Comparative phylogeography of mutualists and the effect of the host on the genetic structure of its partners.

Whether or not species participating in specialized and obligate interactions display similar and simultaneous demographic variations at the intraspecific level remains an open question in phylogeography. In the present study, we used the mutualistic nursery pollination occurring between the European globeflower Trollius europaeus and its specialized pollinators in the genus Chiastocheta as a case study. Explicitly, we investigated if the phylogeographies of the pollinating flies are significantly different from the expectation under a scenario of plant-insect congruence. Based on a large-scale sampling, we first used mitochondrial data to infer the phylogeographical histories of each fly species. Then, we defined phylogeographical scenarios of congruence with the plant history, and used maximum likelihood and Bayesian approaches to test for plant-insect phylogeographical congruence for the three Chiastocheta species. We show that the phylogeographical histories of the three fly species differ. Only Chiastocheta lophota and Chiastocheta dentifera display strong spatial genetic structures, which do not appear to be statistically different from those expected under scenarios of phylogeographical congruence with the plant. The results of the present study indicate that the fly species responded in independent and different ways to shared evolutionary forces, displaying varying levels of congruence with the plant genetic structure

Electron microscopy of RecA-DNA complexes: Two different states, their functional significance and relation to the solved crystal structure

Seven different electron microscopy techniques habe been employed to study the RecA protein of E. coli. This review provides a summary of the conclusions that have been drawn from these studies, and attempts to relate these observations to models for the role of RecA protein in homologous recombination.

Hypomyelination Caused by Scap Deletion is Slowly Rescued by Extracellular Lipids that Alter Myelin Structure

Myelination requires a massive increase in glial cell membrane synthesis. Here we demonstrate that the acute phase of myelin lipid synthesis is regulated by SREBP cleavage activation protein (SCAP), an activator of sterol regulatory element-binding proteins (SREBPs). Deletion of SCAP in Schwann cells led to a loss of SREBP-mediated gene expression, congenital hypomyelination and abnormal gait. Interestingly, aging SCAP mutant mice showed partial regain of function; they exhibited improved gait and produced small amounts of myelin indicating a slow SCAP-independent uptake of external lipids. Accordingly, extracellular lipoproteins promoted myelination by SCAP mutant Schwann cells. However, SCAP mutant myelin never reached normal thickness and had biophysical abnormalities concordant with abnormal lipid composition. These data demonstrate that SCAP mediated regulation of glial lipogenesis is key to the proper synthesis of myelin membrane. The described defects in SCAP mutant myelination provide new insights into the pathogenesis, and open new avenues for treatment strategies, of peripheral neuropathies associated with lipid metabolic disorders.

DNA structure-specific priming of ATR activation by DNA-PKcs.

Three phosphatidylinositol-3-kinase-related protein kinases implement cellular responses to DNA damage. DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs) and ataxia-telangiectasia mutated respond primarily to DNA double-strand breaks (DSBs). Ataxia-telangiectasia and RAD3-related (ATR) signals the accumulation of replication protein A (RPA)-covered single-stranded DNA (ssDNA), which is caused by replication obstacles. Stalled replication intermediates can further degenerate and yield replication-associated DSBs. In this paper, we show that the juxtaposition of a double-stranded DNA end and a short ssDNA gap triggered robust activation of endogenous ATR and Chk1 in human cell-free extracts. This DNA damage signal depended on DNA-PKcs and ATR, which congregated onto gapped linear duplex DNA. DNA-PKcs primed ATR/Chk1 activation through DNA structure-specific phosphorylation of RPA32 and TopBP1. The synergistic activation of DNA-PKcs and ATR suggests that the two kinases combine to mount a prompt and specific response to replication-born DSBs.

Brain structure in movement disorders: a neuroimaging perspective.

Purpose of review: An overview of recent advances in structural neuroimaging and their impact on movement disorders research is presented. Recent findings: Novel developments in computational neuroanatomy and improvements in magnetic resonance image quality have brought further insight into the pathophysiology of movement disorders. Sophisticated automated techniques allow for sensitive and reliable in-vivo differentiation of phenotype/genotype related traits and their interaction even at presymptomatic stages of disease. Summary: Voxel-based morphometry consistently demonstrates well defined patterns of brain structure changes in movement disorders. Advanced stages of idiopathic Parkinson's disease are characterized by grey matter volume decreases in basal ganglia. Depending on the presence of cognitive impairment, volume changes are reported in widespread cortical and limbic areas. Atypical Parkinsonian syndromes still pose a challenge for accurate morphometry-based classification, especially in early stages of disease progression. Essential tremor has been mainly associated with thalamic and cerebellar changes. Studies on preclinical Huntington's disease show progressive loss of tissue in the caudate and cortical thinning related to distinct motor and cognitive phenotypes. Basal ganglia volume in primary dystonia reveals an interaction between genotype and phenotype such that brain structure changes are modulated by the presence of symptoms under the influence of genetic factors. Tics in Tourette's syndrome correlate with brain structure changes in limbic, motor and associative fronto-striato-parietal circuits. Computational neuroanatomy provides useful tools for in-vivo assessment of brain structure in movement disorders, allowing for accurate classification in early clinical stages as well as for monitoring therapy effects and/or disease progression.

Interaction of alpha-melanotropin with central dopamine systems: role of hormonal state and molecular structure

The tubero-infundibular and nigrostriatal DA neurone systems of rats respond to systemic (i.p.) injection of alpha-MSH (2-100 microgram/kg). The response of the tubero-infundibular (arcuate) DA neurones, an increase in cellular fluorescence intensity which can be interpreted as a sign of increased neuronal activity, is essentially the same in males, estrogen-progesterone-pretreated ovariectomized females and hypophysectomized males, whereas the type of response elicited by alpha-MSH in the nigral DA neurones depends upon the hormonal state of the animal. Differences between the two DA neurone groups exist also with regard to the effects of peptide fragments containing the two active sites of the alpha-MSH molecule. Results of lesion experiments in the lower brainstem (area postrema) and of blockade of muscarinic mechanisms by atropine further point to differences in the mechanisms underlying the peptide effects on the two neurone systems. The reaction of the tubero-infundibular DA system (which controls the pars intermedia of the pituitary) can be considered to reflect the activation of a feedback mechanism on MSH secretion, while the functional counterpart of the changes observed in the nigral system remains unknown at the present time.

Structure-function characterization and optimization of a plant-derived antibacterial peptide.

Crushed seeds of the Moringa oleifera tree have been used traditionally as natural flocculants to clarify drinking water. We previously showed that one of the seed peptides mediates both the sedimentation of suspended particles such as bacterial cells and a direct bactericidal activity, raising the possibility that the two activities might be related. In this study, the conformational modeling of the peptide was coupled to a functional analysis of synthetic derivatives. This indicated that partly overlapping structural determinants mediate the sedimentation and antibacterial activities. Sedimentation requires a positively charged, glutamine-rich portion of the peptide that aggregates bacterial cells. The bactericidal activity was localized to a sequence prone to form a helix-loop-helix structural motif. Amino acid substitution showed that the bactericidal activity requires hydrophobic proline residues within the protruding loop. Vital dye staining indicated that treatment with peptides containing this motif results in bacterial membrane damage. Assembly of multiple copies of this structural motif into a branched peptide enhanced antibacterial activity, since low concentrations effectively kill bacteria such as Pseudomonas aeruginosa and Streptococcus pyogenes without displaying a toxic effect on human red blood cells. This study thus identifies a synthetic peptide with potent antibacterial activity against specific human pathogens. It also suggests partly distinct molecular mechanisms for each activity. Sedimentation may result from coupled flocculation and coagulation effects, while the bactericidal activity would require bacterial membrane destabilization by a hydrophobic loop.

Sociétés anonymes de famille : structure, maintien et optimisation de la détention du capital

Introduction générale : D'après une étude réalisée en Suisse en 2004, les entreprises de famille représentent 88,14% des entreprises, dont 80,2% sont constitués en sociétés anonymes. Les chiffres parlent d'eux-mêmes : les sociétés anonymes de famille occupent une place considérable dans le paysage des entreprises suisses. Les sociétés anonymes de famille correspondent donc à une réalité pratique. Juridiquement, la notion de société de famille n'apparaît pas dans le Code des obligations ; les sociétés anonymes de famille revêtent la forme juridique de la société anonyme, qui représente l'entreprise commerciale la plus courante en pratique. Le Code des obligations, à ses art. 620 ss, se limite à donner un cadre général de réglementation, ce qui a notamment pour conséquence que la forme juridique de la société anonyme s'adapte à des entités très variées, dans toutes sortes de secteurs d'activité, que ce soient des petites et moyennes entreprises ou de grandes multinationales, des sociétés capitalistes et impersonnelles ou des sociétés purement privées. Selon la conception générale de la forme juridique de la société anonyme, celle-ci revêt en principe un caractère capitaliste. L'intérêt de l'actionnaire pour la société anonyme est normalement de nature financière. Le fait que la qualité d'actionnaire soit matérialisée dans un titre, l'action, implique tant une certaine liquidité de l'actionnariat qu'une dépersonnalisation des rapports entre les membres qui composent la société anonyme. A l'opposé, la famille repose sur des liens personnels particuliers, étroits, avec notamment des dimensions psychologiques, affectives, émotives. Au premier abord, société anonyme et famille semblent donc antinomiques. Cette dichotomie présente un intérêt dogmatique. Elle correspond en outre à l'un des principaux enjeux : comment tenir compte des intérêts d'une entité fortement personnalisée - la famille - dans une structure impersonnelle et de type capitaliste - la société anonyme ? Le fait que le Code des obligations se limite à donner un cadre général de réglementation prend alors ici toute son importance ; la marge de manoeuvre et la liberté d'aménagement que le législateur accorde aux sociétés anonymes r vont permettre - ou alors empêcher - d'adapter la forme juridique de la société anonyme aux besoins d'une entité personnalisée comme la famille. Cette liberté n'est donc pas sans limites et les membres de la famille devront peut-être aussi assumer les conséquences du choix de cette forme de société. Partant, le but de notre travail est d'étudier les raisons d'être, l'organisation et la pérennité des sociétés anonymes de famille, spécifiquement sous l'angle du maintien du caractère familial de la société. Nous nous concentrerons sur la détention du capital, mais aussi sur sa structure, son maintien et son optimisation ; nous aborderons ainsi notamment les questions relatives à la transmissibilité des actions. Au regard de l'ampleur du sujet, nous avons dû procéder à certains choix, parfois arbitraires, notamment en raison des implications presque infinies des règles avec d'autres domaines. Nous nous limiterons ainsi, dans la première partie, à exposer les notions de base employées dans la suite de notre travail et nous focaliserons sur l'élaboration des définitions d'entreprise, société et société anonyme de famille, prémisses non seulement essentielles sous l'angle théorique, mais aussi fondamentales pour nos développements ultérieurs. S'agissant ensuite de l'analyse des possibilités d'aménagement d'une société anonyme dans le cadre du maintien du caractère familial de la société, nous nous concentrerons sur les règles relatives à la société anonyme et étudierons les limites qu'elles imposent et la liberté qu'elles offrent aux actionnaires familiaux. Nous laisserons en revanche de côté les problématiques particulières de la protection des actionnaires minoritaires et des organes. Enfin, si nous traitons toutes les notions théoriques nécessaires à la compréhension de chaque thématique présentée, seules celles primordiales et déterminantes sous l'angle de la conservation de l'hégémonie familiale seront approfondies. Nous avons structuré notre étude en quatre titres. Dans un premier titre, nous développerons les notions et principes élémentaires de notre sujet. Nous rappellerons ainsi la définition et les particularités de la société anonyme en général, y compris les sources et les modifications législatives, et les conditions de la cotation en bourse. Au stade des notions introductives, nous devrons également définir la société anonyme de famille, en particulier en établissant les éléments de la définition. Qu'entend-on par famille ? Quels critères permettent de qualifier une société anonyme de « société anonyme de famille » ? La définition de la société anonyme de famille devra être à la fois suffisamment précise, afin que cette notion puisse être appréhendée de manière adéquate pour la suite de notre travail, et suffisamment large, pour qu'elle englobe toute la variété des sociétés anonymes de famille. Nous présenterons aussi les raisons du choix de la forme juridique de la société anonyme pour une société de famille. Nous terminerons nos développements introductifs par un exposé relatif à la notion d'action et à son transfert en sa qualité de papier-valeur, préalables nécessaires à nos développements sur la transmissibilité des actions. Nous mettrons ainsi en évidence les conditions de transfert des actions, en tenant compte de la tendance à la dématérialisation des titres. Une fois ces éléments mis en place, qui nous donneront une première idée de la structure du capital d'une société anonyme de famille, nous devrons préciser la manière dont le capital doit être structuré. Nous chercherons comment il peut être maintenu en mains de la famille et si d'autres moyens n'ayant pas directement trait au capital peuvent être mis en oeuvre. Ainsi, dans un deuxième titre, nous analyserons les dispositions statutaires relatives à la structure du capital et à son maintien en mains familiales, en particulier les restrictions au transfert des actions nominatives. Les dispositions statutaires constituent-elles un moyen adéquat pour maintenir le caractère familial de la société ? Quelles sont les conditions pour limiter le transfert des actions ? Le caractère familial de la société peut-il être utilisé afin de restreindre le transfert des actions ? Les solutions sont-elles différentes si les actions sont, en tout ou en partie, cotées en bourse ? Nous traiterons aussi, dans ce même titre, les modalités du droit de vote et déterminerons si des dispositions statutaires peuvent être aménagées afin de donner plus de voix aux actions des membres de la famille et ainsi d'optimiser la détention du capital. Nous examinerons, dans notre troisième titre, un acte qui a trait à la fois au droit des contrats et au droit de la société anonyme, la convention d'actionnaires. En quoi consistent ces contrats ? Quels engagements les actionnaires familiaux peuvent-ils et doivent-ils prendre ? Quelle est l'utilité de ces contrats dans les sociétés anonymes de famille ? Quelles en sont les limites ? Les clauses conventionnelles peuvent-elles être intégrées dans les statuts ? Comment combiner les différentes clauses de la convention entre elles ? Dans ce même titre, nous étudierons également la concrétisation et la mise en application des dispositions statutaires et des clauses conventionnelles, afin de déterminer si, combinées, elles constituent des moyens adéquats pour assurer la structure, le maintien et l'optimisation de la détention du capital. Enfin, dans le quatrième et dernier titre, qui est davantage conçu comme un excursus, nous nous éloignerons du domaine strict du droit des sociétés (et des contrats) pour envisager certains aspects matrimoniaux et d'ordre successoral. En effet, puisque la famille est à la base de la société, il convient de relever l'importance des règles matrimoniales et successorales pour les sociétés anonymes de famille et leur incidence sur la détention des actions et le maintien du caractère familial de la société. Nous examinerons en particulier comment ces instruments doivent être utilisés pour qu'ils n'annihilent pas les efforts entrepris pour conserver la société en mains familiales. Notre travail a pour but et pour innovation de présenter une analyse transversale aussi complète que possible du droit de la société anonyme et des instruments connexes en étudiant les moyens à disposition des actionnaires d'une société anonyme de type personnel, la société anonyme de famille. Il tentera ainsi d'apporter une approche théorique nouvelle de ces questions, de présenter certains aspects de manière pragmatique, d'analyser la mise en oeuvre des différents moyens étudiés et de discuter leur opportunité.

Structure and function of a "yellow" protein from saliva of the sand fly Lutzomyia longipalpis that confers protective immunity against Leishmania major infection.

LJM11, an abundant salivary protein from the sand fly Lutzomyia longipalpis, belongs to the insect "yellow" family of proteins. In this study, we immunized mice with 17 plasmids encoding L. longiplapis salivary proteins and demonstrated that LJM11 confers protective immunity against Leishmania major infection. This protection correlates with a strong induction of a delayed type hypersensitivity (DTH) response following exposure to L. longipalpis saliva. Additionally, splenocytes of exposed mice produce IFN-γ upon stimulation with LJM11, demonstrating the systemic induction of Th1 immunity by this protein. In contrast to LJM11, LJM111, another yellow protein from L. longipalpis saliva, does not produce a DTH response in these mice, suggesting that structural or functional features specific to LJM11 are important for the induction of a robust DTH response. To examine these features, we used calorimetric analysis to probe a possible ligand binding function for the salivary yellow proteins. LJM11, LJM111, and LJM17 all acted as high affinity binders of prohemostatic and proinflammatory biogenic amines, particularly serotonin, catecholamines, and histamine. We also determined the crystal structure of LJM11, revealing a six-bladed β-propeller fold with a single ligand binding pocket located in the central part of the propeller structure on one face of the molecule. A hypothetical model of LJM11 suggests a positive electrostatic potential on the face containing entry to the ligand binding pocket, whereas LJM111 is negative to neutral over its entire surface. This may be the reason for differences in antigenicity between the two proteins.

BAFF, APRIL and their receptors: structure, function and signaling.

BAFF, APRIL and their receptors play important immunological roles, especially in the B cell arm of the immune system. A number of splice isoforms have been described for both ligands and receptors in this subfamily, some of which are conserved between mouse and human, while others are species-specific. Structural and mutational analyses have revealed key determinants of receptor-ligand specificity. BAFF-R has a strong selectivity for BAFF; BCMA has a higher affinity for APRIL than for BAFF, while TACI binds both ligands equally well. The molecular signaling events downstream of BAFF-R, BCMA and TACI are still incompletely characterized. Survival appears to be mediated by upregulation of Bcl-2 family members through NF-kappaB activation, degradation of the pro-apototic Bim protein, and control of subcellular localization of PCKdelta. Very little is known about other signaling events associated with receptor engagement by BAFF and APRIL that lead for example to B cell activation or to CD40L-independent Ig switch.

Chromosomal rearrangement and genetic structure in the shrews of the Sorex araneus group

ABSTRACT The role of chromosomal rearrangements in the speciation process is much debated and many theoretical models have been developed. The shrews of the Sorex araneus group offer extraordinary opportunities to study the relationship between chromosomal variation and speciation. Indeed, this group of morphologically very similar species received a great deal of attention due to its karyotypic variability, which is mainly attributed to Robertsonian fusions. To explore the impact of karyotypic changes on genetic differentiation, we first studied the relationship between genetic and karyotypic structure among Alpine species and among chromosome races of the S. araneus group using Bayesian admixture analyses. The results of these analyses confirmed the taxonomic status of the studied species even though introgression can still be detected between species. Moreover, the strong spatial sub-structure highlighted the role of historical factors (e.g. geographical isolation) on genetic structure. Next, we studied gene flow at the chromosome level to address the question of the impact of chromosomal rearrangements on genetic differentiation. We used flow sorted chromosomes from three different karyotypic taxa of the S. araneus group to map microsatellite markers at the chromosóme arm level. We have been able to map 24 markers and to show that the karyotypic organisation of these taxa is well conserved, which suggests that these markers can be used for further inter-taxa studies. A general prediction of chromosomal speciation models is that genetic differentiation between two taxa should be larger across rearranged chromosomes than across chromosomes common to both taxa. We combined two approaches using mapped microsatellites to test this prediction. First, we studied the genetic differentiation among five shrew taxa placed at different evolutionary levels (i.e. within and among species). In this large scale study, we detected an overall significant difference in genetic structure between rearranged vs. common chromosomes. Moreover, this effect varied among pairwise comparisons, which allowed us to differentiate the role of the karyotypic complexity of hybrids and of the evolutionary divergence between taxa. Secondly, we compared the levels of gene flow measured across common vs. rearranged chromosomes in two karyotypically different hybrid zones (strong vs. low complexity of hybrids), which show similar levels of genetic structure. We detected a significantly stronger genetic structure across rearranged chromosomes in the hybrid zone showing the highest level of hybrid complexity. The large variance observed among loci suggested that other factors, such as the position of markers within the chromosome, also certainly affects genetic structure. In conclusion, our results strongly support the role of chromosomal rearrangements in the reproductive barrier and suggest their importance in speciation process of the S. araneus group. RESUME Le rôle des réarrangements chromosomiques dans les processus de spéciation est fortement débattu et de nombreux modèles théoriques ont été développés sur le sujet. Les musaraignes du groupe Sorex araneus présentent de nombreuses opportunités pour étudier les relations entre les variations chromosomiques et la spéciation. En effet, ce groupe d'espèces morphologiquement très proches a attiré l'attention des chercheurs en raison de sa variabilité caryotypique principalement attribuée à des fusions Robertsoniennes. Pour explorer l'impact des changements caryotypiques sur la différenciation génétique, nous avons tout d'abord étudié les relations entre la structure génétique et caryotypique de races chromosomiques et d'espèces alpine du groupe S. araneus en utilisant des analyses Bayesiennes d' « admixture ». Les résultats de ces analyses ont confirmé le statut taxonomique des espèces étudiées bien que nous ayons détecté de l'introgression entre espèces. L'observation d'une sous structure spatiale relativement forte souligne l'importance des facteurs historiques (telle que l'isolation géographique) sur la structure génétique de ce groupe. Ensuite, nous avons étudié le flux de gène au niveau des chromosomes pour aborder de manière directe la question de l'impact des réarrangements chromosomiques sur la différenciation génétique. En conséquence, nous avons utilisé des tris de chromosomes de trois taxons du groupe S. araneus pour localiser des marqueurs microsatellites au niveau du bras chromosomique. Au cours de cette étude, nous avons pu localiser 24 marqueurs et montrer une forte conservation dans l'organisation du caryotype de ces taxa. Ce résultat suggère que leur utilisation est appropriée pour des études entre taxa. Une prédiction générale à tous les modèles de spéciation chromosomique correspond à la plus grande différenciation génétique des chromosomes réarrangés que des chromosomes communs. Nous avons combiné deux approches utilisant des microsatellites localisés au niveau du bras chromosomique pour tester cette prédiction. Premièrement, nous avons étudié la différenciation génétique entre cinq taxa du groupe S. araneus se trouvant à des niveaux évolutifs différents (i.e. à l'intérieur et entre espèce). Au cours de cette étude, nous avons détecté une différenciation globale significativement plus élevée sur les chromosomes réarrangés. Cet effet varie entre les comparaisons, ce qui nous a permis de souligner le rôle de la complexité caryotypique des hybrides et du niveau de divergence évolutive entre taxa. Deuxièmement, nous avons comparé le flux de gènes des chromosomes communs et réarrangés dans deux zones d'hybridation caryotypiquement différentes (forte vs. Faible complexité des hybrides) mais présentant un niveau de différenciation génétique similaire. Ceci nous a permis de détecter une structure génétique significativement plus élevée sur les chromosomes réarrangés au centre de la zone d'hybridation présentant la plus grande complexité caryotypic. La forte variance observée entre loci souligne en outre le fait que d'autres facteurs, tel que la position du marqueur sur le chromosome, affectent probablement aussi la structure génétique mesurée. En conclusion, nos résultats supportent fortement le rôle des réarrangements chromosomiques dans la barrière reproductive entre espèces ainsi que leur importance dans les processus de spéciation des musaraignes du groupe S. araneus.

Crystal structure of yeast peroxisomal multifunctional enzyme: structural basis for substrate specificity of (3R)-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase units.

(3R)-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase is part of multifunctional enzyme type 2 (MFE-2) of peroxisomal fatty acid beta-oxidation. The MFE-2 protein from yeasts contains in the same polypeptide chain two dehydrogenases (A and B), which possess difference in substrate specificity. The crystal structure of Candida tropicalis (3R)-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase AB heterodimer, consisting of dehydrogenase A and B, determined at the resolution of 2.2A, shows overall similarity with the prototypic counterpart from rat, but also important differences that explain the substrate specificity differences observed. Docking studies suggest that dehydrogenase A binds the hydrophobic fatty acyl chain of a medium-chain-length ((3R)-OH-C10) substrate as bent into the binding pocket, whereas the short-chain substrates are dislocated by two mechanisms: (i) a short-chain-length 3-hydroxyacyl group ((3R)-OH-C4) does not reach the hydrophobic contacts needed for anchoring the substrate into the active site; and (ii) Leu44 in the loop above the NAD(+) cofactor attracts short-chain-length substrates away from the active site. Dehydrogenase B, which can use a (3R)-OH-C4 substrate, has a more shallow binding pocket and the substrate is correctly placed for catalysis. Based on the current structure, and together with the structure of the 2-enoyl-CoA hydratase 2 unit of yeast MFE-2 it becomes obvious that in yeast and mammalian MFE-2s, despite basically identical functional domains, the assembly of these domains into a mature, dimeric multifunctional enzyme is very different.