Making the impact on research and society: a case study - open repository and crowdsourcing solutions developed for the Finno-Ugric Digitization Pilot Project at the National Library of Finland

Jussi-Pekka Hakkaraisen esitys 24. Kansainvälisessä tieteen-, teknologian ja lääketieteen historian kongressissa (24th International Congress of History of Science, Technology and Medicine) Manchesterissa 26.7.2013

Rules of The National Library of Finland

Confirmed by the director of the National Library of Finland on 25 Nov 2013

High Throughput Purification of Combinatorial Libraries by Preparative LC/MS

Viime vuosien nopea kehitys on kiihdyttänyt uusien lääkkeiden kehittämisprosessia. Kombinatorinen kemia on tehnyt mahdolliseksi syntetisoida suuria kokoelmia rakenteeltaan toisistaan poikkeavia molekyylejä, nk. kombinatorisia kirjastoja, biologista seulontaa varten. Siinä molekyylien rakenteeseen liittyvä aktiivisuus tutkitaan useilla erilaisilla biologisilla testeillä mahdollisten "osumien" löytämiseksi, joista osasta saatetaan myöhemmin kehittää uusia lääkeaineita. Jotta biologisten tutkimusten tulokset olisivat luotettavia, on syntetisoitujen komponenttien oltava mahdollisimman puhtaita. Tämän vuoksi tarvitaan HTP-puhdistusta korkealaatuisten komponenttien ja luotettavan biologisen tiedon takaamiseksi. Jatkuvasti kasvavat tuotantovaatimukset ovat johtaneet näiden puhdistustekniikoiden automatisointiin ja rinnakkaistamiseen. Preparatiivinen LC/MS soveltuu kombinatoristen kirjastojen nopeaan ja tehokkaaseen puhdistamiseen. Monet tekijät, esimerkiksi erotuskolonnin ominaisuudet sekä virtausgradientti, vaikuttavat preparatiivisen LC/MS puhdistusprosessin tehokkuuteen. Nämä parametrit on optimoitava parhaan tuloksen saamiseksi. Tässä työssä tutkittiin emäksisiä komponentteja erilaisissa virtausolosuhteissa. Menetelmä kombinatoristen kirjastojen puhtaustason määrittämiseksi LC/MS-puhdistuksen jälkeen optimoitiin ja määritettiin puhtaus joillekin komponenteille eri kirjastoista ennen puhdistusta.

Factors Related to Study Success at Lappeenranta University of Technology

Tutkimuksen avulla selvitettiin opintomenestykseen liittyviä tekijöitä Lappeenrannan teknillisessä korkeakoulussa (LTKK). Tutkimus liittyi opetuksen ja oppimisen kehitystyöhön tuotantotalouden osastolla. Tutkimuksen viitekehyksen muodosti oppimistuloksia selittävä malli, joka on laadittu Tynjälän (1999) kokoaman mallin perusteella. Tutkimuksen perusjoukko muodostui LTKK:n läsnä olevista perusopiskelijoista lukuun ottamatta jatko- ja vaihto-opiskelijoita. Opiskelijat jaettiin ositetulla otannalla ryhmiin, joissa suoritettiin yksinkertainen satunnaisotanta. Otoskoko oli 645 opiskelijaa. Tiedonkeruumenetelmänä oli Internet-kysely. Aineisto analysoitiin useiden kvantitatiivisten ja kvalitatiivisten menetelmien avulla. Tutkimuksen tuloksia voidaan pitää luotettavina ja tutkimuksen avulla saatiin tärkeää ja hyödyllistä tietoa opintomenestyksestä ja oppimisprosesseista. Tulosten perusteella merkittävimmät oppimistuloksiin positiivisesti liittyvät tekijät ovat syväsuuntautunut opiskelustrategia ja luottaminen omiin kykyihin, ja negatiiviset tekijät ovat oppimisen itsesäätelyn puute, omien kykyjen epäily ja pintasuuntautunut opiskelustrategia. Merkitysorientoituneet, itsesäätelykykyiset opiskelijat menestyivät LTKK:ssa parhaiten.

National Library and Library Network in Finland - Cooperation Being the Driving Force of Success

Kristiina Hormia-Poutasen esitys Danish Research Association -tapahtumassa Tanskassa 15.9.2011

The Finnish National Digital Library: a national service is developed in collaboration with a network of libraries, archives and museums

Insight-lehden numerossa 26 (Maaliskuu 2013) julkaistu artikkeli.

Selective inhibition of human tankyrases

Tankyrases belong to the Diphtheria toxin-like ADP-ribosyltransferase (ARTD) enzyme superfamily, also known as poly(ADP-ribose) polymerases (PARPs). They catalyze a covalent post-translational modification reaction where they transfer ADP-ribose units from NAD+ to target proteins. Tankyrases are involved in many cellular processes and their roles in telomere homeostasis, Wnt signaling and in several diseases including cancers have made them interesting drug targets. In this thesis project, selective inhibition of human tankyrases was studied. A homogeneous fluorescence-based assay was developed to screen the compound libraries. The assay is inexpensive, operationally easy, and performs well according to the statistical analysis. Assay suitability was confirmed by screening a natural product library. Flavone was identified as the most potent inhibitor in the library and this motivated us to screen a larger flavonoid library. Results showed that flavones were indeed the best inhibitor of tankyrases among flavonoids. To further study the structure-activity relationship, a small library of flavones containing single substitution was screened and potency measurements allowed us to generate structure-activity relationship. Compounds containing substitutions at 4´-position were more potent in comparison to other substitutions, and importantly, hydrophobic groups improved isoenzyme selectivity as well as the potency. A flavone derivative containing a hydrophobic isopropyl group (compound 22), displayed 6 nM potency against TNKS1, excellent isoenzyme selectivity and Wnt signaling inhibition. Protein interactions with compounds were studied by solving complex crystal structures of the compounds with TNKS2 catalytic domain. A novel tankyrase inhibitor (IWR-1) was also crystallized in complex with TNKS2 catalytic domain. The crystal structure of TNKS2 in complex with IWR-1 showed that the compound binds to adenosine site and it was the first known ARTD inhibitor of this kind. To date, there is no structural information available about the substrate binding with any of the ARTD family members; therefore NAD+ was soaked with TNKS2 catalytic domain crystals. However, analysis of crystal structure showed that NAD+ was hydrolyzed to nicotinamide. Also, a co-crystal structure of NAD+ mimic compound, EB-47, was solved which was used to deduce some insights about the substrate interactions with the enzyme. Like EB-47, other ARTD1 inhibitors were also shown to inhibit tankyrases. It indicated that selectivity of the ARTD1 inhibitors should be considered as some of the effects in cells could come from tankyrase inhibition. In conclusion, the study provides novel information on tankyrase inhibition and presents new insight into the selectivity and potency of compounds.

Theses and Dissertations Digital Library: Ten years of Open Access and Open Archives in Brazil

Poster at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014