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Abstract : The existence of a causal relationship between the spatial distribution of living organisms and their environment, in particular climate, has been long recognized and is the central principle of biogeography. In turn, this recognition has led scientists to the idea of using the climatic, topographic, edaphic and biotic characteristics of the environment to predict its potential suitability for a given species or biological community. In this thesis, my objective is to contribute to the development of methodological improvements in the field of species distribution modeling. More precisely, the objectives are to propose solutions to overcome limitations of species distribution models when applied to conservation biology issues, or when .used as an assessment tool of the potential impacts of global change. The first objective of my thesis is to contribute to evidence the potential of species distribution models for conservation-related applications. I present a methodology to generate pseudo-absences in order to overcome the frequent lack of reliable absence data. I also demonstrate, both theoretically (simulation-based) and practically (field-based), how species distribution models can be successfully used to model and sample rare species. Overall, the results of this first part of the thesis demonstrate the strong potential of species distribution models as a tool for practical applications in conservation biology. The second objective this thesis is to contribute to improve .projections of potential climate change impacts on species distributions, and in particular for mountain flora. I develop and a dynamic model, MIGCLIM, that allows the implementation of dispersal limitations into classic species distribution models and present an application of this model to two virtual species. Given that accounting for dispersal limitations requires information on seed dispersal, distances, a general methodology to classify species into broad dispersal types is also developed. Finally, the M~GCLIM model is applied to a large number of species in a study area of the western Swiss Alps. Overall, the results indicate that while dispersal limitations can have an important impact on the outcome of future projections of species distributions under climate change scenarios, estimating species threat levels (e.g. species extinction rates) for a mountainous areas of limited size (i.e. regional scale) can also be successfully achieved when considering dispersal as unlimited (i.e. ignoring dispersal limitations, which is easier from a practical point of view). Finally, I present the largest fine scale assessment of potential climate change impacts on mountain vegetation that has been carried-out to date. This assessment involves vegetation from 12 study areas distributed across all major western and central European mountain ranges. The results highlight that some mountain ranges (the Pyrenees and the Austrian Alps) are expected to be more affected by climate change than others (Norway and the Scottish Highlands). The results I obtain in this study also indicate that the threat levels projected by fine scale models are less severe than those derived from coarse scale models. This result suggests that some species could persist in small refugias that are not detected by coarse scale models. Résumé : L'existence d'une relation causale entre la répartition des espèces animales et végétales et leur environnement, en particulier le climat, a été mis en évidence depuis longtemps et est un des principes centraux en biogéographie. Ce lien a naturellement conduit à l'idée d'utiliser les caractéristiques climatiques, topographiques, édaphiques et biotiques de l'environnement afin d'en prédire la qualité pour une espèce ou une communauté. Dans ce travail de thèse, mon objectif est de contribuer au développement d'améliorations méthodologiques dans le domaine de la modélisation de la distribution d'espèces dans le paysage. Plus précisément, les objectifs sont de proposer des solutions afin de surmonter certaines limitations des modèles de distribution d'espèces dans des applications pratiques de biologie de la conservation ou dans leur utilisation pour évaluer l'impact potentiel des changements climatiques sur l'environnement. Le premier objectif majeur de mon travail est de contribuer à démontrer le potentiel des modèles de distribution d'espèces pour des applications pratiques en biologie de la conservation. Je propose une méthode pour générer des pseudo-absences qui permet de surmonter le problème récurent du manque de données d'absences fiables. Je démontre aussi, de manière théorique (par simulation) et pratique (par échantillonnage de terrain), comment les modèles de distribution d'espèces peuvent être utilisés pour modéliser et améliorer l'échantillonnage des espèces rares. Ces résultats démontrent le potentiel des modèles de distribution d'espèces comme outils pour des applications de biologie de la conservation. Le deuxième objectif majeur de ce travail est de contribuer à améliorer les projections d'impacts potentiels des changements climatiques sur la flore, en particulier dans les zones de montagnes. Je développe un modèle dynamique de distribution appelé MigClim qui permet de tenir compte des limitations de dispersion dans les projections futures de distribution potentielle d'espèces, et teste son application sur deux espèces virtuelles. Vu que le fait de prendre en compte les limitations dues à la dispersion demande des données supplémentaires importantes (p.ex. la distance de dispersion des graines), ce travail propose aussi une méthode de classification simplifiée des espèces végétales dans de grands "types de disperseurs", ce qui permet ainsi de d'obtenir de bonnes approximations de distances de dispersions pour un grand nombre d'espèces. Finalement, j'applique aussi le modèle MIGCLIM à un grand nombre d'espèces de plantes dans une zone d'études des pré-Alpes vaudoises. Les résultats montrent que les limitations de dispersion peuvent avoir un impact considérable sur la distribution potentielle d'espèces prédites sous des scénarios de changements climatiques. Cependant, quand les modèles sont utilisés pour évaluer les taux d'extinction d'espèces dans des zones de montages de taille limitée (évaluation régionale), il est aussi possible d'obtenir de bonnes approximations en considérant la dispersion des espèces comme illimitée, ce qui est nettement plus simple d'un point dé vue pratique. Pour terminer je présente la plus grande évaluation à fine échelle d'impact potentiel des changements climatiques sur la flore des montagnes conduite à ce jour. Cette évaluation englobe 12 zones d'études réparties sur toutes les chaines de montages principales d'Europe occidentale et centrale. Les résultats montrent que certaines chaines de montagnes (les Pyrénées et les Alpes Autrichiennes) sont projetées comme plus sensibles aux changements climatiques que d'autres (les Alpes Scandinaves et les Highlands d'Ecosse). Les résultats obtenus montrent aussi que les modèles à échelle fine projettent des impacts de changement climatiques (p. ex. taux d'extinction d'espèces) moins sévères que les modèles à échelle large. Cela laisse supposer que les modèles a échelle fine sont capables de modéliser des micro-niches climatiques non-détectées par les modèles à échelle large.
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TEXTABLE est un nouvel outil open source de programmation visuelle pour l'analyse de données textuelles. Les implications de la conception de ce logiciel du point de vue de l'interopérabilité et de la flexibilité sont abordées, ainsi que la question que son adéquation pour un usage pédagogique. Une brève introduction aux principes de la programmation visuelle pour l'analyse de données textuelles est également proposée.
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Ce rapport présente plusieurs axes relatifs aux jeux de hasard et d'argent et au jeu problématique. Comment comprendre l'évolution de ce type de problématique dans une société? C'est au travers d'une analyse sur les représentations sociales en Suisse romande que ce travail propose une piste de réflexion et ceci dans le but de dresser un état des lieux de ces thématiques telles qu'elles existent dans les consciences collectives. Les représentations sociales ont fait l'objet de nombreuses études en Amérique du Nord mais sont par contre plutôt rares en Suisse. Nous avons pu constater au fil de ce travail que les représentations sont teintées de prudence; la population générale sollicitée ne semble pas ignorer quels sont les écueils pouvant être générés par ces pratiques; mais, en revanche, d'autres résultats nous ont permis de comprendre que le jeu problématique n'est pas encore intégré par l'ensemble de la population puisque 42.6% n'en ont jamais entendu parler. Il y a donc une brèche à exploiter en la matière tant d'un point de vue préventif que scientifique. Afin d'apporter une réalité supplémentaire et concrète à ces considérations d'ordre subjectif, nous avons agrémenté ce rapport d'analyses propres à l'épidémiologie du jeu en Suisse, et ceci au travers des données relatives aux Enquêtes suisses sur la santé 2002 et 2007. Finalement, un certain nombre d'outils de mesure et de dépistage à l'égard du jeu pathologique ont été sélectionnés dans la littérature internationale, et ceci dans le but de mieux comprendre quels sont les critères privilégiés permettant de déterminer ou diagnostiquer un joueur à risque. Le présent rapport offre donc un éventail de ce que sont les jeux et de ce qu'ils représentent dans notre société et délivre des informations diverses sur leurs appréhensions tant au niveau individuel que médical et social.
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Introduction¦La dépression est une maladie fréquente à travers le monde. D'un point de vue épidémiologique, une différence entre hommes et femmes a été observée, un diagnostic de dépression étant attribué à deux fois plus de femmes que d'hommes. Le médecin de famille est souvent le premier¦professionnel sollicité face à une dépression, cependant un grand nombre patients atteints de dépression consultent leur médecin de famille pour une plainte physique.¦Objectifs et méthodes¦L'objectif de ce travail est de déterminer s'il existe une différence entre hommes et femmes dans la prévalence de la dépression dépistée chez des patients consultant leur médecin de famille exclusivement pour une plainte d'ordre physique en Suisse romande. Afin d'y parvenir, nous avons effectué une sous-analyse de l'étude SODA (SOmatoform, Depression, Anxiety dont nous disposons de la base de données). Il s'agit d'une étude menée en Suisse romande qui a pour but de d'évaluer la prévalence des troubles anxieux, dépressif et somatoforme, à une année d'intervalle, chez des patients consultant leur médecin de famille exclusivement pour une plainte physique. Le Patient Health Questionnaire (PHQ) est le questionnaire utilisé dans l'étude SODA afin de déterminer le diagnostic de dépression.¦Résultats¦L'analyse statistique effectuée n'a pas permis de mettre en évidence une différence entre hommes et femmes dans la prévalence de la dépression au sein de l'étude SODA, que ce soit au moment de¦l'inclusion (t0, p=0.764), à une année d'intervalle (t1, p=0.9) ou dans l'évolution de la dépression.¦Conclusion¦Nous nous attendions à trouver une différence significative dans la prévalence de la dépression avec¦une prépondérance féminine comme le suggère la littérature. L'absence de différence significative¦entre hommes et femmes dans la prévalence de la dépression au sein de l'étude SODA pourrait provenir de certaines modalités de l'étude telles que le PHQ par exemple et du choix de ne considérer que les patients se présentant pour une plainte somatique. Ceci a peut être contribué à une meilleure détection de la dépression chez les hommes et ceci, peut-être, au détriment des femmes.
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[Table des matières] 1. Zusammenfassung. 2. Introduction et contexte de l'étude. 3. Méthode. 4. Besoins des personnes vivant avec le VIH/sida, amis et partenaires. 5. Etudes donnant des indications sur certaines catégories de besoins des personnes séropositives. 5.1.Programme national VIH/sida de 1999 à 2003. 5. 2. Test de dépistage du VIH. 5.3. Prophylaxie post exposition VIH (PEP). 5.4. La sexualité des personnes vivant avec le VIH/sida. 5.5. Discriminations institutionnelles à l'encontre des personnes vivant avec le VIH en Suisse. 5.6. Evaluation de la stratégie de prévention du sida en Suisse sur mandat de l'Office fédéral de la santé publique : sixième rapport de synthèse. 5.7. Activité de prévention du sida des médecins de premier recours, le counselling pré-test. 5.8. Comparaison 1989/1997 : est-ce que l'amélioration du traitement médical se répercute aussi sur la perception des patients de leur maladie ? 5.9. Histoires individuelles avec le VIH, bien-être psychophysique, coping, charge psychosociale. 5.10. Etude médico-ethnologique sur la prise en charge et les choix thérapeutiques. 5.11. Qualité des soins d'un service ambulatoire spécialisé dans le suivi des patients infectés par le VIH, le point de vue des patients. 5.12. Prévention de la transmission du VIH dans les prisons suisses : analyse secondaire sur la base de la littérature disponible. 5. 13. Recommandations. 5.14. Formation VIH/sida 1989-1999. 5.15. Etude sur les nouveaux traitements du VIH/sida dans la perspective des patients. 5.16. Projet SESAM. 5.17. Etude : Evaluation du site HivNet. 5.18. Etudes relatives à la paupérisation des personnes vivant avec le VIH. 5.19. Travail, revenu et pauvreté chez les personnes vivant avec le VIH/sida de la "Swiss Cohort Study". 5.20. Séropositivité, sida et les assurances sociales. 5.21. Politiques et pratqieus cantonales en matière de prévention VIH/sida et d'éducation sexuelle à l'école. 5.22. Données épidémiologiques sur le VIH/sida issues du système de surveillance. 5.23. Données descriptives issues de la Swiss HIV Cohort Study. 6. Tableau récapitulatif : conclusions et recommandations.
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Cette contribution s'intéresse à l'existence de lieux de sociabilité helvétiques entre hommes qualifiés comme étant homosexuels ou encore homoérotes selon le point de vue militant. Dans un pays resté neutre au cours de la Seconde Guerre mondiale et replié sur lui-même par « Défense nationale », fédéral depuis 1848 en unifiant trois cultures linguistiques, la capitale économique, Zürich, ressort sans conteste comme étant celle de l'homosexualité. Aussi cet article expose-t-il les conditions pénales expliquant l'existence dans cette ville de l'unique association homosexuelle qui va perdurer au-delà du conflit mondial. Il analyse aussi son mode de fonctionnement et revendicatif excluant progressivement les femmes de son sein. Toutefois, le monde associatif ne représente que la surface des événements, et cette étude s'attache à montrer les fortes différences existant selon les régions : la Zürich de la guerre ne s'est pas substituée au Berlin d'avant 1933, et les contrées latines, bien que profondément influencées par le code Napoléon, n'apparaissent pas comme des enclaves de liberté. Tolérance sociale relative et discrétion volontaire des intéressés, tels sont les mécanismes de cette histoire.
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L'entrevue médicale est constituée de plusieurs étapes, chacune d'entre elles comprenant des tâches et des objectifs particuliers pour le médecin. La partie initiale de la consultation médicale, la phase sociale, constitue la première pierre dans la construction d'une relation médecin-patient de confiance et de qualité. Si, d'un point de vue structurel, la littérature a répondu de façon claire et concordante, des questions demeurent ouvertes d'un point de vue procédural. De quelle manière le médecin parvient-il à établir le premier contact ? Comment procède-t-il pour accueillir son patient ? Des pistes pour répondre à ces questions se repèrent dans le travail de révision des enregistrements vidéo des consultations de médecine générale qui sont régulièrement pratiqués à la Policlinique médicale universitaire (PMU) de Lausanne. [Auteurs] The medical interview consists of several steps, each consisting of specific tasks and objectives for the doctor. The initial step of the medical consultation, the social phase, is the cornerstone in the construction of a doctor-patient relationship of trust and quality. If, in a structural point of view, the literature has responded in a clear and consistent way, questions remain openned in a procedural point of view. How successful is the physician to establish the first contact? How does he proceed to welcome his patient? We looked out ways to address these issues by the work of revising the video recordings of general medical consultations, which are regularly practiced at the Medical outpatient clinic of the University of Lausanne.
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Contexte : Le retour au travail des personnes atteintes d'un cancer devient, depuis quelques années, un sujet de préoccupation au niveau de la santé publique. En effet, grâce aux nouvelles techniques de dépistage et de traitement, les taux de guérisons sont de plus en plus élevés, et avec eux la possibilité d'un retour dans la vie professionnelle. Il a cependant été constaté qu'un certain nombre de patients rencontraient des problèmes dans la réinsertion. Les facteurs rentrant en compte dans la problématique du retour au travail sont très variés, allant du type de cancer aux caractéristiques du patient et de son environnement de travail, en passant par la qualité de la prise en charge. Plusieurs études ont été faites en vue d'améliorer cette dernière. Certaines se sont penchées sur le rôle du médecin, en général du médecin du travail. La situation en Suisse est particulière car il y a peu de médecins du travail, la responsabilité d'aborder la question du retour au travail des patients repose donc sur les médecins oncologues ou généralistes.¦But de l'étude : Explorer le rôle des médecins dans la prise en charge de la problématique du travail chez les patients atteints de cancer ; en mettant en évidence de quelle manière ceci est abordé dans la littérature, puis en abordant avec des médecins leur attitude en pratique, l'importance qu'ils accordent à ce problème, de quelle manière ils essaient de le détecter et de le prendre en charge, et les difficultés qu'ils pourraient rencontrer dans cette démarche.¦Méthode : Revue de la littérature. Entretiens qualitatifs, semi-structurés, basés sur une grille d'entretien thématique, avec huit médecins de Suisse romande, oncologues et généralistes. Analyse qualitative des résultats selon la grille et mise en perspective des résultats par la littérature existante.¦Résultats : La majorité des médecins interrogés considère que c'est dans leur rôle d'aborder la problématique du travail, mais ils accordent aussi une grande importance à l'assistant social, qu'ils impliquent plus ou moins dans la prise en charge. Les participants confirment tous l'importance de la problématique, bien que la plupart pensent que le retour au travail se déroule bien pour la majorité des patients. Ils l'abordent pour la plupart avec leurs patients, cependant ceci se fait de manière peu systématique et est compliqué par le manque de connaissances sur l'impact du cancer sur le travail. Pour remédier à cela et repérer les situations à risque, ils se basent surtout sur leur expérience personnelle et sur l'évaluation avec le patient. Ils mettent en évidence la spécificité de chaque situation et la nécessité de personnaliser la discussion de ce problème, ceci fait qu'ils ont de la peine à imaginer l'utilité de guidelines ou de brochures d'information. Toutefois, les avis sont partagés, certains pointent des manques et seraient intéressés par des ressources supplémentaires.¦Conclusion : L'importance du rôle des médecins dans la problématique du travail chez les patients atteints de cancer a été prouvée dans plusieurs études. Cependant, peu d'études ont encore exploré le point de vue des médecins, ce qui rend cette étude intéressante. Celle-ci explore l'attitude des médecins en Suisse Romande, et révèle que le problème y est pris en charge de manière personnalisée, mais pas de manière systématique et que ceci pourrait potentiellement être amélioré. Dans ce but, il reste encore à définir des mesures concrètes.
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Résumé de la thèseLe présent travail analyse la notion d'autonomie en éthique biomédicale et en propose unecompréhension à partir des théories de la délibération éthique. La thèse s'articule en deux parties.La première partie consiste en l'examen de la conception de l'autonomie développée en éthiquebiomédicale. Notamment, on retrace les origines de la notion de l'autonomie du patient dans lecontexte états-unien, on analyse l'élaboration de l'autonomie sous la forme de principe éthique, etl'on considère les critiques qui lui ont été adressées. Cette première partie débouche sur la thèsesuivante: en éthique biomédicale, l'autonomie est pensée comme un outil pour la légitimation deschoix, des pratiques, ou des politiques de santé, non pas comme réflexion critique sur les raisonspour agir ou sur les conditions des choix. Le risque est que l'autonomie se réduise à un dispositif dereproduction des normes et des conditions de l'interaction, sans pour autant remettre en discussionla rationalité médicale qui prédispose les options de choix et qui justifie les pratiques et lespolitiques dans le contexte du soin. Cette conception de l'autonomie présuppose une théorie de ladélibération éthique «en troisième personne». Selon cette théorie, la délibération consiste en uneprise de distance du point de vue subjectif de l'agent, pour assumer un point de vue plus objectif: lepoint de vue d'un «spectateur» impartial. Ainsi, le but de la délibération éthique est l'élaboration deraisons morales objectives, partageables par toute personne raisonnable, pouvant générer unconsensus sur la justification des actions. Cette théorie de la délibération a une implicationimportante pour la conception de l'autonomie en éthique biomédicale: l'autonomie est représentéecomme un principe moral partageable, comme le résultat d'un processus d'abstraction réflexive.Selon une théorie de la délibération éthique différente, que l'on appelle «en première personne», onpeut apprécier la valeur de l'autonomie seulement du point de vue de l'«agent». Ainsi, l'autonomieest la véritable modalité de la délibération éthique, dont le but est la constitution de soi-même, deson intégrité et identité morale. Dans ce travail, on s'est donc demandé si et comment cette manièrede concevoir la délibération du point de vue de l'agent peut apporter quelque chose à lacompréhension de la valeur de l'autonomie personnelle en éthique biomédicale.La deuxième partie de la thèse explore deux modèles de l'autonomie en première personnedéveloppés dans le débat philosophique plus récent: le modèle «hiérarchique» et le modèle«constructiviste kantien». Les deux modèles débouchent sur une compréhension «monologique» del'autonomie, qui est centrée sur l'agent et qui ne tient pas suffisamment compte du contexterelationnel du soin. Pour apprécier la valeur de l'autonomie dans les relations intersubjectives il fautadopter une perspective différente, que l'on appelle «en deuxième personne». Selon cette théorie, ladélibération est un dialogue entre les agents et l'autonomie est issue d'une relation de respect etreconnaissance réciproque. Comme l'autonomie est toujours issue d'une relation de réciprocité,comme elle est essentiellement relationnelle, elle n'est pas une entreprise simplement singulièremais toujours et inévitablement plurielle, collective. Ainsi, l'autonomie peut représenter un idéalnon seulement personnel mais aussi public. Il s'agit d'un idéal qu'on peut adopter dans nos relationsréciproques, un idéal normatif qui nous demande d'interroger la praticabilité de l'autonomie, c'est-àdired'identifier les sources de sa vulnérabilité. Cette vulnérabilité se situe à trois niveaux: au niveaudes relations interpersonnelles, au niveau des pratiques et des institutions, et au niveau des liensd'appartenance à des communautés culturelles ou à des groupes sociaux, qui contribuent à définirles relations réciproques et donc l'exercice de l'autonomie. Ces trois sources de vulnérabilité del'autonomie se retrouvent, toutes les trois, dans le contexte du soin. Selon cette conception del'autonomie, le but de la délibération n'est ni l'élaboration des raisons objectives, ni simplement laconstitution de sa propre identité ou intégrité, quant plutôt la construction de notre monde social.Ainsi, l'autonomie est quelque chose dont on est responsables, quelque chose qui nous engage àentrer en dialogue avec l'autre comme interlocuteurs dans une communauté morale.
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RESUME La première étape primordiale au cycle de vie du Plasmodium dans un hôte mammifère est l'invasion des hepatocytes par des sporozoites. L'infection finale des hepatocytes est précédée de la traversée de plusieurs cellules hôtes, rompant les membranes plasmiques et ayant comme résultat la sécrétion des facteurs cytotoliques dans le micro-environnement. Ce matériel endogène libéré est fortement stimulant/immunogène et peut servir de signal de danger initiant des réponses distinctes dans diverses cellules. De nos jours, le caractère essentiel et salutaire de la migration des sporozoites comme étape d'infection du Plasmodium est vivement controversée. Ainsi, notre étude a visé à caractériser l'effet de l'interaction du parasite avec ses cellules hôtes d'un point de vue immunologique. En particulier, nous avons voulu évaluer l'effet de la perte de matériel cellulaire pendant l'infection de Plasmodium sur les hepatocytes primaires de souris et sur des cultures cellulaires HepG2. Nous avons observé que les facteurs cytotoxiques dérivés des cellules endommagés activent NF-κB - un important régulateur de réponse inflammatoires -dans des cellules voisines des cellules endommagés, qui sont des cellules hôtes potentielles pour l'infection finale du parasite. Cette activation de NF-κB s'est produite peu de temps après l'infection et a mené in vitro et in vivo à une réduction d'infection de façon dépendante du temps, un effet qui a pu être compensé par l'addition de BAY11-7082, un inhibiteur spécifique de NF-κB. De plus, aucune activation de NF-κB avec des parasites SPECT-/-, incapables de traverser les hepatocytes, n'a été observée. Nous avons montré parla suite que l'activation de NF-κB induit l'expression de l'enzyme iNOS dans les hepatocytes, qui est responsable d'une diminution des hepatocytes infectés. En outre, les hepatocytes primaires des souris MyD88-/- n'ont montré ni activation de NF-κB, ni expression d'iNOS lors de l'infection, ce qui suggère la participation des membres de famille du Toll/IL-1 récepteur dans la reconnaissance des facteurs cytosoxiques. En effet, le manque de MyD88 a augmenté significativement l'infection in vitro et in vivo. D'autre part, un rôle bénéfique pour l'activation de NF-κB a été évalué. Les cellules infectées étaient plus résistantes contre l'apoptose induite par Fas (CD95/Apo-1) que les cellules non infectées ou les cellules infectées dans lesquelles NF-κB a été bloqué par BAY11-7082 in vitro. Paradoxalement, l'expression d'iNOS contribue à la protection des cellules infectées contre l'apoptose pax Fas, puisque le traitement avec l'inhibiteur spécifique SMT (S-methylisothiourea) a rendu les cellules infectées plus susceptibles à l'apoptose. Un effet bénéfique additionnel pour le parasite est que la plupart des cellules hôtes traversées présentent des peptides du parasite aux cellules T cytotoxiques spécifiques et peuvent donc réorienter la réaction immune spécifique sur les cellules non infectées. Nous montrons que les cellules hôtes endommagés par la migration du parasite induit l'inflammation, qui limite l'ampleur de l'infection. D'autre part, nos données soutiennent que la survie du parasite Plasmodium dans le foie est assurée par une augmentation de la résistance des hepatocytes contre l'apoptose. SUMMARY The first obligatory step of the Plasmodium life cycle in the mammalian host is the invasion of hepatocytes by sporozoites. Final hepatocyte infection involves the penetration of several host cells, whose plasma membranes are ruptured in the process, resulting in the release of cytosolic factors into the microenvironment. This released endogenous material is highly stimulatory / immunogenic and can serve as a danger signal initiating distinct responses in various cells. To date, it is highly controversial whether sporozoite migration through hepatocytes is an essential and beneficial step for Plasmodium infection. Thus, our study aimed at characterizing the effect of the interaction of the parasite with its host cells from an immunological point of view In particular, we wanted to evaluate the effect of cell material leakage during Plasmodium infection on cultured mouse primary hepatocytes and HepG2 cells. We observed that wounded cell-derived cytosolic factors activate NF-κB - a main regulator of host inflammatory responses - in cells bordering wounded cells, which are potential host cells for final parasite infection. This activation of NF-κB occurred shortly after infection and led to a reduction of infection load in a time dependent manner in vitro and in viva, an effect that could be reverted by addition of the specific NF-κB inhibitor BAY11-7082. In addition, no NF-κB activation was observed when SPECT-/- parasites, which are devoid of hepatocyte traversing properties, were used. We provide further evidence that NF-κB activation causes the induction of inducible nitric oxide synthase (iNOS) expression in hepatocytes, and this is, in turn, responsible for a decrease in Plasmodium-infected hepatocytes. Furthermore, primary hepatocytes from MyD88-/- mice showed no NF-κB activation and iNOS expression upon infection, suggesting a role of the Toll/IL-1 receptor family members in sensing cytosolic factors. Indeed, lack of MyD88 significantly increased infection in vitro and in vivo. In a further complementary series of experiments, we assessed a possible beneficial role for the activation of NF-κB. Infected cells were more resistant to Fas (CD95/Apo-1)-mediated apoptosis than uninfected cells or infected cells in which NF-κB was blocked by BAYl1-7082 in vitro. Paradoxically, iNOS expression contributes to the protection of infected cells from Fas-induced apoptosis, since treatment with the specific iNOS inhibitor SMT (S-Methylisothiourea Sulfate) rendered the infected cells more susceptible to apoptosis. An additional beneficial effect of host cell traversal for the parasite is the fact that mainly traversed cells present parasite-derived peptides to specific cytotoxic T cells and therefore may redirect the specific immune response to uninfected cells. In summary, we have shown that host cells wounded by parasite migration induce inflammation, which limits the extent of parasite infection. In addition, our data support the notion that survival of Plasmodium parasites in the liver is mediated by increasing the resistance of hepatocytes to Fas-induced apoptosis.
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La présente thèse se propose d'étudier les fortifications connues dans le territoire d'Erétrie (île d'Eubée, Grèce), essentiellement aux époques classique et hellénistique (Ve-IIe siècles av. J.-C.). La plupart de ces constructions (forteresses de grand appareil, habitats fortifiés, enceintes de pierres sèches et tours) sont connues depuis le 19e siècle, mais ce travail constitue la première étude archéologique et historique d'ensemble qui leur est consacrée exclusivement. Bien que décrites depuis longtemps, les fortifications des campagnes grecques ont surtout été étudiées d'un point de vue architectural et historique. Cette approche a privilégié une interprétation militaire et stratégique, reliant les fortifications au sein de réseaux défensifs conçus à grande échelle et destinés à bloquer les accès et les frontières du territoire. Notre perspective est différente, puisqu'elle s'efforce de replacer chaque fortification dans la géographie antique en étudiant son interaction avec les plaines et les reliefs, les frontières, l'habitat, les voies de communication, les terres cultivables et la répartition de la population. Pour ce faire, nous avons établi une carte archéologique de l'Erétriade, conduit des prospections extensives autour des fortifications, ainsi que dans de nombreuses régions du territoire. Cette méthode permet d'aborder l'étude des fortifications rurales en adoptant des angles d'analyse différents : le premier, macro-géographique, met ainsi en valeur des caractéristiques générales, telles que la relation entre les fortifications et la capitale d'une part, les fortifications et les terres cultivables de l'autre ; au plan régional, ou micro-géographique, elle analyse la répartition des fortifications au sein de chaque district de l'Erétriade, voire des vallées ou des cantons, mettant en évidence le rôle local des ouvrages fortifiés. Au terme de cette recherche, il est apparu qu'une approche purement stratégique ou militaire ne permettait pas d'expliquer la répartition géographique des fortifications, puisque ces dernières se trouvent pour la plupart à l'intérieur du territoire et non à ses frontières. Elles ne sont pas non plus disposées de manière à pouvoir exercer une surveillance étroite sur les routes pénétrant dans la chôra ; aussi leur fonctionnement au sein d'un «réseau défensif frontalier ne peut pas être démontré. Dans l'Erétriade, la colonne vertébrale de la sécurité publique est formée par les habitats fortifiés, dèmes et kômai, complétée par l'existence de deux forteresses militaires ayant accueilli des garnisons. Placés toujours à bonne distance de la ville, puis à intervalles plus ou moins réguliers au sein du territoire, les habitats fortifiés jouent sur le plan régional le rôle de la ville : en cas d'invasion ou de danger, la population du dème ou des dèmes environnants pouvait y trouver refuge, mettant ainsi à l'abri récoltes, biens et animaux. L'apparition des fortifications territoriales correspond à l'extension maximale de l'occupation humaine, agricole et économique du territoire. Les communautés rurales qui en avaient la possibilité se dotèrent alors de fortifications, souvent sommaires, pour faire face à des menaces variées, mais surtout pour assurer leur propre sécurité et protéger un équilibre autarcique fragile. Il ne faut donc pas nécessairement attribuer la construction de fortifications à un événement historique précis, interprétation abusive courante dans l'étude des fortifications, en Grèce comme ailleurs. La fortification des habitats ruraux s'est réalisée de manière progressive, en réponse aux sentiments d'insécurité d'une population rurale toujours plus nombreuse. Faute de références littéraires et d'inscriptions, en particulier de décrets honorifiques, les forteresses et les habitats fortifiés de l'Erétriade constituent les derniers témoins de l'insécurité publique et des violences auxquelles fut confronté le territoire d'Erétrie aux époques classique et hellénistique.
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Fondée sur un corpus d'écrivains-voyageurs qui sont symptomatiques des changements importants affectant la question de l'espace dans la première moitié du XXème siècle, cette étude tire profit de la grande polyvalence de la problématique du paysage pour proposer un véritable dialogue interdisciplinaire entre littérature et philosophie. Cette perspective est largement favorisée par les écrivains eux-mêmes qui ont indiscutablement lié leur entreprise poétique à des enjeux épistémiques recoupant les préoccupations des scientifiques, médecins, géographes ou philosophes de leur temps. Un certain nombre d'interrogations nous sont apparues caractéristiques de cette période de l'histoire des voyages. Victor Segalen, Blaise Cendrars et Henri Michaux ont été particulièrement sensibles à cette angoisse d'époque liée à l'amenuisement du monde, c'est-à- dire au raccourcissement des distances entre continents suite aux développements des moyens de transport et la perte des « espaces blancs » de la carte, conséquence directe des entreprises exploratrices du XIXème siècle. A la déréliction qui s'empare du voyageur moderne face à la disparition des zones inconnues s'est ajouté l'effroi provoqué par la seconde loi thermodynamique du biologiste allemand Ernst Haeckel, qui, avec sa théorie de l'entropie, a fait craindre à plusieurs générations que la matière de l'univers tendrait vers une simplification toujours plus grande, et que le globe terrestre, à l'image du cosmos, ressemblerait peu ou prou à un immense magma de glace. Il est remarquable de constater à quel point ces trois auteurs ont développé une sorte d'outillage conceptuel commun propre à diagnostiquer cette crise et à la résoudre en élaborant une nouvelle manière de se rapporter à l'espace et de décrire le paysage. Ce nouveau paradigme qui modélise un autre type de relation à l'extérieur est solidaire de courants de pensée post-rationalistes qui de Nietzsche à Gilles Deleuze, en passant par Bergson et la phénoménologie, ont conduit à un démantèlement de la conception cartésienne de la conscience dans son rapport à l'étendue. Aux croisements de la philosophie et de la littérature se construit durant la première moitié du XXème siècle un nouveau modèle de représentation du paysage qui passe par l'élaboration de la ligne libre. Celle-ci décrit une manière de dire le réel qui ne consiste pas à en reproduire les composantes de façon fidèle, mais à tracer le mouvement énergétique par lequel le corps se rapporte à l'espace de manière dynamique et variée. Proche du terme de diagramme, exploité par Deleuze et relayé par le géographe Jean-Marc Besse, il consiste en un schème du réel qui s'élabore en cours d'expérience et ouvre sur une réalité à venir. De ce point de vue, la ligne libre définit une manière de se rapporter au réel qui remet en question les théories paysagères fondées sur Vartialisation. En prenant appui sur cette proximité d'intérêt entre une certaine philosophie et la littérature de voyage de la première moitié du XXème siècle, cette étude montre que la construction de ce nouveau paradigme permet de mettre en évidence un type de transfert peu conventionnel entre ces deux champs des sciences humaines. Car Segalen, Cendrars et Michaux n'ont pas vraiment repris aux philosophes des concepts, des syllogismes ou même des pensées, mais se sont approprié une figure dont ils ont libéré l'imaginaire sémantique. En lecteurs émerveillés de Nietzsche, ils ont surtout vu dans le voyageur Zarathoustra et dans sa manière de se déplacer dans le paysage, une façon stratégique de répondre à la crise de l'entropie. Mais si Zarathoustra incarne le mouvement de la ligne libre en lui conférant une valeur épistémique, il constitue également une figure imprégnée par la littérature de voyage et le genre de l'aventure. De ce point de vue, il apparaît que le développement de ce paradigme est redevable aussi bien de la philosophie que de la littérature de voyage et qu'une brève histoire de son élaboration révèle qu'une sémantique viatique accompagne la conception philosophique de cette ligne libre auprès des philosophes qui s'en approprient le modèle (Nietzsche, Bergson, Husserl, Heidegger, Merleau-Ponty, Deleuze).
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L'évaluation des résultats des arthroplasties totales du genou demande une évaluation du geste thérapeutique ou clinique, mais doit également tenir compte de l'impact de ce geste sur l'état de santé global du patient (somatique, psychologique, social) et intégrer son degré de satisfaction. La complexité croissante des instruments de mesure du suivi a de quoi décourager le chirurgien praticien déjà surchargé par son activité clinique quotidienne. L'apparition des scores, des études prospectives et des analyses statistiques, telles les courbes de survie, ont certainement permis une appréciation plus objective de nos résultats, tout en accroissant nos connaissances et en améliorant notre pratique quotidienne. La question aujourd'hui n'est plus de savoir si un suivi clinique de nos patients est utile, mais plutôt de choisir les bons instruments et de définir les buts de l'analyse tout en cherchant comment implanter cette démarche de manière réaliste dans nos pratiques. Les scores classiques, aussi imparfaits soient-ils, restent pour l'instant utiles. Largement diffusés à travers le monde, appliqués de manière prospective, ces outils de suivi orientés vers la clinique et la radiologie sont le fondement du suivi prospectif des implants. Au quotidien, ils permettent un suivi en temps réel des implants d'un service ou d'une institution. Cependant, leur faiblesse intrinsèque résidant dans l'inaptitude à saisir le point de vue du patient, il semble inéluctable d'y adjoindre des instruments psychométriques. Dans l'avenir, la recherche devrait se concentrer vers le développement d'outils adaptés, capables de cerner avec une plus grande précision l'attente des patients et de technologies accessibles à chaque praticien pour mesurer objectivement les capacités fonctionnelles de leurs patients avec plus d'acuité. Le développement de systèmes permettant une évaluation objective de la fonction quotidienne du patient revêt un intérêt tout particulier. Parallèlement, un effort doit être fait au niveau des sociétés spécialisées nationales et internationales pour harmoniser leurs protocoles de suivi.
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Summary Skin, and more precisely the epidermis, plays a crucial role in our survival since it constitutes our first line of defense against our environment. A subtle equilibrium between proliferation and differentiation of keratinocytes, the main epidermal cell type, provides a continous self-renewal of the epidermis, maintaining the integrity of this protective barrier. It is now well established that pertubation of the normal balance between proliferation and differentiation can induce development of several diseases including cancer. The aim of my thesis was first to characterize new genes involved in the differentiation process of keratinocytes and the formation of the epidermis. We show that cornulin, encoded by the c1orf10 gene, is a new marker of epidermal differentiation, mainly expressed in the suprabasal layers of the epidermis. Structurally, cornulin belongs to the "fused genes" protein family and contains a functional calcium-binding domain as well as two repeated sequences of 60 amino acids, the function of which remain unknown. The second part of my work aimed to identify new proteins interacting with CYLD. When mutated, CYLD is responsible for cylindromatosis, a predisposition to benign tumors of skin appendages mainly located on the scalp. CYLD is implicated in the NF-κB signalling pathway. We have identified HBO1 and p30, two nuclear proteins, as potential CYLD partners. Since CYLD was described as a negative regulator of NF-icB-mediated transcription, we have tested the putative effect of HBO1 and p30 on the regulation of this signalling pathway. We have shown that only HBO1 is able to inhibit NF-κB-mediated transactivation. The mechanism of action of HBO1 is still under investigation but our results suggest that an unknown cofactor is involved in this process. Résumé La peau est cruciale à notre survie car elle est notre première ligne de défense contre notre environnement. L'épiderme qui forme cette barrière protectrice entre le corps et l'environnement extérieur est continuellement renouvelé suite aux agressions physiques, chimiques et biologiques répétées qu'il subit. Le but de ce renouvellement étant de garantir l'intégrité de cette barrière. Le keratinocyte est le principal type cellulaire trouvé dans l'épiderme. La formation d'une barrière active dépend essentiellement de la faculté des kératinocytes à proliférer et à se différencier. Il est aujourd'hui admis que tout déséquilibre entre l'activité de prolifération et de différenciation des kératinocytes est la cause du développement de plusieurs maladies, dont certains cancers. Le but de ce travail de thèse était, dans un premier temps d'identifier ou de caractériser de nouveaux gènes impliqués dans le processus de différenciation afin de mieux comprendre la formation de l'épiderme. Noús avons ainsi démontré que la cornulin, produit du gène c1orf10, est un nouveau marqueur de la différenciation épidermique, principalement exprimé dans les couches suprabasales de l'épiderme. D'un point de vue structural, nous avons montré que cette protéine appartient à la famille des « fused gene » et qu'elle possède un domaine de liaison au calcium qui est fonctionnel et deux séquences répétées de 60 acides aminés dont la fonction est encore inconnue. La seconde partie de cette thèse était dédiée à l'étude de la cylindromatose, une prédisposition génétique à la formation de tumeurs bénignes, principalement localisées sur la tête et due à des mutations du gène CYLD. Nous avons cherché de nouvelles protéines qui interagissent avec CYLD afin de mieux caractériser les voies de signalisation impliquées dans le développement de la maladie. Nous avons ainsi identifiés deux nouveaux partenaires potentiels de CYLD ; HBO1 et p30 CYLD ayant été décrit comme un régulateur négatif de la transcription médiée par NF-κB; nous avons testé l'implication de HBO1 et p30 au niveau de cette activité transcriptionnelle. Nous montrons que seul HBO1 est capable d'inhiber la transactivation d'un gène rapporteur régulé par NF-κB. Le mécanisme d'action de HBO1 n'est pas encore connu, néanmoins nos résultats suggèrent l'intervention d'un cofacteur qui reste à déterminer.
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Introduction Le cadre conceptuel de l'analyse économique considère que l'individu prend des décisions en mettant en balance les avantages et les inconvénients que ces décisions présentent pour lui. En s'appuyant sur ses préférences et en intégrant ses contraintes (matérielles, physiques, externes, etc.), il choisit d'effectuer ou non une action, d'adopter ou pas un comportement, de façon à ce que les conséquences de ses choix maximisent sa satisfaction. Le fait qu'un individu adopte un certain comportement révèle donc le caractère positif pour lui des conséquences de ce comportement. C'est le postulat méthodologique de rationalité du consommateur, fondement de toute analyse économique. L'adoption par un individu d'un comportement qui implique un risque pour son bien-être physique ou mental suit le même schéma d'analyse. Il résulte d'un arbitrage inter temporel entre la satisfaction que procure ce comportement et le coût du risque associé. Ce risque se définit par la combinaison de la probabilité d'occurrence de l'événement redouté avec la gravité de ses conséquences. En adoptant un comportement à risque, l'individu révèle donc que ce comportement a pour lui un impact net positif. Certains comportements à risque, comme la consommation de tabac et, plus largement, de psychotropes, engendrent une dépendance à même de brider le libre-arbitre du consommateur. Un individu peut être amené à consommer un produit alors même que sa raison lui dicte de ne pas le faire. Ces comportements ont longtemps été considérés par les économistes comme extérieurs au champ d'analyse de leur discipline, la dépendance paraissant antinomique avec le concept de rationalité du consommateur. Par son modèle de dépendance rationnelle, Gary Stanley Becker prend le contre-pied de cette approche en montrant qu'un comportement de dépendance pouvait parfaitement s'expliquer par la maximisation de la fonction de satisfaction d'un individu rationnel et informé. Il postule que les consommateurs de stupéfiants sont conscients des conséquences futures de leurs décisions présentes, tant du point de vue de leur santé que de celui de la dépendance. Dans ce modèle, la dépendance implique deux effets le renforcement et la tolérance. Le renforcement signifie que plus un bien a été consommé dans le passé, plus l'augmentation de sa consommation courante est valorisée. En d'autres termes, l'utilité marginale de la consommation courante augmente avec la consommation antérieure. La tolérance traduit le fait qu'un individu habitué à la consommation d'un bien tirera d'une consommation donnée une satisfaction inférieure par rapport à un individu qui a peu consommé par le passé. Dans l'exemple du tabagisme, l'effet de renforcement implique qu'un grand fumeur ressent une forte envie de fumer, mais que plus il a fumé dans le passé, plus le plaisir qu'il ressent en fumant une quantité donnée de cigarettes diminue. Le premier effet explique le phénomène de manque et le second explique pourquoi la satisfaction qu'un fumeur retire de sa consommation de cigarettes tend à diminuer avec le temps. Selon Becker, l'individu choisit de devenir dépendant : il sait que sa consommation présente de cigarettes contraint ses choix futurs et il détermine au départ sa consommation sur l'ensemble de sa vie. Cependant, ce modèle n'est pas compatible avec les regrets exprimés par de nombreux fumeurs et les tentatives infructueuses de sevrage souvent concomitantes. Un fumeur qui anticiperait parfaitement le phénomène de dépendance arrêterait de fumer à la date voulue, à sa première tentative. Partant de ce constat, Athanasios Orphanides a construit un modèle dans lequel les fumeurs peuvent se retrouver prisonniers de leur consommation par des anticipations imparfaites du pouvoir addictif du tabac. Leur théorie suppose que les individus ne sont pas tous sujets de la même manière à la dépendance, que chacun a une perception subjective de son risque de dépendance et que cette perception évolue constamment durant la période de consommation du bien addictif. Dans ce contexte, un individu qui maximise des préférences stables, mais qui sous-estime le potentiel addictif d'un produit peut devenir dépendant par accident et regretter ensuite cette dépendance. Le modèle de Becker ou celui d'Orphanides ont des conséquences très différentes sur l'action régulatrice que doit ou non jouer l'État sur le marché d'un bien addictif. Si, comme Becker, on considère que les consommateurs sont rationnels et parfaitement informés des conséquences de leurs actes, l'action du régulateur devrait se limiter à l'internalisation du coût externe que les fumeurs font peser sur la société. Si le fumeur est conscient du risque qu'il prend et que pour lui le plaisir qu'il retire de cette consommation dépasse le déplaisir engendré par ses conséquences, une intervention du régulateur reposerait sur une base paternaliste, l'État posant alors un jugement de valeur sur les préférences des individus. En revanche, si on considère, comme dans la modélisation d'Orphanides, que les fumeurs sous-estiment le phénomène de dépendance lorsqu'ils décident de se mettre à fumer, un marché non régulé conduit à une consommation supérieure à celle qui prévaudrait en information parfaite. Certains fumeurs peuvent ainsi se retrouver accrochés à leur consommation de tabac, sans que cela ait été leur but. Dans cette perspective, l'État est légitimé à intervenir par des politiques de lutte contre le tabagisme, afin de compenser les erreurs d'anticipation des individus. Cette thèse propose d'appliquer les outils de l'analyse économique à des problématiques de santé publique dans le domaine des comportements à risque et en particulier du tabagisme. Elle a pour finalité d'apporter de nouveaux éléments de connaissance permettant d'éclairer certains choix de régulation dans ce domaine. Le premier chapitre est une analyse coût-efficacité des thérapies médicamenteuses de soutien à la désaccoutumance tabagique. Comme nous l'avons vu plus haut, certains fumeurs se trouvent piégés dans leur consommation par le phénomène de dépendance et ont des difficultés à arrêter de fumer. Ces dernières années, plusieurs médicaments de soutien au fumeur en phase de sevrage ont fait leur apparition. Parmi eux, on compte des substituts nicotiniques sous forme de gomme, patch, spray ou inhalateur, mais aussi un antidépresseur ne contenant pas de nicotine. Ces traitements présentent des efficacités et des coûts différents. L'évaluation économique en santé permet de calculer un indicateur unique d'efficience qui synthétise l'efficacité d'un traitement et son coût. Cette méthode permet de comparer différents types de prises en charge médicales d'une même pathologie, mais aussi de comparer des interventions thérapeutiques dans des domaines différents. Nous développons un modèle de Markov pour estimer le gain en année de vie d'une stratégie de prévention du tabagisme. Ce modèle permet de simuler le devenir d'une cohorte de fumeurs en fonction du type de soutien à la désaccoutumance qui leur est proposé. Sur cette base, nous calculons le coût par année de vie gagnée de chaque type d'intervention. Les résultats permettent de classer les cinq types de prise en charge selon leur efficience, mais aussi de les comparer à d'autres interventions de prévention dans des domaines différents. Le deuxième chapitre traite des corrélations entre le niveau de formation des individus et leur consommation de tabac. Sur un plan épidémiologique, on constate que les personnes qui atteignent un niveau de formation plus élevé ont une propension à fumer plus faible que les autres. Peut-on en conclure qu'il existe une relation causale inverse entre formation et tabagisme ? Sous l'angle de la théorie économique, il existe deux principales hypothèses à même d'expliquer cette corrélation. La première hypothèse repose sur le modèle de capital santé développé par Michael Grossman au début des années 1970. Dans ce modèle, l'individu dispose d'un stock de santé qui se déprécie avec le temps. Ce stock peut être augmenté grâce à des dépenses en soins médicaux ou à des investissements en temps consacré à l'amélioration de sa santé. La formation a pour effet d'augmenter l'efficacité des investissements en santé. Dans le cas du tabac, Grossman considère que des individus mieux formés auront une meilleurs information sur les méfaits du tabac sur la santé, ce qui tendra à diminuer leur consommation de tabac. La seconde hypothèse ne considère pas un lien causal entre la formation et la santé, mais repose sur l'existence d'une tierce variable qui influencerait parallèlement, et dans un sens opposé, le niveau de formation et la propension à fumer. Cette tierce variable est le taux de préférence pour le présent. Pour un individu fortement tourné vers le présent, l'investissement en temps de formation a un coût relativement élevé dans la mesure où il doit sacrifier du revenu aujourd'hui pour obtenir un revenu plus élevé demain. Parallèlement, il pondère moins fortement la santé future et a donc une plus forte propension à fumer. Nous développons une méthode économétrique qui permet de séparer l'effet de causalité de l'effet de sélection. Le troisième chapitre traite du rôle des interactions sociales dans les comportements à risque des adolescents. La théorie économique considère que chaque individu définit seul ses choix de consommation en maximisant sa fonction d'utilité. Cela ne signifie pas pour autant qu'il soit insensible aux influences extérieures, notamment au comportement de son entourage. Dans certaines situations et pour certains produits, l'utilité que procure la consommation d'un bien est corrélée avec le nombre de personnes qui consomment ce même bien dans l'entourage. En d'autres termes, la consommation des autres, augmente la valeur que l'on attribue à un bien. Ce mécanisme est souvent appliqué à l'analyse des comportements à risque des adolescents et du rôle que peut y jouer le groupe des pairs. Si cet impact est bien connu du point de vue théorique, il est beaucoup plus difficile de le quantifier sur un plan empirique. Pour identifier cet effet, nous développons une méthodologie économétrique, originale dans ce contexte, qui permet de séparer l'effet individuel de l'effet d'influence des pairs dans l'adoption d'un comportement à risque. Nous appliquons cette méthode aux trois comportements à risque que sont la consommation de tabac, d'alcool et de cannabis chez les adolescents.