Textual autocorrelation : formalism and illustrations

Abstract Textual autocorrelation is a broad and pervasive concept, referring to the similarity between nearby textual units: lexical repetitions along consecutive sentences, semantic association between neighbouring lexemes, persistence of discourse types (narrative, descriptive, dialogal...) and so on. Textual autocorrelation can also be negative, as illustrated by alternating phonological or morpho-syntactic categories, or the succession of word lengths. This contribution proposes a general Markov formalism for textual navigation, and inspired by spatial statistics. The formalism can express well-known constructs in textual data analysis, such as term-document matrices, references and hyperlinks navigation, (web) information retrieval, and in particular textual autocorrelation, as measured by Moran's I relatively to the exchange matrix associated to neighbourhoods of various possible types. Four case studies (word lengths alternation, lexical repulsion, parts of speech autocorrelation, and semantic autocorrelation) illustrate the theory. In particular, one observes a short-range repulsion between nouns together with a short-range attraction between verbs, both at the lexical and semantic levels. Résumé: Le concept d'autocorrélation textuelle, fort vaste, réfère à la similarité entre unités textuelles voisines: répétitions lexicales entre phrases successives, association sémantique entre lexèmes voisins, persistance du type de discours (narratif, descriptif, dialogal...) et ainsi de suite. L'autocorrélation textuelle peut être également négative, comme l'illustrent l'alternance entre les catégories phonologiques ou morpho-syntaxiques, ou la succession des longueurs de mots. Cette contribution propose un formalisme markovien général pour la navigation textuelle, inspiré par la statistique spatiale. Le formalisme est capable d'exprimer des constructions bien connues en analyse des données textuelles, telles que les matrices termes-documents, les références et la navigation par hyperliens, la recherche documentaire sur internet, et, en particulier, l'autocorélation textuelle, telle que mesurée par le I de Moran relatif à une matrice d'échange associée à des voisinages de différents types possibles. Quatre cas d'étude illustrent la théorie: alternance des longueurs de mots, répulsion lexicale, autocorrélation des catégories morpho-syntaxiques et autocorrélation sémantique. On observe en particulier une répulsion à courte portée entre les noms, ainsi qu'une attraction à courte portée entre les verbes, tant au niveau lexical que sémantique.

Segmentation and Clustering of Textual Sequences: a Typological Approach

The long term goal of this research is to develop a program able to produce an automatic segmentation and categorization of textual sequences into discourse types. In this preliminary contribution, we present the construction of an algorithm which takes a segmented text as input and attempts to produce a categorization of sequences, such as narrative, argumentative, descriptive and so on. Also, this work aims at investigating a possible convergence between the typological approach developed in particular in the field of text and discourse analysis in French by Adam (2008) and Bronckart (1997) and unsupervised statistical learning.

Range-Wide Sex-Chromosome Sequence Similarity Supports Occasional XY Recombination in European Tree Frogs (Hyla arborea).

In contrast with mammals and birds, most poikilothermic vertebrates feature structurally undifferentiated sex chromosomes, which may result either from frequent turnovers, or from occasional events of XY recombination. The latter mechanism was recently suggested to be responsible for sex-chromosome homomorphy in European tree frogs (Hyla arborea). However, no single case of male recombination has been identified in large-scale laboratory crosses, and populations from NW Europe consistently display sex-specific allelic frequencies with male-diagnostic alleles, suggesting the absence of recombination in their recent history. To address this apparent paradox, we extended the phylogeographic scope of investigations, by analyzing the sequences of three sex-linked markers throughout the whole species distribution. Refugial populations (southern Balkans and Adriatic coast) show a mix of X and Y alleles in haplotypic networks, and no more within-individual pairwise nucleotide differences in males than in females, testifying to recurrent XY recombination. In contrast, populations of NW Europe, which originated from a recent postglacial expansion, show a clear pattern of XY differentiation; the X and Y gametologs of the sex-linked gene Med15 present different alleles, likely fixed by drift on the front wave of expansions, and kept differentiated since. Our results support the view that sex-chromosome homomorphy in H. arborea is maintained by occasional or historical events of recombination; whether the frequency of these events indeed differs between populations remains to be clarified.

Mouse alarm pheromone shares structural similarity with predator scents.

Sensing the chemical warnings present in the environment is essential for species survival. In mammals, this form of danger communication occurs via the release of natural predator scents that can involuntarily warn the prey or by the production of alarm pheromones by the stressed prey alerting its conspecifics. Although we previously identified the olfactory Grueneberg ganglion as the sensory organ through which mammalian alarm pheromones signal a threatening situation, the chemical nature of these cues remains elusive. We here identify, through chemical analysis in combination with a series of physiological and behavioral tests, the chemical structure of a mouse alarm pheromone. To successfully recognize the volatile cues that signal danger, we based our selection on their activation of the mouse olfactory Grueneberg ganglion and the concomitant display of innate fear reactions. Interestingly, we found that the chemical structure of the identified mouse alarm pheromone has similar features as the sulfur-containing volatiles that are released by predating carnivores. Our findings thus not only reveal a chemical Leitmotiv that underlies signaling of fear, but also point to a double role for the olfactory Grueneberg ganglion in intraspecies as well as interspecies communication of danger.

DNA fingerprinting of glioma cell lines and considerations on similarity measurements.

Glioma cell lines are an important tool for research in basic and translational neuro-oncology. Documentation of their genetic identity has become a requirement for scientific journals and grant applications to exclude cross-contamination and misidentification that lead to misinterpretation of results. Here, we report the standard 16 marker short tandem repeat (STR) DNA fingerprints for a panel of 39 widely used glioma cell lines as reference. Comparison of the fingerprints among themselves and with the large DSMZ database comprising 9 marker STRs for 2278 cell lines uncovered 3 misidentified cell lines and confirmed previously known cross-contaminations. Furthermore, 2 glioma cell lines exhibited identity scores of 0.8, which is proposed as the cutoff for detecting cross-contamination. Additional characteristics, comprising lack of a B-raf mutation in one line and a similarity score of 1 with the original tumor tissue in the other, excluded a cross-contamination. Subsequent simulation procedures suggested that, when using DNA fingerprints comprising only 9 STR markers, the commonly used similarity score of 0.8 is not sufficiently stringent to unambiguously differentiate the origin. DNA fingerprints are confounded by frequent genetic alterations in cancer cell lines, particularly loss of heterozygosity, that reduce the informativeness of STR markers and, thereby, the overall power for distinction. The similarity score depends on the number of markers measured; thus, more markers or additional cell line characteristics, such as information on specific mutations, may be necessary to clarify the origin.

Spouse similarity in recollections of parenting received : a study in a nonclinical sample

Rapport de synthèse : L'article constituant le présent travail de thèse décrit une recherche portant sur des couples adultes recrutés dans la population générale, décrivant rétrospectivement les attitudes de leurs parents respectifs envers eux au cours de leur enfance. Le rôle joué par les attitudes d'attachement dans les relations adultes, et notamment les relations de couples, est bien démontré. De même, il est établi que les relations établies avec les parents dans l'enfance influencent le type d'attitude d'attachement qui prédominera à l'âge adulte. Dès lors, nous avons investigué l'existence, au sein de ces couples adultes, de souvenirs similaires quant aux attitudes prodiguées par les parents. Pour réaliser cette recherche, nous avons contacté tous les parents des enfants scolarisés en 2e/3e années et en 6e/7e années au sein des écoles de plusieurs communes de la région lausannoise, permettant de constituer un échantillon de 563 couples de parents. Au moyen d'autoquestionnaires, nous avons évalué pour chaque membre du couple : 1) sa description rétrospective des attitudes de ses deux parents envers lui pendant son enfance ; 2) le degré de sa symptomatologie psychiatrique actuelle ; et 3) son évaluation du degré d'ajustement dyadique actuel au sein du couple. La comparaison des scores des époux respectifs sur « l'échelle de lien parental » (PBI : Parental Bonding Instrument) a montré une ressemblance, au sein des couples, concernant la c chaleur et affection » (« Care ») témoignée au cours de l'enfance parle parent de même sexe que le sujet. Les analyses complémentaires effectuées semblent exclure que cette similarité soit due à des facteurs confondant comme l'âge, l'origine culturelle, le niveau socio-économique, ou le degré de symptomatologie psychiatrique. De même, cette similarité ne semble pas être attribuable à une convergence de vue grandissante des conjoints au cours de leur union. Par ailleurs, le degré d'ajustement dyadique s'est révélé être dépendant du degré cumulé de chaleur et d'affection tel que remémoré par chaque conjoint, et non du degré de similarité dans le couple pour ce qui concerne le souvenir de la chaleur et de l'affection reçues. Bien que basée sur des évaluations rétrospectives des attitudes parentales, et ne disposant pas d'une investigation psychiatrique standardisée incluant les critères diagnostiques, cette étude repose néanmoins sur un grand échantillon, recruté dans la population générale. Nos résultats ont notamment des implications concernant la santé des enfants. En effet, en raison de la similarité mise en évidence dans nos résultats, un enfant dont un des parents a reçu peu de chaleur et d'affection dans son enfance a plus de chances que son autre parent aie lui-même également reçu moins de chaleur et d'affection. De ce fait, d'une part l'ajustement dyadique du couple parental sera particulièrement bas, ce qui peut se répercuter sur les enfants du couple. D'autre part, comme les attitudes parentales se transmettent en partie de génération en génération, le même enfant risque d'être exposé, de la part de ses deux parents, à une attitude comportant peu de chaleur et d'affection, ce qui représente un risque de développement ultérieur des pathologies psychiatriques chez cet enfant.

Variants : The Journal of the European Society for Textual Scholarship

This volume is the 10th issue of Variants . In keeping with the mission of the European Society for Textual Scholarship, the articles are richly interdisciplinary and transnational. They bring to bear a wide range of topics and disciplines on the field of textual scholarship: historical linguistics, digital scholarly editing, classical philology, Dutch, English, Finnish and Swedish Literature, publishing traditions in Japan, book history, cultural history and folklore. The questions that are explored - what texts are worth editing? what is the nature of the relationship between text, work, document and book? what is a critical digital edition? - all return to fundamental issues that have been at the heart of the editorial discipline for decades. With refreshing insight they assess the increasingly hybrid nature of the theoretical considerations and practical methodologies employed by textual scholars, while reasserting the relevance and need for producing scholarly editions, whether in print or digital, and continuing advanced research in bibliographical codes, textual transmissions, genetic dossiers, the fluidity of texts and other such subjects that connect textual scholarship with broader investigations into our nations' literary culture and written heritage.

Parent-offspring similarity for childhood behaviorial inhibition and associations between inhibition and parental care

L'article constituant le présent travail de thèse décrit une recherche évaluant les similarités entre l'inhibition comportementale chez des enfants et leurs parents respectifs durant l'enfance, ainsi que l'association éventuelle entre l'inhibition et les attitudes parentales. L'inhibition comportementale - définie comme une prédisposition de l'enfant à réagir avec réticence et angoisse à des situations inhabituelles - est une caractéristique de tempérament qui apparaît tôt dans la vie et est relativement stable dans le temps. L'intérêt qui y est associé repose sur son association avec des conséquences développementales négatives pour l'individu: risque accentué chez les enfants d'inadaptation scolaire, de dysfonctionnement social et de sentiments de détresse; facteur de risque en ce qui concerne le développement ultérieur de troubles psychiatriques de l'adulte, dont les troubles anxieux en particulier. Nous avons dès lors investigué dans cette recherche 1) la présence d'une association entre l'inhibition comportementale actuelle des enfants et celle rétrospective de leurs parents, dans ses deux dimensions spécifiques, soit sociale (« peurs à l'école ») et non-sociale (« peurs générales »), et 2) si ces dimensions d'inhibition étaient associées au niveau de chaleur, d'affectivité et de soutien prodigués par les parents. C'est à partir de la récolte d'auto-questionnaires remplis dans le contexte d'une vaste étude initiée à Lausanne en 1994, que nous avons extrait un échantillon de 453 enfants scolarisés en 6/7ème années et 741 de leurs parents biologiques respectifs. Les analyses ont porté sur les auto-questionnaires évaluant, chez les enfants, leurs degrés d'inhibition comportementale, de symptomatologie psychiatrique actuelle et de perception de chaleur, d'affectivité et de soutien reçu de la part des parents, et, en ce qui concerne les parents, des auto¬questionnaires évaluant rétrospectivement leurs degrés d'inhibition comportementale durant l'enfance et de symptomatologie psychiatrique actuelle. La comparaison des scores des enfants avec ceux de leurs parents sur les échelles de l'inhibition comportementale (CSRCI-Child version of the Self-Report of Child Inhibition - et RSRI - Retrospective Self- Report of Inhibition -), montre la présence d'une similarité significative pour chacune des dimensions spécifiques, suggérant que les enfants de parents ayant présenté une inhibition comportementale dans l'enfance sont plus à risque d'en développer une à leur tour. Nous avons par ailleurs pu établir, au cours d'analyses complémentaires, que cette association se maintenait après l'ajustement des degrés de symptomatologie psychiatrique respectifs des enfants et de leurs parents, ce qui a permis d'écarter ce facteur confondant potentiel. Bien que la nature de cette association ne puisse être élucidée par cette recherche, le fait que la taille de l'effet soit modeste suggère qu'un rôle important dans le développement de l'inhibition soit joué par des facteurs environnementaux non partagés dans une famille. Un de ceux-ci semble suggéré par l'association négative qui apparaît dans cette étude entre le degré d'inhibition dans sa dimension « peurs à l'école » et l'attitude parentale: un bas niveau de chaleur, d'affectivité et de soutien perçu par l'enfant de la part de ses parents aurait ainsi une influence sur le développement de peurs en situations sociales en particulier. Alternativement, cette association négative pourrait suggérer que les peurs de l'enfant aient une influence négative sur le développement d'une attitude parentale de soutien ou, du moins, sur la perception de celle-ci par l'enfant. Il est aussi bien évidemment envisageable que ces processus interagissent dans une boucle de rétroaction. Seules des études longitudinales pourraient nous éclairer sur la nature de cette association. Quoi qu'il en soit, ce résultat présente un intérêt clinique pour orienter des interventions de prévention du développement de troubles psychiatriques chez des enfants inhibés, en proposant d'agir, soit directement sur les attitudes parentales, soit sur les peurs de l'enfant ainsi que sur les caractéristiques perçues par l'enfant de l'attitude parentale. Des études longitudinales sur les ressemblances entre les parents et leurs enfants concernant l'inhibition comportementale, incluant des études de jumeaux, d'enfants adoptés et de familles, sont nécessaires pour mieux comprendre les interactions entre les facteurs génétiques, familiaux et environnementaux dans le développement de l'inhibition comportementale des enfants.