Cutting artefacts and cutting process in vitreous sections for cryo-electron microscopy.

Cryo-electron microscopy of vitreous sections (CEMOVIS) has recently been shown to provide images of biological specimens with unprecedented quality and resolution. Cutting the sections remains however the major difficulty. Here, we examine the parameters influencing the quality of the sections and analyse the resulting artefacts. They are in particular: knife marks, compression, crevasses, and chatter. We propose a model taking into account the interplay between viscous flow and fracture. We confirm that crevasses are formed on only one side of the section, and define conditions by which they can be avoided. Chatter is an effect of irregular compression due to friction of the section of the knife edge and conditions to prevent this are also explored. In absence of crevasses and chatter, the bulk of the section is compressed approximately homogeneously. Within this approximation, it is possible to correct for compression by a simple linear transformation for the bulk of the section. A research program is proposed to test and refine our understanding of the sectioning process.

Cooperation in centralised CATI Household Panel Surveys : A Contact-based Multilevel Analysis to Examine Interviewer, Respondent, and Fieldwork Process Effects

In this research, we analyse the contact-specific mean of the final cooperation probability, distinguishing on the one hand between contacts with household reference persons and with other eligible household members, and on the other hand between first and later contacts. Data comes from two Swiss Household Panel surveys. The interviewer-specific variance is higher for first contacts, especially in the case of the reference person. For later contacts with the reference person, the contact-specific variance dominates. This means that interaction effects and situational factors are decisive. The contact number has negative effects on the performance of contacts with the reference person, positive in the case of other persons. Also time elapsed since the previous contact has negative effects in the case of reference persons. The result of the previous contact has strong effects, especially in the case of the reference person. These findings call for a quick completion of the household grid questionnaire, assigning the best interviewers to conducting the first contact. While obtaining refusals has negative effects, obtaining other contact results has only weak effects on the interviewer's subsequent contact outcome. Using the same interviewer for contacts has no positive effects.

Influence of initial foot dorsal flexion on vertical jump and running performance.

Several studies (on an inclined platform or with special shoes) have reported improved jump performance when the ankle was in a dorsiflexion (DF) position. The present study aims to test whether shoes inducing moderate DF modify vertical jump performance and energy cost. Twenty-one young, healthy female subjects (30 +/- 6 yr, 58 +/- 6 kg, O2max 45 +/- 3 mLxkg-1xmin-1, mean +/- SD) participated in the study. Jump performance was tested with subjects either wearing 4 degrees DF or standard (S) shoes. The jump tests (performed on a force platform) consisted of squat jump (SJ), countermovement jump (CMJ), and continuous jumps (CJ) during 15 seconds. Measured parameters were jump height, speed at take off, and maximal and average power. Oxygen uptake was measured on a treadmill while subjects ran at 95% of the anaerobic threshold during a 7-minute steady-state period. As compared with S shoes, DF shoes significantly improved the height of SJ (31 +/- 4 cm vs. 34 +/- 4 cm, p = 0.0001), CMJ (32 +/- 4 cm vs. 34 +/- 4 cm, p = 0.0004), and CJ (17.5 +/- 4.2 cm vs. 22.0 +/- 6.0 cm, p = 0.0001). Speed at take off was also significantly higher. Mean power significantly increased in SJ and CJ but not in CMJ. Oxygen uptake was not different between conditions (p = 0.40). Dorsiflexion shoes induce a significant increase in jump performance. These results are in accordance with the concept that a DF of the ankle may induce an increase of the length and strength of the triceps surae (higher torque). However, wearing DF shoes did not require more energy during running. Dorsiflexion shoes could be used to increase jump performance in several sports such as volleyball in which jump height is essential.

Success of referral for alcohol dependent patients from a general hospital: predictive value of patient and process characteristics.

To assess the effectiveness of a multidisciplinary evaluation and referral process in a prospective cohort of general hospital patients with alcohol dependence. Alcohol-dependent patients were identified in the wards of the general hospital and its primary care center. They were evaluated and then referred to treatment by a multidisciplinary team; those patients who accepted to participate in this cohort study were consecutively included and followed for 6 months. Not included patients were lost for follow-up, whereas all included patients were assessed at time of inclusion, 2 and 6 months later by a research psychologist in order to collect standardized baseline patients' characteristics, process salient features and patients outcomes (defined as treatment adherence and abstinence). Multidisciplinary evaluation and therapeutic referral was feasible and effective, with a success rate of 43%for treatment adherence and 28%for abstinence at 6 months. Among patients' characteristics, predictors of success were an age over 45, not living alone, being employed and being motivated to treatment (RAATE-A score < 18), whereas successful process characteristics included detoxification of the patient at time of referral and a full multidisciplinary referral meeting. This multidisciplinary model of evaluation and referral of alcohol dependent patients of a general hospital had a satisfactory level of effectiveness. Predictors of success and failure allow to identify subsets of patients for whom new strategies of motivation and treatment referral should be designed.

Editorial research and the publication process in biomedicine and health: Report from the Esteve Foundation Discussion Group, December 2012.

Despite the fact that there are more than twenty thousand biomedical journals in the world, research into the work of editors and publication process in biomedical and health care journals is rare. In December 2012, the Esteve Foundation, a non-profit scientific institution that fosters progress in pharmacotherapy by means of scientific communication and discussion organized a discussion group of 7 editors and/or experts in peer review biomedical publishing. They presented findings of past editorial research, discussed the lack of competitive funding schemes and specialized journals for dissemination of editorial research, and reported on the great diversity of misconduct and conflict of interest policies, as well as adherence to reporting guidelines. Furthermore, they reported on the reluctance of editors to investigate allegations of misconduct or increase the level of data sharing in health research. In the end, they concluded that if editors are to remain gatekeepers of scientific knowledge they should reaffirm their focus on the integrity of the scientific record and completeness of the data they publish. Additionally, more research should be undertaken to understand why many journals are not adhering to editorial standards, and what obstacles editors face when engaging in editorial research.

Success of referral for alcohol dependent patients from a general hospital : predictive value of patient and process characteristics

RESUME: Introduction L'objectif de cette étude prospective de cohorte était d'estimer l'efficacité d'un processus de prise en charge standardisé de patients dépendants de l'alcool dans le contexte d'un hôpital universitaire de soins généraux. Ce modèle de prise en charge comprenait une évaluation multidisciplinaire puis des propositions de traitements individualisées et spécifiques (« projet thérapeutique »). Patients et méthode 165 patients alcoolo-dépendants furent recrutés dans différents services de l'hôpital universitaire, y compris la policlinique de médecine. Ils furent dans un premier temps évalués par une équipe multidisciplinaire (médecin interniste, psychiatre, assistant social), puis un projet thérapeutique spécialisé et individualisé leur fut proposé lors d'une rencontre réunissant le patient et l'équipe. Tous les patients éligibles acceptant de participer à l'étude (n=68) furent interrogés au moment de l'inclusion puis 2 et 6 mois plus tard par une psychologue. Des informations standardisées furent recueillies sur les caractéristiques des patients, le processus de prise en charge et l'évolution à 6 mois. Les critères de succès utilisés à 6 mois furent: l'adhérence au traitement proposé et l'abstinence d'alcool. Résultats Lors de l'évaluation à 6 mois, 43% des patients étaient toujours en traitement et 28% étaient abstinents. Les variables prédictrices de succès parmi les caractéristiques des patients étaient un âge de plus de 45 ans, ne pas vivre seul, avoir un travail et être motivé pour un traitement (RAATE-A <18). Pour les variables dépendantes du processus de prise en charge, un sevrage complet de l'alcool lors de la rencontre multidisciplinaire ainsi que la présence de tous les membres de l'équipe à cette réunion étaient des facteurs associés au succès. Conclusion L'efficacité de ce modèle d'intervention pour patients dépendants de l'alcool en hôpital de soins généraux s'est montrée satisfaisante, en particulier pour le critère de succès adhérence au traitement. Des variables associées au succès ou à l'échec à 6 mois ont pu être mises en évidence, permettant d'identifier des populations de patients évoluant différemment. Des stratégies de prise en charge tenant compte de ces éléments pourraient donc être développées, permettant de proposer des traitements plus adaptés ainsi qu'une meilleure rétention des patients alcooliques dans les programmes thérapeutiques. ABSTRACT. To assess the effectiveness of a multidisciplinary evaluation and referral process in a prospective cohort of general hospital patients with alcohol dependence, alcohol-dependent patients were identified in the wards of the general hospital and its primary care center. They were evaluated and then referred to treatment by a multidisciplinary team; those patients who accepted to participate in this cohort study were consecutively included and followed for 6 months. Not included patients were lost for follow-up, whereas all included patients were assessed at time of inclusion, 2 and 6 months later by a research psychologist in order to collect standardized baseline patients' characteristics, process salient features and patients outcomes (defined as treatment adherence and abstinence). Multidisciplinary evaluation and therapeutic referral was feasible and effective, with a success rate of 43% for treatment adherence and 28% for abstinence at 6 months. Among patients' characteristics, predictors of success were an age over 45, not living alone, being employed and being motivated to treatment (RAATE-A score < 18), whereas successful process characteristics included detoxification of the patient at time of referral and a full multidisciplinary referral meeting. This multidisciplinary model of evaluation and referral of alcohol dependent patients of a general hospital had a satisfactory level of effectiveness. Predictors of success and failure allow the identification of subsets of patients for whom new strategies of motivation and treatment referral should be designed.

Dynamics of HIV latency and reactivation in a primary CD4+ T cell model.

HIV latency is a major obstacle to curing infection. Current strategies to eradicate HIV aim at increasing transcription of the latent provirus. In the present study we observed that latently infected CD4+ T cells from HIV-infected individuals failed to produce viral particles upon ex vivo exposure to SAHA (vorinostat), despite effective inhibition of histone deacetylases. To identify steps that were not susceptible to the action of SAHA or other latency reverting agents, we used a primary CD4+ T cell model, joint host and viral RNA sequencing, and a viral-encoded reporter. This model served to investigate the characteristics of latently infected cells, the dynamics of HIV latency, and the process of reactivation induced by various stimuli. During latency, we observed persistence of viral transcripts but only limited viral translation. Similarly, the reactivating agents SAHA and disulfiram successfully increased viral transcription, but failed to effectively enhance viral translation, mirroring the ex vivo data. This study highlights the importance of post-transcriptional blocks as one mechanism leading to HIV latency that needs to be relieved in order to purge the viral reservoir.

Contact metamorphism and emplacement of the western Adamello tonalite

The geodynamic forces acting in the Earth's interior manifest themselves in a variety of ways. Volcanoes are amongst the most impressive examples in this respect, but like with an iceberg, they only represent the tip of a more extensive system hidden underground. This system consists of a source region where melt forms and accumulates, feeder connections in which magma is transported towards the surface, and different reservoirs where it is stored before it eventually erupts to form a volcano. A magma represents a mixture of melt and crystals. The latter can be extracted from the source region, or form anywhere along the path towards their final crystallization place. They will retain information of the overall plumbing system. The host rocks of an intrusion, in contrast, provide information at the emplacement level. They record the effects of thermal and mechanical forces imposed by the magma. For a better understanding of the system, both parts - magmatic and metamorphic petrology - have to be integrated. I will demonstrate in my thesis that information from both is complementary. It is an iterative process, using constraints from one field to better constrain the other. Reading the history of the host rocks is not always straightforward. This is shown in chapter two, where a model for the formation of clustered garnets observed in the contact aureole is proposed. Fragments of garnets, older than the intrusive rocks are overgrown by garnet crystallizing due to the reheating during emplacement of the adjacent pluton. The formation of the clusters is therefore not a single event as generally assumed but the result of a two-stage process, namely the alteration of the old grains and the overgrowth and amalgamation of new garnet rims. This makes an important difference when applying petrological methods such as thermobarometry, geochronology or grain size distributions. The thermal conditions in the aureole are a strong function of the emplacement style of the pluton. therefore it is necessary to understand the pluton before drawing conclusions about its aureole. A study investigating the intrusive rocks by means of field, geochemical, geochronologi- cal and structural methods is presented in chapter three. This provided important information about the assembly of the intrusion, but also new insights on the nature of large, homogeneous plutons and the structure of the plumbing system in general. The incremental nature of the emplacement of the Western Adamello tonalité is documented, and the existence of an intermediate reservoir beneath homogeneous plutons is proposed. In chapter four it is demonstrated that information extracted from the host rock provides further constraints on the emplacement process of the intrusion. The temperatures obtain by combining field observations with phase petrology modeling are used together with thermal models to constrain the magmatic activity in the immediate intrusion. Instead of using the thermal models to control the petrology result, the inverse is done. The model parameters were changed until a match with the aureole temperatures was obtained. It is shown, that only a few combinations give a positive match and that temperature estimates from the aureole can constrain the frequency of ancient magmatic systems. In the fifth chapter, the Anisotropy of Magnetic Susceptibility of intrusive rocks is compared to 3D tomography. The obtained signal is a function of the shape and distribution of ferromagnetic grains, and is often used to infer flow directions of magma. It turns out that the signal is dominated by the shape of the magnetic crystals, and where they form tight clusters, also by their distribution. This is in good agreement with the predictions made in the theoretical and experimental literature. In the sixth chapter arguments for partial melting of host rock carbonates are presented. While at first very surprising, this is to be expected when considering the prior results from the intrusive study and experiments from the literature. Partial melting is documented by compelling microstructures, geochemical and structural data. The necessary conditions are far from extreme and this process might be more frequent than previously thought. The carbonate melt is highly mobile and can move along grain boundaries, infiltrating other rocks and ultimately alter the existing mineral assemblage. Finally, a mineralogical curiosity is presented in chapter seven. The mineral assemblage magne§site and calcite is in apparent equilibrium. It is well known that these two carbonates are not stable together in the system Ca0-Mg0-Fe0-C02. Indeed, magnesite and calcite should react to dolomite during metamorphism. The presented explanation for this '"forbidden" assemblage is, that a calcite melt infiltrated the magnesite bearing rock along grain boundaries and caused the peculiar microstructure. This is supported by isotopie disequilibrium between calcite and magnesite. A further implication of partially molten carbonates is, that the host rock drastically looses its strength so that its physical properties may be comparable to the ones of the intrusive rocks. This contrasting behavior of the host rock may ease the emplacement of the intrusion. We see that the circle closes and the iterative process of better constraining the emplacement could start again. - La Terre est en perpétuel mouvement et les forces tectoniques associées à ces mouvements se manifestent sous différentes formes. Les volcans en sont l'un des exemples les plus impressionnants, mais comme les icebergs, les laves émises en surfaces ne représentent que la pointe d'un vaste système caché dans les profondeurs. Ce système est constitué d'une région source, région où la roche source fond et produit le magma ; ce magma peut s'accumuler dans cette région source ou être transporté à travers différents conduits dans des réservoirs où le magma est stocké. Ce magma peut cristalliser in situ et produire des roches plutoniques ou alors être émis en surface. Un magma représente un mélange entre un liquide et des cristaux. Ces cristaux peuvent être extraits de la source ou se former tout au long du chemin jusqu'à l'endroit final de cristallisation. L'étude de ces cristaux peut ainsi donner des informations sur l'ensemble du système magmatique. Au contraire, les roches encaissantes fournissent des informations sur le niveau d'emplacement de l'intrusion. En effet ces roches enregistrent les effets thermiques et mécaniques imposés par le magma. Pour une meilleure compréhension du système, les deux parties, magmatique et métamorphique, doivent être intégrées. Cette thèse a pour but de montrer que les informations issues de l'étude des roches magmatiques et des roches encaissantes sont complémentaires. C'est un processus itératif qui utilise les contraintes d'un domaine pour améliorer la compréhension de l'autre. Comprendre l'histoire des roches encaissantes n'est pas toujours aisé. Ceci est démontré dans le chapitre deux, où un modèle de formation des grenats observés sous forme d'agrégats dans l'auréole de contact est proposé. Des fragments de grenats plus vieux que les roches intru- sives montrent une zone de surcroissance générée par l'apport thermique produit par la mise en place du pluton adjacent. La formation des agrégats de grenats n'est donc pas le résultat d'un seul événement, comme on le décrit habituellement, mais d'un processus en deux phases, soit l'altération de vieux grains engendrant une fracturation de ces grenats, puis la formation de zone de surcroissance autour de ces différents fragments expliquant la texture en agrégats observée. Cette interprétation en deux phases est importante, car elle engendre des différences notables lorsque l'on applique des méthodes pétrologiques comme la thermobarométrie, la géochronologie ou encore lorsque l'on étudie la distribution relative de la taille des grains. Les conditions thermales dans l'auréole de contact dépendent fortement du mode d'emplacement de l'intrusion et c'est pourquoi il est nécessaire de d'abord comprendre le pluton avant de faire des conclusions sur son auréole de contact. Une étude de terrain des roches intrusives ainsi qu'une étude géochimique, géochronologique et structurale est présente dans le troisième chapitre. Cette étude apporte des informations importantes sur la formation de l'intrusion mais également de nouvelles connaissances sur la nature de grands plutons homogènes et la structure de système magmatique en général. L'emplacement incrémental est mis en évidence et l'existence d'un réservoir intermédiaire en-dessous des plutons homogènes est proposé. Le quatrième chapitre de cette thèse illustre comment utiliser l'information extraite des roches encaissantes pour expliquer la mise en place de l'intrusion. Les températures obtenues par la combinaison des observations de terrain et l'assemblage métamorphique sont utilisées avec des modèles thermiques pour contraindre l'activité magmatique au contact directe de cette auréole. Au lieu d'utiliser le modèle thermique pour vérifier le résultat pétrologique, une approche inverse a été choisie. Les paramètres du modèle ont été changés jusqu'à ce qu'on obtienne une correspondance avec les températures observées dans l'auréole de contact. Ceci montre qu'il y a peu de combinaison qui peuvent expliquer les températures et qu'on peut contraindre la fréquence de l'activité magmatique d'un ancien système magmatique de cette manière. Dans le cinquième chapitre, les processus contrôlant l'anisotropie de la susceptibilité magnétique des roches intrusives sont expliqués à l'aide d'images de la distribution des minéraux dans les roches obtenues par tomographie 3D. Le signal associé à l'anisotropie de la susceptibilité magnétique est une fonction de la forme et de la distribution des grains ferromagnétiques. Ce signal est fréquemment utilisé pour déterminer la direction de mouvement d'un magma. En accord avec d'autres études de la littérature, les résultats montrent que le signal est dominé par la forme des cristaux magnétiques, ainsi que par la distribution des agglomérats de ces minéraux dans la roche. Dans le sixième chapitre, une étude associée à la fusion partielle de carbonates dans les roches encaissantes est présentée. Si la présence de liquides carbonatés dans les auréoles de contact a été proposée sur la base d'expériences de laboratoire, notre étude démontre clairement leur existence dans la nature. La fusion partielle est documentée par des microstructures caractéristiques pour la présence de liquides ainsi que par des données géochimiques et structurales. Les conditions nécessaires sont loin d'être extrêmes et ce processus pourrait être plus fréquent qu'attendu. Les liquides carbonatés sont très mobiles et peuvent circuler le long des limites de grain avant d'infiltrer d'autres roches en produisant une modification de leurs assemblages minéralogiques. Finalement, une curiosité minéralogique est présentée dans le chapitre sept. L'assemblage de minéraux de magnésite et de calcite en équilibre apparent est observé. Il est bien connu que ces deux carbonates ne sont pas stables ensemble dans le système CaO-MgO-FeO-CO.,. En effet, la magnésite et la calcite devraient réagir et produire de la dolomite pendant le métamorphisme. L'explication présentée pour cet assemblage à priori « interdit » est que un liquide carbonaté provenant des roches adjacentes infiltre cette roche et est responsable pour cette microstructure. Une autre implication associée à la présence de carbonates fondus est que la roche encaissante montre une diminution drastique de sa résistance et que les propriétés physiques de cette roche deviennent comparables à celles de la roche intrusive. Cette modification des propriétés rhéologiques des roches encaissantes peut faciliter la mise en place des roches intrusives. Ces différentes études démontrent bien le processus itératif utilisé et l'intérêt d'étudier aussi bien les roches intrusives que les roches encaissantes pour la compréhension des mécanismes de mise en place des magmas au sein de la croûte terrestre.

Species distribution models for conservation-oriented studies in Switzerland : filling data and tools gaps

SUMMARYSpecies distribution models (SDMs) represent nowadays an essential tool in the research fields of ecology and conservation biology. By combining observations of species occurrence or abundance with information on the environmental characteristic of the observation sites, they can provide information on the ecology of species, predict their distributions across the landscape or extrapolate them to other spatial or time frames. The advent of SDMs, supported by geographic information systems (GIS), new developments in statistical models and constantly increasing computational capacities, has revolutionized the way ecologists can comprehend species distributions in their environment. SDMs have brought the tool that allows describing species realized niches across a multivariate environmental space and predict their spatial distribution. Predictions, in the form of probabilistic maps showing the potential distribution of the species, are an irreplaceable mean to inform every single unit of a territory about its biodiversity potential. SDMs and the corresponding spatial predictions can be used to plan conservation actions for particular species, to design field surveys, to assess the risks related to the spread of invasive species, to select reserve locations and design reserve networks, and ultimately, to forecast distributional changes according to scenarios of climate and/or land use change.By assessing the effect of several factors on model performance and on the accuracy of spatial predictions, this thesis aims at improving techniques and data available for distribution modelling and at providing the best possible information to conservation managers to support their decisions and action plans for the conservation of biodiversity in Switzerland and beyond. Several monitoring programs have been put in place from the national to the global scale, and different sources of data now exist and start to be available to researchers who want to model species distribution. However, because of the lack of means, data are often not gathered at an appropriate resolution, are sampled only over limited areas, are not spatially explicit or do not provide a sound biological information. A typical example of this is data on 'habitat' (sensu biota). Even though this is essential information for an effective conservation planning, it often has to be approximated from land use, the closest available information. Moreover, data are often not sampled according to an established sampling design, which can lead to biased samples and consequently to spurious modelling results. Understanding the sources of variability linked to the different phases of the modelling process and their importance is crucial in order to evaluate the final distribution maps that are to be used for conservation purposes.The research presented in this thesis was essentially conducted within the framework of the Landspot Project, a project supported by the Swiss National Science Foundation. The main goal of the project was to assess the possible contribution of pre-modelled 'habitat' units to model the distribution of animal species, in particular butterfly species, across Switzerland. While pursuing this goal, different aspects of data quality, sampling design and modelling process were addressed and improved, and implications for conservation discussed. The main 'habitat' units considered in this thesis are grassland and forest communities of natural and anthropogenic origin as defined in the typology of habitats for Switzerland. These communities are mainly defined at the phytosociological level of the alliance. For the time being, no comprehensive map of such communities is available at the national scale and at fine resolution. As a first step, it was therefore necessary to create distribution models and maps for these communities across Switzerland and thus to gather and collect the necessary data. In order to reach this first objective, several new developments were necessary such as the definition of expert models, the classification of the Swiss territory in environmental domains, the design of an environmentally stratified sampling of the target vegetation units across Switzerland, the development of a database integrating a decision-support system assisting in the classification of the relevés, and the downscaling of the land use/cover data from 100 m to 25 m resolution.The main contributions of this thesis to the discipline of species distribution modelling (SDM) are assembled in four main scientific papers. In the first, published in Journal of Riogeography different issues related to the modelling process itself are investigated. First is assessed the effect of five different stepwise selection methods on model performance, stability and parsimony, using data of the forest inventory of State of Vaud. In the same paper are also assessed: the effect of weighting absences to ensure a prevalence of 0.5 prior to model calibration; the effect of limiting absences beyond the environmental envelope defined by presences; four different methods for incorporating spatial autocorrelation; and finally, the effect of integrating predictor interactions. Results allowed to specifically enhance the GRASP tool (Generalized Regression Analysis and Spatial Predictions) that now incorporates new selection methods and the possibility of dealing with interactions among predictors as well as spatial autocorrelation. The contribution of different sources of remotely sensed information to species distribution models was also assessed. The second paper (to be submitted) explores the combined effects of sample size and data post-stratification on the accuracy of models using data on grassland distribution across Switzerland collected within the framework of the Landspot project and supplemented with other important vegetation databases. For the stratification of the data, different spatial frameworks were compared. In particular, environmental stratification by Swiss Environmental Domains was compared to geographical stratification either by biogeographic regions or political states (cantons). The third paper (to be submitted) assesses the contribution of pre- modelled vegetation communities to the modelling of fauna. It is a two-steps approach that combines the disciplines of community ecology and spatial ecology and integrates their corresponding concepts of habitat. First are modelled vegetation communities per se and then these 'habitat' units are used in order to model animal species habitat. A case study is presented with grassland communities and butterfly species. Different ways of integrating vegetation information in the models of butterfly distribution were also evaluated. Finally, a glimpse to climate change is given in the fourth paper, recently published in Ecological Modelling. This paper proposes a conceptual framework for analysing range shifts, namely a catalogue of the possible patterns of change in the distribution of a species along elevational or other environmental gradients and an improved quantitative methodology to identify and objectively describe these patterns. The methodology was developed using data from the Swiss national common breeding bird survey and the article presents results concerning the observed shifts in the elevational distribution of breeding birds in Switzerland.The overall objective of this thesis is to improve species distribution models as potential inputs for different conservation tools (e.g. red lists, ecological networks, risk assessment of the spread of invasive species, vulnerability assessment in the context of climate change). While no conservation issues or tools are directly tested in this thesis, the importance of the proposed improvements made in species distribution modelling is discussed in the context of the selection of reserve networks.RESUMELes modèles de distribution d'espèces (SDMs) représentent aujourd'hui un outil essentiel dans les domaines de recherche de l'écologie et de la biologie de la conservation. En combinant les observations de la présence des espèces ou de leur abondance avec des informations sur les caractéristiques environnementales des sites d'observation, ces modèles peuvent fournir des informations sur l'écologie des espèces, prédire leur distribution à travers le paysage ou l'extrapoler dans l'espace et le temps. Le déploiement des SDMs, soutenu par les systèmes d'information géographique (SIG), les nouveaux développements dans les modèles statistiques, ainsi que la constante augmentation des capacités de calcul, a révolutionné la façon dont les écologistes peuvent comprendre la distribution des espèces dans leur environnement. Les SDMs ont apporté l'outil qui permet de décrire la niche réalisée des espèces dans un espace environnemental multivarié et prédire leur distribution spatiale. Les prédictions, sous forme de carte probabilistes montrant la distribution potentielle de l'espèce, sont un moyen irremplaçable d'informer chaque unité du territoire de sa biodiversité potentielle. Les SDMs et les prédictions spatiales correspondantes peuvent être utilisés pour planifier des mesures de conservation pour des espèces particulières, pour concevoir des plans d'échantillonnage, pour évaluer les risques liés à la propagation d'espèces envahissantes, pour choisir l'emplacement de réserves et les mettre en réseau, et finalement, pour prévoir les changements de répartition en fonction de scénarios de changement climatique et/ou d'utilisation du sol. En évaluant l'effet de plusieurs facteurs sur la performance des modèles et sur la précision des prédictions spatiales, cette thèse vise à améliorer les techniques et les données disponibles pour la modélisation de la distribution des espèces et à fournir la meilleure information possible aux gestionnaires pour appuyer leurs décisions et leurs plans d'action pour la conservation de la biodiversité en Suisse et au-delà. Plusieurs programmes de surveillance ont été mis en place de l'échelle nationale à l'échelle globale, et différentes sources de données sont désormais disponibles pour les chercheurs qui veulent modéliser la distribution des espèces. Toutefois, en raison du manque de moyens, les données sont souvent collectées à une résolution inappropriée, sont échantillonnées sur des zones limitées, ne sont pas spatialement explicites ou ne fournissent pas une information écologique suffisante. Un exemple typique est fourni par les données sur 'l'habitat' (sensu biota). Même s'il s'agit d'une information essentielle pour des mesures de conservation efficaces, elle est souvent approximée par l'utilisation du sol, l'information qui s'en approche le plus. En outre, les données ne sont souvent pas échantillonnées selon un plan d'échantillonnage établi, ce qui biaise les échantillons et par conséquent les résultats de la modélisation. Comprendre les sources de variabilité liées aux différentes phases du processus de modélisation s'avère crucial afin d'évaluer l'utilisation des cartes de distribution prédites à des fins de conservation.La recherche présentée dans cette thèse a été essentiellement menée dans le cadre du projet Landspot, un projet soutenu par le Fond National Suisse pour la Recherche. L'objectif principal de ce projet était d'évaluer la contribution d'unités 'd'habitat' pré-modélisées pour modéliser la répartition des espèces animales, notamment de papillons, à travers la Suisse. Tout en poursuivant cet objectif, différents aspects touchant à la qualité des données, au plan d'échantillonnage et au processus de modélisation sont abordés et améliorés, et leurs implications pour la conservation des espèces discutées. Les principaux 'habitats' considérés dans cette thèse sont des communautés de prairie et de forêt d'origine naturelle et anthropique telles que définies dans la typologie des habitats de Suisse. Ces communautés sont principalement définies au niveau phytosociologique de l'alliance. Pour l'instant aucune carte de la distribution de ces communautés n'est disponible à l'échelle nationale et à résolution fine. Dans un premier temps, il a donc été nécessaire de créer des modèles de distribution de ces communautés à travers la Suisse et par conséquent de recueillir les données nécessaires. Afin d'atteindre ce premier objectif, plusieurs nouveaux développements ont été nécessaires, tels que la définition de modèles experts, la classification du territoire suisse en domaines environnementaux, la conception d'un échantillonnage environnementalement stratifié des unités de végétation cibles dans toute la Suisse, la création d'une base de données intégrant un système d'aide à la décision pour la classification des relevés, et le « downscaling » des données de couverture du sol de 100 m à 25 m de résolution. Les principales contributions de cette thèse à la discipline de la modélisation de la distribution d'espèces (SDM) sont rassemblées dans quatre articles scientifiques. Dans le premier article, publié dans le Journal of Biogeography, différentes questions liées au processus de modélisation sont étudiées en utilisant les données de l'inventaire forestier de l'Etat de Vaud. Tout d'abord sont évalués les effets de cinq méthodes de sélection pas-à-pas sur la performance, la stabilité et la parcimonie des modèles. Dans le même article sont également évalués: l'effet de la pondération des absences afin d'assurer une prévalence de 0.5 lors de la calibration du modèle; l'effet de limiter les absences au-delà de l'enveloppe définie par les présences; quatre méthodes différentes pour l'intégration de l'autocorrélation spatiale; et enfin, l'effet de l'intégration d'interactions entre facteurs. Les résultats présentés dans cet article ont permis d'améliorer l'outil GRASP qui intègre désonnais de nouvelles méthodes de sélection et la possibilité de traiter les interactions entre variables explicatives, ainsi que l'autocorrélation spatiale. La contribution de différentes sources de données issues de la télédétection a également été évaluée. Le deuxième article (en voie de soumission) explore les effets combinés de la taille de l'échantillon et de la post-stratification sur le la précision des modèles. Les données utilisées ici sont celles concernant la répartition des prairies de Suisse recueillies dans le cadre du projet Landspot et complétées par d'autres sources. Pour la stratification des données, différents cadres spatiaux ont été comparés. En particulier, la stratification environnementale par les domaines environnementaux de Suisse a été comparée à la stratification géographique par les régions biogéographiques ou par les cantons. Le troisième article (en voie de soumission) évalue la contribution de communautés végétales pré-modélisées à la modélisation de la faune. C'est une approche en deux étapes qui combine les disciplines de l'écologie des communautés et de l'écologie spatiale en intégrant leurs concepts de 'habitat' respectifs. Les communautés végétales sont modélisées d'abord, puis ces unités de 'habitat' sont utilisées pour modéliser les espèces animales. Une étude de cas est présentée avec des communautés prairiales et des espèces de papillons. Différentes façons d'intégrer l'information sur la végétation dans les modèles de répartition des papillons sont évaluées. Enfin, un clin d'oeil aux changements climatiques dans le dernier article, publié dans Ecological Modelling. Cet article propose un cadre conceptuel pour l'analyse des changements dans la distribution des espèces qui comprend notamment un catalogue des différentes formes possibles de changement le long d'un gradient d'élévation ou autre gradient environnemental, et une méthode quantitative améliorée pour identifier et décrire ces déplacements. Cette méthodologie a été développée en utilisant des données issues du monitoring des oiseaux nicheurs répandus et l'article présente les résultats concernant les déplacements observés dans la distribution altitudinale des oiseaux nicheurs en Suisse.L'objectif général de cette thèse est d'améliorer les modèles de distribution des espèces en tant que source d'information possible pour les différents outils de conservation (par exemple, listes rouges, réseaux écologiques, évaluation des risques de propagation d'espèces envahissantes, évaluation de la vulnérabilité des espèces dans le contexte de changement climatique). Bien que ces questions de conservation ne soient pas directement testées dans cette thèse, l'importance des améliorations proposées pour la modélisation de la distribution des espèces est discutée à la fin de ce travail dans le contexte de la sélection de réseaux de réserves.

Being Recognizable in Order to Overcome the Crisis: The Ambivalence of Islamis Actor's Struggle for Visibility in France and Switzerland

Since the 1990s, and especially since the early 2000s, passionate controversies (Göle 2014) have emerged around the new visibility of Islam in the public sphere across Europe. These controversies, which crystallized in the headscarf debate, seem even more disturbing given that women who wear it are often young, urban and educated: that is to say, "modern" (Göle 1997, 2011). Indeed, these young women wearing the hijab seem to disrupt the narrative of Western modernity, including the decline in religious practice (Hervieu-Léger 2006) or the narration of the process of secularization in Europe. It is in the context of these controversies that Islam is built imaginatively as a "public problem" that has to be "solved" (Behloul 2012). Thus, this social construction of the Muslim other has nurtured an assessment of the failure of multiculturalism in some European countries and a process of convergence around a single model of civic integration in Europe (Behloul 2012, Joppke 2004, 2010).

The relationship between forensic science and judicial error: a study covering error sources, bias, and remedies

Summary : Forensic science - both as a source of and as a remedy for error potentially leading to judicial error - has been studied empirically in this research. A comprehensive literature review, experimental tests on the influence of observational biases in fingermark comparison, and semistructured interviews with heads of forensic science laboratories/units in Switzerland and abroad were the tools used. For the literature review, some of the areas studied are: the quality of forensic science work in general, the complex interaction between science and law, and specific propositions as to error sources not directly related to the interaction between law and science. A list of potential error sources all the way from the crime scene to the writing of the report has been established as well. For the empirical tests, the ACE-V (Analysis, Comparison, Evaluation, and Verification) process of fingermark comparison was selected as an area of special interest for the study of observational biases, due to its heavy reliance on visual observation and recent cases of misidentifications. Results of the tests performed with forensic science students tend to show that decision-making stages are the most vulnerable to stimuli inducing observational biases. For the semi-structured interviews, eleven senior forensic scientists answered questions on several subjects, for example on potential and existing error sources in their work, of the limitations of what can be done with forensic science, and of the possibilities and tools to minimise errors. Training and education to augment the quality of forensic science have been discussed together with possible solutions to minimise the risk of errors in forensic science. In addition, the time that samples of physical evidence are kept has been determined as well. Results tend to show considerable agreement on most subjects among the international participants. Their opinions on possible explanations for the occurrence of such problems and the relative weight of such errors in the three stages of crime scene, laboratory, and report writing, disagree, however, with opinions widely represented in existing literature. Through the present research it was therefore possible to obtain a better view of the interaction of forensic science and judicial error to propose practical recommendations to minimise their occurrence. Résumé : Les sciences forensiques - considérés aussi bien comme source de que comme remède à l'erreur judiciaire - ont été étudiées empiriquement dans cette recherche. Une revue complète de littérature, des tests expérimentaux sur l'influence du biais de l'observation dans l'individualisation de traces digitales et des entretiens semi-directifs avec des responsables de laboratoires et unités de sciences forensiques en Suisse et à l'étranger étaient les outils utilisés. Pour la revue de littérature, quelques éléments étudies comprennent: la qualité du travail en sciences forensiques en général, l'interaction complexe entre la science et le droit, et des propositions spécifiques quant aux sources d'erreur pas directement liées à l'interaction entre droit et science. Une liste des sources potentielles d'erreur tout le long du processus de la scène de crime à la rédaction du rapport a également été établie. Pour les tests empiriques, le processus d'ACE-V (analyse, comparaison, évaluation et vérification) de l'individualisation de traces digitales a été choisi comme un sujet d'intérêt spécial pour l'étude des effets d'observation, due à son fort recours à l'observation visuelle et dû à des cas récents d'identification erronée. Les résultats des tests avec des étudiants tendent à prouver que les étapes de prise de décision sont les plus vulnérables aux stimuli induisant des biais d'observation. Pour les entretiens semi-structurés, onze forensiciens ont répondu à des questions sur des sujets variés, par exemple sur des sources potentielles et existantes d'erreur dans leur travail, des limitations de ce qui peut être fait en sciences forensiques, et des possibilités et des outils pour réduire au minimum ses erreurs. La formation et l'éducation pour augmenter la qualité des sciences forensiques ont été discutées ainsi que les solutions possibles pour réduire au minimum le risque d'erreurs en sciences forensiques. Le temps que des échantillons sont gardés a été également déterminé. En général, les résultats tendent à montrer un grand accord sur la plupart des sujets abordés pour les divers participants internationaux. Leur avis sur des explications possibles pour l'occurrence de tels problèmes et sur le poids relatif de telles erreurs dans les trois étapes scène de crime;', laboratoire et rédaction de rapports est cependant en désaccord avec les avis largement représentés dans la littérature existante. Par cette recherche il était donc possible d'obtenir une meilleure vue de l'interaction des sciences forensiques et de l'erreur judiciaire afin de proposer des recommandations pratiques pour réduire au minimum leur occurrence. Zusammenfassung : Forensische Wissenschaften - als Ursache und als Hilfsmittel gegen Fehler, die möglicherweise zu Justizirrtümern führen könnten - sind hier empirisch erforscht worden. Die eingestzten Methoden waren eine Literaturübersicht, experimentelle Tests über den Einfluss von Beobachtungseffekten (observer bias) in der Individualisierung von Fingerabdrücken und halbstandardisierte Interviews mit Verantwortlichen von kriminalistischen Labors/Diensten in der Schweiz und im Ausland. Der Literaturüberblick umfasst unter anderem: die Qualität der kriminalistischen Arbeit im Allgemeinen, die komplizierte Interaktion zwischen Wissenschaft und Recht und spezifische Fehlerquellen, welche nicht direkt auf der Interaktion von Recht und Wissenschaft beruhen. Eine Liste möglicher Fehlerquellen vom Tatort zum Rapportschreiben ist zudem erstellt worden. Für die empirischen Tests wurde der ACE-V (Analyse, Vergleich, Auswertung und Überprüfung) Prozess in der Fingerabdruck-Individualisierung als speziell interessantes Fachgebiet für die Studie von Beobachtungseffekten gewählt. Gründe sind die Wichtigkeit von visuellen Beobachtungen und kürzliche Fälle von Fehlidentifizierungen. Resultate der Tests, die mit Studenten durchgeführt wurden, neigen dazu Entscheidungsphasen als die anfälligsten für Stimuli aufzuzeigen, die Beobachtungseffekte anregen könnten. Für die halbstandardisierten Interviews beantworteten elf Forensiker Fragen über Themen wie zum Beispiel mögliche und vorhandene Fehlerquellen in ihrer Arbeit, Grenzen der forensischen Wissenschaften und Möglichkeiten und Mittel um Fehler zu verringern. Wie Training und Ausbildung die Qualität der forensischen Wissenschaften verbessern können ist zusammen mit möglichen Lösungen zur Fehlervermeidung im selben Bereich diskutiert worden. Wie lange Beweismitten aufbewahrt werden wurde auch festgehalten. Resultate neigen dazu, für die meisten Themen eine grosse Übereinstimmung zwischen den verschiedenen internationalen Teilnehmern zu zeigen. Ihre Meinungen über mögliche Erklärungen für das Auftreten solcher Probleme und des relativen Gewichts solcher Fehler in den drei Phasen Tatort, Labor und Rapportschreiben gehen jedoch mit den Meinungen, welche in der Literatur vertreten werden auseinander. Durch diese Forschungsarbeit war es folglich möglich, ein besseres Verständnis der Interaktion von forensischen Wissenschaften und Justizirrtümer zu erhalten, um somit praktische Empfehlungen vorzuschlagen, welche diese verringern. Resumen : Esta investigación ha analizado de manera empírica el rol de las ciencias forenses como fuente y como remedio de potenciales errores judiciales. La metodología empleada consistió en una revisión integral de la literatura, en una serie de experimentos sobre la influencia de los sesgos de observación en la individualización de huellas dactilares y en una serie de entrevistas semiestructuradas con jefes de laboratorios o unidades de ciencias forenses en Suiza y en el extranjero. En la revisión de la literatura, algunas de las áreas estudiadas fueron: la calidad del trabajo en ciencias forenses en general, la interacción compleja entre la ciencia y el derecho, así como otras fuentes de error no relacionadas directamente con la interacción entre derecho y ciencia. También se ha establecido una lista exhaustiva de las fuentes potenciales de error desde la llegada a la escena del crimen a la redacción del informe. En el marco de los tests empíricos, al analizar los sesgos de observación dedicamos especial interés al proceso de ACE-V (análisis, comparación, evaluación y verificación) para la individualización de huellas dactilares puesto que este reposa sobre la observación visual y ha originado varios casos recientes de identificaciones erróneas. Los resultados de las experimentaciones realizadas con estudiantes sugieren que las etapas en las que deben tornarse decisiones son las más vulnerables a lös factores que pueden generar sesgos de observación. En el contexto de las entrevistas semi-estructuradas, once científicos forenses de diversos países contestaron preguntas sobre varios temas, incluyendo las fuentes potenciales y existehtes de error en su trabajo, las limitaciones propias a las ciencias forenses, las posibilidades de reducir al mínimo los errores y las herramientas que podrían ser utilizadas para ello. Se han sugerido diversas soluciones para alcanzar este objetivo, incluyendo el entrenamiento y la educación para aumentar la calidad de las ciencias forenses. Además, se ha establecido el periodo de conservación de las muestras judiciales. Los resultados apuntan a un elevado grado de consenso entre los entrevistados en la mayoría de los temas. Sin embargo, sus opiniones sobre las posibles causas de estos errores y su importancia relativa en las tres etapas de la investigación -la escena del crimen, el laboratorio y la redacción de informe- discrepan con las que predominan ampliamente en la literatura actual. De este modo, esta investigación nos ha permitido obtener una mejor imagen de la interacción entre ciencias forenses y errores judiciales, y comenzar a formular una serie de recomendaciones prácticas para reducirlos al minimo.

New perspectives in the use of ink evidence in forensic science: Part II. Development and testing of mathematical algorithms for the automatic comparison of ink samples analysed by HPTLC

In the first part of this research, three stages were stated for a program to increase the information extracted from ink evidence and maximise its usefulness to the criminal and civil justice system. These stages are (a) develop a standard methodology for analysing ink samples by high-performance thin layer chromatography (HPTLC) in reproducible way, when ink samples are analysed at different time, locations and by different examiners; (b) compare automatically and objectively ink samples; and (c) define and evaluate theoretical framework for the use of ink evidence in forensic context. This report focuses on the second of the three stages. Using the calibration and acquisition process described in the previous report, mathematical algorithms are proposed to automatically and objectively compare ink samples. The performances of these algorithms are systematically studied for various chemical and forensic conditions using standard performance tests commonly used in biometrics studies. The results show that different algorithms are best suited for different tasks. Finally, this report demonstrates how modern analytical and computer technology can be used in the field of ink examination and how tools developed and successfully applied in other fields of forensic science can help maximising its impact within the field of questioned documents.

Positive and negative regulation of cellular immune responses in physiologic conditions and diseases.

The immune system has evolved to allow robust responses against pathogens while avoiding autoimmunity. This is notably enabled by stimulatory and inhibitory signals which contribute to the regulation of immune responses. In the presence of a pathogen, a specific and effective immune response must be induced and this leads to antigen-specific T-cell proliferation, cytokines production, and induction of T-cell differentiation toward an effector phenotype. After clearance or control of the pathogen, the effector immune response must be terminated in order to avoid tissue damage and chronic inflammation and this process involves coinhibitory molecules. When the immune system fails to eliminate or control the pathogen, continuous stimulation of T cells prevents the full contraction and leads to the functional exhaustion of effector T cells. Several evidences both in vitro and in vivo suggest that this anergic state can be reverted by blocking the interactions between coinhibitory molecules and their ligands. The potential to revert exhausted or inactivated T-cell responses following selective blocking of their function made these markers interesting targets for therapeutic interventions in patients with persistent viral infections or cancer.

The selective migration of young graduates : which of them return to their rural home region and which do not?

This paper addresses the migration behaviours of young university graduates from a rural region in Switzerland. Based on a questionnaire survey, it compares graduates' current place of residence (i.e. whether or not they returned to their home region) with characteristics related to their socio-familial, migration and professional trajectories. The propensity to return varies not only according to labour market variables (employment opportunities), but also to other factors, some of which have even more influence than job opportunities. The graduates' life course position (kind of household), their partners' characteristics (level of education and home region) and their family background (socio-economic status and history of migration) all play a central role. On the whole, results show that migration appears as a selective and complex process embedded in the life course of graduates.

Three essays on liquidity risk

Preface In this thesis we study several questions related to transaction data measured at an individual level. The questions are addressed in three essays that will constitute this thesis. In the first essay we use tick-by-tick data to estimate non-parametrically the jump process of 37 big stocks traded on the Paris Stock Exchange, and of the CAC 40 index. We separate the total daily returns in three components (trading continuous, trading jump, and overnight), and we characterize each one of them. We estimate at the individual and index levels the contribution of each return component to the total daily variability. For the index, the contribution of jumps is smaller and it is compensated by the larger contribution of overnight returns. We test formally that individual stocks jump more frequently than the index, and that they do not respond independently to the arrive of news. Finally, we find that daily jumps are larger when their arrival rates are larger. At the contemporaneous level there is a strong negative correlation between the jump frequency and the trading activity measures. The second essay study the general properties of the trade- and volume-duration processes for two stocks traded on the Paris Stock Exchange. These two stocks correspond to a very illiquid stock and to a relatively liquid stock. We estimate a class of autoregressive gamma process with conditional distribution from the family of non-central gamma (up to a scale factor). This process was introduced by Gouriéroux and Jasiak and it is known as Autoregressive gamma process. We also evaluate the ability of the process to fit the data. For this purpose we use the Diebold, Gunther and Tay (1998) test; and the capacity of the model to reproduce the moments of the observed data, and the empirical serial correlation and the partial serial correlation functions. We establish that the model describes correctly the trade duration process of illiquid stocks, but have problems to adjust correctly the trade duration process of liquid stocks which present long-memory characteristics. When the model is adjusted to volume duration, it successfully fit the data. In the third essay we study the economic relevance of optimal liquidation strategies by calibrating a recent and realistic microstructure model with data from the Paris Stock Exchange. We distinguish the case of parameters which are constant through the day from time-varying ones. An optimization problem incorporating this realistic microstructure model is presented and solved. Our model endogenizes the number of trades required before the position is liquidated. A comparative static exercise demonstrates the realism of our model. We find that a sell decision taken in the morning will be liquidated by the early afternoon. If price impacts increase over the day, the liquidation will take place more rapidly.