Evolution of Bioaffinity Reagents by Phage Display

Antibodies are natural binding proteins produced in vertebrates as a response to invading pathogens and foreign substances. Because of their capability for tight and specific binding, antibodies have found use as binding reagents in research and diagnostics. Properties of cloned recombinant antibodies can be further improved by means of in vitro evolution, combining mutagenesis with subsequent phage display selection. It is also possible to isolate entirely new antibodies from vast naïve or synthetic antibody libraries by phage display. In this study, library techniques and phage display selection were applied in order to optimise binding scaffolds and antigen recognition of antibodies, and to evolve new and improved bioaffinity reagents. Antibody libraries were generated by random and targeted mutagenesis. Expression and stability were mainly optimised by the random methods whereas targeted randomisation of the binding site residues was used for optimising the binding properties. Trinucleotide mutagenesis allowed design of defined randomisation patterns for a synthetic antibody library. Improved clones were selected by phage display. Capture by a specific anti- DHPS antibody was exploited in the selection of improved phage display of DHPS. Efficient selection for stability was established by combining phage display selection with denaturation under reducing conditions. Broad-specific binding of a generic anti-sulfonamide antibody was improved by selection with one of the weakest binding sulfonamides. In addition, p9 based phage display was studied in affinity selection from the synthetic library. A TIM barrel protein DHPS was engineered for efficient phage display by combining cysteinereplacement with random mutagenesis. The resulting clone allows use of phage display in further engineering of DHPS and possibly use as an alternative-binding scaffold. An anti-TSH scFv fragment, cloned from a monoclonal antibody, was engineered for improved stability to better suite an immunoassay. The improved scFv tolerates 8 – 9 °C higher temperature than the parental scFv and should have sufficient stability to be used in an immunoanalyser with incubation at 36 °C. The anti-TSH scFv fragment was compared with the corresponding Fab fragment and the parental monoclonal antibody as a capturing reagent in a rapid 5-min immunoassay for TSH. The scFv fragment provided some benefits over the conventionally used Mab in anayte-binding capacity and assay kinetics. However, the recombinant Fab fragment, which had similar kinetics to the scFv, provided a more sensitive and reliable assay than the scFv. Another cloned scFv fragment was engineered in order to improve broad-specific recognition of sulfonamides. The improved antibody detects different sulfonamides at concentrations below the maximum residue limit (100 μg/kg in EU and USA) and allows simultaneous screening of different sulfonamide drug residues. Finally, a synthetic antibody library was constructed and new antibodies were generated and affinity matured entirely in vitro. These results illuminate the possibilities of phage display and antibody engineering for generation and optimisation of binding reagents in vitro and indicate the potential of recombinant antibodies as affinity reagents in immunoassays.

Speaking Wounds – Silence, Self-injury and Healing in Patricia McCormick‟s Cut

Pro gradu -tutkielmani käsittelee itsensä vahingoittamisen, hiljaisuuden ja toipumisen representaatioita Patricia McCormickin nuorille aikuisille suunnatussa teoksessa Cut. Tutkielman tarkoituksena on analysoida itsensä vahingoittamista kirjallisuudentutkimuksellisesta näkökulmasta. Vaikka itsensä vahingoittamisesta on englanninkielisillä markkinoilla olemassa runsaasti psykologista kirjallisuutta, ei sen representaatioita kirjallisuudessa ole vielä juurikaan tutkittu. Näiden representaatioiden analysointi on tärkeää, sillä 1990-luvun alkupuolella syntyi nuortenkirjallisuudessa genre, joka keskittyy juuri itsensä vahingoittamisen käsittelyyn. Patricia McCormickin Cut on edustava esimerkki tämän genren romaanista. Tutkimuksen teoreettinen viitekehys koostuu monitieteellisistä teksteistä. Ensisijaisina lähteinä ovat Patrick Fueryn teoreettiset käsitykset hiljaisuudesta ja poissa-olosta sekä Christine Wilkie-Stibbsin feministiset luennat yksittäisistä nuortenkirjoista. Armando R. Favazzan kliiniset määritelmät itsensä vahingoittamisesta luovat perustan käyttämilleni termeille. Pääpaino tutkielmassa on kuitenkin omalla luennallani romaanista. Tutkimustuloksena on, että sekä päähenkilön hiljaisuus että itsensä viiltely ovat monimerkityksisiä ja dynaamisia tiloja. Ne toimivat kommunikaation ja itsehoidon välineinä. Viiltelyyn sisältyy voimakkaasti hoivan käsite, sillä viiltämällä itseään päähenkilö yrittää käsitellä ja helpottaa henkistä ahdistustaan. Sekä hiljaisuus että viiltely auttavat eri tavoin päähenkilöä käsittelemään ja sisäistämään oman tilansa ja näin ollen myös edistävät paranemisprosessia, joka jatkuu puheen kautta perinteisessä psykoterapeuttisessa diskurssissa. Teos painottaa puheen roolia, mutta myös hiljaisuus ja viiltely muodostavat yhtäläiset kommunikaatio- ja hoitoväylät.

Repository Junction Broker

Poster at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Too many copies: confusion between duplication and versioning

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Targeted Annotation of Scientific Literature and Data Resources in Invenio Digital Libraries

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Herrasmiesvarkaiden ja palvelustyttöjen maassa : ranskalaiset reaktiot jutussa New York vs. Strauss-Kahn

Kirjallisuusarvostelu

Teräsmiehen työhakemus. Sisällönanalyysi sosiaalista mediaa hyödyntävistä työhakemuksista.

Pro gradu -tutkielmani aiheena ovat sosiaalista mediaa hyödyntävät työhakemukset. Tavoitteenani on ollut selvittää millaisia nämä uudentyyppiset työhakemukset ovat ja miten ne suhtautuvat nk. perinteiseen työhakemukseen. Suomessa on vasta hiljattain herätty uudenlaisiin työnhaun ja rekrytoinnin mahdollisuuksiin. Tutkielmani avulla toivonkin edistäväni Suomessa työnhakua ja rekrytointia sosiaalisessa mediassa sekä hälventämään mahdollisia ennakkoluuloja aihetta kohtaan. Toteutin tutkimukseni hyödyntämällä laadullista sisällönanalyysiä, jonka valintaa tuki sekä tutkimusaineistoni pieni koko ja tutkimuskysymyksen asettelu. Tutkimusaineistoni koostui 12 eri sosiaalisen median kanavaa hyödyntävästä tapausesimerkistä, joita vertailin TE-palveluiden työhakemusmalliin. Vertailu vallitsevan työhakemusmallin ja sosiaalista mediaa hyödyntävien työhakemusten välillä paljasti, että vaikka molemmista työhakemustyypeistä löytyi sisällöllisesti paljon samaa, löytyi eroja lähestymistavassa. Perinteinen työhakemus tehdään tavallisesti tietty yritys mielessä, kun tapausesimerkkeinä toimineet hakemukset olivat pikemminkin avoimia rekrytointikutsuja ja tyyliltään markkinoivampia. Ulkoisesti löytyi tapausesimerkkien välillä paljon eroavaisuuksia. Yksinkertaisimmallaan sosiaalista mediaa hyödyntävä työhakemus oli ilmoitusmainen päivitys ja laajimmallaan kokonainen blogisivusto. Perinteiseen työhakemusmuotoon nähden suurin ero ulkonäössä oli se, että tapausesimerkeissä työhakemuksen hakukirje- ja ansioluettelo-osuudet eivät olleet yhtä selkeästi erotettavissa toisistaan. Visuaalisuutta oli käytetty tapausesimerkeissä vallitsevaa työhakemusmallia monipuolisemmin. Visuaalisuutta ja some-kanavien tarjoamia työkaluja oli käytetty korostamaan hakemuksen tärkeimpiä kohtia ja myös luomaan tietyn suuntaista mielikuvaa työnhakijasta. Sosiaalista mediaa hyödyntävien työhakemusten runsas visuaalisuus oli eniten ristiriidassa lähdekirjallisuuden kanssa, joka suositteli yksimielisesti vahvaa visuaalista hierarkiaa ja selkeää asettelua. Tutkimusaineistoni pienuuden takia ei tämän tutkimuksen pohjalta voi vielä tehdä varsinaisia yleistyksiä. Sosiaalista mediaa hyödyntävät työhakemukset vaativat aiheena ehdottomasti jatkotutkimusta erityisesti sosiaalista mediaa hyödyntävien työhakemusten visuaalisuuden osalta.

Ordning och reda

Kirjallisuusarvostelu