Comparative population genomics in animals uncovers the determinants of genetic diversity.

Genetic diversity is the amount of variation observed between DNA sequences from distinct individuals of a given species. This pivotal concept of population genetics has implications for species health, domestication, management and conservation. Levels of genetic diversity seem to vary greatly in natural populations and species, but the determinants of this variation, and particularly the relative influences of species biology and ecology versus population history, are still largely mysterious. Here we show that the diversity of a species is predictable, and is determined in the first place by its ecological strategy. We investigated the genome-wide diversity of 76 non-model animal species by sequencing the transcriptome of two to ten individuals in each species. The distribution of genetic diversity between species revealed no detectable influence of geographic range or invasive status but was accurately predicted by key species traits related to parental investment: long-lived or low-fecundity species with brooding ability were genetically less diverse than short-lived or highly fecund ones. Our analysis demonstrates the influence of long-term life-history strategies on species response to short-term environmental perturbations, a result with immediate implications for conservation policies.

Population genomics of eusocial insects: the costs of a vertebrate-like effective population size

The evolution of reproductive division of labour and social life in social insects has lead to the emergence of several life-history traits and adaptations typical of larger organisms: social insect colonies can reach masses of several kilograms, they start reproducing only when they are several years old, and can live for decades. These features and the monopolization of reproduction by only one or few individuals in a colony should affect molecular evolution by reducing the effective population size. We tested this prediction by analysing genome-wide patterns of coding sequence polymorphism and divergence in eusocial vs. noneusocial insects based on newly generated RNA-seq data. We report very low amounts of genetic polymorphism and an elevated ratio of nonsynonymous to synonymous changes - a marker of the effective population size - in four distinct species of eusocial insects, which were more similar to vertebrates than to solitary insects regarding molecular evolutionary processes. Moreover, the ratio of nonsynonymous to synonymous substitutions was positively correlated with the level of social complexity across ant species. These results are fully consistent with the hypothesis of a reduced effective population size and an increased genetic load in eusocial insects, indicating that the evolution of social life has important consequences at both the genomic and population levels.

La romanisation en question: vaisselle céramique et processus d'acculturation à la fin de l'âge du fer en Gaule interne.

Fruit d'une thèse de doctorat, cet ouvrage se propose de comparer les rythmes et les modalités de l'acculturation des populations de Gaule interne, de la première moitié du iie s. av. J.-C. au début du ier siècle de notre ère au moyen de l'étude de la céramique fine, dont le répertoire évolue très rapidement pendant la période. Basée sur les données d'une vingtaine de sites urbains (oppida, capitales de cité, vici) répartis en trois aires géographiques (Centre, Est et Centre-Ouest), cette étude propose une présentation céramologique classique, mais aussi des modes d'analyse nouveaux comme le calcul d'un indice de romanisation pour évaluer et comparer le degré d'acculturation des ensembles retenus. Différentes méthodes statistiques, comme des sériations graphiques ou des analyses factorielles des correspondances, sont par ailleurs employées pour mettre en évidence les aspects qualitatifs du phénomène d'acculturation et décomposer son processus en trois niveaux principaux. Illustrés par des tableaux synoptiques et par des cartes, les résultats des calculs d'indices de romanisation permettent d'identifier différents facteurs favorisant de manière évidente la romanisation de la vaisselle dite de table, comme la proximité de la Provincia, une localisation sur un axe majeur (Rhône/Saône, Loire) ou le dynamisme de grands centres d'échanges fréquentés par les mercatores romains (l'oppidum de Bibracte, notamment). Ces traitements statistiques permettent également de mettre en évidence des retards dans l'acculturation de certains peuples qui pourraient s'expliquer par leur hostilité envers Rome. Le phénomène est notamment illustré par les Helvètes, voisins de la Transalpina depuis 120 av. J.-C., dont la vaisselle fine est très peu romanisée avant l'intégration de ce peuple dans l'Empire, puis atteint rapidement après cet événement des niveaux particulièrement élevés. L'auteur propose enfin des réflexions sur la portée réelle des phénomènes observés en termes de romanisation de la vie quotidienne, une mutation technique et stylistique des récipients n'impliquant pas forcément l'adoption de nouvelles pratiques alimentaires.