Fluoresoivien paperinäytteiden spektrogoniometriset mittaukset

Fluoresoivat värit ovat viime aikoina yleistyneet näkyvästi vaatetuksessa ja huomaamattomammin esimerkiksi erilaisissa turvamerkinnöissä. Työssä tutkittiin fluoresoivan ja fluoresoimattoman paperinäytteen pinnastamitattuja heijastusjakaumia ja verrattiin niitä keskenään. Työn teoriaosuudessaesitellään eri värijärjestelmiä sekä selvitetään fluoresenssiä ilmiönä ja sen aiheuttamia värin mittaamiseen liittyviä ongelmia. Kokeellisessa osuudessa mitattiin heijastus puoliavaruuteen sekä fluoresoivan että tavallisen paperinäytteen pinnasta. Mittauksessa käytettiin suodattimia, jotta nähtiin, miten eri aallonpituudet heijastuivat näytteen pinnasta. Heijastusjakaumien muotoja vertailtiin eri näytteiden kesken. Lisäksi vertailtiin yksittäisen näytteen heijastusjakaumia aallonpituuksittain. Fluoresoivien ja fluoresoimattomien näytteiden heijastusjakaumien muodoissa havaittiin selviä eroavaisuuksia.

Lintujen värit

Kirjallisuusarvostelu

Pyhän värit

Esitys: Paraisten Urkupäivät 24 - 28.6.2013

Streptococcus agalactiae (GBS) PNA FISH -tekniikan soveltuminen B-ryhmän streptokokin tunnistukseen

B-ryhmän beetahemolyyttinen streptokokki (GBS = Group B Streptococcus, Streptococcus agalactiae)aiheuttaa vakavia infektioita yleensä astasyntyneillä. Tartunta saadaan yleensä synnytyskanavasta ja riskitekijöinä ovat muun muassa keskosuus, ennenaikainen lapsivedenmeno ja äidin runsas Bstreptokokkikolonisaatio emättimessä. Bakteerin tunnistukseen käytetään tällä hetkellä viljelytekniikkaa, jonka tulos saadaan vasta 24-48 tunnin kuluttua. Opinnäytetyöni tarkoituksena on tutkia uutta ja nopeampaa tunnistusmenetelmää: GBS PNA FISH - tekniikkaa (Peptide Nucleic Acid Fluorescence in Situ Hybridization). Tarkoituksena on tutkia tekniikan spesifiteettiä ja sensitiviteettiä. Tekniikan spesifiteettiä tutkitaan B-ryhmän beetahemolyyttisellä streptokokilla sekä kuudella muulla emättimen normaaliflooraan kuuluvalla bakteerilajilla. Yhteensä bakteerikantoja on tutkimuksessa mukana 48 kappaletta. Tämän lisäksi tutkitaan myös tekniikan sensitiviteettiä, jota tutkitaan bakteereista tehdyn laimennossarjan avulla. Sensitiviteetti tutkitaan bakteeriseoksesta, jonne on B-ryhmän beetahemolyyttisen streptokokin lisäksi lisätty muita emättimen normaaliflooran bakteereita. Lisäksi sensitiviteetti tutkitaan pelkällä B-ryhmän beetahemolyyttisellä streptokokilla käyttäen sekä normaalia että bakteerin rikastusmenetelmää. Testeistä saadut tulokset tulkitaan fluoresenssimikroskoopin avulla. GBS PNA FISH -tekniikan spesifiteetti todettiin erittäin hyväksi. Tekniikka tunnisti kaikki B-ryhmän beetahemolyyttiset streptokokit positiivisiksi ja kaikki muut lajit antoivat negatiivisen tuloksen. B-streptokokin positiivisuus oli erotettavissa mikroskopoitaessa vahvana fluoresointina, kun taas muut lajit eivät fluoresoineet lainkaan. GBS PNA FISH -tekniikan sensitiivisyyden tulokset eivät kuitenkaan täyttäneet odotuksia. Ainoastaan bakteerin rikastusmenetelmällä saadut tulokset olivat loistavia, mutta bakteeriseoksella ja pelkällä B-ryhmän beetahemolyyttisellä streptokokilla saadut tulokset olivat lähes olemattomia. Rikastusmenetelmän kaikki laimennokset fluoresoivat positiivisina, kun taas muissa tapauksissa vain vahvin liuos antoi jonkinlaista positiivista fluoresointia. GBS PNA FISH -tekniikan spesifiteetti todettiin hyväksi. Tekniikan sensitiviteetti ei kuitenkaan vastaa käyttötarkoitusta ja todellisessa tilanteessa tekniikka ei pystyisi tunnistamaan sille spesifistä bakteeria muiden bakteerien joukosta.

Uutukaisin kukkaiskieli eli mitä kukat puhuvat? selityksiä kukkain värin merkityksestä - [Kansi]

Helsinki : G. W. Edlund 1903

Viologeenit sensorimateriaaleissa

Pro gradu -työn taustalla oli selvittää sähkökemiallisella polymeroinnilla tuotetun viologeenikalvon anioniselektiivisyyttä. Polymerointi toteutettiin sekä staattisella kennosysteemillä että suihkuvirtauskennolla (engl. wall-jet) käyttäen 1,3,5-tris-(N-metyyli-4-syanopyridinium)-2,4,6-trimetyylitribromidi-, trans-1,2-bis-(karbamoyyli-para-metyylisyano-pyridinium)-sykloheksaanidibromidi- ja 1,3-bis-[4-(para-metyylisyanopyridinium)-fenyyli-tioureido]-ksyleenidibromidilähtöaineita. Platina- ja kultasubstraateille muodostettuja viologeenikalvoja tutkittiin voltammetrisesti (CV), kronoamperometrisesti (CA), konduktometrisesta (GA) sekä kvartsikidemikrovaakaa (QCMB) apuna käyttäen. Tulosten perusteella polymeerirakenteet omasivat anionikaviteetteja mutta affiniteetit eri anionien väillä eivät korreloineet täydellisesti sähkökemiallisessa generoinnissa käytettyjen muotti-ionien kanssa. Selektiivisyyteen todennäköisesti vaikuttivat myös liuosfaasissa olleiden ionisten molekyylien ja solvatoituneiden anionien poolisuus ja hydraattiverhon koko. Lisäksi polymeroitujen viologeenien anionivakansseista suurin osa todettiin inaktiivisiksi. Kirjallisuuskatsauksen perusteella substituoidut γ,γ’-bipyridyylit ovat materiaaleina lupaavia ja yleisen sensoriteknologian mielenkiinnon kohteena mm. aurinkokennoissa, biosensoreissa ja elektronin delokalisaatioon perustuvissa värinäytöissä (ECD). Ongelmina löydetyissä sovellutuksissa ovat olleet bipyridyylien vuotaminen liuokseen, katalyyttisesti verraten hitaat elektroninsiirtoreaktiot ja yhdisteiden myrkyllisyys. Vastaavasti etuja ovat olleet polymeerien intensiiviset värit, väriskaalan muokattavuus, sähkökemiallisesti tuotetun radikaalikationin stabiilius vesiliuoksessa, katalyyttinen aktiivisuus ja helppo synteesireitti syanopyridiinilähtöaineista.

Reaaliaikaisen esikäsittelyn kehittäminen hemiselluloosa-analytiikalle

Tämän työn tavoitteena oli kehittää esikäsittelymenetelmä, jolla voidaan reaaliaikaisesti vähentää hydrolysaatin ligniinipitoisuutta ja näin vähentää fluoresenssia hemiselluloosan analysoimisessa. Työn kirjallisuusosassa käsitellään hemiselluloosien rakennetta sekä niiden erottamista puusta, sekä käydään läpi hemiselluloosien käyttömahdollisuuksia ja niiden reaaliaikaiseen analysointiin soveltuvia tekniikoita. Kokeellisessa osassa tutkittiin ultrasuodatusta sekä adsorptiohartsikäsittelyä hydrolysaatin esikäsittelynä ennen Raman-analyysiä. Esikäsittelyn tavoitteena oli vähentää Raman-analyysia häiritsevää ligniinistä johtuvaa fluoresenssia. Suodatukset tehtiin Amicon-suodatuslaitteistolla käyttäen viittä eri suodatuskalvoa. Hartsikäsittelyissä käytettiin Amberliten XAD16 ja XAD7HP adsorbtiohartseja. Hartsisuhteina käytettiin 1/80, 1/40, 1/19 ja 1/13. Käytetyt ultrauodatuskalvot osoittautuivat suodatusnäytteistä tehtyjen HPLC-analyysien perusteella cut-off-luvultaan liian pieniksi, sillä hemiselluloosien ja ligniinin erotus ei onnistunut, vaan molemmat väkevöityivät konsentraattiin. Hartsikäsittelyillä saatiin ligniiniä poistettua aiheuttamatta hemiselluloosahäviöitä. Parhaimmillaan ligniinin poistumista kuvaava UV-absorbanssi pieneni hartsilla XAD16 37 % ja hartsilla XAD7 25 %. Vaikka ligniinipitoisuus aleni, näytteet fluoresoivat edelleen voimakkaasti Raman-mittauksessa. Tulosten perusteella näyttäisi siltä, että hartsikäsittelyä optimoimalla analyysiä häiritsevää fluoresenssia olisi edelleen mahdollista vähentää.

Switchable Lanthanide Luminescence for Detection of Biomolecules

Binary probes are oligonucleotide probe pairs that hybridize adjacently to a complementary target nucleic acid. In order to detect this hybridization, the two probes can be modified with, for example, fluorescent molecules, chemically reactive groups or nucleic acid enzymes. The benefit of this kind of binary probe based approach is that the hybridization elicits a detectable signal which is distinguishable from background noise even though unbound probes are not removed by washing before measurement. In addition, the requirement of two simultaneous binding events increases specificity. Similarly to binary oligonucleotide probes, also certain enzymes and fluorescent proteins can be divided into two parts and used in separation-free assays. Split enzyme and fluorescent protein reporters have practical applications among others as tools to investigate protein-protein interactions within living cells. In this study, a novel label technology, switchable lanthanide luminescence, was introduced and used successfully in model assays for nucleic acid and protein detection. This label technology is based on a luminescent lanthanide chelate divided into two inherently non-luminescent moieties, an ion carrier chelate and a light harvesting antenna ligand. These form a highly luminescent complex when brought into close proximity; i.e., the label moieties switch from a dark state to a luminescent state. This kind of mixed lanthanide complex has the same beneficial photophysical properties as the more typical lanthanide chelates and cryptates - sharp emission peaks, long emission lifetime enabling time-resolved measurement, and large Stokes’ shift, which minimize the background signal. Furthermore, the switchable lanthanide luminescence technique enables a homogeneous assay set-up. Here, switchable lanthanide luminescence label technology was first applied to sensitive, homogeneous, single-target nucleic acid and protein assays with picomolar detection limits and high signal to background ratios. Thereafter, a homogeneous four-plex nucleic acid array-based assay was developed. Finally, the label technology was shown to be effective in discrimination of single nucleotide mismatched targets from fully matched targets and the luminescent complex formation was analyzed more thoroughly. In conclusion, this study demonstrates that the switchable lanthanide luminescencebased label technology can be used in various homogeneous bioanalytical assays.

Secular Possession: Cinematic Iconography of Addiction

Addiction, and the experience of being addicted, is notoriously difficult to describe verbally and explain rationally. Would multifaceted and multisensory cinematic images work better in making addiction understandable? This study enquires how cinematic expression can render visible the experience of being addicted which is invisible as such. The basic data consists of circa 50 mainly North American and European fiction films from the early 1900s to the early 2000s that deal with addictive disorders as defined in the psychiatric DSM-V classification (substance dependence- and gambling disorders). The study develops an approach for analyzing and interpreting a large volume of digital film data: digital cinematic iconography is a framework to study the multifaceted cinematic images by processing and viewing them in the “digital image-laboratory” of the computer. Images are cut and classified by editing software and algorithmic sorting. The approach draws on early 1900s German art historian Aby Waburg’s image research and media archaeology, that are connected to film studies inspired by the phenomenology of the body and Gilles Deleuze’s film-philosophy. The first main chapter, “Montage”, analyses montage, gestural and postural images, and colors in addiction films. The second main chapter, “Thingness”, focuses on the close-ups of material objects and faces, and their relation to the theme of spirituality in cinema and art history, The study argues that the cinema engages the spectator to "feel" what addiction is through everyday experience and art historical imagery. There is a particular, historically transmitted cinematic iconography of addiction that is profane, material, thing-centered, abject, and repetitive. The experience of being addicted is visualized through montages of images characterized by dark and earthy colors, horizontal compositions and downward- directed movements. This is very profane and secular imagery that, however, circulates image-historical traces of Christian iconography, such as that of being in the grip of an unknown power.

Maailma joka muuttuu elokuvallisessa prosessissa – Ranskalaisen päiväkirjan (1961) dokumentaarisuudesta

Tutkimuksen aiheena on Jean Rouchin ja Edgar Morinin ohjaama elokuva Ranskalainen päiväkirja vuodelta 1961 ja sen dokumentaarisuus. Tutkielma osoittaa, miten cinéma vérité -tyylisuunta on tapa, jolla dokumentaarisuus Ranskalaisessa päiväkirjassa toteutuu. Tutkin, minkälaisia uusia näkökulmia teos pystyy dokumentaarisuudellaan aikakauteensa avaamaan. Tyylisuunta-ajattelun lisäksi tarkastelen dokumentaarisuutta myös metodina ja elokuvallisena keinona. Ranskalaisen päiväkirjan ohella alkuperäislähteenä on dokumenttielokuva Un été + 50 (2011), jossa elokuvan tekijät ja henkilöt kertovat tutkittavan elokuvan taustoista 50 vuotta elokuvan ilmestymisen jälkeen. Ranskalainen päiväkirja sijoittuu 1950- ja 1960-lukujen vaihteeseen, jolloin Ranska oli muuttumassa. Suurvalta-asema oli menetetty, ja uutta hyvinvointivaltiota rakennettiin epäyhtenäisen ja vieraantuneen kansakunnan varaan. Kolonialismin jälkimainingeissa ranskalaisten oli määriteltävä suhteensa muun muassa käynnissä olleeseen Algerian sotaan. Autosta oli tullut kulutuskulttuurin symboli, mutta kehittyvä teknologia alkoi tarjota mahdollisuuksia myös elokuvalle ja sen ilmaisukeinojen laajentamiselle. Tutkielma selvittää, miten uusi elokuvateknologia, elokuvanteon representaatiot ja elokuvan välittämä sisältö kytkeytyvät yhteen ja muodostavat perustan Ranskalaisen päiväkirjan dokumentaarisuudelle. Elokuva antaa mahdollisuuden pohtia, miten teknologia ja eri aikakausien ajatuskehikot ovat toimineet vuorovaikutuksessa keskenään. Tyylisuunta-ajattelu kytkee elokuvan myös aikakauden filosofisiin ja elokuvateoreettisiin virtauksiin. Muutoksen mahdollisuudet, todellisuuden luonne ja paikka askarruttivat niin ikään filosofeja, sosiologeja ja muiden alojen taiteilijoita.