Exposition à des particules virales aéroportées potentiellement pathogènes dans des abattoirs et dans la filière du tri des déchets

La caractérisation de l'exposition à des bioaérosols dans différents secteurs de travail a, durant de nombreuses années, été documentée principalement pour les icroorganismes cultivables tels que les bactéries et les champignons. Puis, le développement des méthodes moléculaires d'analyse de l'ADN par amplification de séquences spécifiques ou universelles par PCR(1) a permis une caractérisation beaucoup plus réaliste des expositions en tenant compte, non seulement des bactéries et champignons cultivables, mais aussi des non-cultivables qui représentent l'immense majorité des icroorganismes totaux présents dans l'air. Ainsi, depuis une dizaine d'années, nos connaissances sur les communautés bactériennes et fongiques aéroportées se sont élargies (1). Aujourd'hui, une nouvelle avancée est faite, grâce à la métagénomique(2) qui permet d'identifier (après ou non amplification de l'ADN total) une grande part des séquences d'ADN présentes dans un environnement (2). L'utilisation de la PCR(1) et/ou de la métagénomique(2), dans le domaine de la santé au travail, s'est jusqu'à présent limitée à la caractérisation de l'exposition aux bactéries et champignons laissant de côté les virus. Cependant, il s'avère que beaucoup de virus pathogènes se transmettent par voie aérienne et qu'un grand nombre de travailleurs manipulent des matières pouvant être contaminées. C'est le cas des employés des abattoirs, potentiellement exposés à des virus zoonotiques(3) et des employés d'usines de tri des déchets ménagers solides. Cette note décrit deux études qui ont évalué, pour la première fois dans ces secteurs de travail, l'exposition professionnelle à des particules virales, la première en utilisant la métagénomique(2) et la seconde en utilisant les méthodes PCR(1) classique.

Genetic removal of tri-unsaturated fatty acids suppresses developmental and molecular phenotypes of an Arabidopsis tocopherol-deficient mutant. Whole-body mapping of malondialdehyde pools in a complex eukaryote.

Malondialdehyde (MDA) is a small, ubiquitous, and potentially toxic aldehyde that is produced in vivo by lipid oxidation and that is able to affect gene expression. Tocopherol deficiency in the vitamin E2 mutant vte2-1 of Arabidopsis thaliana leads to massive lipid oxidation and MDA accumulation shortly after germination. MDA accumulation correlates with a strong visual phenotype (growth reduction, cotyledon bleaching) and aberrant GST1 (glutathione S-transferase 1) expression. We suppressed MDA accumulation in the vte2-1 background by genetically removing tri-unsaturated fatty acids. The resulting quadruple mutant, fad3-2 fad7-2 fad8 vte2-1, did not display the visual phenotype or the aberrant GST1 expression observed in vte2-1. Moreover, cotyledon bleaching in vte2-1 was chemically phenocopied by treatment of wild-type plants with MDA. These data suggest that products of tri-unsaturated fatty acid oxidation underlie the vte2-1 seedling phenotype, including cellular toxicity and gene regulation properties. Generation of the quadruple mutant facilitated the development of an in situ fluorescence assay based on the formation of adducts of MDA with 2-thiobarbituric acid at 37 degrees C. Specificity was verified by measuring pentafluorophenylhydrazine derivatives of MDA and by liquid chromatography analysis of MDA-2-thiobarbituric acid adducts. Potentially applicable to other organisms, this method allowed the localization of MDA pools throughout the body of Arabidopsis and revealed an undiscovered pool of the compound unlikely to be derived from trienoic fatty acids in the vicinity of the root tip quiescent center.

Intravoxel incoherent motion diffusion-weighted imaging in the liver: comparison of mono-, bi- and tri-exponential modelling at 3.0-T.

PURPOSE: To determine whether a mono-, bi- or tri-exponential model best fits the intravoxel incoherent motion (IVIM) diffusion-weighted imaging (DWI) signal of normal livers. MATERIALS AND METHODS: The pilot and validation studies were conducted in 38 and 36 patients with normal livers, respectively. The DWI sequence was performed using single-shot echoplanar imaging with 11 (pilot study) and 16 (validation study) b values. In each study, data from all patients were used to model the IVIM signal of normal liver. Diffusion coefficients (Di ± standard deviations) and their fractions (fi ± standard deviations) were determined from each model. The models were compared using the extra sum-of-squares test and information criteria. RESULTS: The tri-exponential model provided a better fit than both the bi- and mono-exponential models. The tri-exponential IVIM model determined three diffusion compartments: a slow (D1 = 1.35 ± 0.03 × 10(-3) mm(2)/s; f1 = 72.7 ± 0.9 %), a fast (D2 = 26.50 ± 2.49 × 10(-3) mm(2)/s; f2 = 13.7 ± 0.6 %) and a very fast (D3 = 404.00 ± 43.7 × 10(-3) mm(2)/s; f3 = 13.5 ± 0.8 %) diffusion compartment [results from the validation study]. The very fast compartment contributed to the IVIM signal only for b values ≤15 s/mm(2) CONCLUSION: The tri-exponential model provided the best fit for IVIM signal decay in the liver over the 0-800 s/mm(2) range. In IVIM analysis of normal liver, a third very fast (pseudo)diffusion component might be relevant. KEY POINTS: ? For normal liver, tri-exponential IVIM model might be superior to bi-exponential ? A very fast compartment (D = 404.00 ± 43.7 × 10 (-3)  mm (2) /s; f = 13.5 ± 0.8 %) is determined from the tri-exponential model ? The compartment contributes to the IVIM signal only for b ≤ 15 s/mm (2.)

Mini invasive skeletal muscle biopsy technique with a tri-axial end cut needle.

OBJECTIVE: Skeletal Muscle Biopsy is a minor surgical procedure for the diagnosis of different neuromuscular pathological conditions and has recently gained popularity also in the research field of age-related muscular modifications and sarcopenia. Few studies focused on the application of mini-invasive muscular biopsy in both normal and pathological conditions. The aim of our study was to describe a mini invasive ultrasound-guided skeletal muscular biopsy technique in complete spinal cord injured (SCI) patients and healthy controls with a tri-axial end-cut needle. PATIENTS AND METHODS: Skeletal muscle biopsies were collected from 6 chronic SCI patients and 3 healthy controls vastus lateralis muscle with a tri-axial end cut needle (Biopince© - Angiotech). Muscle samples were stained for ATPase to determine fibers composition, moreover, gene expression of cyclooxygenase-1 (COX-1) and prostaglandin E2 receptor has been analyzed by Real Time RT-PCR. RESULTS: All the procedures were perfomed easily without failures and complications. Control tissue was macroscopically thicker than SCI one. Control specimen displayed an equal distribution of type I and type II fibers, while SCI sample displayed a prevalence of type II fibers SCI specimen displayed a significant reduction in COX-1 gene expression. This mini-invasive approach was easy, accurate and with low complication rate in performing skeletal muscle biopsy in both SCI patients and controls. CONCLUSIONS: This technique could be useful in conditions in which the overall quantity of specimen required is small like for molecular biology analysis. For histological diagnostic purposes and/or conditions in which the original tissue is already pathologically modified, this technique should be integrated with more invasive techniques.

Update of the BIPM comparison BIPM.RI(II)-K1.Cs-134 of activity measurements of the radionuclide 134Cs to include the 2008 results of the BEV (Austria), the 2009 result of the IRA (Switzerland) and the 2010 results of the NMISA (South Africa)

Purine nucleotide pyrophosphotransferase was purified to apparent homogeneity from a culture filtrate of Streptomyces morookaensis. It is a monomeric protein with a molecular weight of 24 000-25 000, and its isoelectric point is 6.9. The enzyme synthesizes purine nucleoside 5'-phosphate (mono, di, or tri) 3'-diphosphates such as pppApp, ppApp, pApp, pppGpp, ppGpp and pppIpp by transferring a pyrophosphoryl group from the 5'-position of ATP, dATP and ppApp to the 3'-position of purine nucleotides. The purified enzyme catalysed the formation of 435 mumol of pppApp and 620 mumol of pppGpp from ATP and GTP per min mg protein under the standard conditions. The enzyme requires absolutely a divalent cation for activity, and optimum pH for the enzyme activity lay above 10 for Mg2+, for Co2+ and Zn2+ from 9 to 9.5, and for Fe2+ from 7.5 to 8. The following Michaelis constants were determined: AMP, 2.78 mM; ADP, 3.23 mM; GMP, 0.89 mM; GDP, 0.46 mM and GTP, 1.54 mM, in the case of ATP donor. The enzyme is inhibited by guanine, guanosine, dGDP, dGTP, N-bromosuccinimide, iodacetate, sodium borate and mercuric acetate.

Selective and powerful stress gene expression in Arabidopsis in response to malondialdehyde.

The provenance, half-life and biological activity of malondialdehyde (MDA) were investigated in Arabidopsis thaliana. We provide genetic confirmation of the hypothesis that MDA originates from fatty acids containing more than two methylene-linked double bonds, showing that tri-unsaturated fatty acids are the in vivo source of up to 75% of MDA. The abundance of the combined pool of free and reversibly bound MDA did not change dramatically in stress, although a significant increase in the free MDA pool under oxidative conditions was observed. The half-life of infiltrated MDA indicated rapid metabolic turnover/sequestration. Exposure of plants to low levels of MDA using a recently developed protocol powerfully upregulated many genes on a cDNA microarray with a bias towards those implicated in abiotic/environmental stress (e.g. ROF1 and XERO2). Remarkably, and in contrast to the activities of other reactive electrophile species (i.e. small vinyl ketones), none of the pathogenesis-related (PR) genes tested responded to MDA. The use of structural mimics of MDA isomers suggested that the propensity of the molecule to act as a cross-linking/modifying reagent might contribute to the activation of gene expression. Changes in the concentration/localisation of unbound MDA in vivo could strongly affect stress-related transcription.

Eladeb : un outil d'auto-évaluation des besoins

Eladeb est un instrument d'auto-évaluation des difficultés psychosociales et des besoins d'aide de patients psychiatriques. Basé sur une procédure de tri de cartes figuratives, l'outil se démarque des questionnaires et entretiens structurés présents dans l'évaluation psychométrique clinique, en proposant une activité ludique qui laisse aussi un large espace de dialogue pour l'expression qualitative des difficultés et des besoins. Les expériences conduites sur le terrain montrent qu'il est bien accepté par les patients et les professionnels. Après une brève présentation de l'instrument, cet article expose une vignette clinique ainsi que le témoignage de son utilisation dans le cadre d'une fonda~ion spécialisée dans le suivi de patients psychiatriques.

Intraobserver and interobserver variability of ascending aorta diameter as assessed with ECG-gated MDCT: automatic versus manual measurements

Purpose: Recently morphometric measurements of the ascending aorta have been done with ECG-gated MDCT to help the development of future endovascular therapies (TCT) [1]. However, the variability of these measurements remains unknown. It will be interesting to know the impact of CAD (computer aided diagnosis) with automated segmentation of the vessel and automatic measurements of diameter on the management of ascending aorta aneurysms. Methods and Materials: Thirty patients referred for ECG-gated CT thoracic angiography (64-row CT scanner) were evaluated. Measurements of the maximum and minimum ascending aorta diameters were obtained automatically with a commercially available CAD and semi-manually by two observers separately. The CAD algorithms segment the iv-enhanced lumen of the ascending aorta into perpendicular planes along the centreline. The CAD then determines the largest and the smallest diameters. Both observers repeated the automatic measurements and the semimanual measurements during a different session at least one month after the first measurements. The Bland and Altman method was used to study the inter/intraobserver variability. A Wilcoxon signed-rank test was also used to analyse differences between observers. Results: Interobserver variability for semi-manual measurements between the first and second observers was between 1.2 to 1.0 mm for maximal and minimal diameter, respectively. Intraobserver variability of each observer ranged from 0.8 to 1.2 mm, the lowest variability being produced by the more experienced observer. CAD variability could be as low as 0.3 mm, showing that it can perform better than human observers. However, when used in nonoptimal conditions (streak artefacts from contrast in the superior vena cava or weak lumen enhancement), CAD has a variability that can be as high as 0.9 mm, reaching variability of semi-manual measurements. Furthermore, there were significant differences between both observers for maximal and minimal diameter measurements (p<0.001). There was also a significant difference between the first observer and CAD for maximal diameter measurements with the former underestimating the diameter compared to the latter (p<0.001). As for minimal diameters, they were higher when measured by the second observer than when measured by CAD (p<0.001). Neither the difference of mean minimal diameter between the first observer and CAD nor the difference of mean maximal diameter between the second observer and CAD was significant (p=0.20 and 0.06, respectively). Conclusion: CAD algorithms can lessen the variability of diameter measurements in the follow-up of ascending aorta aneurysms. Nevertheless, in non-optimal conditions, it may be necessary to correct manually the measurements. Improvements of the algorithms will help to avoid such a situation.

Exposition aux bioaérosols dans deux milieux professionnels : les cabinets de dentistes et les cultures de concombres et tomates

L'exposition aux bioaérosols (endotoxines, bactéries et spores de champignons en suspension dans l'air) et les problèmes de santé qui en découlent sont bien connus dans certains milieux professionnels (station d'épuration des eaux usées, élevages d'animaux, traitements des déchets organiques, travailleurs du bois, récolte et manutention des céréales, agriculture...). Cependant, les études avec investigations des concentrations aéroportées d'endotoxines et de micro-organismes se font très rares dans d'autres milieux professionnels à risque. Cette note d'actualité scientifique présente la synthèse de deux publications visant à quantifier les bioaérosols dans deux milieux professionnels rarement étudiés : les cabinets dentaires et les cultures maraîchères de concombres et tomates. Les dentistes ainsi que leurs assistants sont souvent bien informés sur les risques chimiques, les risques liés aux postures et les risques d'accidents avec exposition au sang. En revanche, le risque infectieux lié à une exposition aux bioaérosols est la plupart du temps méconnu. La flore bactérienne buccale est très riche et l'utilisation d'instruments tels que la fraise, le détartreur à ultrasons et le pistolet air-eau entraîne la dissémination aéroportée d'une grande quantité de bactéries. De plus, la conception des instruments générant un jet d'eau (diamètre des tubulures) favorise la formation de biofilm propice à l'adhérence et à la multiplication de micro-organismes à l'intérieur même des tuyaux. Ces micro-organismes se retrouvent alors en suspension dans l'air lors de l'utilisation de ces pistolets.L'inhalation de grandes quantités de ces micro-organismes pourrait alors engendrer des problèmes respiratoires (hypersensibilisation, asthme). De plus la présence de pathogènes, tels que les légionelles, les pseudomonas et les mycobactéries à croissance rapide, dans l'eau de ces unités dentaires peut aussi entraîner des risques infectieux pour les patients et pour les soignants. La production de tomates et concombres en Europe en 2008, était respectivement de 17 et 2 millions de tonnes dont 850 000 et 140 000 tonnes pour la France. La récolte, le tri et la mise en cageots ou en barquette individuelle de ces légumes génèrent de la poussière riche en matières organiques. Très peu d'études ont investigué l'exposition à ces poussières et aux endotoxines dans les serres de cultures intensives. Notamment, les données concernant les cultures de tomates sont inexistantes bien que ce légume soit un des plus cultivés en Europe. [Auteur]

Influenza vaccination and humoral alloimmunity in solid organ transplant recipients.

Annual influenza vaccination is recommended in solid organ transplant (SOT) recipients. However, concerns have been raised about the impact of vaccination on antigraft alloimmunity. We evaluated the humoral alloimmune responses to influenza vaccination in a cohort of SOT recipients between October 2008 and December 2011. Anti-HLA antibodies were measured before and 4-8 weeks after influenza vaccination using a solid-phase assay. Overall, 169 SOT recipients were included (kidney = 136, lung = 26, liver = 3, and combined = 4). Five (2.9%) of 169 patients developed de novo anti-HLA antibodies after vaccination, including one patient who developed donor-specific antibodies (DSA) 8 months after vaccination. In patients with pre-existing anti-HLA antibodies, median MFI was not significantly different before and after vaccination (P = 0.73 for class I and P = 0.20 for class II anti-HLA antibodies) and no development of de novo DSA was observed. Five episodes of rejection (2.9%) were observed within 12 months after vaccination, and only one patient had de novo anti-HLA antibodies. The incidence of development of anti-HLA antibodies after influenza vaccination in our cohort of SOT recipients was very low. Our findings indicate that influenza vaccination is safe and does not trigger humoral alloimmune responses in SOT recipients.

Variabilité intra/interobservateur du coefficient de diffusion apparente dans les lésions hépatiques malignes traitées

Objectifs : Le coefficient de diffusion apparente (ADC) est utilisé pour le suivi des lésions hépatiques malignes traitées. Cependant, l'ADC est généralement mesuré dans la lésion entière, alors que cela devrait être réalisé dans la zone la plus restreinte (ZLPR), cette dernière représentant potentiellement du résidu tumoral. Notre objectif était d'évaluer la variabilité inter/intraobservateur de l'ADC dans la tumeur entière et dans la ZLPR. Matériels et méthodes : Quarante patients traités par chimioembolisation ou radiofréquence ont été évalués. Après consensus, deux lecteurs ont indépendamment mesuré l'ADC de la lésion entière et de la ZLPR. Les mêmes mesures ont été répétées deux semaines plus tard. Le test de Spearman et la méthode de Bland-Altman ont été utilisées. Résultats : La corrélation interobservateur de l'ADC dans la lésion entière et dans la ZLPR était de 0,962 et de 0,884. La corrélation intraobservateur était de 0,992 et de 0,979, respectivement. Les limites de variabilité interobservateur (mm2/sec*10 - 3) étaient entre -0,25/+0,28 dans la lésion entière et entre -0,51/+0,46 dans la ZLPR. Les limites de variabilité intraobservateur étaient respectivement : -0,25/+0,24 et -0,43/+0,47. Conclusion : La corrélation inter/intraobservateur dans les mesures d'ADC est bonne. Toutefois, une variabilité limitée existe et doit être considérée lors de l'interprétation des valeurs d'ADC des tumeurs hépatiques.

Copy number variation and chromatin structure

The functional consequences of structural variation in the human genome range from adaptation, to phenotypic variation, to predisposition to diseases. Copy number variation (CNV) was shown to influence the phenotype by modifying, in a somewhat dose-dependent manner, the expression of genes that map within them, as well as that of genes located on their flanks. To assess the possible mechanism(s) behind this neighboring effect, we compared histone modification status of cell lines from patients affected by Williams-Beuren, Williams-Beuren region duplication, Smith-Magenis or DiGeorge Syndrome and control individuals using a high-throughput version of chromatin immuno-precipitation method (ChIP), called ChlP-seq. We monitored monomethylation of lysine K20 on histone H4 and trimethylation of lysine K27 on histone H3, as proxies for open and condensed chromatin, respectively. Consistent with the changes in expression levels observed for multiple genes mapping on the entire length of chromosomes affected by structural variants, we also detected regions with modified histone status between samples, up- and downstream from the critical regions, up to the end of the rearranged chromosome. We also gauged the intrachromosomal interactions of these cell lines utilizing chromosome conformation capture (4C-seq) technique. We observed that a set of genes flanking the Williams-Beuren Syndrome critical region (WBSCR) were often looping together, possibly forming an interacting cluster with each other and the WBSCR. Deletion of the WBSCR disrupts the expression of this group of flanking genes, as well as long-range interactions between them and the rearranged interval. We conclude, that large genomic rearrangements can lead to changes in the state of the chromatin spreading far away from the critical region, thus possibly affecting expression globally and as a result modifying the phenotype of the patients. - Les conséquences fonctionnelles des variations structurelles dans le génome humain sont vastes, allant de l'adaptation, en passant par les variations phénotypiques, aux prédispositions à certaines maladies. Il a été démontré que les variations du nombre de copies (CNV) influencent le phénotype en modifiant, d'une manière plus ou moins dose-dépendante, l'expression des gènes se situant à l'intérieur de ces régions, mais également celle des gènes se trouvant dans les régions flanquantes. Afin d'étudier les mécanismes possibles sous-jacents à cet effet de voisinage, nous avons comparé les états de modification des histones dans des lignées cellulaires dérivées de patients atteints du syndrome de Williams-Beuren, de la duplication de la région Williams-Beuren, du syndrome de Smith-Magenis ou du syndrome de Di- George et d'individus contrôles en utilisant une version haut-débit de la méthode d'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP), appelée ChIP-seq. Nous avons suivi la mono-méthylation de la lysine K20 sur l'histone H4 et la tri-méthylation de la lysine K27 sur l'histone H3, marqueurs respectifs de la chromatine ouverte et fermée. En accord avec les changements de niveaux d'expression observés pour de multiples gènes tout le long des chromosomes affectés par les CNVs, nous avons aussi détecté des régions présentant des modifications d'histones entre les échantillons, situées de part et d'autre des régions critiques, jusqu'aux extrémités du chromosome réarrangé. Nous avons aussi évalué les interactions intra-chromosomiques ayant lieu dans ces cellules par l'utilisation de la technique de capture de conformation des chromosomes (4C-seq). Nous avons observé qu'un groupe de gènes flanquants la région critique du syndrome de Williams-Beuren (WBSCR) forment souvent une boucle, constituant un groupe d'interactions privilégiées entre ces gènes et la WBSCR. La délétion de la WBSCR perturbe l'expression de ce groupe de gènes flanquants, mais également les interactions à grande échelle entre eux et la région réarrangée. Nous en concluons que les larges réarrangements génomiques peuvent aboutir à des changements de l'état de la chromatine pouvant s'étendre bien plus loin que la région critique, affectant donc potentiellement l'expression de manière globale et ainsi modifiant le phénotype des patients.