Development of metabolic labeling strategies to study changes in protein expression

Résumé : Les progrès techniques de la spectrométrie de masse (MS) ont contribué au récent développement de la protéomique. Cette technique peut actuellement détecter, identifier et quantifier des milliers de protéines. Toutefois, elle n'est pas encore assez puissante pour fournir une analyse complète des modifications du protéome corrélées à des phénomènes biologiques. Notre objectif était le développement d'une nouvelle stratégie pour la détection spécifique et la quantification des variations du protéome, basée sur la mesure de la synthèse des protéines plutôt que sur celle de la quantité de protéines totale. Pour cela, nous volions associer le marquage pulsé des protéines par des isotopes stables avec une méthode d'acquisition MS basée sur le balayage des ions précurseurs (precursor ion scan, ou PIS), afin de détecter spécifiquement les protéines ayant intégré les isotopes et d'estimer leur abondance par rapport aux protéines non marquées. Une telle approche peut identifier les protéines avec les plus hauts taux de synthèse dans une période de temps donnée, y compris les protéines dont l'expression augmente spécifiquement suite à un événement précis. Nous avons tout d'abord testé différents acides aminés marqués en combinaison avec des méthodes PIS spécifiques. Ces essais ont permis la détection spécifique des protéines marquées. Cependant, en raison des limitations instrumentales du spectromètre de masse utilisé pour les méthodes PIS, la sensibilité de cette approche s'est révélée être inférieure à une analyse non ciblée réalisée sur un instrument plus récent (Chapitre 2.1). Toutefois, pour l'analyse différentielle de deux milieux de culture conditionnés par des cellules cancéreuses humaines, nous avons utilisé le marquage métabolique pour distinguer les protéines d'origine cellulaire des protéines non marquées du sérum présentes dans les milieux de culture (Chapitre 2.2). Parallèlement, nous avons développé une nouvelle méthode de quantification nommée IBIS, qui utilise des paires d'isotopes stables d'acides aminés capables de produire des ions spécifiques qui peuvent être utilisés pour la quantification relative. La méthode IBIS a été appliquée à l'analyse de deux lignées cellulaires cancéreuses complètement marquées, mais de manière différenciée, par des paires d'acides aminés (Chapitre 2.3). Ensuite, conformément à l'objectif initial de cette thèse, nous avons utilisé une variante pulsée de l'IBIS pour détecter des modifications du protéome dans des cellules HeLa infectée par le virus humain Herpes Simplex-1 (Chapitre 2.4). Ce virus réprime la synthèse des protéines des cellules hôtes afin d'exploiter leur mécanisme de traduction pour la production massive de virions. Comme prévu, de hauts taux de synthèse ont été mesurés pour les protéines virales détectées, attestant de leur haut niveau d'expression. Nous avons de plus identifié un certain nombre de protéines humaines dont le rapport de synthèse et de dégradation (S/D) a été modifié par l'infection virale, ce qui peut donner des indications sur les stratégies utilisées par les virus pour détourner la machinerie cellulaire. En conclusion, nous avons montré dans ce travail que le marquage métabolique peut être employé de façon non conventionnelle pour étudier des dimensions peu explorées en protéomique. Summary : In recent years major technical advancements greatly supported the development of mass spectrometry (MS)-based proteomics. Currently, this technique can efficiently detect, identify and quantify thousands of proteins. However, it is not yet sufficiently powerful to provide a comprehensive analysis of the proteome changes correlated with biological phenomena. The aim of our project was the development of ~a new strategy for the specific detection and quantification of proteomé variations based on measurements of protein synthesis rather than total protein amounts. The rationale for this approach was that changes in protein synthesis more closely reflect dynamic cellular responses than changes in total protein concentrations. Our starting idea was to couple "pulsed" stable-isotope labeling of proteins with a specific MS acquisition method based on precursor ion scan (PIS), to specifically detect proteins that incorporated the label and to simultaneously estimate their abundance, relative to the unlabeled protein isoform. Such approach could highlight proteins with the highest synthesis rate in a given time frame, including proteins specifically up-regulated by a given biological stimulus. As a first step, we tested different isotope-labeled amino acids in combination with dedicated PIS methods and showed that this leads to specific detection of labeled proteins. Sensitivity, however, turned out to be lower than an untargeted analysis run on a more recent instrument, due to MS hardware limitations (Chapter 2.1). We next used metabolic labeling to distinguish the proteins of cellular origin from a high background of unlabeled (serum) proteins, for the differential analysis of two serum-containing culture media conditioned by labeled human cancer cells (Chapter 2.2). As a parallel project we developed a new quantification method (named ISIS), which uses pairs of stable-isotope labeled amino acids able to produce specific reporter ions, which can be used for relative quantification. The ISIS method was applied to the analysis of two fully, yet differentially labeled cancer cell lines, as described in Chapter 2.3. Next, in line with the original purpose of this thesis, we used a "pulsed" variant of ISIS to detect proteome changes in HeLa cells after the infection with human Herpes Simplex Virus-1 (Chapter 2.4). This virus is known to repress the synthesis of host cell proteins to exploit the translation machinery for the massive production of virions. As expected, high synthesis rates were measured for the detected viral proteins, confirming their up-regulation. Moreover, we identified a number of human proteins whose synthesis/degradation ratio (S/D) was affected by the viral infection and which could provide clues on the strategies used by the virus to hijack the cellular machinery. Overall, in this work, we showed that metabolic labeling can be employed in alternative ways to investigate poorly explored dimensions in proteomics.

Formation continue dans les services publics en Suisse : quelles stratégies des acteurs dans un environnement managérialisé ?

Dans l'environnement actuel fortement évolutif, les questions relatives à la formation continue sont plus que jamais essentielles. Nombre de publications les abordent toutefois uniquement sous un angle prescriptif, sans considérer le comportement réel du personnel en matière de formation continue. La recherche dont il est question dans cet article vise à mettre en évidence les stratégies que les agents publics suisses mettent en oeuvre, au sein d'organisations soumises à une managérialisation croissante, pour atteindre leurs propres objectifs de formation. Sur la base des analyses effectuées, la conclusion esquisse certains enjeux plus fondamentaux relatifs à l'avenir de la formation continue dans les services publics suisses, enjeux à notre sens largement transposables au sein d'autres pays de l'OCDE (Organisation de coopération et de développement économiques).

Trishanku (Traduction de Trishanku de Mannu Bhandari)

Le premier volume de cette nouvelle série a pour ambition de faire découvrir au lecteur la littérature hindi, véritable trésor peu connu du public francophone. Ces dix nouvelles inédites ont pour auteurs des écrivains emblématiques des courants de sensibilité qui ont jalonné l'histoire de l'Inde moderne. Elles donnent un aperçu de l'évolution et de la complexité de la littérature hindi. Une introduction substantielle les situe, et situe leurs auteurs, dans l'histoire politique, sociale et culturelle du siècle écoulé, de l'époque coloniale à l'indépendance et aux défis de la modernité. Une plongée dans un univers poétique et humain à la fois exotique et familier. Ce titre ouvre une nouvelle collection consacrée aux littératures du sous-continent indien.

La participation des consommateurs à la construction de l'autorité des normes internationales : vers une économie politique internationale de la traduction

Cette thèse explore les implications politiques de la montée en puissance des normes internationales sur nos sociétés contemporaines et pose la problématique des dynamiques participatives des représentants des consommateurs au sein des formes de pouvoir non étatique à l'aide du cas de l'Organisation internationale de normalisation (ISO). Le renforcement du pouvoir des normes internationales et autres spécifications techniques soulève d'importants enjeux démocratiques qui portent aussi bien sur la représentativité des acteurs qui les élaborent, sur l'articulation des prérogatives publiques et privées dans la gouvernance de la mondialisation, que sur le rôle de l'expertise dans la reconnaissance de ces nouvelles formes de pouvoir. La participation du monde associatif intervient sur ces différents enjeux de manière complexe. Cette recherche s'inscrit à la suite des études en relations internationales/économie politique internationale sur les formes d'autorité non étatique et s'inspire du concept de traduction issu de la sociologie des sciences et techniques pour mettre en lumière le rôle des spécifications techniques dans la construction d'une société de consommation centrée sur la liberté de choix et la façon dont les associations de consommateurs se saisissent des arènes de normalisation pour y faire valoir des préoccupations collectives, leur expertise et leur identité. Cette thèse défend l'idée que les consommateurs participent à la construction de l'autorité des normes internationales par leur rôle dans la traduction qui permet de relier les spécifications techniques au fonctionnement des marchés, au cadre réglementaire de la loi et aux préoccupations sociétales. L'analyse repose sur une observation ethnographique des délibérations d'un comité technique de l'ISO, une recherche-­‐action, la réalisation d'entretiens et la consultation de documents d'archives de l'ISO. -- This thesis explores the political significance of the rise of international standards on contemporary societies and questions the participatory dynamics of consumers' representatives within nonstate forms of power, using the case of the International organization for standardization (ISO). The power granted to international standards and other technical specifications raises important democratic issues regarding the representativity of standard-­‐ writers, the public-­‐private relationships involved in this form of governance or the expertise sustaining the recognition of such new forms of power. The participation of civil society associations affect such issues in complex ways. This research relies on international relations/international political economy approaches of nonstate authority and takes inspiration from the concept of translation developed by science and technology studies to highlight the crucial role played by technical specifications in building a consumer society based on the freedom of choice as well as how consumers' associations take stock of standardization arenas to promote collective issues and claim their expertise and identity. This thesis argues that consumers contribute to the construction of the authority of international standards through their role in the translation that links international standards to the market society, the regulatory state as well as to societal preoccupation. The analysis is based on an ethnographic observation of deliberations within an ISO technical committee, a research-­‐action, interviews as well as on the consultation of ISO archives.

Promotion de l'activité physique chez les aînés: enjeux et stratégies spécifiques. [Promotion of exercise in older people: issues and strategies].

Regular physical activity is among the most effective interventions to prevent or delay functional decline and disability, even in older persons. Despite relatively strong scientific evidence supporting these benefits, the majority of older persons remain mostly sedentary. For these persons, concerns about injury or fear of negative consequences on their chronic diseases are among the most powerful barriers to participation in regular physical activity. Promotion of physical activity among older persons has therefore become one of the five main themes of the health promotion project "Via", a project that aims at promoting good practice in prevention and health promotion directed toward older adults in Switzerland. This paper summarizes the main recommendations issued from this national project supported by the Swiss Health Promotion Foundation.

Dubbing. Die Übersetzung im Kino / La traduction audiovisuelle

Dubbing rassemble une série d'études inédites en langue française ou allemande menées par des chercheurs et chercheuses qui se sont penchés sur les rapports entre le mot écrit ou parlé et les images animées, en particulier dans le cas de la traduction. Les questions de l'adaptation d'un film à un nouveau public-cible sont envisagées dans l'histoire du cinéma et des discours sur le doublage dans une perspective historiographique et à partir de corpus variés, du néo-réalisme italien (La Terra Trema distribué en France) aux productions japonaises récentes (anime, jeux vidéo) en passant par la Nouvelle Vague (A bout de souffle « censuré » dans sa version italienne, la voix over chez Truffaut ou Resnais). Un accent tout particulier est mis sur les premières années de la généralisation du parlant, à l'époque des « versions multiples » (telles que la version anglaise de Der Blaue Engel de Sternberg et la version française de M de Fritz Lang) et des films polyglottes (Kameradschaft de Pabst) ; à travers des études fouillées, ces films hybrides sont discutés dans leur contexte historique. Le cinéma de la modernité (Godard, Straub et Huillet) est quant à lui repensé dans sa manière d'intégrer le texte écrit et comparé sur ce point à la pratique usuelle du sous-titrage. Au-delà de l'analyse filmique, les études offrent un cadre théorique permettant de nourrir la réflexion sur les rapports entre texte et image, corps et voix dans les médias, et sur la pratique de l'adaptation audiovisuelle. Situé au croisement des aires linguistiques et des champs académiques (traductologie et histoire du cinéma), Dubbing livre une contribution originale à l'étude de l'un des facteurs importants de la diffusion des films.

Apocryphes arméniens. Transmission - traduction - création - iconographie

Ce volume rassemble les contributions présentées au Colloque international sur "La littérature apocryphe en langue arménienne" qui s'est tenu du 18 au 20 sep-tembre 1997 à l'Université de Genève. Cette réunion scientifique a été organisée conjointement par le Centre de recherches arménologiques de Genève et par l'Institut romand des sciences bibliques de l'Université de Lausanne. Il est le fruit d'une première collaboration entre l'Association internationale des études arméniennes (AIEA) et l'Association pour l'étude de la littérature apocryphe chrétienne (AELAC). Les deux associations ont tenté de définir ensemble la place et l'importance des oeuvres apocryphes arméniennes dans l'histoire de l'établissement du canon biblique ainsi que dans le contexte plus général de la diffusion des textes chrétiens et juifs. Après quelques réflexions introductives, les articles de ce volume ont été regroupés en quatre sections autours des thèmes de la transmission, de la traduction, de la création et de l'iconographie. Le débat entre les spécialistes de l'AIEA et de l'AELAC à l'occasion des journées genevoises s'est avéré très stimulants. La publication de ce volume, qui s'adresse également au public des non arménisants, contribue à intensifier et à promouvoir d'autres formes de collaborations interdisciplinaires, indispensables dans un champ de recherche aux implications si vastes.

Une pensée économique russe?: présentation, traduction et annotation de l'article "Science Economique" (1899) de Mikhail Ivanovich Tugan-Baranovskij

L'économiste russe Tugan-Baranovskij (1865-1919) a publié en 1899 une notice sur le développement de la « science économique russe » pour la première encyclopédie universelle russe, le Brockhaus-Efron. Sous la forme d'un catalogue chronologique des économistes russes et de leurs ouvrages tout au long du XIXe siècle, le récit de Tugan-Baranovskij représente une des premières tentatives d'écrire une histoire de la pensée économique russe. L'intérêt du texte se manifeste lorsqu'on s'interroge sur l'existence d'une telle science « nationale » de l'économie politique. Nous présentons ici en traduction française ce récit jamais encore traduit du russe, et nous l'accompagnons de notes sur les auteurs et les ouvrages qui y sont signalés.