Integrating receptor interactions and dynamics and Interference with endocrine disruptors in the mechanisms of action of PPAR nuclear receptors

Abstract Peroxisome Proliferator-Activated Receptors (PPARs) form a family of three nuclear receptors regulating important cellular and metabolic functions. PPARs control gene expression by directly binding to target promoters as heterodimers with the Retinoid X Receptor (RXR), and their transcriptional activity is enhanced upon activation by natural or pharmacological ligands. The binding of PPAR/RXR heterodimers on target promoters allows the anchoring of a series of coactivators and corepressors involved in promoter remodeling and the recruitment of the transcription machinery. The transcriptional output finally depends on a complex interplay between (i) the respective expression levels of PPARs, RXRs and of other nuclear receptors competing for DNA binding and RXR recruitment, (ii) the availability and the nature of PPAR and RXR ligands, (iii) the expression levels and the nature of the different coactivators and corepressors and (iv) the sequence and the epigenetic status of the promoter. Understanding how all these factors and signals integrate and fine-tune transcription remains a challenge but is necessary to understand the specificity of the physiological functions regulated by PPARs. The work presented herein focuses on the molecular mechanisms of PPAR action and aims at understanding how the interactions and mobility of the receptor modulate transcription in the physiological context of a living cell: Such observations in vivo rely on the use of engineered fluorescent protein chimeras and require the development and the application of complementary imaging techniques such as Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP), Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET) and Fluorescence Correlation Spectroscopy (FCS). Using such techniques, PPARs are shown to reside solely in the nucleus where they are constitutively associated with RXR but transcriptional activation by ligand binding -does not promote the formation of sub-nuclear structures as observed with other nuclear receptors. In addition, the engagement of unliganded PPARs in large complexes of cofactors in living cells provides a molecular basis for their ligand-independent activity. Ligand binding reduces receptor diffusion by promoting the recruitment of coactivators which further enlarge the size of PPAR complexes to acquire full transcriptional competence. Using these molecular approaches, we deciphered the molecular mechanisms through which phthalates, a class of pollutants from the plastic industry, interfere with PPARγ signaling. Mono-ethyl-hexyl-phthalate (MEHP) binding induces the recruitment of a specific subset of cofactors and translates into the expression of a specific subset of target genes, the transcriptional output being strongly conditioned by the differentiation status of the cell. This selective PPARγ modulation induces limited adipogenic effects in cellular models while exposure to phthalates in animal models leads to protective effects on glucose tolerance and diet-induced obesity. These results demonstrate that phthalates influence lipid and carbohydrate metabolism through complex mechanisms which most likely involve PPARγ but also probably PPARα and PPARß, Altogether, the molecular and physiological demonstration of the interference of pollutants with PPAR action outlines an important role of chemical exposure in metabolic regulations. Résumé Les PPARs (Peroxisome Proliferator-Activated Receptors) forment une famille de récepteurs nucléaires qui régulent des fonctions cellulaires et métaboliques importantes. Les PPARs contrôlent l'expression des gènes en se liant directement à leurs promoteurs sous forme d'hétérodimères avec les récepteurs RXR (Retinoid X Receptor), et leur activité transcriptionnelle est stimulée par la liaison de ligands naturels ou pharmacologiques. L'association des hétérodimères PPAR/RXR avec les promoteurs des gènes cibles permet le recrutement de coactivateurs et de corépresseurs qui vont permettre le remodelage de la chromatine et le recrutement de la machinerie transcriptionnelle. Les actions transcriptionnelles du récepteur dépendent toutefois d'interactions complexes qui sont régulées par (i) le niveau d'expression des PPARs, des RXRs et d'autres récepteurs nucléaires entrant en compétition pour la liaison à l'ADN et l'association avec RXR, (ii) la disponibilité et la nature de ligands de PPAR et de RXR, (iii) les niveaux d'expression et la nature des différents coactivateurs et corépresseurs et (iv) la séquence et le marquage épigénétique des promoteurs. La compréhension des mécanismes qui permettent d'intégrer ces aspects pour assurer une régulation fine de l'activité transcriptionnelle est un défi qu'il est nécessaire de relever pour comprendre la spécificité des fonctions physiologiques régulées par les PPARs. Ce travail concerne l'étude des mécanismes d'action moléculaire des PPARs et vise à mieux comprendre comment les interactions du récepteur avec d'autres protéines ainsi que la mobilité de ce dernier régulent son activité transcriptionnelle dans le contexte physiologique des cellules vivantes. De telles observations reposent sur l'emploi de protéines fusionnées à des protéines fluorescentes ainsi que sur le développement et l'utilisation de techniques d'imagerie complémentaires telles que le FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching), le FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer) ou la FCS (Fluorescence Corrélation Spectroscopy). En appliquant ces méthodes, nous avons pu montrer que les PPARs résident toujours dans le noyau où ils sont associés de manière constitutive à RXR, mais que l'ajout de ligand n'induit pas la formation de structures sub-nucléaires comme cela a pu être décrit pour d'autres récepteurs nucléaires. De plus, les PPARs sont engagés dans de larges complexes protéiques de cofacteurs en absence de ligand, ce qui procure une explication moléculaire à leur activité ligand-indépendante. La liaison du ligand réduit la vitesse de diffusion du récepteur en induisant le recrutement de coactivateurs qui augmente encore plus la taille des complexes afin d'acquérir un potentiel d'activation maximal. En utilisant ces approches moléculaires, nous avons pu caractériser les mécanismes permettant aux phtalates, une classe de polluants provenant de l'industrie plastique, d'interférer avec PPARγ. La liaison du mono-ethyl-hexyl-phtalate (NERF) à PPARγ induit un recrutement sélectif de cofacteurs, se traduisant par l'induction spécifique d'un sous-ensemble de gènes qui varie en fonction du niveau de différentiation cellulaire. La modulation sélective de PPARγ par le MEHP provoque une adipogenèse modérée dans des modèles cellulaires alors que l'exposition de modèles animaux aux phtalates induit des effets bénéfiques sur la tolérance au glucose et sur le développement de l'obésité. Toutefois, les phtalates ont une action complexe sur le métabolisme glucido-lipidique en faisant intervenir PPARγ mais aussi probablement PPARα et PPARß. Cette démonstration moléculaire et physiologique de l'interférence des polluants avec les récepteurs nucléaires PPAR souligne un rôle important de l'exposition à de tels composés dans les régulations métaboliques.

Use of DNA profiles for investigation using a simulated national DNA database: Part II. Statistical and ethical considerations on familial searching.

Familial searching consists of searching for a full profile left at a crime scene in a National DNA Database (NDNAD). In this paper we are interested in the circumstance where no full match is returned, but a partial match is found between a database member's profile and the crime stain. Because close relatives share more of their DNA than unrelated persons, this partial match may indicate that the crime stain was left by a close relative of the person with whom the partial match was found. This approach has successfully solved important crimes in the UK and the USA. In a previous paper, a model, which takes into account substructure and siblings, was used to simulate a NDNAD. In this paper, we have used this model to test the usefulness of familial searching and offer guidelines for pre-assessment of the cases based on the likelihood ratio. Siblings of "persons" present in the simulated Swiss NDNAD were created. These profiles (N=10,000) were used as traces and were then compared to the whole database (N=100,000). The statistical results obtained show that the technique has great potential confirming the findings of previous studies. However, effectiveness of the technique is only one part of the story. Familial searching has juridical and ethical aspects that should not be ignored. In Switzerland for example, there are no specific guidelines to the legality or otherwise of familial searching. This article both presents statistical results, and addresses criminological and civil liberties aspects to take into account risks and benefits of familial searching.

Functional and molecular evolutionary analysis of the "Brevix Radix" gene family in mono-and dicotyledonous plants

ABSTRACTIn contrast to animals, plants cannot move from their place of birth and, therefore, need to adapt to their particular habitat in order to survive. Thus, plant development is remarkably plastic, making plants an ideal system for the isolation of genes that account for intraspecific natural variation and possibly environmental adaptation. However, to date, this approach mostly identified null alleles and missed mutations with subtle effects. For instance, BREVIS RADIX (BRX) has been isolated as a key regulator of root growth through a naturally occurring loss-of-function allele in the Arabidopsis thaliana accession Uk-1 and is the founding member of a highly-conserved plant-specific gene family.In this work, we show that a strong selective pressure is acting on the BRX gene family and dates back before the monocot-dicot divergence. However, functional diversification is observed mainly in dicotyledon BRX family genes and is correlated with acceleration in the evolutionary rates in the N-terminal regions. Population genetic data revealed that BRX is highly conserved across Arabidopsis accessions and presents signatures of adaptation. Interestingly, a seven amino acid deletion polymorphism in BRX sequence was found in a few accessions, which seems to be responsible for their enhanced primary root growth. Nevertheless, BRX might not only be active in the root, as suggested by its expression in the shoot. Indeed, leaves and cotyledons of brx mutants are significantly smaller than wild- type. This phenotype is a direct consequence of the absence of BRX function in the shoot rather than an indirect effect of an altered root system growth. Interestingly, cotyledons of brx plants reflect the same physiological defects as the root. Moreover, phenotypes in BRX gain-of-function plants, such as epinastic leaves and increased epidermal cell size, could be associated with an increase in leaf brassinosteroid content.Collectively, these results indicate that BRX contributes to local adaptation by ubiquitously regulating plant growth, probably through the modulation of brassinosteroid biosynthesis.RÉSUMÉContrairement à la plupart des animaux, les plantes ne peuvent se mouvoir et doivent ainsi s'adapter à leur environnement pour survivre. Pour cette raison, elles représentent un système idéal pour l'identification de gènes contribuant à la variation naturelle intra- spécifique, ainsi qu'à l'adaptation. Cependant, cette approche a, jusqu'à présent, surtout permis d'isoler des allèles nuls et non des mutations conférant des effets plus subtiles. C'est le cas du gène Β REVIS RADIX (BRX), un régulateur clé de la croissance racinaire, qui a été identifié grâce à un allèle non-fonctionnel présent dans l'accession naturelle d'Arabidopsis thaliana Uk-1. BRX et ses homologues des plantes mono- et dicotylédones forment une famille très conservée et spécifique aux plantes.Dans ce travail, nous démontrons que la famille de gènes BRX est soumise à une forte pression de sélection qui remonte avant la divergence entre mono- et dicotylédones. Cependant, une diversification fonctionnelle a été observée chez les gènes des dicotylédones et corrèle avec une accélération de la vitesse d'évolution dans leur région N- terminale. Une analyse génétique de différentes accessions naturelles d'Arabidopsis a révélé que BRX est hautement conservé et présente des signatures d'adaptation. Remarquablement, un polymorphisme de délétion de sept acides aminés a été détecté dans quelques accessions et a pour conséquence une plus forte croissance de la racine primaire. Néanmoins, il semble que le rôle de BRX ne se limite pas qu'à la racine, comme indiqué par son expression dans les parties aériennes de la plante. En effet, les mutants brx présentent des cotylédons et des feuilles significativement plus petits que le type sauvage, une conséquence directe de l'absence d'activité de BRX dans ces organes. Nous avons aussi noté que les cotylédons des mutants brx, à l'instar des racines, ont une perception altérée de l'auxine et peuvent être complémentés par l'application exogène de brassinostéroïdes. De plus, dans des plantes présentant un gain de fonction BRX, les feuilles sont épinastiques et les cellules de leur épiderme plus grandes. Ces phénotypes sont accompagnés d'une augmentation de la concentration de brassinostéroïdes dans les feuilles. Conjointement, ces résultats démontrent que BRX contribue à une adaptation locale de la plante par la régulation générale de sa croissance, probablement en modulant la biosynthèse des brassinostéroïdes.

Apport de la psychanalyse en oncogénétique prédictive

La médecine prédictive évalue la probabilité que des personnes portant des mutations génétiques constitutionnelles puissent développer une maladie donnée, comme par exemple une tumeur maligne (oncogénétique). Dans le cas des prédispositions génétiques au cancer, des mesures particulières de surveillance et de prévention sont discutées en fonction de l'évaluation des risques et des résultats de l'analyse génétique, y compris certains traitements préventifs allant, à l'extrême, jusqu'à l'intervention chirurgicale prophylactique (ex : mastectomie et/ou ovariectomie). Cette étude est basée sur une interprétation psychanalytique du récit de sujets ayant entrepris une démarche en oncogénétique et vise à analyser l'impact psychique : a) du résultat de l'analyse génétique et b) de la construction de l'arbre généalogique. Elle a été conduite dans l'Unité d'oncogénétique et de prévention des cancers (UOPC) du Service d'oncologie des Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG). L'UOPC assure des consultations de conseil génétique spécialisé pour les personnes ayant des antécédents personnels et/ou familiaux de maladies tumorales suggestifs de l'existence de prédispositions génétiques au cancer. La population de cette étude comprend 125 sujets suivis lors des différentes étapes du dépistage, pour un total de 289 consultations et 50 entretiens individuels. Cette recherche montre que les sujets asymptomatiques réélaborent de façon personnelle, soit le résultat génétique (négatif ou positif), soit l'acte de prédiction. En revanche, ceux qui ont développé un cancer expriment des sentiments d'angoisse, comme s'ils subissaient les effets d'un destin inéluctable qui s'est effectivement réalisé. Par ailleurs, l'arbre généalogique est réinterprété de façon personnelle, laissant apparaître des aspects refoulés ou niés qui peuvent resurgir. Lorsque d'autres membres de la famille sont sollicités pour préciser les liens génétiques et/ou être soumis en première intention à l'analyse génétique, le sujet exprime sa difficulté de dépendre d'autres personnes pour connaître son propre statut biologique. D'une façon générale, on constate que là où la médecine prédictive réalise son acte de prévision, le sujet répond de façon imprévisible. Dans l'optique de la psychanalyse, cette imprévisibilité est liée aux aspects du « désir inconscient ». Cette étude montre aussi qu'on ne peut pas considérer le dépistage génétique comme étant la cause directe du traumatisme. L'effort doit porter sur le fait que le sujet puisse se réapproprier ce qui lui arrive, et exprimer progressivement sa souffrance spécifique en jeu dans le processus de prédiction pour créer un écart entre la vérité médicale et la sienne. L'espace de la parole devient ainsi le lieu d'un travail privilégié. La psychanalyse opère donc pour que le résultat génétique se détache de l'acte de prédiction, c'est-à-dire qu'il redevienne un moment de la vie du sujet qui puisse s'articuler comme sa propre histoire personnelle. The aim of predictive medicine is to assess the probability that individuals carrying germ-line mutations will develop certain diseases, for instance cancer (oncogenetics). In predictive oncology, particular surveillance and prevention measures are discussed with these patients in relation to risk assessment and results of genetic testing, including preventive care which can, in extremes cases, lead to prophylactic surgery (i.e. mastectomy and/or ovariectomy). This study is based on a psychoanalytic interpretation of subjects' narration of the oncogenetic process and aims at analyzing the psychological impact of a) genetic testing and b) the construction of the family tree. It was carried out at the Oncogenetics and cancer prevention unit (Unité d'oncogénétique et de prévention des cancers) from the Geneva University Hospitals (Hôpitaux Universitaires de Genève, HUG) which organizes genetic counselling for individuals having personal and/or family history suggestive of genetic predisposition to cancer. The study population comprises 125 patients followed during the successive steps of genetic counselling, for a total of 289 consultations and 50 personal interviews. This research shows that asymptomatic subjects re-elaborate in a personal way either the results of genetic testing (negative or positive) or the act of prediction. Conversely, those having developed cancer express feelings of anguish, as if they were undergoing the effects of a destiny which effectively happened. Its sight remains a difficult step of the oncogenetic process, as psychological aspects which were repressed or denied can re-appear. When some family members are solicited to help reconstructing the genetic relationships, sometimes being themselves submitted first to genetic testing, the study subject expresses the difficulty to depend on other persons to learn more about his own biological status. In this study, we observe that, in parallel to predictions delivered by the process of predictive medicine, the subject actually answers unpredictably. With a psychoanalytic perspective, this unpredictability is related to an "unconscious desire". We also find that we cannot consider that genetic screening is a direct cause of psychological trauma. Our efforts must rely on allowing the subject to re-appropriate himself what is happening, to let him progressively express his own suffering of the prediction in order to create a gap between the medical reality and his own. In this process, "speech" is needed to let this happening. Psychoanalysis works in such a way that the genetic testing's result becomes distinct from the act of prediction, a moment of the subject's life expressed as his own personal history.

Extended family structure in the ant Formica paralugubris: the role of the breeding system

In populations of various ant species, many queens reproduce in the same nest (polygyny), and colony boundaries appear to be absent with individuals able to move fi eely between nests (unicoloniality). Such societies depart strongly from a simple family structure and pose a potential challenge to kin selection theory, because high queen number coupled with unrestricted gene flow among nests should result in levels of relatedness among nestmates close to zero. This study investigated the breeding system and genetic structure of a highly polygynous and largely unicolonial population of the wood ant Formica paralugubris. A microsatellite analysis revealed that nestmate workers, reproductive queens and reproductive males (the queens' mates) are all equally related to each other, with relatedness estimates centring around 0.14. This suggests that most of the queens and males reproducing in the study population had mated within or close to their natal nest, and that the queens did not disperse far after mating. We developed a theoretical model to investigate how the breeding system affects the relatedness structure of polygynous colonies. By combining the model and our empirical data, it was estimated that about 99.8% of the reproducing queens and males originated from within the nest, or from a nearby nest. This high rate of local mating and the rarity of long-distance dispersal maintain significant relatedness among nestmates, and contrast with the common view that unicoloniality is coupled with unrestricted gene flow among nests.

Aspects juridiques de l'assainissement (cadre, outils et responsabilité) - Aspects pratiques du droit de l'entreprise

Contribution consécutive au séminaire organisé par le CEDIDAC sur le thème Aspects pratiques du droit de l'entreprise, le 3 février 2009

Update on basic and clinical aspects of eosinophilic oesophagitis.

The identification of a distinct syndrome, designated eosinophilic oesophagitis (EoE), with its own clinical and histopathological characteristics, was first described in the early 1990s. Meanwhile intense research has uncovered many molecular, immunological and clinical aspects of this chronic-inflammatory disorder. This article focuses exclusively on basic and clinical insights of EoE gathered during the last few years. Regarding aetiopathogenesis it has become clear that EoE is a food-triggered disease with milk and wheat as the dominant culprit food categories. However, it is still debated whether a disturbed mucosal integrity allowing allergens to cross the mucosal barrier, or changes in wheat and milk manufacturing might induce these inflammatory responses. Furthermore, basic science and clinical studies have accordingly confirmed that a chronic eosinophilic inflammation leads to a remodelling of the oesophagus with micro- and macro-morphological alterations, ending in a strictured oesophagus with impaired function. Fortunately, long-term therapeutic trials, using either topical corticosteroids or dietary allergen avoidance, have demonstrated that this sequela can be prevented or even reversed. This finding is of clinical relevance as it supports the initiation of a consistent anti-inflammatory therapy. Nevertheless, EoE is still an enigmatic disease and the long list of unanswered questions will certainly stimulate further research.

La maladie de Fabry chez l'adulte: aspects cliniques et progrès thérapeutiques [Fabry disease in adulthood: clinical aspects and therapeutic progress].

INTRODUCTION: Fabry disease is an X-linked recessive abnormality of glycosphingolipid metabolism that is due to deficiency of the lysosomal enzyme alpha-galactosidase A. CURRENT KNOWLEDGE AND KEY POINTS: A majority of hemizygous men develop severe multisystemic disease (classic form), dominated by renal failure, progressive neurological and cardiac involvement. Nevertheless, some affected men retain sufficient enzyme activity and long remain asymptomatic (atypical form); their main manifestation is hypertrophic cardiomyopathy. Female heterozygous carriers are usually asymptomatic; 15% of them, however, have severe involvement of one or several organs. Laboratory, histologic and molecular diagnosis identifies 100% of hemizygous and over 80% of heterozygous subjects. FUTURE PROSPECTS AND PROJECTS: With developments in molecular genetics, it is now possible to produce the human recombinant enzyme alpha-galactosidase A. Two recent studies had proven that this therapeutic approach was able to be clinically and histologically effective in men. In addition, the results of a trial of gene therapy in a Fabry gene knocked-out mouse appear promising.

Inter-informant agreement and prevalence estimates for mood syndromes: Direct interview vs. family history method.

BACKGROUND: The use of the family history method is recommended in family studies as a type of proxy interview of non-participating relatives. However, using different sources of information can result in bias as direct interviews may provide a higher likelihood of assigning diagnoses than family history reports. The aims of the present study were to: 1) compare diagnoses for threshold and subthreshold mood syndromes from interviews to those relying on information from relatives; 2) test the appropriateness of lowering the diagnostic threshold and combining multiple reports from the family history method to obtain comparable prevalence estimates to the interviews; 3) identify factors that influence the likelihood of agreement and reporting of disorders by informants. METHODS: Within a family study, 1621 informant-index subject pairs were identified. DSM-5 diagnoses from direct interviews of index subjects were compared to those derived from family history information provided by their first-degree relatives. RESULTS: 1) Inter-informant agreement was acceptable for Mania, but low for all other mood syndromes. 2) Except for Mania and subthreshold depression, the family history method provided significantly lower prevalence estimates. The gap improved for all other syndromes after lowering the threshold of the family history method. 3) Individuals who had a history of depression themselves were more likely to report depression in their relatives. LIMITATIONS: Low proportion of affected individuals for manic syndromes and lack of independence of data. CONCLUSIONS: The higher likelihood of reporting disorders by affected informants entails the risk of overestimation of the size of familial aggregation of depression.

APRIL, a new ligand of the tumor necrosis factor family, stimulates tumor cell growth.

Members of the tumor necrosis factor (TNF) family induce pleiotropic biological responses, including cell growth, differentiation, and even death. Here we describe a novel member of the TNF family designated APRIL (for a proliferation-inducing ligand). Although transcripts of APRIL are of low abundance in normal tissues, high levels of mRNA are detected in transformed cell lines, and in human cancers of colon, thyroid, and lymphoid tissues in vivo. The addition of recombinant APRIL to various tumor cells stimulates their proliferation. Moreover, APRIL-transfected NIH-3T3 cells show an increased rate of tumor growth in nude mice compared with the parental cell line. These findings suggest that APRIL may be implicated in the regulation of tumor cell growth.

The effect of recalled previous work environment on return to work after a rehabilitation program including vocational aspects for trauma patients.

INTRODUCTION: The aim of the present study was to assess the association between remembered previous work place environment and return to work (RTW) after hospitalisation in a rehabilitation hospital. METHODS: A cohort of 291 orthopedic trauma patients discharged from hospital between 15 December 2004 and 31 December 2005 was included in a study addressing quality of life and work-related questions. Remembered previous work environment was measured by Karasek's 31-item Job Content Questionnaire (JCQ), given to the patients during hospitalisation. Post-hospitalisation work status was assessed 3 months, 1, and 2 years after discharge, using a questionnaire sent to the ex-patients. Logistic regression models were used to test the role of four JCQ variables on RTW at each time point while controlling for relevant confounders. RESULTS: Subjects perceiving a higher physical demand were less likely to return to work 1 year after hospital discharge. Social support at work was positively associated with RTW at all time points. A high job strain appeared to be positively associated with RTW 1 year after rehabilitation, with limitations due to large confidence intervals. CONCLUSIONS: Perceptions of previous work environment may influence the probability of RTW. In a rehabilitation setting, efforts should be made to assess those perceptions and, if needed, interventions to modify them should be applied.

Effectiveness of a pediatric palliative home care team as experienced by parents and health care professionals.

OBJECTIVES: Little data are available on palliative home care for children. The objective of this study was to evaluate the effectiveness of a specialized pediatric palliative home care team (PPHCT) as experienced by parents and health care professionals (HCPs). METHODS: Parents and HCPs involved in the care of terminally ill children who died and whom the PPHCT was in charge of were surveyed with questionnaires focusing on satisfaction with the PPHCT, satisfaction with the course of the dying phase, and the development of anxiety, depression, and prolonged grief disorder. RESULTS: Forty-three parent dyads participated (return rate, 88%). Satisfaction with the PPHCT scored a median of 10 (numeric rating scale, 0-10). The child's death was predominantly experienced as very peaceful (median, 9); 71% died at home. According to parents, involvement of the PPHCT led to highly significant (p<0.001) improvements in the children's symptoms and quality of life, as well as in aspects of communication and administrative barrier reduction. Anxiety was detected in 25% of parents, depression in 19%, and prolonged grief disorder in 13%. HCPs (return rate, 83%) evaluated all investigated care domains (particularly cooperation/communication/family support) as being significantly improved (p<0.001). Thirty-five percent of HCPs felt uncertain concerning pediatric palliative care; 79% would welcome specific training opportunities. CONCLUSIONS: Involvement of a PPHCT is experienced as a substantial improvement of care by parents and HCPs. Coordination of palliative care during the last phase of life appears to be an important quality factor for the home care of dying children and their families.

Excision of the Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) and its crucial role in the horizontal transfer of methicillin resistance in staphylococci.

Staphylococcus aureus est un pathogène humain majeur ayant développé des résistances contre la quasi totalité des antibiotiques disponibles, incluant la très importante famille des β- lactamines. La résistance à cette classe d'antibiotiques est conférée par la « Staphylococcal Cassette Chromosome mec » (SCCmec), qui est un élément génétique mobile capable de s'insérer dans le chromosome bactérien et capable d'être transféré horizontalement chez d'autres staphylocoques. Le mécanisme moléculaire impliqué dans ce transfert horizontal demeure largement inconnu. L'une des premières étapes du transfert est l'excision du SCC mec du chromosome bactérien. Cette excision est promue par des enzymes codées par l'élément SCCmec lui- même et appelées de ce fait « Cassette Chromosome Recombinases » (Ccr). L'un des buts de ce travail de thèse a été de comprendre la régulation de l'expression des gènes codant pour les Ccr recombinases. En utilisant des outils moléculaires originaux, nous avons été en mesure de démontrer en premier lieu que les Ccr recombinases étaient exprimées de façon « bistable », c'est à dire qu'uniquement quelques pourcents de cellules dans une population exprimaient ces gènes à un temps donné. Dans un deuxième temps, nous avons également démontré que l'expression de ces gènes était régulée par des facteurs étrangers au SCC mec. L'expression bistable des recombinases est un concept important. Effectivement, cela permet à la majorité des cellules d'une population de conserver l'élément SCC mec, alors que seulement une petite fraction le perd afin de le rendre disponible pour un transfert. Ainsi, alors que l'élément SCC mec continue de se propager avec la multiplication des bactéries Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM), il peut être simultanément transmis à des souches susceptibles (Staphylococcus aureus susceptible à la méticilline, SASM), entraînant l'apparition de nouveaux SARM. De façon très intéressante, le fait que cette bistabilité est contrôlée par les bactéries, et non le SCCmec lui-même, montre que la décision de transférer ou non la cassette SCC mec appartient à la bactérie. En conséquence, il doit exister dans la nature des souches qui sont plus ou moins aptes à effectuer ce transfert. En nous appuyant sur ces observations, nous avons montré que l'excision du SCC mec était effectivement régulée de façon très étroite au cours de la division cellulaire, et ne se passait que pendant un temps limité au début de la croissance. Ce résultat est compatible avec une régulation génétique commandée par la densité cellulaire, qui pourrait être dépendante de la production de signaux extracellulaires, du type que l'on rencontre dans le quorum sensing. Les signaux hypothétiques entraînant l'excision du SCC mec restent inconnus à l'heure actuelle. La connaissance de ces signaux pourrait se révéler très importante afin de développer des stratégies pour interférer avec la dissémination de la résistance au β-lactamines. Deux sujets additionnels ont été logiquement investigués au vu de ces premiers résultats. Premièrement, si certaines souches de SARM sont plus ou moins aptes à déclencher l'excision du SCC mec, de même certaines souches de SASM devraient être plus ou moins aptes à acquérir cet élément. Deuxièmement, afin d'étudier ces mécanismes de transfert au niveau épidémiologique, il nous a été nécessaire de développer des outils nous permettant d'explorer le phénomène à une plus large échelle. Concernant le premier point, il a été postulé que certains SASM seraient réfractaires à l'intégration génomique d'un SCC mec en raison de polymorphismes particuliers à proximité du site d'insertion chromosomique (attB). En étudiant plus de 40 isolais de S. aureus, provenant de porteurs sains, nous avons confirmé ce polymorphisme dans l'environnement à'attB. De plus, nous avons pu montrer que ces régions polymorphiques ont évolué parallèlement à des groupes phylogénétiques bien connus. Ainsi, si des telles régions réfractaires à l'intégration de SCC mec existent, celles-ci devraient ségréger dans des complexes clonaux bien définis qui devraient être facilement identifiables au niveau épidémiologique. Concernant le second point, nous avons été capables de construire un système rapporteur de l'excision du SCCmec, en utilisant un plasmide à faible copie. Ce système consistait en un promoteur fort et un gène codant pour une protéine verte fluorescente (GFP) sous le contrôle d'un promoteur fort séparés à l'aide d'un élément SCC artificiel portant trois terminateurs de transcription. Ainsi, la fluorescence ne s'exprime que si l'élément SCC est excisé du plasmide. Ce système a été testé avec succès dans plusieurs types de staphylocoques, et est actuellement évalué dans d'autres souches et conditions stimulant ou inhibant l'excision. De manière générale, cette dissertation représente parcours scientifique à travers plusieurs aspects d'un problème de santé publique majeur en rapport avec la résistance bactérienne aux antibiotiques. Ce travail s'attaque à des problèmes fondamentaux concernant le transfert horizontal de l'élément SCC mec. De plus, il s'intéresse à des aspects plus généraux de cet élément génétique mobile qui pourraient se révéler très importants en terme de mouvement de gènes au sein des staphylocoques, voir d'autres bactéries gram-positives. Finalement ce travail de thèse met en place le fondamentaux requis pour des recherches futures visant à interférer avec le transfert horizontal de la résistance aux β-lactamines. - Staphylococcus aureus is a major human pathogen. Moreover, S. aureus have developed resistance to almost all available antibiotics, including the important family of β-lactam molecules. Intrinsic resistance to β-lactams is conferred by the Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec), which is a mobile genomic island that inserts into the staphylococcal chromosome and can be horizontally transferred into other staphylococci. However, little is known about the molecular mechanisms involved in this horizontal transfer into naïve strains. One of the first steps in SCC mec horizontal transfer is its excision from the chromosome. Excision is mediated by recombinase enzymes that are encoded by SCC mec itself, and named accordingly Ccr recombinases - for Cassette Chromosome recombinases. One goal of this thesis was to understand the regulation these recombinase genes. By using original molecular tools we could demonstrate first that the Ccr recombinases were expressed in a "bistable" manner, i.e. in only few percentages of the bacterial cells at a given time, and second that they were regulated by determinants that were not encoded on the SCC mec element, but elsewhere on the staphylococcal genome. "Bistable" expression Ccr recombinases is an important concept. It allows SCC mec to be excised and thus available for horizontal transfer, while ensuring that only some cells, but not the whole population, loose their valuable SCC mec genes. Thus, while the SCC mec element expands with the multiplication of the MRSA colony, it can simultaneously be transmitted into methicillin-susceptible S. aureus (MSSA), which convert into new MRSA. Most interestingly, the fact that bistability was regulated by the cells, rather than by SCC mec, indicates that it was the choice of the bacteria to trigger or not SCC mec transfer. As a consequence, there must be, in nature, staphylococcal strains that are more or less prone to sustain SCC mec transfer. Following these seminal observations we found that excision was indeed tightly regulated during bacterial division, and occurred only during a limited period of time at the beginning of bacterial growth. This is compatible with cell-density mediated gene regulation, and may depend on the production of extracellular signal molecules that transmit appropriate orders to neighboring cells, such as in quorum sensing. The potential signal triggering SCCmec excision is as yet unknown. However, it could be critical in promoting the horizontal transfer of methicillin resistance, or for the possible development of means to interfere with it. Two additional hypothesis were logically investigated in the view of these first results. First, if some strains of MRSA might be more prone than others to promote SCC mec excision, then some strains of MS SA might be more or less prone to acquire the element as well. Second, to investigate these multiple mechanisms at an epidemiological level, one would need to develop tools amenable to explore S. aureus strains at a larger scale. Regarding the first issue, it was postulated by others that some MSSA might be refractory to SCC mec integration because they had peculiar DNA polymorphisms in the vicinity of the site-specific chromosomal entry point {attB) of SCC mec. By studying >40 S. aureus isolates from healthy carriers, we confirmed the polymorphism of the attB environment. Moreover, we could show that these polymorphic regions co-evolved with well-known phylogenic clonal clusters. Therefore, if SCCwec-refractory attB environments exist, then they would segregate in well- defined S. aureus clonal clusters that would be easy to identify at the epidemiological level. Regarding the second issue, we were able to construct a new excision reporter system in a low copy number S. aureus plasmid. The reporter system consists in a strong promoter driving a green fluorescent protein {gfp) gene, separated by an artificial SCC-like element carrying three transcriptional terminators. Thus, fluorescence is not expressed unless the SCC-like element is excised. The system has been successfully tested in several aureus and non- aureus staphylococci, and is now being applied to more strains and various excision- triggering or inhibiting conditions. Altogether the dissertation is a scientific journey through various aspects of a salient medical problem with regard to antibiotic resistance and public health threat. The research work tackles fundamental issues about the mechanisms of horizontal transfer of the SCC mec element. Moreover, it also addresses more general features of this mobile element, which could be of larger importance with regard to gene trafficking in staphylococci, and maybe other gram-positive bacteria. Finally, the dissertation sets the fundamentals for future work and possible new ways to interfere with the horizontal transfer of methicillin resistance.