Bioinformatic study of selection in animal genomes

Les gènes orthologues divergent sur plusieurs aspects durant l'évolution. Après une revue de la littérature cherchant à montrer de la divergence entre les orthologues de l'humain et de la souris, j'ai souligné les différentes causes de cette divergence. En comparant les gènes qui divergent en fonction, je n'ai pas trouvé de lien avec la divergence des séquences, pour cette raison je me suis penché sur l'étude de l'expression. Notamment, j'ai étudié le niveau, la spécificité ainsi que la présence/absence d'expression des orthologues humain-souris liés aux maladies Mendéliennes. Malgré les similarités trouvées entre l'humain et la souris, j'ai détecté une différence d'expression spécifique à une des deux espèces liée a un phénotype précis (gène essentiel/non-essentiel). Cela m'a permis de conclure que la différence sur le plan phénotypique entre l'humain et la souris est mieux expliquée par les patrons d'expression plutôt que le niveau d'expression ou la sélection. J'ai été également intéressé par l'évolution des séquences d'ADN codantes pour des protéines, en particulier sur le rôle de la sélection. J'ai commencé par une étude sur la fiabilité de détection de la sélection positive en comparant des séquences divergentes. J'ai trouvé, en utilisant le model de branche-site que la sélection peut être détectée sur des séquences qui ont divergé il y a plus de 500 millions d'années. J'ai analysé le biais de GC entres les séquences sans trouver une influence sur l'estimation de la sélection positive. Finalement, Je crois que ce travail est une première étape dans l'établissement d'un lien entre la sélection et les patrons d'expression des gènes chez les vertébrés.

Impact croisé du sexe et du niveau scolaire sur les intérêts professionnels d'écoliers suisses

Cette article traite de la manière dont le développement des aspirations professionnelles contribuent à la formation d'inégalités entre hommes et femmes sur le marché du travail au travers d'une étude empirique portant sur l'influence du sexe et de la filière scolaire sur les intérêts professionnels d'écoliers suisses. Les résultats indiquent que le croisement de ces deux variables affecte particulièrement les jeunes filles dans une filière à exigences élémentaires en restreignant doublement les options envisageables. Les moyens d'action pour les conseiller-e-s en orientation afin d'accompagner spécifiquement cette population est discutée. This article investigates how the development of career aspirations contributes to the formation of inequalities between women and men in the labor market. More precisely the influence of gender and school level on the professional interests of Swiss schoolchildren was investigated. The results indicate that these two variables reinforce each other and interact and that girls in the lower school stream are especially affected by having, for two distinct reasons, less professional options available. Several practical implications and suggestions in order to improve interventions for career counselors working with this specific population are discussed.

Lésions du ligament croisé antérieur de l'enfant [Anterior cruciate ligament injuries in children].

An increasing number of anterior cruciate ligament injuries are now seen in children and girls seem to be equally affected. Such neglected or untreated lesions could be the cause of early degenerative changes. Recently, many authors support the trend toward early surgical management in skeletally immature patients with complex meniscal tear or recurrent knee instability after proper rehabilitation. Improvement in pediatric knowledge and surgical techniques tend to support a tendency for more surgical treatment in children. The type of management is choosing according to history and physical examination. Magnetic resonance imaging is a useful tool not only for diagnosis but also for surgical treatment planning. We usually recommend anterior cruciate ligament reconstruction in children with knee instability or with further damages to the joint.

Role of cytokines in secondary lymphoid organ development

Summary Secondary lymphoid organs are sites of antigen presentation, clonal expansion of B and lymphocytes, and affinity maturation of B lymphocytes. In the intestine, these immune functions occur mainly in Peyer's patches (PP). PP develop through the interplay of two main cell types, haematopoietic cells and meserichyrnal cells. One particular haematopoietic cell type was identified as the inductive cell type in the formation of both PP and lymph nodes and was therefore designated as lymphoid tissue inducer cell. For a successful PP organogenesis, the crucial molecular components involved in the crosstalk of inducer cells and their mesenchymal target cells are adhesion molecules, lymphotoxin (LT) family members, and cytokines. In particular, the interleukin 7 receptor (IL-7R) expressed on inducer cells is absolutely required. To investigate the contribution of the ligand for the IL-7R. the cytokine IL-7, in the process of PP formation, we analyzed double transgenic (TG) mice. These mice resulted from an interbreeding of an IL-7TG mouse strain where the transgene is under the control of the MHC class II promoter with a second transgenic mouse strain, which overexpresses a transactivator for MHC class II genes. Double TG offsprings revealed higher levels of IL-7 mRNA occuring earlier in embryogenesis. Consequently, double TG mice showed a striking phenotype with a 3- to 5-fold increase in PP numbers compared to single IL-7TG or control littermates. Analysis of embryonic double TG intestines demonstrated that the process of PP development was already elevated during development as early as the embryonic day 16.5. Importantly, inducer cells were significantly increased in numbers in these embryonic intestines. Furthermore, the expression of LT? mRNA, which at this early time point is exclusively expressed by inducer cells, was also increased in double TG animals. These data clearly indicate a direct influence of IL-7 on the expansion of lymphoid tissue inducer cells and on the availability of LT? leading to a higher frequency of developing PP in fetal life. Interestingly, in addition to an enhanced frequency of PP development, in double TG mice, three additional phenotypic differences were observed. i) Lymphocyte infiltration in various non-lymphoid organs, such as stomach, salivary gland, and liver. Subsequent analysis demonstrated that B lymphocytes were predominant within these tertiary lymphoid structures. ii) Ectopic lymph node-like structures containing both B and T lymphocytes were found near the inguinal lymph node. iii) Double TG mice had a severe bone resorption syndrome most likely as a consequence of the pro-osteoclastic effect of IL-7. Taken together, these results show that IL-7 plays a key role in the homeostasis of inducer cells, in the generation of PP in the gut, in the formation of ectopic lymphoid tissue, and in bone resorption. Résumé Les organes lymphoïdes secondaires sont les lieux de présentation des antigènes aux lymphocytes, permettant l'expansion des lymphocytes B et T et la maturation d'affinité des lymphocytes B. Dans l'intestin, ces fonctions immunitaires se déroulent dans les plaques de Peyer (PP). Ces plaques se développent grâce à l'interaction des cellules hématopoïétiques avec des cellules mésenchymales. Un type particulier de cellules hématopoïétiques a été identifié comme cellule inductrice dans la formation des PP et des ganglions lymphatiques et de ce fait a été désigné cellule inductrice des tissus lymphoïdes. Durant l'organogénèse des PP, les composants moléculaires cruciaux impliqués dans l'interaction des cellules inductrices et des cellules mésenchymales sont les molécules d'adhésion, les membres de la famille des lymphotoxines (LT) et les cytokines. En particulier, le récepteur de l'interleukine 7 (IL-7R) exprimé par les cellules inductrices est absolument nécessaire. Pour étudier le rôle du ligand de l'IL-7R, l'interleukine IL-7, dans la formation des PP, nous avons croisé une lignée de souris transgénique (TG) surexprimant IL-7 sous contrôle du promoteur MHC class Il avec une lignée de souris transgénique surexprimant un transactivateur des genes MHC class II. Les souris doubles TG présentent une concentration élevée d'ARNm de l'IL-7 durant l'embryogénèse, ce qui résulte en une augmentation du nombre de PP de 3 à 5 fois en comparaison aux souris ayant seul le transgène IL-7 et aux souris contrôles. L'analyse des intestins des souris doubles TG démontre que le processus de développement des PP était élevé dès le jour 16.5 du développement embryonnaire. L'augmentation du nombre des cellules inductrices dans ces intestins embryonnaires est signilicative. De plus l'expression de l'ARNm LT?, qui à ce stade précoce est exclusivement exprimé dans les cellules inductrices, est également augmenté dans les doubles TG. Ces résultats indiquent clairement une influence directe d'IL-7 sur l'expansion des cellules inductrices des tissues lymphoïdes et sur la synthèse de LT? induisant une augmentation des PP se développant durant la vie foetale. En plus du développement accru des PP dans les souris doubles TG, trois différences phénotypiques ont été observées. i) L'infiltration lymphocytaire dans différents organes non-lymphoïdes, comme l'estomac, les glandes salivaires et le foie. Des analyses complémentaires ont demontré que les lymphocytes B étaient prédominants dans ces structures lymphoïdes tertiaires. ii) Des structures de ganglions lymphatiques ectopiques contenant des lymphocytes B et T ont été trouvées près des ganglions lymphatiques inguinaux. iii) Les souris doubles TG présentent un syndrome de résorption osseuse sévère probablement dû à l'effet pro-osteoclaste d'IL-7. Globalement, ces résultats montrent que IL-7 joue un rôle clé dans l'homéostasie des cellules inductrices dans la génèse de PP de l'intestin, dans la formation des tissus lymphoïdes ectopiques et dans la résorption osseuse.

Referrals of cancer versus non-cancer patients to palliative care consult team : do they differ ?

Depuis la fin du XXème siècle, les soins palliatifs se sont développés essentiellement autour de patients souffrant de cancer en phase terminale. Or depuis une dizaine d'années, un nombre croissant d'études rapporte que les patients souffrant de maladies non cancéreuses avancées expérimentent également une variété de problèmes, de dimension physique, psychosociale ou spirituelle. Ces problèmes peuvent avoir un fort impact sur leur qualité de vie. Malheureusement, seule une minorité de patients non cancéreux en phase terminale a accès à des soins palliatifs. Le but de cette étude est de mieux comprendre les similitudes et les différences entre les patients cancéreux et non cancéreux lorsqu'ils sont encore hospitalisés dans un hôpital universitaire de soins aigus et réferrés à une équipe mobile de soins palliatifs intrahospitalière. Méthodologie : Dans cette étude rétrospective, les dossiers des 100 premiers patients non cancéreux adressés à l'équipe mobile de soins palliatifs (EMSP) ont été comparés avec ceux de 506 patients cancéreux, durant la même période (2000-2001). Nous avons répertorié leurs profils démographiques, les types de demandes des professionnels de 1ère ligne s'adressant à l'EMSP, les symptômes ainsi que la médication des patients. Conclusions : Dans les deux groupes de patients, nous avons retrouvé de manière égale un haut taux de symptômes : 79% de patients non cancéreux et 71% de patients cancéreux expérimentent au moins 3 symptômes ou plus. Cependant, malgré cette similitude en termes d'inconfort, l'équipe de soins palliatifs est appelée plus tardivement pour les patients non cancéreux. Au vu des problèmes de communication verbale chez les patients non cancéreux, les demandes d'évaluation formulées auprès de l'EMSP sont plus orientées vers « une évaluation globale » au lieu d'une aide sur un problème spécifique. Nous retrouvons également une différence en termes d'analgésie entre les deux populations de patients, les patients non cancéreux sont plus fréquemment en surdosage. Selon nos données, un plus grand taux de décès survient à l'hôpital auprès des patients non cancéreux. Dans les limites de cette étude, les résultats permettent de confirmer que les patients non cancéreux hospitalisés dans un hôpital de soins aigus sont encore peu référés à une EMSP et très tardivement. Pour y rémédier, il serait nécessaire de contourner ces obstacles au vu des problèmes d'évaluation et d'identification exposés dans cette étude, d'améliorer la collaboration avec les professionnels de 1ère ligne et peut-être de mettre en place des guidelines institutionnels afin que tous les patients palliatifs puissent avoir la meilleure qualité de vie possible, et ce, jusqu'au bout de leur trajectoire hospitalière.