Molecular epidemiology and evolution of HIV-1 in Portugal and portuguese speaking african countries

The aims of this thesis were to better characterize HIV-1 diversity in Portugal, Angola, Mozambique and Cape Verde and to investigate the origin and epidemiological history of HIV-1 in these countries. The impact of these issues in diagnosis, disease progression and susceptibility to ARV therapy was also investigated. Finally, the nature, dynamics and prevalence of transmitted drug resistance (TDR) was determined in untreated HIV-1 infected patients. In Angola, practically all HIV-1 genetic forms were found, including almost all subtypes, untypable (U) strains, CRFs and URFs. Recombinants (first and second generation) were present in 47.1% of the patients. HIV/AIDS epidemic in Angola probably started in 1961, the major cause being the independence war, subsequently spreading to Portugal. In Maputo, 81% of the patients were infected with subtype C viruses. Subtype G, U and recombinants such as CRF37_cpx, were also present. The results suggest that HIV-1 epidemic in Mozambique is evolving rapidly in genetic complexity. In Cape Verde, where HIV-1 and HIV-2 co-circulate, subtype G is the prevailed subtype. Subtypes B, C, F1, U, CRF02_AG and other recombinant strains were also found. HIV-2 isolates belonged to group A, some being closely related to the original ROD isolate. In all three countries numerous new polymorphisms were identified in the RT and PR of HIV-1 viruses. Mutations conferring resistance to the NRTIs or NNRTIs were found in isolates from 2 (2%) patients from Angola, 4 (6%) from Mozambique and 3 (12%) from Cape Verde. None of the isolates containing TDR mutations would be fully sensitive to the standard first-line therapeutic regimens used in these countries. Close surveillance in treated and untreated populations will be crucial to prevent further transmission of drug resistant strains and maximize the efficacy of ARV therapy. In Portugal, investigation of a seronegative case infection with rapid progression to AIDS and death revealed that the patient was infected with a CRF14_BG-like R5-tropic strain selectively transmitted by his seropositive sexual partner. The results suggest a massive infection with a highly aggressive CRF14_BG like strain and/or the presence of an unidentified immunological problem that prevented the formation of HIV-1-specific antibodies. Near full-length genomic sequences obtained from three unrelated patients enabled the first molecular and phylogenomic characterization of CRF14_BG from Portugal; all sequences were strongly related with CRF14_BG Spanish isolates. The mean date of origin of CRF14_BG was estimated to be 1992. We propose that CRF14_BG emerged in Portugal in the early 1990s, spread to Spain in late 1990s as a consequence of IDUs migration and then to the rest of Europe. Most CRF14_BG strains were predicted to use CXCR4 and were associated with rapid CD4 depletion and disease progression. Finally, we provide evidence suggesting that the X4 tropism of CRF14_BG may have resulted from convergent evolution of the V3 loop possibly driven by an effective escape from neutralizing antibody response.

Anexo 1- Inquerito Consumo Alimentar

A alimentação/nutrição é hoje considerada inseparável do desenvolvimento, sobretudo em países deficitários a nível da oferta face a uma população crescente como é o caso de Cabo Verde. As questões de alimentação/nutrição (Segurança Alimentar) no país têm merecido uma enorme atenção, reflectindo uma preocupação pela situação de défice alimentar, que torna o país muito dependente do exterior para satisfazer as suas necessidades alimentares. A presente dissertação tem por objecto o estudo dos Hábitos Alimentares e Comportamento dos Consumidores em Cabo Verde (caso da ilha de Santiago). Este país transitou para um segundo estado de desenvolvimento (Desenvolvimento Médio), mas continua com uma significativa percentagem da população a viver em situação de pobreza e grande vulnerabilidade, o que se reflecte nos níveis de acesso ao consumo alimentar e nutricional da população. Utiliza-se dados secundários (consultados nas diversas fontes bibliográficas), e levantamento directo de informação, com aplicação de inquéritos e entrevistas que permitiram responder às principais questões levantadas nas fases elementares e são utilizadas em processo de modelação e definição de “racionalidades”. Fez-se ainda análise mais pormenorizada de algumas situações que nos pareciam mais relevantes. Os resultados obtidos permitem evidenciar alterações nos hábitos alimentares. Através da análise antropométrica, e dos resultados obtidos, conclui-se que existem problemas e carências nutricionais. As famílias de maior dimensão são as que apresentam maior vulnerabilidade alimentar e consumos energéticos inferiores aos recomendados. Este estudo permitiu evidenciar alguns problemas nas crianças. Os problemas de obesidade afectam cerca de 11% das crianças, enquanto que a mal nutrição aguda moderada atingia cerca de 5%. Verifica-se uma tendência para a diminuição do consumo de produtos tradicionais (como é o caso do milho) e também uma maior diversificação da dieta com o aumento do rendimento, (caso do consumo do arroz) que aumenta globalmente, mas observando-se também diminuição per capita com níveis de rendimento mais elevados. Para o caso do leite há uma tendência para incremento do consumo com o rendimento. Estas alterações de consumo de leite fazem-se em duas direcções. Por um lado o aumento do rendimento induz a um maior consumo de leite, por outro a substituição do leite em pó por leite de “pacote” é uma evidência para estratos mais elevados de rendimentos. Comprova-se que a alimentação absorve uma fatia muito elevada do rendimento familiar, a elasticidade consumo alimentar ao nível do rendimento familiar é muito grande. Constata-se a partir dos modelos econométricos que o nível de educação da família é importante para a definição do padrão alimentar e que existe espaço para melhorias comportamentais da população, designadamente nas formas e escolhas de consumo alimentar