Comprendre les mécanismes des migrations « glo-balles » africaines. Les trajectoires transnationales et la diversification des filières

L'article décrypte certains rouages de l'expatriation des joueurs africains vers l'Europe. La précocité de leur migration et la fragmentation de leur trajectoire sont expliquées par les spéculations dont ils font l'objet. Les réseaux socio-économiques qui portent les filières spéculatives sont mis en lumière, ce qui permet de comprendre en particulier le rôle primordial qu'y jouent les clubs intermédiaires européens, et maintenant asiatiques, intermédiaires dans la chaîne à haute valeur ajoutée, au « taux d'éviction » le plus élevé du monde. This paper decodes various workings at play in the expatriation of African players to Europe. The early nature of their migration and the fragmentation of their trajectories are explained by the speculation that surrounds them. The socio-economic networks that carry speculative channels are brought to light, which helps us to understand in particular the major role played by the European, and now Asian, clubs, which serve as intermediaries in the high value-added chain, with the highest "eviction rate" in the world.

Optimisation du transfert de gènes dans la rétine par des vecteurs lentiviraux lors de maladies dégénératives de la rétine

Certaines dégénérescences rétiniennes sont engendrées par des mutations¦génétiques et conduisent à la perte des cellules photosensibles, les¦photorécepteurs (cônes et/ou bâtonnets), et donc à la cécité (Roy et al., 2010).¦La prévalence est de 1/3000 chez les Caucasiens. Les Rétinites Pigmentaires¦(RP) en composent la majorité des cas, suivent l'Amaurose congénitale de¦Leber et la maladie de Stargardt. Il n'y a pas une mutation type associés à une¦maladie mais diverses mutations peuvent aboutir à une dégénérescence de la¦rétine. Tout comme le reste du système nerveux central, la rétine lésée n'a pas¦les capacités de se régénérer. Un objectif du traitement est de ralentir la¦dégénérescence de la rétine dans le but de la stabiliser. La thérapie génique¦constitue actuellement la seule approche thérapeutique à même de traiter les¦dégénérescences rétiniennes d'origine génétique. Elle consiste à utiliser un virus¦modifié, qui n'a plus les capacités de se reproduire, appelé vecteur pour cibler¦certaines cellules afin d'ajouter un gène sain ou d'inhiber un gène malade. Les¦virus associés à l'adénovirus (AAV) et les Lentivirus (LV) sont les 2 principaux¦types de virus utilisés en thérapie génique en ophtalmologie. D'autres vecteurs¦existent, comme les adénovirus et le virus de l'anémie infectieuse équine. Des¦études de thérapie génique effectuées chez l'homme avec le vecteur AAV ont¦démontré une sensible amélioration des fonctions visuelles (acuité visuelle,¦champ visuel, pupillométrie et le déplacement dans un environnement avec une¦lumière tamisée) chez des patients atteints d'Amaurose congénitale de Leber¦(Maguire et al., Ali et al., Hauswirth et al., Bennett et al.). Le vecteur utilisé au¦cours de ce travail est un LV, qui a pour avantage de pouvoir transporter de¦grands gènes. Lorsque ce vecteur est pseudotypé avec une enveloppe VSVG, il¦transduit (transférer un gène qui sera fonctionnel dans la cellule cible) bien¦l'épithélium pigmentaire rétinien (nécessaire à la survie et à la fonction des¦photorécepteurs). Afin de changer le tropisme du vecteur, celui testé dans cette¦étude contient une enveloppe de type Mokola qui cible efficacement les cellules¦gliales du cerveau et donc probablement aussi les cellules de Müller de la rétine.¦Le but à court terme est de transformer génétiquement ces cellules pour leur¦faire sécréter des molécules favorisant la survie des photorécepteurs. Pour¦révéler la cellule ciblée par le vecteur, le gène qui sera exprimé dans les cellules¦transduites code pour la protéine fluorescente verte 2 (GFPII) et n'a pas de¦fonction thérapeutique. Après avoir produit le virus, deux types de souris ont été¦injectées : des souris dépourvues du gène de la rhodopsine appelées Rho -/- et¦des souris sauvages appelées C57BL6. Les souris Rho -/- ont été choisies en¦tant que modèle de dégénérescence rétinienne et les souris C57BL6 en tant que¦comparatif. Les souris Rho -/- et C57BL56 ont été injectées entre le 2ème et le¦3ème mois de vie et sacrifiées 7 jours après. Des coupes histologiques de la rétine¦ont permis de mesurer et comparer pour chaque oeil, les distances de¦transduction du RPE et de la neurorétine (= toute la rétine sauf le RPE). La¦distance sur laquelle le RPE est transduit détermine la taille de la bulle¦d'injection alors que la distance sur laquelle la neurorétine est transduite¦détermine la capacité du vecteur à diffuser dans la rétine. Les résultats montrent¦une expression plus importante de la GFPII dans le RPE que dans la neurorétine¦chez les souris Rho -/- et C57BL6. Les principales cellules transduites au¦niveau de la neurorétine sont, comme attendu, les cellules de Müller. Lorsque¦l'on compare les proportions de neurorétine et de RPE transduites, on constate¦qu'il y a globalement eu une meilleure transduction chez les souris Rho -/-¦que chez les souris C57BL6. Cela signifie que le vecteur est plus efficace pour¦transduire une rétine dégénérée qu'une rétine saine. Pour déterminer quels types¦de cellules exprimaient la GFPII, des anticorps spécifiques de certains types de¦cellules ont été utilisés. Ces résultats sont similaires à ceux d'autres études¦effectuées précédemment, dont celle de Calame et al. en 2011, et tendent à¦prouver que le vecteur lentiviral avec l'enveloppe Mokola et le promoteur EFs¦est idéal pour transduire avec un gène thérapeutique des cellules de Müller dans¦des rétines en dégénérescence.

Analyse de facteurs déterminants de la substitution par des médicaments génériques en Suisse

Cadre de l'étude La part des dépenses de santé dans les budgets des pays occidentaux est importante et tend à croître depuis plusieurs décennies. Une des conséquences, notamment pour la Suisse, est une augmentation régulière des primes d'assurance maladie, dont l'impopularité incite les responsables politiques à trouver des stratégies de frein à la croissance des coûts de la santé. Les médicaments, qui contribuent notablement à l'augmentation de ces coûts, constituent l'une des cibles classiques d'interventions visant à une réduction des dépenses de santé. Le niveau de coûts des médicaments représente plus de 20% des dépenses de soins du domaine ambulatoire à la charge de l'assurance obligatoire des soins (AOS), soit une dépense annuelle de plus de 4 milliards de francs. Différentes mesures peuvent être utilisées par le gouvernement pour contenir cette facture à charge de la collectivité : baisse du prix des médicaments, limitation du nombre de produits remboursés par l'assurance de base et incitations à la concurrence sur les prix en autorisant les importations parallèles. Depuis que de plus en plus de brevets pour des médicaments sont arrivés à échéance, un autre angle d'attaque s'est concrétisé avec l'incitation à la prescription de médicaments génériques. Les génériques sont définis comme des produits thérapeutiques chimiquement identiques à des composés déjà utilisés, appelés médicaments originaux. En principe, une économie substantielle devrait pouvoir être réalisée sur les coûts totaux des médicaments si tous les génériques disponibles sur le marché étaient systématiquement prescrits par les professionnels et acceptés par les patients. Les résultats publiés par les caisses maladie et les offices fédéraux sont des estimations globales et les montants publiés par l'industrie pharmaceutique concernent l'ensemble du marché, incluant les médicaments utilisés dans les séjours hospitaliers, sont par ailleurs exprimés en prix de fabrique. De plus, aucune étude n'a tenu compte de la substituabilité des produits d'un point de vue pharmaceutique. L'objectif général de la thèse est d'évaluer aussi précisément que possible l'économie pouvant être encore réalisée dans le secteur ambulatoire en substituant aux médicaments originaux les produits génériques présents sur le marché et de caractériser plusieurs facteurs qui influencent la substitution générique. Pour cette étude, nous avons pu disposer de l'ensemble des factures pharmaceutiques de la caisse maladie CSS, pour tous ses assurés des cantons d'Argovie, du Tessin et de Vaud, soit plus de 169'000 assurés représentant les trois régions linguistiques de la Suisse. Les 1'341'197 prescriptions médicales qui ont été analysées concernent l'année 2003. C'est un moment critique dans l'histoire des génériques en Suisse, approprié pour établir un premier bilan après l'entrée en vigueur de la première mesure relative au droit de substituer octroyé en 2001 aux pharmaciens et, pour identifier idéalement les principaux déterminants de la substitution par les praticiens avant l'introduction de la quote-part différenciée en 2006. La présence d'un même principe actif n'est pas une condition suffisante pour permettre une substitution et pour ce travail des critères tenant compte des caractéristiques pharmaceutiques des produits ont été établis et appliqués pour valider la substituabilité des originaux par les génériques disponibles sur le marché. Ces critères concernent notamment le mode d'administration, le dosage et le nombre de doses dans l'emballage. L'étude a été réalisée selon deux approches, d'abord par une analyse descriptive sur l'ensemble de la population source pour estimer le marché des génériques et ensuite par une analyse statistique (régression logit multivariée) sur 173'212 prescriptions agrégées, qui concernent spécifiquement soit un générique soit un original substituable, pour caractériser les facteurs déterminants de la substitution générique. Résultats Dans l'ensemble de la population source, les génériques et les originaux substituables représentent 17,4% du marché en termes de coûts facturés, avec 3,4% de génériques et 14,0% d'originaux substituables ce qui correspond à un taux de substitution de 19,5%. En termes de dépenses, les substitutions génériques réalisées représentent une économie de 1,3% du total du marché étudié alors qu'il reste un potentiel notable d'économie par la substitution de 4,6%. Les taux de substitution sont très variables selon les cantons : 10,1% au Tessin, 29,0% pour le canton de Vaud et 35,8% pour Argovie. L'analyse univariée des 173'212 prescriptions de génériques ou d'originaux substituables, montre des taux de substitution plus élevés chez les patients jeunes et lorsqu'il y a d'importantes différences de prix entre les originaux et les génériques. Des taux de substitution peu élevés sont observés chez les patients les plus âgés et pour ceux qui ont des traitements médicamenteux complexes. Les patients ayant plus de 10 médicaments différents durant la même année, présentent une probabilité relative de substituer inférieure (-24%) par rapport aux patients ayant 6 à 10 médicaments différents dans l'année. Cependant, l'analyse multivariée montre que l'effet négatif sur le taux de substitution de l'âge combiné à la complexité des traitements n'excède pas 3%. Bien que le niveau de franchises et la participation financière à la quote-part soient liées à une augmentation de la prescription de génériques, leurs effets sont modérés pour les patients avec des franchises supérieures à 300 francs (effet marginal de 1%) et pour les patients qui n'ont pas atteint le plafond de participation (effet marginal de 2%). La différence de taux substitution entre les médecins hospitaliers et les spécialistes est diminuée de façon notable (effet marginal de -13%) et elle est cependant moins marquée avec les médecins généralistes (effet marginal de -3%). Les facteurs associés au marché ont une influence notable sur la substitution générique et des effets positifs sont observés avec l'augmentation de la taille du marché, du nombre de génériques pour un même original substituable et de l'économie relative entre l'original et le générique. Par contre, la diversification des formes galéniques et des tailles d'emballages au niveau de l'offre des médicaments originaux a des effets fortement négatifs sur la substitution générique (-7%). Le canton de domicile a aussi un impact notable sur la substitution et le canton du Tessin présente un taux plus bas (-26%) que le canton d'Argovie. Conclusion et perspectives Ce travail a montré qu'il y a encore un important potentiel d'économies à réaliser par la substitution générique, calculé à plus de 4% des dépenses pharmaceutiques prises en charge par l'AOS en ambulatoires. Une extrapolation à l'ensemble du marché suisse, qui doit être faite avec prudence, fait apparaître un potentiel d'économies de 127 millions pour les médicaments délivrés par les pharmacies en 2003. L'étude a mis en évidence un certain nombre de déterminants qui freinent la substitution générique, notamment la prescription par un médecin hospitalier. Sur ce point la prescription en DCI (dénomination commune internationale) pourrait favoriser la dispensation de génériques moins chers. Un taux de substitution plus faible est observé chez les patients âgés avec des traitements complexes. Ce constat peut être mis en relation avec la crainte d'avoir un traitement moins efficace ou moins bien supporté et les risques de confusion lors du passage d'un original substituable à un générique ou d'un générique à un autre générique. Sur ces éléments, l'indication claire et précise du nom de la substance, aussi bien sur les emballages des originaux substituables que sur ceux des génériques, pourrait rassurer les patients et diminuer les risques d'erreurs dans la prise des médicaments. Certaines précautions à prendre lors de la prescription de génériques sont reconnues, notamment pour les médicaments à faible marge thérapeutique, et des informations sur la bioéquivalence, régulièrement mises à jour et à disposition des professionnels, pourraient augmenter la confiance dans l'utilisation des génériques. Les industries pharmaceutiques préservent par différentes tactiques leurs parts de marché et notamment avec succès en introduisant de nouvelles formes galéniques juste avant l'expiration des brevets. Des directives complémentaires sur la fixation des prix pour le remboursement, en particulier l'introduction d'un prix de référence quelle que soit la forme galénique, pourraient diminuer l'effet de barrage des médicaments originaux. Les incitations économiques, telles que la franchise et les participations sont efficaces si l'on considère l'impact sur les taux de substitution. Leur effet global reste toutefois modeste et il serait nécessaire de mesurer concrètement l'impact de l'introduction en 2006 de la quote-part différenciée. Les différences de prix entre les originaux et les génériques exigées à 50% pour les gros marchés, c'est-à-dire de plus de 16 millions, devraient aussi avoir un impact qu'il serait opportun de mesurer.

Le mouvement peut-il guérir? : histoire de l'engagement des médecins français dans l'élaboration de l'éducation physique (1741-1888)

Résumé : Cette recherche doctorale analyse l'engagement des médecins français autour de l'éducation physique entre 1741 et 1888. Basé sur un travail prosopographique d'identification des médecins qui ont participé à l'élaboration de l'éducation physique, ce travail repose sur une mise en dialogue de leurs prises de position respectives. Pour réaliser cette enquête, nous avons compulsé un large corpus de sources primaires, composé des ouvrages consacrés à la gymnastique médicale mais aussi une très large portion de la production d'imprimés touchant à l'anatomie, l'hygiène, la thérapeutique, la physiologie, l'orthopédie, etc. Le corpus contient également des articles des principaux dictionnaires médicaux de la période et des principales revues médicales du XIXe siècle. Avec une approche critique de l'historiographie et à partir de ce corpus, nous avons travaillé dans le cadre de contextes définis pour saisir au plus près les logiques sociales et scientifiques amenant les médecins auprès de l'éducation physique. Trois conjonctures successives structurent l'engagement médical. Entre 1741 et 1817, la thèse retrace l'émergence d'un questionnement ; les années 1817-1847 constituent un « moment orthopédique » dans la formulation de la gymnastique ; et finalement entre 1847 et 1888, on observe une diversification des voies de légitimation médicale des exercices du corps. Ces trois moments de l'histoire des « discours gymniques médicaux » proposent un certain nombre de convergences : la prégnance de l'orthopédie, une certaine concentration autour de la santé des corps féminins, l'inclusion dans un « projet hygiéniste » ; mais aussi des divergences et des singularités : relatives à la progressive structuration en cours du champ médical, à l'implication progressive du politique (surtout après 1845/1850), aux transformations des pathologies/doctrines médicales « dominantes », ainsi qu'à l'importance plus ou moins forte de l'une ou l'autre des facettes de l'éducation physique (militaire, athlétique, « médicinale » ou pédagogique). Le processus est aussi celui de l'expérimentation de la curation de certaines pathologies (scolioses, affections nerveuses), dans des configurations idéologiques/scientifiques marquées par la « dégénération » (XVIIIe siècle), l'anatomie pathologique (début du XIXe siècle) et plus tard la « dégénérescence » et les affections nerveuses (après 1850). Dans le cadre d'une dynamique d'inspiration « foucaldienne », ces recommandations évoluent d'une anatomopolitique - caractérisée par un essor de discours empreints d'anatomie au XVIIIe siècle - vers une biopolitique - caractérisée par l'engagement de l'Etat qui fait de la gymnastique une discipline d'enseignement, pensée à des fins hygiéniques dans la seconde moitié du XIXe - où le processus réside en fait dans une biologisation progressive des recommandations pratiques. Observée à l'aune de la formulation médicale de l'éducation physique, la biopolitique n'est pas réalisée dans la seconde moitié du XVIIIe, elle se compose lentement aux marges de l'institution scolaire et des gymnastiques pédagogico-militaires pour constituer un projet thérapeutique et hygiénique plus construit après 1850. Abstract : This dissertation analyzes French doctor's involvement in debates and initiatives concerning physical education between 1741 and 1888. Based on a prosopographic inventory of those physicians who participated in the development of physical education, it explores the variety of their discourses with respect to the practice of physical exercises. This investigation relies on a large selection of primary sources: works devoted to medical gymnastic, but also medical treatises related to anatomy, hygiene, therapeutics, physiology, orthopedics, etc. The sources also include articles from the major medical dictionaries and journals of the nineteenth century. These documents are used to explore the socio-scientific mechanisms that underlay physicians' commitment to physical education. Three chronological periods structure medical engagement in the area of physical education. Between 1741 and 1817 the thesis traces the emergence of a questioning; the years 1817 to 1847 represent an « orthopedic moment » in the development of gymnastics; finally between 1847 and 1888, one witnesses a diversification of the legitimation process between medicine and gymnastics. These three moments in the history of « medical and gymnastic discourses » offer a number of similarities: the weight of orthopedics, the ongoing focus on the health of the female body, and the association of these discourses with a « hygienic project ». But differences also distinguish these periods as the medical field became more structured and new medical doctrines became dominant, with the increasing involvement of politics (especially after 1850), and with the changing weight of priorities within physical education (military, athletic, « medical » or pedagogic). Medical discourses centered on the curing of certain diseases (scoliosis or nervous disorders) are analyzed within an ideological configuration marked by the idea of « degeneration » (in the eighteenth century), « pathological anatomy » (in the early nineteenth century) and later « dégénérescence » associated with nervous disorders (after 1850). The dissertation draws on Foucault's historical epistemology to understand how medical recommendations evolve from an anatomopolitics - characterized by a surge in anatomical discourses - toward a biopolitics - characterized by the commitment of the State to introduce gymnastics for hygienic purposes into schools in the second half of the nineteenth century. This process reveals a progressive "biologization" of practical recommendations. The medical discourses about physical education show that Foucault's biopolitical power is not achieved in the second half of the eighteenth century, but develops slowly at the margins of the school system and of pedagogical and military gymnastic, becoming a veritable hygienic and therapeutic project only after 1850.

Rôle des molécules de co-stimulations et de CD93 dans la différenciation en plasmocytes

Le développement des cellules B est constitué d'une première phase qui se déroule dans la moelle en absence d'antigène et d'une deuxième phase qui se déroule dans les organes lymphoïdes secondaires et qui débute uniquement en présence d'antigène. Cette deuxième partie est extrêmement importante et doit être très bien régulée pour lutter efficacement contre les pathogènes, ainsi que pour éviter de nombreuses maladies de type auto-immunes. Ce travail est basé à l'origine sur l'étude de souris mutantes dans lesquelles une protéine des cellules T est modifiée, impliquant une très forte activation des cellules B en absence d'antigène et de manière non spécifique. Ces souris constituent donc un outil de travail très intéressant pour étudier tout d'abord le mécanisme aboutissant à l'activation des cellules B dans ce contexte particulier. De plus comme ces souris contiennent énormément de cellules sécrétant des anticorps, à savoir les plasmocytes, il est facile d'étudier leur phénotype. Cela nous a permis de démontrer qu'un récepteur membranaire, CD93 est exprimé à leur surface. Cette observation a ensuite été confirmée dans des souris normales, de type sauvage. L'utilisation de ce marqueur de surface nous a permis de caractériser plus en détail les étapes du développement des plasmocytes. De plus nous avons tenté de trouver la fonction jouée par cette molécule à la surface de ces cellules, en utilisant des souris dans lesquelles ce récepteur a été supprimé. Si les premières étapes de l'activation des cellules B étaient normales, ces souris n'étaient par contre pas capables de produire des anticorps à long-terme dans le sang. Nous avons pu montrer que la survie des plasmocytes en l'absence de CD93 est moins efficace dans la moelle, probablement du au fait qu'en absence de cette molécule, les plasmocytes ont plus de difficultés à adhérer dans ce que l'on appelle des niches de survie. Nous avons essayé ensuite de déterminer si CD93 peut être utilisé comme cible thérapeutique dans le cadre de maladies auto-immunes ou de lymphomes. Bien que CD93 soit exprimé à la surface des cellules d'intérêt dans les souris souffrant de lupus, il n'a pas été possible de les éliminer avec un anticorps dirigé contre CD93. De plus nous n'avons pas pu mettre en évidence l'expression de CD93 à la surface des plasmocytes humains induits in vitro. SUMMARY : Antigen dependent B cell activation is a key aspect of the adaptive immunity which is involved in the efficient response against pathogens, but also in vaccination and in numerous pathologies. The aim of this project was to investigate two key aspects of the late B cell development, namely the role of costimulatory molecules in the immunological synapse between T and B cells and the characterization of a new plasma cell marker, CD93. This work was initially based on the study of the LatY136F mutant mouse. The latter harbors a point mutation in the LAT adaptor protein which is involved in T cell receptor signaling. As a consequence of this mutation, CD4 T cells in the periphery expand strongly and are polarized in a TH2 manner leading to a normal but exaggerated B cell response. For this reason, these mice provide a useful tool to investigate different aspects of the late B cell development. The first part of the project was focused on the role played by costimulatory molecules in LotY136F CD4 T cell mediated B cell activation. In vitro studies showed that CD80/CD86, IL-4 and LFA-1 were required for LatY136FT cells to activate B cells whereas CD40 and IcosL were not necessary. In vivo we showed that CD80/CD86 was required for initial T cell expansion whereas CD40 and IcosL deficiency led to a less efficient B cell activation. The large amount of plasma cells present in LatY136F mice allows investigating in more details their phenotype and CD93 was found to be expressed on their surface, This observation was confirmed in wild type B cells activated either in vivo or in vitro with T-independent or T-dependent antigens. Moreover we found that CD93 expression can occur either before CD138/Blimp-1 induction or after, showing that two independent pathways can lead to the formation of CD93/CD138 double positive population, which was shown to be the more mature. Indeed, their phenotype correlated with modified transcriptional network, high isotype switched antibody secretion and cell cycle arrest. Analysis of CD93 deficient mice demonstrated that the initial B cell activation after immunization was normal, but also showed that these mice failed to maintain a high antibody secretion level at later time points both after primary and boost immunization. This was shown to be due to a less efficient survival of the long-lived plasma cells in the bone marrow niches, most likely related with a defective adhesion process in absence of CD93. We investigated the possibility to use CD93 as a target to treat plasma cell pathologies, but even if this molecule is expressed on cells of interest in the bone marrow of lupus mice, it was not possible to deplete them using anti-CD93 antibodies. Moreover we were not able to show its expression on the surface of in vitro activated B cells and multiple myeloma cell lines of human origin. In conclusion, our data helped understand both the mechanisms leading to the polyclonal B cell activation occurring in the LatY136F KI mouse and the role played by CD93 on the surface of plasma cells, which could potentially open the way to therapeutic application.

Passer d'un modèle de fonctionnement associatif à un modèle institutionnel: une analyse des transformations de l'organisation du travail

Le monde de l'action humanitaire a connu des développements importants durant les dernières décennies. Sur les terrains d'interventions, les crises et les conflits se sont fortement complexifiés, nécessitant la participation de spécialistes de nombreux domaines. Par ailleurs, les volumes financiers générés par les campagnes de dons et mis à disposition par les bailleurs de fonds ont considérablement augmenté. En corollaire de cette croissance financière, les exigences de contrôle et de traçabilité des fonds se sont renforcées. En lien avec ces éléments, le nombre de salariés dans les grandes organisations non gouvernementales a augmenté de manière exponentielle. Une littérature spécifique sur les modalités d'évaluation des performances, le management et le « leadership » des organisations dites du « tiers secteur » a d'ailleurs vu le jour, comme l'illustre la naissance, en 1990, de la revue « Nonprofit Management and Leadership ». Les pays bénéficiaires de l'aide ont également développé des exigences spécifiques envers les projets mis en oeuvre par les ONG. Par des phénomènes de « socialisation des standards occidentaux », ces derniers attendent des acteurs internationaux un certain niveau de qualité des programmes.Pour s'adapter à ces évolutions et répondre aux exigences d'efficacité auxquelles elles sont soumises, les organisations d'aide ont dû se transformer. Les grandes organisations ont ainsi connu durant les dernières décennies un mouvement de professionnalisation de leur structure, les conduisant à se rapprocher d'un modèle de fonctionnement que nous nommerons ici « institutionnel », à savoir formalisé et organisé. Nous employons ici le terme de professionnalisation dans l'appréciation qu'en font les acteurs du milieu humanitaire, à savoir en ce qu'il désigne « les restructurations internes auxquelles leurs organisations font face depuis la fin des années 1980 ». Différents indicateurs de cette professionnalisation au sein des ONG peuvent être identifiés, notamment une plus forte division du travail, le développement de statuts spécifiques, la salarisation croissante des métiers de l'humanitaire ou encore le recours aux fonds publics.Une conséquence également de cette évolution est l'entrée de nouveaux métiers sur la scène humanitaire. À côté des professions traditionnellement à l'origine des ONG (médecins, ingénieurs, juristes, etc.), la complexification et la diversification des tâches a rendu nécessaire de faire appel à des compétences professionnelles spécifiques dans des domaines tels que la communication, l'informatique ou la finance, pour ne citer que quelques exemples. Des connaissances et des pratiques spécifiques en matière de management des ONG se sont développées depuis la fin des années 1990. Le métier de logisticien est apparu, lequel est enseigné dans des structures spécialisées (par exemple par l'association Bioforce en France). Des formations académiques spécialisées dans le domaine de l'humanitaire et de la coopération ont également vu le jour, avec le but affiché de former des professionnels spécialistes de l'humanitaire. On peut par exemple citer le PIAH en Suisse (Programme interdisciniplinaire en action humanitaire, 2011), ou encore les formations dispensées par le CIHC aux États-Unis. [auteur]

Analyse des résultats du dépistage systématique de la syphilis effectué dans le cadre de l'Etude Suisse de Cohorte VIH

L'Etude Suisse de Cohorte VIH a été mise en place en 1988. Plusieurs centres participent à cette étude : les hôpitaux universitaires de Zurich, Berne, Bâle, Genève et Lausanne, les hôpitaux cantonaux de Saint-Gall et du Tessin, 14 hôpitaux régionaux, ainsi que 35 praticiens privés. Cette étude a collecté des données de plus de 16500 personnes infectées par le VIH, de 1981 jusqu'aujourd'hui.¦Actuellement, plus de 7000 patients sont suivis tous les 6 mois. Parmi les analyses demandées au cours de ce suivi figure un test annuel de dépistage de la syphilis. Ce dépistage consiste en un test TPHA (Treponema Pallidum Haemagglutination Assay) où l'on observe l'hémagglutination de globules rouges qui ont absorbé des antigènes du tréponème, ou ses équivalents LIAISON et ARCHITECT.¦Si ce test TPHA est positif, un test VDRL, qui détecte des anticorps dirigés contre la cardiolipine, est effectué.¦Pour des raisons économiques, ce dépistage annuel systématique de la syphilis est remis en question par l'un des médecins praticiens participant à l'Etude Suisse de Cohorte VIH, estimant que ce dépistage ne devrait être demandé chaque année que chez les personnes étant identifiées comme à risque.¦Notre objectif est d'évaluer la nécessité de faire un dépistage de la syphilis annuel chez tous les patients de la Cohorte en comparaison à un dépistage annuel seulement chez le groupe jugé à risque.¦Pour pouvoir répondre à cette question, nous allons dans un premier temps faire une analyse descriptive : nous allons analyser quels patients ont développé une séroconversion en fonction de l'âge, du sexe et de la voie d'infection du VIH la plus probable (voie homosexuelle, hétérosexuelle ou consommation de drogues).¦Une conversion du test TPHA de négatif à positif n'est pas toujours synonyme d'infection à treponema pallidum. Une infection diagnostiquée au stade primaire et traitée efficacement ne provoque pas nécessairement des anticorps. A l'inverse, le test TPHA peut être faussement positif dû à une réaction croisée (p.ex. framboesie) ou non-spécifique (maladies auto-immunes). Pour l'analyse descriptive nous devons toutefois nous limiter à la séroconversion.¦Pour pouvoir faire cette analyse nous devons extraire certaines données, et procéder à un « nettoyage » de celles-ci : en effet, nous ne pouvons garder que les données des 700 patients ayant au moins un test initial de TPHA négatif, suivi d'un test TPHA positif avec un VDRL positif.¦Puis nous allons faire une étude « cas-témoins » pour comparer l'anamnèse sexuelle des patients présentant une séroconversion avec celle des patients qui n'ont pas développé d'anticorps, afin d'évaluer si nous pouvons définir, d'après l'anamnèse sexuelle, un groupe de sujets plus à risque de développer une syphilis. Cas et témoins seront stratifiés selon l'âge, le sexe et le mode d'infection du VIH.¦Comme troisième étape nous allons définir, pour un sous-échantillon, si le résultat positif du dépistage a permis de diagnostiquer la syphilis ou si le diagnostique avait déjà été établi grâce à la présence de symptômes.¦Etant donné que ce dépistage systématique est remis en cause pour des raisons financières, nous allons finalement, au cours de cette étude, estimer le coût des différentes options.¦Notre hypothèse, tirée d'après les déclarations de cas de syphilis de l'OFSP (Office Fédéral de la Santé Publique) et l'expérience des cliniciens, est que l'on trouve en effet que les homosexuels de moins de 50 ans représentent un grand pourcentage des personnes infectées par la syphilis. Cependant, nous ne savons pas si la fréquence d'infection des autres groupes de patients est suffisamment élevée pour justifier ce dépistage systématique.

La spéciation écologique racontée au travers de l'étude de l'évolution des poissons-clowns et de quelques autres

Ecological speciation and its hallmark, adaptive radiation is a process from which most of the current biodiversity derives. As ecological opportunity allows species to colonise unoccupied niches, natural selection drives adaptive phenotypical change. In this thesis, I begin by describing how this evolutionary process acted on the evolution of the clownfishes. During its infancy, this iconic group of coral reef fishes developed a mutualism with sea anemone species. I show how this event triggered the evolutionary radiation of the group, generating species that now inhabit diverse habitats of the coral reefs. Following the appearance of the mutualism, the diversification of the clownfish was catalysed by hybridisation events which shuffled genes, allowing hybrids to reach new fitness optima. While the clownfishes appeared in the region of the coral triangle, a lineage colonised the eastern shores of Africa. I reconstructed the geographic history of the group and showed that this event lead to the rapid appearance of new species, replicating the evolutionary patterns of the original radiation. To better grasp the mechanisms of ecological speciation, I conducted analyses at the population level and identified similar evolutionary patterns than found at the clade level. I discuss how such result suggests a continuity bridging micro- and macroevolution, which so far only been theorised. In parallel to this study case, I question whether biotic and abiotic interactions can promote or restrain ecological speciation. Indeed, I show how the ecological setting of species can drastically impact on their diversification dynamics. Moreover, tradeoffs can occur between specialisation made on different ecological axes allowing species cohabitation. Overall, I show in this work that regardless of the few simple rules that explain the mechanism of ecological speciation, the unavoidable interactions with the ever changing ecological context lead diversification events to give always a different outcome. It is thus primordial to account for the ecological settings of species when discussing their evolutionary dynamics. LA SPÉCIATION ÉCOLOGIQUE RACONTÉE AU TRAVERS DE L'ÉTUDE DE L'ÉVOLUTION DES POISSONS-CLOWNS ET DE QUELQUES AUTRES Le phénomène de spéciation écologique est à l'origine de la majeure partie de la biodiversité que l'on rencontre aujourd'hui. Au fil des opportunités qu'elles rencontrent, les espèces colonisent l'espace écologique laissant la sélection naturelle forger leur phénotype moyen. Malgré l'omniprésence de ce phénomène dans la nature, beaucoup de questions qui lui sont relatives restent à élucider. C'est afin de mieux comprendre ce mécanisme que j'étudie les poissons-clowns, célèbres habitants des récifs coralliens. Dans ce travail, je démontré que le développement du comportement mutualiste liant les poissons-clowns aux anémones de mer fut l'événement qui déclencha leur diversification. Suite à ce premier événement, j'illustre comment l'hybridation entre lignées primordiales a remodelé la diversité génétique du groupe et catalysé leur radiation évolutive. Je poursuis en reconstruisant l'expansion géographique des poissons-clowns au cours du temps depuis le triangle de corail, leur lieu d'origine, jusqu'aux côtes d'Afrique de l'Ouest. Afin d'affiner ces analyses générales sur le groupe, je continue en étudiant plus finement des populations d'une seule espèce de poisson-clown. Cette fine résolution me permet de comprendre plus précisément quels sont les facteurs écologiques qui permettent aux poissons-clowns de se différencier. Les résultats de ces analyses suggèrent qu'il est important de comprendre les liens entre le contexte écologique et la diversification des espèces. J'étudie cette question dans la seconde partie de ce travail en montrant que l'hétérogénéité du paysage ou les liens entretenus avec un partenaire mutualiste influencent fortement la dynamique évolutive des espèces. Finalement, j'illustre les compromis que chaque espèce réalise en se spécialisant ou non dans ses interactions avec l'environnent. Plus généralement, je souligne dans ce travail l'influence du contexte écologique sur le résultat de la spéciation écologique. Ce sont ces interactions entre les organismes et leur environnent qui sont à l'origine de l'incroyable diversité de la vie. Il est donc primordial de les prendre en compte lors de l'étude de l'évolution des espèces.

Gouvernance locale et trajectoires de developpement touristique : comparaison des cas de Finhaut, Montreux et Zermatt entre 1850 et 2012

La performance que constitue pour une station le fait de connaître le succès touristique, parfois sur plusieurs décennies, n'est de loin pas anodine, surtout si l'on observe que certains lieux traversent des phases de crise plus ou moins longues et plus ou moins marquées et que d'autres encore parviennent à se reconvertir avec succès en diversifiant leurs activités économiques. C'est du point de vue du système de gouvernance locale et de la gestion des ressources foncières, immobilières et infrastructurelles que nous nous sommes intéressés à cette problématique. Notre questionnement était double : d'une part, comprendre comment ces deux dimensions s'articulaient entre elles via la proposition d'un cadre conceptuel que nous avons nommé l'Arrangement Politique Local et, d'autre part, étudier comment elles influençaient les différentes phases comme le démarrage du tourisme, le succès, la crise ou la sortie du tourisme, que peut expérimenter un lieu touristique au cours de son évolution. Le travail empirique a porté sur les trajectoires de développement de trois lieux ou anciens lieux touristiques. Finhaut, après une période de succès qui a fait de la station la deuxième du Valais au début du XXe siècle, a vu après la première guerre mondiale son activité touristique décliner puis péricliter, le tourisme ayant à l'heure actuelle quasiment disparu. Montreux, de station touristique importante dès les années 1880, a ensuite évolué vers une ville grâce à un processus d'urbanisation ainsi qu'à une diversification des activités économiques. Enfin, Zermatt représente une économie touristique en constante croissance depuis plus de 100 ans. L'analyse de ces trois trajectoires touristiques entre 1850 et 2012 a permis de montrer que la création et la gestion des ressources foncières, immobilières et infrastructurelles à des fins touristiques étaient liées aux caractéristiques du système de gouvernance locale, en particulier à la possession ou non par les acteurs locaux des moyens d'action principaux que sont l'argent, l'organisation, le consensus, le soutien politique et les connaissances. Notre étude a également mis en évidence de fortes différences entre les Arrangements Politiques Locaux lors des phases de succès et ceux durant les moments de crise, ces différences portant sur l'importance de l'implication des autorités politiques locales dans le développement touristique, l'existence d'un leadership touristique, la capacité des acteurs locaux à être actifs à des positions politiques et touristiques aux échelons institutionnels supérieurs, l'importance de la collaboration publique/privés, la capacité d'adaptation et de réaction des acteurs locaux face aux événements, la réussite ou non des stratégies permettant la création et l'utilisation des ressources dans un but touristique ainsi que la capacité de mobilisation des moyens d'action nécessaires.

Development of a bifunctional CD1d-anti-HER2 scFv fusion molecule to redirect the iNKT cell-mediated immune response to the tumor site

Abstract : Invariant natural killer T lymphocytes (iNKT) are a unique subpopulation of T lymphocytes recognizing glycolipid antigens in the context of the MHC class I-like molecule CD1d. Upon activation with the high affinity ligand α-galactosylceramide (αGalCer), iNKT cells rapidly produce large amounts of the pro-inflammatory cytokine interferon gamma (IFN-γ) and potently activate cells of the innate and adaptive immune response, such as dendritic cells (DCs), NK and T cells. In this context, iNKT cells have been shown to efficiently mediate antitumor activity, and recent research has focused on the manipulation of these cells for antitumor therapies. However, a major drawback of αGalCer as a free drug is that a single injection of this ligand leads to a short-lived iNKT cell activation followed by a long-term anergy, limiting its therapeutic use. In contrast, we demonstrate here that when αGalCer is loaded on a recombinant soluble CD1d molecule (αGalCer/sCD1d), repeated injections lead to a sustained iNKT and NK cell activation associated with IFN-γ secretion as well as with DC maturation. Most importantly, when the αGalCer/sCD1d is fused to an anti-HER2 scFv antibody fragment, potent inhibition of experimental lung metastasis and established subcutaneous tumors is obtained when systemic treatment is started two to seven days after the injection of HER2-expressing B16 melanoma cells, whereas at this time free αGalCer has no effect. The antitumor activity of the sCD1d-anti-HER2 fusion protein is associated with HER2-specific tumor localization and accumulation of iNKT, NK and T cells at the tumor site. Importantly, active T cell immunization combined with the sCD1d-anti-HER2 treatment leads to the accumulation of antigen-specific CD8 T cells exclusively in HER2-expressing tumors, resulting in potent tumor inhibition. In conclusion, sustained activation and tumor targeting of iNKT cells by recombinant αGalCer/sCD1d molecules thus may promote a combined innate and adaptive immune response at the tumor site that may prove to be effective in cancer immunotherapy. RESUME : Les lymphocytes «invariant Natural Killer T » (iNKT) forment une sous-population particulière de lymphocytes T reconnaissant des antigènes glycolipidiques présentés sur la molécule non-polymorphique CD1d, analogue aux protéines du complexe majeur d'histocompatibilité de classe I. Après activation avec le ligand de haute affinité α-galactosylceramide (αGalCer), les cellules iNKT produisent des grandes quantités de la cytokine pro-inflammatoire interferon gamma (IFN-γ) et activent les cellules du système immunitaire inné et acquis, telles que les cellules dendritiques (DC), NK et T. En conséquence, on a montré que les cellules iNKT exercent des activités anti-tumorales et la recherche s'est intéressée à la manipulation de ces cellules pour développer des thérapies anti-tumorales. Néanmoins, le désavantage majeur de l'αGalCer, injecté seul, est qu'une seule dose de ce ligand aboutit à une activation des cellules iNKT de courte durée suivie par un état anergique prolongé, limitant l'utilisation thérapeutique de ce glycolipide. En revanche, l'étude présentée ici démontre que, si l'αGalCer est chargé sur des molécules récombinantes soluble CD1d (αGalCer/sCDld), des injections répétées aboutissent à une activation prolongée des cellules iNKT et NK associée avec la sécrétion d'IFN-γ et la maturation des cellules DC. Plus important, si on fusionne la molécule αGalCer/sCD1d avec un fragment single-chain (scFv) de l'anticorps anti-HER2, on observe une importante inhibition de métastases expérimentales aux poumons et de tumeurs sous-cutanées même lorsque le traitement systémique est commencé 2 à 7 jours après la greffe des cellules de mélanome B16 transfectées avec l'antigène HER2. Dans les mêmes conditions le traitement avec l'αGalCer seul est inefficace. L'activité anti-tumorale de la protéine sCDld-anti-HER2 est associée à son accumulation spécifique dans des tumeurs exprimant le HER2 ainsi qu'avec une accumulation des cellules iNKT, NK et T à la tumeur. De plus, une immunisation active combinée avec le traitement sCD1d-anti-HER2 aboutit à une accumulation des lymphocytes T CD8 spécifiques de l'antigène d'immunisation, ceci exclusivement dans des tumeurs qui expriment l'antigène HER2. Cette combinaison résulte dans une activité anti-tumeur accrue. En conclusion, l'activation prolongée des cellules iNKT redirigées à la tumeur par des molécules recombinantes αGalCer/sCDld conduit à l'activation de la réponse innée et adaptative au site tumoral, offrant une nouvelle stratégie prometteuse d'immunothérapie contre le cancer. RESUME POUR UN LARGE PUBLIC : Le cancer est une cause majeure de décès dans le monde. Sur un total de 58 millions de décès enregistrés au niveau mondial en 2005, 7,6 millions (soit 13%) étaient dus au cancer. Les principaux traitements de nombreux cancers sont la chirurgie, en association avec la radiothérapie et la chimiothérapie. Néanmoins, ces traitements nuisent aussi aux cellules normales de notre corps et parfois, ils ne suffisent pas pour éliminer définitivement une tumeur. L'immunothérapie est l'une des nouvelles approches pour la lutte contre le cancer et elle vise à exploiter la spécificité du système immunitaire qui peut distinguer des cellules normales et tumorales. Une cellule exprimant un marqueur tumoral (antigène) peut être reconnue par le système immunitaire humoral (anticorps) et/ou cellulaire, induisant une réponse spécifique contre la tumeur. L'immunothérapie peut s'appuyer alors sur la perfusion d'anticorps monoclonaux dirigés contre des antigènes tumoraux, par exemple les anticorps dirigés contre les protéines oncogéniques Her-2/neu dans le cancer du sein. Ces anticorps ont le grand avantage de spécifiquement se localiser à la tumeur et d'induire la lyse ou d'inhiber la prolifération des cellules tumorales exprimant l'antigène. Aujourd'hui, six anticorps monoclonaux non-conjugés sont approuvés en clinique. Cependant l'efficacité de ces anticorps contre des tumeurs solides reste limitée et les traitements sont souvent combinés avec de la chimiothérapie. L'immunothérapie spécifique peut également être cellulaire et exploiter par immunisation active le développement de lymphocytes T cytotoxiques (CTL) capables de détruire spécifiquement les cellules malignes. De telles «vaccinations »sont actuellement testées en clinique, mais jusqu'à présent elles n'ont pas abouti aux résultats satisfaisants. Pour obtenir une réponse lymphocytaire T cytotoxique antitumorale, la cellule T doit reconnaître un antigène associé à la tumeur, présenté sous forme de peptide dans un complexe majeur d'histocompatibilité de classe I (CHM I). Cependant les cellules tumorales sont peu efficace dans la présentation d'antigène, car souvent elles se caractérisent par une diminution ou une absence d'expression des molécules d'histocompatibilité de classe I, et expriment peu ou pas de molécules d'adhésion et de cytokines costimulatrices. C'est en partie pourquoi, malgré l'induction de fortes réponses CTL spécifiquement dirigés contre des antigènes tumoraux, les régressions tumorales obtenus grâce à ces vaccinations sont relativement rares. Les lymphocytes «invariant Natural Killer T » (iNKT) forment une sous-population particulière de lymphocytes T reconnaissant des antigènes glycolipidiques présentés sur la molécule non-polymorphique CD1d, analogue aux protéines CMH I. Après activation avec le ligand de haute affinité α-galactosylceramide (αGalCer), les cellules iNKT produisent des grandes quantités de la cytokine pro-inflammatoire interferon gamma (IFN-γ) et activent les cellules du système immunitaire inné et acquis, telles que les cellules dendritiques (DC), NK et T. En conséquence, on a montré que les cellules iNKT exercent des activités anti-tumorales et la recherche s'est intéressée à la manipulation de ces cellules pour développer des thérapies anti-tumorales. Néanmoins, le désavantage majeur de l'αGalCer, injecté seul, est qu'une seule dose de ce ligand aboutit à une activation des cellules iNKT de courte durée suivie par un état anergique prolongé, limitant l'utilisation thérapeutique de ce glycolipide. Notre groupe de recherche a donc eu l'idée de développer une nouvelle approche thérapeutique où la réponse immunitaire des cellules iNKT serait prolongée et redirigée vers la tumeur par des anticorps monoclonaux. Concrètement, nous avons produit des molécules récombinantes soluble CD1d (sCD1d) qui, si elles sont chargés avec l'αGalCer (αGalCer/sCDld), aboutissent à une activation prolongée des cellules iNKT et NK associée avec la sécrétion d'IFN-γ et la maturation des cellules DC. Plus important, si la molécule αGalCer/sCD1d est fusionnée avec un fragment single-chain (scFv) de l'anticorps anti-HER2, la réponse immunitaire est redirigée à la tumeur pour autant que les cellules cancéreuses expriment l'antigène HER2. Les molécules αGalCer/sCDld ainsi présentées activent les lymphocytes iNKT. Avec cette stratégie, on observe une importante inhibition de métastases expérimentales aux poumons et de tumeurs sous-cutanées, même lorsque le traitement systémique est commencé 2 à 7 jours après la greffe des cellules de mélanome B16 transfectées avec l'antigène HER2. Dans les mêmes conditions le traitement avec l'αGalCer seul est inefficace. L'activité anti-tumorale de la protéine sCDld-anti-HER2 est associée à son accumulation spécifique dans des tumeurs exprimant le HER2 ainsi qu'avec une accumulation des cellules iNKT, NK et T à la tumeur. En conclusion, l'activation prolongée des cellules iNKT redirigées à la tumeur par des molécules récombinantes αGalCer/sCD1d conduit à l'activation de la réponse innée et adaptative au site tumoral, offrant une nouvelle stratégie prometteuse d'immunothérapie contre le cancer.

Identification of cancer stem cells in Ewing's sarcoma

Summary : Cancer stem cells (CSC) that display tumor-initiating properties have recently been identified in several distinct types of malignancies, holding promise for more effective therapeutic strategies. However, evidence of such cells in sarcomas, which include some of the most aggressive and therapy-resistant tumors, has not been demonstrated to date. Here, we .identify and characterize cancer stem cells in Ewing's sarcoma family tumors (ESPY), a highly aggressive pediatric malignancy believed to be of mesenchymal stem cell (MSC) origin. Using magnetic bead cell separation of primary ESFT, we have isolated a subpopulation of CD133+ tumor cells that display the capacity to initiate and sustain tumor growth through serial transplantation in NOD/SCID mice, re-establishing at each in vivo passage the parental tumor phenotype and hierarchical cell organization. Consistent with the plasticity of MSCs, in vitro differentiation assays showed that the CD133+ cell population retained the ability to differentiate along adipogenic, osteogenic and chondrogenic lineages. Quantitative Real-Time PCR analysis of genes implicated in stem cell maintenance revealed that CD133+ ESFT cells express significantly higher levels of OCT4 and NANOG than their CD133- counterparts. Taken together, our observations provide the first identification of ESFT cancer stem cells (ET-CSC) and demonstration of their mesenchymal stem cell properties, a critical step toward a better biological understanding and rational therapeutic targeting of these tumors. Résumé : Des cellules souches tumorales avec des propriétés exclusives d'initiation tumorale ont récemment été identifiées dans différents types de cancers, permettant ainsi d'espérer le développement de thérapies plus efficaces. Cependant, l'existence de telles cellules dans les sarcomes, un sous-groupe de cancers d'origine mésenchymateuse très agressifs, n'a pas encore été démontrée. Dans ce travail de recherche, nous identifions et caractérisons des cellules souches tumorales dans le sarcome d'Ewing, une tumeur pédiatrique très agressive vraisemblablement dérivée de cellules souches mésenchymateuses (MSC). Afin de séparer des populations cellulaires dans des échantillons primaires de sarcome d'Ewing, nous avons utilisé des billes magnétiques couplées à des anticorps monoclonaux. Ceci nous a permis d'isoler une sous-population de cellules tumorales CD133+ qui ont la capacité d'initier et de maintenir la croissance tumorale dans des xénotransplantations en série effectuées dans des souris immunodéficientes NOD/SCID. Ces cellules reétablissent à chaque passage in vivo le phénotype de la tumeur d'origine ainsi que son organisation hiérarchique. En accord avec la plasticité des MSC, des tests de différentiation in vitro ont montré que les cellules CD133+ maintiennent la capacité de se différentier en adipocytes, ostéocytes et chondrocytes. Une analyse par PCR quantitative de gènes impliqués dans le maintien des cellules souches a montré que les cellules CD133+ expriment un niveau beaucoup plus élevé de OCT4 and NANOG que les cellules CD133-. En résumé, nos observations constituent la première identification de cellules souches tumorales dans le sarcome d'Ewing et démontrent leur propriété de cellules souches mésenchymateuses. Ceci constitue une étape clé vers une meilleure compréhension biologique et une meilleure approche thérapeutique de ces tumeurs.

Genomics of "chlamydia"-related bacteria

AbstractThe Chlamydiales order is an important bacterial phylum that comprises some of the most successful human pathogens such as Chlamydia trachomatis, the leading infectious cause of blindness worldwide. Since some years, several new bacteria related to Chlamydia have been discovered in clinical or environmental samples and might represent emerging pathogens. The genome sequencing of classical Chlamydia has brought invaluable information on these obligate intracellular bacteria otherwise difficult to study due to the lack of tools to perform basic genetic manipulation. The recent emergence of high-throughput sequencing technologies yielding millions of reads in a short time lowered the costs of genome sequencing and thus represented a unique opportunity to study Chlamydia-re\ated bacteria. Based on the sequencing and the analysis of Chlamydiales genomes, this thesis provides significant insights into the genetic determinants of the intracellular lifestyle, the pathogenicity, the metabolism and the evolution of Chlamydia-related bacteria. A first approach showed the efficacy of rapid sequencing coupled to proteomics to identify immunogenic proteins. This method, particularly useful for an emerging pathogen such as Parachlamydia acanthamoebae, enabled us to discover good candidates for the development of diagnostic tools that would permit to evaluate at larger scale the role of this bacterium in disease. Second, the complete genome of Waddlia chondrophila, a potential agent of miscarriage, encodes numerous virulence factors to manipulate its host cell and resist to environmental stresses. The reconstruction of metabolic pathways showed that the bacterium possesses extensive capabilities compared to related organisms. However, it is still incapable of synthesizing some essential components and thus has to import them from its host. Third, the genome comparison of Protochlamydia naegleriophila to its closest known relative Protochlamydia amoebophila revealed a particular evolutionary dynamic with the occurrence of an unexpected genome rearrangement. Fourth, a phylogenetic analysis of P. acanthamoebae and Legionella drancourtii identified several genes probably exchanged by horizontal gene transfer with other intracellular bacteria that might occur within their amoebal host. These genes often encode mechanisms for resistance to metal or toxic compounds. As a whole, the analysis of the different genomes enabled us to highlight a large diversity in size, GC percentage, repeat content as well as plasmid organization. The abundant genomic data obtained during this thesis have a wide impact since they provide the necessary bases for detailed investigations on countless aspects of the biology and the evolution of Chlamydia-related bacteria, whether in wet lab or by bioinformatical analyses.RésuméL'ordre des Chlamydiales est un important phylum bactérien qui comprend de nombreuses espèces pathogènes pour l'homme et les animaux, dont Chlamydia trachomatis, responsable du trachome, la cause majeure de cécité d'origine infectieuse à travers le monde. Durant ces dernières décennies, de nombreuses bactéries apparentées aux Chlamydia ont été découvertes dans des échantillons environnementaux ou cliniques mais leur éventuel rôle pathogène dans le développement de maladies reste peu connu. Ces bactéries sont des intracellulaires obligatoires car elles ont besoin d'une cellule hôte pour se multiplier, ce qui rend leur étude particulièrement difficile. Le développement de nouvelles technologies permettant de séquencer le génome d'un organisme rapidement et à moindre coût ainsi que l'essor des méthodes d'analyse s'y rapportant représentent une opportunité exceptionnelle d'étudier ces organismes. Dans ce contexte, cette thèse démontre l'utilité de la génomique pour développer de nouveaux outils diagnostiques ainsi que pour étudier le métabolisme de ces bactéries, leurs facteurs de virulence et leur évolution.Ainsi, une première approche a illustré l'utilité d'un séquençage rapide pour obtenir les informations nécessaires à l'identification de protéines qui sont reconnues par des anticorps humains ou animaux. Cette méthode, particulièrement utile pour un pathogène émergent tel que Parachlamydia acanthamoebae, a permis de découvrir de bons candidats pour le développement d'un outil diagnostique qui permettrait d'évaluer à plus large échelle le rôle de cette bactérie notamment dans la pneumonie. L'analyse du contenu génique de Waddlia chondrophila, un autre germe qui pourrait être impliqué dans les avortements et tes fausses-couches, a en outre mis en évidence la présence de nombreux facteurs connus qui lui permettent de manipuler son hôte. Cette bactérie possède de plus grandes capacités métaboliques que les autres Chlamydia, mais elle est incapable de synthétiser certains composants et doit donc les importer de son hôte pour subvenir à ses besoins. La comparaison du génome de Protochlamydia naegleriophila à son plus proche parent, Protochlamydia amoebophila, a dévoilé une évolution dynamique particulière avec l'occurrence d'un réarrangement majeur inattendu après la séparation de ces deux espèces. En outre, ces études ont montré l'occurrence de plusieurs transferts de gène avec d'autres organismes plus éloignés, notamment d'autres intracellulaires d'amibes, souvent pour l'acquisition de mécanismes de résistances à des composés toxiques. Les données génomiques acquises durant ce travail posent les fondements nécessaires a de nombreuses analyses qui permettront progressivement de mieux comprendre de nombreux aspects de ces bactéries fascinantes.