Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy.

In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. A key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process vs. those that measure flux through the autophagy pathway (i.e., the complete process); thus, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation needs to be differentiated from stimuli that result in increased autophagic activity, defined as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (in most higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the field understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field.

L'homme qui venait de Nazareth. Ce qu'on peut aujourd'hui savoir de Jésus

Quel homme était Jésus ? Petit ou élancé ? Avait-il le parler sec, le geste rond ? Etait-il chauve ou barbu ? Avait-on du plaisir à discuter avec lui ?... Et puis, avait-il attendu le Royaume de Dieu pour tout de suite ? Savait-il qu'il allait mourir ? Et qu'on le ferait Dieu ? Avait-il prévu que l'Eglise viendrait ?... Ces questions, et tant d'autres, ont traversé les siècles. Or voici qu'elles sont en train de reprendre une actualité surprenante. On veut savoir qui était Jésus, le vrai Jésus - regardez donc sur la table des libraires. Alors, un livre de plus ? Pas vraiment. Ce livre, nourri aux recherches historiques les plus récentes, cherche moins à proposer un portrait inédit de Jésus qu'à le décanter des images qui l'ont trop souvent travesti. Car en écoutant ses paraboles, en assistant à ses miracles, en le suivant sur son chemin de croix, on découvre qu'en lui, Dieu s'est rendu proche des hommes et a fait basculer leur histoire. Ainsi, restituer à Jésus toute sa consistance historique, tout son souffle, toute sa vérité : un pari sans doute. Que ce livre osa prendre. Mais un pari tenu. A la mesure de l'empreinte décisive dont l'homme qui venait de Nazareth a marqué notre civilisation. Et de la foi qu'il continue de susciter au coeur de multitudes de croyants.

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project.

We report the generation and analysis of functional data from multiple, diverse experiments performed on a targeted 1% of the human genome as part of the pilot phase of the ENCODE Project. These data have been further integrated and augmented by a number of evolutionary and computational analyses. Together, our results advance the collective knowledge about human genome function in several major areas. First, our studies provide convincing evidence that the genome is pervasively transcribed, such that the majority of its bases can be found in primary transcripts, including non-protein-coding transcripts, and those that extensively overlap one another. Second, systematic examination of transcriptional regulation has yielded new understanding about transcription start sites, including their relationship to specific regulatory sequences and features of chromatin accessibility and histone modification. Third, a more sophisticated view of chromatin structure has emerged, including its inter-relationship with DNA replication and transcriptional regulation. Finally, integration of these new sources of information, in particular with respect to mammalian evolution based on inter- and intra-species sequence comparisons, has yielded new mechanistic and evolutionary insights concerning the functional landscape of the human genome. Together, these studies are defining a path for pursuit of a more comprehensive characterization of human genome function.

Les retombées des idées libertaires des philosophes modernes sur la liberté en éducation aujourd'hui

Le sujet de ma thèse porte sur l'éducation. Et celle-ci possède plusieurs facettes, dans la pratique comme théoriquement, qui peuvent être traitées différemment. J'ai plutôt retenu une question qui m'habite, depuis plusieurs années, qui est celle de la liberté comme la visée première de l'éducation par rapport aux autres fins utilitaristes que nos sociétés libérales assignent à l'éducation. Notons cependant que la liberté reste inhérente à toute notion d'éducation, tant il est vrai que qui dit "éduquer" pense à un choix des valeurs par l'éducateur, pour l'éduqué, sans toujours tenir compte de son point de vue. Ce qui veut dire que la question de la liberté se pose, déjà là, dès que le problème de l'éducation est approché. J'ai trouvé en parcourant l'histoire de la pensée, aussi bien en philosophie comme en histoire de l'éducation, que les questions que nous nous posons aujourd'hui par rapport à la liberté en éducation ont été plus ou moins bien abordées par les modernes. C'est par le biais des concepts, qu'ils ont réussis à mettre dans le débat, qu'on peut bien reconnaître leur apport incontournable autour de cette question aussi bien au niveau moral que politique. Il s'agit entre autres concepts de: devoir, responsabilité, respect, universalité, autrui, culture, nature etc. J'invite les éducateurs actuels d'aller revisiter les temps modernes pour trouver tant soit peu des ébauches de réponses à cette épineuse question de la liberté en éducation. Il ne s'agit pas d'un retour, mais d'un recours aux modernes. D'où l'intitulé de mon travail: Les retombées des idées libertaires des philosophes modernes sur la liberté en éducation aujourd'hui. Tout en y allant par la méthode phénoménologico-herméneutique, j'ai divisé mon travail en quatre grandes parties. Dans la première, je pose d'abord la question épistémologique par rapport au problème de l'éducation en philosophie et par rapport à la philosophie de l'éducation comme une des sciences de l'éducation. J'essaie de montrer là que l'éducation a toujours été un problème philosophique, et qu'aujourd'hui les éducateurs ont besoin de notre apport, celui de la philosophie à leurs questions. Cette approche me permet d'aller voir ce que les philosophes modernes ont pensé de l'éducation, et de l'éducation par rapport à la liberté. J'ai fait à ce niveau un choix de certains philosophes en les situant dans trois grandes traditions occidentales à savoir: les traditions française avec Rousseau, anglaise avec Locke, et allemande avec Kant et Fichte. En parcourant les différentes conceptions de cette époque moderne, par rapport à la question qui nous concerne, j'analyse aussi les points de vue de Pestalozzi et de Hegel. La troisième partie s'évertue à faire le lien entre ce temps moderne et mon "aujourd'hui "que je situe à partir de Mai 68 marqué par la relativisation des valeurs morales. La quatrième partie tente de répondre à la question de savoir qu'est ce que nous avons retenu des philosophes modernes, et qu'est-ce que nous en faisons pour affronter ce problème réel de la liberté en éducation. C'est là que j'évoque les questions éthiques possibles autour de l'autonomie de l'éduqué par rapport à l'éducateur, par rapport à son milieu, j'entends par là comment l'éduqué devrait-il vivre sa liberté vis-à-vis de la société qui a ses lois et ses règles, vis-à-vis de ses copains que sont ses frères et soeurs en famille ou ses collègues à l'école, mais aussi par rapport à la nature qui nous conditionne avec ses priorités écologiques, par rapport à la mondialisation qui pose le problème du multiculturalisme, et par rapport enfin aux questions spirituelles qui occupent, depuis que l'humanité existe, le mental de l'homme. Je propose pour comprendre la liberté par rapport à l'autre, ou à "autrui", la lecture de Ricoeur et de Levinas. Et au niveau méthodologique, je trouve qu'il serait adapté aujourd'hui d'engager la discussion avec les éduqués, comme Habermas le suggère, pour que l'autorité soit quelque chose de construit avec eux et non quelque chose qui leur vient d'ailleurs. Je veux fonder une pédagogie de la communication et du dialogue (entre éduqué et éducateur). Je dégage aussi quelques limites des idées modernes par rapport à l'époque actuelle.