THE USE OF SIMULATIONS IN EVOLUTIONARY POPULATION GENETICS: APPLICATIONS ON HUMANS, OWLS AND VIRTUAL ORGANISMS

Summary (in English) Computer simulations provide a practical way to address scientific questions that would be otherwise intractable. In evolutionary biology, and in population genetics in particular, the investigation of evolutionary processes frequently involves the implementation of complex models, making simulations a particularly valuable tool in the area. In this thesis work, I explored three questions involving the geographical range expansion of populations, taking advantage of spatially explicit simulations coupled with approximate Bayesian computation. First, the neutral evolutionary history of the human spread around the world was investigated, leading to a surprisingly simple model: A straightforward diffusion process of migrations from east Africa throughout a world map with homogeneous landmasses replicated to very large extent the complex patterns observed in real human populations, suggesting a more continuous (as opposed to structured) view of the distribution of modern human genetic diversity, which may play a better role as a base model for further studies. Second, the postglacial evolution of the European barn owl, with the formation of a remarkable coat-color cline, was inspected with two rounds of simulations: (i) determine the demographic background history and (ii) test the probability of a phenotypic cline, like the one observed in the natural populations, to appear without natural selection. We verified that the modern barn owl population originated from a single Iberian refugium and that they formed their color cline, not due to neutral evolution, but with the necessary participation of selection. The third and last part of this thesis refers to a simulation-only study inspired by the barn owl case above. In this chapter, we showed that selection is, indeed, effective during range expansions and that it leaves a distinguished signature, which can then be used to detect and measure natural selection in range-expanding populations. Résumé (en français) Les simulations fournissent un moyen pratique pour répondre à des questions scientifiques qui seraient inabordable autrement. En génétique des populations, l'étude des processus évolutifs implique souvent la mise en oeuvre de modèles complexes, et les simulations sont un outil particulièrement précieux dans ce domaine. Dans cette thèse, j'ai exploré trois questions en utilisant des simulations spatialement explicites dans un cadre de calculs Bayésiens approximés (approximate Bayesian computation : ABC). Tout d'abord, l'histoire de la colonisation humaine mondiale et de l'évolution de parties neutres du génome a été étudiée grâce à un modèle étonnement simple. Un processus de diffusion des migrants de l'Afrique orientale à travers un monde avec des masses terrestres homogènes a reproduit, dans une très large mesure, les signatures génétiques complexes observées dans les populations humaines réelles. Un tel modèle continu (opposé à un modèle structuré en populations) pourrait être très utile comme modèle de base dans l'étude de génétique humaine à l'avenir. Deuxièmement, l'évolution postglaciaire d'un gradient de couleur chez l'Effraie des clocher (Tyto alba) Européenne, a été examiné avec deux séries de simulations pour : (i) déterminer l'histoire démographique de base et (ii) tester la probabilité qu'un gradient phénotypique, tel qu'observé dans les populations naturelles puisse apparaître sans sélection naturelle. Nous avons montré que la population actuelle des chouettes est sortie d'un unique refuge ibérique et que le gradient de couleur ne peux pas s'être formé de manière neutre (sans l'action de la sélection naturelle). La troisième partie de cette thèse se réfère à une étude par simulations inspirée par l'étude de l'Effraie. Dans ce dernier chapitre, nous avons montré que la sélection est, en effet, aussi efficace dans les cas d'expansion d'aire de distribution et qu'elle laisse une signature unique, qui peut être utilisée pour la détecter et estimer sa force.

La fortuna di Luciano nel Rinascimento : il volgarizzamento del manoscritto Vaticano Chigiano L.VI.215 : edizione critica dei volgarizzamenti delle "Storie vere"

Résumé II lavoro verte sui volgarizzamenti quattro-cinquecenteschi di Luciano di Samosata, importante capitolo nella fortuna dell'autore greco, che diede l'avvio a quel vasto fenomeno chiamato "lucianesimo", esteso in Europa fino al XIX sec. In particolare fornisco l'edizione critica e commentata delle Storie vere volgarizzate, contenute nella prima, assai ampia (41 opuscoli), e per molto tempo unica, silloge lucianea in volgare, che ho datato a poco prima del 1480. Essa ci è giunta tramite un unico manoscritto, il Vaticano Chigiano L.VI.215, confezionato a Ferrara per Ercole I d'Este, nonché in almeno otto edizioni veneziane apparse fra il 1525 e il 1551. La princeps, da cui dipendono in vario modo tutte le edizioni successive, è pubblicata da Niccolò Zoppino. I1 ms. e le prime due edizioni (1525; 1527 Bindoni e Pasini) tacciono il nome del traduttore, che compare solo nell'edizione del 1529 (Zoppino): Niccolò Leoniceno (1428-1524), medico umanista e valente grecista, attivo a Ferrara dal 1464 al 1524, studioso e traduttore di Ippocrate e Galeno, editore di Aristotele e volgarizzatore di storici per Ercole d'Este. L'edizione ha richiesto uno studio preliminare sulle numerose traduzioni in latino e in volgare di Luciano, per valutare meglio le modalità della sua fortuna umanistica. Confrontando ms. e stampe, per le Storie vere si hanno due volgarizzamenti totalmente diversi, fin dal titolo: La vera historia nel ms., Le vere narrazioni nelle cinquecentine. Ma per l'ultimo quarto di testo, ms. e stampe in sostanza coincidono. La collazione ha coinvolto anche il testo greco (con gli apparati delle edizioni critiche) e la versione latina dell'umanista umbro Lilio Tifernate (1417/18-1486) risalente al 1439-43 ca., intitolata De veris narrationibus, di cui si hanno almeno tre redazioni d'autore; una quarta è invece dovuta probabilmente a Benedetto Bordon, che la inserì nella sua silloge latina di Luciano del 1494. Ho cosa stabilito che il volgarizzamento del ms. Chigiano, La vera historia, è stato eseguito direttamente dal greco, fatto eccezionale nel panorama delle traduzioni umanistiche, mentre quello a stampa, Le vere narrazioni, deriva dalla redazione Bordon del De veris narrationibus. La diversità dei titoli dipende dalle varianti dei codici greci utilizzati dai traduttori: il Vat. gr. 1323, o una sua copia, è utilizzato sia dal volgarizzatore del Chigiano, sia da Bordon, indipendentemente l'uno dall'altro; il Marc. gr. 434, o una sua copia, dal Tifernate. Il titolo latino mantenuto da Bordon risale al Tifernate. Per quanto riguarda l'attribuzione dei due volgarizzamenti, come già per altri due testi della silloge da me studiati (Lucio 01 Asino e Timone), anche per La vera historia del Chigiano è accettabile il nome di Niccolò Leoniceno, poiché: 1) essa è tradotta direttamente dal greco, correttamente e con buona resa in volgare, 2) Paolo Giovio -che conobbe di persona il Leoniceno -, negli Elogia veris clarorum virorum imaginibus apposita ricorda che i volgarizzamenti di Luciano e di Dione eseguiti dal Leoniceno piacquero molto ad Ercole d'Este, 3) nessuno nella prima metà del sec. XVI rivendica, per sé o per un suo maestro, il volgarizzamento di Luciano. Le vere narrazioni a stampa, tradotte dal latino del Bordon, dopo il 1494 e prima del 1525, per la parte che diverge dalla Vera historia rimangono invece anonime. Dato che si tratta di due volgarizzamenti distinti, ho allestito l'edizione a fronte dei due testi fin dove essi divergono, seguendo per l'uno il ms., per l'altro la princeps; per la parte finale, in cui confluiscono, mi baso invece sul manoscritto e relego in apparato le varianti più vistose della princeps (non è emerso un chiaro rapporto di dipendenza fra i due testimoni). Oltre all'apparato critico con le lezioni rifiutate, fornisco un commento con la giustificazione delle scelte e il confronto con i corrispondenti passi greci e latini.

Les bifurcations du récit interactif: continuité ou rupture?

Ainsi que l'affirmaient les premiers narratologues, le récit est une forme qui transcende les médias et si l'on peut reconnaître ses « avatars » jusque dans les jeux de rôle et les jeux vidéo, alors la confrontation entre narratologie et ludologie peut s'avérer une étape incontournable dans la refondation des concepts de la théorie du récit. Ainsi que l'affirmait récemment Werner Wolf : « une approche intermédiale peut [...] contribuer à éviter les généralisations unilatérales que l'on a pu observer dans les recherches mono-médiales antérieures » en particulier dans les travaux « centrés sur les textes verbaux » (Wolf 2003 : 193, n.t.). En retour, on peut espérer que ce recadrage conceptuel offre un point de vue nouveau sur les phénomènes narratifs, dont l'impact pourrait aller jusqu'à transformer notre appréhension des romans de l'âge baroque jusqu'aux fictions télévisuelles qui dominent le paysage médiatique contemporain. Ce numéro des Cahiers de narratologie est issu d'une journée d'étude qui s'est tenue à l'Université de Lausanne (UNIL) le 14 février 2014. Cette journée était organisée par Raphaël Baroni, Marc Marti, Claire Clivaz et Frédéric Kaplan et elle a bénéficié du soutien de l'EFLE (UNIL), du LADHUL (UNIL), du LIRCES (Université de Nice Sophia Antipolis), du DHLAB (Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne) et du Réseau romand de narratologie.

Etre médecin africain en Europe

Plusieurs milliers de médecins à diplômes africains, originaires du Maghreb, de l'Égypte et de l'Afrique au sud du Sahara exercent aujourd'hui en Europe. Si les pays d'Afrique du Nord et d'Égypte viennent largement en tête avec 75 % des effectifs, l'Afrique subsaharienne représente avec Madagascar et Maurice les 25 % restants. L'ouvrage d'Angèle Mendy se concentre sur les cas de la France, de la Grande-Bretagne et de la Suisse, trois pays aux contextes d'accueil bien différents. Ces docteurs du continent africain sont venus faire carrière dans les pays du Nord, principalement à l'appel de services hospitaliers ou d'agences de recrutement internationales, mais aussi comme praticiens libéraux. Ce sont des migrants qualifiés qui connaissent rarement des problèmes d'emploi dans leur pays d'origine, mais qui tentent leur chance dans des pays riches confrontés à des pénuries de personnel. À l'heure de la mondialisation, ces médecins ne sont pas différents des ingénieurs indiens ou chinois qui travaillent en Europe ou aux États- Unis ou des ingénieurs européens qui s'exportent en Chine ou au Qatar. Angèle Mendy nous offre une série d'analyses sur cette migration spécifique. Jouent d'abord les anciennes relations de l'Europe et de l'Afrique de l'époque coloniale, prolongées cinquante ans après les indépendances par de nombreux échanges : la médecine occidentale représente pour les médecins du Continent une valorisation professionnelle et de nouvelles compétences. Pour comprendre le phénomène, il y a aussi et tout autant les conditions difficiles de l'exercice de la médecine dans les pays d'origine (insécurité ou guerre civile, réseaux pro- fessionnels atteints par la corruption, revenus médiocres, équipements hospitaliers déficients, voire absents...). Comme tous les migrants, les médecins africains rêvent, eux aussi, de trouver un avenir meilleur. L'ouvrage nous livre de nombreuses informations sur les législations et les pratiques médicales des trois pays européens étudiés. S'appuyant sur les témoignages des médecins eux-mêmes, Angèle Mendy ne manque pas de souligner aussi les difficultés de cette immigration toute particulière.

Le déni de grossesse: étude rétrospective au CHUV

Ne réaliser que l'on est enceinte seulement lors de l'accouchement ? N'avoir aucun ou peu des symptômes habituels de la grossesse ? Ce phénomène étonnant appelé déni de grossesse (DG) existe et n'est pas aussi rare que l'on pourrait le penser1. Dans la littérature, la plupart des articles mentionnent une prévalence de 2 à 3 cas pour 1000 accouchements2. Le DG n'a pas une définition considérée comme universelle, mais globalement nous pouvons le définir comme étant la « non-reconnaissance d'une grossesse au-delà du premier trimestre, qui peut se prolonger jusqu'à l'accouchement et recouvrir ce dernier»2, nous parlons respectivement, à partir de 14 semaines d'aménorrhée, de déni partiel et total. Bien que les dénis partiels soient plus fréquents que les dénis totaux, ces derniers sont les plus impressionnants. Dans la population générale ainsi qu'au sein des professionnels de la santé ce phénomène est encore considéré comme « impossible », il reste incompris ou est, de façon présumée, lié à des causes bien spécifiques comme par exemple un très jeune âge, une origine étrangère ou un bas niveau social. Realising you're pregnant only while giving birth ? Having no or few of the usual symptoms of pregnancy? This strange phenomenon exists and is called denial of pregnancy, and it's not as rare as one might think1. Most research articles mention a prevalence of 2-3 cases per 1000 births2. Denial of pregnancy doesn't have a universal definition, but can be defined as the « unawareness of a pregnancy after the first trimester, which can last until and even through birth »2. We will therefore subsequently speak of partial or complete denial. While partial denial is more frequent than complete denial, the latter is the most impressive. Among general population and professionals, this phenomenon is still considered as «impossible», keeps beeing misunderstood or is attributed to specific causes, such as younger age, foreign nationality or low socioeconomic status. A better understanding of this phenomenon would allow us to improve the care of the women affected. Objectifs : 1. Définir la terminologie et l'entité « déni de grossesse ». 2. Réaliser une étude rétrospective à partir des archives médicales du CHUV afin d'analyser le phénomène en fonction de plusieurs caractéristiques bien définies puis comparer les résultats obtenus avec la littérature. Méthodes : Il s'est agit d'effectuer une revue de littérature à partir de recherches au centre de documentation et planning familial de Genève, dans les bases de données informatiques telles que PubMed/MedLine, SAPHIR, Web of Science ainsi que de la lecture de plusieurs livres (cf. Bibliographie). Nous avons parcouru non seulement les archives papier mais surtout les archives électroniques des dossiers des patientes admises pour un diagnostic de DG partiel ou total (ou de grossesse méconnue/ non suivie) dans le service de gynécologie-obstétrique (DGO) du CHUV entre 1999 et 2012. A partir du recueil de données, nous avons analysé la répartition du DG en fonction de plusieurs paramètres tels que la classe d'âge, le milieu social, les éventuelles grossesses antérieures, la réaction de la famille en particulier du partenaire/mari ainsi que l'évolution ou l'issue de ces situations cliniques. La documentation à disposition n'a permis qu'une recherche de cas dans les dossiers d'obstétrique. Cette approche ne tient ainsi pas compte des DG qui se sont soldées par une interruption de grossesse ou un avortement spontané du 2e trimestre. Nous avons étudié uniquement les DG dont les grossesses ont aboutit à un accouchement. Résultats : Le déni de grossesse s'est révélé être un phénomène fréquent aussi au CHUV avec une prévalence de 2 pour 1000 naissances. Les DG partiels (90%) ont été plus fréquents que les DG totaux (10%). Les adolescentes représentaient une minorité des patientes (7%). En moyenne, les femmes étaient âgées de 27 ans ; elles ont découvert leur grossesse aux allentours de la 25ème semaine d'aménorrhée (SA) en moyenne et étaient en majorité de nationalité étrangère (68%) ce qui ne diffère pas des proportions habituellement retrouvées dans les consultations obstétricales au sein du CHUV. Les enfants nés suite à un DG avaient un poids et une taille dans la norme avec une moyenne de 2934.7 grammes et une taille moyenne de 47.5 centimètres. Nous notons une prise pondérale d'en moyenne 11 kilogrammes et une augmentation du BMI de 5 points par rapport au BMI habituel. Seule une minorité de patientes consommaient activement ou avouent avoir consommé des substances illicites durant la grossesse (17%). Le tabac est le toxique le plus consommé (44%). Les patientes viennent de tous les milieux socio-économiques, bien qu'une part importante travaille dans le secteur tertiaire. Les femmes n'habitent généralement pas seules, ce qui prouve que le DG peut être « contagieux ». La plupart (62%) sont hospitalisées durant le même nombre de jours que les patientes qui ne font pas de DG, soit habituellement entre 4 et 5 jours. Le service de divers spécialistes comme les pédopsychiatres, les sages-femmes conseillères en périnatalité, le service social ou d'autres professionnels de santé a systématiquement été sollicité afin de répondre au mieux aux besoins des patientes en adaptant chaque situation au cas par cas en fonction des éventuelles demandes de la patiente ainsi que de l'évaluation clinique. Conclusion: Le DG n'a pas encore une définition claire considérée comme universelle, bien que ce terme soit utilisé depuis 1970 dans la pratique médicale courante. Les résultats de notre étude correspondent globalement aux résultats de la littérature. De manière générale, force est de constater qu'il n'y a pas de caractéristiques propres aux femmes victimes de DG que ce soit dans notre étude ou dans la littérature, ce qui nous empêche de dresser le portrait exact d'une personne à risque et ainsi prévenir de futurs cas.  La prise en charge s'est systématiquement déroulée en collaboration avec une équipe multidisciplinaire. Connaître les circonstances du DG permettrait d'éviter toute stigmatisation et mauvaise prise en charge. Nous ne pouvons pas espérer prévenir totalement le DG mais nous pouvons limiter ses conséquences. Une façon de le faire serait d'amener ce phénomène à la connaissance de tous, qu'ils soient des professionnels de la santé ou non. Pour les médecins, il s'agit de considérer une telle possibilité face à une femme en âge de procréer qui consulte pour des douleurs abdominales ou l'apparition d'autres symptômes liés habituellement à une grossesse comme par exemple les nausées, une prise de poids avec ou sans aménorrhée. Le DG est une expérience souvent traumatique. L'issue n'est pas nécessairement dramatique ni pour la mère, l'enfant, le géniteur ou l'entourage. Plus la découverte se fait tôt dans la grossesse plus il reste de temps pour l'encadrement et l'acceptation de celle-ci.