Automaattisen nukleiinihappoeristyslaitteen ja reaaliaikaisen PCR-menetelmän soveltuvuus herpes simplex -virusten keskushermostoinfektiodiagnostiikkaan

Keskushermosto- ja neonataali-infektiot ovat herpes simplex -virusten aiheuttamista taudeista vakavimpia. Niihin on olemassa lääkitys, joka on tehokkain, kun se aloitetaan aivan sairauden alkuvaiheessa. Näiden infektioiden diagnostiikassa PCR-menetelmä on herkin. Tämä menetelmä on kuitenkin työläs ja aikaa vievä, joten uudet nopeammat menetelmät ovat tervetulleita. Opinnäytetyö tehtiin HUSLABin virologian osastolle. Työssä testattiin QIAGENIN artus®HSV-1/2 LC PCR-reagenssipakkausta, joka on tehty käytettäväksi Roche diagnosticsin reaaliaikaisella PCR-laitteella LightCyclerillä. Lisäksi työssä testattiin automaattista bioMérieuxin NucliSens easyMAG- nukleiinihappoeristyslaitetta. Referenssinä käytettiin HUSLABin virologian osastolla testaushetkellä käytössä olevia menetelmiä. Reaaliaikaisen PCR-menetelmän herkkyyttä testattiin positiivisilla HSV-1 ja HSV-2 kontrollilaimennussarjoilla. Menetelmän oikeellisuutta testattiin määrittämällä laaduntarkkailu- ja potilasnäytteitä, jotka olivat likvoria. Tuloksia verrattiin QCMD:n antamiin ja perinteisellä ”in house”- PCR-menetelmällä saatuihin referenssituloksiin. Spesifisyyttä testattiin muiden ihmisten herpesvirusten positiivisilla kontrolleilla. Automaattisen nukleiinihappoeristysmenetelmän toimivuutta testattiin HSV-positiivisilla ja -negatiivisilla likvornäytteillä, jotka oli aikaisemmin eristetty fenoli-kloroformiuutolla. Tulokset QIAGENIN artus®HSV-1/2 LC PCR-reagenssipakkauksesta olivat hyviä. Kont-rollilaimennussarjan määrityksessä reaaliaikainen PCR-menetelmä osoittautui perinteistä ”in house”- PCR-menetelmää herkemmäksi. Potilasnäytteiden määrityksessä tulokset olivat yhtenevät. EasyMAG- nukleiinihappoeristysmenetelmällä eristettyjen potilasnäytteiden määrityksistä saadut tulokset olivat myös hyviä. Kun tuloksia verrattiin fenoli-kloroformiuutolla saatuihin tuloksiin, olivat tulokset yhtä näytettä lukuun ottamatta yhtenevät. Molemmat testattavat menetelmät ovat nopeita ja virhelähteiden mahdollisuus on vähäisempi kuin perinteisessä ”in house”-PCR menetelmässä ja fenoli-kloroformiuutolla nukleiinihappoa eristettäessä. Tutkimusten tulokset osoittivat molempien menetelmien soveltuvan hyvin HSV:n eristykseen ja määritykseen likvornäytteistä.

Mikroaaltouunin soveltuvuus fiksaatioon ja kudosprosessointiin sekä J.F.C-reagenssin sopivuus fiksaatioaineeksi mikroaaltouunimenetelmässä

Vastauksen saaminen patologian laboratoriosta kestää jopa viikkoja, joten histologisten näytteiden käsittelyprosessia on tarpeen kehittää nopeammaksi. Työskentely patologian laboratoriossa automatisoituu koko ajan ja laitteiden valmistajilla on kaupallisia reagensseja, joita voisi mahdollisesti käyttää myös fiksaatioaineina. Tässä työssä tutkimme, voisiko sekä fiksaation että kudoskäsittelyn suorittaa mikroaaltouunilla, jolloin näytteen käsittely nopeutuisi huomattavasti. Kokeilimme myös kaupallisen J.F.C-reagenssin toimivuutta fiksaatioaineena. Tarkastelun kohteena olivat morfologian säilyminen hematoksyliini-eosiini -värjäyksen perusteella arvioituna sekä immunohistokemiallisten värjäysten toimivuus. Arvioimme myös vaikuttaako erilainen käsittelytapa kudoksen leikkautuvuuteen mikrotomilla. Tutkimus suoritettiin Patologian keskuslaboratoriossa. Näytemateriaalina oli 50 tuoretta kudospalaa, joista 14 oli tuumorikudosta. Jokaisesta näytteestä leikkasimme kolme palaa. Pala A fiksoitiin J.F.C:llä, palat B ja C formaliinilla. Palojen A ja B fiksointi ja kudosprosessointi tehtiin mikroaaltouunissa ja pala C fiksoitiin huoneenlämmössä ja prosessoitiin yön yli -menetelmällä. HE-värjäyksen perusteella J.F.C ei sovi fiksaatioaineeksi. Mutta mikroaaltouunin käyttö formaliinifiksaatiossa ja kudosprosessoinnissa osoittautui lähes yhtä hyväksi kuin perinteinen menetelmä. Leikkautuvuuteen ja immunohistokemiallisiin värjäyksiin ei näytteen käsittelytavalla näyttäisi olevan vaikutusta.