Pathological video game use among young Swiss men: the use of monothetic and polythetic formats to distinguish between pathological, excessive and normal gaming

There is no agreement about the distinction between pathological, excessive and normal gaming. The present study compared two classifications for defining pathological gaming: the polythetic format (gamers who met at least half of the criteria) and monothetic format (gamers who met all criteria). Associations with mental, health and social issues were examined to assess differences between subgroups of gamers. A representative sample of 5,663 young Swiss men filled in a questionnaire as part of the ongoing Cohort Study on Substance Use Risk Factors (C-SURF). Game use was assessed with the Game Addiction Scale. Mental, social and physical factors (depression, anxiety, aggressiveness, physical and mental health, social and health consequences), gambling and substance use (illicit drug use, alcohol dependence and problematic cannabis use) were also assessed. The results indicated that monothetic gamers shared problems with polythetic gamers, but were even more inclined to mental health issues (depression, anxiety, and aggressiveness) and were more vulnerable to other dependencies like substance use, alcohol dependence or gambling. A second analysis using Latent Class Analysis confirmed the distinction between monothetic and polythetic gamers. These findings support the use of a monothetic format to diagnose pathological gaming and to differentiate it from excessive gaming.

The eukaryotic promoter database (EPD).

The Eukaryotic Promoter Database (EPD) is an annotated non-redundant collection of eukaryotic POL II promoters for which the transcription start site has been determined experimentally. Access to promoter sequences is provided by pointers to positions in nucleotide sequence entries. The annotation part of an entry includes a description of the initiation site mapping data, exhaustive cross-references to the EMBL nucleotide sequence database, SWISS-PROT, TRANSFAC and other databases, as well as bibliographic references. EPD is structured in a way that facilitates dynamic extraction of biologically meaningful promoter subsets for comparative sequence analysis. WWW-based interfaces have been developed that enable the user to view EPD entries in different formats, to select and extract promoter sequences according to a variety of criteria, and to navigate to related databases exploiting different cross-references. The EPD web site also features yearly updated base frequency matrices for major eukaryotic promoter elements. EPD can be accessed at http://www.epd.isb-sib.ch

Big data and other challenges in the quest for orthologs.

Given the rapid increase of species with a sequenced genome, the need to identify orthologous genes between them has emerged as a central bioinformatics task. Many different methods exist for orthology detection, which makes it difficult to decide which one to choose for a particular application. Here, we review the latest developments and issues in the orthology field, and summarize the most recent results reported at the third 'Quest for Orthologs' meeting. We focus on community efforts such as the adoption of reference proteomes, standard file formats and benchmarking. Progress in these areas is good, and they are already beneficial to both orthology consumers and providers. However, a major current issue is that the massive increase in complete proteomes poses computational challenges to many of the ortholog database providers, as most orthology inference algorithms scale at least quadratically with the number of proteomes. The Quest for Orthologs consortium is an open community with a number of working groups that join efforts to enhance various aspects of orthology analysis, such as defining standard formats and datasets, documenting community resources and benchmarking. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: All such materials are available at http://questfororthologs.org. CONTACT: erik.sonnhammer@scilifelab.se or c.dessimoz@ucl.ac.uk.

The mzTab Data Exchange Format: Communicating Mass-spectrometry-based Proteomics and Metabolomics Experimental Results to a Wider Audience.

The HUPO Proteomics Standards Initiative has developed several standardized data formats to facilitate data sharing in mass spectrometry (MS)-based proteomics. These allow researchers to report their complete results in a unified way. However, at present, there is no format to describe the final qualitative and quantitative results for proteomics and metabolomics experiments in a simple tabular format. Many downstream analysis use cases are only concerned with the final results of an experiment and require an easily accessible format, compatible with tools such as Microsoft Excel or R. We developed the mzTab file format for MS-based proteomics and metabolomics results to meet this need. mzTab is intended as a lightweight supplement to the existing standard XML-based file formats (mzML, mzIdentML, mzQuantML), providing a comprehensive summary, similar in concept to the supplemental material of a scientific publication. mzTab files can contain protein, peptide, and small molecule identifications together with experimental metadata and basic quantitative information. The format is not intended to store the complete experimental evidence but provides mechanisms to report results at different levels of detail. These range from a simple summary of the final results to a representation of the results including the experimental design. This format is ideally suited to make MS-based proteomics and metabolomics results available to a wider biological community outside the field of MS. Several software tools for proteomics and metabolomics have already adapted the format as an output format. The comprehensive mzTab specification document and extensive additional documentation can be found online.

Microbiological diagnosis of community-acquired respiratory tract infections by nucleic acid detection.

Background: Microbiological diagnostic procedures have changed significantly over the last decade. Initially the implementation of the polymerase chain reaction (PCR) resulted in improved detection tests for microbes that were difficult or even impossible to detect by conventional methods such as culture and serology, especially in community-acquired respiratory tract infections (CA-RTI). A further improvement was the development of real-time PCR, which allows end point detection and quantification, and many diagnostic laboratories have now implemented this powerful method. Objective: At present, new performant and convenient molecular tests have emerged targeting in parallel many viruses and bacteria responsible for lower and/or upper respiratory tract infections. The range of test formats and microbial agents detected is evolving very quickly and the added value of these new tests needs to be studied in terms of better use of antibiotics, better patient management, duration of hospitalization and overall costs. Conclusions: Molecular tools for a better microbial documentation of CA-RTI are now available. Controlled studies are now required to address the relevance issue of these new methods, such as, for example, the role of some newly detected respiratory viruses or of the microbial DNA load in a particular patient at a particular time. The future challenge for molecular diagnosis will be to become easy to handle, highly efficient and cost-effective, delivering rapid results with a direct impact on clinical management.

The pattern and Loci of training-induced brain changes in healthy older adults are predicted by the nature of the intervention.

There is enormous interest in designing training methods for reducing cognitive decline in healthy older adults. Because it is impaired with aging, multitasking has often been targeted and has been shown to be malleable with appropriate training. Investigating the effects of cognitive training on functional brain activation might provide critical indication regarding the mechanisms that underlie those positive effects, as well as provide models for selecting appropriate training methods. The few studies that have looked at brain correlates of cognitive training indicate a variable pattern and location of brain changes - a result that might relate to differences in training formats. The goal of this study was to measure the neural substrates as a function of whether divided attentional training programs induced the use of alternative processes or whether it relied on repeated practice. Forty-eight older adults were randomly allocated to one of three training programs. In the SINGLE REPEATED training, participants practiced an alphanumeric equation and a visual detection task, each under focused attention. In the DIVIDED FIXED training, participants practiced combining verification and detection by divided attention, with equal attention allocated to both tasks. In the DIVIDED VARIABLE training, participants completed the task by divided attention, but were taught to vary the attentional priority allocated to each task. Brain activation was measured with fMRI pre- and post-training while completing each task individually and the two tasks combined. The three training programs resulted in markedly different brain changes. Practice on individual tasks in the SINGLE REPEATED training resulted in reduced brain activation whereas DIVIDED VARIABLE training resulted in a larger recruitment of the right superior and middle frontal gyrus, a region that has been involved in multitasking. The type of training is a critical factor in determining the pattern of brain activation.

Use of nicotine substitute prescribed at hourly plus ab libitum intake or ad libitum for heavy smokers willing to quit: a randomized controlled trial.

OBJECTIVE: To assess the impact of instructional guidance in the regular use of use nicotine nasal spray (NNS) on the true use of NNS during the first three weeks of smoking cessation for heavy smokers who are willing to quit. METHODS: This randomized, open, controlled trial included 50 patients who were heavy smokers, were willing to quit, and attending an academic outpatient clinic in Western Switzerland. Patients were randomised to instruction on NNS use as "ad libitum" (administration whenever cravings appear; control group) or to use NNS when craving appears and at least every hour when awake (intervention group). Intakes were monitored using an electronic device fixed in the spray unit (MDILog) during the first three weeks of use. Self reported abstinence from smoking at six months was confirmed by expired-air carbon monoxide. Using intention-to-treat analysis, random-effect GLS regression was used to calculate the mean difference of daily doses between groups controlling for lack of independence between measures from the same individual. RESULTS: One patient was lost to follow-up. At baseline randomization, the group receiving instruction to use NNS hourly included more women, patients with previous desires to quit, and patients with more psychiatric comorbidities and less somatic complaints compared to the group instructed to use NNS with cravings (group imbalance). Both groups self-administered more than the daily recommended dosage of 8 uses. Mean daily usage was 13.6 dose/day and 11.1 dose/day for the group instructed to use NNS hourly and with cravings, respectively. Adjusting for baseline imbalance, the increased daily doses in the intervention group (hourly use) remained nonsignificant compared to ad libitum use (-0.5 dose/day; CI 95% -6.2; 5.3, from day 1 to day 7; and 2.3 dose/day; CI 95% -5.4; 10.0, from day 8 to day 21). Instructing patients to use the NNS daily had no effect on smoking cessation at six months (RR = 0.69; CI 95% 0.34; 1.39). CONCLUSION: Heavy smokers willing to quit use NNS frequently, regardless of the instructions given. Recommending the use of NNS only when craving appears for heavy smokers willing to quit seems acceptable compared to prescribing hourly administration. TRIAL REGISTRATION: ClinicalTrials.gov: NCT00861276.

The Eukaryotic Promoter Database EPD: the impact of in silico primer extension.

The Eukaryotic Promoter Database (EPD) is an annotated non-redundant collection of eukaryotic POL II promoters, experimentally defined by a transcription start site (TSS). There may be multiple promoter entries for a single gene. The underlying experimental evidence comes from journal articles and, starting from release 73, from 5' ESTs of full-length cDNA clones used for so-called in silico primer extension. Access to promoter sequences is provided by pointers to TSS positions in nucleotide sequence entries. The annotation part of an EPD entry includes a description of the type and source of the initiation site mapping data, links to other biological databases and bibliographic references. EPD is structured in a way that facilitates dynamic extraction of biologically meaningful promoter subsets for comparative sequence analysis. Web-based interfaces have been developed that enable the user to view EPD entries in different formats, to select and extract promoter sequences according to a variety of criteria and to navigate to related databases exploiting different cross-references. Tools for analysing sequence motifs around TSSs defined in EPD are provided by the signal search analysis server. EPD can be accessed at http://www.epd. isb-sib.ch.

Le lien entre consommation de psychotropes et délinquance : rapport de synthèse

4. Résumés 4.1. Consommation de psychotropes et délinquance dans une perspective comparative internationale 4.1.1. Titre original de la publication et indications bibliographiques : Ribeaud, Denis (2003). << Drug use and crime >>, In: Junger-Tas, J., I. Marshall & D. Ribeaud : Delinquency in an International Perspective : The International Self-Reported Delinquency Study (ISRD), 65-90. Monsey (NY) USA & The Hague, NL: Criminal Justice Press & Kugler Publications. 4.1.2. Résumé Il s'agit ici d'un chapitre dans une monographie portant sur des analyses comparatives menées avec les données de l'International Self-Reported Delinquency Study (ISRD). Le but primaire de cette étude était d'étudier différences et similarités entre différents pays occidentaux d'une part quant à la prévalence et à l'incidence de différents types de délinquance juvénile et d'autre part quant aux facteurs de risques et aux causes de cette délinquance. L'étude a été menée - selon le pays - soit sur la base d'interviews personnelles standardisées soit sur la base de questionnaires écrits et complétés en classe. En tout, l'échantillon analysé comprend 10'843 jeunes âgés entre 14 et 21 ans et provenant des pays Suivants: Belgique, Allemagne, Angleterre et Pays de Galles, Finlande, Italie, Pays-Bas, Irlande du Nord, Portugal, Espagne, Etats-Unis, Suisse. De plus amples informations sur la méthodologie de cette étude se trouvent au deuxième chapitre de l'ouvrage. Le chapitre portant sur la consommation de psychotropes ainsi que sur le lien entre consommation de psychotropes et délinquance traite les questions de recherche esquissées au chapitre précédent. Elles sont brièvement récapitulées ci-dessous ensemble avec les méthodes choisies pour les analyses correspondantes ainsi que les résultats qui en ont découlé. La première question - d'ordre méthodologique - porte sur l'appréciation de la validité externe des taux de prévalence trouvés dans l'échantillon ISRD. La validité externe a été établie en corrélant les taux de prévalence ISRD avec ceux trouvés dans cinq autres études présentant des taux méthodologiquement comparables. Les résultats suggèrent que la validité externe peut être caractérisée de satisfaisante pour autant que les comparaisons soient menées avec des séries de données de qualité - soit d'un niveau de standardisation - comparable à celle des données ISRD. La validité des données ayant été établie, nous avons ensuite comparé la prévalence de la consommation de cannabis et d'un groupe de substances dites « dures » (héroïne, cocaïne, LSD, amphétamines et autres produits stupéfiants de synthèse) entre les différents échantillons étudiés. Les résultats montrent tout d'abord des différences fort prononcées entre les différents pays et villes étudiés. Ensuite, on constate une corrélation prononcée entre les taux de consommation de cannabis et ceux d'autres stupéfiants. De manière générale, les pays anglophones présentent les taux de consommation les plus élevés. Les taux de consommation de « drogues dures » plus élevé dans ces pays s'expliquent pour une bonne partie du fait de la disponibilité dans ces pays de produits stupéfiants de synthèse encore largement inconnus à l'époque sur le continent. Nous avons ensuite étudié les différences de sexe par rapport à la consommation de psychotropes. Dans le groupe des 14 à 18 ans qui est typiquement celui avec les taux de délinquance les plus élevés, ces différences sont plus atténuées que pour d'autres types de délinquance juvénile. En comparant les différents échantillons l'on décèle à nouveau de grandes variations entre les pays étudiés : Contrairement aux autres échantillons, l'Angleterre, la Finlande, les Etats-Unis et l'Allemagne ne présentent quasiment pas de différences entre les sexes. Dans le groupe des 19 à 21 ans les différences entre les sexes sont nettement plus marquées. Nous avons tenté d'expliquer cette interaction entre âge et sexe avec une socialisation différentielle des sexes à l'usage de stupéfiants : Ainsi les filles seraient plutôt initiées à la consommation par des partenaires plus âgées, alors que les garçons apprendraient l'usage de stupéfiants plutôt par des pairs du même âge. L'analyse de l'âge d'initiation à la consommation des différentes substances présente des similarités frappantes entre les échantillons étudiés Plus une substances est proscrites et plus sa consommation est marginalisée, plus élevé est l'âge d'initiation. C'est ainsi que la consommation d'alcool débute en moyenne à 13,5 ans, celle de cannabis 15,0 et celle d'autres stupéfiants à 15,8 ans. Les âges d'initiation aux stupéfiants sont le plus bas aux Etats-Unis, suivi de l'Angleterre et des pays ibériques. De manière générale, nous avons pu déceler une forte corrélation négative entre l'âge d'initiation à la consommation d'une substance illicite et le taux de prévalence : Plus ce taux de consommation est élevé dans un pays donné, plus l'âge d'initiation est bas. Cela suggère que l'âge d'initiation est lié à la disponibilité d'une substance. Concernant le « chevauchement » entre la consommation de différentes substances, nous avons à nouveau constaté de grande similarités entre les différents échantillons : Presque tous les consommateurs de cannabis sont aussi consommateurs d'alcool, alors que l'inverse n'est pas le cas. Similairement, presque tous les consommateurs de « drogues dures » ont déjà fait usage de cannabis, [ors qu'inversement la majorité des consommateurs de cannabis n'a mais utilisé d'autres stupéfiants. En tenant compte que biographiquement la consommation d'alcool et de cannabis précède .11e d'autres stupéfiants, ces observations nous mènent à conclure que la consommation d'alcool et de cannabis est une condition quasiment nécessaire, mais non suffisante, à l'initiation à d'autres stupéfiants. Fous discuterons plus bas les différences du niveau de chevauchement âtre les échantillons. Nos analyses sur le lien entre consommation de psychotropes et délinquance montrent qu'il existe, dans tous les échantillons, une corrélation prononcée entre consommation de stupéfiants d'une part, et e délinquance violente et contre la propriété d'autre part. Afin 'élucider un éventuel ordre causal entre les délits contre la propriété et la consommation de stupéfiants, nous avons ensuite étudié la séquence e leurs âges d'initiation respectifs. Typiquement, la commission de délits contre la propriété précède la consommation de substances licites. Par contre, si on limite l'analyse à de sérieux délits contre la propriété, on trouvera que, typiquement, l'initiation à la consommation de stupéfiants précédera ce type de délinquance. Ceci pourrait donc indiquer que la commission de délits sérieux contre la propriété est une cause directe du besoin d'argent généré par une consommation de stupéfiants habituelle (délinquance « économico compulsive ») ou du moins indiquer une plus forte attache dans un milieu délinquant du fait de la consommation de substances illicites (stade du « renforcement mutuel »). Un des buts des analyses comparatives présentées dans ce chapitre était aussi de déceler un éventuel impact des différentes politiques en matière de stupéfiants sur les taux de consommation. De manière générale, aucun lien n'a pu être établi entre le niveau de répression de la consommation et les taux de consommation. En effet, les taux de consommation les plus élevés ainsi que les âges d'initiation les plus bas ont été décelés pour les Etats-Unis, soit un des pays occidentaux poursuivant probablement une des plus strictes politiques en matière de stupéfiants autant licites qu'illicites, en particulier en ce qui concerne les mineurs. D'autre part, la politique en matière de cannabis relativement libérale que poursuivent les Pays-Bas génère des taux de consommation correspondant à la moyenne occidentale. Cependant, les différents résultats trouvés pour les Pays-Bas indiquent que la politique de séparation du marché du cannabis de ceux d'autres stupéfiants poursuivie dans ce pays semble avoir atteint ses buts à différents niveaux. Alors que le taux de consommation de cannabis n'est pas plus élevé que dans la moyenne européenne, le taux de consommation d'autres stupéfiants se trouve être parmi les plus bas décelés dans les échantillons analysés, de même que le taux de « chevauchement » entre la consommation de cannabis et celle d'autres stupéfiants. Par ailleurs, il semble que cette politique de séparation a aussi un effet bénéfique sur l'âge d'initiation à la consommation d'autres stupéfiants puisque aux Pays-Bas cet âge se trouve être parmi les plus élevés. Ces observations semblent donc indiquer qu'aux Pays-Bas la limite séparant la consommation de cannabis de celle d'autres stupéfiants semble plus « difficile » à franchir que dans d'autres pays. A l'autre extrême du spectre des politiques en matière de stupéfiants, on constate que la politique plus globalement répressive menée aux Etats-Unis est associée à un chevauchement beaucoup plus prononcé entre la consommation de cannabis et celle d'autres stupéfiants. En d'autres termes, il semble que plus une politique en matière de stupéfiants est indifféremment répressive, plus elle facilitera le passage de la consommation de cannabis à celle d'autres stupéfiants, sans pour autant diminuer le niveau global de consommation, alors qu'une politique tentant de séparer les différents marchés en se montrant plus tolérante envers certaines substances moins addictives limitera le taux de ceux passant à usage de substances plus nocives. Nous sommes bien évidemment conscients qu'il s'agit ici de considérations rudimentaires basées sur une comparaison des extrêmes. C'est pourquoi, dans le chapitre final de l'ouvrage, nous avons tenté d'indiquer quels efforts devraient être entrepris afin de mieux opérationnaliser les politiques nationales en matière de stupéfiants. En effet, ce n'est que sur la base de tels efforts de standardisation qu'une analyse comparative quantitative satisfaisant à des critères scientifiques plus rigoureux deviendrait possible et permettrait dès lors de mieux dégager l'impact des politiques mises en oeuvre. 4.1.3. Contribution personnelle à cette recherche Le projet ISRD a été conçu entre 1988 et 1990 par un groupe de chercheurs qui s'était initialement rencontré dans le cadre d'un atelier international de l'OTAN sur les méthodes avancées organisé par le prof. Malcolm W. Klein et le Centre de recherche et de documentation du Ministère de la Justice des Pays-Bas (WODC). Par la suite c'est ce -même ministère qui sous l'égide du Prof. Josine Junger-Tas s'est chargé de la coordination du projet. La récolte de données dans les différents pays s'est déroulée entre 1991 et 1992 sous la direction des groupes de recherches nationaux respectifs. Après la parution du premier volume sur cette recherche en 1994 (Junger-Tas et al., 1994) présentant les résultats individuellement au niveau de chaque pays, le WODC s'est chargé d'assembler les bases de données des différents échantillons en une seule base de donnée en vue des analyses comparatives. Faute de fonds, il fallu attendre une requête du Prof. Martin Killias auprès du FNRS pour reprendre les travaux. C'est dans le cadre du projet ainsi octroyé que j'ai réalisé entre septembre 1999 et juin 2002, ensemble avec les Prof. Josine Junger-Tas et Ineke Haen Marshall, ma recherche sur la base de données ISRO. La première tâche a consisté à achever les efforts de standardisation entamés par le WODC. Bien qu'<< invisibles >>, ce n'est que sur la base de ces fastidieux travaux que des analyses comparatives dignes de ce nom ont été rendues possible. De manière générale, les données ont été standardisées par rapport aux populations retenues dans l'échantillon, par rapport aux modalités des réponses - certains chercheurs avaient opté pour d'autres formats de réponses que leurs collègues - ainsi que par rapport à la codification des valeurs manquantes. Dans un deuxième temps, nous avons créé différents indicateurs de la délinquance juvénile (variables dépendantes) ainsi qu'une série de variables explicatives sur la base de recodifications et recombinaisons des variables originales. Ce n'est qu'après ces travaux préparatifs décrits en détail au chapitre 2 de l'ouvrage que les analyses proprement dites ont été effectuées. Ainsi, ma contribution à l'ouvrage en question a consisté à standardiser la base de données tel que nous l'avions reçue du WODC, ensuite à créer des variables en vue des analyses comparatives et finalement à effectuer tolites les analyses présentées dans l'ouvrage sauf celles du chapitre 7. Pour ce qui est des travaux de rédaction, j'y ai contribué comme auteur unique du chapitre 5, soit celui faisant partie de la présente thèse de doctorat, ainsi que comme co-auteur des chapitres 1, 2, 6 et 8. 4.2. Le lien « drogue-criminalité » dans la perspective de la théorie du contrôle de soi de Gottfredson et Hirschi 4.2.1. Titre original de la publication et indications bibliographiques Ribeaud, Denis & Eisner, Manuel (2006). « The "drug-crime link" from a self-control perspective: An empirical test in a Swiss youth sample », European Journal of Criminology, 3 (1), 33-68. 4.2.2. Résumé Cet article se propose d'explorer dans quelle mesure un déficit du contrôle de soi (« low self-control ») est propre à expliquer le lien empiriquement bien établi entre consommation de psychotropes et délinquance. Sur la base d'un échantillon représentatif de plus de 2'600 élèves de 9erne du canton de Zurich (cf. Eisner et al., 2000) nous nous proposons de réanalyser la dimensionalité de l'échelle du contrôle de soi développée par Grasmick et al. (1993) au moyen d'analyses factorielles confirmatoires. Ces analyses nous ont mené à un modèle factoriel de second ordre composé de cinq dimensions. Ce modèle suggère que tels que le réclament Gottfredson et Hirschi dans leur publication originale (1990) les traits de la personnalité « impulsivité », « goût du risque », « manque de tolérance aux frustrations >), « égocentrisme » ainsi que « préférence pour des activités physique » peuvent effectivement être conçus comme les éléments d'un unique trait sous-jacent de la personnalité, soit le « déficit de contrôle de soi ». Toutefois, en désaccord avec la théorie, nos analyses ont montré qu'une sixième caractéristique prétendument constituante du « déficit de contrôle de soi », soit une « préférence pour des tâches aisées », ne peut être empiriquement conçue comme telle. Le modèle de mesure du « déficit de contrôle de soi » ainsi établi est ensuite utilisé comme variable explicative de deux dimensions comportementales, soit la consommation de substances psychoactives d'une part et la délinquance générale d'autre part. Les résultats indiquent que le « déficit de contrôle de soi » est un prédicteur aussi puissant que stable des deux types de comportements à problème, ceci corroborant donc la théorie de Gottfredson et Hirschi. Toutefois, bien que le « déficit de contrôle de soi » explique une part substantielle de la corrélation entre les deux dimensions comportementales - soit le lien entre consommation de psychotropes et délinquance - il reste une corrélation résiduelle substantielle entre ces deux types de comportements. Diverses considérations théoriques nous ont mené à la conclusion que cette corrélation résiduelle est plus probablement attribuable à des facteurs dynamiques (« state dependent factors », Nagin et Paternoster, 2000) qu'a d'autres facteurs stables de la personnalité (concept de la « population heterogeneity », Nagin et Paternoster, 2000) Nous avons par ailleurs analysé dans quelle mesure chaque sous-dimension du « déficit de contrôle de soi » est apte à expliquer la consommation de substances psychoactives, la délinquance ainsi que le lien entre les deux. Ces analyses suggèrent qu'au niveau de la prédiction de ces deux types de comportements, le « déficit de contrôle de soi » pourrait être réduit à un construit bidimensionnel composé des traits de l'« impulsivité » et du « goût du risque ». L'article se conclut par une discussion des résultats trouvés dans le contexte de la recherche passée ainsi que du débat théorique en cours. En particulier, j'ai tenté de démontrer comment le modèle proposé par Brochu (1995) peut être conçu comme une tentative d'intégration des modèles théoriques centrés sur les différences stables dans la population (« population heterogeneity ») - parmi lesquels aussi la théorie du « déficit du contrôle de soi » et ceux s'intéressant plutôt aux facteurs dynamiques (« state dependence ») et comment ce modèle permet de réconcilier ces deux approches à priori contradictoires. 4.2.3. Contribution personnelle à cette recherche L'étude zurichoise à la base de cette contribution a été menée sous la direction du Prof. Manuel Eisner entre 1999 et 2000 et financée par la Département de l'éducation du Canton de Zurich. Le questionnaire ainsi que la méthodologie de l'étude à la base de l'étude ont été développés par l'Institut de recherche criminologique de Basse-Saxonie (KFN). Il convient cependant d'indiquer ici que c'est au Prof. Eisner que revient le mérite d'avoir ajouté l'échelle de Grasmick et al. au questionnaire. Ayant fait d'emblée partie de l'équipe de recherche, j'ai eu l'occasion de participer autant à l'adaptation du questionnaire qu'a la planification et la coordination de la récolte de données. En particulier, le domaine de l'échantillonnage m'a été entièrement confié. La saisie ainsi que la préparation des données ont été assurées par le KFN. Ma contribution à l'article en question comprend autant sa conception, la réalisation des analyses, ainsi que sa rédaction. La contribution de mon co-auteur, Manuel Eisner, a tout d'abord consisté en sa fonction de directeur de recherche de même que, dans la version finale soumise à l'European Journal of Criminology, dans la relecture critique de l'article et dans la co-rédaction des conclusions. 4.3. Effets à long terme des essais avec prescription d'héroïne sur la délinquance des consommateurs d'héroïne traités 4.3.1. Titre original de la publication et indications bibliographiques Ribeaud, Denis (2004). « Long-term impacts of the Swiss heroin prescription trials on crime of treated heroin users >), Journal of Drug Issues, 34 (1), 163-194. 4.3.2. Résumé Dans le cadre des projets suisses avec prescription d'héroïne (PROVE, 1994-1996) plus de 1'000 consommateurs d'héroïne gravement dépendants ont été enrôlés autant dans le programme de traitement que dans son évaluation scientifique. Alors que les effets à court et à moyen terme avaient été analysés en détail dans des études précédentes (cf. Killias et al., 1999; Uchtenhagen et al., 1999), peu de données étaient disponibles sur les effets du programme à plus long terme, les données sur les participants ayant interrompu le programme étant particulièrement rares. Afin de remplir partiellement cette lacune, en été 2000, les fichiers de police de tous les participants au programme - soit donc aussi de ceux qui l'avaient quitté entre-temps - ont été saisis auprès des onze corps de police recouvrant toutes les localités où un programme avec prescription d'opiacés avait été mis en place. Sur la base de ces données, notre article analyse les effets à long terme - soit sur une période de 48 mois après l'admission - du programme PROVE sur la délinquance et, dans une certaine mesure, sur les comportements addictifs des participants. Avant la présentation des résultats proprement dit, nous avançons quelques réflexions méthodologiques sur la validité des données de police comme indicateurs de l'évolution de l'implication délinquante, l'argument principal étant qu'il est peu probable que le déclin général observé soit lié à une diminution de la dénonciation de délits par la police puisque le déclin constaté pour les délits typiquement découverts et dénoncés par la police (p. ex. infractions contre la LStup) est presque identique à celui observé pour les délits typiquement dénoncés par la population générale et le commerce (p. ex. vols et cambriolages). Toutefois nous constatons que cette congruence n'est que partielle pour ce qui est de la période avant le début du traitement et tentons d'expliquer cette dissimilarité. Les résultats suggèrent que la prescription d'héroïne est à la source d'un déclin prononcé et stable de l'implication délinquante des personnes traitées. Un désistement similaire peut être observé pour une large gamme de délits et pour différentes sous-populations - par rapport à l'âge, au sexe, à la consommation d'autres substances et à la durée du traitement. Bien que la diminution la plus prononcée soit observée dans le groupe de ceux traités sans interruption, il semble toutefois que les effets du traitement persistent dans la période post-traitement. Il est en particulier intéressant de noter que les taux post-traitement pour possession d'héroïne se stabilisent à un niveau bas, ceci indiquant que la majorité de ceux ayant quitté le programme ne reprennent pas leur consommation d'héroïne. Comme le suggèrent certaines analyses complémentaires, il semble que cette stabilisation est en particulier due à la capacité du programme de rediriger la majorité des patients vers des traitements alternatifs une fois que ceux-ci ont quitté le programme. 4.3.3. Contribution personnelle à cette recherche L'article en question fait partie d'une recherche mandatée par l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) en 1999. S'agissant d'une étude de suivi au premier mandat d'évaluation criminologique du programme PROVE par l'OFSP, sa méthodologie était prédéfinie d'emblée. L'équipe de recherche dirigée par le Prof. Martin Killias et constituée de Marcelo Aebi et de moi-même - ainsi que de quelques autres collaborateurs et étudiants chargés de la récolte proprement dite - a toutefois revu et amélioré le schéma de récolte développé lors de la première étude. J'ai ensuite participé à cette étude en tant que coordinateur de la récolte de données dans les corps de police suisses alémaniques impliqués (à l'exception de Bâle-Ville). La coordination de la saisie et la préparation des données ont été principalement assurées par Marcelo Aebi. Par la suite j'ai mené une première analyse de ces données qui a abouti à une première publication (Ribeaud Aebi, 2001). Certains résultats ont aussi été présentés dans le rapport de recherche correspondant (Killias et al., 2002). L'article présenté ici se distingue des publications susmentionnées par une réanalyse approfondie des données de police récoltées en 2000. J'en ai entièrement assuré la conception, les analyses ainsi que la rédaction. 4.4. La diminution de la délinquance dans le cadre des essais suisses avec prescription d'héroïne: Est-elle due à la réintégration sociale des personnes traitées ? 4.4.1. Titre original de la publication et indications bibliographiques Ribeaud, Denis (2005). « Gibt es einen Delinquenzrückgang durch soziale Reintegration im Rahmen der schweizerischen Heroin-verschreibungsversuche? >), Sucht, 51 (2), 76-87. 4.4.2. Résumé Le but de cet article est d'examiner si la diminution de la délinquance des personnes traitées dans le cadre des essais suisses avec prescription d'héroïne (PROVE) est accompagnée, au niveau de l'individu, d'une évolution complémentaire des indicateurs de la situation sociale et des comportements addictifs de ces personnes, ceci entre autre dans le but de vérifier si le désistement observé est attribuable à un processus de réintégration sociale. Afin de vérifier cette hypothèse générale, nous avons tout d'abord fusionné la base contenant les données des interviews de suivi sur les comportements délinquants avec celle portant sur le domaine des comportements addictifs et sur l'intégration sociale et économique des patients. En effet, avant cette recherche, ces deux bases de données n'avaient jamais été analysées conjointement au niveau individuel. Qui plus est, les résultats publiés sur ces deux domaines ne se basaient pas sur les mêmes échantillons, rendant donc les comparaisons entre les deux domaines quelque peu hasardeuses. C'est pourquoi nous avons, sur la base de ces données fusionnées, tout d'abord vérifié s'il s'en dégageait les mêmes lignes de développement que celles observées dans les publications originales, soit Killias et al. (2003) et Uchtenhagen et al. (1999). À une exception près qui concernait l'intégration professionnelle, nous avons pu reproduire les résultats originaux. Nous avons ensuite procédé à la vérification de l'hypothèse centrale en nous concentrant sur le groupe des patients ayant indiqué des activités délinquantes avant l'entrée dans le programme. L'analyse, techniquement basée sur des régressions logistiques bivariées, consistait à examiner, pour chaque indicateur de la situation sociale et des comportements addictifs, s'il y avait un parallélisme entre désistement et réintégration sociale ou comportements addictifs. Plus concrètement, il s'agissait d'examiner si, par exemple, ceux qui ne présentaient plus de délinquance pendant le traitement étaient surreprésentés dans le groupe de ceux qui avaient trouvé un emploi ou qui en avaient toujours eu un. Les résultats nous ont mené à une vue différenciée du phénomène de désistement, en ce sens que le retrait de la « scène de la drogue » ne peut être confondu avec une réintégration socio-économique : En effet, alors que la diminution de la délinquance va de pair avec un retrait de la « scène de la drogue » et des comportements addictifs correspondants, nous n'avons pas pu observer un parallélisme équivalent entre désistement et réintegration sociale telle qu'indiquée par des indicateurs comme l'emploi, la dépendance d'aides financières ou encore la situation de logement. Nos analyses nous mènent à la conclusion que la réduction de la délinquance s'explique essentiellement par le fait de la relâche de compulsions économiques engendrées par la prescription d'héroïne et non du fait d'une réintégration sociale. Des publications récentes sur l'évolution à long terme de la situation sociale des personnes traitées (cf. semblent d'ailleurs indiquer que, même après plusieurs années de traitement, l'intégration socio-économique des patients ne s'est guère améliorée. Ceci suggère que l'appui psychosocial offert aux patients et qui était censé assurer leur réintégration ne s'est montré guère efficace. Ces résultats sont aussi intéressant au niveau théorique : En effet, alors qu'ils corroborent le concept de délinquance « économico-compulsive », telle que décrit par Brochu (1995), ils sont en opposition autant avec la théorie du « contrôle de soi » de Gottfredson et Hirschi (1990), qui n'offre pas les instruments théoriques nécessaires à l'explication d'une pareil « implosion » de l'activité délinquante, qu'avec la théorie du contrôle social de Hirschi (1969) qui aurait laissé supposer que la diminution de la délinquance devrait aller de pair avec un renforcement des liens avec la société conventionnelle. 4.4.3. Contribution personnelle à cette recherche S'agissant d'une réanalayse de données récoltées entre 1994 et 1996, soit avant mon arrivée à l'IPSC, il est évident que je n'ai pas eu l'occasion de participer à la conception générale du projet PROVE, au développement des instruments, ainsi qu'a la récolte de données. Ma première tâche a consisté à assembler les données de suivi de l'évaluation criminologique, soit de l'étude menée à l'IPSC, avec celles de l'évaluation du développement psychosocial, soit l'étude menée à l'Institut Kir Suchtforschung (ISF). Comme pour l'étude ISRD, ces travaux préparatoires se sont avérés fort délicats et de longue haleine L'idée de recherche m'était venue en constatant que, d'une part, nous disposions de résultats acquis concernant l'effet bénéfique du programme PROVE sur la diminution de la délinquance des personnes traitées, ainsi que sur différents domaines de leurs situation sociale, et que d'autre part, peu de connaissances étaient acquises sur les mécanismes du processus de désistement. Disposant de données longitudinales prospectives pour les deux domaines comportementaux, ce ne fût plus qu'un petit pas que de conclure qu'une analyse de la coévolution au niveau individuel entre les comportements délinquants, d'une part, et certains indicateurs du domaine psychosocial, d'autre part, pourrait s'avérer utile pour la détection de tels mécanismes. C'est sur la base de cette réflexion et de ces travaux préparatoires que j'ai ensuite analysé les données et que j'ai présenté des premiers résultats au colloque de l'Association des criminologues de langue française (AICLF) en 2002. L'article finalement soumis auprès de « Sucht » se base sur un affinement de ces analyses initiales.

The connectome mapper: an open-source processing pipeline to map connectomes with MRI.

Researchers working in the field of global connectivity analysis using diffusion magnetic resonance imaging (MRI) can count on a wide selection of software packages for processing their data, with methods ranging from the reconstruction of the local intra-voxel axonal structure to the estimation of the trajectories of the underlying fibre tracts. However, each package is generally task-specific and uses its own conventions and file formats. In this article we present the Connectome Mapper, a software pipeline aimed at helping researchers through the tedious process of organising, processing and analysing diffusion MRI data to perform global brain connectivity analyses. Our pipeline is written in Python and is freely available as open-source at www.cmtk.org.

Cross-species and cross-platform gene expression studies with the Bioconductor-compliant R package 'annotationTools'.

Background: The variety of DNA microarray formats and datasets presently available offers an unprecedented opportunity to perform insightful comparisons of heterogeneous data. Cross-species studies, in particular, have the power of identifying conserved, functionally important molecular processes. Validation of discoveries can now often be performed in readily available public data which frequently requires cross-platform studies.Cross-platform and cross-species analyses require matching probes on different microarray formats. This can be achieved using the information in microarray annotations and additional molecular biology databases, such as orthology databases. Although annotations and other biological information are stored using modern database models ( e. g. relational), they are very often distributed and shared as tables in text files, i.e. flat file databases. This common flat database format thus provides a simple and robust solution to flexibly integrate various sources of information and a basis for the combined analysis of heterogeneous gene expression profiles.Results: We provide annotationTools, a Bioconductor-compliant R package to annotate microarray experiments and integrate heterogeneous gene expression profiles using annotation and other molecular biology information available as flat file databases. First, annotationTools contains a specialized set of functions for mining this widely used database format in a systematic manner. It thus offers a straightforward solution for annotating microarray experiments. Second, building on these basic functions and relying on the combination of information from several databases, it provides tools to easily perform cross-species analyses of gene expression data.Here, we present two example applications of annotationTools that are of direct relevance for the analysis of heterogeneous gene expression profiles, namely a cross-platform mapping of probes and a cross-species mapping of orthologous probes using different orthology databases. We also show how to perform an explorative comparison of disease-related transcriptional changes in human patients and in a genetic mouse model.Conclusion: The R package annotationTools provides a simple solution to handle microarray annotation and orthology tables, as well as other flat molecular biology databases. Thereby, it allows easy integration and analysis of heterogeneous microarray experiments across different technological platforms or species.

Broadening the horizon--level 2.5 of the HUPO-PSI format for molecular interactions.

BACKGROUND: Molecular interaction Information is a key resource in modern biomedical research. Publicly available data have previously been provided in a broad array of diverse formats, making access to this very difficult. The publication and wide implementation of the Human Proteome Organisation Proteomics Standards Initiative Molecular Interactions (HUPO PSI-MI) format in 2004 was a major step towards the establishment of a single, unified format by which molecular interactions should be presented, but focused purely on protein-protein interactions. RESULTS: The HUPO-PSI has further developed the PSI-MI XML schema to enable the description of interactions between a wider range of molecular types, for example nucleic acids, chemical entities, and molecular complexes. Extensive details about each supported molecular interaction can now be captured, including the biological role of each molecule within that interaction, detailed description of interacting domains, and the kinetic parameters of the interaction. The format is supported by data management and analysis tools and has been adopted by major interaction data providers. Additionally, a simpler, tab-delimited format MITAB2.5 has been developed for the benefit of users who require only minimal information in an easy to access configuration. CONCLUSION: The PSI-MI XML2.5 and MITAB2.5 formats have been jointly developed by interaction data producers and providers from both the academic and commercial sector, and are already widely implemented and well supported by an active development community. PSI-MI XML2.5 enables the description of highly detailed molecular interaction data and facilitates data exchange between databases and users without loss of information. MITAB2.5 is a simpler format appropriate for fast Perl parsing or loading into Microsoft Excel.

Addressing elementary school teachers' professional stressors: Practical suggestions for schools and adminstrators

Purpose: Given the preponderance of education reform since the No Child Left Behind Act (U.S. Department of Education, 2001), reform efforts have shaped the nature of the work and culture in schools. The emphasis on standardized testing to determine schools' status and student performance, among other factors, has generated stress, particularly for teachers. Therefore, district and school administrators are encouraged to consider the contextual factors that contribute to teacher stress to address them and to retain high-performing teachers. Research Methods/Approach: Participants were recruited from two types of schools in order to test hypotheses related to directional responding as a function of working in a more challenging (high-priority) or less challenging (non-high-priority) school environment. We employed content analysis to analyze 64 suburban elementary school teachers' free-responses to a prompt regarding their stress as teachers. We cross-analyzed our findings through external auditing to bolster trustworthiness in the data and in the procedure. Findings: Teachers reported personal and contextual stressors. Herein, we reported concrete examples of the five categories of contextual stressors teachers identified: political and educational structures, instructional factors, student factors, parent and family factors, and school climate. We found directional qualities and overlapping relationships in the data, partially confirming our hypotheses. Implications for Research and Practice: We offer specific recommendations for practical ways in which school administrators might systemically address teacher stress based on the five categories of stressors reported by participants. We also suggest means of conducting action research to measure the effects of implemented suggestions.

The UniProt-GO Annotation database in 2011.

The GO annotation dataset provided by the UniProt Consortium (GOA: http://www.ebi.ac.uk/GOA) is a comprehensive set of evidenced-based associations between terms from the Gene Ontology resource and UniProtKB proteins. Currently supplying over 100 million annotations to 11 million proteins in more than 360,000 taxa, this resource has increased 2-fold over the last 2 years and has benefited from a wealth of checks to improve annotation correctness and consistency as well as now supplying a greater information content enabled by GO Consortium annotation format developments. Detailed, manual GO annotations obtained from the curation of peer-reviewed papers are directly contributed by all UniProt curators and supplemented with manual and electronic annotations from 36 model organism and domain-focused scientific resources. The inclusion of high-quality, automatic annotation predictions ensures the UniProt GO annotation dataset supplies functional information to a wide range of proteins, including those from poorly characterized, non-model organism species. UniProt GO annotations are freely available in a range of formats accessible by both file downloads and web-based views. In addition, the introduction of a new, normalized file format in 2010 has made for easier handling of the complete UniProt-GOA data set.