Molecular evolutionary patterns in the Glomeromycota;

Abstract Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) form symbiosis with roots of approximately 80% of known land plants. These fungi play a key role in the ecology and adaptation of plants to various ecosystems.by increasing the plant resources for various nutrients. Despite their important ecological role, we still have poor understanding of their genetic structure and their molecular evolution. The work presented in this thesis aims to isolate and analyse AMF genes with various molecular techniques, in order to obtain new insights about their genetics, phylogeny and molecular evolution. Some AMF genes were shown through phylogenetic analyses to be more related with plants or mycoparasites than with other fungal organisms. These results led to the prediction that lateral gene transfers (LGT) occurred between AMF and plants during their long-term co-évolution. By phylogenetic and molecular analyses, in the chapter 2 I demonstrate that the hypothesis of LGT is most likely a consequence of analyses carried out on contaminant non AMF-DNA. In addition, various features characteristic of AMF genes have been determined, allowing researchers to scan their own sequence databases for potential non-AMF contaminants. Phylogenetic relationships of AMF with other fungi has been mostly analysed using molecular markers of ribosomal origin. In chapter 2 I successfully isolated gene encoding α- and ß-tubulins from several AMF genera. Consequently, phylogenetic analyses showed that AMF possess an unexpected relationship with ancestral aquatic fungi (chytrids). These results are consistent with the prediction stating that AMF may have played an important role in the colonisation of land by green plants through the establishment of a symbiosis and after the divergence of AMF from aquatic ancestors. In Chapter 4 I tried to isolate the entire AMF gene family encoding P-Type II ATPases, in order to determine their molecular evolution with the fungal kingdom. These genes were further analysed to detect the level of sequence polymorphism that is present within an AMF population. The results obtained show that mutational events previously thought as occurring only among divergent evolutionary lineages (gene duplications, indel mutations in coding regions) can occur within a single population of AMF. These results have far reaching consequences for our understanding of the genetics and ecology of AMF. Résumé Les champignons endomycorrhiziens arbusculaires (CEA) forment une symbiose racinaire avec environ 80% des plantes vasculaires connues. Ces champignons possèdent un rôle important dans l'écologie et l'adaptation des plantes au sein de différents écosystèmes en .augmentant leurs ressources en nutriments. Le travail présenté dans cette thèse se propose d'isoler et d'analyser certains gènes de CEA avec différentes techniques moléculaires à fin d'obtenir de pÌus amples informations concernant l'évolution moléculaire, la phylogénie et leur diversité génétique à diverses échelles taxonomiques. Certaines analyses phylogénétiques des CEA ont conduit à l'hypothèse que des transferts horizontaux de gènes (THG) ont pu avoir lieu durant leur longue co-évolution avec les plantes vasculaires. Dans le chapitre 2 de cette thèse nous démontrons par analyses moléculaire et phylogénétique que l'hypothèse de THG est une conséquence de contaminations à partir d'ADN de plante ou d'autres micro-organismes. De plus, de nombreuses caractéristiques moléculaires de CEA ont pu être déterminées, permettant la mise en place d'un plan à suivre lors de l'analyse de gènes de CEA dans les études futures. Les relations évolutives des. CEA avec d'autres champignons ont été analysées majoritairement à l'aide de marqueurs moléculaires d'origine ribosomiale. Dans les chapitres 2 et 3 j'ai isolé des gènes codant pour l'a- et la ß-tubuline chez différents genres, de CEA. Les analyses phylogénétiques ont démontré une parenté entre les CEA et des champignons aquatiques ancestraux (chytrides). Ces résultats sont en accord avec l'hypothèse selon laquelle les CEA ont probablement joué un rôle primordial dans l'établissement des plantes sur terre à travers une symbiose et suite à leur évolution à partir d'ancêtres vivant dans des milieux aquatiques: Dans le chapitre 4 j'ai isolé une entière famille de gènes chez les CEA codant des ATPases de la membrane plasmique, et étudié leur évolution moléculaire dans le règne des champignons. Ces mêmes gènes ont été analysés ultérieurement à fin de déterminer le degré de polymorphisme de séquence qui peut être présent au sein d'une population de CEA. Les résultats obtenus montrent que des évènements mutationnels considérés comme apparaissant exclusivement dans des lignées évolutives très divergentes (duplication de gènes, insertions/délétions dans des régions transcrites du génome) ont lieu sein d'une même population de CEA. Cette découverte a un impact important sur nos connaissances concernant la génétique des populations des CEA et leur écologie.

Vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus selected during vancomycin therapy of experimental endocarditis are not detected by culture-based diagnostic procedures and persist after treatment arrest.

OBJECTIVES: Laboratory detection of vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus (VISA) and their heterogeneous VISA (hVISA) precursors is difficult. Thus, it is possible that vancomycin failures against supposedly vancomycin-susceptible S. aureus are due to undiagnosed VISA or hVISA. We tested this hypothesis in experimental endocarditis.¦METHODS: Rats with aortic valve infection due to the vancomycin-susceptible (MIC 2 mg/L), methicillin-resistant S. aureus M1V2 were treated for 2 days with doses of vancomycin that mimicked the pharmacokinetics seen in humans following intravenous administration of 1 g of the drug every 12 h. Half of the treated animals were killed 8 h after treatment arrest and half 3 days thereafter. Population analyses were done directly on vegetation homogenates or after one subculture in drug-free medium to mimic standard diagnostic procedures.¦RESULTS: Vancomycin cured 14 of 26 animals (54%; P<0.05 versus controls) after 2 days of treatment. When vegetation homogenates were plated directly on vancomycin-containing plates, 6 of 13 rats killed 8 h after treatment arrest had positive cultures, 1 of which harboured hVISA. Likewise, 6 of 13 rats killed 3 days thereafter had positive valve cultures, 5 of which harboured hVISA. However, one subculture of vegetations in drug-free broth was enough to revert all the hVISA phenotypes to the susceptible pattern of the parent. Thus, vancomycin selected for hVISA during therapy of experimental endocarditis due to vancomycin-susceptible S. aureus. These hVISA were associated with vancomycin failure. The hVISA phenotype persisted in vivo, even after vancomycin arrest, but was missed in vitro after a single passage of the vegetation homogenate on drug-free medium.¦CONCLUSIONS: hVISA might escape detection in clinical samples if they are subcultured before susceptibility tests.

Application of low temperature thermochronology to understanding cooling and exhumation in the Central Swiss Alps

THESIS ABSTRACT : Low-temperature thermochronology relies on application of radioisotopic systems whose closure temperatures are below temperatures at which the dated phases are formed. In that sense, the results are interpreted as "cooling ages" in contrast to "formation ages". Owing to the low closure-temperatures, it is possible to reconstruct exhumation and cooling paths of rocks during their residence at shallow levels of the crust, i.e. within first ~10 km of depth. Processes occurring at these shallow depths such as final exhumation, faulting and relief formation are fundamental for evolution of the mountain belts. This thesis aims at reconstructing the tectono-thermal history of the Aar massif in the Central Swiss Alps by means of zircon (U-Th)/He, apatite (U-Th)/He and apatite fission track thermochronology. The strategy involved acquisition of a large number of samples from a wide range of elevations in the deeply incised Lötschen valley and a nearby NEAT tunnel. This unique location allowed to precisely constrain timing, amount and mechanisms of exhumation of the main orographic feature of the Central Alps, evaluate the role of topography on the thermochronological record and test the impact of hydrothermal activity. Samples were collected from altitudes ranging between 650 and 3930 m and were grouped into five vertical profiles on the surface and one horizontal in the tunnel. Where possible, all three radiometric systems were applied to each sample. Zircon (U-Th)/He ages range from 5.1 to 9.4 Ma and are generally positively correlated with altitude. Age-elevation plots reveal a distinct break in slope, which translates into exhumation rate increasing from ~0.4 to ~3 km/Ma at 6 Ma. This acceleration is independently confirmed by increased cooling rates on the order of 100°C/Ma constrained on the basis of age differences between the zircon (U-Th)/He and the remaining systems. Apatite fission track data also plot on a steep age-elevation curve indicating rapid exhumation until the end of the Miocene. The 6 Ma event is interpreted as reflecting tectonically driven uplift of the Aar massif. The late Miocene timing implies that the increase of precipitation in the Pliocene did not trigger rapid exhumation in the Aar massif. The Messinian salinity crisis in the Mediterranean could not directly intensify erosion of the Aar but associated erosional output from the entire Alps may have tapered the orogenic wedge and caused reactivation of thrusting in the Aar massif. The high exhumation rates in the Messinian were followed by a decrease to ~1.3 km/Ma as evidenced by ~8 km of exhumation during last 6 Ma. The slowing of exhumation is also apparent from apatite (U-Th)1He age-elevation data in the northern part of the Lötschen valley where they plot on a ~0.5km/Ma line and range from 2.4 to 6.4 Ma However, from the apatite (U-Th)/He and fission track data from the NEAT tunnel, there is an indication of a perturbation of the record. The apatite ages are youngest under the axis of the valley, in contrast to an expected pattern where they would be youngest in the deepest sections of the tunnel due to heat advection into ridges. The valley however, developed in relatively soft schists while the ridges are built of solid granitoids. In line with hydrological observations from the tunnel, we suggest that the relatively permeable rocks under the valley floor, served as conduits of geothermal fluids that caused reheating leading to partial Helium loss and fission track annealing in apatites. In consequence, apatite ages from the lowermost samples are too young and the calculated exhumation rates may underestimate true values. This study demonstrated that high-density sampling is indispensable to provide meaningful thermochronological data in the Alpine setting. The multi-system approach allows verifying plausibility of the data and highlighting sources of perturbation. RÉSUMÉ DE THÈSE : La thermochronologie de basse température dépend de l'utilisation de systèmes radiométriques dont la température de fermeture est nettement inférieure à la température de cristallisation du minéral. Les résultats obtenus sont par conséquent interprétés comme des âges de refroidissement qui diffèrent des âges de formation obtenus par le biais d'autres systèmes de datation. Grâce aux températures de refroidissement basses, il est aisé de reconstruire les chemins de refroidissement et d'exhumation des roches lors de leur résidence dans la croute superficielle (jusqu'à 10 km). Les processus qui entrent en jeu à ces faibles profondeurs tels que l'exhumation finale, la fracturation et le faillage ainsi que la formation du relief sont fondamentaux dans l'évolution des chaînes de montagne. Ces dernières années, il est devenu clair que l'enregistrement thermochronologique dans les orogènes peut être influencé par le relief et réinitialisé par l'advection de la chaleur liée à la circulation de fluides géothermaux après le refroidissement initial. L'objectif de cette thèse est de reconstruire l'histoire tectono-thermique du massif de l'Aar dans les Alpes suisses Centrales à l'aide de trois thermochronomètres; (U-Th)/He sur zircon, (U-Th)/He sur apatite et les traces de fission sur apatite. Afin d'atteindre cet objectif, nous avons récolté un grand nombre d'échantillons provenant de différentes altitudes dans la vallée fortement incisée de Lötschental ainsi que du tunnel de NEAT. Cette stratégie d'échantillonnage nous a permis de contraindre de manière précise la chronologie, les quantités et les mécanismes d'exhumation de cette zone des Alpes Centrales, d'évaluer le rôle de la topographie sur l'enregistrement thermochronologique et de tester l'impact de l'hydrothermalisme sur les géochronomètres. Les échantillons ont été prélevés à des altitudes comprises entre 650 et 3930m selon 5 profils verticaux en surface et un dans le tunnel. Quand cela à été possible, les trois systèmes radiométriques ont été appliqués aux échantillons. Les âges (U-Th)\He obtenus sur zircons sont compris entre 5.l et 9.4 Ma et sont corrélés de manière positive avec l'altitude. Les graphiques représentant l'âge et l'élévation montrent une nette rupture de la pente qui traduisent un accroissement de la vitesse d'exhumation de 0.4 à 3 km\Ma il y a 6 Ma. Cette accélération de l'exhumation est confirmée par les vitesses de refroidissement de l'ordre de 100°C\Ma obtenus à partir des différents âges sur zircons et à partir des autres systèmes géochronologiques. Les données obtenues par traces de fission sur apatite nous indiquent également une exhumation rapide jusqu'à la fin du Miocène. Nous interprétons cet évènement à 6 Ma comme étant lié à l'uplift tectonique du massif de l'Aar. Le fait que cet évènement soit tardi-miocène implique qu'une augmentation des précipitations au Pliocène n'a pas engendré cette exhumation rapide du massif de l'Aar. La crise Messinienne de la mer méditerranée n'a pas pu avoir une incidence directe sur l'érosion du massif de l'Aar mais l'érosion associée à ce phénomène à pu réduire le coin orogénique alpin et causer la réactivation des chevauchements du massif de l'Aar. L'exhumation rapide Miocène a été suivie pas une diminution des taux d'exhumation lors des derniers 6 Ma (jusqu'à 1.3 km\Ma). Cependant, les âges (U-Th)\He sur apatite ainsi que les traces de fission sur apatite des échantillons du tunnel enregistrent une perturbation de l'enregistrement décrit ci-dessus. Les âges obtenus sur les apatites sont sensiblement plus jeunes sous l'axe de la vallée en comparaison du profil d'âges attendus. En effet, on attendrait des âges plus jeunes sous les parties les plus profondes du tunnel à cause de l'advection de la chaleur dans les flancs de la vallée. La vallée est creusée dans des schistes alors que les flancs de celle-ci sont constitués de granitoïdes plus durs. En accord avec les observations hydrologiques du tunnel, nous suggérons que la perméabilité élevée des roches sous l'axe de la vallée à permi l'infiltration de fluides géothermaux qui a généré un réchauffement des roches. Ce réchauffement aurait donc induit une perte d'Hélium et un recuit des traces de fission dans les apatites. Ceci résulterait en un rajeunissement des âges apatite et en une sous-estimation des vitesses d'exhumation sous l'axe de la vallée. Cette étude à servi à démontrer la nécessité d'un échantillonnage fin et précis afin d'apporter des données thermochronologiques de qualité dans le contexte alpin. Cette approche multi-système nous a permi de contrôler la pertinence des données acquises ainsi que d'identifier les sources possibles d'erreurs lors d'études thermochronologiques. RÉSUMÉ LARGE PUBLIC Lors d'une orogenèse, les roches subissent un cycle comprenant une subduction, de la déformation, du métamorphisme et, finalement, un retour à la surface (ou exhumation). L'exhumation résulte de la déformation au sein de la zone de collision, menant à un raccourcissement et un apaissessement de l'édifice rocheux, qui se traduit par une remontée des roches, création d'une topographie et érosion. Puisque l'érosion agit comme un racloir sur la partie supérieure de l'édifice, des tentatives de corrélation entre les épisodes d'exhumation rapide et les périodes d'érosion intensive, dues aux changements climatiques, ont été effectuées. La connaissance de la chronologie et du lieu précis est d'une importance capitale pour une quelconque reconstruction de l'évolution d'une chaîne de montagne. Ces critères sont donnés par un retraçage des changements de la température de la roche en fonction du temps, nous donnant le taux de refroidissement. L'instant auquel les roches ont refroidit, passant une certaine température, est contraint par l'application de techniques de datation par radiométrie. Ces méthodes reposent sur la désintégration des isotopes radiogéniques, tels que l'uranium et le potassium, tous deux abondants dans les roches de la croûte terrestre. Les produits de cette désintégration ne sont pas retenus dans les minéraux hôtes jusqu'au moment du refroidissement de la roche sous une température appelée 'de fermeture' , spécifique à chaque système de datation. Par exemple, la désintégration radioactive des atomes d'uranium et de thorium produit des atomes d'hélium qui s'échappent d'un cristal de zircon à des températures supérieures à 200°C. En mesurant la teneur en uranium-parent, l'hélium accumulé et en connaissant le taux de désintégration, il est possible de calculer à quel moment la roche échantillonnée est passée sous la température de 200°C. Si le gradient géothermal est connu, les températures de fermeture peuvent être converties en profondeurs actuelles (p. ex. 200°C ≈ 7km), et le taux de refroidissement en taux d'exhumation. De plus, en datant par système radiométrique des échantillons espacés verticalement, il est possible de contraindre directement le taux d'exhumation de la section échantillonnée en observant les différences d'âges entre des échantillons voisins. Dans les Alpes suisses, le massif de l'Aar forme une structure orographique majeure. Avec des altitudes supérieures à 4000m et un relief spectaculaire de plus de 2000m, le massif domine la partie centrale de la chaîne de montagne. Les roches aujourd'hui exposées à la surface ont été enfouies à plus de 10 km de profond il y a 20 Ma, mais la topographie actuelle du massif de l'Aar semble surtout s'être développée par un soulèvement actif depuis quelques millions d'années, c'est-à-dire depuis le Néogène supérieur. Cette période comprend un changement climatique soudain ayant touché l'Europe il y a environ 5 Ma et qui a occasionné de fortes précipitations, entraînant certainement une augmentation de l'érosion et accélérant l'exhumation des Alpes. Dans cette étude, nous avons employé le système de datation (U-TH)/He sur zircon, dont la température de fermeture de 200°C est suffisamment basse pour caractériser l'exhumation du Néogène sup. /Pliocène. Les échantillons proviennent du Lötschental et du tunnel ferroviaire le plus profond du monde (NEAT) situé dans la partie ouest du massif de l'Aar. Considérés dans l'ensemble, ces échantillons se répartissent sur un dénivelé de 3000m et des âges de 5.1 à 9.4 Ma. Les échantillons d'altitude supérieure (et donc plus vieux) documentent un taux d'exhumation de 0.4 km/Ma jusqu'à il y a 6 Ma, alors que les échantillons situés les plus bas ont des âges similaires allant de 6 à 5.4 Ma, donnant un taux jusqu'à 3km /Ma. Ces données montrent une accélération dramatique de l'exhumation du massif de l'Aar il y a 6 Ma. L'exhumation miocène sup. du massif prédate donc le changement climatique Pliocène. Cependant, lors de la crise de salinité d'il y a 6-5.3 Ma (Messinien), le niveau de la mer Méditerranée est descendu de 3km. Un tel abaissement de la surface d'érosion peut avoir accéléré l'exhumation des Alpes, mais le bassin sud alpin était trop loin du massif de l'Aar pour influencer son érosion. Nous arrivons à la conclusion que la datation (U-Th)/He permet de contraindre précisément la chronologie et l'exhumation du massif de l'Aar. Concernant la dualité tectonique-érosion, nous suggérons que, dans le cas du massif de l'Aar, la tectonique prédomine.

Low prevalence of behavioural and emotional problems among Swiss paediatric patients with inflammatory bowel disease.

OBJECTIVES: Whether behavioural and emotional maladjustment is more prevalent in children with inflammatory bowel disease (IBD) than in healthy controls remains controversial. The aim of this study was to assess paediatric IBD patients for problems with emotional and behavioural adjustment and to examine associations with clinical and demographic variables. METHODS: Data from paediatric patients with IBD enrolled in the Swiss IBD Cohort Study and the results of both the parent-rated Strengths and Difficulties Questionnaire (SDQ) and the self-reported Child Depression Inventory (CDI) were analysed. Of the 148 registered patients, 126 had at least one questionnaire completed and were included. RESULTS: The mean age of 71 patients with Crohn's disease (44 males, 27 females) was 13.4 years, and 12.8 years for the 55 patients with ulcerative or indeterminate colitis. The mean duration of disease was 1.2 and 2.7 years, respectively. The total score of the SDQ was abnormal in 11.4% of cases compared to 10% in the normal population. Abnormal sub-scores were found in 20.2% of subjects for the domain of emotional problems and in 17.1% for problems with peers. The total CDI T score indicated a significantly lower prevalence of clinical depression in IBD patients than in normal youth. No correlation between the total SDQ scores or the CDI T scores and gender, type or duration of IBD, inflammatory markers or disease scores was found. CONCLUSIONS: The prevalence of problems with behavioural and emotional adjustment among Swiss paediatric IBD patients is low and comparable to that of the normal population.

Excessive alcohol consumption in young men: is there an association with their earlier family situation? A baseline-analysis of the C-SURF-study (Cohort Study on Substance Use Risk Factors).

AIMS: To determine whether parental factors earlier in life (parenting, single parent family, parental substance use problem) are associated with patterns of alcohol consumption among young men in Switzerland. METHODS: This analysis of a population based sample from the Cohort Study on Substance Use Risk Factors (C-SURF) included 5,990 young men (mean age 19.51 years), all attending a mandatory recruitment process for the army. These conscripts reported on parental monitoring and rule-setting, parental behaviour and family structure. The alcohol use pattern was assessed through abstention, risky single occasion drinking (RSOD), volume drinking and dependence. Furthermore, the impact of age, family socio-economic status, educational level of the parents, language region and civil status was analysed. RESULTS: A parental substance use problem was positively associated with volume drinking and alcohol dependence in young Swiss men. Active parenting corresponded negatively with RSOD, volume drinking and alcohol dependence. Single parent family was not associated with a different alcohol consumption pattern compared to standard family. CONCLUSION: Parental influences earlier in life such as active parenting (monitoring, rule-setting and knowing the whereabouts) and perceived parental substance use problem are associated with alcohol drinking behaviour in young male adults. Therefore, health professionals should stress the importance of active parenting and parental substance use prevention in alcohol prevention strategies.

PFAPA syndrome is not a sporadic disease.

OBJECTIVES: To determine whether PFAPA (periodic fever, aphthous stomatitis, pharyngitis and cervical adenitis) patients have a positive family history (FH) for recurrent fever syndromes. METHOD: For all patients with PFAPA seen in two paediatric rheumatology centres (Romandy, Switzerland and Bordeaux, France), parents were interviewed to record the FH for periodic fever. As controls, we interviewed a group of children without history of recurrent fever. RESULTS: We recruited 84 patients with PFAPA and 47 healthy children. The FH for recurrent fever (without an infectious cause and recurring for at least half a year) was positive in 38/84 (45%), and was positive for PFAPA (diagnosis confirmed by a physician) in 10/84 (12%) of the PFAPA patients. For 29 of the 38 patients with positive FH, the affected person was a sibling or a parent. None of the healthy children had a positive FH for recurrent fever or PFAPA. A positive FH for rheumatological diseases was seen in both groups of children. CONCLUSION: These data show that a significant percentage of PFAPA patients present a positive FH of recurrent fever and PFAPA. This familial susceptibility suggests a potential genetic origin for this syndrome.

Combined impact of negative lifestyle factors on cardiovascular risk in children: a randomized prospective study.

PURPOSE: Negative lifestyle factors are known to be associated with increased cardiovascular risk (CVR) in children, but research on their combined impact on a general population of children is sparse. Therefore, we aimed to quantify the combined impact of easily assessable negative lifestyle factors on the CVR scores of randomly selected children after 4 years. METHODS: Of the 540 randomly selected 6- to 13-year-old children, 502 children participated in a baseline health assessment, and 64% were assessed again after 4 years. Measures included anthropometry, fasting blood samples, and a health assessment questionnaire. Participants scored one point for each negative lifestyle factor at baseline: overweight; physical inactivity; high media consumption; little outdoor time; skipping breakfast; and having a parent who has ever smoked, is inactive, or overweight. A CVR score at follow-up was constructed by averaging sex- and age-related z-scores of waist circumference, blood pressure, glucose, inverted high-density lipoprotein, and triglycerides. RESULTS: The age-, sex-, pubertal stage-, and social class-adjusted probabilities (95% confidence interval) for being in the highest CVR score tertile at follow-up for children who had at most one (n = 48), two (n = 64), three (n = 56), four (n = 41), or five or more (n = 14) risky lifestyle factors were 15.4% (8.9-25.3), 24.3% (17.4-32.8), 36.0% (28.6-44.2), 49.8% (38.6-61.0), and 63.5% (47.2-77.2), respectively. CONCLUSIONS: Even in childhood, an accumulation of negative lifestyle factors is associated with higher CVR scores after 4 years. These negative lifestyle factors are easy to assess in clinical practice and allow early detection and prevention of CVR in childhood.

Allergie alimentaire chez l'enfant: quelle prise en charge en 2011 [Food allergy in children: anything new in its management?].

The prevalence of food allergy in children is increasing, in particular in its most severe presentation, i.e. anaphylaxis. Food allergy has an important impact on children's and their parent's quality of life, because of the fear of accidental ingestion and limitations of social activities. Quality of life questionnaires adapted to food allergy are now available, as well as new diagnostic procedures using recombinant technology. Their interpretation and their clinical correlation remain difficult, especially in children, in the absence of references values. Various oral and subcutaneous immunotherapy strategies are currently under evaluation, using modified or native allergens.

Un ancrage familial et social fort. Le cas de Dole

L'enquête menée à Dole (Franche-Comté), définie selon les modalités du projet KASS, permet de distinguer entre les liens intergénérationnels dont la solidarité entre les membres est vécue comme « naturelle », et ceux entre parents de même génération, dont le soutien est plus électif. Elle révèle surtout l'importance de la matérialisation du réseau familial dans des lieux. D'une manière générale, les ménages enquêtés valorisent la proximité géographique de la parenté, un attachement local et l'ancrage familial dans une maison de famille. Dans cette logique, ils font peu appel aux ressources publiques quand ils ont besoin d'aide, car leur choix s'exerce d'abord au sein du réseau familial.

Mutations in msrA and msrB, encoding epimer-specific methionine sulfoxide reductases, affect expression of glycerol-catabolic operons in Enterococcus faecalis differently.

This study aims to define the cellular roles of methionine sulfoxide reductases A and B, evolutionarily highly conserved enzymes able to repair oxidized methionines in proteins. msrA and msrB mutants were exposed to an internal oxidative stress by growing them under aerobic conditions on glycerol. Interestingly, the msr mutants behave completely differently under these conditions. The msrA mutant is inhibited, whereas the msrB mutant is stimulated in its growth in comparison with the parent strain. Glycerol can be catabolized by either the GlpK or DhaK pathways in Enterococcus faecalis. Our results strongly suggest that in the msrA mutant, glycerol is catabolized via the GlpK pathway leading to increased synthesis of H2O2, which accumulates to concentrations inhibitory to growth in comparison with the parent strain. In contrast in the msrB mutant, glycerol is metabolized via the DhaK pathway which is not accompanied by the synthesis of H2O2. The molecular basis for the differences in glycerol flux seems to be due to expression differences of the two glycerol-catabolic operons in the msr mutants.

Le droit aux valeurs d'affection : étude sous l'angle de l'article 28 CC

INTRODUCTION : L'affection, et son contraire l'aversion, se manifestent à chaque instant de l'existence. Que ce soit au travers de notre relation avec les membres de notre entourage, les perceptions sonores, visuelles, olfactives qui nous saisissent à tout instant, il est constamment demandé à notre personnalité d'apprécier, de choisir, de rejeter en fonction de nos penchants, sans que ce choix soit nécessairement explicable ou justifiable par des arguments que chacun pourrait comprendre. L'affection, en tant qu'émanation de la personnalité, est-elle juridiquement protégée ? La question semble saugrenue mais il suffit de penser à la protection de la relation avec ses proches que la jurisprudence a bâtie sur la base de l'article 28 CC pour se rendre compte que l'affection est à l'évidence protégée en tant que composante de la personnalité. Mais où s'arrête-t-elle ? S'il est acquis qu'elle protège une relation entre deux êtres, peut-elle porter sur un objet ayant appartenu à un proche, par exemple une montre héritée d'un parent décédé ? Une réaction instinctive nous incite à répondre par l'affirmative; nous entendons cependant démontrer que cette protection trouve aussi des fondements juridiques, et qu'elle a des conséquences légales; ainsi en va-t-il si la montre est endommagée par un tiers : doit-on alors se limiter au remboursement de la valeur vénale, en compensant uniquement le dommage matériel, ou le titulaire du droit à l'affection peut-il réclamer, en sus de la valeur vénale, le dédommagement du tort moral ? Et si la montre est en main d'un tiers, comment aménager le rapport de deux personnes légitimées à invoquer un lien sur un objet, l'une en vertu de son droit de propriété, l'autre en vertu de son sentiment affectif ? La protection ne s'arrête certainement pas aux objets qui rappellent le souvenir d'un être proche. D'autres objets, tels un arbre planté à sa naissance, un objet qui matérialise un événement personnel important, sont aussi susceptibles d'être l'objet d'un lien affectif. Bien qu'ils n'aient pas, en raison de l'absence de lien préalable avec un être physique, de substrat duquel tirer la justification juridique de la protection, nous démontrerons que ce lien affectif est également protégé. Et, enfin, peut-on, à notre époque, parler d'affection sans évoquer les animaux ? Quelles sont les règles applicables au statut de l'animal depuis que le législateur a décidé qu'il n'est plus une chose ? Voilà une troisième catégorie de valeurs d'affection qui nous occupera et dont nous étudierons le régime particulier de protection depuis la récente modification du Code civil suisse. L'étude de la protection des valeurs d'affection a ceci de particulier qu'elle était au début du siècle souvent citée dans le catalogue des droits de la personnalité, notamment lorsque les auteurs commentaient ce nouvel article 28 CC que l'on disait si novateur. Cet ouvrage entend déterminer ce qu'il reste aujourd'hui de cette doctrine si prompte à voir dans l'article 28 CC ce qu'il n'est peut-être plus vraiment actuellement, c'est-à-dire un puissant vecteur du développement des conceptions juridiques et de l'évolution de la protection de la personnalité. L'on entend souvent que la tendance sociale est à l'individualisme, à la précarisation des rapports humains et à l'anonymisation de la société. Le renouveau du débat sur la protection des valeurs d'affection, notamment par la modification législative touchant le statut de l'animal, est la manifestation du besoin social de protéger les liens affectifs portant sur un objet, que ce soit une alliance, un arbre planté à sa naissance, ou un animal de compagnie. Après l'analyse des sources de la protection des valeurs d'affection, nous examinerons quelles peuvent être les conséquences légales de cette protection s'agissant de la réparation du tort moral, et au niveau de la résolution de conflits de droit qui peuvent surgir entre le titulaire du droit à la valeur d'affection et le tiers propriétaire. Il s'agira également de déterminer si la récente modification législative sur le statut de l'animal apporte des solutions nouvelles à ces questions.

Experimental evidence that adult antipredator behaviour is heritable and not influenced by behavioural copying in a wild bird.

Knowledge of the relative importance of genetics and behavioural copying is crucial to appraise the evolvability of behavioural consistencies. Yet, genetic and non-genetic factors are often deeply intertwined, and experiments are required to address this issue. We investigated the sources of variation of adult antipredator behaviour in the Alpine swift (Apus melba) by making use of long-term behavioural observations on parents and cross-fostered offspring. By applying an 'animal model' approach to observational data, we show that antipredator behaviour of adult Alpine swifts was significantly repeatable over lifetime (r = 0.273) and heritable (h(2) = 0.146). Regression models also show that antipredator behaviours differed between colonies and sexes (females were more tame), and varied with the hour and year of capture. By applying a parent-offspring regression approach to 59 offspring that were exchanged as eggs or hatchlings between pairs of nests, we demonstrate that offspring behaved like their biological parents rather than like their foster parents when they were adults themselves. Those findings provide strong evidence that antipredator behaviour of adult Alpine swifts is shaped by genetics and/or pre-hatching maternal effects taking place at conception but not by behavioural copying.

BAL9141, a novel extended-spectrum cephalosporin active against methicillin-resistant Staphylococcus aureus in treatment of experimental endocarditis.

The therapeutic efficacy of BAL9141 (formerly Ro 63-9141), a novel cephalosporin with broad in vitro activity that also has activity against methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), was investigated in rats with experimental endocarditis. The test organisms were homogeneously methicillin-resistant S. aureus strain COL transformed with the penicillinase-encoding plasmid pI524 (COL Bla+) and homogeneously methicillin-resistant, penicillinase-producing isolate P8-Hom, selected by serial exposure of parent strain P8 to methicillin. The MICs of BAL9141 for these organisms (2 mg/liter) were low, and BAL9141was bactericidal in time-kill curve studies after 24 h of exposure to either two, four, or eight times the MIC. Rats with experimental endocarditis were treated in a three-arm study with a continuous infusion of BAL5788 (formerly Ro 65-5788), a carbamate prodrug of BAL9141, or with amoxicillin-clavulanate or vancomycin. The rats were administered BAL9141 to obtain steady-state target levels of 20, 10, and 5 mg of per liter or were administered either 1.2 g of amoxicillin-clavulanate (ratio 5:1) every 6 h or 1 g of vancomycin every 12 h at changing flow rates to simulate the pharmacokinetics produced in humans by intermittent intravenous treatment. Treatment was started 12 h after bacterial challenge and lasted for 3 days. BAL9141 was successful in the treatment of experimental endocarditis due to either MRSA isolate COL Bla+ or MRSA isolate P8-Hom at the three targeted steady-state concentrations and sterilized &gt;90% of cardiac vegetations (P &lt; 0.005 versus controls; P &lt; 0.05 versus amoxicillin-clavulanate and vancomycin treatment groups). These promising in vivo results with BAL9141 correlated with the high affinity of the drug for PBP 2a and its stability to penicillinase hydrolysis observed in vitro.

Sibling rivalry and vocal negotiation in the barn owl Tyto alba

Chez les animaux, les jeunes dépendant des parents durant leur développement sont en compétition pour obtenir la nourriture, qu'ils quémandent par des cris et postures ostentatoires et se disputent physiquement. Les frères et soeurs n'ont pas la même compétitivité, en particulier s'ils diffèrent en âge, et leur niveau de faim fluctue dans le temps. Comme dans tout type de compétition, chacun doit ajuster son investissement aux rivaux, c'est à dire aux besoins et comportements de ses frères et soeurs. Dans le contexte de la famille, selon la théorie de sélection de parentèle, les jeunes bénéficient de leur survie mutuelle et donc de la propagation de la part de gènes qu'ils ont en commun. L'hypothèse de la « négociation frères-soeurs » prédit que, sous certaines conditions, les jeunes négocient entre eux la nourriture, ce qui réduit les coûts de compétition et permet de favoriser les frères et soeurs les plus affamés. La littérature actuelle se focalise sur les signaux de quémande entre enfants et parents et les interactions compétitives frères-soeurs sont étudiées principalement au sein de paires, alors que les nichées ou portées en comprennent souvent de nombreux. Cette thèse vise à mieux comprendre comment et jusqu'à quel point plusieurs jeunes ajustent mutuellement leurs signaux de besoin. C'est une question importante, étant donné que cela influence la répartition de nourriture entre eux, donc la résolution du conflit qui les oppose et à terme leur valeur évolutive. Le modèle d'étude est la chouette effraie (Tyto alba), chez laquelle jusqu'à neufs poussins émettent des milliers de cris chacun par nuit. Ils négocieraient entre eux la prochaine proie indivisible rapportée au nid avant que les parents ne reviennent : un poussin affamé crie plus qu'un autre moins affamé, ce qui dissuade ce dernier de crier en retour et par la suite de quémander la nourriture aux parents. L'investissement optimal correspondrait donc à écarter son frère en permanence vu que l'arrivée des parents est imprévisible, mais à moindre coût. Dans un premier axe, nous avons exploré au sein de dyades les mécanismes acoustiques permettant aux poussins de doser leur effort vocal durant les heures de compétition où ils sont laissés seuls au nid. Nous avons trouvé que les poussins évitent de crier simultanément, ce qui optimiserait la discrimination du nombre et de la durée de leurs cris, lesquels reflètent de façon honnête leur niveau de faim et donc leur motivation. L'alternance des cris paraît particulièrement adaptée au fait que les poussins se fient à des variations temporelles subtiles dans le rythme et la durée de leurs vocalisations pour prendre la parole. En particulier, allonger ses cris tout en criant moins dissuade efficacement le rival de répondre, ce qui permet de monopoliser la parole dans de longs « monologues ». Ces règles seraient universelles puisqu'elles ne dépendent pas de la séniorité, de la faim, ni de la parenté et les poussins répondent à un playback de façon similaire à un vrai frère. Tous ces résultats apportent la première preuve expérimentale que les juvéniles communiquent de façon honnête sur leurs besoins, ajustent activement le rythme de leurs cris et utilisent des composantes multiples de leurs vocalisations d'une façon qui réduit le coût de la compétition. De plus, il s'agit de la première démonstration que des règles de conversation régissent de longs échanges vocaux chez les animaux de façon comparable aux règles basiques observées chez l'Homme. Dans un second axe, nous avons exploré les stratégies comportementales que les poussins adoptent pour rivaliser avec plusieurs frères et soeurs, par le biais d'expériences de playback. Nous avons trouvé que les poussins mémorisent des asymétries de compétitivité entre deux individus qui dialoguent et répondent plus agressivement au moins compétitif une fois qu'ils sont confrontés à chacun isolément. Dans la même ligne, quand ils entendent un nombre variable d'individus criant à un taux variable, les poussins investissent le plus contre des rivaux moins nombreux et moins motivés. En accord avec les prédictions des modèles théoriques, les poussins de chouette effraie escaladent donc les conflits pour lesquels leur chance de gagner contrebalance le plus l'énergie dépensée. Nous révélons ainsi que 1) les jeunes frères et soeurs 'espionnent' les interactions de leurs rivaux pour évaluer leur compétitivité relative, ce qui est sans doute moins coûteux qu'une confrontation directe avec chacun, et 2) dosent leur investissement vocal en fonction du nombre de rivaux actuellement en compétition et de leur motivation de façon concomitante. Ces résultats montrent que les interactions entre frères et soeurs au nid reposent sur des mécanismes similaires à ceux observés, mais encore de façon anecdotique, chez les adultes non apparentés qui se disputent les territoires et partenaires sexuels. Cette thèse souligne donc combien il est crucial de considérer dorénavant la famille comme un réseau de communication à part entière pour mieux comprendre comment les jeunes résolvent les conflits autour du partage des ressources parentales. Plus généralement, elle révèle l'importance de la dynamique temporelle des vocalisations dans les conflits et la communication des animaux. A la lumière de nos résultats, la chouette effraie apparaît comme un modèle clé pour de futures recherches sur la résolution des conflits et la communication acoustique. - In species with parental care, offspring contest priority access to food by begging through conspicuous postures and vocalisations and by physically jockeying. Siblings differ in their competitiveness, especially in the case of age and size hierarchies, and their hunger level fluctuates in time. As in competition in general, each individual should adjust its investment to opponents that is to say to its siblings' needs and behaviours. In the particular context of family, according to kin selection theory, siblings derive extra fitness benefits from their mutual survival and hence the spreading of the genes they share. The "sibling negotiation" predicts that, under certain conditions, young would negotiate among them priority access to food, which reduces competition costs and enables promoting the most hungry siblings. To date, the literature focuses on signals of need between parents and offspring and competitive interactions (in particular among siblings) are mostly studied within pairwise interactions, yet they commonly involve more numerous rivals. This PhD aims at better understanding how and the extent to which several young siblings compete through signalling. This is important since this influences how food is allocated among them, thus the outcome of sibling rivalry and ultimately their fitness. I use the barn owl (Tyto alba) as a model, in which the one to nine nestlings emit a simple noisy call thousands of times per night. Thereby, they would negotiate among them priority access to the indivisible food next delivered prior to parents' feeding visits. A hungry nestling emits more calls than a less hungry sibling, which deters it to call in return and ultimately beg food at parents. The optimal investment thus corresponds to constantly deterring the rival to compete, given that parents' arrival is unpredictable, but at the lowest costs. In the first axis of my thesis, we explored within dyads the acoustic mechanisms by which owlets dose vocal effort when competing during the hours they are left alone. We found that owlets avoid overlapping each other's calls. This would enhance the discrimination of both call number and duration, which honestly reflect individuals' hunger level and hence motivation to compete. Such antiphony seems best adapted to the fact that siblings actually use subtle temporal variations in the rhythm and duration of their calls to take or give their turn. Owlets alternate monologs, in which lengthening calls efficiently deters the rival to respond while reducing call number. Such rules depend neither on seniority, hunger level nor kinship since nestlings responded similarly to a live sibling and an unrelated playback individual. Taken together, these findings provide the first experimental proof that dependent young honestly communicate about their need, actively adjust the timing of their calls and use multicomponent signals in a way that reduces vocal costs. Moreover, this is the first demonstration of conversational rules underlying animal long-lasting vocal exchanges comparable to the basic turn-taking signals observed in humans. In the second axis, we focused on the behavioural strategies owlets adopt to compete with more than one sibling, using playback experiments. We found that singleton bystanders memorised competitive asymmetries between two playback individuals dialoguing and responded more aggressively to the submissive one once they later faced each of both alone. Moreover, when hearing a varying number of nestlings calling at varying rates, owlets vocally invested the most towards fewer and less motivated rivals. In line with predictions from models on conflict settlement, barn owls thus escalate contests in which their chance of winning best counterbalances the energy spent. These results reveal that young socially eavesdrop on their siblings' interactions to assess their relative competitiveness at likely lower costs than direct confrontation, and dose vocal effort relative to both their number and motivation. This shows that young siblings' interactions imply mechanisms similar to those observed, yet still anecdotally, in unrelated adults that contest mates and territories. This PhD therefore highlights how crucial it is to further consider family as a communication network to better understand how siblings resolve conflicts over the share of parental resources. More generally, it provides important insights into the role of the temporal dynamics of signalling during animal contests and communication. In the light of our findings, the barn owl emerges as a key model for future research on conflict resolution and acoustic communication in animals.

Influence d'une hospitalisation prénatale sur les facteurs de stress parentaux lors d'une naissance prématurée [Influence of prenatal hospitalization on parental stressful experience in the case of a premature birth].

OBJECTIVES: To investigate the influence of prenatal hospitalization before a premature birth, on the parental stressful experience, parental symptoms of post-traumatic stress and quality of parent-infant interaction during the hospitalization in neonatology. POPULATION AND METHODS: Population: 51 preterm infants born and 25 full term infants control. Four groups: controls, premature without prenatal hospitalization, premature with a short (<8 days) prenatal hospitalization and premature with a long (≥8 days) prenatal hospitalization. Instruments: the Parental Stressor Scale: Neonatal Intensive Care Unit (PSS: NICU, Miles et al., 1993 [14]) and the Perinatal PTSD Questionnaire (PPQ, Quinnell and Hynan, 1999 [16]). RESULTS: When prenatal hospitalization of the mother occurred, parents acknowledged increased stress induced by the environmental factors during the infant's hospitalization. Furthermore, mothers from the group with a short prenatal hospitalization presented significantly more symptoms of post-traumatic stress. Parents presenting more symptoms of post-traumatic stress describe a significantly more difficult interaction with their infant in neonatology. CONCLUSION: This study highlights the necessity to deliver special care to women hospitalized shortly (<8 days) prior to the delivery of their premature baby. This group is at high risk of presenting post-traumatic stress symptoms, which could have a negative impact on the quality of parent-infant interactions.