Change in individual growth rate and its link to gill-net fishing in two sympatric whitefish species

Size-selective fishing is expected to affect traits such as individual growth rate, but the relationship between the fishery-linked selection differentials and the corresponding phenotypic changes is not well understood. We analysed a 25-year monitoring survey of sympatric populations of the two Alpine whitefish Coregonus albellus and C. fatioi. We determined the fishing-induced selection differentials on growth rates, the actual change of growth rates over time, and potential indicators of reproductive strategies that may change over time. We found marked declines in adult growth rate and significant selection differentials that may partly explain the observed declines. However, when comparing the two sympatric species, the selection differentials on adult growth were stronger in C. albellus while the decline in adult growth rate seemed more pronounced in C. fatioi. Moreover, the selection differential on juvenile growth was significant in C. albellus but not in C. fatioi, while a significant reduction in juvenile growth over the last 25 years was only found in C. fatioi. Our results suggest that size-selective fishing affects the genetics for individual growth in these whitefish, and that the link between selection differentials and phenotypic changes is influenced by species-specific factors.

Estimation of glomerular filtration rate in hospitalised patients: are we overestimating renal function?

QUESTIONS UNDER STUDY AND PRINCIPLES: Estimating glomerular filtration rate (GFR) in hospitalised patients with chronic kidney disease (CKD) is important for drug prescription but it remains a difficult task. The purpose of this study was to investigate the reliability of selected algorithms based on serum creatinine, cystatin C and beta-trace protein to estimate GFR and the potential added advantage of measuring muscle mass by bioimpedance. In a prospective unselected group of patients hospitalised in a general internal medicine ward with CKD, GFR was evaluated using inulin clearance as the gold standard and the algorithms of Cockcroft, MDRD, Larsson (cystatin C), White (beta-trace) and MacDonald (creatinine and muscle mass by bioimpedance). 69 patients were included in the study. Median age (interquartile range) was 80 years (73-83); weight 74.7 kg (67.0-85.6), appendicular lean mass 19.1 kg (14.9-22.3), serum creatinine 126 μmol/l (100-149), cystatin C 1.45 mg/l (1.19-1.90), beta-trace protein 1.17 mg/l (0.99-1.53) and GFR measured by inulin 30.9 ml/min (22.0-43.3). The errors in the estimation of GFR and the area under the ROC curves (95% confidence interval) relative to inulin were respectively: Cockcroft 14.3 ml/min (5.55-23.2) and 0.68 (0.55-0.81), MDRD 16.3 ml/min (6.4-27.5) and 0.76 (0.64-0.87), Larsson 12.8 ml/min (4.50-25.3) and 0.82 (0.72-0.92), White 17.6 ml/min (11.5-31.5) and 0.75 (0.63-0.87), MacDonald 32.2 ml/min (13.9-45.4) and 0.65 (0.52-0.78). Currently used algorithms overestimate GFR in hospitalised patients with CKD. As a consequence eGFR targeted prescriptions of renal-cleared drugs, might expose patients to overdosing. The best results were obtained with the Larsson algorithm. The determination of muscle mass by bioimpedance did not provide significant contributions.

Evolutionary implications of a high selfing rate in the freshwater snail Lymnaea truncatula.

Self-compatible hermaphroditic organisms that mix self-fertilization and outcrossing are of great interest for investigating the evolution of mating systems. We investigate the evolution of selfing in Lymnaea truncatula, a self-compatible hermaphroditic freshwater snail. We first analyze the consequences of selfing in terms of genetic variability within and among populations and then investigate how these consequences along with the species ecology (harshness of the habitat and parasitism) might govern the evolution of selfing. Snails from 13 localities (classified as temporary or permanent depending on their water availability) were sampled in western Switzerland and genotyped for seven microsatellite loci. F(IS) (estimated on adults) and progeny array analyses (on hatchlings) provided similar selfing rate estimates of 80%. Populations presented a low polymorphism and were highly differentiated (F(ST) = 0.58). Although the reproductive assurance hypothesis would predict higher selfing rate in temporary populations, no difference in selfing level was observed between temporary and permanent populations. However, allelic richness and gene diversity declined in temporary habitats, presumably reflecting drift. Infection levels varied but were not simply related to either estimated population selfing rate or to differences in heterozygosity. These findings and the similar selfing rates estimated for hatchlings and adults suggest that within-population inbreeding depression is low in L. truncatula.

Relationship of mating systems and metabolic rate with cycle length of spermatogenesis and sperm production rate in shrews

SUMMARY : The shrews are among the most ancient of living eutherian mammals. They represent an interesting comparative model because of their extreme divergent species. The two shrew subfamilies, Soricinae and Crocidurinae are characterized by fundamental differences concerning their metabolic rates, litter size, period of gestation and different mating pattern. In this study we established and compared the sperm characteristics in four species of different genera of shrews (Sorex araneus, Neomys fodiens, Crocidura russula and Suncus murinus) in the context of the sperm competition hypothesis. The sperm competition concerns the competition between ejaculates of different males for fertilization of ova of a female within a single estrus period. As expected, a greater relative testis size (indicating the importance of polyandry) was associated with a higher number of cauda epididymal spermatozoa, higher level of circulating testosterone and a higher percentage of progressive sperm motility. In addition, we investigated if the basal metabolic rate (BMR) and relative testis size (RTS) may be correlated with the cycle length of spermatogenesis. In this purpose, we determined and compared the cycle length of spermatogenesis in six species of shrews belonging to two subfamilies: Soiricinae (Sorex araneus, Sorex coronatus, Sorex minutus, Neomys fodiens) and Crocidurinae (Crocidura russula, Sunctes murinus). Our results indicate that sperm competition and metabolic rate may act independently or together reducing cycle length of spermatogenesis and thus increase sperm production. We finally investigated this correlation across 32 mammalian species. After testing the data for phylogenetic independence, our results showed that BMR explained only 21 % of the variation, while the RTS explained 44% of the variation of the cycle length of spermatogenesis. The level of the sperm competition, indicated by RTS, is thus to our knowledge the most important factor influencing the speed of spermatogenesis in mammals. RESUME : Les musaraignes sont parmi les plus anciens mammifères vivants. Grâce à leurs extrêmes divergences, ils sont souvent utilisés comme modèles dans des études comparatives. Les deux sous-familles Soricinae et Crocidurinae sont caractérisées par des différences fondamentales, notamment en termes d'intensité du métabolisme, des stratégies de reproduction et du comportement social. Dans la première partie de cette étude, nous avons établi et comparé certaines "caractéristiques des spermatozoïdes chez quatre espèces de musaraignes appartenant à des genres différents (Sorex araneus, Neomys fodiens, Crocidura russula et Suncus murinus). Les résultats ont été interprétés dans le contexte de la théorie de la compétition spermatique, c'est-à-dire la compétition entre le sperme de deux ou plusieurs mâles pour féconder un maximum d'ovules de la même femelle. Cette compétition spermatique peut amener à certaines adaptations biologiques afin de produire plus de sperme. Comme attendu, une grande taille relative des testicules est associée à un nombre élevé de spermatozoïdes, dont la majorité présente une mobilité progressive. Un taux élévé de testostérone a également été observé. De plus, nous avons étudié l'influence du métabolisme basal ainsi que l'intensité de la compétition spermatique sur la durée du cycle de la spermatogenèse. Dans ce but, nous avons déterminé et comparé les durées de la spermatogenèse chez six espèces de musaraignes appartenant à deux sous-familles : Soricinae (Sorex araneus, Sorex coronatus, Sorex minutus, Neomys fodiens) et Crocidurinae (Crocidura russula, Suncus murinus). Les résultats obtenus indiquent que ces deux facteurs (l'intensité du métabolisme basal et de la compétition spermatique) agissent d'une manière dépendante ou indépendante dans le même sens. La conséquence de ces actions est une diminution de la durée de la spermatogenèse entraînant une augmentation de la production de spermatozoïdes. Nous avons finalement étudié ce phénomène dans l'ensemble des mammifères. Après avoir testé l'indépendance phylogénétique, nos résultats montrent que l'intensité de la compétition spermatique indiquée par le RTS est mieux corrélée avec la régulation de la durée de la spermatogenèse qu'avec l'intensité du métabolisme.

Application of low temperature thermochronology to understanding cooling and exhumation in the Central Swiss Alps

THESIS ABSTRACT : Low-temperature thermochronology relies on application of radioisotopic systems whose closure temperatures are below temperatures at which the dated phases are formed. In that sense, the results are interpreted as "cooling ages" in contrast to "formation ages". Owing to the low closure-temperatures, it is possible to reconstruct exhumation and cooling paths of rocks during their residence at shallow levels of the crust, i.e. within first ~10 km of depth. Processes occurring at these shallow depths such as final exhumation, faulting and relief formation are fundamental for evolution of the mountain belts. This thesis aims at reconstructing the tectono-thermal history of the Aar massif in the Central Swiss Alps by means of zircon (U-Th)/He, apatite (U-Th)/He and apatite fission track thermochronology. The strategy involved acquisition of a large number of samples from a wide range of elevations in the deeply incised Lötschen valley and a nearby NEAT tunnel. This unique location allowed to precisely constrain timing, amount and mechanisms of exhumation of the main orographic feature of the Central Alps, evaluate the role of topography on the thermochronological record and test the impact of hydrothermal activity. Samples were collected from altitudes ranging between 650 and 3930 m and were grouped into five vertical profiles on the surface and one horizontal in the tunnel. Where possible, all three radiometric systems were applied to each sample. Zircon (U-Th)/He ages range from 5.1 to 9.4 Ma and are generally positively correlated with altitude. Age-elevation plots reveal a distinct break in slope, which translates into exhumation rate increasing from ~0.4 to ~3 km/Ma at 6 Ma. This acceleration is independently confirmed by increased cooling rates on the order of 100°C/Ma constrained on the basis of age differences between the zircon (U-Th)/He and the remaining systems. Apatite fission track data also plot on a steep age-elevation curve indicating rapid exhumation until the end of the Miocene. The 6 Ma event is interpreted as reflecting tectonically driven uplift of the Aar massif. The late Miocene timing implies that the increase of precipitation in the Pliocene did not trigger rapid exhumation in the Aar massif. The Messinian salinity crisis in the Mediterranean could not directly intensify erosion of the Aar but associated erosional output from the entire Alps may have tapered the orogenic wedge and caused reactivation of thrusting in the Aar massif. The high exhumation rates in the Messinian were followed by a decrease to ~1.3 km/Ma as evidenced by ~8 km of exhumation during last 6 Ma. The slowing of exhumation is also apparent from apatite (U-Th)1He age-elevation data in the northern part of the Lötschen valley where they plot on a ~0.5km/Ma line and range from 2.4 to 6.4 Ma However, from the apatite (U-Th)/He and fission track data from the NEAT tunnel, there is an indication of a perturbation of the record. The apatite ages are youngest under the axis of the valley, in contrast to an expected pattern where they would be youngest in the deepest sections of the tunnel due to heat advection into ridges. The valley however, developed in relatively soft schists while the ridges are built of solid granitoids. In line with hydrological observations from the tunnel, we suggest that the relatively permeable rocks under the valley floor, served as conduits of geothermal fluids that caused reheating leading to partial Helium loss and fission track annealing in apatites. In consequence, apatite ages from the lowermost samples are too young and the calculated exhumation rates may underestimate true values. This study demonstrated that high-density sampling is indispensable to provide meaningful thermochronological data in the Alpine setting. The multi-system approach allows verifying plausibility of the data and highlighting sources of perturbation. RÉSUMÉ DE THÈSE : La thermochronologie de basse température dépend de l'utilisation de systèmes radiométriques dont la température de fermeture est nettement inférieure à la température de cristallisation du minéral. Les résultats obtenus sont par conséquent interprétés comme des âges de refroidissement qui diffèrent des âges de formation obtenus par le biais d'autres systèmes de datation. Grâce aux températures de refroidissement basses, il est aisé de reconstruire les chemins de refroidissement et d'exhumation des roches lors de leur résidence dans la croute superficielle (jusqu'à 10 km). Les processus qui entrent en jeu à ces faibles profondeurs tels que l'exhumation finale, la fracturation et le faillage ainsi que la formation du relief sont fondamentaux dans l'évolution des chaînes de montagne. Ces dernières années, il est devenu clair que l'enregistrement thermochronologique dans les orogènes peut être influencé par le relief et réinitialisé par l'advection de la chaleur liée à la circulation de fluides géothermaux après le refroidissement initial. L'objectif de cette thèse est de reconstruire l'histoire tectono-thermique du massif de l'Aar dans les Alpes suisses Centrales à l'aide de trois thermochronomètres; (U-Th)/He sur zircon, (U-Th)/He sur apatite et les traces de fission sur apatite. Afin d'atteindre cet objectif, nous avons récolté un grand nombre d'échantillons provenant de différentes altitudes dans la vallée fortement incisée de Lötschental ainsi que du tunnel de NEAT. Cette stratégie d'échantillonnage nous a permis de contraindre de manière précise la chronologie, les quantités et les mécanismes d'exhumation de cette zone des Alpes Centrales, d'évaluer le rôle de la topographie sur l'enregistrement thermochronologique et de tester l'impact de l'hydrothermalisme sur les géochronomètres. Les échantillons ont été prélevés à des altitudes comprises entre 650 et 3930m selon 5 profils verticaux en surface et un dans le tunnel. Quand cela à été possible, les trois systèmes radiométriques ont été appliqués aux échantillons. Les âges (U-Th)\He obtenus sur zircons sont compris entre 5.l et 9.4 Ma et sont corrélés de manière positive avec l'altitude. Les graphiques représentant l'âge et l'élévation montrent une nette rupture de la pente qui traduisent un accroissement de la vitesse d'exhumation de 0.4 à 3 km\Ma il y a 6 Ma. Cette accélération de l'exhumation est confirmée par les vitesses de refroidissement de l'ordre de 100°C\Ma obtenus à partir des différents âges sur zircons et à partir des autres systèmes géochronologiques. Les données obtenues par traces de fission sur apatite nous indiquent également une exhumation rapide jusqu'à la fin du Miocène. Nous interprétons cet évènement à 6 Ma comme étant lié à l'uplift tectonique du massif de l'Aar. Le fait que cet évènement soit tardi-miocène implique qu'une augmentation des précipitations au Pliocène n'a pas engendré cette exhumation rapide du massif de l'Aar. La crise Messinienne de la mer méditerranée n'a pas pu avoir une incidence directe sur l'érosion du massif de l'Aar mais l'érosion associée à ce phénomène à pu réduire le coin orogénique alpin et causer la réactivation des chevauchements du massif de l'Aar. L'exhumation rapide Miocène a été suivie pas une diminution des taux d'exhumation lors des derniers 6 Ma (jusqu'à 1.3 km\Ma). Cependant, les âges (U-Th)\He sur apatite ainsi que les traces de fission sur apatite des échantillons du tunnel enregistrent une perturbation de l'enregistrement décrit ci-dessus. Les âges obtenus sur les apatites sont sensiblement plus jeunes sous l'axe de la vallée en comparaison du profil d'âges attendus. En effet, on attendrait des âges plus jeunes sous les parties les plus profondes du tunnel à cause de l'advection de la chaleur dans les flancs de la vallée. La vallée est creusée dans des schistes alors que les flancs de celle-ci sont constitués de granitoïdes plus durs. En accord avec les observations hydrologiques du tunnel, nous suggérons que la perméabilité élevée des roches sous l'axe de la vallée à permi l'infiltration de fluides géothermaux qui a généré un réchauffement des roches. Ce réchauffement aurait donc induit une perte d'Hélium et un recuit des traces de fission dans les apatites. Ceci résulterait en un rajeunissement des âges apatite et en une sous-estimation des vitesses d'exhumation sous l'axe de la vallée. Cette étude à servi à démontrer la nécessité d'un échantillonnage fin et précis afin d'apporter des données thermochronologiques de qualité dans le contexte alpin. Cette approche multi-système nous a permi de contrôler la pertinence des données acquises ainsi que d'identifier les sources possibles d'erreurs lors d'études thermochronologiques. RÉSUMÉ LARGE PUBLIC Lors d'une orogenèse, les roches subissent un cycle comprenant une subduction, de la déformation, du métamorphisme et, finalement, un retour à la surface (ou exhumation). L'exhumation résulte de la déformation au sein de la zone de collision, menant à un raccourcissement et un apaissessement de l'édifice rocheux, qui se traduit par une remontée des roches, création d'une topographie et érosion. Puisque l'érosion agit comme un racloir sur la partie supérieure de l'édifice, des tentatives de corrélation entre les épisodes d'exhumation rapide et les périodes d'érosion intensive, dues aux changements climatiques, ont été effectuées. La connaissance de la chronologie et du lieu précis est d'une importance capitale pour une quelconque reconstruction de l'évolution d'une chaîne de montagne. Ces critères sont donnés par un retraçage des changements de la température de la roche en fonction du temps, nous donnant le taux de refroidissement. L'instant auquel les roches ont refroidit, passant une certaine température, est contraint par l'application de techniques de datation par radiométrie. Ces méthodes reposent sur la désintégration des isotopes radiogéniques, tels que l'uranium et le potassium, tous deux abondants dans les roches de la croûte terrestre. Les produits de cette désintégration ne sont pas retenus dans les minéraux hôtes jusqu'au moment du refroidissement de la roche sous une température appelée 'de fermeture' , spécifique à chaque système de datation. Par exemple, la désintégration radioactive des atomes d'uranium et de thorium produit des atomes d'hélium qui s'échappent d'un cristal de zircon à des températures supérieures à 200°C. En mesurant la teneur en uranium-parent, l'hélium accumulé et en connaissant le taux de désintégration, il est possible de calculer à quel moment la roche échantillonnée est passée sous la température de 200°C. Si le gradient géothermal est connu, les températures de fermeture peuvent être converties en profondeurs actuelles (p. ex. 200°C ≈ 7km), et le taux de refroidissement en taux d'exhumation. De plus, en datant par système radiométrique des échantillons espacés verticalement, il est possible de contraindre directement le taux d'exhumation de la section échantillonnée en observant les différences d'âges entre des échantillons voisins. Dans les Alpes suisses, le massif de l'Aar forme une structure orographique majeure. Avec des altitudes supérieures à 4000m et un relief spectaculaire de plus de 2000m, le massif domine la partie centrale de la chaîne de montagne. Les roches aujourd'hui exposées à la surface ont été enfouies à plus de 10 km de profond il y a 20 Ma, mais la topographie actuelle du massif de l'Aar semble surtout s'être développée par un soulèvement actif depuis quelques millions d'années, c'est-à-dire depuis le Néogène supérieur. Cette période comprend un changement climatique soudain ayant touché l'Europe il y a environ 5 Ma et qui a occasionné de fortes précipitations, entraînant certainement une augmentation de l'érosion et accélérant l'exhumation des Alpes. Dans cette étude, nous avons employé le système de datation (U-TH)/He sur zircon, dont la température de fermeture de 200°C est suffisamment basse pour caractériser l'exhumation du Néogène sup. /Pliocène. Les échantillons proviennent du Lötschental et du tunnel ferroviaire le plus profond du monde (NEAT) situé dans la partie ouest du massif de l'Aar. Considérés dans l'ensemble, ces échantillons se répartissent sur un dénivelé de 3000m et des âges de 5.1 à 9.4 Ma. Les échantillons d'altitude supérieure (et donc plus vieux) documentent un taux d'exhumation de 0.4 km/Ma jusqu'à il y a 6 Ma, alors que les échantillons situés les plus bas ont des âges similaires allant de 6 à 5.4 Ma, donnant un taux jusqu'à 3km /Ma. Ces données montrent une accélération dramatique de l'exhumation du massif de l'Aar il y a 6 Ma. L'exhumation miocène sup. du massif prédate donc le changement climatique Pliocène. Cependant, lors de la crise de salinité d'il y a 6-5.3 Ma (Messinien), le niveau de la mer Méditerranée est descendu de 3km. Un tel abaissement de la surface d'érosion peut avoir accéléré l'exhumation des Alpes, mais le bassin sud alpin était trop loin du massif de l'Aar pour influencer son érosion. Nous arrivons à la conclusion que la datation (U-Th)/He permet de contraindre précisément la chronologie et l'exhumation du massif de l'Aar. Concernant la dualité tectonique-érosion, nous suggérons que, dans le cas du massif de l'Aar, la tectonique prédomine.

Shrews in suburbia: an application of Goodman's extinction model

An equation is applied for calculating the expected persistence time of an unstructured population of the white-toothed shrew Crocidura russula from Preverenges, a suburban area in western Switzerland. Population abundance data from March and November between 1977 and 1988 were fit to the logistic density dependence model to estimate mean population growth rate as a function of population density. The variance in mean growth rate was approximated with two different models. The largest estimated persistence time was less than a few decades, the smallest less than 10 years. The results are sensitive to the magnitude of variance in population growth rate. Deviations from the logistic density dependence model in November are quite well explained by weather variables but those in March are uncorrelated with weather variables. Variability in population growth rates measured in winter months may be better explained by behavioural mechanisms. Environmental variability, dispersal of juveniles and refugia within the range of the population may contribute to its long-term survival.

Application of the 2008 definitions for invasive fungal diseases to the trial comparing voriconazole versus amphotericin B for therapy of invasive aspergillosis: a collaborative study of the Mycoses Study Group (MSG 05) and the European Organization for Research and Treatment of Cancer Infectious Diseases Group.

BACKGROUND: Strict definition of invasive aspergillosis (IA) cases is required to allow precise conclusions about the efficacy of antifungal therapy. The Global Comparative Aspergillus Study (GCAS) compared voriconazole to amphotericin B (AmB) deoxycholate for the primary therapy of IA. Because predefined definitions used for this trial were substantially different from the consensus definitions proposed by the European Organization for Research and Treatment of Cancer/Mycoses Study Group in 2008, we recategorized the 379 episodes of the GCAS according to the later definitions. METHODS: The objectives were to assess the impact of the current definitions on the classification of the episodes and to provide comparative efficacy for probable/proven and possible IA in patients treated with either voriconazole or AmB. In addition to original data, we integrated the results of baseline galactomannan serum levels obtained from 249 (65.7%) frozen samples. The original response assessment was accepted unchanged. RESULTS: Recategorization allowed 59 proven, 178 probable, and 106 possible IA cases to be identified. A higher favorable 12-week response rate was obtained with voriconazole (54.7%) than with AmB (29.9%) (P < .0001). Survival was higher for voriconazole for mycologically documented (probable/proven) IA (70.2%) than with AmB (54.9%) (P = .010). Higher response rates were obtained in possible IA treated with voriconazole vs AmB with the same magnitude of difference (26.2%; 95% confidence interval [CI], 7.2%-45.3%) as in mycologically documented episodes (24.3%; 95% CI, 11.9%-36.7%), suggesting that possible cases are true IA. CONCLUSIONS: Recategorization resulted in a better identification of the episodes and confirmed the higher efficacy of voriconazole over AmB deoxycholate in mycologically documented IA.

Improved statistical evaluation of group differences in connectomes by screening-filtering strategy with application to study maturation of brain connections between childhood and adolescence.

Detecting local differences between groups of connectomes is a great challenge in neuroimaging, because the large number of tests that have to be performed and the impact on multiplicity correction. Any available information should be exploited to increase the power of detecting true between-group effects. We present an adaptive strategy that exploits the data structure and the prior information concerning positive dependence between nodes and connections, without relying on strong assumptions. As a first step, we decompose the brain network, i.e., the connectome, into subnetworks and we apply a screening at the subnetwork level. The subnetworks are defined either according to prior knowledge or by applying a data driven algorithm. Given the results of the screening step, a filtering is performed to seek real differences at the node/connection level. The proposed strategy could be used to strongly control either the family-wise error rate or the false discovery rate. We show by means of different simulations the benefit of the proposed strategy, and we present a real application of comparing connectomes of preschool children and adolescents.

Prevalence rate and reasons for refusals of influenza vaccine in elderly.

More knowledge on the reasons for refusal of the influenza vaccine in elderly patients is essential to target groups for additional information, and hence improve coverage rate. The objective of the present study was to describe precisely the true motives for refusal. All patients aged over 64 who attended the Medical Outpatient Clinic, University of Lausanne, or their private practitioner's office during the 1999 and 2000 vaccination periods were included. Each patient was informed on influenza and its complications, as well as on the need for vaccination, its efficacy and adverse events. The vaccination was then proposed. In case of refusal, the reasons were investigated with an open question. Out of 1398 patients, 148 (12%) refused the vaccination. The main reasons for refusal were the perception of being in good health (16%), of not being susceptible to influenza (15%), of not having had the influenza vaccine in the past (15%), of having had a bad experience either personally or a relative (15%), and the uselessness of the vaccine (10%). Seventeen percent gave miscellaneous reasons and 12% no reason at all for refusal. Little epidemiological knowledge and resistance to change appear to be the major obstacles for wide acceptance of the vaccine by the elderly.

A low-dose stimulation protocol using highly purified follicle-stimulating hormone can lead to high pregnancy rates in in vitro fertilization patients with polycystic ovaries who are at risk of a high ovarian response to gonadotropins.

OBJECTIVE: To study the benefits of a low-dose stimulation (LDS) protocol with purified urinary follicle-stimulating hormone in patients with polycystic ovaries who have presented previously with a very high ovarian response to a standard hMG stimulation. DESIGN: Cohort study. SETTING: Fertility center in a university hospital. PATIENT(S): Sixty-one patients involved in an IVF/ICSI program from January 1995 to December 1996. INTERVENTION(S): The patients were first stimulated with a standard protocol using hMG and presented with a very high ovarian response. These patients were then stimulated a second time using a low-dose protocol. Cryopreserved embryos were transferred in later artificial or natural cycles until to December 1999. MAIN OUTCOME MEASURE(S): Number of gonadotropin ampules; estradiol level on the day of ovulation induction; follicles, oocytes, and cryopreserved zygotes; fertilization, implantation, and pregnancy rates; and number of ovarian hyperstimulation syndromes (OHSS). RESULT(S): The number of ampules used, the estradiol level reached, and the number of oocytes obtained were significantly lower under the LDS than the standard protocol. High implantation (21.8%) and clinical pregnancy (38.4%) rates were obtained after LDS. The cumulated deliveries per cycle started and per patient were, respectively, 41.6% and 52.5%. Five patients suffered OHSS with the standard protocol, and none with the LDS. CONCLUSION(S): The LDS protocol offers a safe and efficient treatment for patients who present with echographic polycystic ovaries and are at risk of an excessive ovarian response to standard IVF stimulation protocols.

The application of trend surface models to the analysis of time factors in Swiss cancer mortality.

To study different temporal components on cancer mortality (age, period and cohort) methods of graphic representation were applied to Swiss mortality data from 1950 to 1984. Maps using continuous slopes ("contour maps") and based on eight tones of grey according to the absolute distribution of rates were used to represent the surfaces defined by the matrix of various age-specific rates. Further, progressively more complex regression surface equations were defined, on the basis of two independent variables (age/cohort) and a dependent one (each age-specific mortality rate). General patterns of trends in cancer mortality were thus identified, permitting definition of important cohort (e.g., upwards for lung and other tobacco-related neoplasms, or downwards for stomach) or period (e.g., downwards for intestines or thyroid cancers) effects, besides the major underlying age component. For most cancer sites, even the lower order (1st to 3rd) models utilised provided excellent fitting, allowing immediate identification of the residuals (e.g., high or low mortality points) as well as estimates of first-order interactions between the three factors, although the parameters of the main effects remained still undetermined. Thus, the method should be essentially used as summary guide to illustrate and understand the general patterns of age, period and cohort effects in (cancer) mortality, although they cannot conceptually solve the inherent problem of identifiability of the three components.

Employment risk, unemployment insurance and search strategies: a disaggregated equilibrium approach with application to the Swiss labour market in the 1990-ies

The Organization of the Thesis The remainder of the thesis comprises five chapters and a conclusion. The next chapter formalizes the envisioned theory into a tractable model. Section 2.2 presents a formal description of the model economy: the individual heterogeneity, the individual objective, the UI setting, the population dynamics and the equilibrium. The welfare and efficiency criteria for qualifying various equilibrium outcomes are proposed in section 2.3. The fourth section shows how the model-generated information can be computed. Chapter 3 transposes the model from chapter 2 in conditions that enable its use in the analysis of individual labor market strategies and their implications for the labor market equilibrium. In section 3.2 the Swiss labor market data sets, stylized facts, and the UI system are presented. The third section outlines and motivates the parameterization method. In section 3.4 the model's replication ability is evaluated and some aspects of the parameter choice are discussed. Numerical solution issues can be found in the appendix. Chapter 4 examines the determinants of search-strategic behavior in the model economy and its implications for the labor market aggregates. In section 4.2, the unemployment duration distribution is examined and related to search strategies. Section 4.3 shows how the search- strategic behavior is influenced by the UI eligibility and section 4.4 how it is determined by individual heterogeneity. The composition effects generated by search strategies in labor market aggregates are examined in section 4.5. The last section evaluates the model's replication of empirical unemployment escape frequencies reported in Sheldon [67]. Chapter 5 applies the model economy to examine the effects on the labor market equilibrium of shocks to the labor market risk structure, to the deep underlying labor market structure and to the UI setting. Section 5.2 examines the effects of the labor market risk structure on the labor market equilibrium and the labor market strategic behavior. The effects of alterations in the labor market deep economic structural parameters, i.e. individual preferences and production technology, are shown in Section 5.3. Finally, the UI setting impacts on the labor market are studied in Section 5.4. This section also evaluates the role of the UI authority monitoring and the differences in the Way changes in the replacement rate and the UI benefit duration affect the labor market. In chapter 6 the model economy is applied in counterfactual experiments to assess several aspects of the Swiss labor market movements in the nineties. Section 6.2 examines the two equilibria characterizing the Swiss labor market in the nineties, the " growth" equilibrium with a "moderate" UI regime and the "recession" equilibrium with a more "generous" UI. Section 6.3 evaluates the isolated effects of the structural shocks, while the isolated effects of the UI reforms are analyzed in section 6.4. Particular dimensions of the UI reforms, the duration, replacement rate and the tax rate effects, are studied in section 6.5, while labor market equilibria without benefits are evaluated in section 6.6. In section 6.7 the structural and institutional interactions that may act as unemployment amplifiers are discussed in view of the obtained results. A welfare analysis based on individual welfare in different structural and UI settings is presented in the eighth section. Finally, the results are related to more favorable unemployment trends after 1997. The conclusion evaluates the features embodied in the model economy with respect to the resulting model dynamics to derive lessons from the model design." The thesis ends by proposing guidelines for future improvements of the model and directions for further research.

Evaluation des pratiques d'irrigation, de fertilisation et d'application de pesticides dans l'agriculture périurbaine de Dakar, Sénégal

RESUMEL'agriculture urbaine et périurbalne - nommée ci-après AU - est un thème fort de recherche transversale, au vu des nombreux enjeux économiques, sociaux et environnementaux. L'objectif de cette recherche était de contribuer à une meilleure connaissance des processus de transfert de polluants et du cycle des nutriments à l'échelle locale, afin de déterminer sous quelles conditions l'AU de Dakar peut être pratiquée sans porter atteinte à la santé et à l'environnement.Une approche basée sur l'étude des processus géochimiques dans ie sol jusqu'à la nappe a été choisie, à l'échelle de la parcelle cultivée et à une échelle un peu plus large de la zone périurbaine de Dakar pour déterminer les influences du type d'occupation du sol.L'évaluation des impacts de l'irrigation avec des eaux usées brutes et des eaux de nappe saumâtres sur la qualité des sols (chapitre 2) a montré que l'alcalinité et les teneurs en calcium élevées des eaux saumâtres induisent la précipitation de CaC03 dans l'horizon superficiel du sol. Na remplace consécutivement Ca sur le complexe argilo-humique du sol et les bicarbonates diminuent dans la solution du sol. Le carbone organique dissout (COD) augmente significativement dans la solution du sol et dans la nappe sous-jacente. Malgré l'alcalinité et les teneurs très élevées en calcium des eaux usées, il y a peu de précipitation de CaC03 dans l'horizon superficiel du sol et une faible augmentation du sodium échangeable ESP. La nitrification de l'ammonium des eaux usées (moy 190mg/L à Pikine) produit des protons, qui ne sont plus tamponnés par les bicarbonates exportés hors du profil. Il y a alors une nette baisse de pH des sols irrigués par des eaux usées non traitées. Les sols irrigués par des eaux usées et saumâtres stockent moins de C et Ν que les sols de référence.L'évaluation de l'influence de l'occupation des sols en zone périurbaine sur à la nappe phréatique peu profonde (chapitre 3) a permis de déterminer les traceurs représentatifs de l'occupation du sol, à savoir Br/CI, NO3/CI et δ180-Ν03 pour l'irrigation par des eaux usées, pH et δ15Ν-Ν03 pour l'irrigation par des eaux de nappe, et Rb+Cr et Κ pour les lixiviats de fosses septiques. Ce chapitre a mis en évidence des points importants de la dynamique de l'azote en zone périurbaine sous deux occupations du sol : (1) la dénitrification est un processus important dans l'agrosystème périurbain de Dakar en bas de dune, dans les gleysols où l'on trouve des conditions temporairement réduites et un substrat organique favorables aux microorganismes de la dénitrification. Les teneurs en nitrates sont presque nulles avec irrigation d'eau de nappe. (2) en bas de pente, mais avec irrigation quotidienne par les eaux usées, l'apport continu d'ammonium inhibe probablement la dénitrification, mais favorise la volatilisation. (3) la nitrification de l'ammonium dans la nappe lors de la lixiviation des fosses septiques se distingue de la nitrification de l'ammonium dans la zone non saturée dans la zone d'agriculture périurbaine par la composition isotopique de l'oxygène de l'eau. Une comparaison des flux d'azote entre l'agrosystème et les quartiers périurbains de Dakar (chapitre 4) ont révélé que ces derniers étaient du même ordre de grandeur par unité de surface, à savoir 2-4 tonnes Ν /ha/an.L'évaluation des flux de pesticides dans l'agrosystème et des risques induits pour les eaux souterraines (chapitre 5) a révélé un fiux total de pesticides de 60kg/ha/an, totalisant 15 matières actives. Seules deux de ces matières actives sont autorisées par le comité des pesticides sahélien. Les pesticides les plus utilisés par les producteurs sont l'organochloré dicofol, les organophosphorés methamidophos, dimethoate et fenithrotion ainsi que le cabamate methomyl. Les flux les plus importants sont de 9 à 7 kg/ha/an (methomyl, methamidophos, ethoprophos et dicofol). Les pesticides qui présentent un risque élevé de contamination des eaux souterraines et qui devraient être prioritaires pour un suivi analytique sont : le carbofuran, le dimethoate, l'ethoprophos et le methomyl.En conclusion, une meilleure gestion de la fertilisation est nécessaire dans la zone d'AU de Dakar, afin de (1) réduire les pertes gazeuses qui contribuent à l'effet de serre, (2) de ralentir la minéralisation du carbone et de l'azote organiques pour créer un stock de C et Ν dans ces sols, (3) de limiter le lessivage dans la nappe et enfin, 4) d'augmenter l'efficacité d'utilisation de Ν par les plantes. Une optimisation de l'irrigation devrait limiter l'alcalinisation secondaire. Enfin, la mise en place d'une lutte intégrée ou biologique contre les ravageurs est indispensable afin de minimiser les risques pour les eaux souterraines et les mares permanentes.ABSTRACTUrban and periurban agriculture (UA) is an important issue in southern countries, because of its key role in their social and economical development and its environmental concern. The goal of this study was to contribute to a better understanding of pollutant transfer and nutrient cycling at the local scale, in order to implement the necessary improvements to guarantee the sustainability of this practice.An approach based on geochemical processes occurring in the vadose zone from the surface down to the groundwater level was chosen, at the scale of cultivated plots and at the regional scale of Dakar periurban areas, to determine the influence of land use.The assessment of irrigation with untreated domestic wastewater and brackish water on soil quality (chapter 2) showed: (1) that the high alkalinity and calcium contents of brackish water induce CaC03 precipitation in the top layer of the soil and therefore a replacement of Ca by Na on the clay- humic complexes, strongly marked during the dry season. Dissolved organic carbon (DOC) increased significantly in the soil solution and in the underlying groundwater. (2) in spite of the similarly high alkalinity and Ca contents of waste water, there is only little CaC03 precipitation and a low increase of the percentage of exchangeable sodium (ESP) in the soil top layer. The nitrification of the ammonium of wastewater (mean 190 mg/L in Pikine) produces protons, which are not any more buffered by bicarbonates exported out of the soil profile, which leads to a net decline of soil pH. Both soils irrigated with untreated wastewater and brackish water store less of C and Ν than soils irrigated with non saline groundwater.The assessment of the impact of land use on the shallow groundwater (chapter 3) allowed determining representative tracers of the land use. Low Br/CI ratio, high NO3/CI ratio and low δ1βΟ- nitrate indicated the influence of wastewater; high pH and high 515N-nitrates indicated the influence of brackish water together with high amendments of organic fertilizers; high Rb+Cr and Κ indicated the influence of poor sanitation facilities in periurban districts (septic tank leakage). This chapter also pointed out the following facts about the nitrogen dynamics : (1) denitrification is a key-process in the Dakar UA agrosystem in the gleysols irrigated with groundwater. The underlying groundwater is almost nitrate free. (2) in the Gleysols irrigated with waste water, ammonium inhibits denitrification but facilitate ammoniac volatilization. A comparison of nitrogen balance between the UA agrosystem and the periurban districts of Dakar (chapter 4) revealed similar flows per surface unit, namely 2-4 tons Ν / ha / year.The evaluation of pesticides use in the UA agrosystem and the risk assessment for the groundwater (chapter 5) revealed a total flow of pesticides of 60kg / ha / year, totalizing 15 active substances. Only two of these are authorized by the Sahelian Pesticides Committee. The most used pesticides are dicofol (organochlorinated), methamidophos, dimethoate and fenithrotion (organophosphate) as well as methomyl. (carbamate). The most important flows vary between 9 to 7 kg / ha / year. Pesticides with a high risk of groundwater contamination - according to SIRIS and EPRIP 2 indicators - are: carbofuran, dimethoate, ethoprophos and methomyl. These substances should be established as a priority for an analytical follow-up in the different environmental compartments.In conclusion, a better management of the fertilization is necessary in the Dakar UA, (1) to reduce the gaseous losses which contribute to greenhouse emissions (2) to slow down the mineralization of the organic carbon and the nitrogen, in order to enhance the C and Ν stock in these soils, (3) to limit the nitrate leaching in the groundwater and finally, 4) to increase the N-use efficiency of plants. An optimization of the irrigation scheme should limit the secondary sodisation if coupled with an increase the stable organic matter of the soil. An integrated or biologic crop pest strategy is urgently needed to minimize risks with respect to ground and surface water (ponds used for fishing).RESUME LARGE PUBLICL'agriculture mondiale connaît actuellement une crise majeure, affectée par les changements climatiques, la sécurité alimentaire et les dégradations de l'environnement. Elle n'a plus le rôle unique de produire, mais devient un élément essentiel de la protection des ressources naturelles et du paysage. Les politiques agricoles basées sur les marchés mondiaux devront se réorienter vers une agriculture locale basée sur le développement durable.La production alimentaire située dans l'enceinte des villes, nommée agriculture urbaine ou périurbaine (AU ci-après) joue un rôle important dans le contexte actuel d'accroissement de la population et de la pauvreté urbaines. L'AU concerne en effet la majorité des mégapoies du monde, fait vivre plus de 200 millions de personnes dans les pays du Sud, fournit jusqu'à 80% de la demande urbaine en certains produits frais, fait barrière à l'extension urbaine et permet un recyclage de certains déchets urbains. L'AU a pour particularité d'être à cheval entre des politiques rurales et urbaines, d'où un délaissement ce cette activité au secteur informel. Ce qui a développé de nombreuses stratégies à risques, comme à Dakar, où les petits producteurs périurbains irriguent quotidiennement avec des eaux usées domestiques par manque d'accès à une eau de bonne qualité et pour raccourcir les cycles de production. L'extrême précarité foncière des acteurs de l'AU de Dakar les empêchent d'investir à long terme et induit des pratiques inadéquates d'irrigation, d'usage de pesticides et de fertilisation de ces sols sableux.L'objectif de cette recherche était de contribuer à une meilleure connaissance des processus de transfert de polluants et du cycle des nutriments à l'échelle des parcelles cultivées par des eaux usées et des eaux saumâtres, afin de déterminer sous quelles conditions l'AU de Dakar peut être pratiquée et surtout maintenue sans porter atteinte à la santé et à l'environnement. Pour cela, une approche basée sur l'étude des processus géochimiques dans le sol jusqu'à la nappe a été choisie, à l'échelle de la parcelle cultivée et à une échelle un peu plus large de la zone périurbaine de Dakar pour déterminer les influences du type d'occupation du sol.Les résultats principaux de cette étude ont montré que (1) il y a un processus de salinisation anthropique des sols (sodisation) lors d'irrigation avec des eaux de nappe saumâtres, un processus accentué en saison sèche et lors d'années à pluviométrie déficitaire. Bien que les eaux usées soient aussi salines que les eaux de nappe, la salinisation des sols irrigués' par des eaux usées est limitée par l'ammonium présent dans les eaux usées (moy 190mg NH4/L à Pikine) qui produit de l'acidité lors de la transformation en nitrates dans le sol (nitrification). (2) les sols irrigués par des eaux usées (EU) stockent moins de C et Ν que les sois de référence, ce qui montrent bien que l'azote des eaux usées n'est pas disponible pour les plantes, mais est lessivé dans la nappe (100 à 450 mg/L N03 sous irrigation par EU, alors que la limite de OMS est de 50mg/L). (3) l'utilisation des isotopes stables des nitrates et des éléments traces, notamment le bore et le brome, ont permis de distinguer l'influence de l'irrigation par des eaux usées, de l'irrigation par des eaux de nappe et des lixiviats de fosses septiques sur les propriétés de la nappe. (4) Le processus de la dénitrification (atténuation naturelle des concentrations en nitrates de la nappe par biotransformation en azote gazeux) est important dans les zones basses de l'agrosystème périurbain de Dakar, sous irrigation par eaux naturelles (ΝΟ3 < 50mg/L). Tandis que sous habitat sans assainissement adéquat, les nitrates atteignent 300 à 700 mg/L. (5) Le flux total de pesticides dans l'AU est énorme (60kg/ha/an) totalisant 15 pesticides, dont deux seulement sont autorisés. Les pesticides les plus utilisés sont des insecticides organophosphorés et organochlorés classés extrêmement dangereux à dangereux par l'OMS, appliqués à des doses de 2 à 9 kg/ha/an. Les pesticides qui ont montré un risque élevé de contamination des eaux souterraines avec les indicateurs SIRIS et EPRIP2 sont : le carbofuran, le dimethoate, l'ethoprophos et le methomyl.En conclusion, nous recommandons la reconstitution d'un horizon superficiel des sols riche en matière organique stable et structuré par production locale de compost. Cette mesure réduira les pertes gazeuses contribuant à l'effet de serre, augmentera le stock de Ν dans ces sols, alors utilisable par les plantes et permettra de diminuer l'irrigation car la capacité de rétention de l'eau dans le sol sera accru, ce qui limitera le lessivage des nitrates dans la nappe et l'alcalinisation secondaire. Enfin, la mise en place d'une lutte intégrée ou biologique contre les ravageurs est indispensable afin de minimiser les risques pour les eaux souterraines et lesmares permanentes.

Impact of preoperative embolization of the left gastric artery on the rate of anastomotic leakage after esophageal resection

Objective: Impaired blood flow of the gastric tube represents a major cause of anastomotic leakage after esophageal resection. In order to improve local vascularisation, preoperative embolization (PE) of the left gastric artery has recently been proposed. The aimof this study was to assess our initial experience of this novel approach with a particular focus on anastomotic leakage.Methods: A consecutive series of 102 patients (81 male, 21 female, median age 64 years) underwent resection (82 Ivor-Lewis procedures, 9 transhiatal resections, 11 triple incisions) for esophageal malignancies at our institution from 2000 to 2009. Since 2004, PE was used selectively in 19 patients 21 days prior to elective esophagectomy. Selection criteria were normal gastric vascular anatomy, no pre-existing vascular disease, i.e. atheromatosis of the celiac trunk or superior mesenteric artery, and resectability of the tumor. PE was performed under local anesthesia on a dedicated system in a standard fashion. Following percutaneous transfemoral visceral angiography to identify gastric vascular anatomy, embolization was performed either with 5-F or with coaxial 3-F catheters and fibered metal coils. We analyzed retrospectively patient's data, operative data, and outcome from a prospective database.Results: The overall anastomotic leakage rate was 18・6% (19/102 patients); cervical anastomosis had a leak rate of 25% compared to intrathoracic anastomosis leak rate of 18・2%. While 17 of 83 patients without PE developed anastomotic leakage (20・5%), there were only 2 of 19 patients after PE revealing an anastomotic leakage (10・5%). Otherwise, patients with PE had no more other complications. There was only one PE-related complication (i.e. partial splenic necrosis).Mean hospital stay was 25 days versus 27 days for patients with PE and without PE, respectively. The mortality rate was 7・8% (8/102 patients), whereby four deaths were related to anastomotic leakage (1 and 3 patients with PE and without PE, respectively).Conclusion: PE is an interesting novel approach to improve gastric blood flow in order to minimize anastomotic leakage. Its application is safe and technically easy. Our preliminary experience revealed a decrease of the anastomotic leakage rate of almost 50%.

Whole-cell living biosensors--are they ready for environmental application?

Since the development of the first whole-cell living biosensor or bioreporter about 15 years ago, construction and testing of new genetically modified microorganisms for environmental sensing and reporting has proceeded at an ever increasing rate. One and a half decades appear as a reasonable time span for a new technology to reach the maturity needed for application and commercial success. It seems, however, that the research into cellular biosensors is still mostly in a proof-of-principle or demonstration phase and not close to extensive or commercial use outside of academia. In this review, we consider the motivations for bioreporter developments and discuss the suitability of extant bioreporters for the proposed applications to stimulate complementary research and to help researchers to develop realistic objectives. This includes the identification of some popular misconceptions about the qualities and shortcomings of bioreporters.