível da pobreza em Cabo Verde diminuiu em cerca de 10 pontos percentuais passando de 36,7% em 2001/02 para 26,6% em 2007, dos quais 33,0% mulheres e 21,3% homens chefe do agregado familiar (QUIBB 2007). Essa diminuição é mais acentuada no meio urbano do que no meio rural 12 e 7 pontos percentuais respectivamente. Contudo a situação de pobreza em Cabo Verde continua significativa e decorre essencialmente da fragilidade do tecido produtivo e da sua fraca capacidade de gerar emprego, rendimentos e bem estar às populações. Aspecto género, as mulheres representam 51,6% da população do país. Cabo Verde já atingiu a igualdade de género no que se refere ao acesso hoje ao ensino básico, mas ainda há desigualdades subsistentes. Segundo dados do QUIBB, cerca de 34% dos chefes de agregado familiar não sabem ler nem escrever, o analfabetismo tem maior incidência entre os chefes do agregado do sexo feminino (49%) do que entre os do sexo masculino (23%). A integração da abordagem de género em Cabo Verde tem sido um desafio face às percepções sócio-culturais ainda subsistentes na sociedade e que muitas vezes constituem entrave ao desenvolvimento, formulação e implementação de políticas, mesmo tendo um contexto legal favorável, já que a Constituição da República como o Código Penal, a Lei Eleitoral, o Código Laboral e o Código da Família consagram a igualdade de género, tendo sido realizados progressos consideráveis nos últimos anos muito em especial na área da educação.

Plano de Acção para o Desenvolvimento de Agricultura da Ilha de São Nicolau 2009-2012

A Republica de Cabo Verde é um arquipélago saheliano de 10 ilhas, do qual 8 são habitadas, com uma superfície de 4.033 Km², situada no Oceano Atlântico a cerca de 500 Km a Oeste da costa do Senegal. O clima é do tipo tropical seco. As duas estações são as ditas “estação das chuvas” que vai de Agosto a Outubro e “estação seca” (ou dos ventos) que vai de Dezembro a Junho. A pluviometria é fraca e muito aleatória em todo o País. O arquipélago é caracterizado por factores de vulnerabilidade estrutural: insularidade, descontinuidade do território, persistência da seca, fragilidade dos ecossistemas e escassez dos recursos naturais nomeadamente água e terra arável. A área total cultivável é de 44.531 ha, ( RGA 2004) da qual 99,6% pertence às explorações agrícolas familiares. Desta área, 90,8% são terras de sequeiro, 7,8% de regadio e 1,3% de regadio e sequeiro. A produção alimentar em Cabo Verde cobre apenas 10 a 15 % das necessidades alimentares do país. De acordo com ISVAF 2005, 20 % das famílias no meio rural sofrem de insegurança alimentar e as principais ilhas agrícolas (Santiago, Santo Antão e Fogo) encontram-se nos grupos mais afectados, devido a dependência da agricultura de sequeiro marcada pela incerteza e a falta de capacidade de diversificação de fontes de rendimentos. Em 2007 a população residente de Cabo Verde foi estimada em 491.419, sendo 51,6% mulheres e 60% com idade inferior a 25 anos. A capital é a cidade da Praia, com 25 % da população, localizada na ilha de Santiago, ilha onde se concentra mais de metade da população do País. A urbanização aumentou de forma substancial nos últimos anos, passando de 54% em 2000 para 60% em 2007. A taxa de crescimento anual médio natural é 1,93 e a densidade média da população é de 124 hab/Km². O índice de fecundidade é de 2,89 crianças por mulher. A população agrícola é predominantemente feminina, constituindo 52,3% do total. As explorações agrícolas familiares, mais de metade (50.5%) são chefiadas por mulheres. Mais de metade dos chefes das famílias agrícolas caboverdianas têm idades a partir dos 44 anos. Cabo Verde é tradicionalmente um país de emigração, verificando-se contudo uma diminuição dos fluxos, devido às restrições impostas pelos países de acolhimento tradicionais. Cabo Verde tem tido um crescimento económico anual médio de 5,7% no período 2000-2005, atingindo 10,8% em 2006 e para 2007 as projecções indicam um crescimento de 7%. A economia é dominada pelo sector dos serviços mais de 70% do PIB em 2006, orientada essencialmente para o mercado interno, o sector secundário (industria e construção) representa cerca de 16,9%, enquanto que o sector primário, fortemente condicionado pela fraqueza dos recursos naturais e pelas aleatoriedades climáticas representa 9,0%. A taxa de crescimento real do Produto Interno Bruto (PIB) foi em média superior a 5,5% por ano entre 2001 e 2006. A taxa media de inflação é da ordem de 2,5%. A taxa de desemprego em 2007 é de 21,7% contra 24,0% em 2005. De realçar a taxa de desemprego entre as mulheres ser o dobro que os homens, 25,7% e 18% respectivamente e 41,8% dos desempregados são jovens com idade compreendida entre os 15-24 anos (QUIBB 2007,INE). O nível da pobreza em Cabo Verde diminuiu em cerca de 10 pontos percentuais passando de 36,7% em 2001/02 para 26,6% em 2007, dos quais 33,0% mulheres e 21,3% homens chefe do agregado familiar (QUIBB 2007). Essa diminuição é mais acentuada no meio urbano do que no meio rural 12 e 7 pontos percentuais respectivamente. Contudo a situação de pobreza em Cabo Verde continua significativa e decorre essencialmente da fragilidade do tecido produtivo e da sua fraca capacidade de gerar emprego, rendimentos e bem estar às populações. Aspecto género, as mulheres representam 51,6% da população do país. Cabo Verde já atingiu a igualdade de género no que se refere ao acesso hoje ao ensino básico, mas ainda há desigualdades subsistentes. Segundo dados do QUIBB, cerca de 34% dos chefes de agregado familiar não sabem ler nem escrever, o analfabetismo tem maior incidência entre os chefes do agregado do sexo feminino (49%) do que entre os do sexo masculino (23%). A integração da abordagem de género em Cabo Verde tem sido um desafio face às percepções sócio-culturais ainda subsistentes na sociedade e que muitas vezes constituem entrave ao desenvolvimento, formulação e implementação de políticas, mesmo tendo um contexto legal favorável, já que a Constituição da República como o Código Penal, a Lei Eleitoral, o Código Laboral e o Código da Família consagram a igualdade de género, tendo sido realizados progressos consideráveis nos últimos anos muito em especial na área da educação.