Development of metabolic labeling strategies to study changes in protein expression

Résumé : Les progrès techniques de la spectrométrie de masse (MS) ont contribué au récent développement de la protéomique. Cette technique peut actuellement détecter, identifier et quantifier des milliers de protéines. Toutefois, elle n'est pas encore assez puissante pour fournir une analyse complète des modifications du protéome corrélées à des phénomènes biologiques. Notre objectif était le développement d'une nouvelle stratégie pour la détection spécifique et la quantification des variations du protéome, basée sur la mesure de la synthèse des protéines plutôt que sur celle de la quantité de protéines totale. Pour cela, nous volions associer le marquage pulsé des protéines par des isotopes stables avec une méthode d'acquisition MS basée sur le balayage des ions précurseurs (precursor ion scan, ou PIS), afin de détecter spécifiquement les protéines ayant intégré les isotopes et d'estimer leur abondance par rapport aux protéines non marquées. Une telle approche peut identifier les protéines avec les plus hauts taux de synthèse dans une période de temps donnée, y compris les protéines dont l'expression augmente spécifiquement suite à un événement précis. Nous avons tout d'abord testé différents acides aminés marqués en combinaison avec des méthodes PIS spécifiques. Ces essais ont permis la détection spécifique des protéines marquées. Cependant, en raison des limitations instrumentales du spectromètre de masse utilisé pour les méthodes PIS, la sensibilité de cette approche s'est révélée être inférieure à une analyse non ciblée réalisée sur un instrument plus récent (Chapitre 2.1). Toutefois, pour l'analyse différentielle de deux milieux de culture conditionnés par des cellules cancéreuses humaines, nous avons utilisé le marquage métabolique pour distinguer les protéines d'origine cellulaire des protéines non marquées du sérum présentes dans les milieux de culture (Chapitre 2.2). Parallèlement, nous avons développé une nouvelle méthode de quantification nommée IBIS, qui utilise des paires d'isotopes stables d'acides aminés capables de produire des ions spécifiques qui peuvent être utilisés pour la quantification relative. La méthode IBIS a été appliquée à l'analyse de deux lignées cellulaires cancéreuses complètement marquées, mais de manière différenciée, par des paires d'acides aminés (Chapitre 2.3). Ensuite, conformément à l'objectif initial de cette thèse, nous avons utilisé une variante pulsée de l'IBIS pour détecter des modifications du protéome dans des cellules HeLa infectée par le virus humain Herpes Simplex-1 (Chapitre 2.4). Ce virus réprime la synthèse des protéines des cellules hôtes afin d'exploiter leur mécanisme de traduction pour la production massive de virions. Comme prévu, de hauts taux de synthèse ont été mesurés pour les protéines virales détectées, attestant de leur haut niveau d'expression. Nous avons de plus identifié un certain nombre de protéines humaines dont le rapport de synthèse et de dégradation (S/D) a été modifié par l'infection virale, ce qui peut donner des indications sur les stratégies utilisées par les virus pour détourner la machinerie cellulaire. En conclusion, nous avons montré dans ce travail que le marquage métabolique peut être employé de façon non conventionnelle pour étudier des dimensions peu explorées en protéomique. Summary : In recent years major technical advancements greatly supported the development of mass spectrometry (MS)-based proteomics. Currently, this technique can efficiently detect, identify and quantify thousands of proteins. However, it is not yet sufficiently powerful to provide a comprehensive analysis of the proteome changes correlated with biological phenomena. The aim of our project was the development of ~a new strategy for the specific detection and quantification of proteomé variations based on measurements of protein synthesis rather than total protein amounts. The rationale for this approach was that changes in protein synthesis more closely reflect dynamic cellular responses than changes in total protein concentrations. Our starting idea was to couple "pulsed" stable-isotope labeling of proteins with a specific MS acquisition method based on precursor ion scan (PIS), to specifically detect proteins that incorporated the label and to simultaneously estimate their abundance, relative to the unlabeled protein isoform. Such approach could highlight proteins with the highest synthesis rate in a given time frame, including proteins specifically up-regulated by a given biological stimulus. As a first step, we tested different isotope-labeled amino acids in combination with dedicated PIS methods and showed that this leads to specific detection of labeled proteins. Sensitivity, however, turned out to be lower than an untargeted analysis run on a more recent instrument, due to MS hardware limitations (Chapter 2.1). We next used metabolic labeling to distinguish the proteins of cellular origin from a high background of unlabeled (serum) proteins, for the differential analysis of two serum-containing culture media conditioned by labeled human cancer cells (Chapter 2.2). As a parallel project we developed a new quantification method (named ISIS), which uses pairs of stable-isotope labeled amino acids able to produce specific reporter ions, which can be used for relative quantification. The ISIS method was applied to the analysis of two fully, yet differentially labeled cancer cell lines, as described in Chapter 2.3. Next, in line with the original purpose of this thesis, we used a "pulsed" variant of ISIS to detect proteome changes in HeLa cells after the infection with human Herpes Simplex Virus-1 (Chapter 2.4). This virus is known to repress the synthesis of host cell proteins to exploit the translation machinery for the massive production of virions. As expected, high synthesis rates were measured for the detected viral proteins, confirming their up-regulation. Moreover, we identified a number of human proteins whose synthesis/degradation ratio (S/D) was affected by the viral infection and which could provide clues on the strategies used by the virus to hijack the cellular machinery. Overall, in this work, we showed that metabolic labeling can be employed in alternative ways to investigate poorly explored dimensions in proteomics.

Recurrent left colonic diverticulis episodes : more severe than the intial diverticulis ?

Rapport de Synthése : Introducfíon : la maladie diverticulaire est devenue un problème majeur de santé communautaire et occupe la cinquième place en termes de coûts des maladies digestives. La diverticulite représente sa complication la plus fréquente chez environ 20-25% des patients avec une maladie diverticulaire. Son taux de récidive après un premier épisode de diverticulite est estimé à 20%. Historiquement, il était accepté que le taux de complications et d'échec du traitement conservateur de la diverticulite soient plus élevés lors de récidive qu'après un épisode initial. Ceci a amené la communauté médicale ä un consensus qui est de proposer une sigmoidectomie élective suite à un 2ème épisode de diverticulite. De nouvelles données et réinterprétations de travaux antérieurs ont remis en question ce consensus. Par ces faits, les dernières recommandations de la société américaine de chirurgie colorectale restent encore évasives dues au manque d'évidence. Le but de cette thèse est de déterminer si la récidive de diverticulite a une présentation clinique et radiologique différente d'un épisode initiale et si le risque d'échec du traitement est réellement plus élevé. Méthode : étude rétrospective .de 271 patients consécutifs admis dans le service. de chirurgie viscérale CHUV pour diverticulite, confirmée par CT-scan, de 2001 à 2004. 202 patients présentaient un épisode initial (groupe I), et 69 une récidive (groupe R). Au total 20 paramètres cliniques et 15 radiologiques ont été analysés et comparés entre les 2 groupes, dont le taux de prise en charge chirurgicale, la présentation clinique initiale, la réponse au traitement, les complications, les paramètres de laboratoires, la présence de liquide libre, d'abcès ou de pneumopéritoine au scanner. Une analyse statistique univariée a été effectuée. Résultats : aucun des paramètres cliniques ou radiologiques n'étaient différents entre les deux groupes. Concernant la chirurgie, 15.8% des patients dans le groupe I ont nécessité une prise en charge chirurgicale à l'admission comparé à 5.8% dans le groupe R (p=0.04). Le taux d'échec du traitement conservateur dans les deux groupes était similaire (10.7% vs 10.0% ; p=0.84). Le taux de mortalité à 30 jours était de 3% dans le groupe I et 0% dans le groupe R (p= 0.34). Conclusion : selon les résultats de cette étude, la récidive de diverticulite n'entraîne pas plus de complications ni d'échec du traitement conservateur. De plus, le taux de prise en charge chirurgicale à l'admission du patient est moins fréquent en cas de récidive. Ces résultats remettent en questions le consensus actuel de prise en charge chirurgicale élective.

New methods for detecting antibiotic resistant bacteria and preventing their spread

Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) bacteria have emerged in the early 1980's in numerous health care institutions around the world. The main transmission mechanism within hospitals and healthcare facilities is through the hands of health care workers. Resistant to several antibiotics, the MRSA is one of the most feared pathogens in the hospital setting since it is very difficult to eradicate with the standard treatments. There are still a limited number of anti-MRSA antibiotics but the first cases of resistance to these compounds have already been reported and their frequency is likely to increase in the coming years. Every year, the MRSA infections result in major human and financial costs, due to the high associated mortality and expenses related to the required care. Measures towards a faster detection of resistant bacteria and establishment of appropriate antibiotic treatment parameters are fundamental. Also as part as infection prevention, diminution of bacteria present on the commonly touched surfaces could also limit the spread and selection of antibiotic resistant bacteria. During my thesis, projects were developed around MRSA and antibiotic resistance investigation using innovative technologies. The thesis was subdivided in three main parts with the use of atomic force microscopy AFM for antibiotic resistance detection in part 1, the importance of the bacterial inoculum size in the selection of antibiotic resistance in part 2 and the testing of antimicrobial surfaces creating by sputtering copper onto polyester in part 3. In part 1 the AFM was used two different ways, first for the measurement of stiffness (elasticity) of bacteria and second as a nanosensor for antibiotic susceptibility testing. The stiffness of MRSA with different susceptibility profiles to vancomycin was investigated using the stiffness tomography mode of the AFM and results have demonstrated and increased stiffness in the vancomycin resistant strains that also paralleled with increased thickness of the bacterial cell wall. Parts of the AFM were also used to build a new antibiotic susceptibility-testing device. This nano sensor was able to measure vibrations emitted from living bacteria that ceased definitively upon antibiotic exposure to which they were susceptible but restarted after antibiotic removal to which they were resistant, allowing in a matter of minute the assessment of antibiotic susceptibility determination. In part 2 the inoculum effect (IE) of vancomycin, daptomycin and linezolid and its importance in antibiotic resistance selection was investigated with MRSA during a 15 days of cycling experiment. Results indicated that a high bacterial inoculum and a prolonged antibiotic exposure were two key factors in the in vitro antibiotic resistance selection in MRSA and should be taken into consideration when choosing the drug treatment. Finally in part 3 bactericidal textile surfaces were investigated against MRSA. Polyesters coated after 160 seconds of copper sputtering have demonstrated a high bactericidal activity reducing the bacterial load of at least 3 logio after one hour of contact. -- Au cours des dernières décennies, des bactéries multirésistantes aux antibiotiques (BMR) ont émergé dans les hôpitaux du monde entier. Depuis lors, le nombre de BMR et la prévalence des infections liées aux soins (IAS) continuent de croître et sont associés à une augmentation des taux de morbidité et de mortalité ainsi qu'à des coûts élevés. De plus, le nombre de résistance à différentes classes d'antibiotiques a également augmenté parmi les BMR, limitant ainsi les options thérapeutiques disponibles lorsqu'elles ont liées a des infections. Des mesures visant une détection plus rapide des bactéries résistantes ainsi que l'établissement des paramètres de traitement antibiotiques adéquats sont primordiales lors d'infections déjà présentes. Dans une optique de prévention, la diminution des bactéries présentes sur les surfaces communément touchées pourrait aussi freiner la dissémination et l'évolution des bactéries résistantes. Durant ma thèse, différents projets incluant des nouvelles technologies et évoluant autour de la résistance antibiotique ont été traités. Des nouvelles technologies telles que le microscope à force atomique (AFM) et la pulvérisation cathodique de cuivre (PCC) ont été utilisées, et le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) a été la principale BMR étudiée. Deux grandes lignes de recherche ont été développées; la première visant à détecter la résistance antibiotique plus rapidement avec l'AFM et la seconde visant à prévenir la dissémination des BMR avec des surfaces crées grâce à la PCC. L'AFM a tout d'abord été utilisé en tant que microscope à sonde locale afin d'investiguer la résistance à la vancomycine chez les SARMs. Les résultats ont démontré que la rigidité de la paroi augmentait avec la résistance à la vancomycine et que celle-ci corrélait aussi avec une augmentation de l'épaisseur des parois, vérifiée grâce à la microscopie électronique. Des parties d'un AFM ont été ensuite utilisées afin de créer un nouveau dispositif de test de sensibilité aux antibiotiques, un nanocapteur. Ce nanocapteur mesure des vibrations produites par les bactéries vivantes. Après l'ajout d'antibiotique, les vibrations cessent définitivement chez les bactéries sensibles à l'antibiotique. En revanche pour les bactéries résistantes, les vibrations reprennent après le retrait de l'antibiotique dans le milieu permettant ainsi, en l'espace de minutes de détecter la sensibilité de la bactérie à un antibiotique. La PCC a été utilisée afin de créer des surfaces bactéricides pour la prévention de la viabilité des BMR sur des surfaces inertes. Des polyesters finement recouverts de cuivre (Cu), connu pour ses propriétés bactéricides, ont été produits et testés contre des SARMs. Une méthode de détection de viabilité des bactéries sur ces surfaces a été mise au point, et les polyesters obtenus après 160 secondes de pulvérisation au Cu ont démontré une excellente activité bactéricide, diminuant la charge bactérienne d'au moins 3 logio après une heure de contact. En conclusion, l'utilisation de nouvelles technologies nous a permis d'évoluer vers de méthodes de détection de la résistance antibiotique plus rapides ainsi que vers le développement d'un nouveau type de surface bactéricide, dans le but d'améliorer le diagnostic et la gestion des BMR.

Endoscopic mucosal resection in the esophagus with a new rigide device : an animal study

Résumé: Introduction : L'utilisation de méthodes endoscopiques peu invasives est en constante augmentation pour le traitement des lésions tumorales précoces de l'oesophage. Le but du traitement comprend l'éradication complète de tous les foyers de dysplasie ou de carcinome in situ, notamment dans les métaplasies intestinales de l'oesophage de Barrett, qui peuvent dégénérer en adénocarcinome. Plusieurs techniques d'ablation de la muqueuse oesophagienne (laser, argon plasma, electrocoagulation, photothérapie dynamique, résection endoscopique) ont été utilisées jusqu'à présent, mais aucune n'a vraiment donné entière satisfaction. Les techniques actuelles de résections endoscopiques par fibroscopie sont entre autres limitées par le grand nombre de séances nécessaires à l'éradication complète de la lésion et par la petite taille des fragments de muqueuse obtenus, ce qui rend l'analyse histologique difficile. Dans notre étude animale, nous avons évalué la faisabilité, l'efficacité et la sécurité d'une méthode de résection endoscopique à l'aide d'un nouvel oesophagoscope rigide. Matériel et méthode : Le résectoscope est formé d'un oesophagoscope rigide avec une fenêtre distale transparente à travers laquelle la muqueuse et une partie de la sous-muqueuse sont aspirées et ensuite réséquées avec une anse thermique. Les diverses fenêtres utilisées ont une taille comprise entre 2.2 et 4.4 cm. Le mouton a été choisi en raison de la ressemblance de son oesophage avec celui de l'humain en ce qui concerne l'épaisseur de son oesophage et sa structure histologique. Nous avons effectué 55 résections hémi-circonférentielles sur 21 animaux et 11 résections circonférentielles sur 11 autres. La Mitomycine-C, une substance qui inhibe la prolifération fibroblastique, a été utilisée dans 8 résections circonférentielles à différents intervalles de temps afin d'empêcher la survenue de sténoses oesophagiennes. Résultats : Toutes les résections hémi-circonférentielles ont permis d'obtenir des fragments compacts de tissu avec des bords nets, ce qui permet une excellente étude histologique. La surface du tissu prélevé était en corrélation avec la taille de la fenêtre du resectoscope. Nous avons ainsi pu obtenir des fragments avec des dimensions comprises entre 6 et 12 cm2. Pour les résections circonférentielles, les tissus étaient obtenus en 2 parties, en inversant de 180° la position de l'appareil. La profondeur de la résection a été optimale dans 58 cas sur 65 avec une découpe précise au niveau de la sous-muqueuse sans lésion de la couche musculaire sous- jacente. Il n'y a pas eu de complications après les résections hémi-circonférentielles. Les complications engendrées par les résections circonférentielles (sténose, perforation) n'ont plus été rencontrées après application locale de Mitomycine-C administrée à des intervalles de temps bien précis. Conclusion : Notre méthode de résection endoscopique de la muqueuse oesophagienne offre une nouvelle approche très prometteuse par rapport aux options déjà disponibles. Elle apparaît supérieure en ce qui concerne la taille de tissu prélevé, la précision et régularité de la profondeur de résection, ainsi que la facilité et sûreté du diagnostic histologique et des marges de sécurité. Les résections hémi-circonférentielles se sont révélées sûres chez le modèle animal. Cette nouvelle technique mérite de plus amples investigations pour les résections circonférentielles avant son utilisation chez l'humain. Abstract: Background and Study Aims: We undertook this retrospective study to evaluate the frequency and prognosis of endoscopic treatment of laterally spreading tumors (LSTs) in the rectum. The recurrence rate for lesions of the lower rectum was compared with that of the upper rectum. Patients and Methods: During the period from July 1989 to June 2002, a total of 1237 rectal tumors were detected. LSTs accounted for 6.9% (85/1237) of all rectal tumors. A total of 224 tumors of the lower rectum were detected among the 1237 rectal tumors. LSTs accounted for 16.1 % (36/224) of all the lower rectal tumors. From 85 LST lesions, 67 were evaluated for their prognosis after endoscopic mucosal resection (EMR). Patients whose LSTs had been resected were followed up by endoscopy at the following frequencies: once 15 (22.4%); twice (more than 1 year), 20 (29.9%); three times (more than 3 years), 21(31.3%); and four times or more (more than 5 years), 11 (16.4%). Results: A total of 67 patients with endoscopically treated LSTs were followed up by endoscopy. We observed recurrences in two lesions of the upper rectum (2/38, 5.3%) and five lesions of the lower rectum (5/29, 17.2%) (P = 0.2364); all seven lesions were resected piecemeal. LSTs whose horizontal margin reached the pectinate line frequently recurred in the lower rectum, at a rate of 80% (4/5). However, all patients were completely cured by additional endoscopic resections, the greatest number of treatments being four. Conclusion: For early detection of recurrence and successful endoscopic cure, further colonoscopic examination within a few months after the first treatment is necessary.

Face à la fragmentation des savoirs et des pratiques : l'apport de l'anthropologie clinique

Dans notre société caractérisée par l'« individualisme démocratique », on assiste à un développement effréné de savoirs et de pratiques, qui menace le lien social. Le monde de la science n'y échappe pas : construction de disciplines hyperspécialisées, revendiquant un territoire et une reconnaissance toujours plus difficiles à obtenir.L'anthropologie clinique, en particulier d'inspiration phénoménologique, se veut - au plus près de son étymologie - une pensée sur la pratique des soins auprès de l'homme en souffrance. Sa visée : d'une part, réinscrire une clinique des fonctions de l'organisme dans une clinique du sujet humain incarné dans son monde quotidien et, d'autre part, proposer une méthode (la réduction phénoménologique) dans le but de dégager la vision de l'homme toujours très partielle que véhicule tout modèle scientifique.L'anthropologie clinique peut-elle ainsi contribuer à l'échange entre praticiens habitant des mondes séparés ?

Pathologic ventricular hypertrophy in the offspring of diabetic mothers : a retrospective study

L'hypertrophie ventriculaire pathologique chez les nouveau-nés des mères diabétiques une étude rétrospective RESUME Objectif L'incidence du diabète chez les femmes enceintes ne cesse de croître, de même que les complications chez leurs nouveau-nés. C'est pourquoi, nous avons étudié la population de mères diabétiques suivies dans notre établissement entre les années 2003-2005 dans le but d'analyser spécifiquement le problème d'hypertrophie ventriculaire pathologique (HVP) chez les nouveau-nés de cette population. Méthode et résultats Dans notre étude rétrospective comprenant 87 grossesses de femmes diabétiques (92 nouveau-nés), 16 présentaient un diabète de type 1, 17 de type 2 et 54 ont développé un diabète gestationnel (DG). Le médian des hémoglobines glycquées (HbAlc) pour cette population est de 5.8% (5.3-6.5) : 17 avaient une HbAlc au-dessus de la norme, dont 2 souffrant d'une cardiomyopathie congénitale (CMC) et six d'une HVP. Un total de 75 nouveaux-nés étaient normaux, cinq avaient une CMC et 12 une HVP (1/12 décédé post-natalement, 1/12 mort-né, 2/12 nécessitant un accouchement prématuré, 8/12 normaux). Les 16 mères avec un diabète de type 1 accouchèrent de trois nouveau-nés avec une CMC et de 50% avec une HVP, comprenant un enfant décédé et un prématuré né par césarienne à cause d'une HVP. Dans le groupe des 17 nouveau-nés issus d'une mère connue pour un diabète de type 2, un cas présentait une CMC et 25% des cas une HVP. Parmi les 54 grossesses avec un DG, on dénombre un cas de CMC et un cas de HVP. Conclusion Les grossesses de mères souffrant d'un diabète de type 1 et de type 2 comportent toutes deux un risque augmenté de développement d'une HVP comparées à celles de mères ayant développé un diabète gestationnel. Les contrôles glycémiques sont insuffisants pour éviter la survenue d'une HVP. Comme aucun autre paramètre prédictif n'a pu été défini jusqu'alors, nous concluons qu'un suivi échographique rapproché de ces grossesses peut prévenir des complications périnatales sévères.

NEW METHODS FOR DETECTION, SUSCEPTIBILITY TESTING AND BIOFILM ERADICATION OF DIFFICULT ORGANISMS

Aujourd'hui, les problèmes des maladies infectieuses concernent l'émergence d'infections difficiles à traiter, telles que les infections associées aux implants et les infections fongiques invasives chez les patients immunodéprimés. L'objectif de cette thèse était de développer des stratégies pour l'éradication des biofilms bactériens (partie 1), ainsi que d'étudier des méthodes innovantes pour la détection microbienne, pour l'établissement de nouveaux tests de sensibilité (partie 2). Le traitement des infections associées aux implants est difficile car les biofilms bactériens peuvent résister à des niveaux élevés d'antibiotiques. A ce jour, il n'y a pas de traitement optimal défini contre des infections causées par des bactéries de prévalence moindre telles que Enterococcus faecalis ou Propionibacterium acnés. Dans un premier temps, nous avons démontré une excellente activité in vitro de la gentamicine sur une souche de E. faecalis en phase stationnaire de croissance Nous avons ensuite confirmé l'activité de la gentamicine sur un biofilm précoce en modèle expérimental animal à corps étranger avec un taux de guérison de 50%. De plus, les courbes de bactéricidie ainsi que les résultats de calorimétrie ont prouvé que l'ajout de gentamicine améliorait l'activité in vitro de la daptomycine, ainsi que celle de la vancomycine. In vivo, le schéma thérapeutique le plus efficace était l'association daptomycine/gentamicine avec un taux de guérison de 55%. En établissant une nouvelle méthode pour l'évaluation de l'activité des antimicrobiens vis-à-vis de micro-organismes en biofilm, nous avons démontré que le meilleur antibiotique actif sur les biofilms à P. acnés était la rifampicine, suivi par la penicilline G, la daptomycine et la ceftriaxone. Les études conduites en modèle expérimental animal ont confirmé l'activité de la rifampicine seule avec un taux de guérison 36%. Le meilleur schéma thérapeutique était au final l'association rifampicine/daptomycine avec un taux de guérison 63%. Les associations de rifampicine avec la vancomycine ou la levofloxacine présentaient des taux de guérisons respectivement de 46% et 25%. Nous avons ensuite étudié l'émergence in vitro de la résistance à la rifampicine chez P. acnés. Nous avons observé un taux de mutations de 10"9. La caractérisation moléculaire de la résistance chez les mutant-résistants a mis en évidence l'implication de 5 mutations ponctuelles dans les domaines I et II du gène rpoB. Ce type de mutations a déjà été décrit au préalable chez d'autres espèces bactériennes, corroborant ainsi la validité de nos résultats. La deuxième partie de cette thèse décrit une nouvelle méthode d'évaluation de l'efficacité des antifongiques basée sur des mesures de microcalorimétrie isotherme. En utilisant un microcalorimètre, la chaleur produite par la croissance microbienne peut être-mesurée en temps réel, très précisément. Nous avons évalué l'activité de l'amphotéricine B, des triazolés et des échinocandines sur différentes souches de Aspergillus spp. par microcalorimétrie. La présence d'amphotéricine Β ou de triazole retardait la production de chaleur de manière concentration-dépendante. En revanche, pour les échinochandines, seule une diminution le pic de « flux de chaleur » a été observé. La concordance entre la concentration minimale inhibitrice de chaleur (CMIC) et la CMI ou CEM (définie par CLSI M38A), avec une marge de 2 dilutions, était de 90% pour l'amphotéricine B, 100% pour le voriconazole, 90% pour le pozoconazole et 70% pour la caspofongine. La méthode a été utilisée pour définir la sensibilité aux antifongiques pour d'autres types de champignons filamenteux. Par détermination microcalorimétrique, l'amphotéricine B s'est avéré être l'agent le plus actif contre les Mucorales et les Fusarium spp.. et le voriconazole le plus actif contre les Scedosporium spp. Finalement, nous avons évalué l'activité d'associations d'antifongiques vis-à-vis de Aspergillus spp. Une meilleure activité antifongique était retrouvée avec l'amphotéricine B ou le voriconazole lorsque ces derniers étaient associés aux échinocandines vis-à-vis de A. fumigatus. L'association échinocandine/amphotéricine B a démontré une activité antifongique synergique vis-à-vis de A. terreus, contrairement à l'association échinocandine/voriconazole qui ne démontrait aucune amélioration significative de l'activité antifongique. - The diagnosis and treatment of infectious diseases are today increasingly challenged by the emergence of difficult-to-manage situations, such as infections associated with medical devices and invasive fungal infections, especially in immunocompromised patients. The aim of this thesis was to address these challenges by developing new strategies for eradication of biofilms of difficult-to-treat microorganisms (treatment, part 1) and investigating innovative methods for microbial detection and antimicrobial susceptibility testing (diagnosis, part 2). The first part of the thesis investigates antimicrobial treatment strategies for infections caused by two less investigated microorganisms, Enterococcus faecalis and Propionibacterium acnes, which are important pathogens causing implant-associated infections. The treatment of implant-associated infections is difficult in general due to reduced susceptibility of bacteria when present in biofilms. We demonstrated an excellent in vitro activity of gentamicin against E. faecalis in stationary growth- phase and were able to confirm the activity against "young" biofilms (3 hours) in an experimental foreign-body infection model (cure rate 50%). The addition of gentamicin improved the activity of daptomycin and vancomycin in vitro, as determined by time-kill curves and microcalorimetry. In vivo, the most efficient combination regimen was daptomycin plus gentamicin (cure rate 55%). Despite a short duration of infection, the cure rates were low, highlighting that enterococcal biofilms remain difficult to treat despite administration of newer antibiotics, such as daptomycin. By establishing a novel in vitro assay for evaluation of anti-biofilm activity (microcalorimetry), we demonstrated that rifampin was the most active antimicrobial against P. acnes biofilms, followed by penicillin G, daptomycin and ceftriaxone. In animal studies we confirmed the anti-biofilm activity of rifampin (cure rate 36% when administered alone), as well as in combination with daptomycin (cure rate 63%), whereas in combination with vancomycin or levofloxacin it showed lower cure rates (46% and 25%, respectively). We further investigated the emergence of rifampin resistance in P. acnes in vitro. Rifampin resistance progressively emerged during exposure to rifampin, if the bacterial concentration was high (108 cfu/ml) with a mutation rate of 10"9. In resistant isolates, five point mutations of the rpoB gene were found in cluster I and II, as previously described for staphylococci and other bacterial species. The second part of the thesis describes a novel real-time method for evaluation of antifungals against molds, based on measurements of the growth-related heat production by isothermal microcalorimetry. Current methods for evaluation of antifungal agents against molds, have several limitations, especially when combinations of antifungals are investigated. We evaluated the activity of amphotericin B, triazoles (voriconazole, posaconazole) and echinocandins (caspofungin and anidulafungin) against Aspergillus spp. by microcalorimetry. The presence of amphotericin Β or a triazole delayed the heat production in a concentration-dependent manner and the minimal heat inhibition concentration (MHIC) was determined as the lowest concentration inhibiting 50% of the heat produced at 48 h. Due to the different mechanism of action echinocandins, the MHIC for this antifungal class was determined as the lowest concentration lowering the heat-flow peak with 50%. Agreement within two 2-fold dilutions between MHIC and MIC or MEC (determined by CLSI M38A) was 90% for amphotericin B, 100% for voriconazole, 90% for posaconazole and 70% for caspofungin. We further evaluated our assay for antifungal susceptibility testing of non-Aspergillus molds. As determined by microcalorimetry, amphotericin Β was the most active agent against Mucorales and Fusarium spp., whereas voriconazole was the most active agent against Scedosporium spp. Finally, we evaluated the activity of antifungal combinations against Aspergillus spp. Against A. jumigatus, an improved activity of amphotericin Β and voriconazole was observed when combined with an echinocandin. Against A. terreus, an echinocandin showed a synergistic activity with amphotericin B, whereas in combination with voriconazole, no considerable improved activity was observed.

Substance use and suicidal conducts : a study of adolescents hospitalized for suicide attempt and ideation

RESUME Objectifs: Etudier la prévalence des troubles liés à l'utilisation de substances psychoatives parmi des adolescents suicidaires; évaluer l'influence de la prise de substances psychoactives sur le geste suicidaire; analyser l'association entre les troubles liés à l'utilisation de substances psychoactives et le risque de récidive de la conduite suicidaire. Méthode: 186 adolescents, âgés de 16 à 21 ans, hospitalisés pour tentative de suicide ou idées suicidaires envahissantes, ont été inclus. Parmi eux, 148 ont été revus pour évaluation à 6 et/ou 18 mois. Des diagnostics psychiatriques, basés sur les critères du DSM-IV, ont été posés à l'aide d'un questionnaire, le MINI (Mini International Neuropsychiatric Interview). Résultats: A l'inclusion, 39.2% des sujets avaient un trouble lié à l'utilisation de substances psychoactives. Parmi eux, une proportion significativement plus élevée était sous l'influence d'alcool ou drogue au moment de la tentative de suicide (44.3% versus 25.4%). Des 148 adolescents suivis et revus à 6 ou 18 mois, 2 sont décédés par suicide et il y a eu 30 récidives de tentative de suicide durant l'étude. Une association significative a été trouvée entre les récidives de suicide et un diagnostic d'abus/dépendance à l'alcool à l'inclusion (OR=3.3; CI 0.7-15.0; 0R=2.6, CI 0.7-9.3). Des antécédents de plusieurs tentatives de suicide (OR=3.2; CI 1.1-10.0) et un âge supérieur à 19 ans (OR=3.2; CI 1.1-9.2) à l'inclusion étaient associés à la probabilité de mort par suicide ou de récidive de tentative de suicide. Conclusion: Parmi les adolescents hospitalisés pour tentative de suicide ou idées suicidaires envahissantes, le risque de décès ou de récidive est important. Ce risque est associé, entre autres, à des antécédents suicidaires et au diagnostic de trouble lié à l'utilisation de substances psychoactives. Le risque suicidaire ainsi que la consommation de substances psychoactives devrait être évalué chez les adolescents. De plus, les sujets jugés à risque devraient être suivis systématiquement après une hospitalisation pour conduite suicidaire. ABSTRACT Aim: To study the prevalence of psychoactive substance use disorder (PSUD) among suicidal adolescents, psychoactive substance intoxication at the moment of the attempt and the association between PSUD at baseline and either occurrence of suicide or repetition of suicide attempt(s). Methods: 186 adolescents aged 16 to 21 hospitalised for suicide attempt or overwhelming suicidal ideation were included (TO); 148 of them were traced again for evaluations after 6 months and/or 18 months. DSM-IV diagnoses were assessed each time using the Mini International Neuropsychiatric Interview. Results: At TO, 39.2% of the subjects were found to have a PSUD. Among them, a significantly higher proportion was intoxicated at the time of the attempt than those without PSUD (44-.3% vs. 25.4%). Among the 148 adolescents who could be traced at either Ti or T2, two died from suicide and 30 repeated suicide attempt once or more time. A marginally significant association was found between death by suicide/repetition of suicide attempt and alcohol abuse/dependence at baseline (0R=3.3; CI 0.7-15.0; 0R=2.6, CI 0.7-9.3). More than one suicide attempt before admission to hospital at TO (OR=3.2; CI 1.1-10.0) and age over 19 at TO (0R=3.2; CI 1.1-9.2) were independently associated with the likelihood of death by suicide or repetition of suicide attempt. Conclusion: Among adolescents hospitalised for suicide attempt or overwhelming suicidal ideation, the risk of death or repetition of attempt is high and is associated with previous suicide attempts - especially among older adolescents - and also marginally associated with PSUD; these adolescents should be carefully evaluated for such risks and followed up once discharged from the hospital.

Satisfaction des patients du CHUV en 1996-1997

[Table des matières] I. Matériel et méthode. 1. Mode d'administration de l'enquête. 2. Questionnaire. - II. Résultats. - III. Enseignements à tirer et recommandations. 1. Lettres d'accompagnement. 2. Questionnaire enfant. 3. Questionnaire adulte CTR. 4. Questionnaire adulte. 5. Résultats détaillés par question. 6. Représentation graphique des résultats.

Adhésion thérapeutique en oncologie : persistance, qualité d'exécution et satisfaction des patients sous traitement oral et MEMS®

Introduction: en oncologie apparaissent sur le marché depuis quelques années de nouveaux traitements en formulation orale facilitant l'administration et améliorant la qualité de vie du patient mais augmentant le risque de non adhésion et d'erreurs de posologie. L'observation par MEMS® (Medication Event Monitoring System) permet le suivi et l'encadrement du traitement oral et par le biais d'entretiens semi structurés menés par le pharmacien, ouvre la discussion sur les problèmes révélés par cette prise en charge. Méthode: étude non randomisée prospective uni centrique regroupant 50 patients inclus dans 3 groupes de traitements oncologiques oraux courants (capecitabine, letrozole/exemestane, imatinib/sunitinib) bénéficiant d'un suivi oncologique classique et équipés d'un MEMS® pour un an maximum. La persistance et la qualité d'exécution sont les deux paramètres mesurés grâce aux données récoltées électroniquement. Les entretiens sont dédiés à la prévention de la non adhésion et à la gestion des effets secondaires médicamenteux. La satisfaction est évaluée par un questionnaire à la fin du suivi. Résultats: à ce jour 38 patients ont été inclus dans l'étude. Les données complètes sont disponibles pour les 19 premiers patients dont 10 sous capecitabine et 9 sous letrozole/exemestane. Dans ce collectif l'âge médian est de 66 ans avec une majorité de femmes (11:8). La persistance à 10 jours est de 85% et la qualité d'exécution de 99%. Les toxicités observées supérieures à grade 1 sont 1 syndrome mains-pieds (G3) et 1 syndrome coronarien aigu (G3). Le questionnaire de fin de suivi relève une satisfaction de 85% des patients pour les entretiens proposés (57% utiles, 28% très utiles, 15% inutiles) et le succès quant à l'intégration du MEMS® dans leur quotidien (57% très facile, 43% facile). Conclusion: la persistance et la qualité d'exécution observées dans notre collectif sont excellentes. La satisfaction retrouvée auprès des patients reflète le besoin d'un soutien complémentaire face à la complexité de la maladie oncologique. La gestion pluridisciplinaire profite tant aux patients qu'au binôme médecin-pharmacien par l'amélioration de la communication globale entre les divers acteurs et par l'identification précoce des risques de non adhésion. La poursuite de cette étude et l'analyse des futures données permettra de mesurer le réel impact de notre intervention et de justifier le bénéfice pour des patients sous traitement similaire.