The M-Coffee web server: a meta-method for computing multiple sequence alignments by combining alternative alignment methods.

The M-Coffee server is a web server that makes it possible to compute multiple sequence alignments (MSAs) by running several MSA methods and combining their output into one single model. This allows the user to simultaneously run all his methods of choice without having to arbitrarily choose one of them. The MSA is delivered along with a local estimation of its consistency with the individual MSAs it was derived from. The computation of the consensus multiple alignment is carried out using a special mode of the T-Coffee package [Notredame, Higgins and Heringa (T-Coffee: a novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. J. Mol. Biol. 2000; 302: 205-217); Wallace, O'Sullivan, Higgins and Notredame (M-Coffee: combining multiple sequence alignment methods with T-Coffee. Nucleic Acids Res. 2006; 34: 1692-1699)] Given a set of sequences (DNA or proteins) in FASTA format, M-Coffee delivers a multiple alignment in the most common formats. M-Coffee is a freeware open source package distributed under a GPL license and it is available either as a standalone package or as a web service from www.tcoffee.org.

Internet au service du patrimoine. Cartographie dynamique de l'inventaire des géotopes d'importance nationale

L'inventaire des géotopes d'importance nationale, aujourd'hui proche de son état final, est le fruit d'un long travail de sélection, de documentation ainsi que de définition et de numérisation des périmètres des sites initié dans les années 1990 par le groupe de travail pour la protection des géotopes en Suisse (Strasser et al. 1995, Berger et al. 2008). Il représente un outil au service de la diffusion et à la promotion du géopatrimoine suisse, auprès de la population en général et des professionnels des géosciences en particulier, dans un but de valorisation patrimoniale et de protection et par une sensibilisation à la valeur particulière et à la vulnérabilité des géotopes.¦C'est dans cet objectif qu'a été développée une interface cartographique rendant accessible sur Internet le contenu de cet inventaire. L'outil de web mapping utilisé - GoogleMaps API - permet en effet d'enrichir une interface de navigation intuitive de diverses fonctions additionnelles offertes par la cartographie sur internet (Kraak 2004, Plewe 2007). La carte n'est donc pas seulement une représentation de la réalité permettant la localisation de différents objets, mais également un outil de recherche thématique et spatiale ainsi qu'un index reliant chaque objet cartographié à diverses informations.¦Porte d'accès aux données des site à une échelle individuelle ou globale, mais aussi outil d'exploration, cette interface propose plusieurs niveaux d'utilisation, correspondant aux diverses interactions possibles avec ces données : naviguer et découvrir les sites, réaliser des sélections multiples, comparer les géotopes à d'autres données, comme l'inventaire fédéral des paysages. L'utilisateur peut ainsi produire à chaque fois la carte qui répond à ses besoins et à ses questions. En donnant à tous accès au contexte et aux particularités de chaque site par delà la globalité abstraite de l'inventaire, cette application se veut avant tout un outil au service de la médiation du géopatrimoine.

Benchmarking therapeutic drug monitoring software: A review of available computer tools

Therapeutic drug monitoring (TDM) aims to optimize treatments by individualizing dosage regimens based on the measurement of blood concentrations. Dosage individualization to maintain concentrations within a target range requires pharmacokinetic and clinical capabilities. Bayesian calculations currently represent the gold standard TDM approach but require computation assistance. In recent decades computer programs have been developed to assist clinicians in this assignment. The aim of this survey was to assess and compare computer tools designed to support TDM clinical activities. The literature and the Internet were searched to identify software. All programs were tested on personal computers. Each program was scored against a standardized grid covering pharmacokinetic relevance, user friendliness, computing aspects, interfacing and storage. A weighting factor was applied to each criterion of the grid to account for its relative importance. To assess the robustness of the software, six representative clinical vignettes were processed through each of them. Altogether, 12 software tools were identified, tested and ranked, representing a comprehensive review of the available software. Numbers of drugs handled by the software vary widely (from two to 180), and eight programs offer users the possibility of adding new drug models based on population pharmacokinetic analyses. Bayesian computation to predict dosage adaptation from blood concentration (a posteriori adjustment) is performed by ten tools, while nine are also able to propose a priori dosage regimens, based only on individual patient covariates such as age, sex and bodyweight. Among those applying Bayesian calculation, MM-USC*PACK© uses the non-parametric approach. The top two programs emerging from this benchmark were MwPharm© and TCIWorks. Most other programs evaluated had good potential while being less sophisticated or less user friendly. Programs vary in complexity and might not fit all healthcare settings. Each software tool must therefore be regarded with respect to the individual needs of hospitals or clinicians. Programs should be easy and fast for routine activities, including for non-experienced users. Computer-assisted TDM is gaining growing interest and should further improve, especially in terms of information system interfacing, user friendliness, data storage capability and report generation.

Les intermédiaires, acteurs clés des réseaux Internet transnationaux. Le cas des cybercafés de Bamako

Contrairement à ce que prônent les auteurs des « discours d'accompagnement » de l'Internet, les échanges par courriel sont souvent médiatisés. C'est du moins ce que l'on observe dans les cybercafés de Bamako, au Mali, où de nombreux acteurs prennent place entre les clients de ces établissements et leurs correspondants. Cet article vise à présenter le profil de ces intermédiaires, leur place dans les réseaux transnationaux et à inventorier les « capitaux » - sociaux, symboliques et économiques - que cette fonction leur confère. Car, en interprétant ce rôle de « passeur », ces intermédiaires se positionnent comme des acteurs incontournables. Cependant, les bénéfices obtenus ne sont pas forcément ceux auxquels on pourrait s'attendre : les capitaux symboliques tendent, en effet, à l'emporter sur les gains sociaux.

Cybercafés de Bamako : les usages de l'Internet au prisme de la parenté et des classes d'âge

Au Mali, les technologies de l'information et de la communication ont suscité un vif engouement. Portés par l'ancien Président Alpha Oumar Konaré, de nombreux projets gouvernementaux ont vu le jour. Parallèlement, les cybercafés se sont multipliés : moins de dix en 1997, ils étaient presque plus de 120 en 2006. Si les possibilités de se connecter à domicile et sur son lieu de travail se sont développées, les cybercafés restent des espaces idéaux pour découvrir les pratiques numériques. Une façon d'étudier les usages de l'Internet est de s'intéresser aux liens qui se nouent autour de l'ordinateur. La situation est complexe à Bamako, car les personnes qui accompagnent les clients des cybercafés sont nombreuses. L'analyse de cette nébuleuse relationnelle est l'occasion de procéder à un double détour. Géographique tout d'abord, dans la mesure où l'anthropologue est conduit à quitter le cybercafé pour se rendre dans l'espace social plus vaste appelé Cyber. Disciplinaire ensuite puisque son regard se déplace progressivement du média vers l'étude des règles qui régissent la parenté et les classes d'âge.

Visibilité et diffusion de la recherche qualitative en psychologie à partir des sites Internet : une étude préliminaire.

Les méthodes de recherche qualitative en psychologie connaissent une diffusion de plus en plus importante, soutenue notamment par le développement phénoménal des réseaux de l'Internet. Nos investigations mettent en lumière diverses catégories de sites liés à la recherche qualitative, pour la plupart issues de grandes institutions nord-américaines. Cependant, la présence d'autant d'informa- tions sur le Web pose la question de la crédibilité des sites disponibles et de leur visibilité : en effet, si une certaine qualité peut être attendue des sites émanant d'institutions officielles, en termes de qualité d'information et de facilité d'accès, en revanche, il s'avère plus difficile d'évaluer certaines pages se réclamant pourtant de la recherche scientifique. Dans cet article, nous présentons quelques sites et liens Internet susceptibles de séduire les chercheurs intéressés par les méthodes qualitatives en psychologie.