Constraints on the permeability structure of alluvial aquifers from P-wave sonic logs

Modern sonic logging tools designed for shallow environmental and engineering applications allow for P-wave phase velocity measurements over a wide frequency band. Methodological considerations indicate that, for saturated unconsolidated sediments in the silt to sand range and source frequencies ranging from approximately 1 to 30 kHz, the observable poro-elastic P-wave velocity dispersion is sufficiently pronounced to allow for reliable first-order estimations of the underlying permeability structure. These predictions have been tested on and verified for a surficial alluvial aquifer. Our results indicate that, even without any further calibration, the thus obtained permeability estimates as well as their variabilities within the pertinent lithological units are remarkably close to those expected based on the corresponding granulometric characteristics.

ASIC1a oligomerization structure-function of its extracellular vestibule and functional characterization of αS243Pβɣ ENaC

Quatre cristaux du canal ASIC1a ont été publiés et soutiennent une stoechiométrie trimérique. Cependant, ces données contredisant de précédentes analyses fonctionnelles effectuées sur des canaux de la même famille, notre intérêt fut porté sur l'oligomérisation d'ASIC1a. Dans ce sens, un nouvel essai couplant la méthode d'analyse par substitution de cystéines (SCAM) avec l'utilisation de réactifs sulfhydryls bifonctionnels (crosslinkers) a été mis en place. Le but étant de stabiliser, puis sélectionner les canaux fonctionnels, pour ensuite les séparer selon leur taille par SDS-PAGE. Grâce à cette technique, nous avons démontré que le complexe stabilisé a une taille coïncidant avec une organisation tétramérique. En plus de son oligomérisation, le chemin emprunté par les ions pour traverser le canal n'est pas clairement défini dans ces structures. De ce fait, utilisant une approche électrophysiologique, nous avons étudié le lien entre la structure et la fonction du vestibule extracellulaire d'ASIC1a. Dans ce but, nous nous sommes intéressés l'accessibilité de cystéines spécifiques localisées dans ce vestibule pour des réactifs méthanethiosulfonates (MTS). Ainsi, nous avons pu corréler les cinétiques de modification de ces cystéines par les MTS avec les effets sur le courant sodique, et donc avoir des informations supplémentaires sur la voie empruntée par les ions. De plus, la simulation informatique de liaison de ces réactifs illustre le remplissage total de ce vestibule. Fonctionnellement, cette interaction ne perturbe pas le passage de ions, c'est pourquoi il nous apparaît probable que le vestibule présente une taille plus large que celle illustrée par les cristaux. Dans un deuxième temps, notre intérêt fut porté sur ENaC. Ce canal est composé des trois sous-unités (a, ß et y) et est exprimé dans divers épithéliums, dont les tubules des reins. Il participe à l'homéostasie sodique et est essentiellement régulé par voie hormonale via l'aldostérone et la Vasopressine, mais également par des sérines protéases ou le Na+. Nous avons étudié la répercussion fonctionnelle de la mutation aS243P, découverte chez un nouveau-né prématuré atteint de pseudohypoaldostéronisme de type 1. Cette maladie autosomale récessive se caractérise, généralement, par une hyponatrémie liée à d'importantes pertes de sel dans les urines, une hyperkaliémie, ainsi qu'un niveau élevé d'aldostérone. Tout d'abord aucune des expériences biochimiques et électrophysiologiques n'a pu démontrer un défaut d'expression ou une forte diminution de l'activité soutenant les données cliniques. Cependant, en challengeant aS243PßyENaC avec une forte concentration de Na+ externe, une hypersensibilité de canal fut observée. En effet, ni les phénomènes régulateurs de « feedback inhibition » ou de « Na+ self-inhibition » n'étaient semblables au canal sauvage. De ce fait, ils apparaissaient exacerbés en présence de la mutation, amenant ainsi à une diminution de la réabsorption de Na+. Ceci corrobore entièrement l'hyponatrémie diagnostiquée. Le rein d'un prématuré étant immature, la quantité de Na+ atteignant la partie distale du néphron est plus élevée, du fait que les autres mécanismes de réabsorption en amont ne sont probablement pas encore en place. Cette hypothèse est renforcée par l'existence d'un frère présentant la même mutation, mais qui, né à terme, ne présentait aucun signe d'hyponatrémie. - The main topic of my thesis is the structure-function relationship of the ENaC/Deg family of ion channels, namely the Acid-Sensing Ion Channel ASIC1a and the Epithelial Na Channel ENaC. The primary part of this research is dedicated to the structure of ASIC1a. Four channel crystals have been published, which support a trimeric stoichiometry, although these data contradict previous functional experiments on other ENaC/Deg members. We are therefore interested in ASIC1a oligomerization and have set up a new assay combining the Substituted- Cysteine Accessibility Method (SCAM) with Afunctional sulfhydryl reagents (crosslinkers) allowing its study. The aim was to first stabilize the channels, then select those that are functional and then resolve them according to their size on SDS-PAGE. We demonstrated that the stabilized complex has a molecular weight corresponding to a tetrameric stoichiometry. In addition to our interest in the oligomerization of the ENaC/Deg family of ion channels, we also wanted to investigate the thus far undefined way of permeation for these channels. Therefore, taking the advantage of a more electrophysiological approach, we studied the accessibility of specific cysteines for methanethiosulfonate reagents (MTS) and were able to correlate the MTS association kinetics on cysteine residues with Na+ currents. These results have given us an insight into ion permeation and our functional evidence indicates that the extracellular is larger than that depicted by the crystal structures. As a side project, we focused on ENaC, which is made up of three subunits (a, ß and y) and is expressed in various epithelia, especially in the distal nephron of the kidneys. It plays a role in Na+ homeostasis and is essentially regulated by hormones via aldosterone and vasopressin, but also by serine proteases or Na+. We have studied the functional impact of the aS243P mutation, discovered in a premature baby suffering from pseudohypoaldosteronism of type 1. This autosomal recessive disease is characterized by hyponatremia, hyperkalemia and high aldosterone levels. Firstly, neither biochemical nor electrophysiological experiments indicated an expression defect or a strong decrease in activity. However, challenging aS243PßyENaC with increased external Na+ concentration showed channel hypersensitivity. Indeed, both the "feedback inhibition" and the "Na+ self-inhibition" regulatory mechanisms are impaired, leading to a decrease in Na+ reabsorption, entirely supports the diagnosis. The kidneys in preterm infants are immature and Na+ levels reaching the distal nephron are higher than normally observed. We hypothesize that the upstream reabsorption machinery is unlikely to be sufficiently matured and this assumption is supported by an asymptomatic sibling carrying the same mutation, but born at term. - La cellule, unité fonctionnelle du corps humain, est délimitée par une membrane plasmique servant de barrière biologique entre les milieux intra et extracellulaires. Une communication entre cellules est indispensable pour un fonctionnement adéquat. Sa survie dépend, entre autres, du maintien de la teneur en ions dans chacun des milieux qui doivent pouvoir être réabsorbés, ou sécrétés, selon les besoins. Les protéines insérées dans la membrane forment un canal et sont un moyen de communication permettant spécifiquement à des ions tel que le sodium (Na+) de traverser. Le Na+ se trouve dans la plupart des aliments et le sel, et est spécifiquement réabsorbé au niveau des reins grâce au canal sodique épithélial ENaC. Cette réabsorption se fait de l'urine primaire vers l'intérieur de la cellule, puis est transporté vers le sang. Pour maintenir un équilibre, une régulation de ce canal est nécessaire. En effet, des dysfonctionnements impliquant la régulation ou l'activité d'ENaC lui-même sont à l'origine de maladies telles que la mucoviscidose, l'hypertension ou encore, le pseudohypoaldostéronisme (PHA). Cette maladie est caractérisée, notamment, par d'importantes pertes de sel dans les urines. Des pédiatres ont diagnostiqué un PHA chez un nouveau-né, ce dernier présentant une modification du canal ENaC, nous avons recréé cette protéine afin d'étudier l'impact de ce changement sur son activité. Nous avons démontré que la régulation d'ENaC était effectivement perturbée, conduisant ainsi à une forte réduction de la réabsorption sodique. Afin de développer des molécules capables de moduler l'activité de protéines. Il est nécessaire d'en connaître la structure. Celle du canal sodique sensible à l'acidification ASIC1, un canal cousin d'ENaC, est connue. Ces données structurales contredisant cependant les analyses fonctionnelles, nous nous sommes penchés une nouvelle fois sur ASIC1. Une protéine est une macromolécule biologique composée d'une chaîne d'acides aminés (aa). De l'enchaînement d'aa à la protéine fonctionnelle, quatre niveaux de structuration existent. Chaque aa donne une indication quant au repliement et plus particulièrement la cystéine. Arborant un groupe sulfhydryle (SH) capable de former une liaison spécifique et stable avec un autre SH, celle-ci est souvent impliquée dans la structure tridimensionnelle de la protéine. Ce type de liaison intervient également dans la stabilisation de la structure quaternaire, qui est l'association de plusieurs protéines identiques (homomère), ou pas (hétéromère). Dans cette partie, nous avons remplacé des aa par des cystéines à des endroits spécifiques. Le but était de stabiliser plusieurs homomères d'ASICl ensemble avec des réactifs créant des ponts entre deux SH. Ainsi, nous avons pu déterminer le nombre de protéines ASIC1 participant à la formation d'un canal fonctionnel. Nos résultats corroborent les données fonctionnelles soutenant un canal tétramérique. Nous avons également étudié l'accessibilité de ces nouvelles cystéines afin d'obtenir des informations supplémentaires sur la structure du chemin emprunté par le Na+ à travers ASIC1 et plus particulièrement du vestibule extracellulaire.

Impact of social structure variation on population genetics, social conflicts and life histories in ants

Summary The evolution of social structures and breeding systems in animals is a complex process that combines ecological, genetical and social factors. This thesis sheds light on important changes in population genetics, life-history and social behavior that are associated with variation in social structure in ants. The socially polymorphic ant Formica selysi was chosen as the model organism because single- and multiple-queen colonies occur in close proximity within a single large population. The shift from single- to multiple-queen colonies is generally associated with profound changes in dispersal behavior and mode of colony founding. In chapter 1, we examine the genetic consequences of variation in social structure at both the colony and population levels. A detailed microsatellite analysis reveals that both colony types have similar mating systems, with few or no queen turnover. Furthermore, the complete lack of genetic differentiation observed between single- and multiple-queen colonies provides no support to the hypothesis that change in queen number leads to restricted gene flow between social forms. Besides changes in the genetic composition of the colony, the variation in the number of queens per colony is associated with changes in a network of behavioral and life-history traits that have been described as forming a "polygyny syndrome". In chapter 2, we demonstrate that multiple-queen colonies profoundly differ from single-queen ones in terms of size, nest density and lifespan of colonies, in weight of queens produced, as well as in allocation to reproductive individuals relative to workers. These multifaceted changes in life-history traits can provide various fitness benefits to members of multiple-queen colonies. Increasing the number of queens in a colony usually results in a decreased level of aggression towards non-nestmates. The phenotype matching hypothesis predicts that, compared to single-queen colonies, multiple-queen colonies have more diverse genetically-derived cues used for recognition, resulting in a lower ability to discriminate non-nestmates. In sharp contrast to this hypothesis, we show in chapter 3 that single- and multiple-queen colonies exhibit on average similar levels of aggression. Moreover, stronger aggression is recorded between colonies of different social structure than between colonies of the same social structure. Several hypotheses propose that the evolution of multiple-queen colonies is at least partly due to benefits resulting from an increase in colony genetic diversity. The task-efficiency hypothesis holds that genetic variation improves task performance due to a more complete or more sensitive expression of the genetically-based division of labor. In .chapter 4, we evaluate if higher colony genetic diversity increases worker size polymorphism and thus may improve division of labor. We show that despite the fact that worker size has a heritable component, higher levels of genetic diversity do not result in more polymorphic workers. The smaller size and lower polymorphism levels of workers of multiple-queen colonies compared to single-queen ones further indicate that an increase in colony genetic diversity does not increase worker size polymorphism but might improve colony homeostasis. In chapter 5, we provide clear evidence for an ongoing conflict between queens and workers on sex allocation, as predicted by kin selection theory. Our data show that queens of F. selysi strongly influence colony sex allocation by biasing the sex ratio of their eggs. However, there is also evidence that workers eliminated some male brood, resulting in a population sex-investment ratio that is between the queens' and workers' equilibria. Résumé L'évolution des structures sociales et systèmes d'accouplement chez les animaux est un processus complexe combinant à la fois des facteurs écologiques, génétiques et sociaux. Cette thèse met en lumière des changements importants dans la génétique des populations, les traits d'histoire de vie et les comportements sociaux qui sont associés à des variations de structure sociale chez les fourmis. Durant ce travail, nous avons étudié une population de Formica selysi composée à la fois de colonies à une reine et de colonies à plusieurs reines. La transition de colonie à une reine à colonie à plusieurs reines est généralement associée à des changements profonds dans le comportement de dispersion ainsi que le mode de fondation des sociétés. Dans le chapitre 1, nous examinons les conséquences génétiques de la variation de structure sociale tant au niveau de la colonie qu'au niveau de la population. Une analyse détaillée à l'aide de marqueurs microsatellites nous révèle que les deux types de colonies ont des systèmes d'accouplements similaires avec peu ou pas de renouvellement de reines. L'absence totale de différenciation génétique entre les colonies à une et à plusieurs reines n'apporte aucun support à l'hypothèse selon laquelle un changement dans le nombre de reines conduit à un flux de gènes restreint entre les deux formes sociales. A côté de changements dans la composition génétique de la colonie, la variation du nombre de reines dans une colonie est associée à une multitude de changements comportementaux et de traits d'histoire de vie qui ont été décrits comme formant un "syndrome polygyne". Dans le chapitre 2, nous démontrons que les colonies à plusieurs reines diffèrent profondément des colonies à une reine en terme de taille, densité de nids, longévité des colonies, poids des nouvelles reines produites ainsi que dans l'allocation entre les individus reproducteurs et les ouvrières. Ces changements multiples dans les traits d'histoire de vie peuvent apporter des bénéfices variés en terme de fitness aux colonies à plusieurs reines. L'augmentation du nombre de reines dans une colonie est généralement associée à une baisse du degré d'agressivité envers les fourmis étrangères au nid. L'hypothèse "phénotype matching" prédit que les colonies à plusieurs reines ont une plus grande diversité dans les facteurs d'origine génétique utilisés pour la reconnaissance, résultant en une capacité diminuée à discriminer une fourmi étrangère au nid. Contrairement à cette hypothèse, nous montrons dans le chapitre 3 que les colonies à une et à plusieurs reines ont des niveaux d'agressivité similaires. De plus, une agressivité accrue est observée entre colonies de structures sociales différentes comparée à des colonies de même structure sociale. Plusieurs hypothèses ont proposé que l'évolution de colonies ä plusieurs reines soit en partie due aux bénéfices résultant d'une augmentation de la diversité génétique dans la colonie. L'hypothèse "task efficiency" prédit que la diversité génétique améliore l'efficacité à effectuer certaines tâches grâce à une expression plus complète et plus souple d'une division du travail génétiquement déterminée. Nous évaluons dans le chapitre 4 si un accroissement de la diversité génétique augmente le polymorphisme de taille des ouvrières, d'où peut ainsi découler une meilleure division du travail. Nous montrons qu'en dépit du fait que la taille des ouvrières soit un caractère héritable, une forte diversité génétique ne se traduit pas par un plus fort polymorphisme chez les ouvrières. Les ouvrières de colonies à plusieurs reines sont plus petites et moins polymorphes que celles des colonies à une seule reine. Dans le chapitre 5, nous démontrons l'existence d'un conflit ouvert entre reines et ouvrières à propos de l'allocation dans les sexes, comme le prédit la théorie de la sélection de parentèle. Nos données révèlent que les reines de F. selysi influencent fortement l'allocation dans les sexes en biaisant la sexe ratio des oeufs. Cependant, certains indices indiquent que les ouvrières éliminent une partie du couvain mâle, ce qui a pour effet d'avoir un investissement dans les sexes au niveau de la population intermédiaire entre les intérêts des reines et des ouvrières.

Genetic structure of the genus Leptospira by multilocus enzyme electrophoresis

Thirty strains from the 11 species of the genus Leptospira were studied by multilocus enzyme electrophoresis at 12 enzyme loci, all of which were polymorphic. The mean number of alleles per locus was 6.5. Twenty-five electrophoretic types were distinguished. Grouping of the strains by cluster analysis was in general agreement with species delineation as determined by DNA-DNA hybridization, except for the strains of Leptospira meyeri and Leptospira inadai, which were scattered throughout the genus, reflecting previously recognized taxonomic uncertainties. Analysis of the clonality within Leptospira interrogans sensu stricto indicated that this population was relatively heterogeneous and a lack of gene linkage disequilibrium could not be excluded. There was a genetic discrimination between the pathogenic species and the saprophytic ones. The phenotypically intermediate species (L. inadai and Leptospira fainei) were also genetically separated and were probably closer to the saprophytes than to the pathogens.

Use of an in-house approach to study the three-dimensional structures of various outer membrane proteins: structure of the alcaligin outer membrane transporter FauA from Bordetella pertussis.

Bordetella pertussis is the bacterial agent of whooping cough in humans. Under iron-limiting conditions, it produces the siderophore alcaligin. Released to the extracellular environment, alcaligin chelates iron, which is then taken up as a ferric alcaligin complex via the FauA outer membrane transporter. FauA belongs to a family of TonB-dependent outer membrane transporters that function using energy derived from the proton motive force. Using an in-house protocol for membrane-protein expression, purification and crystallization, FauA was crystallized in its apo form together with three other TonB-dependent transporters from different organisms. Here, the protocol used to study FauA is described and its three-dimensional structure determined at 2.3 A resolution is discussed.

Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism.

Nucleotide-binding and oligomerization domain-like receptor (NLR) proteins oligomerize into multiprotein complexes termed inflammasomes when activated. Their autoinhibition mechanism remains poorly defined. Here, we report the crystal structure of mouse NLRC4 in a closed form. The adenosine diphosphate-mediated interaction between the central nucleotide-binding domain (NBD) and the winged-helix domain (WHD) was critical for stabilizing the closed conformation of NLRC4. The helical domain HD2 repressively contacted a conserved and functionally important α-helix of the NBD. The C-terminal leucine-rich repeat (LRR) domain is positioned to sterically occlude one side of the NBD domain and consequently sequester NLRC4 in a monomeric state. Disruption of ADP-mediated NBD-WHD or NBD-HD2/NBD-LRR interactions resulted in constitutive activation of NLRC4. Together, our data reveal the NBD-organized cooperative autoinhibition mechanism of NLRC4 and provide insight into its activation.

Direct visualization of the trimeric structure of the ASIC1a channel, using AFM imaging.

There has been confusion about the subunit stoichiometry of the degenerin family of ion channels. Recently, a crystal structure of acid-sensing ion channel (ASIC) 1a revealed that it assembles as a trimer. Here, we used atomic force microscopy (AFM) to image unprocessed ASIC1a bound to mica. We detected a mixture of subunit monomers, dimers and trimers. In some cases, triple-subunit clusters were clearly visible, confirming the trimeric structure of the channel, and indicating that the trimer sometimes disaggregated after adhesion to the mica surface. This AFM-based technique will now enable us to determine the subunit arrangement within heteromeric ASICs.

Clinical utility of g-cimp and idh1 status as dual prognostic markers in glioblastoma

The glioma CpG island methylator phenotype (G-CIMP) has been shown to be highly correlated with prognosis andwas noted to be highly concordant with IDH1mutation in malignant glioma in the limited number of samples analyzed. To better understand the relationship of G-CIMP with IDH1 mutation status and patient outcome, we examined G-CIMP status in detail in a larger retrospective series of glioblastomas as well as tumor samples from the RTOG 0525 clinical trial. Sampleswere tested for 6 CIMPmarkers andwere correlated with patient outcomes. In the retrospective tumor set (n ¼ 301),we found 3 distinct survival groups based on the number of CIMP markers: 0-1 (CIMP-negative), 2-4 (CIMP-intermediate), and 5 or greater (CIMP-positive) with median survivals 13.8, 20.1, and 90.6 months, respectively. This finding was validated in the RTOG 0525 samples (median survivals 15.0, 20.3, and 37.0 months). Among 787 cases with both IDH and CIMP data, 617 were CIMP-negative, 136 were CIMP-intermediate, and 34 were CIMP-positive. Seven hundred forty-four were wild type for IDH1 mutation, and 43 were mutant. CIMP and IDH status were positively correlated but outliers were found. Among the 610 CIMP-negative tumors, there were 7 IDH-mutant tumors, which showed no difference in outcome. Similarly, among the 34 CIMP-positive tumors, there were 21 IDH-mutant cases, which also showed no difference in outcome. However, among the CIMP-intermediate cases, there were 15 IDH-mutant cases with significantly (p ¼ 0.0003) improved outcome (medians not reached vs. 18.5 months, 2 year survival 87% vs. 32%). Multivariate analysis showed that both IDH1 mutation status and CIMP status were independent predictors of outcome. These findings suggest the clinical utility of refining the CIMP status into negative, intermediate, and positive groups and the finding that both IDH1 and CIMPstatus are important molecular markers in GBM.

Association with coregulators is the major determinant governing peroxisome proliferator-activated receptor mobility in living cells.

The nucleus is an extremely dynamic compartment, and protein mobility represents a key factor in transcriptional regulation. We showed in a previous study that the diffusion of peroxisome proliferator-activated receptors (PPARs), a family of nuclear receptors regulating major cellular and metabolic functions, is modulated by ligand binding. In this study, we combine fluorescence correlation spectroscopy, dual color fluorescence cross-correlation microscopy, and fluorescence resonance energy transfer to dissect the molecular mechanisms controlling PPAR mobility and transcriptional activity in living cells. First, we bring new evidence that in vivo a high percentage of PPARs and retinoid X receptors is associated even in the absence of ligand. Second, we demonstrate that coregulator recruitment (and not DNA binding) plays a crucial role in receptor mobility, suggesting that transcriptional complexes are formed prior to promoter binding. In addition, association with coactivators in the absence of a ligand in living cells, both through the N-terminal AB domain and the AF-2 function of the ligand binding domain, provides a molecular basis to explain PPAR constitutive activity.

Beneficial effects of strontium ranelate compared to alendronate on bone micro-structure - a 2-year study

Aims: In a head-to-head study, we compared the effects of strontium ranelate (SrRan) and alendronate (ALN), anti-osteoporotic agents with antifracture efficacy, on bone microstructure, a component of bone quality, hence of bone strength. Methods: In a randomised, double-dummy, double-blind controlled trial, 88 postmenopausal osteoporotic women were randomised to SrRan 2g/day or ALN 70mg/week for 2 years. Microstructure of the distal radius and distal tibia were assessed by HR-pQCT after 3,6,12,18 and 24 months of treatment. Primary endpoint was HR-pQCT variables relative changes from baseline. An ITT analysis was applied. Results: Baseline characteristics were similar in both groups (mean ±SD): age: 63.6±7.5 vs. 63.7±7.6 yrs; L1-L4T Score: -2.7±0.8 vs. -2.8±0.8g/cm², Cortical Thickness (CTh), trabecular bone fraction (BV/TV) and cortical density=721±242 vs. 753±263μm, 9.5±2.5 vs. 9.3±2.7%, and 750±87 vs. 745±78mg/cm3 respectively. Over 2 yrs, distal radius values changes were within 1 to 2% without significant differences except cortical density. In contrast distal tibia CTh, BV/TV, trabecular and cortical densities increased significantly more in the SrRan group than in the ALN group (Table). No significant between-group differences were observed for the remaining measured parameter (trabecular number, trabecular spacing, and trabecular thickness). After 2 years, L1- L4 and hip aBMD increases were similar to results from pivotal trials (L1-L4:+6.5% and +5.6%;total hip:+4.1% and +2.9%, in Sr- Ran and ALN groups, respectively). In the SrRan group, bALP increased by a median of 18% (p<0.001) and sCTX decreased by a median of -16% (p=0.005) while in the ALN group, bALP and CTX decreased by median of -31% (p<0.001) and -59% (p<0.001) respectively. Relative changes from baseline to last observation (%) SrRan ALN Estimated between group difference p value CTh (μm) 6.29±9.53 0.93±6.23 5.411±1.836 0.004 BV/TV (%) 2.48±5.13 0.84±3.81 1.783±0.852 0.040 Trabecular density (mgHA/cm3) 2.47±5.07 0.88±4.00 1.729±0.859 0.048 Cortical density (mgHA/cm3) 1.43±2.77 0.36±2.14 1.137±0.530 0.045 The two treatments were well tolerated. Conclusions: Within the constraints related to HRpQCT technology, it appears that strontium ranelate has greater effects than alendronate on distal tibia cortical thickness, trabecular and cortical bone densities in women with postmenopausal osteoporosis after two years of treatment. A concomitant significant increase in bone formation marker is observed in the SrRan group.

Use of the frc gene as a molecular marker to characterize oxalate-oxidizing bacterial abundance and diversity structure in soil.

Oxalate catabolism, which can have both medical and environmental implications, is performed by phylogenetically diverse bacteria. The formyl-CoA-transferase gene was chosen as a molecular marker of the oxalotrophic function. Degenerated primers were deduced from an alignment of frc gene sequences available in databases. The specificity of primers was tested on a variety of frc-containing and frc-lacking bacteria. The frc-primers were then used to develop PCR-DGGE and real-time SybrGreen PCR assays in soils containing various amounts of oxalate. Some PCR products from pure cultures and from soil samples were cloned and sequenced. Data were used to generate a phylogenetic tree showing that environmental PCR products belonged to the target physiological group. The extent of diversity visualised on DGGE pattern was higher for soil samples containing carbonate resulting from oxalate catabolism. Moreover, the amount of frc gene copies in the investigated soils was detected in the range of 1.64x10(7) to 1.75x10(8)/g of dry soil under oxalogenic tree (representing 0.5 to 1.2% of total 16S rRNA gene copies), whereas the number of frc gene copies in the reference soil was 6.4x10(6) (or 0.2% of 16S rRNA gene copies). This indicates that oxalotrophic bacteria are numerous and widespread in soils and that a relationship exists between the presence of the oxalogenic trees Milicia excelsa and Afzelia africana and the relative abundance of oxalotrophic guilds in the total bacterial communities. This is obviously related to the accomplishment of the oxalate-carbonate pathway, which explains the alkalinization and calcium carbonate accumulation occurring below these trees in an otherwise acidic soil. The molecular tools developed in this study will allow in-depth understanding of the functional implication of these bacteria on carbonate accumulation as a way of atmospheric CO(2) sequestration.

Structure et processus dans une « Agence de développement de réseaux locaux de services de santé et de services sociaux » [Document électronique] : des problèmes et un diagnostic?

Ce cas décrit la structure organisationnelle en place dans une régie régionale de la santé et des services sociaux, ainsi que le processus de prise de décision pour un dossier particulier : la mise en oeuvre d'un programme d'interruption volontaire de grossesses dans la région. L'objectif est d'illustrer comment la structure organisationnelle peut influencer (positivement ou négativement) la façon de traiter les dossiers et les résultats qui en découlent. [Auteurs]

Hepatitis C virus proteins: from structure to function.

Great progress has been made over the past years in elucidating the structure and function of the hepatitis C virus (HCV) proteins, most of which are now actively being pursued as antiviral targets. The structural proteins, which form the viral particle, include the core protein and the envelope glycoproteins E1 and E2. The nonstructural proteins include the p7 viroporin, the NS2 protease, the NS3-4A complex harboring protease and NTPase/RNA helicase activities, the NS4B and NS5A proteins, and the NS5B RNA-dependent RNA polymerase. NS4B is a master organizer of replication complex formation while NS5A is a zinc-containing phosphoprotein involved in the regulation of HCV RNA replication versus particle production. Core to NS2 make up the assembly module while NS3 to NS5B represent the replication module (replicase). However, HCV proteins exert multiple functions during the viral life cycle, and these may be governed by different structural conformations and/or interactions with viral and/or cellular partners. Remarkably, each viral protein is anchored to intracellular membranes via specific determinants that are essential to protein function in the cell. This review summarizes current knowledge of the structure and function of the HCV proteins and highlights recent advances in the field.

Revisiting the heteromultimeric structure of ENaC in Xenopus leavis oocytes

The epithelial sodium channel (ENaC) regulates the sodium reabsorption in the principal cells of collecting duct of the nephron, and is essential for the maintenance of Na+ balance and blood pressure. ENaC is regulated by hormones such as aldosterone and vasopressin, by serine proteases. The functional ENaC channel expressed at the cell surface is a hetemultimeric complex composed by the homologous a, ß and y subunits. Several functional and biochemical studies have provided evidence that the ENaC is a heterotetramer formed by 2a lß and ly subunits. Recently, a channel homologue of ENaC, the acid-sensing ion channel ASIC1 has been crystallized as a homotrimer. This discrepancy in the subunit composition of these two channels of the same family, motivated us to revisit the subunit oligomerization of the purified functional abg EnaC channel complex. His(6)ENaC a ß y subunits were expressed in Xenopus leavis oocytes. The three ENaC subunits copurify on Ni+2-NTA agarose beads in a aßy ENaC complex. On Western blot, the ENaC subunits show typical post-translation modifications associated with a functional channel. Using differentially tagged ENaC subunits, we could demonstrate that 2 different a ENaC co- purify with ß and y subunits, whereas only one single ß and y are detected in the ENaC complex. Comparison of the mass of the aßy ENaC complex on Western blot under non reducing conditions with different ENaC dimeric, trimmeric and tetratemeric concatamers indicate that the ENaC channel complex is a heterotetramer made of 2a-, lß-, and ly ENaC subunits. Our result will certainly not provide the last words on the subunit stoichiometry of the ENaC/ASIC channels, but hopefully will promote the réévaluation of the cASICl crystal structure for its functional relevance. -- Le canal épithélial sodique ENaC est responsable de la réabsorption du sodium dans les cellules principales du tubule collecteur rénal et joue un rôle important dans le maintien de l'homéostasie sodique et le maintien de la pression artérielle. Ce canal est régulé par des hormones telles que l'aldostérone ou la Vasopressine mais également par des sérines protéases. ENaC est un canal multimerique constitué des trois sous-unités homologues a, ß and y. De nombreuses études fonctionnelles et biochimiques ont montré que le canal ENaC fonctionnel exprimé à la surface cellulaire est un canal formé de 4 sous unités avec une stoichiometric préférentielle de 2 sous-unités a, 1 sous-unité ß et 1 sous-unité y. Récemment, la cristallisation du canal sodique sensible au pH acide, ASIC, un autre membre de la famille ENaC/Deg, a mis en évidence un canal homotrimérique. Cette divergence dans la composition en sous-unités formant les complexes ENaC et ASIC, deux canaux de la même famille de gènes, nous a motivé à réinvestiguer le problème de l'oligomérisation du complexe fonctionnel ENaC après purification. Dans ce but le complexe ENaC fait des sous-unités aßy marquées par un épitope His 6 ont été exprimées dans l'ovocyte de Xenopus leavis. Les trois sous-unités aßy du complexe ENaC peuvent être co-purifiées sur des billes d'agarose Ni+2-NTA et montrent les modifications post-traductionnelles attendues pour le complexe fonctionnel ENaC exprimé en surface. Nous avons pu démontrer que ce complexe ENaC fonctionnel, est formé de deux sous-unités a différentes, mais de une seule sous-unité ß et une seule sous-unité y, suggérant un complexe ENaC formé de plus de trois sous-unités. L'estimation de la masse du complexe fonctionnel ENaC par Western blot, en comparaison avec des constructions concatemériques de ENaC faites de 2, 3, ou 4 sous-unités indique que le complexe aßy ENaC fonctionnel est une hétérotétramère composé de 2 sous-unités a, une ß et une y. Ces expériences ne représentent pas le fin d'une controverse quant à la structure des canaux ENaC et ASIC, mais soulèvent la question de la relevance fonctionnelle de la structure tridimentionelle du canal ASIC révélée par crystallographie.