Use of pyrosequencing to identify streptococci and to detect mutations causing antimicrobial resistance

Rapid identification and resistance determination of pathogens in clinical specimens is vital for accurate treatment and monitoring of infectious diseases. Antimicrobial drug resistance is increasing globally and healthcare settings are facing this cost-intensive and even life-threatening problem. The incidence of resistant pathogens in Finland has remained relatively steady and manageable at least for the time being. DNA sequencing is the gold standard method for genotyping, mutation analysis, and identification of bacteria. Due to significant cost decrease in recent years, this technique is available to many research and clinical laboratories. Pyrosequencing technique, a rapid real-time DNA sequencing method especially suitable for analyzing fairly short stretches of DNA, was used in this study. Due to its robustness and versatility, pyrosequencing was applied in this study for identification of streptococci and detection of certain mutations causing antimicrobial resistance in different bacteria. Certain streptococcal species such as S. pneumoniae and S. pyogenes are significantly important clinical pathogens. S. pneumoniae causes e.g. pneumonia and otitis media and is one of the most important community-acquired pathogens. S. pyogenes, also known as group A streptococcus, causes e.g. angina and erysipelas. In contrast, the socalled alpha-haemolytic streptococci, such as S. mitis and S. oralis, belong to the normal microbiota, which are regarded to be non-pathogenic and are nearly impossible to identify by phenotypic methods. In this thesis, a pyrosequencing method was developed for identification of streptococcal species based on the 16S rRNA sequences. Almost all streptococcal species could be differentiated from one another by the developed method, including S. pneumoniae from its close relatives S. mitis and S. oralis . New resistance genes and their variants are constantly discovered and reported. In this study, new methods for detecting certain mutations causing macrolide resistance or extended spectrum beta-lactamase (ESBL) phenotype were developed. These resistance detection approaches are not only suitable for surveillance of mechanisms causing antimicrobial resistance but also for routine analysis of clinical samples particularly in epidemic settings. In conclusion, pyrosequencing was found to be an accurate, versatile, cost-effective, and rapid DNA sequencing method that is especially suitable for mutation analysis of short DNA fragments and identification of certain bacteria.

Bonding of Composite Resin to Alumina and Zirconia Ceramics with Special Emphasis on Surface Conditioning and Use of Coupling Agents

Dental oxide ceramics have been inspired by their biocompability and mechanical properties which have made durable all-ceramic structures possible. Clinical longevity of the prosthetic structures is dependent on effective bonding with luting cements. As the initial shear bond strength values can be comparable with several materials and procedures, long-term durability is affected by ageing. Aims of the current study were: to measure the shear bond strength of resin composite-to-ceramics and to evaluate the longevity of the bond; to analyze factors affecting the bond, with special emphasis on: the form of silicatization of the ceramic surface; form of silanization; type of resin primer and the effect of the type of the resin composite luting cement; the effect of ageing in water was studied regarding its effect to the endurance of the bond. Ceramic substrates were alumina and yttrium stabilized zirconia. Ceramic conditioning methods included tribochemical silicatization and use of two silane couplings agents. A commercial silane primer was used as a control silane. Various combinations of conditioning methods, primers and resin cements were tested. Bond strengths were measured by shear bond strength method. The longevity of the bond was generally studied by thermocycling the materials in water. Additionally, in one of the studies thermal cycling was compared with long-term water storaging. Results were analysed statistically with ANOVA and Weibull analysis. Tribochemical treatment utilizing air pressure of 150 kPa resulted shear bond strengths of 11.2 MPa to 18.4 MPa and air pressure of 450 kPa 18.2 MPa to 30.5 MPa, respectively. Thermocycling of 8000 cycles or four years water storaging both decreased shear bond strength values to a range of 3.8 MPa to 7.2 MPa whereas initial situation varied from 16.8. Mpa to 23.0 MPa. The silane used in studies had no statistical significance. The use of primers without 10-MDP resulted spontaneous debonding during thermocycling or shear bond strengths below 5 MPa. As conclusion, the results showed superior long-term bonding with primers containing 10-MDP. Silicatization with silanizing showed improved initial shear bond strength values which considerably decreased with ageing in water. Thermal cycling and water storing for up to four years played the major role in reduction of bond strength, which could be due to thermal fatigue of the bonding interface and hydrolytic degradation of the silane coupled interface.

Logistiikkatoimialan rakenne ja taloudellinen kehitys Etelä-Suomessa 2000-luvulla

Tässä raportissa on esitelty viitekehys, jonka avulla voidaan tuottaa tietoa Etelä-Suomen logistiikka-alan taloudellisesta tilanteesta ja kehityksestä säännöllisesti vuositasolla. Raportissa on kuvattu logistiikka-alan markkinoiden ja rakenteen kehitystä Suomessa sekä alan yritysten taloudellisen suorituskyvyn kehittymistä Etelä-Suomessa 2000- luvulla. Päälähteet ovat olleet Tilastokeskuksen yritystilastot ja Amadeus-tietokanta, jonka tilinpäätöstietoihin taloudellisen suorituskyvyn analysointi perustuu. Raportissa on kuvattu sekä koko logistiikkasektorin että sen alatoimialojen kehitystä. Etelä-Suomessa toimivien logistiikkayritysten taloudellista suoriutumista on vertailtu myös kansainvälisesti. Vertailualueiksi valittiin Itämeren alueelta Viro ja Itä-Ruotsi. Vuonna 2009 Suomessa toimi 13 000 logistiikka-alan yritystä, jotka työllistivät noin 80 000 ihmistä. Yritysten lukumäärä on pysynyt lähes samalla tasolla vuodesta 2001 lähtien, mutta henkilöstömäärä on lisääntynyt yhdeksällä prosentilla. Logistiikka-alan yrityksistä yhdeksän kymmenestä on mikroyrityksiä, joissa henkilöstömäärä on alle kymmenen. Vuosina 2001–2009 palkat logistiikkasektorilla toimivissa yrityksissä ovat kasvaneet hieman nopeammin kuin Suomessa toimivissa yrityksissä keskimäärin. Logistiikka-alan toimipaikkoja Suomessa oli lähes 14 000, joista noin puolet sijaitsi Etelä-Suomessa. Toimipaikkojen ja yritysten lukumäärällä mitattuna tieliikenteen tavarankuljetus on suurin logistiikan alatoimiala Suomessa. Suomen kotimaan tavaraliikenteen kuljetussuorite on pysynyt melko tasaisena vuodesta 2001 lähtien. Vuonna 2009 se putosi taantuman vuoksi vuoden 1996 tasolle ja oli 36,9 miljardia tonnikilometriä. Kotimaan tavaraliikenteestä kaksi kolmasosaa kulkee maanteitse ja neljäsosa rautateitse. Ulkomaan kuljetuksissa vuosittainen vaihtelu on ollut voimakkaampaa kuin kotimaisissa kuljetuksissa. Vuodesta 2001 vuoteen 2008 tuonti kasvoi 16 prosenttia ja vienti 14 prosenttia tavaravolyymilla mitattuna. Vuonna 2009 tuonnin määrä oli 52,8 miljoonaa tonnia, mikä on 88 prosenttia vuoden 2001 tasosta, ja viennin 35,5 miljoonaa tonnia, mikä on 96 prosenttia vuoden 2001 tasosta. Ulkomaan tavaraliikenteestä suurin osa kulkee vesitse. Etelä-Suomen logistiikkayrityksissä liikevaihdon mediaani oli puolen miljoonan euron tuntumassa vuosina 2002–2009 ja se oli korkeimmillaan 556 000 euroa vuonna 2007. Vuoden 2007 jälkeen liikevaihdon mediaani lähti taantuman myötä laskuun, ja vuoteen 2009 mennessä se oli pudonnut vuoden 2003 tasolle. Liikevaihdon keskimääräisessä suuruudessa on paljon vaihtelua logistiikan alatoimialojen välillä. Esimerkiksi meri- ja rannikkoliikenteen tavarankuljetuksessa toimivilla yrityksillä liikevaihdon mediaani oli noin viisinkertainen koko logistiikka-alaan verrattuna. Etelä-Suomen logistiikkayritysten liikevaihdon mediaani on hieman suurempi kuin Viron ja Itä-Ruotsin logistiikkayrityksissä. Etelä-Suomen ja Itä-Ruotsin logistiikkayrityksissä liikevaihdon keskimääräinen kehitys on ollut hyvin samansuuntainen vuosina 2002–2009. Näillä alueilla voidaan nähdä esimerkiksi samanlainen nousu liikevaihdon mediaanissa vuosina 2004–2007, jota Viron kohdalla ei ole havaittavissa. Taseen loppusumma on ollut Etelä-Suomen logistiikkayrityksissä keskimäärin 300 000 euroa vuosina 2002–2009, joskin alatoimialojen välillä on jonkin verran vaihtelua, kuten liikevaihdonkin suhteen. Taseen loppusumman keskimääräinen kehitys on ollut samansuuntainen kuin liikevaihdon. Verrattaessa Viroon ja Itä-Ruotsiin mediaanin kehityssuunta on ollut samankaltainen, mutta Etelä-Suomen logistiikkayrityksissä tase on keskimäärin ollut hieman pienempi kuin Itä-Ruotsissa ja suurempi kuin Virossa. Keskimääräinen omavaraisuusaste Etelä-Suomen logistiikkayrityksissä on pysytellyt 40 prosentin tuntumassa koko tarkasteluajanjakson huolimatta käyttökateprosentin- ja liiketulosprosentin laskusuuntaisesta kehityksestä. Suuria eroja alatoimialojen välillä ei ole, joskin huolinnassa ja rahtauksessa omavaraisuusaste on koko tarkastelujakson pysytellyt selvästi alle 40 prosentin ja vuonna 2008 laskenut jopa alle 30 prosentin. Virossa omavaraisuusasteen mediaani on ollut selvästi Etelä-Suomen logistiikkayrityksiä korkeammalla tasolla vuosina 2002–2009. Vuonna 2009 se on jo noussut yli 50 prosentin. Käyttökate- ja liiketulosprosenttien kehityksen perusteella vaikuttaa siltä, että Etelä-Suomen logistiikkayritysten kannattavuus on keskimäärin heikentynyt vuodesta 2002 vuoteen 2009. Käyttökateprosentin mediaani oli 15 vuonna 2009, mikä on neljä prosenttiyksikköä vähemmän kuin vuonna 2002. Samankaltainen lasku on havaittavissa kaikilla alatoimialoilla. Käyttökateprosentin keskimääräinen lasku on tuonut Etelä-Suomen logistiikkasektorin lähemmäksi Itä-Ruotsin tasoa. Virossa käyttökateprosentin mediaani oli silti alhaisemmalla tasolla kuin Etelä-Suomessa. Vuonna 2009 ero oli 4 prosenttiyksikköä. Yritykseen sitoutuneena olevalle, omistajien omalle pääomalle laskettu tuottoprosentti pysytteli mediaaniarvoltaan noin 20 prosentissa taantumaan asti ja vastaavasti koko pääoman tuotto pysyi 7 prosentin tuntumassa. Koko tarkastelujaksolla molempien pääoman tuottoa kuvaavien mittareiden mediaaniarvot laskivat noin 40 prosenttia. Alatoimialoista etenkin meri- ja rannikkoliikenteen tavarankuljetus poikkesi koko logistiikkasektorista: sekä oman että koko pääoman tuottoasteen mediaanit laskivat alalla nollaan vuonna 2009.

Tilaus -toimitusprosessin tehokkuuden parantaminen moduloinnin ja konfiguroinnin avulla

Diplomityön tavoitteena on kehittää kohdeyrityksen tuotantoa tehokkaammaksi ja joustavammaksi moduloinnin ja konfiguroinnin avulla. Työssä kuvataan yhtenäinen prosessi konfiguroinnin ja moduloinnin käyttämiselle. Teoriaosuudessa käsitellään ensin prosessien määrittämiseen ja niiden uudistamiseen liittyviä aiheita. Sen jälkeen käsitellään massaräätälöinnin, moduloinnin ja konfiguroinnin käsitteitä ja niiden vaikutuksia yrityksen toimintaan. Lisäksi esitellään prosessi, jonka avulla tuotteen modulointi ja konfigurointi voidaan toteuttaa. Empiriaosio alkaa yrityksen prosessien määrittämisellä. Prosessien määrittämisen jälkeen esitellään esimerkkejä kuinka tuotteen modulointi ja konfigurointi voidaan suorittaa. Lopuksi arvioidaan mahdollisia hyötyjä, joita konfiguroinnin ja moduloinnin käyttäminen voisi tuoda.

Miten käy Itämeren?

Kirjallisuusarvostelu

Karttatutkimukseen uutta aarteistoa

Kirjallisuusarvostelu

Erilainen hartauskirja

Kirjallisuusarvostelu

Selkokieli ja ymmärtämisen mahdollisuus

Kirjallisuusarvostelu

Läpivalaistu Nummisuutarit

Kirjallisuusarvostelu

Cognitively Empowering Internet-Based Patient Education for Ambulatory Orthopaedic Surgery Patients

Tiedollista voimavaraistumista tukeva internet-perustainen ohjaus päiväkirurgisille ortopedisille potilaille Tutkimuksen tarkoituksena oli kehittää tiedollista voimavaraistumista tukeva Internetperustainen potilasohjausohjelma sekä arvioida sitä. Tutkimusprosessi jaettiin kahteen vaiheeseen. Ensimmäisessä vaiheessa luotiin sisältö tiedollista voimavaraistumista tukevalle Internet-perustaiselle ohjaukselle päiväkirurgisia ortopedisia potilaita varten. Toisessa vaiheessa arvioitiin Internet-perustaisen ohjauksen (koeryhmä) hyväksyttävyyttä käyttäjien arvioimana ja ohjauksen tuloksia sekä verrattiin Internet-perustaisen ohjauksen (koeryhmä) tuloksia tiedollisesti voimavaraistumista tukevan sairaanhoitajan välittämään ohjauksen (kontrolliryhmä) tuloksiin. Tutkimuksen tavoitteena oli luoda uusi potilasohjausmuoto joka tarjoaa yksilöllisen, osallistavan ja aikaan ja paikkaan sitomattoman ohjauksen päiväkirurgiseen ortopediseen leikkaukseen tulevalle potilaalle. Tutkimuksen ensimmäisessä vaiheessa käytettiin kuvailevaa ja vertailevaa tutkimusmenetelmää (ennen ja jälkeen testaus). Tutkimukseen osallistui 120 päiväkirurgista ortopedista potilasta joiden tiedon odotuksia ja heille välitettyä tietoa tarkasteltiin. Tutkimuksen ensimmäisen vaiheen tuloksien ja aikaisemman voimavaraistumista käsittävän tiedon perusteella luotiin sisältö tiedollista voimavaraistumista tukevalle Internet-perustaiselle ohjaukselle. Sisältö rakentui voimavaraistavan tiedon kuudesta eri osa-alueesta. Tutkimuksen toisessa vaiheessa käytettiin randomoitua kokeellista tutkimusasetelmaa. Päiväkirurgiseen ortopediseen leikkaukseen tulevat potilaat randomoitiin koeryhmään (n=72) Internetperustaiseen ohjaukseen ja kontrolliryhmään (n=75) sairaanhoitajan välittämään ohjaukseen. Aineisto kerättiin strukturoitujen mittareiden avulla ja tulokset analysoitiin tilastollisesti. Tutkimuksen tulokset osoittavat, että kehitettyä tiedollisesti voimavaraistumista tukevaa Internet-perustaista potilasohjausmenetelmää voidaan suositella käytettäväksi ortopedisten päiväkirurgisten potilaiden ohjauksessa ja potilailla on hyvät mahdollisuudet voimavaraistua tiedollisesti sen avulla. Monipuolista tietoa sisältävä Internet-perustainen ohjaus osoittautui käyttäjien näkökulmasta hyväksyttäväksi. Vaikka Internet ohjauksen hyväksyttävyys koettiin osittain heikommaksi kuin sairaanhoitajan välittämän ohjauksen, potilaat käyttivät nettisivustoa ongelmitta ja arvioivat sen helppokäyttöiseksi. Ohjausmuodolla ei ollut vaikutusta hoidosta aiheutuneisiin kustannuksiin. Sen sijaan kustannuksista organisaatiolle voitiin puolittaa sairaanhoitajan ohjaukseen käyttämä aika Internet-perustaisen ohjauksen avulla. Internet-perustaiseen ohjaukseen osallistuneiden potilaiden tiedon taso ja kokemus tiedon riittävyydestä lisääntyivät ohjauksen jälkeen enemmän kuin sairaanhoitajan välittämään potilasohjaukseen osallistuneiden potilaiden tiedot. Ohjausmuodolla ei ollut vaikutusta potilaiden kokemien tunteiden ja oireiden voimakkuuteen. Yhteenvetona voidaan todeta, että tiedollisesti voimavaraistava Internet-perustaista ohjausta voidaan suositella vaihtoehtoiseksi menetelmäksi sairaanhoitajan välittämälle ohjaukselle päiväkirurgiseen ortopediseen leikkaukseen tuleville potilaille.

Medira. Terveyden jäljillä – Turusta maailman turuille

Keväällä 1968 istui joukko Turun yliopiston nuoria assistentteja aika ajoin iltaa turkulaisessa kulttuuriravintola Hämeenportissa. Maailma ja erityisesti valtakunnan tiede- ja tutkimuspolitiikka pantiin uuteen järjestykseen. Joukko halusi porautua lääketieteen (medicina) juuriin (radix) ja omaksui ryhmälleen nimen Medira. Ryhmä julkaisi ajatuksensa Duodecim-aikakauskirjan erikoisnumerossa syksyllä 1970. Valmistuttuaan ryhmä hajosi pääosin yliopistoihin eri puolille Suomea. Mediran jäsenet pääsivät toteuttamaan ajatuksiaan, monet tärkeissä tehtävissä yliopistoissaan ja maan tiede- ja tutkimuspolitiikassa. Medira-ryhmään kuuluvat seuraavat nimekkäät lääketieteen, genetiikan ja terveystutkimuksen tuntijat: Eino Heikkinen, Markku T. Hyyppä, Osmo Hänninen, Johannes Lehtonen, Petter Portin, Jorma Rantanen, Risto Santti, Seppo Turunen sekä Hannu Vuori. Nyt, neljän vuosikymmenen mentyä ryhmä päätti kokoontua jälleen ja tarkastella kuluneen ajan saavutuksia - ja myös pettymyksiä - nuorena omaksumiensa radikaalien tavoitteiden sekä ajan mittaan kertyneen vankan kokemuksensa ristivalotuksessa. Nämä pohdinnat ryhmä päätti saattaa kirjan muotioon. Kirja-Auroran kustantama ja Hannu Vuoren toimittama kirja julkistettiin Tieteiden ilta -festivaalin yhteydessä torstaina 18.8.2011. Medira. Terveyden jäljillä - Turusta maailman turuille tarjoaa tuoreen ja mielenkiintoisen näkökulman eräisiin tämän päivän keskeisiin tiede- ja tutkimuspolitiikan ja terveyden edistämisen kysymyksiin.

Honkain keskellä

Soitinnus: lauluääni, piano.

Kaukopalvelu: juridisia kysymyksiä

Pekka Heikkisen esitys Kohti aineistojen yhteiskäyttöä -seminaarissa 2.11.2011 Helsingissä