Normalisation informatique et marchés de services : le cas du XML

Extensible Markup Language (XML) is a generic computing language that provides an outstanding case study of commodification of service standards. The development of this language in the late 1990s marked a shift in computer science as its extensibility let store and share any kind of data. Many office suites software rely on it. The chapter highlights how the largest multinational firms pay special attention to gain a recognised international standard for such a major technological innovation. It argues that standardisation processes affects market structures and can lead to market capture. By examining how a strategic use of standardisation arenas can generate profits, it shows that Microsoft succeeded in making its own technical solution a recognised ISO standard in 2008, while the same arena already adopted two years earlier the open source standard set by IBM and Sun Microsystems. Yet XML standardisation also helped to establish a distinct model of information technology services at the expense of Microsoft monopoly on proprietary software

SBML qualitative models: a model representation format and infrastructure to foster interactions between qualitative modelling formalisms and tools.

BACKGROUND: Qualitative frameworks, especially those based on the logical discrete formalism, are increasingly used to model regulatory and signalling networks. A major advantage of these frameworks is that they do not require precise quantitative data, and that they are well-suited for studies of large networks. While numerous groups have developed specific computational tools that provide original methods to analyse qualitative models, a standard format to exchange qualitative models has been missing. RESULTS: We present the Systems Biology Markup Language (SBML) Qualitative Models Package ("qual"), an extension of the SBML Level 3 standard designed for computer representation of qualitative models of biological networks. We demonstrate the interoperability of models via SBML qual through the analysis of a specific signalling network by three independent software tools. Furthermore, the collective effort to define the SBML qual format paved the way for the development of LogicalModel, an open-source model library, which will facilitate the adoption of the format as well as the collaborative development of algorithms to analyse qualitative models. CONCLUSIONS: SBML qual allows the exchange of qualitative models among a number of complementary software tools. SBML qual has the potential to promote collaborative work on the development of novel computational approaches, as well as on the specification and the analysis of comprehensive qualitative models of regulatory and signalling networks.

Langage et cerveau : vingt ans d'imagerie fonctionnelle [Language and the brain: 20 years of functional imagery]

La masse considérable de travaux publiés dans le domaine de la neuroimagerie fonctionnelle concernant les fonctions ou modalités du langage (compréhension et expression de la parole, lecture) ou les différents processus linguistiques qui les sous-tendent (sémantique, phonologie, syntaxe) permet de dégager de grandes tendances en termes de substrats anatomiques. Si les « fondamentaux » issus des origines aphasiologiques du domaine n'ont pas été bouleversés, certaines spécificités non explorées par l'approche lésionnelle sont identifiables. Les méta-analyses, en regroupant les résultats de la littérature, nous procurent aujourd'hui une vision globale des substrats cérébraux du langage. Cependant la variabilité inter-individuelle reste importante en raison de multiples facteurs dont certains sont mal identifiés ; cartographier exhaustivement les fonctions du langage à l'échelle individuelle reste une gageure. La quête des images du langage est sans doute aussi inachevable que celle de l'étude du langage lui-même.

Validity, reliability and responsiveness of the French language translation of the Western Ontario Shoulder Instability Index (WOSI).

BACKGROUND: The WOSI (Western Ontario Shoulder Instability Index) is a self-administered quality of life questionnaire designed to be used as a primary outcome measure in clinical trials on shoulder instability, as well as to measure the effect of an intervention on any particular patient. It is validated and is reliable and sensitive. As it is designed to measure subjective outcome, it is important that translation should be methodologically rigorous, as it is subject to both linguistic and cultural interpretation. OBJECTIVE: To produce a French language version of the WOSI that is culturally adapted to both European and North American French-speaking populations. MATERIALS AND METHODS: A validated protocol was used to create a French language WOSI questionnaire (WOSI-Fr) that would be culturally acceptable for both European and North American French-speaking populations. Reliability and responsiveness analyses were carried out, and the WOSI-Fr was compared to the F-QuickDASH-D/S (Disability of the Arm, Shoulder and Hand-French translation), and Walch-Duplay scores. RESULTS: A French language version of the WOSI (WOSI-Fr) was accepted by a multinational committee. The WOSI-Fr was then validated using a total of 144 native French-speaking subjects from Canada and Switzerland. Comparison of results on two WOSI-Fr questionnaires completed at a mean interval of 16 days showed that the WOSI-Fr had strong reliability, with a Pearson and interclass correlation of r=0.85 (P=0.01) and ICC=0.84 [95% CI=0.78-0.88]. Responsiveness, at a mean 378.9 days after surgical intervention, showed strong correlation with that of the F-QuickDASH-D/S, with r=0.67 (P<0.01). Moreover, a standardized response means analysis to calculate effect size for both the WOSI-Fr and the F-QuickDASH-D/S showed that the WOSI-Fr had a significantly greater ability to detect change (SRM 1.55 versus 0.87 for the WOSI-Fr and F-QuickDASH-D/S respectively, P<0.01). The WOSI-Fr showed fair correlation with the Walch-Duplay. DISCUSSION: A French-language translation of the WOSI questionnaire was created and validated for use in both Canadian and Swiss French-speaking populations. This questionnaire will facilitate outcome assessment in French-speaking settings, collaboration in multinational studies and comparison between studies performed in different countries. TYPE OF STUDY: Multicenter cohort study. LEVEL OF EVIDENCE: II.

Images in clinical urology. Nail of glans penis.

A 56-year-old man presented with a "nail" growing at the base of his glans penis. The tumor was locally excised, and microscopic examination revealed papillomatosis and hyperkeratosis of the malpighian epithelium, with a strong inflammatory reaction of the chorion and signs of local microinvasion, as well as the presence of well-differentiated squamous epithelial cells. The surgical margins were negative. The differential diagnosis was made between a benign papillomatous proliferation and verrucous carcinoma.

Détectabilité extra-fovéale sur des images anatomiques

Contexte¦- Les métastases hépatiques hypovasculaires sont parfois difficile à détecter car très polymorphiques et fréquemment irrégulières. Leurs contrastes sur CT scan hépatique sont souvent faibles.¦- Lors d'un diagnostic, le radiologue ne fixe pas sa vision fovéale sur chaque pixel de l'image. Les expériences de psychophysique avec eye-tracker montrent en effet que le radiologue se concentre sur quelques points spécifiques de l'image appelés fixations. Dans ce travail, nous nous intéresserons aux capacités de détection de l'oeil lorsque l'observateur effectue une saccade entre deux points de fixation. Plus particulièrement, nous nous intéresserons à caractériser les capacités de l'oeil à détecter les signaux se trouvant en dehors de sa vision fovéale, dans ce qu'on appelle, la vision périphérique.¦Objectifs¦- Caractériser l'effet de l'excentricité de la vision sur la détectabilité des contrastes dans le cas de métastases hépatiques hypovasculaires.¦- Récolter des données expérimentales en vue de créer un modèle mathématique qui permettra, à terme, de qualifier le système d'imagerie.¦- → objectifs du TM en soit :¦o prendre en main l'eyetracker¦o traduire une problématique médicale en une expérience scientifique reproductible, quantifiable et qualifiable.¦Méthode¦Nous effectuons une expérience 2AFC (2 Alternative Forced-Choice experiment) afin d'estimer la détectabilité du signal. Pour cela, nous forcerons l'observateur à maintenir son point de fixation à un endroit défini et vérifié par l'eye-tracker. La position del'excentricité du signal tumoral généré sur une coupe de CT hépatique sera le paramètre varié. L'observateur se verra présenté tour à tour deux coupes de CT hépatique, l'une comportant le signal tumoral standardisé et l'autre ne comportant pas le signal. L'observateur devra déterminer quelle image contient la pathologie avec la plus grande probabilité.¦- Cette expérience est un modèle simplifié de la réalité. En effet, le radiologue ne fixe pas un seul point lors de sa recherche mais effectue un "scanpath". Une seconde expérience, dite en free search sera effectuée dans la mesure du temps à disposition. Lors de cette expérience, le signal standardisé sera connu de l'observateur et il n'y aura plus de point de fixation forcée. L'eyetracker suivra le scanpath effectué par l'oeil de l'observateur lors de la recherche du signal sur une coupe de CT scan hépatique. L'intérêt de cette expérience réside dans l'observation de la corrélation entre les saccades et la découverte du signal. Elle permet aussi de vérifier les résultats obtenus lors de la première expérience.¦Résultats escomptés¦- Exp1 : Quantifier l'importance de l'excentricité en radiologie et aider à améliorer la performance de recherche.¦- Exp 2 : tester la validité des résultats obtenus par la première expérience.¦Plus value escomptée¦- Récolte de données pour créer un modèle mathématique capable de déterminer la qualité de l'image radiologique.¦- Possibilité d'extension à la recherche dans les trois dimensions du CT scan hépatique.