Bland åsnor och elefanter : en utvärdering av USA:s presidenter

Arbetet går ut på en systematisering rörande bedömningen av USA:s presidenter. Detta sker genom att utarbeta fyra värderingskriterier. Dessa kriterier benämns \"problem\" (= vilken typ av utmaningar presidenten har ställts inför samt på vilket sätt presidenten har löst dessa utmaningar), \"ämbete\" (= på vilket sätt presidentämbetets tyngd har påverkats av ämbetsinnehavaren), \"popularitet\" (= på vilket sätt presidenten har fått gehör för sina åtgärder hos allmänhet och de politiska eliterna) samt \"USA\" (= på vilket sätt presidenten har påverkat USA:s styrka som nation rent generellt). Tidigare utvärderingar av USA:s presidenter har tenderat att vara något jippo-betonade, även i de fall där akademiker ligger bakom. Vanligen har man haft en expertpanel bestående av allt från några dussin bedömare till närmare 1.000. Antingen har man inte haft några värderingskriterier alls att gå efter eller så har de varit något oklart formulerade - för att inte tala om de fall där de har varit så pass många att de har överlappat varandra. Vidare finns en tradition där en del forskare förkastar hela tanken på att kunna bedöma presidenter från olika tidsperioder. Strävan har varit att råda bot på tidigare missförhållanden i den diskussion som har förts på området. Eftersom samtliga presidenter dessutom har verkat under samma konstitution bör en jämförelse/utvärdering vara fullt möjlig att genomföra. De som klarar sig bäst i min utvärdering är Washington, Lincoln och F. Roosevelt. Vidare klarar sig t.ex. McKinley och Reagan bättre än de vanligen klarar sig i motsvarande bedömningar. Till de som klarar sig sämre hör t.ex. L. Johnson och J. Madison. Allra sämst klarar sig de presidenter som verkade strax före Lincoln (Pierce och Buchanan) alternativt strax efter (A. Johnson). Den sittande presidenten (Obama) samt de två mest kortvariga presidenterna (Garfield och W.H. Harrison) har lämnats bort från arbetet. Själva tyngdpunkten i arbetet ligger dock i själva systematiseringen av värderingskriterierna även om arbetet rent volymmässigt domineras av då kriterierna appliceras på de enskilda presidenterna.

Ansvar som klangbotten i vårdandets meningssammanhang

Avhandlingen Ansvar som klangbotten i vårdandets meningssammanhang är en vårdvetenskaplig studie om ansvar som inre etik. Riktningen för teoribildningen i studien ges av följande satser: Ansvar är etik och ansvar är en vårdetisk grundkategori inom den caritativa vårdetiken, samt att ansvar har sin utgångspunkt i vårdandets ethos. Ansvar som inre etik handlar här om det meningsbärande innehållet i begreppen frihet, skuld och kärlek. Den hermeneutiska metodologin är en genomgående röd tråd i studien. Frihet, skuld och kärlek granskas med utgångspunkt i ordböcker, i religionsfilosofiska texter av Lèvinas, Buber och Kierkegaard samt i vårdetiska artiklar. Förståelse och tolkning vävs samman och denna rörelse leder oavbrutet fram till nya helheter om ansvarets inre betydelseinnehåll. Den inre ansvarsetiken tar form kring hälsa och lidande som görande, varande och vardande samt kring Kierkegaards estetiska, etiska och religiösa stadier på livets väg. Konturerna av en teorimodell för vårdandets etik som ansvarsetik börjar framträda. Skulden, som central kraft för ansvaret, är den källa som på ett verkligt sätt formar det inre ansvaret till olika mognadsstadier. En personlig inre etik handlar här om en oavbruten skapelseakt, där skulden får sin positiva laddning och kraft av friheten och kärleken. Skulden ses som verksam och meningsbärande substans för ansvarets gärningar, ett svar på att kärlek existerar. De mönster som skapats i studien ger förståelse för frihetens, skuldens och kärlekens samverkan och starka beroende av varandra. Den nya förståelse av ansvarets inre verklighet som synliggjorts i avhandlingen gestaltar på ett nytt sätt ansvar i vårdandets meningssammanhang och fångar på ett överskådligt sätt ansvarets betydelserikedom och komplexitet. Ansvar kan belysas och tolkas på många olika sätt, beroende bl.a. på disciplin, perspektiv och forskningsfrågor. I denna studie är teorigenereringen om det inre ansvaret sanningslik för ansvar i vårdandets meningssammanhang. Ansvar har avtäckts som den kärna som finns bortom det direkt synliga, den kärna som enligt Eriksson (2009) "blir bärare av de ursprungliga vårdande substanserna och avspeglar en djup mänsklig tillvaro".

Karneval i klassrum – kunskap på hjul : en studie av elevers möten med clown analyserade med narrativ metod och poetisk etnografi

The aim of this study is to contribute to the knowledge about learning in and through art related to pupils’ study processes developing clown characters in secondary school. The pre understanding of this qualitative piece of micro ethnographic research is that the elaboration of clown has openness to play, creative activity and imagination. The art form clown inspires and motivates. The clown character creates a kind and friendly atmosphere, calls upon smile, which promotes learning. It is an art form promoting deep and personal reflection and evoking questions regarding identity formation. The pre understanding finally is that existential themes are brought to articulation in the art form clown. The problem formulation for the hermeneutic phenomenological study is an exploration of the meaning potential of an arts educational work with clown from the pupils’ as well as the teacher’s perspective. The study elaborates the following research questions: 1.) How are the pupils staging themselves in the work with clown? a) How are they constructing the clown character? b) How do they reflect upon their construction? c) What are the characteristics of the working process in the elaboration of clown? 2.) What is characteristic of the teacher’s contribution to the arts educational work? 3.) What is characteristic of the meaning making in the elaboration of clown? One group of 21 pupils and their drama teacher in a Swedish secondary school in six workshops (each one 90 minutes) elaborating the clown theme is the group under study through video observation, interviews, students’ logs and drawings, teacher log and researcher’s field notes. The theoretical framework comprises three perspectives on clown: a perspective on the culture of carnival, a drama education perspective and a performance perspective. Through a content analysis of texts about clown a set of characteristics for the clown is used as analytical concepts in the subsequent analysis of the pupils’ working process when they create three clown characters: August, the white clown and the bag lady. The results are presented as fictive narratives built on the video observations and the interviews. The presentation is brought to even more condensation through poetic ethnographic writing of haiku poems by the researcher. This ethnographic writing is idiomatic to the art form under study, and can be seen as a metaphorical meta commentary to the narratives. As a main result the researcher has developed a model describing the different aspects of the clown characters and the meaning potential of the clown as learning regarding exploration of identity and elaboration of existential questions regarding life, loneliness, love, religion and death.

Hvordan øve hellige handlinger? : en profesjonsdidaktisk studie av øving av muntlige ferdigheter innenfor en norsk presteutdanning

How can the holy craft of liturgy be trained? A study of approaches to instruction in training oral skills within education of the Norwegian clergy The theme of this study is the competence of expression of clerics performing liturgies as part of their duties in the Norwegian Lutheran Church. The aim of the study is to find a teaching practice which can raise the competence in oral expression characteristic of the clergy profession. The teaching practice is explored and discussed within the context of the basic education of the clergy. The main thesis is formulated as a question: How can the holy craft of liturgy be trained? An underpinning of the study is that liturgical acts are holy, which gives these performances an aspect of otherness. This otherness constitutes a clear agreement between the students and the teacher, and between the professional and the employer. The pre-understanding of the researcher is that these liturgical oral acts are trainable, and that there is a need and a necessity to train in these skills. Three research questions are elaborated on in the explorative section of the study: • What is characteristic of a competence of expression connected to the profession? • How can this competence of expression connected to liturgical performance be developed? • What is the importance of this competence in the holy craft of liturgy for the development of a cohesive professional self-understanding? The study is based on a research and development project where the researcher as the teacher and students from one specific clergy education in Norway (MF) were the source of the empirical material. The empirical data came from practice with two external observers› logs on the coaching, video observations, of the teacher and the students› texts on the practice under study, which is liturgical performance. The researcher›s log and field notes also provide material for the analysis. This is a qualitative project and an arts education project carried out within an interpretative framework. The theoretical framework has three perspectives: a structural approach based on the system theory of Niklas Luhmann, an epistemological approach discussing forms of knowledge in practice or informing practice and an arts education approach. The results indicate that the competence in oral liturgical performance can be considered a trainable skill, and that this training can be understood as an arts education method of instruction based on meaningful communication, dramaturgical thinking and the development of authenticity. The main result from this study can be considered as articulating and sketching the contours of the field of knowledge where the students embody the meaning of the clergy profession ‒ and this articulation has an innovative potential as knowledge combining experience and theoretical understanding.

Of pearls and pigs : a conceptual-semantic Tiernet approach to formal representation of structure and variation of phraseological units

"Helmiä sioille", pärlor för svin, säger man på finska om någonting bra och fint som tas emot av en mottagare som inte vill eller har ingen förmåga att förstå, uppskatta eller utnyttja hela den potential som finns hos det mottagna föremålet, är ointresserad av den eller gillar den inte. För sådana relativt stabila flerordiga uttryck, som är lagrade i språkbrukarnas minnen och som demonstrerar olika slags oregelbundna drag i sin struktur använder man inom lingvistiken bl.a. termerna "idiom" eller "fraseologiska enheter". Som en oregelbundenhet kan man t.ex. beskriva det faktum att betydelsen hos uttrycket inte är densamma som man skulle komma till ifall man betraktade det som en vanlig regelbunden fras. En annan oregelbundenhet, som idiomforskare har observerat, ligger i den begränsade förmågan att varieras i form och betydelse, som många idiom har jämfört med regelbundna fraser. Därför talas det ofta om "grundform" och "grundbetydelse" hos idiom och variationen avses som avvikelse från dessa. Men när man tittar på ett stort antal förekomstexempel av idiom i språkbruk, märker man att många av dem tillåter variation, t.o.m. i sådan utsträckning att gränserna mellan en variant och en "grundform" suddas ut, och istället för ett idiom råkar vi plötsligt på en "familj" av flera besläktade uttryck. Allt detta väcker frågan om hur dessa uttryck egentligen ska vara representerade i språket. I avhandlingen utförs en kritisk granskning av olika tidigare tillvägagångssätt att beskriva fraseologiska enheter i syfte att klargöra vilka svårigheter deras struktur och variation erbjuder för den lingvistiska teorin. Samtidigt presenteras ett alternativt sätt att beskriva dessa uttryck. En systematisk och formell modell som utvecklas i denna avhandling integrerar en beskrivning av idiom på många olika språkliga nivåer och skildrar deras variation i form av ett nätverk och som ett resultat av samspel mellan idiomets struktur och kontexter där det förekommer, samt av interaktion med andra fasta uttryck. Modellen bygger på en fördjupande, språkbrukbaserad analys av det finska idiomet "X HEITTÄÄ HELMIÄ SIOILLE" (X kastar pärlor för svin).

Political participation beyond the vote : how the institutional context shapes patterns of political participation in 18 Western European democracies

Politiskt deltagande är en definierande del av varje demokratiskt politiskt system, även mellan valen. Men det har skett en betydande utveckling i vilka aktiviteter som uppfattas som politiskt deltagande. Det är inte enbart aktiviteter i politiska partier som är i fokus, men också olika protestaktiviteter, delaktighet i nya sociala rörelser och livsstilspolitik i form av politisk konsumtion. Politiskt deltagande mellan valen kan leda till en potentiell legitimitetskonflikt. Den potentiella konflikten mellan ansvarsutkrävande och medborgarnas aktiva medverkan har varit känd sedan länge. Representativa demokratier har genom olika institutionella mekanismer försökt konstruera ett fungerande politiskt system som förenar möjligheten för politiskt deltagande med en tydlig ansvarsstruktur. I detta sammanhang har den institutionella öppenheten haft en central position eftersom denna antas påverka hur lätt det är för medborgarna att påverka de formella beslutfattarna. Avhandlingen undersöker därmed konsekvenserna av institutionell öppenhet för olika former av politiskt deltagande. Resultaten tyder på att demokratiska staters institutionella uppbyggnad har väsentliga konsekvenser för det politiska deltagandet. Men samspelet mellan systemet och deltagandet verkar vara mera invecklat än de dominerande teorierna om politiska institutioner och deltagande ger vid handen. Institutionell öppenhet har inte den förväntade effekt beroende på om den politiska handlingen sker inom eller utanför det formella systemet, och den institutionella effekten är mera uttalad för föreningsaktivism och politisk konsumtion, vilket är de aktiviteter som ligger längst bort från det formella politiska systemet. Resultaten utmanar därmed centrala teoretiska antaganden inom forskningen om politiskt deltagande. I ljuset av de resultat som presenteras i avhandlingen framstår det som särskilt angeläget att omvärdera effekten av institutionell öppenhet.

Lyssnande : en vårdvetenskaplig betraktelse

Denna vårdvetenskapliga studie har sökarljuset riktat mot lyssnande som något fundamentalt för människan. Studiens syfte är att utifrån forskarens traditionstillhörighet och en klart uttalad teorikärna, värdegrund, ontologisk grund samt en hermeneutisk ansats avtäcka nytt inseende om vad lyssnande är samt vad som är vårdande i lyssnande. Studiens avsikt är att bringa ontologisk klarhet, klargöra lyssnandets plats inom vårdvetenskaplig teoribildning samt bidra med bilder av det vårdande med relevans för klinisk praxis. Det hermeneutiska arbetssättet är en ständig rörelse mellan det enskilda och gemensamma. Den vårdvetenskapliga traditionens grundläggande ordning utgör siktet för kunskapssökandet samtidigt som det är gentemot den caritativa vårdteorin som nytt inseende ur historiska källor reflekteras för att lysa upp och synliggöra det evidenta och ursprungliga om lyssnande. Begreppsutredningen av lyssna som begrepp ger förståelse för begreppets historiska ursprung och dess starka band med begreppen lyss, lystra, lyda, följa, iaktta, se samt lust, begär, böjelse och glädje. Läsning och begrundan av filosoferna Bubers, Lévinas och författaren Dostojevskijs livsverk avtäcker vittnesbörd och stillbilder som tolkas för att synliggöra tolkningsantaganden om lyssnandets väsen och gestaltning. Jag har läst och begrundat texterna med öppenhet, lyhördhet och en kvardröjande hållning för att låta dem beröra, tilltala mig och framträda som något nytt. Ur de enskilda texterna avtäcks mönster av en gemensam inre ordning och en gemensam stillbild och tolkningsantaganden om lyssnande formas. När den gemensamma inre ordningen får sammanstråla med studiens vårdvetenskapliga grund synliggörs en urbild och teser om lyssnande samt det vårdande i lyssnande. Avtäckandet visar att lyssnande är en grundhållning till livet självt. Människan lyssnar till sitt innersta väsen för att tillägna sig en inre grundordning samt hörsamma sin tillhörighet i en mera allomfattande gemenskap till den skapande, den andre och det oändliga. I ljuset av kärlekens kraft och bejakandet av mänskligt lidande kan ensamhet och gemenskap sluta förbund med varandra i en mellanverklighet som bär oändlighetens och evighetens kännetecken, och som får toner av det heliga och eviga att ljuda i allt och alla i en närvaro här och nu. Lyssnande är en väsenshandling som uttalas genom en vårdande hållning att tjäna, offra och bära ansvar för den andre med medmänsklig barmhärtighet och medmänskligt medlidande. Band till den andre knyts genom den egna sårbarheten och genom att med ödmjukhet, äkthet och gästfrihet bjuda in och välkomna den andre i sin annanhet. Den vårdande gemenskapen skapar en rörelse som bär på en livsbringande kraft genom vilken människan uppnår frihet att varda, finna näring och försoning.

Charge transport in disordered materials : simulations, theory, and numerical modeling of hopping transport and electron-hole recombination

Min avhandling behandlar hur oordnade material leder elektrisk ström. Bland materialen som studeras finns ledande polymerer, d.v.s. plaster som leder ström, och mer allmänt organiska halvledare. Av de här materialen har man kunnat bygga elektroniska komponenter, och man hoppas på att kunna trycka hela kretsar av organiska material. För de här tillämpningarna är det viktigt att förstå hur materialen själva leder elektrisk ström. Termen oordnade material syftar på material som saknar kristallstruktur. Oordningen gör att elektronernas tillstånd blir lokaliserade i rummet, så att en elektron i ett visst tillstånd är begränsad t.ex. till en molekyl eller ett segment av en polymer. Det här kan jämföras med kristallina material, där ett elektrontillstånd är utspritt över hela kristallen (men i stället har en väldefinierad rörelsemängd). Elektronerna (eller hålen) i det oordnade materialet kan röra sig genom att tunnelera mellan de lokaliserade tillstånden. Utgående från egenskaperna för den här tunneleringsprocessen, kan man bestämma transportegenskaperna för hela materialet. Det här är utgångspunkten för den så kallade hopptransportmodellen, som jag har använt mig av. Hopptransportmodellen innehåller flera drastiska förenklingar. Till exempel betraktas elektrontillstånden som punktformiga, så att tunneleringssannolikheten mellan två tillstånd endast beror på avståndet mellan dem, och inte på deras relativa orientation. En annan förenkling är att behandla det kvantmekaniska tunneleringsproblemet som en klassisk process, en slumpvandring. Trots de här grova approximationerna visar hopptransportmodellen ändå många av de fenomen som uppträder i de verkliga materialen som man vill modellera. Man kan kanske säga att hopptransportmodellen är den enklaste modell för oordnade material som fortfarande är intressant att studera. Man har inte hittat exakta analytiska lösningar för hopptransportmodellen, därför använder man approximationer och numeriska metoder, ofta i form av datorberäkningar. Vi har använt både analytiska metoder och numeriska beräkningar för att studera olika aspekter av hopptransportmodellen. En viktig del av artiklarna som min avhandling baserar sig på är att jämföra analytiska och numeriska resultat. Min andel av arbetet har främst varit att utveckla de numeriska metoderna och applicera dem på hopptransportmodellen. Därför fokuserar jag på den här delen av arbetet i avhandlingens introduktionsdel. Ett sätt att studera hopptransportmodellen numeriskt är att direkt utföra en slumpvandringsprocess med ett datorprogram. Genom att föra statisik över slumpvandringen kan man beräkna olika transportegenskaper i modellen. Det här är en så kallad Monte Carlo-metod, eftersom själva beräkningen är en slumpmässig process. I stället för att följa rörelsebanan för enskilda elektroner, kan man beräkna sannolikheten vid jämvikt för att hitta en elektron i olika tillstånd. Man ställer upp ett system av ekvationer, som relaterar sannolikheterna för att hitta elektronen i olika tillstånd i systemet med flödet, strömmen, mellan de olika tillstånden. Genom att lösa ekvationssystemet fås sannolikhetsfördelningen för elektronerna. Från sannolikhetsfördelningen kan sedan strömmen och materialets transportegenskaper beräknas. En aspekt av hopptransportmodellen som vi studerat är elektronernas diffusion, d.v.s. deras slumpmässiga rörelse. Om man betraktar en samling elektroner, så sprider den med tiden ut sig över ett större område. Det är känt att diffusionshastigheten beror av elfältet, så att elektronerna sprider sig fortare om de påverkas av ett elektriskt fält. Vi har undersökt den här processen, och visat att beteendet är väldigt olika i endimensionella system, jämfört med två- och tredimensionella. I två och tre dimensioner beror diffusionskoefficienten kvadratiskt av elfältet, medan beroendet i en dimension är linjärt. En annan aspekt vi studerat är negativ differentiell konduktivitet, d.v.s. att strömmen i ett material minskar då man ökar spänningen över det. Eftersom det här fenomenet har uppmätts i organiska minnesceller, ville vi undersöka om fenomenet också kan uppstå i hopptransportmodellen. Det visade sig att det i modellen finns två olika mekanismer som kan ge upphov till negativ differentiell konduktivitet. Dels kan elektronerna fastna i fällor, återvändsgränder i systemet, som är sådana att det är svårare att ta sig ur dem då elfältet är stort. Då kan elektronernas medelhastighet och därmed strömmen i materialet minska med ökande elfält. Elektrisk växelverkan mellan elektronerna kan också leda till samma beteende, genom en så kallad coulombblockad. En coulombblockad kan uppstå om antalet ledningselektroner i materialet ökar med ökande spänning. Elektronerna repellerar varandra och ett större antal elektroner kan leda till att transporten blir långsammare, d.v.s. att strömmen minskar.

Evaluating multidimensional visualization techniques in data mining tasks

Visual data mining (VDM) tools employ information visualization techniques in order to represent large amounts of high-dimensional data graphically and to involve the user in exploring data at different levels of detail. The users are looking for outliers, patterns and models – in the form of clusters, classes, trends, and relationships – in different categories of data, i.e., financial, business information, etc. The focus of this thesis is the evaluation of multidimensional visualization techniques, especially from the business user’s perspective. We address three research problems. The first problem is the evaluation of projection-based visualizations with respect to their effectiveness in preserving the original distances between data points and the clustering structure of the data. In this respect, we propose the use of existing clustering validity measures. We illustrate their usefulness in evaluating five visualization techniques: Principal Components Analysis (PCA), Sammon’s Mapping, Self-Organizing Map (SOM), Radial Coordinate Visualization and Star Coordinates. The second problem is concerned with evaluating different visualization techniques as to their effectiveness in visual data mining of business data. For this purpose, we propose an inquiry evaluation technique and conduct the evaluation of nine visualization techniques. The visualizations under evaluation are Multiple Line Graphs, Permutation Matrix, Survey Plot, Scatter Plot Matrix, Parallel Coordinates, Treemap, PCA, Sammon’s Mapping and the SOM. The third problem is the evaluation of quality of use of VDM tools. We provide a conceptual framework for evaluating the quality of use of VDM tools and apply it to the evaluation of the SOM. In the evaluation, we use an inquiry technique for which we developed a questionnaire based on the proposed framework. The contributions of the thesis consist of three new evaluation techniques and the results obtained by applying these evaluation techniques. The thesis provides a systematic approach to evaluation of various visualization techniques. In this respect, first, we performed and described the evaluations in a systematic way, highlighting the evaluation activities, and their inputs and outputs. Secondly, we integrated the evaluation studies in the broad framework of usability evaluation. The results of the evaluations are intended to help developers and researchers of visualization systems to select appropriate visualization techniques in specific situations. The results of the evaluations also contribute to the understanding of the strengths and limitations of the visualization techniques evaluated and further to the improvement of these techniques.

Lethal weapons : novel approaches for receptor-targeted cancer cell elimination

The currently used forms of cancer therapy are associated with drug resistance and toxicity to healthy tissues. Thus, more efficient methods are needed for cancer-specific induction of growth arrest and programmed cell death, also known as apoptosis. Therapeutic forms of tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) are investigated in clinical trials due to the capability of TRAIL to trigger apoptosis specifically in cancer cells by activation of cell surface death receptors. Many tumors, however, have acquired resistance to TRAIL-induced apoptosis and sensitizing drugs for combinatorial treatments are, therefore, in high demand. This study demonstrates that lignans, natural polyphenols enriched in seeds and cereal, have a remarkable sensitizing effect on TRAIL-induced cell death at non-toxic lignan concentrations. In TRAIL-resistant and androgen-dependent prostate cancer cells we observe that lignans repress receptor tyrosine kinase (RTK) activity and downregulate cell survival signaling via the Akt pathway, which leads to increased TRAIL sensitivity. A structure-activity relationship analysis reveals that the γ-butyrolactone ring of the dibenzylbutyrolactone lignans is essential for the rapidly reversible TRAIL-sensitizing activity of these compounds. Furthermore, the lignan nortrachelogenin (NTG) is identified as the most efficient of the 27 tested lignans and norlignans in sensitization of androgen-deprived prostate cancer cells to TRAIL-induced apoptosis. While this combinatorial anticancer approach may leave normal cells unharmed, several efficient cancer drugs are too toxic, insoluble or unstable to be used in systemic therapy. To enable use of such drugs and to protect normal cells from cytotoxic effects, cancer-targeted drug delivery vehicles of nanometer scale have recently been generated. The newly developed nanoparticle system that we tested in vitro for cancer cell targeting combines the efficient drug-loading capacity of mesoporous silica to the versatile particle surface functionalization of hyperbranched poly(ethylene imine), PEI. The mesoporous hybrid silica nanoparticles (MSNs) were functionalized with folic acid to promote targeted internalization by folate receptor overexpressing cancer cells. The presented results demonstrate that the developed carrier system can be employed in vitro for cancer selective delivery of adsorbed or covalently conjugated molecules and furthermore, for selective induction of apoptotic cell death in folate receptor expressing cancer cells. The tested carrier system displays potential for simultaneous delivery of several anticancer agents specifically to cancer cells also in vivo.

Methods for construction and analysis of computational models in systems biology : applications to the modelling of the heat shock response and the self-assembly of intermediate filaments

Systems biology is a new, emerging and rapidly developing, multidisciplinary research field that aims to study biochemical and biological systems from a holistic perspective, with the goal of providing a comprehensive, system- level understanding of cellular behaviour. In this way, it addresses one of the greatest challenges faced by contemporary biology, which is to compre- hend the function of complex biological systems. Systems biology combines various methods that originate from scientific disciplines such as molecu- lar biology, chemistry, engineering sciences, mathematics, computer science and systems theory. Systems biology, unlike “traditional” biology, focuses on high-level concepts such as: network, component, robustness, efficiency, control, regulation, hierarchical design, synchronization, concurrency, and many others. The very terminology of systems biology is “foreign” to “tra- ditional” biology, marks its drastic shift in the research paradigm and it indicates close linkage of systems biology to computer science. One of the basic tools utilized in systems biology is the mathematical modelling of life processes tightly linked to experimental practice. The stud- ies contained in this thesis revolve around a number of challenges commonly encountered in the computational modelling in systems biology. The re- search comprises of the development and application of a broad range of methods originating in the fields of computer science and mathematics for construction and analysis of computational models in systems biology. In particular, the performed research is setup in the context of two biolog- ical phenomena chosen as modelling case studies: 1) the eukaryotic heat shock response and 2) the in vitro self-assembly of intermediate filaments, one of the main constituents of the cytoskeleton. The range of presented approaches spans from heuristic, through numerical and statistical to ana- lytical methods applied in the effort to formally describe and analyse the two biological processes. We notice however, that although applied to cer- tain case studies, the presented methods are not limited to them and can be utilized in the analysis of other biological mechanisms as well as com- plex systems in general. The full range of developed and applied modelling techniques as well as model analysis methodologies constitutes a rich mod- elling framework. Moreover, the presentation of the developed methods, their application to the two case studies and the discussions concerning their potentials and limitations point to the difficulties and challenges one encounters in computational modelling of biological systems. The problems of model identifiability, model comparison, model refinement, model inte- gration and extension, choice of the proper modelling framework and level of abstraction, or the choice of the proper scope of the model run through this thesis.

Paikallisyhteisö resurssina ja tuhojen kohteena : Venäjän armeijan logististen ratkaisujen seuraukset Suomen sodassa 1808-1809

Min forskning hör till området militärhistoria. Undersökningen har en dubbel infallsvinkel, den krigförande arméns och det krigsdrabbade lokalsamhällets. Å ena sidan studerar jag lokalsamhället som en logistisk resurs under finska kriget 1808-09, å andra sidan ser jag på de materiella skador, krigsskador, som drabbade lokalsamhället. Den logistiska synvinkeln lyfts fram i avhandlingen. Beträffande krigsskadorna under finska kriget är det fråga om grundforskning, eftersom det inte tidigare har undersökts hur krigsskadorna fördelade sig inom rikets östra del. Det har också saknats en uppskattning om krigsskadornas storlek. Tillgången till även internationellt unika källor har erbjudit möjligheten att ge en exceptionellt detaljerad bild av de förluster som kriget förorsakade lokalsamhället. Krigsskadorna har undersökts i huvudsak inom finska krigets tyngdpunktsområde, d.v.s. Vasa län. För en djupanalys har jag valt två socknar, Kuortane och Närpes, i vilka krigsskadorna var störst inom länet. Krigsskadorna i tyngdpunktsområdet var främst kopplade till de ryska truppernas logistik. Förutsättningarna för lokalsamhällets materiella välstånd var i stort bundna till hur underhållet organiserades i det resursfattiga krigsområdet. Den näst viktigaste orsaken till krigsskadorna var de ryska truppernas hämndaktioner på grund av den beväpnade folkresningen. Tidigare forskning har inte tillräckligt lyft fram det möjliga sambandet mellan krigsskadorna och befolkningskrisens uppkomst. Inom forskningen har det tidigare bristfälligt undersökts vilken betydelse underhållets organisering hade för lokala resursfattiga områden under tidig modern tid, och för krigens slutresultat, och därmed även för staternas historia.