Pathogen derived resistance to Potato virus Y: mechanisms and risks

Selostus: Patogeenivälitteinen, siirtogeeninen kestävyys perunan Y-virusta vastaan: mekanismit ja riskit

Regulatory Mechanisms involved in Th2 Cell Differentiation. A Proteomics Approach.

Th2-solujen erilaistumista ohjaavat säätelyverkostot ja niiden tutkiminen proteomiikan avulla Astma ja allergiat ovat laajalle levinneitä ja vakavia sairauksia, joista kärsivät miljoonat ihmiset ympäri maailmaa. Koe-eläimillä tehdyt tutkimukset osoittavat, että interleukiini-4 (IL-4) on tärkeä allergisen astman ja allergioiden kehittymiselle ja kroonistumiselle. Se ohjaa T-auttajasolujen (Th-solujen) kehittymistä Th2-tyypin soluiksi, joilla on merkittävä rooli näiden tautien puhkeamisessa. Th2-solut tuottavat myös itse IL-4:ä, joka edesauttaa taudin seuraavien vaiheiden kehittymistä. Erityisesti STAT6-proteiini, joka aktivoituu IL-4-stimulaation seurauksena, on tarpeen Th2- vasteen syntymiselle ja kroonistumiselle antigeenin aiheuttamassa keuhkoputkien astmaattisessa tulehduksessa. Väitöskirjatyöni tarkoituksena oli käyttää kaksidimensionaaliseen elektroforeesiin (2- DE) perustuvaa proteomiikkaa ja massaspektrometriaa uusien Th2-solujen erilaistumista säätelevien proteiinien tunnistamiseksi. Erilaistumattomat Th-solut eristettiin vastasyntyneen napaverestä tai hiiren pernasta. Solut aktivoitiin Tsolureseptorin ja ns. ko-stimulatoristen reseptorien kautta ja erilaistettiin joko Th1- tai Th2-suuntaan vastaavasti erilaistavien IL-12- ja IL-4-sytokiinien avulla. Ensimmäisessä tutkimuksessa in vitro -erilaistettujen Th1- ja Th2-solujen proteomeja verrattiin keskenään proteiinien ilmenemisessä tai proteiinimodifikaatioissa olevien erojen tunnistamiseksi. Kaksi muuta päätutkimusta keskittyivät IL-4:n aiheuttamaan proteiinitason säätelyyn ensimmäisen vuorokauden aikana T-soluaktivaation jälkeen. Näistä ensimmäisessä IL-4:n aiheuttamia eroja tunnistettiin aktivoiduista ihmisen Thsoluista. IL-4:n todettiin säätelevän useita proteiineja kaspaasien välittämissä signalointiteissä sekä lisäävän T-solujen elävyyttä ja aktivoitumista. Toisessa tutkimuksessa STAT6-poistogeenisten hiirien lymfosyyttien proteomia verrattiin villityypin kontrollisoluihin T-soluaktivaation ja IL-4-stimulaation jälkeen. Näissä tutkimuksissa karakterisoitiin useita uusia IL-4:n ja STAT6:n kohdeproteiineja ja löydettiin uusia säätelyverkostoja. Tutkimustulokset ovat johtaneet uusiin Th2-erilaistumismekanismeja koskeviin hypoteeseihin.

Separation mechanisms in nanofiltration and retention changes of organic compounds

Orgaanisten yhdisteiden negatiivinen retentio nanosuodatuksessa on ilmiö, jota eiole kovin paljon tutkittu. Negatiivisen retentioon vaikuttavat syyt tai tekijäteivät ole kovin hyvin tiedossa. Erotusmenetelmänä negatiivinen retentio voi olla käyttökelpoinen tietyissä sovelluksissa. Työn kirjallisuusosa käsittelee nanosuodatuksen erotusmekanismeja ja retentioon vaikuttavia tekijöitä. Myös joitakin malleja on esitetty. Nanosuodatus on monimutkainen prosessi, josta ei voida löytää vain yhtä erotusmekanismia tai retentioon vaikuttavaa tekijää. Prosessit ovat kokonaisuuksia, joissa erottumiseen vaikuttavat syöttöliuoksen, erotettavan komponentin ja kalvon ominaisuudet, ja niiden väliset vuorovaikutukset. Työn kokeellisessa osassa koottiin mahdollisimman paljon esimerkkejä, joissa monosakkaridien negatiivinen retentio ilmenee. Muita orgaanisia ja epäorgaanisia yhdisteitä käytettiin 'häiriöyhdisteinä' syöttöliuoksessa monosakkaridien kanssa. Kokeet suoritettiin kahdella laboratoriomittakaavan suodatuslaitteella käyttäen kahta kaupallista nanosuodatuskalvoa. Negatiivinen retentio ilmeni useissa tapauksissa. Permeaattivuon ja 'häiriöyhdisteiden' pitoisuuksien havaittiin vaikuttavan voimakkaasti negatiivisen retention ilmenemiseen.

GPS-paikkatiedonliittäminen matkapuhelinpalveluihin

2000-luvun vaihteessa paikkatietoa hyödyntävistä matkapuhelinpalveluista odotettiin muodostuvan eräs merkittävimmistä kilpailuvalteista eri matkapuhelinoperaattoreiden välillä. Kiinnostusta paikkatietoa hyödyntäviin palveluihin lisäsi kaupallisten sovellusten lisäksi Yhdysvaltojen liittovaltioiden liikenneministeriön säätämä laki, joka velvoittaa paikantamaan yleiseen hätänumeroon soitetut puhelut. Erityisesti laite- ja verkkotoimittajat odottivat tämänluovan heille uusia markkinoita. Markkinoille tuli useita kilpailevia menetelmiä, joilla matkapuhelimia voitiin paikantaa. Suurin osa näistä menetelmistä hyödynsi GSM-verkon signalointia paikannuksen tekemiseen. Samaan aikaan kohonnut matkapuhelinten suorituskyky mahdollisti GPS-vastaanottimien integroinnin matkapuhelimiin ja ensimmäiset tällaiset matkapuhelimet ilmestyivät markkinoille. Matkapuhelinten paikantamiseen liittyvä standardointi on melko hajanaista. ETSI on standardoinut joukon erilaisia menetelmiä, joilla matkapuhelin paikkatieto voidaan selvittää. Nämä standardit eivät kuitenkaan määrittele sitä, kuinka paikkatieto siirretään sitä hyödyntävien palveluiden käyttöön. Paikkatiedonsiirtämiseen ja esittämiseen liittyvässä standardoinnissa eri laite- ja ohjelmistovalmistajat ovat tehneet liittoutumia keskenään ja esitelleet keskenään kilpailevia standardeja ja suosituksia. Tälläkään osa-alueella mikään liittoutuma ei ole saavuttanut määräävää markkina-asemaa. Tässä työssä suunniteltiin ja toteutettiin järjestelmä, jonka avulla voidaan paikantaa sellaisia GSM-päätelaitteita, joihin on integroitu GPS-vastaanotin. Toteutettu järjestelmä liitettiin uudeksi paikannusmenetelmäksi solupaikannuksen rinnalle Sonera Pointer paikannusjärjestelmään. Työn aikana testattiin joukko markkinoilla olleita GSM-puhelimia, joihin oli integroitu GPS-vastaanotin. Matkapuhelinten testauksessa erityinen huomio kiinnittyi siihen, kuinka GPS-paikkatieto saadaan siirrettyä matkapuhelimesta verkossa sijaitsevien sovellusten käyttöön. Toteutetun järjestelmän suunnittelussa täkein lähtökohta oli järjestelmän joustavuus. Standardien hajanaisuus ja osittainen puuttuminen aiheuttivat sen, että järjestelmästä oli tehtävä mahdollisimman helposti laajennettava. Toinen merkittävä suunnitteluun vaikuttanut tekijä oli operaattoririippumattomuus, koska Sonera Pointer järjestelmää oli tarkoitus myydä myös muille matkapuhelinoperaattoreille.

Absorptive capacity and the effect of social integration mechanisms in knowledge utilization

Tiedosta on tullut määräävä tekijä yrityksensuorituskyvylle. Yritykset hankkivat aktiivisesti uutta tietoa ulkoisesta ympäristöstään ja tallentavat sitä tietokantoihinsa. Uusi tieto on innovaatioiden ja uusien ideoiden peruselementti. Uudet ideat pitää myös kaupallistaa, jotta niiden avulla voidaan hankkia kilpailuetua. Absorptiivisen kapasiteetin malli yhdistää tiedon prosessointiin liittyvät kyvykkyydet, jotka vaikuttavat yrityksen kykyyn hyödyntää tietoa tehokkaasti. Ennen kuin tietoa voidaan käyttää uusien tuotteiden ja palveluiden luomiseen, täytyy sitä jakaa yrityksessä ja muuttaa se yrityksen toimintaa palvelevaksi. Aiemmissa tutkimuksissa innovaatiot ovat vahvasti liitetty yrityksen kykyyn uudistua. Tämä pro gradu -tutkielma tutkii sosiaalisten integraatiomekanismien vaikutusta potentiaalisen absorptiivisen kapasiteetin muuttamiseen toteutuneeksi absorptiiviseksi kapasiteetiksi. Yksilöiden ja osastojen välisen yhteistyön sekä luottamuksen vaikutus tiedon sisäistämiseen tutkittiin. Tutkielma pohjautuu monikansallisessa yrityksessä keväällä 2006 suoritettuun uudistumiskyky-tutkimukseen. Tutkielma keskittyy yrityksen kykyyn uudistua uuden tiedon ja innovaatioiden avulla. Tutkielma on kvantitatiivinen tapaustutkimus. Tutkielmassa tehtyjen havaintojen mukaan sosiaaliset integraatiomekanismit ovat tärkeitä uuden tiedon hyödyntämisessä. Tiedon eksplisiittyyden havaitaan vaikuttavan tiedon muuttamiseen yritykselle hyödylliseksi resurssiksi.

GPS-signal Source Based on Direct Digital Synthesis

This thesis presents the design and implementation of a GPS-signal source suitable for receiver measurements. The developed signal source is based on direct digital synthesis which generates the intermediate frequency. The intermediate frequency is transfered to the final frequency with the aid of an Inphase/Quadrature modulator. The modulating GPS-data was generated with MATLAB. The signal source was duplicated to form a multi channel source. It was shown that, GPS-signals ment for civil navigation are easy to generate in the laboratory. The hardware does not need to be technically advanced if navigation with high level of accuracy is not needed. It was also shown that, the Inphase/Quadrature modulator can function as a single side band upconverter even with a high intermediate frequency. This concept reduces the demands required for output filtering.

Wavelets in real-time paper web analysis

Online paper web analysis relies on traversing scanners that criss-cross on top of a rapidly moving paper web. The sensors embedded in the scanners measure many important quality variables of paper, such as basis weight, caliper and porosity. Most of these quantities are varying a lot and the measurements are noisy at many different scales. The zigzagging nature of scanning makes it difficult to separate machine direction (MD) and cross direction (CD) variability from one another. For improving the 2D resolution of the quality variables above, the paper quality control team at the Department of Mathematics and Physics at LUT has implemented efficient Kalman filtering based methods that currently use 2D Fourier series. Fourier series are global and therefore resolve local spatial detail on the paper web rather poorly. The target of the current thesis is to study alternative wavelet based representations as candidates to replace the Fourier basis for a higher resolution spatial reconstruction of these quality variables. The accuracy of wavelet compressed 2D web fields will be compared with corresponding truncated Fourier series based fields.

Regulating Mechanisms of Gonadal and Pituitary Tumorigenesis in Mice Producing Human Chorionic Gonadotropin

Human chorionic gonadotropin (hCG) and luteinizing hormone (LH) are structurally and functionally similar glycoprotein hormones acting through the same luteinizing hormone chorionic gonadotropin receptor (LHCGR). The functions of LH in reproduction and hCG in pregnancy are well known. Recently, the expression of LHCGR has been found in many nongonadal tissues and cancers, and this has raised the question of whether LH/hCG could affect the function or tumorigenesis of these nongonadal tissues. We have also previously generated an hCG expressing mouse model presenting nongonadal phenotypes. Using this model it is possible to improve our understanding of nongonadal action of highly elevated LH/hCG. In the current study, we analyzed the effect of moderately and highly elevated hCG levels on male reproductive development and function. The main finding was the appearance of fetal Leydig cell (FLC) adenomas in prepubertal males. However, the development and differentiation of FLCs were not significantly affected. We also show that the function of hCG is different in FLCs and in adult Leydig cells (ALC), because in the latter cells hCG was not able to induce tumorigenesis. In FLCs, LHCGR is not desensitized or downregulated upon ligand binding. In this study, we found that the testicular expression of two G protein-coupled receptor kinases responsible for receptor desensitization or downregulation is increased in adult testis. Results suggest that the lack of LHCGR desensitization or downregulation in FLCs protect testosterone (Te) synthesis, but also predispose FLCs for LH/hCG induced adenomas. However, all the hCG induced nongonadal changes observed in male mice were possible to explain by the elevated Te level found in these males. Our findings indicate that the direct nongonadal effects of elevated LH/hCG in males are not pathophysiologically significant. In female mice, we showed that an elevated hCG level was able to induce gonadal tumorigenesis. hCG also induced the formation of pituitary adenomas (PA), but the mechanism was indirect. Furthermore, we found two new potential risk factors and a novel hormonally induced mechanism for PAs. Increased progesterone (P) levels in the presence of physiological estradiol (E2) levels induced the formation of PAs in female mice. E2 and P induced the expression and nuclear localization of a known cell-cycle regulator, cyclin D1. A calorie restricted diet was also able to prevent the formation of PAs, suggesting that obesity is able to promote the formation of PAs. Hormone replacement therapy after gonadectomy and hormone antagonist therapy showed that the nongonadal phenotypes observed in hCG expressing female mice were due to ovarian hyperstimulation. A slight adrenal phenotype was evident even after gonadectomy in hCG expressing females, but E2 and P replacement was able to induce a similar phenotype in WT females without elevated LH/hCG action. In conclusion, we showed that the direct effects of elevated hCG/LH action are limited only to the gonads of both sexes. The nongonadal phenotypes observed in hCG expressing mice were due to the indirect, gonadal hormone mediated effects of elevated hCG. Therefore, the gonads are the only physiologically significant direct targets of LHCGR signalling.

Salmonella enterica– Mechanisms of fluoroquinolone and macrolide resistance

Salmonella enterica – Fluorokinoloni- ja makrolidiresistenssimekanisimit Vakavia salmonellainfektioita on pitkään hoidettu fluorokinoloniantibiooteilla, kuten siprofloksasiinilla. Fluorokinolonien runsas käyttö niin ihmisillä kuin eläimilläkin on kuitenkin johtanut fluorokinoloniresistenttien salmonellakantojen lisääntymiseen. Vuoteen 2002 asti kaikki matalan tason fluorokinoloniresistenssiä ilmentävät salmonellakannat olivat resistenttejä nalidiksiinihapolle, joka on vanha ensimmäisen polven kinoloniantibiootti jota ei enää käytetä infektioiden hoidossa. Vuonna 2003 havaitsimme aivan uudentyyppisen resistenssifenotyypin salmonelloissa. Kaikki uuden fenotyypin kannat osoittivat matalaa fluorokinoloniresistenssiä (MIC ≥0.125 mg/L), mutta useat kannat olivat yllättäen aikaisempaa herkempiä nalidiksiinihapolle (MIC ≤32 mg/L). Ilmiöllä on suuri merkitys salmonellan antibioottiherkkyyksien määrittämisessä, sillä jos kanta on ollut nalidiksiinihapolle herkkä, sitä on pidetty herkkänä myös fluorokinoloneille. Väitöskirjatyössä määritettiin vuosina 2003–2007 Suomessa kerättyjen kotimaisten ja ulkomaalaisten S. enterica -kantojen fluorokinoloniresistenssiä sekä tutkittiin uuden salmonellafenotyypin epidemiologiaa ja resistenssimekanismeja. Lisäksi tutkittiin salmonellan hoidossa mahdollisesti käyttökelpoisen makrolidiantibioottijohdannaisen, atsitromysiinin tehoa salmonelloihin ja erityisesti matalaa fluorokinoloniresistenssiä ilmentäviin kantoihin. Tutkimuksessa havaittiin, että matalaa fluorokinoloniresistenssiä osoittavien salmonellakantojen määrä vähenee. Lasku oli voimakkainta Kaakkois-Aasiasta tuoduissa kannoissa. Uusi resistenssifenotyyppi on plasmidivälitteinen ja qnr-geenit olivat ainoa plasmidivälitteinen kinoloniresistenssimekanismi, joka kannoista löydettiin. Myöskään kromosomaalisten gyrA, gyrB ja parE -geenien QRDR-alueelta ei löydetty fluorokinoloniresistenssiä aiheuttavia mutaatioita. Transformaatiolla osoitettiin qnr-plasmidien olevan siirtyviä ja uusi resistenssifenotyyppi saatiin ilmennettyä myös herkässä vastaanottajakannassa. Nämä tulokset osoittavat, että vaikka S. enterican qnr-fenotyyppi on toistaiseksi levinnyt pääasiassa Kaakkois-Aasiaan, se siirtyy helposti bakteerista toiseen ja tulee todennäköisesti aiheuttamaan hoito-ongelmia myös muualla maailmassa. Uudentyyppinen qnr-fenotyyppi voi olla vaikea havaita perinteisellä herkkyysmäärityksellä. Siksi laboratorioissa tulisi aina määrittää sekä siprofloksasiiniettä nalidiksiinihappoherkkyydet. Atsitromysiinin osoitettiin olevan herkkyysmääritysten mukaan tehokas salmonelloja kohtaan mukaanlukien matala-asteista fluorokinoloniresistenssiä ilmentävät bakteerikannat.

New mechanisms regulating human Th1 and Th2 cell differentiation

Selective development of human T helper (Th) cells into functionally distinct Th1 and Th2 subtypes plays an essential role in the host immune response towards pathogens. However, abnormal function or differentiation of these cells can lead to development of various autoimmune diseases as well as asthma and allergy. Therefore, identification of key factors and the molecular mechanisms mediating Th1 and Th2 cell differentiation is important for understanding the molecular mechanisms of these diseases. The goal of this study was to identify novel factors involved in the regulation of Th1 and Th2 differentiation processes. A new method was optimized for enrichment of transiently transfected resting human primary T lymphocytes, that allowed the study of the influence of genes of interest in human Th1/Th2 cell differentiation and other primary Th cell functions. Functional characterization of PRELI, a novel activation-induced protein in human Th cells, identified it as a mitochondrial protein involved in the regulation of Th cell differentiation and apoptosis. By influencing the intracellular redox state, PRELI induces mitochondrial apoptosis pathway and downregulates STAT6 and Th2 differentiation. The data suggested that Calpain, an oxidative stress induced cysteine protease, is involved as a mediator in PRELI-induced downregulation of STAT6. PIM serine/threonine-specific kinases were identified as new regulators of human Th1 cell differentiation. PIM1 and PIM2 kinases were shown to be preferentially expressed in Th1 cells as compared to Th2 cells. RNA interference studies showed that PIM kinases enhance the production of IFN, the hallmark cytokine produced by Th1 cells. They also induce the expression of the key Th1-driving factor T-bet and the IL-12 signaling pathway during early phases of Th1 cell differentiation. Taken together, new regulators of human T helper cell differentiation were identified in this study, which provides new insights into the signaling mechanisms controlling the selective activation of human Th cell subsets.

The intrinsic mechanisms of softwood fiber damage in brown stock fiber line unit operations Lappeenranta 2010

The effects of pulp processing on softwood fiber properties strongly influence the properties of wet and dry paper webs. Pulp strength delivery studies have provided observations that much of the strength potential of long fibered pulp is lost during brown stock fiber line operations where the pulp is merely washed and transferred to the subsequent processing stages. The objective of this work was to study the intrinsic mechanisms which maycause fiber damage in the different unit operations of modern softwood brown stock processing. The work was conducted by studying the effects of industrial machinery on pulp properties with some actions of unit operations simulated in laboratory scale devices under controlled conditions. An optical imaging system was created and used to study the orientation of fibers in the internal flows during pulp fluidization in mixers and the passage of fibers through the screen openings during screening. The qualitative changes in fibers were evaluated with existing and standardized techniques. The results showed that each process stage has its characteristic effects on fiber properties: Pulp washing and mat formation in displacement washers introduced fiber deformations especially if the fibers entering the stage were intact, but it did not decrease the pulp strength properties. However, storage chests and pulp transfer after displacement washers contributed to strength deterioration. Pulp screening proved to be quite gentle, having the potential of slightly evening out fiber deformations from very deformed pulps and vice versa inflicting a marginal increase in the deformation indices if the fibers were previously intact. Pulp mixing in fluidizing industrial mixers did not have detrimental effects on pulp strength and had the potential of slightly evening out the deformations, provided that the intensity of fluidization was high enough to allow fiber orientation with the flow and that the time of mixing was short. The chemical and mechanical actions of oxygen delignification had two distinct effects on pulp properties: chemical treatment clearly reduced pulp strength with and without mechanical treatment, and the mechanical actions of process machinery introduced more conformability to pulp fibers, but did not clearly contribute to a further decrease in pulp strength. The chemical composition of fibers entering the oxygen stage was also found to affect the susceptibility of fibers to damage during oxygen delignification. Fibers with the smallest content of xylan were found to be more prone to irreversibledeformations accompanied with a lower tensile strength of the pulp. Fibers poor in glucomannan exhibited a lower fiber strength while wet after oxygen delignification as compared to the reference pulp. Pulps with the smallest lignin content on the other hand exhibited improved strength properties as compared to the references.