Phosphorylation of the Na,K-ATPase alpha-subunit by protein kinase A and C in vitro and in intact cells. Identification of a novel motif for PKC-mediated phosphorylation.

Na,K-ATPase is a potential target for regulatory phosphorylation by protein kinase A and C (PKA and PKC). To identify the phosphorylation sites, we have mutated the alpha 1-subunit of Bufo marinus in a highly conservative PKA and in 20 different PKC consensus sequences. The mutants were expressed in Xenopus oocytes and their phosphorylation capacity tested in homogenates upon stimulation of PKA or PKC. While serine 943 (Ser-943) was identified as a unique target site for PKA, none of the PKC consensus serine or threonine residues are implicated in PKC phosphorylation. Controlled trypsinolysis of phosphorylated alpha-subunits of various purified enzyme preparations and of alpha/beta complexes from oocyte homogenates revealed that PKC phosphorylation was exclusively associated with the N terminus. A fusion protein containing the first 32 amino acids of the Bufo alpha-subunit was phosphorylated in vitro and serine and threonine residues (Thr-15 and Ser-16) in this region were identified by site-directed mutagenesis as the PKC phosphorylation sites. Finally, the Bufo alpha-subunit was phosphorylated by protein kinases in transfected COS-7 cells. In intact cells, PKA stimulation induced phosphorylation exclusively on Ser-943 and PKC stimulation mainly on Thr-15 and Ser-16, which are contained in a novel PKC phosphorylation motif.

The role of dentritic cells in leishmania infection : use of novel DC lines for the development of monoclonal antibodies

Les cellules dendritiques (DCs) sont des cellules multifonctionnelles qui font le lien entre le sytème immunitaire inné et adaptatif chez les mammifères. Il existe plusieurs sous-types de DCs basés sur leurs fonctions et l'endroit où elles se situent dans le corps. Dans le cadre de cette thèse, nous avons étudié le rôle de ces cellules face à une infection parasitaire. La Leishmania est un parasite causant une maladie appelée Leishmaniose, maladie endémique de l'Afrique, de l'Asie et de certaines régions de l'Amérique du Sud. Certaines espèces causent des lésions cutanées, alors que d'autres causent des lésions dans les muqueuses ou dans les organes internes. Le système immunitaire répond en générant une réponse inflammatoire qui élimine l'infection. Lors d'une réponse non-inflammatoire (de type cytokines, chemokines), cela va amener à une persistance du parasite sur le long terme. Les DC s'activant en présence du parasite dans la peau, vont le transporter vers un ganglion. A cet endroit, se trouvent différents sous-types de DC qui ont la particularité de présenter l'antigène (spécifique à la Leishmaniose) aux lymphocytes T, ce qui va alors amener à une réponse immunitaire puissante contre le parasite. Nous avons comparé différentes espèces de Leishmaniose dans leur façon d'activer les DC et différents modèles de souris ont été utilisé dans ce but-là. Les souris du type C57BL/6 sont connues pour être résistantes à L. major et sensibles à L. mexicana, alors qu'au contraire, les souris Balb/c sont connues pour être sensibles à ces deux espèces. En utilisant des parasites fluorescents transgéniques, nous avons comparé ces deux espèces de parasites (L. major et L. mexicana) en recherchant quelles cellules elles sont capables d'infecter in-vivo dans un modèle murin. Le rôle général des DC dans une infection à L. major a déjà été décrit. Dans notre étude, nous avons étudié le besoin en DC CD8a+ dans les ganglions afin d'engendrer une réponse face à une infection à L. major. Les souris qui n'ont pas ce sous-type de DC sont beaucoup plus sensibles à l'infection : elles ont des marqueurs inflammatoires plus bas et des lésions plus grandes. Nous avons également remarqué que les DC CD8a+ jouent un rôle crucial dans une phase plus avancée de l'infection. Dans notre laboratoire, nous avons la chance d'avoir une source illimitée de DCs de sous-type CD8a+ provenant d'une souris génétiquement modifiée par nos soin. Grâce à cela, nous avons utilisé ces cellules CD8a+ pour immuniser des rats afin de produire des anticorps monoclonaux ayant des propriétés spécifiques comme l'identification de protéines uniques présentes à la surface des DC et qui ensuite, modulent une réponse immunitaire in-vivo. Nous sommes actuellement en phase de caractérisation de plus de 750 hybridomes générés dans notre laboratoire. - Les cellules dendritiques (DCs) constituent le lien entre le système inné et adaptatif de la réponse immunitaire, car elles sont capables de présenter l'antigène, de donner la co- stimulation et de relâcher des cytokines et chimokines. Au cours de cette thèse, nous avons exploré différentes familles de DC lors d'infections parasitaires, telles que la Leishmaniose, parasite intracellulaire qui infecte les mammifères. La plupart des lésions cutanées résistantes sont caractérisées par une réponse pro-inflammatoire générée par l'IL-12. A l'inverse, pour la forme non résistante, la réponse est générée par l'IL-4 et l'IL-10, dans les modèles murins vulnérables. L'infection avec Lmajor a été caractérisée chez la souris C57BL/6 (Thl) et chez la souris Balb/c (Th2). Chez la souris C57BL/6 la lésion guérit, alors que chez la souris Balb/c, la lésion est au contraire non-cicatrisante. Nous avons comparé l'activation causée dans l'ensemble des DC par différentes espéces de Leishmania, et plus spécifiquement dans les DC CD8a+ présentes dans les ganglions lymphatiques et leur rôle dans la vulnérabilité à L. major. Ces cellules sont spécialisées dans la présentation croisée d'antigènes exogènes par le CMH-I et le haut taux de production d'IL-12 après activation. En utilisant des DC dérivées de moelle osseuse, nous avons constaté que L. guyanensis V+ (transportant un retrovirus) était le plus efficace pour l'activation des DC in-vitro comparé à L. major, L. mexicana et L. guyanensis (V-). Toutefois, in-vivo, les souris infectées avec L. major ont vu la taille de leur ganglions lymphatiques drainants augmentée, 3-6 semaines après l'infection dans les deux espèces de souris (les C57BL/6 résistantes et les Balb/c sensibles). En utilisant un parasite fluorescent transgénique, nous avons trouvé que les souris C57BL/6 sensibles à Lmexicana ont un nombre plus important de cellules Β infectées et un plus petit nombre de DC dérivées des monocytes inflammatoires, comparé au souris infectées avec L. major. Les conséquences de ces observations sont encore à l'étude. Des souris déficientes en CD8ct+DC et CD103+ sont plus sensibles à L. major que les souris WT: leurs lésions sont plus grandes et la charge parasitaire est plus importante. Nous avons généré une chimère de moelles osseuse CD11-DTR et Batf3-/- en mélangeant les moelles de ces deux souris, afin de déterminer le temps après infection où le manque de DC's CD8a+ contribue le plus à l'augmentation de la vulnérabilité chez la souris KO. Ces souris produisent plus d'IgG1 et IgE, font une réponse Th2 plus forte et Thl moins forte. Nous avons constaté que les souris déficientes en DC CD8a+ au début de la réponse immunitaire adaptive (trois semaines après injection) maintiennent un haut taux de lésions de grande taille, semblable à celui des souris chez qui les cellules ont été déplétées avant l'injection. Cela indique que les DC CD8a+ sont nécessaires pour l'efficacité de l'immunité dans la phase chronique de l'infection à L. major. Parallèlement à cela, nous avons aussi commencé une génération d'anticorps monoclonaux dirigés contre les DC CD8a+ activés en utilisant des souches établies dans notre laboratoire. En partant d'une librairie de 763 hybridomes, nous avons identifié plusieurs clones dignes d'intérêt avec une capacité fonctionnelle à moduler la prolifération et la sécrétion de cytokines des cellules T, ainsi que les molécules de co-stimulation présentes à la surface des DC activées elle-même. - Dendritic cells (DCs) are the bridge between the innate and the adaptive arms of the immune systems. They are professional antigen presentation cells and have important cytokine/chemokine release functions. In this dissertation we have focussed on the study of the different subsets of DCs in parasitic infection immunity. Leishmania are intra-cellular parasites of many different species that infect mammals. Most cutaneous lesions that are self- healing are characterized with a pro-inflammatory response with IL-12 while high levels of cytokines such as IL-4 and IL-10 characterized in susceptible mouse models. In mice L. major infection has been well characterized in C57BL/6 mice (Thl) that form healing lesions while Balb/c mice (Th2) form non-healing lesions. This thesis is focussed on comparing DC activation at large by different strains of Leishmania and more specifically, dLN resident CD8a+ DCs and their role in L. major susceptibility. This subset is specialized in cross- presentation of exogenous antigens in the MHC-I pathway and produce high levels of EL-12. Using bone marrow derived DCs we found that L. guyanensis V+ (carrying a retro-virus) was the most efficient at activating DCs in-vitro. In-vivo however L. major infected mice had the largest dLNs 3-6 weeks after infection in both genetically resistant C57BL/6 and susceptible Balb/c mice. Using transgenic fluorescent parasites, we found that C57BL/6 mice which are susceptible to L. mexicana had more number of infected Β cells and fewer number of infected inflammatory monocyte derived DCs in contrast to L. major infection. Using mice deficient in CD8a+ DCs, we found that these mice were more susceptible to L. major than their WT counterparts. They made larger lesions, had higher parasite burdens, higher levels of Th2 indicating immunolgloblins as measured by higher serie IgE levels and lower CD4+ IFNy+ cells. A mixed bone marrow chimera system of CDllc-DTR and Batf3~'~ was generated to determine the time point at which the lack of CD8a+ DCs most contributes to the increased susceptibility in KO mice. We found that mice depleted of CD8a+ DCs at the advent of the adaptive response (3 weeks after infection) maintained the significantly higher lesion size similar to mice whose cells were depleted from the onset of infection. This indicates that CD8a+ DCs are required for effective immunity in the chronic phase of L. major infection. We also began the generation of a valuable tool of monoclonal antibodies against activated CD8a+ DCs using our in-house DC line. From a library of 763 hybridomas we have identified several interesting clones with a functional ability to modulate Τ cell proliferation and cytokine secretion as well as down-modulating co-stimulatory molecules on activated DC cells themselves.

Effect of immune pressure on hepatitis C virus evolution: insights from a single-source outbreak.

The host's immune response to hepatitis C virus (HCV) can result in the selection of characteristic mutations (adaptations) that enable the virus to escape this response. The ability of the virus to mutate at these sites is dependent on the incoming virus, the fitness cost incurred by the mutation, and the benefit to the virus in escaping the response. Studies examining viral adaptation in chronic HCV infection have shown that these characteristic immune escape mutations can be observed at the population level as human leukocyte antigen (HLA)-specific viral polymorphisms. We examined 63 individuals with chronic HCV infection who were infected from a single HCV genotype 1b source. Our aim was to determine the extent to which the host's immune pressure affects HCV diversity and the ways in which the sequence of the incoming virus, including preexisting escape mutations, can influence subsequent mutations in recipients and infection outcomes. Conclusion: HCV sequences from these individuals revealed 29 significant associations between specific HLA types within the new hosts and variations within their viruses, which likely represent new viral adaptations. These associations did not overlap with previously reported adaptations for genotypes 1a and 3a and possibly reflected a combination of constraint due to the incoming virus and genetic distance between the strains. However, these sites accounted for only a portion of the sites in which viral diversity was observed in the new hosts. Furthermore, preexisting viral adaptations in the incoming (source) virus likely influenced the outcomes in the new hosts.

Nucleotide sequence of the 5' noncoding region and part of the gag gene of mouse mammary tumor virus; identification of the 5' splicing site for subgenomic mRNAs.

We have determined the sequence of the first 1371 nucleotides at the 5' end of the genome of mouse mammary tumor virus using molecularly cloned proviral DNA of the GR virus strain. The most likely initiation codon used for the gag gene of mouse mammary tumor virus is the first one, located 312 nucleotides from the 5' end of the viral RNA. The 5' splicing site for the subgenomic mRNA's is located approximately 288 nucleotides downstream from the 5' end of the viral RNA. From the DNA sequence the amino acid sequence of the N-terminal half of the gag precursor protein, including p10 and p21, was deduced (353 amino acids).

Identification of key amino acids of the mouse mammary tumor virus superantigen involved in the specific interaction with T-cell receptor V(beta) domains.

Mouse mammary tumor virus (MMTV) is a retrovirus encoding a superantigen that is recognized in association with major histocompatibility complex class II by the variable region of the beta chain (V(beta)) of the T-cell receptor. The C-terminal 30 to 40 amino acids of the superantigen of different MMTVs display high sequence variability that correlates with the recognition of particular T-cell receptor V(beta) chains. Interestingly, MMTV(SIM) and mtv-8 superantigens are highly homologous but have nonoverlapping T-cell receptor V(beta) specificities. To determine the importance of these few differences for specific V(beta) interaction, we studied superantigen responses in mice to chimeric and mutant MMTV(SIM) and mtv-8 superantigens expressed by recombinant vaccinia viruses. We show that only a few changes (two to six residues) within the C terminus are necessary to modify superantigen recognition by specific V(beta)s. Thus, the introduction of the MMTV(SIM) residues 314-315 into the mtv-8 superantigen greatly decreased its V(beta)12 reactivity without gain of MMTV(SIM)-specific function. The introduction of MMTV(SIM)-specific residues 289 to 295, however, induced a recognition pattern that was a mixture of MMTV(SIM)- and mtv-8-specific V(beta) reactivities: both weak MMTV(SIM)-specific V(beta)4 and full mtv-8-specific V(beta)11 recognition were observed while V(beta)12 interaction was lost. The combination of the two MMTV(SIM)-specific regions in the mtv-8 superantigen established normal MMTV(SIM)-specific V(beta)4 reactivity and completely abolished mtv-8-specific V(beta)5, -11, and -12 interactions. These new functional superantigens with mixed V(beta) recognition patterns allowed us to precisely delineate sites relevant for molecular interactions between the SIM or mtv-8 superantigen and the T-cell receptor V(beta) domain within the 30 C-terminal residues of the viral superantigen.

Control of pancreatic β-cell mass and function by gluco-incretin hormones : identification of novel regulatory mechanisms for the treatment of diabetes

Summary : Control of pancreatic ß-cell mass and function by gluco-incretin hormones: Identification of novel regulatory mechanisms for the treatment of diabetes The ß-cells of islets of Langerhans secrete insulin to reduce hyperglycemia. The number of pancreatic islet ß-cells and their capacity to secrete insulin is modulated in normal physiological conditions to respond to the metabolic demand of the organism. A failure of the endocrine pancreas to maintain an adequate insulin secretory capacity due to a reduced ß-cell number and function underlies the pathogenesis of both type 1 and type 2 diabetes. The molecular mechanisms controlling the glucose competence of mature ß-cells, i.e., the magnitude of their insulin secretion response to glucose, ß-cell replication, their differentiation from precursor cells and protection against apoptosis are poorly understood. To investigate these mechanisms, we studied the effects on ß-cells of the gluco-incretin hormones, glucose-dependent insulinotropic polypeptide (GIP) and glucagon-like peptide-1 (GLP-1) which are secreted by intestinal endocrine cells after food intake. Besides acutely potentiating glucose-stimulated insulin secretion, these hormones induce ß-cell differentiation from precursor cells, stimulate mature ß-cell replication, and protect them against apoptosis. Therefore, understanding the molecular basis for gluco-incretin action may lead to the uncovering of novel ß-cell regulatory events with potential application for the treatment or prevention of diabetes. Islets from mice with inactivation of both GIP and GLP-1 receptor genes (dK0) present a defect in glucose-induced insulin secretion and are more sensitive than control islets to cytokine-induced apoptosis. To search for regulatory genes, that may control both glucose competence and protection against apoptosis, we performed comparative transcriptomic analysis of islets from control and dK0 mice. We found a strong down-regulation of the IGF1 Rexpression in dK0 islets. We demonstrated in both a mouse insulin-secreting cell line and primary islets, that GLP-1 stimulated IGF-1R expression and signaling. Importantly, GLP-1induced IGF-1R-dependent Akt phosphorylation required active secretion, indicating the presence of an autocrine activation mechanism. We further showed that activation of IGF-1R signaling was dependent on the secretion of IGF-2 and IGF-2 expression was regulated by nutrients. Finally, we demonstrated that the IGF-Z/IGF-1R autocrine loop was required for GLP-1 i) to protect ß-cells against cytokine-induced apoptosis, ii) to enhance their glucose competence and iii) to increase ß-cell proliferation. Résumé : Contrôle de la masse des cellules ß pancréatiques et de leur fonction par les hormones glucoincrétines: Identification de nouveaux mécanismes régulateurs pour le traitement du diabète Les cellules ß des îlots de Langerhans sécrètent l'insuline pour diminuer l'hyperglycémie. Le nombre de cellules ß et leur capacité à sécréter l'insuline sont modulés dans les conditions physiologiques normales pour répondre à la demande métabolique de l'organisme. Un échec du pancréas endocrine à maintenir sa capacité sécrétoire d'insuline dû à une diminution du nombre et de la fonction des cellules ß conduit au diabète de type 1 et de type 2. Les mécanismes moléculaires contrôlant la compétence au glucose des cellules ß matures, tels que, l'augmentation de la sécrétion d'insuline en réponse au glucose, la réplication des cellules ß, leur différentiation à partir de cellules précurseurs et la protection contre l'apoptose sont encore peu connus. Afin d'examiner ces mécanismes, nous avons étudié les effets sur les cellules ß des hormones gluco-incrétines, glucose-dépendent insulinotropic polypeptide (G1P) et glucagon-like peptide-1 (GLP-1) qui sont sécrétées par les cellules endocrines de l'intestin après la prise alimentaire. En plus de potentialiser la sécrétion d'insuline induite par le glucose, ces hormones induisent la différentiation de cellules ß à partir de cellules précurseurs, stimulent leur prolifération et les protègent contre l'apoptose. Par conséquent, comprendre les mécanismes d'action des gluco-incrétines permettrait de découvrir de nouveaux processus régulant les cellules ß avec d'éventuelles applications dans le traitement ou la prévention du diabète. Les îlots de souris ayant une double inactivation des gènes pour les récepteurs du GIP et du GLP-1 (dK0) présentent un défaut de sécrétion d'insuline stimulée par le glucose et une sensibilité accrue à l'apoptose induite par les cytokines. Afin de déterminer les gènes régulés, qui pourraient contrôler à la fois la compétence au glucose et la protection contre l'apoptose, nous avons effectué une analyse comparative transcriptomique sur des îlots de souris contrôles et dKO. Nous avons constaté une forte diminution de l'expression d'IGF-1R dans les îlots dKO. Nous avons démontré, à la fois dans une lignée cellulaire murine sécrétant l'insuline et dans îlots primaires, que le GLP-1 stimulait l'expression d'IGF-1R et sa voie de signalisation. Par ailleurs, la phosphorylation d'Akt dépendante d'IGF1-R induite parle GLP-1 nécessite une sécrétion active, indiquant la présence d'un mécanisme d'activation autocrine. Nous avons ensuite montré que l'activation de la voie de signalisation d'IGF-1R était dépendante de la sécrétion d'IGF-2, dont l'expression est régulée par les nutriments. Finalement, nous avons démontré que la boucle autocrine IGF-2/IGF-1R est nécessaire pour le GLP-1 i) pour protéger les cellules ß contre l'apoptose induite par les cytokines, ii) pour améliorer la compétence au glucose et iii) pour augmenter la prolifération des cellules ß. Résumé tout public : Contrôle de la masse des cellules ß pancréatiques et de leur fonction par les hormones gluco-incrétines: Identification de nouveaux mécanismes régulateurs pour le traitement du diabète Chez les mammifères, la concentration de glucose sanguine (glycémie) est régulée et maintenue à une valeur relativement constante d'environ 5 mM. Cette régulation est principalement contrôlée par 2 hormones produites par les îlots pancréatiques de Langerhans: l'insuline sécrétée par les cellules ß et le glucagon sécrété par les cellules a. A la suite d'un repas, l'augmentation de la glycémie entraîne la sécrétion d'insuline ce qui permet le stockage du glucose dans le foie, les muscles et le tissu adipeux afin de diminuer le taux de glucose circulant. Lors d'un jeûne, la diminution de la glycémie permet la sécrétion de glucagon favorisant alors la production de glucose par le foie, normalisant ainsi la glycémie. Le nombre de cellules ß et leur capacité sécrétoire s'adaptent aux variations de la demande métabolique pour assurer une normoglycémie. Une destruction complète ou partielle des cellules ß conduit respectivement au diabète de type 1 et de type 2. Bien que l'augmentation de la glycémie soit le facteur stimulant de la sécrétion d'insuline, des hormones gluco-incrétines, principalement le GLP-1 (glucagon-like peptide-1) et le GIP (glucose-dependent insulinotropic polypeptide) sont libérées par l'intestin en réponse aux nutriments (glucose, acides gras) et agissent au niveau des cellules ß, potentialisant la sécrétion d'insuline induite par le glucose, stimulant leur prolifération, induisant la différentiation de cellules précurseurs en cellules ß matures et les protègent contre la mort cellulaire (apoptose). Afin d'étudier plus en détail ces mécanismes, nous avons généré des souris déficientes pour les récepteurs du GIP et du GLP-l. Les îlots pancréatiques de ces souris présentent un défaut de sécrétion d'insuline stimulée par le glucose et une sensibilité accrue à l'apoptose par rapport aux îlots de souris contrôles. Nous avons donc cherché les gènes régulés pas ces hormones contrôlant la sécrétion d'insuline et la protection contre l'apoptose. Nous avons constaté une forte diminution de l'expression du récepteur à l'IGF-1 (IGF-1R) dans les îlots de souris déficientes pour les récepteurs des gluco-incrétines. Nous avons démontré dans un model de cellules ß en culture et d'îlots que le GLP-1 augmentait l'expression d'IGF-1R et la sécrétion de son ligand (IGF-2) permettant l'activation de la voie de signalisation. Finalement, nous avons montré que l'activation de la boucle IGF-2/IGF-1R induite par le GLP-1 était nécessaire pour la protection contre l'apoptose, l'augmentation de la sécrétion et la prolifération des cellules ß.

Molecular markers allow sibling species identification in red wood ants (Formica rufa group)

Red wood ants (Formica rufa group) constitute a group of species that are considered to be among the most promising bioindicators in forest ecosystems. However, because of their morphological similarity and intraspecific variability, morphological species identification can be difficult. Considerable expertise is necessary to discriminate between the sibling species F. lugubris and F. paralugubris, two species that often live in sympatry in the same Alpine forests. New taxonomic tools providing rapid and reliable species identification are needed. We present a simple and reliable molecular technique based on mtDNA (COI gene) and a restriction enzyme for discriminating between F. lugubris and F. paralugubris. We confirm the validity of this method with a Bayesian analysis based on microsatellites. This new molecular tool represents a clear breakthrough for discriminating between F. lugubris and F. paralugubris and is likely to be helpful in large-scale biomonitoring.

Debris flow susceptibility mapping at a regional scale along the National Road N7, Argentina

A first assessment of debris flow susceptibility at a large scale was performed along the National Road N7, Argentina. Numerous catchments are prone to debris flows and likely to endanger the road-users. A 1:50,000 susceptibility map was created. The use of a DEM (grid 30 m) associated to three complementary criteria (slope, contributing area, curvature) allowed the identification of potential source areas. The debris flow spreading was estimated using a process- and GISbased model (Flow-R) based on basic probabilistic and energy calculations. The best-fit values for the coefficient of friction and the mass-to-drag ratio of the PCM model were found to be ? = 0.02 and M/D = 180 and the resulting propagation on one of the calibration site was validated using the Coulomb friction model. The results are realistic and will be useful to determine which areas need to be prioritized for detailed studies.

Reverse immunology approach for the identification of CD8 T-cell-defined antigens: advantages and hurdles.

One of the challenges of tumour immunology remains the identification of strongly immunogenic tumour antigens for vaccination. Reverse immunology, that is, the procedure to predict and identify immunogenic peptides from the sequence of a gene product of interest, has been postulated to be a particularly efficient, high-throughput approach for tumour antigen discovery. Over one decade after this concept was born, we discuss the reverse immunology approach in terms of costs and efficacy: data mining with bioinformatic algorithms, molecular methods to identify tumour-specific transcripts, prediction and determination of proteasomal cleavage sites, peptide-binding prediction to HLA molecules and experimental validation, assessment of the in vitro and in vivo immunogenic potential of selected peptide antigens, isolation of specific cytolytic T lymphocyte clones and final validation in functional assays of tumour cell recognition. We conclude that the overall low sensitivity and yield of every prediction step often requires a compensatory up-scaling of the initial number of candidate sequences to be screened, rendering reverse immunology an unexpectedly complex approach.

Identification and antifungal susceptibility of a large collection of yeast strains isolated in Tunisian hospitals.

Abstract In this study, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) was used as a rapid method to identify yeasts isolated from patients in Tunisian hospitals. When identification could not be exstablished with this procedure, sequencing of the internal transcribed spacer with 5.8S ribosomal DNA (rDNA) (ITS1-5.8S-ITS2) and D1/D2 domain of large-subunit (LSU rDNA) were employed as a molecular approach for species differentiation. Candida albicans was the dominant species (43.37% of all cases), followed by C. glabrata (16.55%), C. parapsilosis (13.23%), C. tropicalis (11.34%), C. dubliniensis (4.96%), and other species more rarely encountered in human diseases such as C. krusei, C. metapsilosis, C. lusitaniae, C. kefyr, C. palmioleophila, C. guilliermondii, C. intermedia, C. orthopsilosis, and C. utilis. In addition, other yeast species were obtained including Saccharomyces cerevisiae, Debaryomyces hansenii (anamorph known as C. famata), Hanseniaspora opuntiae, Kodamaea ohmeri, Pichia caribbica (anamorph known as C. fermentati), Trichosporon spp. and finally a novel yeast species, C. tunisiensis. The in vitro antifungal activities of fluconazole and voriconazole were determined by the agar disk diffusion test and Etest, while the susceptibility to additional antifungal agents was determined with the Sensititre YeastOne system. Our results showed low incidence of azole resistance in C. albicans (0.54%), C. tropicalis (2.08%) and C. glabrata (4.28%). In addition, caspofungin was active against most isolates of the collection with the exception of two K. ohmeri isolates. This is the first report to describe caspofungin resistant isolates of this yeast.

A clinical prognostic model for the identification of low-risk patients with acute symptomatic pulmonary embolism and active cancer.

BACKGROUND: Physicians need a specific risk-stratification tool to facilitate safe and cost-effective approaches to the management of patients with cancer and acute pulmonary embolism (PE). The objective of this study was to develop a simple risk score for predicting 30-day mortality in patients with PE and cancer by using measures readily obtained at the time of PE diagnosis. METHODS: Investigators randomly allocated 1,556 consecutive patients with cancer and acute PE from the international multicenter Registro Informatizado de la Enfermedad TromboEmbólica to derivation (67%) and internal validation (33%) samples. The external validation cohort for this study consisted of 261 patients with cancer and acute PE. Investigators compared 30-day all-cause mortality and nonfatal adverse medical outcomes across the derivation and two validation samples. RESULTS: In the derivation sample, multivariable analyses produced the risk score, which contained six variables: age > 80 years, heart rate ≥ 110/min, systolic BP < 100 mm Hg, body weight < 60 kg, recent immobility, and presence of metastases. In the internal validation cohort (n = 508), the 22.2% of patients (113 of 508) classified as low risk by the prognostic model had a 30-day mortality of 4.4% (95% CI, 0.6%-8.2%) compared with 29.9% (95% CI, 25.4%-34.4%) in the high-risk group. In the external validation cohort, the 18% of patients (47 of 261) classified as low risk by the prognostic model had a 30-day mortality of 0%, compared with 19.6% (95% CI, 14.3%-25.0%) in the high-risk group. CONCLUSIONS: The developed clinical prediction rule accurately identifies low-risk patients with cancer and acute PE.

Identification concept and the use of probabilities in forensic odontology--an approach by philosophical discussion.

This paper questions the practitioners' deterministic approach(es) in forensic identification and notes the limits of their conclusions in order to encourage a discussion to question current practices. With this end in view, a hypothetical discussion between an expert in dentistry and an enthusiastic member of a jury, eager to understand the scientific principles of evidence interpretation, is presented. This discussion will lead us to regard any argument aiming at identification as probabilistic.

Multiple origins of invasive and "native" water frogs (Pelophylax spp.) in Switzerland

The marsh frog (Pelophylax ridibundus) has been introduced in many places of Central and Western Europe due to commercial trades with Eastern Europe, and is rapidly replacing the native pool frog (P. lessonae). A large number of Pelophylax species are distributed in Eastern Europe and the strong phenotypic similarity between these species is rendering their identification hazardous. Consequently, alien populations of Pelophylax might not strictly be composed of P. ridibundus as previously suspected. In the present study, we analyzed the cytochrome b and NADH dehydrogenase subunit 3 genes of introduced and native Pelophylax from Switzerland (299 individuals), in order to properly identify the source populations of the invaders and the genetic status of the native species. Our study highlighted the occurrence of several genetic lineages of invasive frogs in western Switzerland. Unexpectedly, we also showed that several populations of the native pool frog (P. lessonae) cluster with the Italian pool frog P. bergeri from central Italy (considered by some authors as a subspecies of P. lessonae) Hence, these populations are probably also the result of introductions, meaning that the number of native P. lessonae populations is less important than expected in Switzerland. These findings have important implications concerning the conservation of the endemic pool frog populations, as the presence of multiple alien species could strongly affect their long-term subsistence.