Dityrambeja

Sivuilla 79-89: Friedrich Nietzschen runoja (Ecce homo ; Ystävyydelle ; Venezia ; Aurinko laskee).

Prediction of Phosphorylation Sites from Protein Sequences

Phosphorylation is amongst the most crucial and well-studied post-translational modifications. It is involved in multiple cellular processes which makes phosphorylation prediction vital for understanding protein functions. However, wet-lab techniques are labour and time intensive. Thus, computational tools are required for efficiency. This project aims to provide a novel way to predict phosphorylation sites from protein sequences by adding flexibility and Sezerman Grouping amino acid similarity measure to previous methods, as discovering new protein sequences happens at a greater rate than determining protein structures. The predictor – NOPAY - relies on Support Vector Machines (SVMs) for classification. The features include amino acid encoding, amino acid grouping, predicted secondary structure, predicted protein disorder, predicted protein flexibility, solvent accessibility, hydrophobicity and volume. As a result, we have managed to improve phosphorylation prediction accuracy for Homo sapiens by 3% and 6.1% for Mus musculus. Sensitivity at 99% specificity was also increased by 6% for Homo sapiens and for Mus musculus by 5% on independent test sets. In this study, we have managed to increase phosphorylation prediction accuracy for Homo sapiens and Mus musculus. When there is enough data, future versions of the software may also be able to predict other organisms.

Separating deviant and non-deviant sexual preferences with a dual-target rapid serial visual presentation task

Forskning visar att avvikande sexuell preferens (ASP) är en av de mest centrala prediktorerna för återfall i sexualbrott. Eftersom det är viktigt att det i juridiskt beslutsfattande och behandling av sexualförbrytare finns valida och standardiserade verktyg att tillgå för bedömning av ASP, har forskningen under de senaste åren fokuserats på uppmärksamhetsbaserade metoder. Syftet med avhandlingen var att förbättra uppmärksamhetsbaserade metoder genom utvecklingen av en s.k. Rapid Serial Visual Presentation (dtRSVP) metod för att identifiera ASP. Innan vi testade sampel med sexualbrottslingar så genomförde vi tre studier för att kalibrera förfarandena. I dessa studier undersökte vi möjligheten att differentiera mellan homosexuella och heterosexuella män och hur enkelt deltagarna kunde fuska. Dessutom skapade vi en ny uppsättning standardiserade stimuli för bedömningen av pedofilt sexuellt intresse (Virtual People Set, VPS). I skapandet av stimuli togs de etiska och juridiska problemen i beaktande så långt som möjligt. När vi använde dtRSVP som mätningsförfarande för att skilja åt sexuellläggning i ett sampel av homosexuella och heterosexuella män fann vi att sexuellt relevanta stimuli påverkade informationsbehandlingen på ett förutsägbart sätt. Förfarandet hade en god förmåga att skilja sexuella preferenser mellan grupperna och förfarandet var svårt att påverka genom att fuska. När vi använde dtRSVP som mätningsförfarande för att identifiera avvikande sexuell läggning bland dömda sexbrottslingar fann vi att de visade en annorlunda bearbetning av sexuella stimuli jämfört med andra deltagare och att dessa skillnader var i de förväntade riktningarna. Det var däremot svårt att dra några slutsatser angående denna mätmetods förmåga att skilja mellan grupperna pedofiler och icke-pedofiler. Slutligen fann vi att VPS verkar vara ett användbart stimuluspaket för experimentell forskning om pedofilt sexuellt intresse. ---------------------------------------------------- Tutkimuksien mukaan poikkeava seksuaalinen mieltymys (PSM) on yksi seksuaalirikoksen uusimisen keskeisimmistä ennustajista. Oikeudellisessa päätöksenteossa ja seksuaalirikollisten hoidossa on tärkeää, että on käytettävissä kelvollisia ja standardisoituja välineitä PSM:n arvioinnissa. Sen vuoksi on tutkimuksissa viime vuosina keskitytty huomaavaisuuteen perustuviin menetelmiin. Tämän tutkielman tarkoitus oli parantaa huomaavaisuuteen perustuvia menetelmiä kehittämällä nk. Rapid Serial Visual Presentation (dtRSVP) menetelmän. Kalibroidakseen menettelytapoja suoritettiin kolme tutkimusta ennen kuin tutkittiin koeryhmää, johon kuuluvat seksuaalirikollisia. Näissä tutkimuksissa tutkittiin mahdollisuutta erotella homoseksuaalisia ja heteroseksuaalisia miehiä ja tutkittiin missä määrin osallistujien oli helppo huiputtaa. Sen lisäksi, pedofiilisen seksuaalisen mieltymyksen arviointia varten kehitettiin uutta sarjaa standardisoituja virikkeitä (Virtual People Set, VPS). Kehitettäessä virikkeitä otettiin mahdollisimman pitkälti huomioon eettisiä ja oikeudellisia ongelmia. Käytettäessä dtRSVP mittausmenetelmää erotellakseen homo- ja heteroseksuaalista suuntautumista havaitsimme, että seksuaaliset virikkeet vaikuttivat tietojenkäsittelyyn ennustettavalla tavalla. Menettelytavan avulla pystyttiin erotella koeryhmässä olevia seksuaalisia mieltymyksiä ja menettelytapaan oli vaikeaa vaikuttaa huijaamalla. Käytettäessä dtRSVP mittausmenetelmää tunnistaakseen poikkeavaa seksuaalista mieltymystä tuomittujen seksuaalirikollisten keskenään havaitsimme, että he osoittivat erilaista käsittelyä seksuaalisista virikkeistä toisiin osallistujiin verrattuna ja tulokset olivat ennustettavia. Silti oli vaikeaa tehdä johtopäätöksiä mittausmenetelmän kyvystä erotella ryhmiä pedofiilisiä ja ei-pedofiilisiä miehiä. Lopuksi havaitsimme, että VPS näyttää olevan käyttökelpoinen stimulussarja pedofiilisen seksuaalisen mieltymyksen kokeellisissa tutkimuksissa.