Serrated polyps of the colon: how reproducible is their classification?

For several years, the lack of consensus on definition, nomenclature, natural history, and biology of serrated polyps (SPs) of the colon has created considerable confusion among pathologists. According to the latest WHO classification, the family of SPs comprises hyperplastic polyps (HPs), sessile serrated adenomas/polyps (SSA/Ps), and traditional serrated adenomas (TSAs). The term SSA/P with dysplasia has replaced the category of mixed hyperplastic/adenomatous polyps (MPs). The present study aimed to evaluate the reproducibility of the diagnosis of SPs based on currently available diagnostic criteria and interactive consensus development. In an initial round, H&E slides of 70 cases of SPs were circulated among participating pathologists across Europe. This round was followed by a consensus discussion on diagnostic criteria. A second round was performed on the same 70 cases using the revised criteria and definitions according to the recent WHO classification. Data were evaluated for inter-observer agreement using Kappa statistics. In the initial round, for the total of 70 cases, a fair overall kappa value of 0.318 was reached, while in the second round overall kappa value improved to moderate (kappa = 0.557; p < 0.001). Overall kappa values for each diagnostic category also significantly improved in the final round, reaching 0.977 for HP, 0.912 for SSA/P, and 0.845 for TSA (p < 0.001). The diagnostic reproducibility of SPs improves when strictly defined, standardized diagnostic criteria adopted by consensus are applied.

Monitoring network optimisation for spatial data classification using support vector machines

The paper presents a novel method for monitoring network optimisation, based on a recent machine learning technique known as support vector machine. It is problem-oriented in the sense that it directly answers the question of whether the advised spatial location is important for the classification model. The method can be used to increase the accuracy of classification models by taking a small number of additional measurements. Traditionally, network optimisation is performed by means of the analysis of the kriging variances. The comparison of the method with the traditional approach is presented on a real case study with climate data.

Characterization and classification of matrix effects in biological samples analyses.

An exhaustive classification of matrix effects occurring when a sample preparation is performed prior to liquid-chromatography coupled to mass spectrometry (LC-MS) analyses was proposed. A total of eight different situations were identified allowing the recognition of the matrix effect typology via the calculation of four recovery values. A set of 198 compounds was used to evaluate matrix effects after solid phase extraction (SPE) from plasma or urine samples prior to LC-ESI-MS analysis. Matrix effect identification was achieved for all compounds and classified through an organization chart. Only 17% of the tested compounds did not present significant matrix effects.

A global marine sedimentary response to the end-Permian mass extinction: Examples from southern Turkey and the western United States

The end-Permian mass extinction greatly diminished marine diversity and brought about a whole-scale restructuring of marine ecosystems; these ecosystem changes also profoundly affected the sedimentary record. Data presented here, attained through facies analyses of strata deposited during the immediate aftermath of the end-Permian mass extinction (southern Turkey) and at the close of the Early Triassic (southwestern United States), in combination with a literature review, show that sedimentary systems were profoundly affected by: (1) a reduction in biotic diversity and abundance and (2) long-term environmental fluctuations that resulted from the end-Permian crisis. Lower Triassic strata display widespread microbialite and carbonate seafloor fan development and contain indicators of suppressed infaunal bioturbation such as flat-pebble conglomerates and wrinkle structures (facies considered unusual in post-Cambrian subtidal deposits). Our observations suggest that depositional systems, too, respond to biotic crises, and that certain facies may act as barometers of ecologic and environmental change independent of fossil assemblage analyses. Close investigation of facies changes during other critical times in Earth history may serve as an important tool in interpreting the ecology of metazoans and their environment.

Typologies textuelles et partitions musicales : dissimilarités, classification et autocorrélation

Axée dans un premier temps sur le formalisme et les méthodes, cette thèse est construite sur trois concepts formalisés: une table de contingence, une matrice de dissimilarités euclidiennes et une matrice d'échange. À partir de ces derniers, plusieurs méthodes d'Analyse des données ou d'apprentissage automatique sont exprimées et développées: l'analyse factorielle des correspondances (AFC), vue comme un cas particulier du multidimensional scaling; la classification supervisée, ou non, combinée aux transformations de Schoenberg; et les indices d'autocorrélation et d'autocorrélation croisée, adaptés à des analyses multivariées et permettant de considérer diverses familles de voisinages. Ces méthodes débouchent dans un second temps sur une pratique de l'analyse exploratoire de différentes données textuelles et musicales. Pour les données textuelles, on s'intéresse à la classification automatique en types de discours de propositions énoncées, en se basant sur les catégories morphosyntaxiques (CMS) qu'elles contiennent. Bien que le lien statistique entre les CMS et les types de discours soit confirmé, les résultats de la classification obtenus avec la méthode K- means, combinée à une transformation de Schoenberg, ainsi qu'avec une variante floue de l'algorithme K-means, sont plus difficiles à interpréter. On traite aussi de la classification supervisée multi-étiquette en actes de dialogue de tours de parole, en se basant à nouveau sur les CMS qu'ils contiennent, mais aussi sur les lemmes et le sens des verbes. Les résultats obtenus par l'intermédiaire de l'analyse discriminante combinée à une transformation de Schoenberg sont prometteurs. Finalement, on examine l'autocorrélation textuelle, sous l'angle des similarités entre diverses positions d'un texte, pensé comme une séquence d'unités. En particulier, le phénomène d'alternance de la longueur des mots dans un texte est observé pour des voisinages d'empan variable. On étudie aussi les similarités en fonction de l'apparition, ou non, de certaines parties du discours, ainsi que les similarités sémantiques des diverses positions d'un texte. Concernant les données musicales, on propose une représentation d'une partition musicale sous forme d'une table de contingence. On commence par utiliser l'AFC et l'indice d'autocorrélation pour découvrir les structures existant dans chaque partition. Ensuite, on opère le même type d'approche sur les différentes voix d'une partition, grâce à l'analyse des correspondances multiples, dans une variante floue, et à l'indice d'autocorrélation croisée. Qu'il s'agisse de la partition complète ou des différentes voix qu'elle contient, des structures répétées sont effectivement détectées, à condition qu'elles ne soient pas transposées. Finalement, on propose de classer automatiquement vingt partitions de quatre compositeurs différents, chacune représentée par une table de contingence, par l'intermédiaire d'un indice mesurant la similarité de deux configurations. Les résultats ainsi obtenus permettent de regrouper avec succès la plupart des oeuvres selon leur compositeur.