Climate change effects on animal and plant phylogenetic diversity in southern Africa

Much attention has been paid to the effects of climate change on species' range reductions and extinctions. There is however surprisingly little information on how climate change driven threat may impact the tree of life and result in loss of phylogenetic diversity (PD). Some plant families and mammalian orders reveal nonrandom extinction patterns, but many other plant families do not. Do these discrepancies reflect different speciation histories and does climate induced extinction result in the same discrepancies among different groups? Answers to these questions require representative taxon sampling. Here, we combine phylogenetic analyses, species distribution modeling, and climate change projections on two of the largest plant families in the Cape Floristic Region (Proteaceae and Restionaceae), as well as the second most diverse mammalian order in Southern Africa (Chiroptera), and an herbivorous insect genus (Platypleura) in the family Cicadidae to answer this question. We model current and future species distributions to assess species threat levels over the next 70years, and then compare projected with random PD survival. Results for these animal and plant clades reveal congruence. PD losses are not significantly higher under predicted extinction than under random extinction simulations. So far the evidence suggests that focusing resources on climate threatened species alone may not result in disproportionate benefits for the preservation of evolutionary history.

Spatial predictions of phylogenetic diversity in conservation decision making.

Considering genetic relatedness among species has long been argued as an important step toward measuring biological diversity more accurately, rather than relying solely on species richness. Some researchers have correlated measures of phylogenetic diversity and species richness across a series of sites and suggest that values of phylogenetic diversity do not differ enough from those of species richness to justify their inclusion in conservation planning. We compared predictions of species richness and 10 measures of phylogenetic diversity by creating distribution models for 168 individual species of a species-rich plant family, the Cape Proteaceae. When we used average amounts of land set aside for conservation to compare areas selected on the basis of species richness with areas selected on the basis of phylogenetic diversity, correlations between species richness and different measures of phylogenetic diversity varied considerably. Correlations between species richness and measures that were based on the length of phylogenetic tree branches and tree shape were weaker than those that were based on tree shape alone. Elevation explained up to 31% of the segregation of species rich versus phylogenetically rich areas. Given these results, the increased availability of molecular data, and the known ecological effect of phylogenetically rich communities, consideration of phylogenetic diversity in conservation decision making may be feasible and informative.

Iconographie de la Mère de Dieu

Après des décennies dʼoubli, un document a été retrouvé, qui avait suscité pendant des années la curiosité dʼétudiants byzantinistes et de bien dʼautres qui étaient à sa recherche. Ilsʼagit de la dernière oeuvre de Nikodim Pavlovic Kondakov, le manuscrit « légendaire » cédé au Vatican dans les années 20 et considéré comme disparu. Après la parution de nombreux textes importants, Kondakov avait commencé à publier ses oeuvres de maturité : la grande monographie sur lʼiconographiedu Christ et les trois volumes de sa célèbre Ikonografija Bogomateri (Iconographie de la Mère de Dieu). Alors que les deux premiers volumes de lʼIconographie de la Mère de Dieu furent publiés à Saint Pétersbourg en 1914-1915, la Révolution Russe de 1917 ne permit pas la publication du troisième volume. Kondakov étant en exil, le troisième volume fut acquis par le Vatican. Le manuscrit fut envoyé à lʼInstitutPontifical Oriental de Rome (PIO) en novembre 1926 où il fut traduit en vue dʼune publication qui nʼeut jamais lieu. Dans les archives du PIO, récemment, la traduction a été retrouvée. Même si nous nʼavons plus la trace de son original en russe, cette traduction complète en français nous permet de retrouver un texte fondamental égaré pendant plus de 80 ans. Ce troisième volume a pour objet lʼiconographie de la Vierge Marie dans lʼart italien, de la fin du Moyen-Âge au début de la Renaissance, un sujet que Kondakov avait en partie affronté dans son premier écrit sur lʼiconographie mariale en 1911, et où il exposait déjà sa proposition de lire la peinture de la Renaissance italienne en lien avec la peinture des icônes russes et grecques. La publication de cette oeuvre nous aidera à connaître une importante page de lʼhistoire concernant le rapport complexe et débattu entre Renaissance italienne et intellectuels russes de lʼ « Âge dʼargent ».

Combined Ex-PRESS LR-50/IOL implantation in modified deep sclerectomy plus pharmacoemulsification for glaucoma associated with cataract

RAPPORT DE SYNTHESEBUTLe but de cette étude est de suivre prospectivement les résultats d'une sclérectomie profonde (SP) modifiée en utilisant le tube Ex-PRJESS LR-50, associée à une phacoémulsification avec implantation d'une lentille intraoculaire (LIO), dans la chirurgie combinée du glaucome et de la cataracte.METHODENous avons inclus dans l'étude 24 yeux de 24 patients présentant un glaucome médicalement non contrôlé et une cataracte justifiant son ablation.Une phacoémulsification avec implantation d'une LIO est effectuée. Puis le tube Ex-PRESS LR-50 est inséré au niveau du canal de Schlemm, dans la chambre antérieure, sous un volet scléral. Une SP postérieure partielle est ensuite pratiquée afin de créer une bulle de filtration intrasclérale.Le taux de succès complet a été défini par une pression intraoculaire (PIO) <18 mmHg sans traitement et le taux de succès relatif par une PIO <18 mmHg avec ou sans traitement. En cas de fibrose ou de kyste de la bulle de filtration, une injection sous-conjonctivale d'une solution de Mitomycin C à 0.02% est réalisée, avec ou sans needling.RESULTATSLe suivi moyen était de 40.1±10.8 [moyenne±DS] mois. En préopératoire, la PIO se situait à 18.1 ±5.3 mmHg; la meilleure acuité visuelle corrigée (MAVC) était mesurée à 0.6±0.3 (échelle de Snellen) et le nombre de médicaments hypotenseurs oculaires était de 2.3±1.1. La PIO a diminué de 25.4% à 24 mois et de 27.0% à 48 mois. A 24 mois, 19 patients (86.3%) avaient une MAVC supérieure ou égal à 0.5, et à 48 mois la MAVC était mesurée à 0.7±0.3. Lors de la dernière visite, le nombre moyen de médicaments se situait à 0.6±0.8 (p<0.05). Des injections sous conjonctivales d'une solution de Mitomycin C à 0.02% ont été nécessaires dans 5 yeux. Aucune érosion conjonctivale n'a été constatée. Deux complications majeures ont été observées. Une endophtalmie, deux jours après l'intervention chirurgicale avec phtisis secondaire du globe oculaire. Une obstruction du tube Ex-PRESS LR-50 par de la fibrine, ayant justifié son ablation avec SP classique en un autre site.CONCLUSIONLe tube Ex-PRESS LR-50 inséré dans la chambre antérieure avec une SP modifiée réduit efficacement la PIO dans la chirurgie combinée du glaucome et prévient l'érosion conjonctivale, une complication importante lorsque l'implant n'est pas couvert par un volet scléral.

Echolocation calls of the bats of Trinidad, West Indies: is guild membership reflected in echolocation signal design?

Time-expanded echolocation calls were recorded from 29 species of Neotropical bats in lowland moist tropical forest in Trinidad, West Indies with three aims (I) to describe the echolocation calls of the members of a diverse Neotropical bat community, especially members of the family Phyllostomidae, whose calls are not well documented (2) to investigate whether multivariate analysis of calls allows species and foraging guilds to be identified and (3) to evaluate the use of bat detectors in surveying the phyllostomids of Neotropical forests. The calls of 12 species of the family Phyllostomidae are described here for the first time and a total of 29 species, belonging to five families (Emballonuridae, Mormoopidae, Phyllostomidae, Molossidae and Vespertilionidae) were recorded Quadratic discriminant function analysis (DFA) was used to obtain classification rates for each one of 11 individual species and for six guilds (based on diet, foraging mode and habitat) comprising 26 species Overall classification rates were low compared to similar studies conducted in the Palaeotropics We suggest that this may be due to a combination of ecological plasticity for certain species and a loose relationship between echolocation call shape, fine-grained resource partitioning and resource acquisition in phyllostomids

Bats of Borneo: diversity, distributions and representation in protected areas

Protected areas are valuable in conserving tropical biodiversity, but an insufficient understanding of species diversity and distributions makes it difficult to evaluate their effectiveness. This is especially true on Borneo, a species rich island shared by three countries, and is particularly concerning for bats, a poorly known component of mammal diversity that may be highly susceptible to landscape changes. We reviewed the diversity, distributions and conservation status of 54 bat species to determine the representation of these taxa in Borneo's protected areas, and whether these reserves complement each other in terms of bat diversity. Lower and upper bound estimates of bat species composition were characterised in 23 protected areas and the proposed boundaries of the Heart of Borneo conservation area. We used lower and upper bound estimates of species composition. By using actual inventories, species representation was highly irregular, and even if some reserves were included in the Heart of Borneo, the protected area network would still exhibit low complementarity. By inferring species presence from distributions, composition between most reserves was similar, and complementarity was much higher. Predicting species richness using abundance information suggested that bat species representation in reserves may lie between these two extremes. We recommend that researchers better sample biodiversity over the island and address the conservation threats faced in Borneo both within and outside protected areas. While the Heart of Borneo Initiative is commendable, it should not divert attention from other conservation areas.

Evolutionary history and its relevance in understanding and conserving southern African biodiversity

Abstract : Understanding how biodiversity is distributed is central to any conservation effort and has traditionally been based on niche modeling and the causal relationship between spatial distribution of organisms and their environment. More recently, the study of species' evolutionary history and relatedness has permeated the fields of ecology and conservation and, coupled with spatial predictions, provides useful insights to the origin of current biodiversity patterns, community structuring and potential vulnerability to extinction. This thesis explores several key ecological questions by combining the fields of niche modeling and phylogenetics and using important components of southern African biodiversity. The aims of this thesis are to provide comparisons of biodiversity measures, to assess how climate change will affect evolutionary history loss, to ask whether there is a clear link between evolutionary history and morphology and to investigate the potential role of relatedness in macro-climatic niche structuring. The first part of my thesis provides a fine scale comparison and spatial overlap quantification of species richness and phylogenetic diversity predictions for one of the most diverse plant families in the Cape Floristic Region (CFR), the Proteaceae. In several of the measures used, patterns do not match sufficiently to argue that species relatedness information is implicit in species richness patterns. The second part of my thesis predicts how climate change may affect threat and potential extinction of southern African animal and plant taxa. I compare present and future niche models to assess whether predicted species extinction will result in higher or lower V phylogenetic diversity survival than what would be experienced under random extinction processes. l find that predicted extinction will result in lower phylogenetic diversity survival but that this non-random pattern will be detected only after a substantial proportion of the taxa in each group has been lost. The third part of my thesis explores the relationship between phylogenetic and morphological distance in southern African bats to assess whether long evolutionary histories correspond to equally high levels of morphological variation, as predicted by a neutral model of character evolution. I find no such evidence; on the contrary weak negative trends are detected for this group, as well as in simulations of both neutral and convergent character evolution. Finally, I ask whether spatial and climatic niche occupancy in southern African bats is influenced by evolutionary history or not. I relate divergence time between species pairs to climatic niche and range overlap and find no evidence for clear phylogenetic structuring. I argue that this may be due to particularly high levels of micro-niche partitioning. Résumé : Comprendre la distribution de la biodiversité représente un enjeu majeur pour la conservation de la nature. Les analyses se basent le plus souvent sur la modélisation de la niche écologique à travers l'étude des relations causales entre la distribution spatiale des organismes et leur environnement. Depuis peu, l'étude de l'histoire évolutive des organismes est également utilisée dans les domaines de l'écologie et de la conservation. En combinaison avec la modélisation de la distribution spatiale des organismes, cette nouvelle approche fournit des informations pertinentes pour mieux comprendre l'origine des patterns de biodiversité actuels, de la structuration des communautés et des risques potentiels d'extinction. Cette thèse explore plusieurs grandes questions écologiques, en combinant les domaines de la modélisation de la niche et de la phylogénétique. Elle s'applique aux composants importants de la biodiversité de l'Afrique australe. Les objectifs de cette thèse ont été l) de comparer différentes mesures de la biodiversité, 2) d'évaluer l'impact des changements climatiques à venir sur la perte de diversité phylogénétique, 3) d'analyser le lien potentiel entre diversité phylogénétique et diversité morphologique et 4) d'étudier le rôle potentiel de la phylogénie sur la structuration des niches macro-climatiques des espèces. La première partie de cette thèse fournit une comparaison spatiale, et une quantification du chevauchement, entre des prévisions de richesse spécifique et des prédictions de la diversité phylogénétique pour l'une des familles de plantes les plus riches en espèces de la région floristique du Cap (CFR), les Proteaceae. Il résulte des analyses que plusieurs mesures de diversité phylogénétique montraient des distributions spatiales différentes de la richesse spécifique, habituellement utilisée pour édicter des mesures de conservation. La deuxième partie évalue les effets potentiels des changements climatiques attendus sur les taux d'extinction d'animaux et de plantes de l'Afrique australe. Pour cela, des modèles de distribution d'espèces actuels et futurs ont permis de déterminer si l'extinction des espèces se traduira par une plus grande ou une plus petite perte de diversité phylogénétique en comparaison à un processus d'extinction aléatoire. Les résultats ont effectivement montré que l'extinction des espèces liées aux changements climatiques pourrait entraîner une perte plus grande de diversité phylogénétique. Cependant, cette perte ne serait plus grande que celle liée à un processus d'extinction aléatoire qu'à partir d'une forte perte de taxons dans chaque groupe. La troisième partie de cette thèse explore la relation entre distances phylogénétiques et morphologiques d'espèces de chauves-souris de l'Afrique australe. ll s'agit plus précisément de déterminer si une longue histoire évolutive correspond également à des variations morphologiques plus grandes dans ce groupe. Cette relation est en fait prédite par un modèle neutre d'évolution de caractères. Aucune évidence de cette relation n'a émergé des analyses. Au contraire, des tendances négatives ont été détectées, ce qui représenterait la conséquence d'une évolution convergente entre clades et des niveaux élevés de cloisonnement pour chaque clade. Enfin, la dernière partie présente une étude sur la répartition de la niche climatique des chauves-souris de l'Afrique australe. Dans cette étude je rapporte temps de divergence évolutive (ou deux espèces ont divergé depuis un ancêtre commun) au niveau de chevauchement de leurs niches climatiques. Les résultats n'ont pas pu mettre en évidence de lien entre ces deux paramètres. Les résultats soutiennent plutôt l'idée que cela pourrait être I dû à des niveaux particulièrement élevés de répartition de la niche à échelle fine.

Une cause de cardiomyopathie dilatée chez l'enfant: le déficit primaire en carnitine [A cause of dilated cardiomyopathy in child: primary carnitine deficiency].

AIM: The aim of this case report was to show the importance to research metabolic etiology, especially a carnitine deficiency in dilated cardiomyopathy of children. CASE REPORT: A three years old Togolese child presented muscular hypotonia, dyspnea. Examination showed left galop murmur and systolic murmur 2/6. Chest X-ray showed cardiomegaly (CTI: 0.66), electrocardiogram, a sinusal rythm, left ventricle hypertrophy and T wave abnormalities. Echocardiogram showed a markedly dilated left ventricle with reduced systolic function (EF: 0.43; reference range 0.55-0.80) and moderate mitral regurgitation. The inflammatory signs where negatives. Magnetic resonance imaging don't show signs of ischemic or myocarditis. The levels of free and total plasmatic carnitine decreased: 3μmol/L (N: 18-48μmol/L) and 5μmol/l (N: 29-70μmol/L) respectively. Mutation analysis of the gene SLC22A5 confirms the diagnosis of primary systemic carnitine deficiency. Treatment with oral carnitine was started at 200mg/kg per day. Within three weeks of treatment, we observed the decrease of all symptoms and the left ventricular size and function normalized (EF: 0.62). He has now been on oral carnitine for live. CONCLUSION: Primary carnitine deficiency is a cause of dilated cardiomyopathy in child. It must systematically be suspected when a child presents a primitive cardiomyopathy. The treatment with oral carnitine for live is simple, with excellent prognosis.

A recent inventory of the bats of Mozambique with new documentation of 7 new species for the country

The bat fauna of Mozambique is poorly documented. We conducted a series of inventories across the country between 2005 and 2009, resulting in the identification of 50 species from 41 sites. Of these, seven species represent new national records that increase the country total to 67 species. These data include results from the first detailed surveys across northern Mozambique, over an area representing almost 50% of the country. We detail information on new distribution records and measurements of these specimens. Special attention is paid to the Rhinolophidae, because these include several taxa that are currently in a state of taxonomic confusion. Furthermore, we also present some notes on taxonomy, ecology and echolocation calls. Finally, we combine modelled distributions to present predicted species richness across the country. Species richness was lowest across the coastal plain, to the east and far north, and is predicted to increase in association with rising altitude and higher topographic unevenness of the landscape.

Ten years follow-up after deep sclerectomy with collagen implant

RAPPORT DE SYNTHESE : BUT : Le but de ce sujet de recherche est d'évaluer le taux de succès et les complications à long terme de la sclérectomie profonde non pénétrante avec implant de collagène (SPIC) chez les patients atteints de glaucome à angle ouvert. METODES ET PATIENTS : Il s'agit d'une étude clinique, prospective, monocentrique, non-randomisée, effectuée sur 105 patients atteints d'un glaucome à angle ouvert médicalement non-contrôlé. Ces patients ont tous bénéficiés d'une SPIC, effectuée selon le geste chirurgicale standard (technique décrite dans l'article). Dans le cadre de cette étude, nous avons effectué un bilan ophtalmologique complet avant l'acte chirurgical puis un suivi postopératoire à 1 et 7 jours ; 1,2,3,6,9,12 mois et ensuite tous les 6 mois durant les dix années suivantes. RESULTATS : Le suivit moyen de cette étude s'étend sur 101.5 ± 43.1, [3-144] mois (moyenne ± écart type, [étendue]). La pression intraoculaire (PIO) préopératoire était élevée à 26.8 ± 7.7, (14-52] mmHg, et l'acuité visuelle corrigée à 0.71 ± 0.33, [0.02-1.5]. Au terme des dix années après le traitement chirurgical, le nombre de patients suivit était de 52 avec une pression intraoculaire abaissée à 12.2 ± 4.7, [6-20] mmHg et une acuité visuelle corrigée de 0.63 ± 0.34, [0.01-1.2]. Le nombre de médicaments par patient a diminué de 2.3 ± 0.7, [ 1-4] à 1.3 ± 1.1, [0-3]. Dix ans après la SPIC, une pression intraoculaire <_ 21 mmHg sans médicaments (succès complet) était obtenue chez 47.7 % des patients et 89 % avec ou sans traitement médicamenteux (succès relatif). Les gestes postopératoires additionnels par gonioponcture ont été effectués sur 61 yeux (59.8%) et les injections sous-conjonctival de 5-fluorouracil ont été pratiquées sur 25 yeux dont 5 incluant un needling. CONCLUSIONS : Le suivit à long terme sur une période de dix ans, démontre que la sclérectomie profonde avec implant de collagène (SPIC) est efficace dans le contrôle de la pression intraoculaire et présente peu de complications postopératoires.