Genetic Basis and Diagnostics of Extended-Spectrum Beta-Lactamases among Enterobacteriaceae in Finland

Since the introduction of antibiotic agents, the amount and prevalence of Beta-lactam resistant enterobacteria has become an increasing problem. Many enterobacteria are opportunistic pathogens that easily acquire resistance mechanisms and genes, which make the situation menacing. These bacteria have acquired resistance and can hydrolyse extended spectrum cephalosporins and penicillins by producing enzymes called extended-spectrum Beta-lactamases (ESBLs). ESBL-producing bacteria are most commonly found in the gastro-intestinal tract of colonised patients. These resistant strains can be found in both health-care associated and community-acquired isolates. The detection and treatment of infections caused by bacteria producing ESBLs are problematic. This study investigated the genetic basis of extended-spectrum Beta-lactamases in Enterobacteriaceae, especially in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolates. A total of 994 Finnish Enterobacteriaceae strains, collected at 26 hospital laboratories, during 2000 and 2007 were analysed. For the genetic basis studies, PCR, sequencing and pyrosequencing methods were optimised. In addition, international standard methods, the agar dilution and disk diffusion methods were performed for the resistance studies, and the susceptibility of these strains was tested for antimicrobial agents that are used for treating patients. The genetic analysis showed that bla_CTX-M was the most prevalent gene among the E. coli isolates, while blaS_HV-12 was the most common Beta-lactamase gene in K. pneumoniae. The susceptibility testing results showed that about 60% of the strains were multidrug resistant. The prevalence of ESBL-producing isolates in Finland has been increasing since 2000. However, the situation in Finland is still much better than in many other European countries.

Design, implementation and testing of DVB/MHP-application development environment

Tämä diplomityö esittelee 1.6. - 4.11.2002 Mikkelin ammattikorkeakoulun YTI-tutkimuskeskuksen Informaatio- ja mediateknologian hankekokonaisuuden STRIMT-projektin puitteissa tekemäni MHP-kehitysjärjestelmähankinnan tuloksia. Digitaalitelevision MHP-sovelluskehitysjärjestelmän hankinnan tulosten lisäksi työ antaa yleiskuvan MHP-sovelluskehitystyökaluista, digitaalitelevisiostandardeista sekä digitaalitelevisioverkkojen yhteistoimintamalleista televerkkojen kanssa. Keräämieni tietojen, tekemäni tarvemäärittelyn ja suorittamani tuotevertailun perusteella valitsin tarpeisiimme sopivimmaksi järjestelmäksi Alticast Inc.-yrityksen Altifusion-tuotteen. Tuotteen valinnassa otin huomioon myös mahdolliset tulevaisuuden tarpeet aina täysimittaista lähetysjärjestelmää varten kehittämällä vaiheittaisen hankintasuunnitelman. Järjestelmää hankittaessa tärkeintä on huomioida heti alusta alkaen mahdolliset tulevat tarpeet ja varmistaa hankinnan hyödynnettävyys myös tulevaisuudessa. Järjestelmän hankinnan lisäksi vastasin sen käyttöönotosta ja järjestelmää hyödyntävän testisovelluksen laatimisesta.

Software Security Design and Testing

Elektroninen kaupankäynti ja pankkipalvelut ovat herättäneet toiminnan jatkuvuuden kannalta erittäin kriittisen kysymyksen siitä, kuinka näitä palveluja pystytään suojaamaan järjestäytynyttä rikollisuutta ja erilaisia hyväksikäyttöjä vastaan.

Design and Testing of Database Libraries

Nokia Push To Talk järjestelmä tarjoaa uuden kommunikointimetodin tavallisen puhelun oheen. Yksi tärkeimmistä uuden järjestelmän ominaisuuksista on puhelunmuodostuksen nopeus. Lisäksi järjestelmän tulee olla telekommunikaatiojärjestelmien yleisten periaatteiden mukainen, mahdollisimman stabiili ja skaalautuva, jotta järjestelmä olisi mahdollisimman vikasietoinen ja laajennettavissa. Diplomityön päätavoite on esitellä "C++"-tietokantakirjastojen suunnittelua ja testausta. Aluksi tutkitaan tietokantajärjestelmien problematiikkaa alkaen tietokantajärjestelmän valinnasta ja huomioiden erityisesti nopeuskriteerit. Sitten esitellään kaksi teknistä toteutusta kahta "C++"-tietokantakirjastoa varten ja pohditaan joitakin vaihtoehtoisia toteutustapoja.

Methods of Design and Testing of Real Time Systems

Teollusuussovelluksissa vaaditaan nykyisin yhä useammin reaaliaikaista tiedon käsittelyä. Luotettavuus on yksi tärkeimmistä reaaliaikaiseen tiedonkäsittelyyn kykenevän järjestelmän ominaisuuksista. Sen saavuttamiseksi on sekä laitteisto, että ohjelmisto testattava. Tämän työn päätavoitteena on laitteiston testaaminen ja laitteiston testattavuus, koska luotettava laitteistoalusta on perusta tulevaisuuden reaaliaikajärjestelmille. Diplomityössä esitetään digitaaliseen signaalinkäsittelyyn soveltuvan prosessorikortin suunnittelu. Prosessorikortti on tarkoitettu sähkökoneiden ennakoivaa kunnonvalvontaa varten. Uusimmat DFT (Desing for Testability) menetelmät esitellään ja niitä sovelletaan prosessorikortin sunnittelussa yhdessä vanhempien menetelmien kanssa. Kokemukset ja huomiot menetelmien soveltuvuudesta raportoidaan työn lopussa. Työn tavoitteena on kehittää osakomponentti web -pohjaiseen valvontajärjestelmään, jota on kehitetty Sähkötekniikan osastolla Lappeenrannan teknillisellä korkeakoululla.

Design and testing of an armature-reaction-compensated permanent magnet synchronous generator for island operation

At present, permanent magnet synchronous generators (PMSGs) are of great interest. Since they do not have electrical excitation losses, the highly efficient, lightweight and compact PMSGs equipped with damper windings work perfectly when connected to a network. However, in island operation, the generator (or parallel generators) alone is responsible for the building up of the network and maintaining its voltage and reactive power level. Thus, in island operation, a PMSG faces very tight constraints, which are difficult to meet, because the flux produced by the permanent magnets (PMs) is constant and the voltage of the generator cannot be controlled. Traditional electrically excited synchronous generators (EESGs) can easily meet these constraints, because the field winding current is controllable. The main drawback of the conventional EESG is the relatively high excitation loss. This doctoral thesis presents a study of an alternative solution termed as a hybrid excitation synchronous generator (HESG). HESGs are a special class of electrical machines, where the total rotor current linkage is produced by the simultaneous action of two different excitation sources: the electrical and permanent magnet (PM) excitation. An overview of the existing HESGs is given. Several HESGs are introduced and compared with the conventional EESG from technical and economic points of view. In the study, the armature-reaction-compensated permanent magnet synchronous generator with alternated current linkages (ARC-PMSG with ACL) showed a better performance than the other options. Therefore, this machine type is studied in more detail. An electromagnetic design and a thermal analysis are presented. To verify the operation principle and the electromagnetic design, a down-sized prototype of 69 kVA apparent power was built. The experimental results are demonstrated and compared with the predicted ones. A prerequisite for an ARC-PMSG with ACL is an even number of pole pairs (p = 2, 4, 6, …) in the machine. Naturally, the HESG technology is not limited to even-pole-pair machines. However, the analysis of machines with p = 3, 5, 7, … becomes more complicated, especially if analytical tools are used, and is outside the scope of this thesis. The contribution of this study is to propose a solution where an ARC-PMSG replaces an EESG in electrical power generation while meeting all the requirements set for generators given for instance by ship classification societies, particularly as regards island operation. The maximum power level when applying the technology studied here is mainly limited by the economy of the machine. The larger the machine is, the smaller is the efficiency benefit. However, it seems that machines up to ten megawatts of power could benefit from the technology. However, in low-power applications, for instance in the 500 kW range, the efficiency increase can be significant.

Evaluating land-use related environmental impacts of biomass value chains for decision-support : Comparison and testing of methodologies proposed for environmental life cycle assessment

Life cycle assessment (LCA) is one of the most established quantitative tools for environmental impact assessment of products. To be able to provide support to environmentally-aware decision makers on environmental impacts of biomass value-chains, the scope of LCA methodology needs to be augmented to cover landuse related environmental impacts. This dissertation focuses on analysing and discussing potential impact assessment methods, conceptual models and environmental indicators that have been proposed to be implemented into the LCA framework for impacts of land use. The applicability of proposed indicators and impact assessment frameworks is tested from practitioners' perspective, especially focusing on forest biomass value chains. The impacts of land use on biodiversity, resource depletion, climate change and other ecosystem services is analysed and discussed and the interplay in between value choices in LCA modelling and the decision-making situations to be supported is critically discussed. It was found out that land use impact indicators are necessary in LCA in highlighting differences in impacts from distinct land use classes. However, many open questions remain on certainty of highlighting actual impacts of land use, especially regarding impacts of managed forest land use on biodiversity and ecosystem services such as water regulation and purification. The climate impact of energy use of boreal stemwood was found to be higher in the short term and lower in the long-term in comparison with fossil fuels that emit identical amount of CO2 in combustion, due to changes implied to forest C stocks. The climate impacts of energy use of boreal stemwood were found to be higher than the previous estimates suggest on forest residues and stumps. The product lifetime was found to have much higher influence on the climate impacts of woodbased value chains than the origin of stemwood either from thinnings or final fellings. Climate neutrality seems to be likely only in the case when almost all the carbon of harvested wood is stored in long-lived wooden products. In the current form, the land use impacts cannot be modelled with a high degree of certainty nor communicated with adequate level of clarity to decision makers. The academia needs to keep on improving the modelling framework, and more importantly, clearly communicate to decision-makers the limited certainty on whether land-use intensive activities can help in meeting the strict mitigation targets we are globally facing.

Genetic diversity and phenotypic variability of phytoplankton populations in the Baltic Sea

En av naturens mest grundläggande aspekter är den enorma mängd av variation som existerar mellan arter. Denna variation har lett oss till att klassificera olika organismer på basis av morfologiska skillnader och på senare tid till att jämföra genetiska skillnader på individens nivå. Den marina kiselalgen Skeletonema marinoi är en av de vanligaste växtplanktonarter i Östersjön under vårblomningen och anses viktig för den årliga produktionen. En av mina främsta målsättningar var att beskriva den intra-specifika diversiteten hos denna art längs med miljögradienter i Östersjön. Ett annat mål var att klargöra de faktorer som eventuellt är involverade i konfigurationen av genetisk diversitet och differentiering. Med hjälp av genetiska markörer visade jag att den genetiska diversiteten hos S. marinoi populationer i Östersjön är lägre jämfört med populationer i östra delen av Nordsjön. Arten är genetiskt uppdelad så att en utpräglad population förekommer i Östersjön och en annan, genetiskt åtskild population förekommer norr om de Danska sunden. Resultaten visar att de genetiskt åtskilda populationerna är anpassade till lokala salinitetsförhållanden. Genflödet mellan populationerna korrelerade kraftigt med havströmmar i området. Mina studier avslöjade även omfattande variation av fenotypiska, ekologiskt vikitga särdrag hos olika kloner. Djurplankton som äter kiselalger kunde modifiera den klonala mångfalden av fenotypiskt variabla S. marinoi populationer. En ökad klonal mångfald ledde till högre prestationsförmåga i fråga om primär produktion och stabiliserade ekofysiologiska funktioner. Som visas i denna avhandling består en art allt som oftast av åtskilliga genetiska varianter med fenotypiska skillnader. Kunskap om sådana intra-specifika skillnader är en förutsättning för att vi skall kunna förstå var och varför arter förekommer. Denna kunskap utgör även en grund för prognoser som siktar på att förutspå huruvida arter kan anpassa sig till framtida miljöförhållanden. ------------------------------------------------------ Suunnaton määrä variaatioita eliölajien välillä on perustavanlaatuinen ominaisuus luonnossa. Perinteisesti tätä monimuotoisuutta on käytetty organismien luokittelemiseen eri lajeihin niiden morfologisten eroavaisuuksien perusteella. Hiljattain myös geneettisten erojen huomioimista yksilötasolla on hyödynnetty lajien luokittelemisessa. Merialueilla esiintyvä piilevä, Skeletonema marinoi on yksi Itämeren tavallisimmista kasviplanktonlajeista kevätkukinnan aikana. Tavoitteenani oli selventää geneettistä ja fenotyyppistä monimuotoisuutta pitkin Itämeren ympäristögradienttejä. Geneettisen monimuotoisuuteen ja erkaantumiseen vaikuttavien tekijöiden selvittäminen oli tärkeä aspekti väitöstutkimuksessani. Geneettisiä markkereita käyttämällä pystyin toteamaan, että S. marinoi levän geneettinen monimuotoisuus on Itämeressä merkittävästi alhaisempi kuin läheisessä Pohjanmeren itäosassa. Tutkittu laji jakautuu geneettisesti yhteen erilliseen populaatioon Itämeressä ja toiseen selvästi erottuvaan populaatioon Tanskan salmien pohjoispuolella. Kokeellisten tulosten perusteella nämä geneettisesti erilaistuneet populaatiot ovat kumpikin sopeutuneet paikalliseen veden suolapitoisuuteen. Populaatioiden välisen geenivirran ja merivirtojen luoman yhteyden välillä havaittiin vahva korrelaatio. Tutkimukseni paljastivat myös laajaa vaihtelua Skeletonema-kloonien ekologisesti tärkeissä ominaisuuksissa. Kokeellisten tutkimusteni perusteella laiduntajat pystyivät muuttamaan geneettisten kloonien lukumäärää monimuotoisissa S. marinoi populaatioissa. Lisääntynyt kloonien lukumäärä paransi perustuotantokykyä ja vakautti ekofysiologisia toimintoja. Kuten tässä väitöstutkimuksessa osoitetaan, lajit koostuvat useimmiten lukuisista geneettisistä muunnelmista, jotka eroavat usein fenotyypeiltään. Ymmärtääksemme missä tietyt lajit esiintyvät ja miksi, tarvitsemme tietoa lajien sisäisistä vaihteluista. Tämä tieto on tarpeellista, jotta voimme ennustaa lajien sopeutumista tuleviin ympäristönmuutoksiin.

Genetic, prenatal and postnatal determinants of weight gain and obesity in young children – The STEPS Study

Genetic, Prenatal and Postnatal Determinants of Weight Gain and Obesity in Young Children – The STEPS Study University of Turku, Faculty of Medicine, Department of Paediatrics, University of Turku Doctoral Program of Clinical Investigation (CLIPD), Turku Institute for Child and Youth Research. Conditions of being overweight and obese in childhood are common health problems with longlasting effects into adulthood. Currently 22% of Finnish boys and 12% of Finnish girls are overweight and 4% of Finnish boys and 2% of Finnish girls are obese. The foundation for later health is formed early, even before birth, and the importance of prenatal growth on later health outcomes is widely acknowledged. When the mother is overweight, had high gestational weight gain and disturbances in glucose metabolism during pregnancy, an increased risk of obesity in children is present. On the other hand, breastfeeding and later introduction of complementary foods are associated with a decreased obesity risk. In addition to these, many genetic and environmental factors have an effect on obesity risk, but the clustering of these factors is not extensively studied. The main objective of this thesis was to provide comprehensive information on prenatal and early postnatal factors associated with weight gain and obesity in infancy up to two years of age. The study was part of the STEPS Study (Steps to Healthy Development), which is a follow-up study consisting of 1797 families. This thesis focused on children up to 24 months of age. Altogether 26% of boys and 17% of girls were overweight and 5% of boys and 4% of girls were obese at 24 months of age according to New Finnish Growth references for Children BMI-for-age criteria. Compared to children who remained normal weight, the children who became overweight or obese showed different growth trajectories already at 13 months of age. The mother being overweight had an impact on children’s birth weight and early growth from birth to 24 months of age. The mean duration of breastfeeding was almost 2 months shorter in overweight women in comparison to normal weight women. A longer duration of breastfeeding was protective against excessive weight gain, high BMI, high body weight and high weight-for-length SDS during the first 24 months of life. Breast milk fatty acid composition differed between overweight and normal weight mothers, and overweight women had more saturated fatty acids and less n-3 fatty acids in breast milk. Overweight women also introduced complementary foods to their infants earlier than normal weight mothers. Genetic risk score calculated from 83 obesogenic- and adiposity-related single nucleotide polymorphisms (SNPs) showed that infants with a high genetic risk for being overweight and obese were heavier at 13 months and 24 months of age than infants with a low genetic risk, thus possibly predisposing to later obesity in obesogenic environment. Obesity Risk Score showed that children with highest number of risk factors had almost 6-fold risk of being overweight and obese at 24 months compared to children with lowest number of risk factors. The accuracy of the Obesity Risk Score in predicting overweight and obesity at 24 months was 82%. This study showed that many of the obesogenic risk factors tend to cluster within children and families and that children who later became overweight or obese show different growth trajectories already at a young age. These results highlight the importance of early detection of children with higher obesity risk as well as the importance of prevention measures focused on parents. Keywords: Breastfeeding, Child, Complementary Feeding, Genes, Glucose metabolism, Growth, Infant Nutrition Physiology, Nutrition, Obesity, Overweight, Programming

Expectations, frames and practices of genetic counselling in different contexts of genetic testing

Genetic counselling is a process in which the counsellee receives information and support concerning a genetic disease. This study examines the genetic counselling attached to genetic testing. Since genetic information is increasing alongside new testing technologies and the situations faced at the genetic clinics will therefore be more diverse, it is essential to assess what the expectations directed at genetic counselling are. It is also important to compare how they face the current counselling practices. In this study, the expectations, frames and practices of genetic counselling in different contexts of genetic testing were examined from three different perspectives: First, international guidelines covering genetic counselling were analysed to summarise what is expected from genetic counselling and to study how genetic information is framed. Second, national experts in European countries were asked about the regulations and practices of genetic counselling in their country. Finally, ten counsellees who had visited a genetic clinic were interviewed to analyse their expectations and experiences. The counsellees’ perspective was also approached through the background review of the previous studies on counsellees’ experiences. On the basis of the study, there are basic elements that are expected to be covered in genetic counselling from all perspectives. However, the views concerning bioethics, genetic exceptionalism and psychosocial aspects vary depending on the perspective and on the individual situation. Since there are sometimes more differences than similarities between genetic tests, no universal recommendations for counselling can be applied. The practices of genetic counselling should be defined situationally, emphasising the individual needs over the genes.

Selecting, testing and modifying a model for identifying potential key customers

Tämä työ tehtiin globaaliin elektroniikka-alan yritykseen. Diplomityö liittyy haasteeseen, jonka lisääntynyt globalisaatio ja kiristyvä kilpailu ovat luoneet: case yrityksen on selvitettävä kuinka se voi saavuttaa kasvutavoitteet myös tulevaisuudessa hankkimalla uusia asiakkaita ja olemalla yhä enenevissä määrin maailmanlaajuisesti läsnä. Tutkimuksen tavoite oli löytää sopiva malli potentiaalisten avainasiakkaiden identifiointiin ja valintaan, sekä testata ja modifioida valittua mallia case yrityksen tarpeiden mukaisesti. Erityisesti raakadatan kerääminen, asiakkaiden houkuttelevuuskriteerit ja kohdemarkkinarako olivat asioita, jotka tarvitsivat tutkimuksessa huomiota. Kirjallisuuskatsauksessa keskityttiin yritysmarkkinoihin, eri asiakassuhteenhallinnan lähestymistapoihin ja avainasiakkaiden määrittämiseen. CRM:n, KAM:n ja Customer Insight-ajattelun perusteet esiteltiin yhdessä eri avainasiakkaiden identifiointimallien kanssa. Valittua Chevertonin mallia testattiin ja muokattiin työn empiirisessä osassa. Tutkimuksen empiirinen kontribuutio on modifioitu malli potentiaalisten avainasiakkaiden identifiointiin. Se auttaa päätöksentekijöitä etenemään systemaattisesti ja organisoidusti askel askeleelta kohti potentiaalisten asiakkaiden listaa tietyltä markkina-alueelta. Työ tarjoaa työkalun tähän prosessiin sekä luo pohjaa tulevaisuuden tutkimukselle ja toimenpiteille.

A Survey and Classification of Software Testing Tools

Software testing is one of the essential parts in software engineering process. The objective of the study was to describe software testing tools and the corresponding use. The thesis contains examples of software testing tools usage. The study was conducted as a literature study, with focus on current software testing practices and quality assurance standards. In the paper a tool classifier was employed, and testing tools presented in study were classified according to it. We found that it is difficult to distinguish current available tools by certain testing activities as many of them contain functionality that exceeds scopes of a single testing type.