SwissDock, a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS.

Most life science processes involve, at the atomic scale, recognition between two molecules. The prediction of such interactions at the molecular level, by so-called docking software, is a non-trivial task. Docking programs have a wide range of applications ranging from protein engineering to drug design. This article presents SwissDock, a web server dedicated to the docking of small molecules on target proteins. It is based on the EADock DSS engine, combined with setup scripts for curating common problems and for preparing both the target protein and the ligand input files. An efficient Ajax/HTML interface was designed and implemented so that scientists can easily submit dockings and retrieve the predicted complexes. For automated docking tasks, a programmatic SOAP interface has been set up and template programs can be downloaded in Perl, Python and PHP. The web site also provides an access to a database of manually curated complexes, based on the Ligand Protein Database. A wiki and a forum are available to the community to promote interactions between users. The SwissDock web site is available online at http://www.swissdock.ch. We believe it constitutes a step toward generalizing the use of docking tools beyond the traditional molecular modeling community.

Response of embryonic heart to hypoxia and reoxygenation: an in vitro model

OBJECTIVES: To define properly the consequences of oxygen deprivation and readmission for the functioning of the developing heart. METHODS: Spontaneously beating hearts excised from three-day-old chick embryos were loaded with a drop of viscous nontoxic silicone oil and cultured in a special chamber in which variations of PO2 at the tissue level could be strictly controlled. All parts of the hearts were simultaneously submitted to identical changes in PO2. Instantaneous heart rate, myocardial shortening, velocities of contraction and relaxation, and mechanical propagation along the heart tube were determined photometrically. RESULTS: The hearts, submitted to a PO2 ramp (0 to 9.3 kPa) or absolute anoxia, reacted rapidly, reversibly and reproducibly. Under sustained anoxia, ventricular activity stopped after 3.8±0.7 mins (n=4) and then resumed intermittently in the form of tachycardic bursts. Brief anoxia (1 min) provoked tachycardia followed by bradycardia, induced contracture, depressed contractility and retarded atrioventricular propagation. Upon reoxygenation, ventricular contractions ceased suddently for 20±11 s (n=5), whereas a residual atrial activity could persist. The duration of this arrest and the rate of recovery depended on duration of the preceding anoxia. Such a dysfunction constitutes the embryonic analogue of the oxygen paradox observed in adult hearts. Initial impulses, including arrhythmic activity, originated exclusively from the atrium, and no ventricular ectopic beats were detected whatever the conditions of oxygenation. CONCLUSIONS: This in vitro model seems promising for studying the pathophysiological mechanisms associated with hypoxia and reoxygenation in the developing heart.

The Oman exotics : a key to the understanding of the Neotethyan geodynamic evolution

The study of the exotic blocks of the Hawasina Nappes (Sultanate of Oman) leads to give apposit data that allow us to propose a new paleogeographic evolution of the Oman margin in time and space. A revised classification of exotic blocks into different paleogeographical units is presented. Two newly introduced stratigraphic groups, the Ramaq Group (Ordovician to Triassic) and the Al Buda'ah Group (upper Permian to Jurassic) are interpreted as tilted blocks related to the Oman continental margin. The Kawr Group (middle Triassic to Cretaceous) is redefined and interpreted as an atoll-type seamount. The paleogeography and paleoenvironments of these units are integrated into a new scheme of the Neotethyan rifting history. Brecciae and olisto¬liths of the Hawasina series are interpreted to have originated from tectonic movements affecting the Oman margin and the Neotethyan ocean floor. The breccias of late Permian age were generated by the extension processes affecting the margin, and by the creation of the Neotethyan oceanic floor. The breccias of mid-late Triassic age coincide in time with the collision of the Cimmerian continents with Eurasia. In constrast, the breccias of late Jurassic and Cretaceous age are interpreted as resulting to the creation of a new oceanic crust (Semail) off the Oman margin

Les marchés immobiliers : acteurs, institutions et territoires

Par la mise en évidence des acteurs, des processus et des institutions et par conséquent de la diversité ainsi que des contingences des marchés immobiliers, la littérature actuelle sur l'immobilier insiste sur les nombreux liens et interdépendances entre l'immobilier, le foncier, l'urbanisme et les politiques urbaines ou encore avec le système financier. Toutefois, l'essentiel de ces recherches se sont focalisées sur les métropoles négligeant ainsi les autres espaces. L'objectif de cet article est de mieux comprendre le marché immobilier grâce à une démarche de déconstruction, puis de réarticulation. La déconstruction a consisté à identifier différentes logiques de marché en fonction du type d'objet (principalement des immeubles résidentiels), des acteurs et institutions, des contextes territoriaux et des temporalités, sur la base de recherches menées en Suisse. Une métasynthèse a été ensuite élaborée. Elle s'appuie sur les « trois étages » développés dans les travaux de Fernand Braudel (1985) qui rend compte dans ses travaux des activités économiques tant au quotidien que sur la longue durée, tant à l'échelle locale que planétaire.

Poétique des objets chez Sophocle : fonctions dramatiques et valeurs symboliques

La thèse propose une analyse du rôle des objets dans quatre tragédies (Ajax, Trachiniennes, Electre, Philoctèté) et un drame satyrique (Limiers) de Sophocle. Le propos est d'étayer le constat selon lequel les objets ont un rôle prépondérant dans l'économie générale de chacune de ces intrigues et de dégager ce rôle chez cet auteur. L'introduction met en évidence l'émergence du material turn en sciences humaines jusque dans les sciences de l'Antiquité en passant par la littérature et l'anthropologie, souligne le caractère souple et opératoire de la catégorie de l'objet, le lien avec la question du signe et du langage non verbal et relève l'absence d'équivalent en grec ancien pour cette catégorie, avec le problème épistémologique que cela implique pour la présente recherche. L'objet n'est pas abordé ici comme accessoire, mais comme entité participant d'une fiction théâtrale. On distingue les moments où les objets sont susceptibles d'apparaître sur scène des moments où ils apparaissent dans des récits ou des évocations. Dans le monde fictionnel constitué par chaque intrigue, sont envisagés les modes d'apparition textuels et poétiques d'objets intra-fictionnels, dans le cadre du genre théâtral, qui combine discours et actions, avec les décalages et les phénomène de dissimulation et d'ostentation que cela implique. Les métaphores et les images jouent ici un rôle prépondérant. Des analyses circonstanciées en 5 chapitres thématisant les objets et leurs fonctions. Dans I'Ajax, les valeurs liées aux armes, en particulier l'épée d'Hector et le bouclier d'Eurysacès, telles qu'elles apparaissent dans l'épopée, sont transposées dans une logique tragique où le prestige lié à ces armes devient polémique et problématique. Le vêtement sacrificiel des Trachiniennes, auquel répond la figure d'Iole, un personnage largement réifiés, thématise le déséquilibre qui caractérise les relations entre Héraclès et Déjanire, dans le cadre des institutions du mariage et du sacrifice, où s'immisce une dimension sauvage et sournoise. Dans l'Electre, au contexte funéraire et d'appel à la vengeance, auquel renvoie une multitude d'objets (sceptre, hache, lit et autres pièces de mobilier, offrandes, etc.) se superpose une dimension méta-fictionnelle et méta-théâtrale investie par l'urne vide. L'arc du Philoctèté constitue l'enjeu dramatique principal de la tragédie et cristallise un débat polémique de valeurs humaines instables auquel s'oppose une logique divine et collective attachée au passé de l'objet, qui se trouve réorienté vers un avenir glorieux. Un passage par le seul drame satyrique conservé de Sophocle permet de constater que l'objet, une tortue-lyre, possède des caractéristiques similaires transposées dans le contexte satyrique, où l'hybridité, les marqueurs de la civilisation, les attributions des Satyres, mais aussi des traits comiques, jouent un rôle prépondérant. La conclusion tente une synthèse et identifie plusieurs observations transversales : jeux sur la présence et l'absence, décalages entre discours et actions, entre langage verbal et non verbal, modalités d'allusion à des personnages, temporalités et espaces absents, détournement des fonctions d'usage, modalités du don, de l'échange et de la privation, procédures de personnification et de réification, rôle prépondérant dans les modalités de l'accomplissement du destin. A la faveur de l'identification de ces caractéristiques transversales, on tente d'ouvrir le propos sur la question du cadavre, dont le statut semble intermédiaire entre personnage et objet, notamment aussi dans \'Antigone, et la figure d'Oedipe, qui apparaît comme un héros- objet dans les deux tragédies que lui consacre Sophocle, l'Oedipe-roi, et \'Oedipe à Colone.